Forskere udvikler værktøj, der fremskynder analyse og offentliggørelse af biomedicinske data

Forskere ved Icahn School of Medicine på Mount Sinai har udviklet et værktøj, der fremskynder analyse og offentliggørelse af biomedicinske data fra mange måneder eller år til blot minutter, transformere den måde, forskere kommunikerer resultaterne af deres undersøgelser på. Indtil nu, den primære metode til at dele biomedicinske forskningsdata har været gennem trykt publikation i videnskabelige tidsskrifter. Det nye værktøj, BioJupies, er afhængig af cloud -teknologier til at analysere og visualisere store datamængder, såsom den erhvervet ved genom -sekventering, som beskrevet i november 2018 -udgaven af Cellesystemer .

RNA -sekventering er den mest almindelige eksperimentelle metode, der bruges til at profilere celler i biomedicinsk forskning. I de seneste år, sekventeringsteknologi har revolutioneret den måde, forskere undersøger genetiske data på, og dette fremskridt spiller en afgørende rolle i opdagelse og udvikling af lægemidler. Traditionelt set RNA -sekventeringsanalyse kræver omfattende computerprogrammeringsevner og adgang til lokale højtydende computerfaciliteter, bremse hastigheden, hvormed biomedicinske data kan analyseres, delt, og udgivet.

Gennem oprettelsen af ​​BioJupies, brugere kan nu uploade og analysere deres RNA -sekventeringsdata på en brøkdel af tiden som tidligere gjort. Platformen anvender en cloud computing-pipeline, der reducerer omkostningerne ved RNA-sekventeringsdatabehandling til mindre end en cent pr. Prøve. BioJupies producerer også en komplet, open source, interaktiv rapport fra de behandlede data, der giver mulighed for 300, 000 offentligt tilgængelige RNA -sekventeringsdatasæt, der skal hentes, genanalyseret, og genbruges til at styrke biomedicinsk forskning.

"Da mængden af ​​genererede biomedicinske data fortsat stiger eksponentielt, så bør de værktøjer, der bruges til at analysere og dele dem, "sagde Avi Ma'ayan, Ph.d., Direktør for Mount Sinai Center for Bioinformatik, Professor, Institut for Farmakologiske Videnskaber, fakultet ved Icahn Institute for Data Science, og seniorforfatter af publikationen. "BioJupies fremskynder ikke kun måden, hvorpå vi analyserer og fortolker data, men det giver også en helt ny måde at dele resultater med det globale forskningssamfund. "

Da nye genomiske teknologier har muliggjort indsamling af enorme mængder biomedicinsk information, der kan udnyttes til præcisionsmedicinsk indsats, tilgængelighed, interoperabilitet, og genbrug af disse data er blevet afgørende for videnskabelig forskning. BioJupies baner vej for forskere uden beregningsmæssig baggrund til at udføre RNA -sekventeringsanalyse uden at skulle samarbejde med bioinformatikere, gør det muligt at blomstre flere medicinske og videnskabelige fremskridt i vores datarige verden.

• Forskere undersøger, om diæt med lavt glutenindhold kan anbefales til mennesker uden allergi
• Undersøgelse giver ny indsigt i norovirusudbrud,