PLoS ONE: polimorfizmi i haplotipa u heparanaze Gene udruga s napredovanjem i prognozi rak želuca u sjevernoj kineskoj Population

Sažetak pregled

Pozadina pregled

Ljudski heparanaze igra važnu ulogu u razvoju raka i u jednom nukleotidu gena (SNP), u heparanazom gena (HPSE) pokazano je da se usporede s raka želuca. Ova studija ispituje povezanost između pojedinih SNP-ova ili haplotipova u HPSE i podložnost, kliničkopatološkim parametara i prognozi raka želuca u velikom uzorku Han stanovništva u sjevernoj Kini. Pregled

Metodologija /glavne nalaze pregled

Genomska DNA bila je ekstrahirana iz formalinom fiksiranih, u parafin uklopljenih uobičajenim uzorcima želučane tkiva od 404 pacijenata, a iz krvi od 404 zdravih kontrola. Šest SNP genotipizirane matrica uz pomoć laserske desorpcije /ionizacije vremenska masena spektroskopija. Hi-kvadrat (χ2 test) i bezuvjetna logistička regresija su korišteni za analizu rizika od raka želuca; log-rank test i Cox proporcionalnih rizika modela korišteni su za izradu analize preživljavanja i Kaplan-Meier postupak se koristi za mapiranje krivulje preživljavanja. Srednje genotipiziranje uspjeh stope su više od 99% u obje skupine. Haplotip CA u blok koji se sastoji od rs11099592 i rs4693608 imao veću raspodjelu u skupini Borrmann tipova 3 i 4 (P = 0,037), skupina većeg broja metastaza u limfnim čvorovima (N3 vs N0 skupina, P = 0,046), a osim toga je u vezu sa slabom opstanak (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0.421-0.989, P = 0.044). Osim toga, genotipovi rs4693608 AA i rs4364254 TT su bili povezani s lošim preživljavanje (P = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1,042-2,238 za rs4693608 AA; p = 0.013, HR = 1,546, 95% CI: 1.096-2.181 za rs4364254 TT). Nije bilo korelacije između pojedinih SNP-ova ili haplotipova i želuca rizik od raka. Pregled

Zaključci /Značaj pregled

Funkcionalni haplotip u HPSE pronađen, koji je uključivao važne SNP rs4693608. SNP u HPSE igraju važnu ulogu u želučanom progresiju raka i opstanak, a možda može biti molekularni marker za prognozu i terapiju vrijednosti pregled

Izvor:. Li AL, Song YX, Wang ZN, Gao P, Miao Y, Zhu JL, i sur. (2012) polimorfizmi i haplotipa u heparanaze Gene udruga s napredovanjem i prognozi rak želuca u sjevernoj kineskoj populaciji. PLoS ONE 7 (1): e30277. doi: 10,1371 /journal.pone.0030277 pregled

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan pregled

Primljeno: 13. listopada 2011. godine; Prihvaćeno: 12. prosinca 2011; Objavljeno: 20 siječanj 2012 pregled

Copyright: © 2012 Li i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ovo djelo je podržan od strane Nacionalne zaklade za znanost u Kini (br 30972879 i broj 81172370), specijalizirani istraživački fond za doktorski program visokog obrazovanja (br 200801590006) i Zaklade prirodoslovni Liaoning provincije (br 20092129). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je četvrti najčešći oblik raka u svijetu i drugi vodeći uzrok smrtnosti od raka [1]. Unatoč napretku u dijagnostici i liječenju, prognoza za pacijente s uznapredovalim rakom želuca ostaje tuga [2]. Nadalje, rak želuca je bolest interakcija gena okoliša i genetskim faktorima ima važnu ulogu u nastanku tumora i progresiju [3]. Stoga, otkriće i primjena biomarkera uključene s tradicionalnim dijagnoze raka, odmorišta i prognozi može se smatrati najbolja opcija za kontrolu ovaj život opasnu bolest. [4] pregled

polimorfizama (SNP-ova) su mislili da biti atraktivne biomarkera u procjeni raka rizika, screening, odmorišta, ili sortiranju [5]. Također, ljudski genom se sastoji od niza 'haplotipu blokova', koji su nonrandom udruge alela zbog povezivanja neravnoteže (LD), a moguće je iskoristiti ogromnu količinu informacija s obzirom na ove haplotip blokovi [6], [7 ]. Iako primjena pojedinog SNP analiza je do sada ograničena, istraživanje udruge haplotip se temelji predloženo je kao snažan i sveobuhvatan pristup za identifikaciju uzročnu genetske varijacije temeljne složene bolesti [8], [9]. Pregled

