La détection du SRAS-CoV-2 est associée à la prévalence de l'ARN viral chez les patients et l'environnement hospitalier

En regardant ce qui se passait dans le monde au début de 2020, Les chercheurs de la faculté de médecine de l'Université de Californie à San Diego savaient que leur région serait probablement bientôt frappée par une vague de patients atteints de COVID-19, l'infection causée par le coronavirus SARS-CoV-2. Ils se sont demandé comment le virus persiste sur les surfaces, notamment dans les hôpitaux, et ils savaient qu'ils n'avaient qu'une petite fenêtre de temps pour commencer s'ils voulaient capturer un instantané de la situation « avant » ; avant l'admission des patients infectés.

Après un appel tard un dimanche soir, une équipe réunie dans le hall de l'hôpital le lendemain, prêt à tamponner.

Dans l'étude qui en résulte, décrit le 8 juin 2021 en Microbiome , les chercheurs ont déjà nettoyé les surfaces des chambres des patients, pendant et après l'occupation, et prélevé à plusieurs reprises des échantillons de peau, nez et selles des patients COVID-19 et de leurs agents de santé au fil du temps. Au total, ils ont testé 972 échantillons hospitaliers à la recherche de traces de SRAS-CoV-2 sur deux mois.

Bien que nous ayons l'impression de vivre avec ce virus depuis longtemps, l'étude des interactions entre le SARS-CoV-2 et d'autres microbes est encore nouvelle, et nous avons encore beaucoup de questions. Plus nous en savons sur la façon dont un virus interagit avec son environnement, mieux nous pourrons comprendre comment elle se transmet et comment nous pourrions au mieux perturber la transmission pour prévenir et traiter la maladie. »

Sarah Allard, Doctorat, co-auteur principal, assistant scientifique de projet à la faculté de médecine de l'UC San Diego et à la Scripps Institution of Oceanography

Leurs découvertes :Le virus, ou du moins sa signature génétique, abonde. L'équipe a détecté le virus sur les étages à côté des lits de patients atteints de COVID-19 (39% des échantillons testés), les sols à l'extérieur des chambres des patients (29 %) et les surfaces à l'intérieur des chambres (16 %). La détection du SRAS-CoV-2 avait tendance à être la plus élevée au cours des cinq premiers jours après l'apparition des symptômes d'un patient.

Les chercheurs s'empressent de souligner que, simplement parce qu'ils peuvent détecter les signatures génétiques uniques du virus sur une surface, cela ne signifie pas que le virus est capable d'infecter les gens. Depuis qu'ils ont commencé l'étude, il a été bien documenté que le SRAS-CoV-2 se propage principalement par le biais d'interactions humaines étroites, tandis que la transmission de surface est probablement très rare. Quoi de plus, aucun des agents de santé qui s'occupent activement des patients de l'étude n'a été testé positif au virus. L'étude a porté sur un hôpital, mais les chercheurs s'attendent à trouver des résultats similaires dans tout hôpital traitant des patients atteints de COVID-19.

"C'est énorme à tant de niveaux, " a déclaré le co-auteur principal Daniel Sweeney, MARYLAND, médecin des soins intensifs et des maladies infectieuses à UC San Diego Health. « Nous devons savoir si nos équipements de protection individuelle, EPI, est adéquat, et heureusement nous savons maintenant que des choses comme les masques, des gants, les blouses et les écrans faciaux fonctionnent vraiment. Cette pandémie a été une catastrophe mondiale, mais cela aurait pu être encore pire si nos travailleurs de la santé avaient été infectés, surtout si nous ne savions pas pourquoi."

Les virus ne traînent généralement pas seuls. Que ce soit sur des personnes ou des surfaces, ils font partie de communautés complexes appelées microbiomes, qui peut inclure une variété d'autres virus, bactéries et microbes supplémentaires. À la recherche du coronavirus, l'équipe a découvert autre chose :un type particulier de bactéries du genre Rothia a été trouvé aux côtés du SARS-CoV-2 le plus souvent, quel que soit le site de collecte. En d'autres termes, la présence de Rothia prédisait fortement qu'ils détecteraient également le SARS-CoV-2 dans le même échantillon.

« Pourquoi cette relation ? demanda Allard. "Est-ce que la bactérie aide le virus à survivre, ou vice versa? Ou est-ce simplement que ces bactéries sont associées aux conditions médicales sous-jacentes qui exposent les patients à un risque plus élevé de COVID-19 sévère en premier lieu ? C'est un domaine de recherche future."

L'étude était un défi dès le début, et est devenu plus difficile à mesure que l'unité de soins intensifs de l'hôpital a commencé à accueillir plus de patients atteints de COVID-19. L'équipe a spécifiquement conçu son approche pour tirer parti des ressources existantes afin de ne pas stresser la chaîne d'approvisionnement nécessaire aux soins et aux tests cliniques. Dans un effort séparé, certains membres de l'équipe et leurs collègues ont développé des écouvillons alternatifs à des fins de recherche. Ils ont collecté des échantillons aussi rapidement et efficacement que possible afin de minimiser les perturbations des soins aux patients. Les échantillons ont été ramenés au laboratoire dans de l'alcool, préserver le virus pour analyse mais ne pas exposer les chercheurs à des organismes actifs.

"Beaucoup de gens ont fait beaucoup de recherche fondamentale et clinique ces derniers mois, et nous l'avons bien fait, " Sweeney a déclaré. "Nous avons ajouté à notre infrastructure. Nous avons acquis l'expérience. J'espère que le même genre de concentration, le dynamisme et l'esprit continuent dans tout ce qui vient ensuite."

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