Les scores de risque polygénique provenant de données multi-populations pourraient améliorer les prédictions des MII

En utilisant les données génétiques de près de 30, 000 personnes, Les chercheurs du mont Sinaï ont construit des scores de risque à partir d'une combinaison d'ensembles de données représentant des populations ancestrales distinctes qui améliorent la prédiction du risque de maladies inflammatoires de l'intestin (MICI), y compris la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse. L'étude a été publiée dans Gastroentérologie le 24 décembre.

Les chercheurs ont découvert que les scores de risque polygénique, construit à l'aide de données d'association de plusieurs populations dans la biobanque multiethnique BioMe du mont Sinaï, des prédictions maximisées de MII pour chaque population de la biobanque. BioMe est un effort à l'échelle du système au mont Sinaï qui révolutionne le diagnostic et la classification des maladies en fonction du profil moléculaire du patient.

L'étude a montré que les scores de risque calculés à partir de l'intégration des données amélioraient considérablement les prédictions chez les personnes atteintes d'Européen, Juif ashkénaze, et ascendance hispanique dans BioMe, ainsi que des individus européens dans la biobanque britannique, qui contient des données biologiques et médicales sur un demi-million de personnes âgées de 40 à 69 ans vivant au Royaume-Uni. Le pouvoir prédictif était plus faible pour les patients d'ascendance africaine, probablement en raison d'ensembles de données de référence considérablement plus petits et d'une diversité génétique considérablement plus grande au sein des populations d'ascendance africaine.

La capacité de prédire avec précision le risque de maladie génétique chez les individus de toutes les ascendances est une voie critique qui peut affecter positivement les résultats pour les patients, à mesure que des interventions précoces et même des mesures préventives sont envisagées et développées. Ces résultats soutiennent le besoin d'une plus grande diversité génétique, y compris plus de données sur les populations afro-américaines, pour améliorer les prévisions de risque de maladie et réduire les disparités en matière de santé pour toutes les populations. »

Judy H. Cho, MARYLAND, Auteur principal d'Atudy, Doyen de la génétique translationnelle et directeur de l'Institut Charles Bronfman pour la médecine personnalisée, École de médecine Icahn, Mont Sinaï

Ces scores de risque polygénique - représentant une estimation du risque global basée sur la somme des nombreux, la plupart du temps commun, variantes génétiques - ont été calculées à l'aide des données d'association IBD de cohortes avec des Afro-américain, et les origines juives ashkénazes.

En outre, les chercheurs ont évalué des variantes rares dans les gènes associés à une MII d'apparition très précoce au sein de chaque population et ont découvert que les porteurs afro-américains de variantes LRBA peu courantes présentaient une expression réduite des deux protéines LRBA et CTLA-4. Le déficit en LRBA augmente la susceptibilité aux MICI et entraîne une expression plus faible de CTLA-4, qui peut être inversé avec le médicament antipaludique couramment prescrit, la chloroquine. Les futures études du laboratoire Cho se concentreront sur la prédiction des sous-ensembles de patients qui pourraient bénéficier du ciblage de cette voie.

"Étant donné qu'une expression LRBA et CTLA-4 réduite peut conduire à une MII, il est encourageant que la chloroquine soit capable de récupérer partiellement l'expression, " déclare le premier auteur de l'étude, Kyle Gettler, Doctorat, stagiaire postdoctoral au Département de génétique et de sciences génomiques de l'École de médecine Icahn du Mont Sinaï.

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