heparanaze je jedina poznata enzim kod sisavaca koja se raspada heparan sulfat (HS) proteoglikana u podrumskim membrane i ekstracelularnog matriksa [10]. To dovodi do rastavljanja izvanstaničnog barijere, oslobađanje HS-vezanih bioaktivnih faktora i proizvodnje HS fragmenata koje promiču faktor rasta veže na receptor i signalizacije [11], [12]. Heparanaze jako povezana sa progresijom raka i metastaza, uključujući i stanično preživljavanje, invazije, proliferacije neovaskularizacije i stvaranja mikro okolinu za rast-popustljiv [13], [14] a ima i prognostičke i terapijske primjene [15]. Gen heparanaze (HPSE), prva klonirana 1999. godine, nalazi se na kromosomu 4q21.3 [16]. Bilo je nekoliko studija o SNP u genu HPSE. Molekularni Epidemiološke studije su pokazale distribucije razlike u SNP-u HPSE u različitim izraelskim židovske populacije [17]. Udruge za tumor osjetljivosti također su pokazali, uključujući i hematoloških malignih bolesti i raka želuca, ali rezultati nisu pripadnim [18] - [20]. Osim toga, Shirley Ralphand [21] je pokazala HPSE haplotip je povezana s fazama raka jajnika i Yue i sur. [20] su pokazali SNP-ovi su korelaciji s kliničkopatološkim parametara i stopa preživljavanja. Naime, studija je pokazala da SNP u HPSE su povezane s razinama heparanaze ekspresije i čini osnovu za daljnje studije o povezanosti SNP i bolesti [22]. Međutim, ove studije udruga bili ograničeni samo na malim uzorcima. Pregled

Nedavno Hennig G [23] i Horn H [24] uočene visoke stope genotipiziranje detekcije (93,5% i 94-97%) i savršena podudarnost stopa 100% s DNA iz normalnih formalinom fiksna, parafin-ugrađen tkiva (FFPETs) u odnosu na zametne linije DNA pomoću matrice uz pomoć laserske desorpcije /ionizacije vremenska masena spektroskopija (MALDI-TOF MS). Osim toga, druga izvješća je također pokazao visoku stopu genotipizacija otkrivanje i savršenu brzinu sukladna je s FFPET-izvedeni DNA, uključujući višedesetljetne blokova u odnosu na krv iz istog pojedinca, koristeći druge metode, čak i na genoma širom genotipa [25] - [28]. Utvrđeno je da je FFPET-izvedeni DNA, koja je dovoljna za genetske analize polimorfizma. U ovom istraživanju koristili smo veliku zbirku FFPET izvedenih DNA uzorke iz pacijenata i krvi DNA dobivene iz stanica kontrola u MALDI-TOF MS metode za genotip i proučiti potencijalne asocijacije između šest SNP (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 , rs4693608 i rs4328905) ili haplotipovi u HPSE i tumora osjetljivosti, kliničkopatološkim parametara, i preživljavanje raka želuca s velikom uzorku Han stanovništva u sjevernoj Kini. Kao rezultat toga, pronađeni su pojedini SNP i haplotip pokazati povezanost s napredovanjem i prognozi raka želuca. Pregled

Rezultati

Subject karakteristike

Prosječna dob ispitanika bila je 56,67 ± 11,923 y, a postotak muškaraca bila je 70,54% u slučaju grupe. Prosječna dob kontrolne skupine bila je 56,91 ± 11,477 y, a postotak muškaraca bila je 70,54%. Nema distribucija razlika u spolu i dobi između bolesnika i kontrolne skupine (p = 1,00 za oba spola i dobi). Od 404 bolesnika, stadij I slučajeva raka želuca iznosio 21,0% (85/404), stage II slučajeva raka želuca iznosio 26,5% (107/404) i faze III slučajeva raka želuca iznosio 52,5% (212/404) ( Tablica 1). pregled

genotipizacija stope uspjeha pregled

Mi smo koristili MassArray Typer analizator softver 4.0.4.20 za automatsku obradu spektara i identifikaciju genotipa. Reprezentativni MALDI-TOF-MS profili svakog genotipa šest SNP u HPSE su prikazani na slici S1. Svi SNP-ovi su polimorfni uz manje frekvencije alela > 10% i genotip distribucije bile sve u dogovoru s Hardy-Weinberg ravnoteže (podaci nisu prikazani). Visoka stopa uspjeha, u rasponu između 96.29% i 100% (srednja vrijednost: 99,09%) u skupini FFPETs te između 99.50% i 100% (srednja vrijednost: 99.79%) u kontrolnoj skupini, pokazali su (tablica S1) pregled

