Entsyymien esikäsittely antaa erittäin tarkan kuvan ihon bakteereista

Tavoitteenamme on oppia erilaisten ihobakteerien rooli tällaisissa sairauksissa. "

Martin Köberle, Dermatoinfectology Laboratorion johtaja, Klinikum Rechts der Isar, Münchenin teknillinen yliopisto (TUM)

Ihotautilääkäreiden aiemmat yritykset tutkia mikrobiomin yksityiskohtaista koostumusta ovat osuneet esteisiin. Syy:Perinteisissä viljelmissä, joita kasvatettiin agarlevyillä, kaikki bakteerit eivät kukoista ja lisääntyvät yhtä hyvin. Tuloksena, Jotkut hitaasti kasvavat lajit voidaan jättää kokonaan huomiotta. Uusimpien geneettisten analyysimenetelmien haittana on, että suuria määriä DNA -sekvenssejä ihosoluista ja kuolleiden bakteerien palasista otetaan talteen. Tämä vähentää tulosten informaatioarvoa.

Geneettisen vehnän erottaminen akanoista

Köberle ja biologi tohtori Yacine Amar, molemmat kuuluvat professori Biedermannin tiimiin TUM:n ihotautien ja allergologian klinikalla ja poliklinikalla, ovat kehittäneet menetelmän muiden kuin kohdelajien DNA:n poistamiseksi yhteistyössä kansainvälisen tieteidenvälinen tiimi. He käyttivät bentsonaasientsyymin erityisominaisuutta. Se tuhoaa nukleotidiketjut, jotka kuljettavat perinnöllistä tietoa kaikissa elävissä olennoissa, hajottamalla ne lyhyiksi palasiksi. Vain elävät bakteerit, joiden DNA:ta suojaa ulompi soluseinä, pääsevät tuhoamaan entsyymin.

Bentsonaasia on käytetty jonkin aikaa, esimerkiksi proteiinien puhdistamiseksi:Entsyymit hajottavat kaikki vieraat DNA- ja RNA -fragmentit. Ne voidaan sitten poistaa sentrifugissa, jättäen proteiinit taakse. Ihon bakteerien valinta perustuu samaan periaatteeseen:Entsyymi hajottaa ihosoluista tai kuolleista bakteereista peräisin olevan geneettisen materiaalin ja voidaan sitten erottaa näytteestä. Loput bakteerit voidaan tuhota mekaanisesti, jotta he voivat tutkia DNA:taan.

"Kokeemme osoittivat, että tällä menetelmällä, voimme todella poistaa täysin ei-kohde-DNA:n ja valita ihon mikrobiomin, "sanoo projektin johtaja Yacine Amar. Laboratoriossa hän tutki aluksi keinotekoisia näytteitä, jotka sisälsivät ihmissolujen ja kuolleiden ja elävien bakteerien seoksen, joka oli luotu tiukalla protokollalla ja esikäsitelty bentsonaasilla." Silloin käytetty prosessi-joka tunnetaan nimellä 16S-sekvensointi-tuotti erittäin tarkka kuva koskemattomien bakteerien koostumuksesta, "sanoo tutkija. Oikeiden ihopyyhkeiden analyysi oli yhtä onnistunut:näytteistä ei löytynyt kuolleiden bakteerien jäännös -DNA:ta.

Tohtori Köberle on vakuuttunut siitä, että tällä lähestymistavalla on myös keskeinen rooli tulevassa tutkimuksessa:"Entsyymipohjainen elävien ihobakteerien valikoima voi auttaa meitä löytämään mikrobiomarkkerit tietyille ihosairauksille ja myös tunnistamaan bakteerit, joilla on positiivinen vaikutus taudin kulusta. Ehkä niitä käytetään hoitona jonain päivänä. " Uutta mikrobiomi -analyysimenetelmää käytetään jo monissa ihosairauksia koskevissa kohorttitutkimuksissa TUM -klinikalla ja dermatologian poliklinikalla.

• UC San Diegon jäteveden valvontajärjestelmä mahdollistaa useimpien COVID-19-tapausten varhaisen havaitsemisen
• Sinai-vuori myönsi yli 4 miljoonaa dollaria anaalisyövän seulonnan arvioimiseksi korkean riskin naisilla