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Studie:Die Sequenzierung des gesamten Genoms kann die Überwachung verbessern,

Kontrolle von Gastroenteritis Eine neue Studie zu einer der führenden Ursachen von Gastroenteritis in Großbritannien hat gezeigt, wie die Sequenzierung des gesamten Genoms die Überwachung und Kontrolle der Krankheit verbessern kann.

Clostridium perfringens Bakterien sind für schätzungsweise 80, 000 Fälle von Durchfall im Vereinigten Königreich jedes Jahr entweder durch Lebensmittelvergiftung oder durch nosokomialen Ursprungs, die nicht durch Lebensmittel übertragen wurden. Für die meisten, die Symptome sind unangenehm, verschwinden aber normalerweise innerhalb von 24 Stunden.

Jedoch, in sehr seltenen Fällen, C. perfringens Infektionen können sich zu schwereren Formen entwickeln. Für gefährdete Gruppen wie ältere Menschen, die in Pflegeheimen leben, eine länger anhaltende, schwächende chronische Infektion kann auftreten, die in seltenen Fällen tödlich sein kann.

Um dieses Problem zu bekämpfen, wir brauchen mehr Informationen darüber, wie sich diese Bakterien ausbreiten und Menschen infizieren. Forscher des Quadram-Instituts haben mit Public Health England zusammengearbeitet, um zu analysieren C. perfringens lebensmittelbedingte und nicht lebensmittelbedingte Ausbrüche über einen Zeitraum von 7 Jahren in England und Wales.

In Zusammenarbeit mit Kollegen der University of Cambridge, Sie haben die Sequenzierung des gesamten Genoms verwendet, um eine detaillierte Analyse der Bakterienstämme durchzuführen, die mit der Entstehung einer menschlichen Gastroenteritis in Verbindung stehen. 109 Proben von C. perfringens die zwischen 2011 und 2017 in England und Wales aus Krankheitsfällen oder Nahrungsmitteln isoliert wurden, die im Verdacht standen, Infektionen zu verursachen, wurden vollständig sequenziert.

Dies ermöglichte eine Analyse der vorhandenen Gene, die für die Toxinproduktion verantwortlich sind, sowie verwandte Merkmale, die eine Infektion begünstigen, wie antimikrobielle Resistenzen.

Wichtig, Die vergleichende Analyse der verschiedenen Genome lässt die Forscher erkennen, wie verwandt die verschiedenen Stämme sind, Dies ist eine wichtige Methode, um nachzuvollziehen, woher sie stammen könnten.

Die Mannschaft, Veröffentlichung in der Zeitschrift Mikrobielle Genomik , fanden heraus, dass neun verschiedene Ausbrüche im Zusammenhang mit Pflegeheimen im Nordosten Englands über einen Zeitraum von fünf Jahren durch sehr eng verwandte
Stämme von C . perfringens . Dies weist auf eine potenzielle gemeinsame Quelle hin, die sie verbindet, obwohl die genaue Quelle im Nachhinein nicht ermittelt werden kann.

Verwendung der Sequenzierung des gesamten Genoms für die Routineüberwachung, insbesondere an Orten wie Pflegeheimen, in denen schutzbedürftige Personen Schutz benötigen, könnte entscheidend sein, um eine zukünftige Ausbreitung des Ausbruchs zu verhindern und die Kontaminationsquellen schnell zu lokalisieren.

Neben der Überwachung auf Ausbrüche, Eine umfassendere Überwachung könnte wichtige Daten aus verschiedenen Quellen liefern, die den Forschern helfen werden, mehr über die Bakterien zu erfahren, wie sie überleben und warum sie Krankheiten verursachen.

„Dies ist eine spannende Studie, die die Stärke der Zusammenarbeit zwischen akademischen Einrichtungen wie dem Quadram Institute und öffentlichen Gesundheitsbehörden wie Public Health England unterstreicht. und wie innovative Ansätze verwendet werden können, um wichtige Bakterien im Zusammenhang mit Lebensmittelvergiftungen zu profilieren und zu verfolgen", sagte Dr. Lindsay Hall vom Quadram Institute.

„Wir hoffen, die generierten Informationen nutzen zu können, um potenzielle Stämme von . zu identifizieren Clostridium perfringens die mit Ausbrüchen verbunden sein können, damit wir in Zukunft Interventionsstrategien entwickeln können, um eine Ausbreitung zu verhindern."

Unterstützt wurden die Forscher durch Fördermittel des Forschungsrats für Biotechnologie und Biowissenschaften, der Wellcome Trust und die Food Standards Agency.

Die in dieser Studie gewonnenen Daten haben gezeigt, dass die Gene, die das Schlüsseltoxin kodieren, das für die Entstehung von Gastroenteritis verantwortlich ist, nicht auf das bakterielle Chromosom beschränkt sind, sondern auch auf Virulenzplasmiden übertragen werden können, die um Bakterien herum übertragen werden können.

Weitere Daten werden mehr Erkenntnisse über die Verbreitung der Virulenzfaktoren liefern und helfen, Reservoirs persistenter Bakterien zu identifizieren. Dies wird dazu beitragen, Interventionsstrategien und Möglichkeiten zur Prävention von Ausbrüchen und Infektionen zu verbessern und letztendlich gefährdete Gemeinschaften zu schützen.