Udruge između pojedinih SNP-ova i kliničkopatološkim parametara i opstanak pregled

alela frekvencije i genotipske frekvencije u šest SNP-ova nisu bile značajno različite između bolesnika i kontrolne skupine (p > 0,05 i p > 0,05 nakon permutacije test za alelskih frekvencija; p >0.05 i p > 0,05 nakon što se uzme u spolu i dobi za genotipske frekvencije;. Tablice S2 i S3) pregled

SNP-ovi su ocijenjeni za udruge s kliničkopatološkim parametrima. rs4364254 genotipova bile su povezane s histoloških ocjenama (P = 0,002 Tablica S4), genotip TT je korelaciji s diferencijacije i stanica u usporedbi s genotipom TC /CC (OR = 0,482; 95% CI: 0,300 do 0,774). Ostali SNP imali značajne korelacije za kliničkopatološkim parametrima. Pregled

U univarijantne analizi, pacijenti koji nose rs4693608 AA genotip imao slabu preživljavanje raka specifične želuca u usporedbi s bolesnicima s AG + GG genotipa (P = 0,049, HR = 1,387 , 95% CI: 1,001-1,923, Tablica 2, Slika 1 i Slika S2). U multivarijatne analize, rs4693608 AA genotipa i rs4364254 TT genotip oboje imali slabu želučanu preživljavanje raka-specifične (P = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1,042-2,238 za rs4693608, p = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1,096-2,181 za rs4364254, tablica 2). Također, tip Borrmann (P < 0.001), kategorija Pt (P < 0.001), kategorija pN (P < 0.001), i enzim imunoanaliza (P < 0.001) su značajno korelira s preživljavanjem u univarijatne analize. Vrsta Borrmann (P = 0,021), PT kategorije (P < 0,001), a kategorija Pn (P < 0,001) ostao je značajno korelira s preživljavanjem u multivarijatne analize (tablica 2) pregled

Prisutnost haplotipa vezane za kliničko. karakteristike i opstanak pregled

Tu su dva dva markera haplotipom blokovi izgrađeni između šest SNP-ova u našim rezultatima (Slika 2). Blok 1 se sastoji od rs4693602 i rs6856901 i sadržavao je tri zajedničke haplotipova (frekvencijski raspon: 0.025-0.850), što predstavlja oko 99,9% ispitanika; blok 2 je bio sastavljen od rs11099592 i rs4693608 i također je sadržavao tri uobičajene haplotipova (raspon frekvencija: 0.091-0.798), što predstavlja oko 99,9% ispitanika. Svih šest zajedničke haplotipovi imao povezanost s rizikom od nastanka karcinoma želuca (P > 0,05 i P > 0,05 nakon testa permutacije Tablica S5). Pregled

povezanosti haplotipova u HPSE i rak želuca kliničko značajke u vrijeme postavljanja dijagnoze bila vrednovati. Haplotip CA u bloku 2 imao veću raspodjelu u skupini Borrmann tipa 3 i 4 u odnosu na TG + CG haplotipova (P = 0.037, Tablica 3). distribucija haplotipova uočene su razlike u kategoriji Pn (P = 0,045 Tablica 3), CA je imala veću raspodjelu u N3 skupini nego N0 skupine u odnosu na CG (OR = 1.837,95% CI: 1.010-3.341, P = 0,046 ), ali nije bilo značajne distribucije razlike između N2 i N0 skupina i između N1 i N0 (p = 0,671 odnosno p = 0,496, respektivno). pregled

haplotipovi bloka 2 ukazuje na značajnu razliku u tumor se odnose na opstanak. Pacijenti koji nose CA haplotip je imao slabu preživljavanje raka specifične želuca (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0,421 - 0,989, P = 0,044; Tablica 4) pregled

