Tutkimus kuvaa alkuperäisen perustason terveen suoliston mikrobiomitietokannan ja runsausprofiilin

Alkuperäinen terve suoliston mikrobiomitietokanta ja runsausprofiili kuvataan 11. syyskuuta julkaistussa tutkimuksessa, 2019 avoimessa PLOS ONE -lehdessä, jonka kirjoitti Charles Hadley King George Washingtonin yliopiston lääketieteellisestä keskuksesta, Yhdysvallat, ja kollegoille.

Tässä tutkimuksessa kaikkien mikrobiomitaksonien filogeenisen koostumuksen pinottu pylväskaavio romahti fyla -tasolla ulostenäytteissä. Vihreät palkit edustavat Firmicutesia ja siniset Bacteroidetes, kaksi runsainta bakteeriperhettä. Esteettisistä syistä näytteet (n =98, pohja) lajiteltiin Bacteroidetes- ja Firmicutes -koostumuksen mukaan sen osoittamiseksi, kuinka tämän tutkimuksen suoliston mikrobiomituloksia voitaisiin käyttää yhdessä aiempien tutkimusten tulosten kanssa. Luotto:King et ai. 2019

Vaikka tutkimuksen kiinnostus ihmisen suoliston mikrobiomin merkityksestä yleiseen terveyteen kasvaa edelleen, tällä hetkellä tutkijoiden ja potilaiden saatavilla ei ole kattavaa suolen mikrobiomiviittausluetteloa. Tässä tutkimuksessa King ja kollegat alkavat luetteloida ihmisten terveiden suoliston mikrobiomien organismin rakennetta, ja kehitti prototyyppisen raportointimallin lääkäreille tulosten välittämiseksi potilaille.

Tietokannan kokoamiseksi kirjoittajat geneettisesti sekvensoivat 48 ulosteenäytettä 16 terveeltä osallistujalta, jotka oli rekrytoitu George Washingtonin yliopiston kampuksella Washingtonissa, DC., Sen lisäksi, että käytettiin 50 ulosteen metagenominäytettä, jotka oli ladattu Human Microbiome -projektista "terveiltä" seulotuilta henkilöiltä.

Kun olet analysoinut kaikkien näytteiden genomiset ja metagenomiset sekvenssit käyttämällä uutta ohjelmistopohjaista työnkulkua, King ja hänen kollegansa laativat alustavan tietokannan vahvistetuista mikrobeista ja niiden suhteellisesta runsaudesta kaikissa näytteissä, GutFeelingKB, käyttämällä NCBI:n kattavaa ja julkisesti saatavilla olevaa geneettistä tietoa kuvattujen organismien metatietojen toimittamiseen.

GutFeelingKB kuvaa 157 organismia (155 bakteeria ja kaksi arkeologista organismia) 60 eri suvussa. Suurin edustettu bakteeriryhmä oli Firmicutes (40 prosenttia kaikista luettelossa olevista organismeista), joka puolestaan ​​koostui 20 prosentista klostridioista, 19 prosenttia Bacterioidia, 17 prosenttia Bifidobacteriales, 14 prosenttia enterobakteereista, ja 14 prosenttia Lactobacillales -bakteereja - bakteeriluokkia löytyy myös jogurtista ja muista probioottisista elintarvikkeista. Kirjoittajat huomauttavat myös, että 84 organismia oli yhteistä kaikille näytteille, mahdollisesti osoittaa, että nämä voivat olla ihmisen suoliston ydinlajeja.

Tähän tutkimukseen osallistui vain kuusitoista osallistujaa, pieni näyte. Mutta vaikka lisätutkimukset saattavat edelleen tunnistaa muita organismeja, joita esiintyy terveissä suolistossa ympäri maailmaa, GutFeelingKB on tärkeä ensimmäinen askel. Tietokanta voisi toimia lähtökohtana näytteiden vertailevalle analyysille ja tulevien potilaiden mikrobiomihoitojen kehittämiselle.

Kirjoittajat lisäävät:

Tavoitteenamme on kartoittaa suoliston terve mikrobiomi niin, että me ja muut tutkijat voimme käyttää tietojamme sairausspesifisten ennustusmallien kehittämiseen. "

• 10 mailin päässä toisistaan ​​löydetyt Länsi -Niilin viruksenäytteet tulivat eri paikoista,
• Epänormaalit suolistobakteerit, jotka liittyvät huonoon kognitiiviseen suorituskykyyn eläinlääkärillä, jolla on PTSD ja kirroosi