Undersøgelse beskriver den oprindelige baseline sunde tarmmikrobiomdatabase og overflodsprofil

En indledende baseline sund tarmmikrobiomdatabase og overflodsprofil er beskrevet i en undersøgelse offentliggjort den 11. september, 2019 i open-access journal PLOS ONE af Charles Hadley King fra George Washington University Medical Center, USA, og kolleger.

Stablet stregdiagram over fylogenetisk sammensætning af alle mikrobiometaxaer i denne undersøgelse kollapsede på phyla -niveau i fækale prøver. Grønne søjler repræsenterer Firmicutes og de blå repræsenterer Bacteroidetes, de to mest udbredte bakteriefamilier. Af æstetiske formål er prøverne (n =98, bund) blev sorteret efter deres sammensætning af Bacteroidetes og Firmicutes for at demonstrere, hvordan baseline -tarmmikrobiomresultaterne fra denne undersøgelse kunne bruges i forbindelse med resultater fra tidligere undersøgelser. Kredit:King et al, 2019

Selvom forskningsinteressen for tarmmikrobiomets betydning for den generelle sundhed fortsat vokser, der er i øjeblikket ingen omfattende tarmmikrobiom -referenceliste tilgængelig for forskere og patienter. I dette studie, King og kolleger begynder at katalogisere den organismeriske sammensætning af sunde menneskelige tarmmikrobiomer, og udviklede en prototype rapporteringsskabelon til klinikere til at videresende resultater til patienter.

For at kompilere deres database, forfatterne genetisk sekventerede 48 fækale prøver fra seksten raske deltagere rekrutteret fra George Washington University campus i Washington, D.C., ud over at bruge 50 fækale metagenomiske prøver downloadet fra Human Microbiome Project fra personer screenet som "sunde".

Efter at have analyseret alle prøvernes genomiske og metagenomiske sekvenser ved hjælp af en ny software-baseret arbejdsgang, King og kolleger udarbejdede en indledende database med bekræftede mikrober og deres relative mængde på tværs af alle prøver, GutFeelingKB, ved hjælp af NCBIs omfattende og offentligt tilgængelige genetiske oplysninger til at levere metadata om de beskrevne organismer.

GutFeelingKB beskriver 157 organismer (155 bakterier og to arkealiske organismer) på tværs af 60 forskellige slægter. Det største antal bakterier repræsenteret var Firmicutes (40 procent af alle organismer på listen), som igen bestod af 20 procent Clostridia, 19 procent Bakterioidia, 17 procent Bifidobacteriales, 14 procent Enterobacterales, og 14 procent Lactobacillales -bakterier - bakterieklasser, der også findes i yoghurt og andre probiotiske fødevarer. Forfatterne bemærker også, at 84 organismer var fælles for alle prøverne, muligvis angiver, at disse kan være kernearter for den menneskelige tarm.

Denne undersøgelse rekrutterede kun seksten deltagere, en lille prøve. Men mens yderligere undersøgelser fortsat kan identificere yderligere organismer, der findes i sunde tarm fra hele verden, GutFeelingKB er et vigtigt første skridt. Databasen kunne fungere som udgangspunkt for komparativ analyse af prøver og udvikling af fremtidige patientmikrobiombehandlinger.

Forfatterne tilføjer:

Vores mål er at kortlægge det sunde tarmmikrobiom, så vi og andre forskere kan bruge vores data til at udvikle sygdomsspecifikke forudsigelsesmodeller. "

• West Nile Virus -prøver fundet 10 miles fra hinanden kom fra forskellige steder,
• Unormale tarmbakterier forbundet med dårlig kognitiv præstation hos dyrlæger med PTSD og skrumpelever