Rasprava pregled Kao što znamo, FFPET izveden iz DNA ima niži ekstrakcije učinkovitosti i kvalitete (fragmentirane DNA) zbog djelomičnog nukleinske kiseline umreživanja i degradaciju od krvi dobivene DNA. No u arhivi FFPETs daju neprocjenjiv izvor za molekularno genetička istraživanja s nekoliko prednosti, kao što su (i) jedina vrsta uzoraka dostupnih za pojedince koji ne mogu na drugi način dati uzorak DNK, (ii) izvrstan resurs za velike retrospektiva biomarkera studija, ( iii) velik broj uzoraka u konjunkciji s dugoročnim kliničkim follow-up podataka, (iv) vrijedan resurs s dijagnozom i histološkom identifikacije, (v) na raspolaganju sredstva iz patologije arhiva. Nedavno, FFPET-Izolirana DNK je izvijestila da biti adekvatna za genotipa, te je omogućio biomarkera i funkcionalne genomike studija [23] -. [29] pregled

MALDI-TOF MS metoda, nudeći otprilike 100% točnost za SNP genotipa, trenutno smatra kao zlatni standard [29], [30]. Genotipizacija FFPET-izvedene DNA MALDI-TOF MS je dokazano da su pouzdani i izvodljiv. Ranije izvješća pokazala su da nema alela frekvencija razlike između FFPET DNA koja potječe iz te krvi dobivene DNA iz istog pojedinca kroz nekoliko postupaka, uključujući MALDI-TOF MS [24] - [26], [28]. Naši napori su pokazali visoke stope uspjeha u rasponu između 96.29% i 100% (srednja vrijednost: 99,09%), koji su u skladu s prethodnim prijavljenih podataka [23], [24], [29] pregled

SNP su stabilno naslijedio. , vrlo obilne i pokazati raznolikost unutar i između populacija, koje se smatra da su atraktivne biomarkeri. Međutim, primjena pojedinih SNP je ograničena jer su niske pojavnosti i njihovi učinci su relativno teško identificirati [5], [31]. Dakle, važnost haplotipa informacija raste povezati DNA varijacije sekvence s bolesti [32]. Članci su izvijestili da je funkcionalna SNP u HPSE bili povezani s heparanaze ekspresije razlike, a heparanaze je pokazala da biti usko uključeni u patološki proces, napredovanju i ishod bolesti [10], [22]. Kako uključiti SNP-ova, međutim, u studiju oko želuca predispozicije raka i prognozu i kako odrediti pravi udruge su i dalje izazovne zadatke. Pregled

Nije bilo pojedinačnih SNP-ova u korelaciji s želučane rizik od raka u našim rezultatima. Udruge između četiri pojedinačne SNP (rs4328905, rs4693608, rs11099592 i rs6856901) i želučanog rizik od raka sa 155 pacijenata i 204 kontrola koje su prijavili Yue i sur. [20] bili su u skladu s našim rezultatima. Nadalje, svih šest zajedničke haplotipovi nisu imali značajne razlike u riziku od raka želuca. Ovaj dosljednost pokazao SNP u HPSE imali korelaciju s incidencijom karcinoma želuca u etnički Han sjeverna kineska, a ne samo iz perspektive pojedinih SNP-ova, ali i iz perspektive haplotipova. Pregled

U ovoj studiji, genotip rs4364254 TT je korelaciji s diferencijacije i stanica. Osim toga, Ostrovsky et al. [22] naći osobe s genotipom TT posjeduje relativno visoke razine mRNA (p = 0,0029). Međutim, došlo je do suprotstavljenih rezultati prikazani kao da se povezanost između heparanazom izražavanja i histološke diferencijacije. Endo K et al. [33] su otkrili da histološka diferencijacija je gore u heparanazom mRNA-pozitivne želučanog tkiva raka (p < 0.01). Chen JQ i sur. [34] je utvrdio da histološki diferencijacija nije bila povezana s heparanazom mRNA ekspresije kod raka želuca (P = 1,000). Takaomi Ohkawa et al. [35] su pokazali da heparanaze je detektirana kao jači u dobro diferenciranih stanica (P = 0.0277), što je otkriće koje consistents s našim rezultatima. Dakle, heparanaze mogli biti uključeni u staničnu diferencijaciju, ali mehanizmi nisu jasni trenutno pregled

