Ved hjælp af særlige molekylære tags, teamet var i stand til at reducere fem til 15 procent fejlprocent af Oxford Nanopore Technologies 'MinION-enhed til mindre end 0,005 procent-selv ved sekvensering af mange lange strækninger af DNA ad gangen.
"MinION har revolutioneret området genomik ved at frigøre DNA -sekventering fra de store laboratoriers rammer, "siger Ryan Ziels, en assisterende professor i civilingeniør ved University of British Columbia og medlederforfatteren af undersøgelsen, som blev offentliggjort i denne uge i Naturmetoder . "Men indtil nu, forskere har ikke været i stand til at stole på enheden i mange indstillinger på grund af dens ret høje fejlfrekvens uden for kassen. "
Genom -sekvenser kan afsløre meget om en organisme, herunder dens identitet, dens aner, og dens styrker og sårbarheder. Forskere bruger disse oplysninger til bedre at forstå mikroberne, der lever i et bestemt miljø, samt at udvikle diagnostiske værktøjer og behandlinger.
Men uden præcise bærbare DNA -sekventer, vigtige genetiske detaljer kan gå glip af, når der forskes i marken eller i mindre laboratorier.
Så Ziels og hans samarbejdspartnere ved Aalborg Universitet skabte et unikt stregkodesystem, der kan gøre langlæste DNA-sekventeringsplatforme som MinION over 1000 gange mere præcise.
Efter at have mærket målmolekylerne med disse stregkoder, forskere fortsætter som de plejer - forstærkning, eller lave flere kopier af, de mærkede molekyler ved hjælp af standard PCR -teknikken og sekventering af det resulterende DNA.
Forskerne kan derefter bruge stregkoderne til let at identificere og gruppere relevante DNA -fragmenter i sekventeringsdataene, i sidste ende producere næsten perfekte sekvenser fra fragmenter, der er op til 10 gange længere end konventionelle teknologier kan behandle. Længere DNA -strækninger tillader påvisning af selv små genetiske variationer og samling af genomer i høj opløsning.
"En smuk ting ved denne metode er, at den kan anvendes til ethvert gen af interesse, der kan amplificeres, "siger Ziels, hvis team har stillet koden og protokollen til behandling af sekventeringsdataene til rådighed via open source-lagre.
Dette betyder, at det kan være meget nyttigt på ethvert område, hvor kombinationen af høj nøjagtighed og langtrækkende genomisk information er værdifuld, såsom kræftforskning, planteforskning, menneskelig genetik og mikrobiomvidenskab. "
Ryan Ziels, Undersøg medforfatter og assisterende professor i civilingeniør, University of British Columbia
Ziels samarbejder i øjeblikket med Metro Vancouver om at udvikle en udvidet version af metoden, der tillader nær-real-time påvisning af mikroorganismer i vand og spildevand.
Med et præcist billede af mikroorganismerne til stede i deres vandsystemer, siger Ziels, lokalsamfund kan muligvis forbedre deres folkesundhedsstrategier og behandlingsteknologier-og bedre kontrollere spredningen af skadelige mikroorganismer som SARS-CoV-2.
Eksperimentel gel kan hjælpe dem med avanceret Parkinsons
Seneste neurologinyt Flere beviser forbinder mono til multipel sklerose Selv en lille motion kan hjælpe med at bremse Parkinsons sygdom Narkotika kan hjælpe med at lette sansemæssige krav til autisme
Hvad er der med soja på lavFODMAP-diæten?
Når det kommer til eliminationsfasen af low FODMAP diæten, er soja opført på mange undgå lister. Men er soja altid en no-go for dem, der eliminerer FODMAPs for deres IBS? Det korte svar:det kommer a
400 nu syg i udbrud af mavefejl
Seneste nyheder om infektionssygdomme I oldtiden havde selv de rige parasitter CDC advarer om stigning i rabies i forbindelse med flagermus E. Coli-udbrud i 6 stater fra emballerede salater Listeria-