U univarijantne analizi, pacijenti koji nose rs4693608 AA genotipa imali lošije preživljenje (P = 0,049). u multivarijatne analize, rs4693608 AA i rs4364254 TT oboje su značajno korelira sa slabom preživljavanja (P = 0,030 za rs4693608 AA i P = 0,013 za rs4364254 TT). Možda, nepostojanje konsenzusa u univarijantne i multivarijatne analize je zbog slabog učinka pojedinog SNP-a, ali kada pojedinac SNP smatralo, zajedno s drugim SNP, vrsti Borrmann, kategorija PT, i kategoriji PN u multivarijatne analize, ostvarila je utjecaj na prognozu. Postoji mnoštvo dokaza koji sugeriraju da genetski faktori pridonose procesu bolesti u zajedničkim složeno svojstvo bolesti, ali učinak jedne varijante vjerojatno je mala [36]. Osim toga, Ostrovsky et al. [37] daje prvi dokaz o povezanosti između funkcionalnih SNP-a rs4693608 i rs4364254 i rizik od akutne graft-versus-host bolesti (GVHD) razvoja, a rs4693608 je najvažnije. Njihovi rezultati su bili skladu s našim. Osim toga, Ostrovsky et al. [22] izvijestiti rs4364254 TT genotip i rs4693608 AA genotipa su korelaciji s relativno visokoj razini mRNA (P = 0,0029 i 0,004, respektivno), što bi moglo djelomično objasniti lošiju prognozu u bolesnika s rs4693608 AA ili rs4364254 TT u ovom istraživanju , Ova zapažanja su biološki moguć, jer prekomjerna ekspresija HPSE usko je povezana s većom invazivnosti želučane raka [38] - [40]. Ovi rezultati pokazuju našu pretpostavku da SNP-ovi su uključeni u regulaciju heparanazom izražavanja, čime utječu invazije sposobnost i opstanak u rak želuca. Pregled

Iako niti genotip rs11099592 CC, niti rs4693608 AA pokazao statističku razliku u vrsti Borrmann, haplotip CA sastavljen s njima učinio pokazuju značajnu razliku. Haplotip CA imali veću raspodjelu u skupini Borrmann tipova 3 i 4 (P = 0,037). Možda bolesnika s haplotipom CA bili su više vjerojatno da će razviti lošiju opću vrstu. Osim toga, haplotip CA imao veću raspodjelu u N3 (p = 0.046, u usporedbi s N0 skupini). Međutim, nije bilo značajnih distribucije razlike između N2 i N0 grupe i između N1 i N0 skupina. Možda postoji povezanost između haplotipa CA i većem broju metastaza u limfnim čvorovima, ali to treba daljnje istraživanje. Osim toga, pacijenti koji nose CA haplotipa također pokazuju slabu rak želuca specifične preživljavanja, što je bilo u skladu s razlikama u vrsti Borrmann i broja metastaza u limfnim čvorovima. Nadalje, Ostrovsky et al. [22] izvijestili da rs11099592 CC genotipa i rs4693608 AA genotipa su korelaciji visoku ekspresiju mRNA (P = 0,0167 odnosno P = 0,004, respektivno), koji su u skladu s našim rezultatima o haplotipa CA. Možda je apsolutni rizik povezan sa svakom od SNP-ova je nizak, a kombinirani analiza haplotipa mogu biti od pomoći u određivanju pojedinaca s visokim rizikom za progresiju bolesti. Možda je to bio posebni haplotipovi koji igraju značajnu ulogu u želučanom invaziju i metastaziranje raka, i dalje utječu na prognozu. Pregled

Funkcionalni haplotip blok sastavljen od rs11099592 i rs4693608 pronađen je u našim rezultatima, koji je bio povezan s vrstom Borrmann PN kategorija i prognoza raka želuca. S jedne strane, za SNP rs11099592 je A-G supstituciju nonsynonymous SNP nalazi u eksonu 8 i to alteracija rezultira arginin-na-lizin zamjene na položaju 307, možda i dovodi do funkcionalne razlike u proteinu. S druge strane, SNP rs4693608 nalazi u intronu 3 i pokazala korelaciju za opstanak. Povećanje količine dokazi pokazuju da genomske varijante u nekodirajuće sljedove može promijeniti ekspresiju genskog produkta promjenom regulaciji gena, ekson spajanje, stabilnost mRNA, kriptične mjesta spajanja aktiviranje i tako dalje, koji se stoga uzrokovati fenotipa bolesti. Osim toga, haplotipovi može dati relevantne informacije od pojedinih SNP-ova [7], [41]. Nadalje, da li transkripcije gena, održavanje stanične diferencijacije i indukciju invazivna metastatskim fenotipom su zbog izravne interakcije heparanaze s DNA se tek treba dokazati. Pregled

Ostrovsky et al. [22] pokazala značajnu povezanost između kombiniranih genotipova za rs4693608 i rs4364254 SNP-ova i heparanaze mRNA razine ekspresije. Nadalje, oni dijele sve kombinaciji genotipova u tri podskupine (LR-niske ekspresije, MR-intermedijer ekspresije, HR visoke ekspresije), u skladu s heparanazom razinu ekspresije mRNA svakog genotipa i potvrđeno je značajna razlika između tri podskupine u kombinaciji genotipovi nosačima i mRNA razina. Osim toga, Ostrovsky et al. [37] prvi pronašao korelaciju između kombiniranih genotipova za rs4693608 i rs4364254 SNP i rizik od akutnog razvoj GVHD u svom sljedećem istraživanju s tim podgrupama metodu analize. To je važan i vrijedan metoda. Štoviše, ova metoda korisna je za predviđanje rizika povezan s haplotipom pristupa u sljedećim kliničku praksu. Naša budućnost studija, koja je povezana mRNA razinu ekspresije na genotipova ili haplotipova u HPSE od Han stanovništva u sjevernoj Kini, bi koristili ovu metodu. Pregled

Budući da je veličina uzorka od divljeg tipa homozigot bio relativno premalen za slojevite analize na svaki genotip svih šest SNP ispitivanih u našem istraživanju, nismo mogli pokazati rezultate SNP analize na svakog genotipa, ali smo proveli analizu u kombinaciji heterozigot s divljim tipom homozigot. Bio je to ograničenje ove studije. Pregled

U zaključku, ova studija vrednuje polimorfizmi gena HPSE kod raka želuca sa MALDI-TOF MS i arhivi FFPETs u velikom sjevernom kineskom slučaju kontrolirane skupine. Pronašli smo funkcionalnu haplotip blok sastavljen od rs11099592 i rs4693608, koja je povezana s vrstom Borrmann, kategorija PN i prognozu; i SNP rs4693608, koji je bio uključen u bloku, pokazalo je korelaciju za opstanak. Ovi rezultati podupiru povezanost između SNP u HPSE i razinama ekspresije mRNA prethodno izvijestila Ostrovsky et al. [22]. Osim toga, šest pojedinačnih SNP i haplotipovi nisu bili povezani s rizikom od raka želuca. Ovi rezultati su u skladu s našim polaznoj pretpostavci da heparanaze bio uključen u invazije i metastaziranja raka i utjecati na prognozu na kraju, ali to nije bio uključen u incidenciji raka. Pregled

materijali i postupci

Prikupljanje uzoraka pregled

404 bolesnika s patohistološki potvrdio rak želuca koji je primio radikalnu operaciju u razdoblju od siječnja 1998. do prosinca 2004. godine neprekidno je odabrana. Pacijenti su bili iz sjeverne Kine i vjerovalo se da dobri predstavnici ove regije. 404 normalni uzorci želučane tkiva dobiveni su iz segmenta reseciranog uzoraka najudaljeniji od tumora (> 10 cm) i FFPETs su arhivirani u Kirurški odjel ontologije Prve bolnice Kine Medicinskom fakultetu Sveučilišta u sjevernoj Kini. Svi uzorci su fiksirane i uklopljene u standardnim kliničkim uvjetima histološke i pohranjene na sobnoj temperaturi. Parafinskim rezovima FFPETs su obojene s hematoksilinom i eozinom (H &E) za patološke pregleda kako bi potvrdili da nema tumorskog tkiva. Tumor histološki stupanj procijenjena je prema svjetskim kriterijima zdravstvene organizacije i tumora su organizirali pomoću 7. izdanje TNM Međunarodne unije protiv raka (UICC) /Američki Zajedničko povjerenstvo za rak sustav (AJCC) (2010) na temelju postoperativnog patološke ispitivanje uzoraka. Kompletan patološki podaci dobiveni su, uključujući dob, spol, datum operacije, mjesto primarnog tumora, histološka stupnja, venske invaziju, enzim imunoanaliza, dubina invazije, broj LNS prikupljene, broj metastatskih LNS i broj tumorskih depozita preuzeti. Oni (i) sa sinkronim ili metachronous malignih tumora, (ii) s udaljenim metastazama pronađeno preoperativno, (iii) koji su bili podvrgnuti postoperativnog radioterapiju ili kemoterapiju, ili (iv) s nepotpunim patološki unosa podataka su isključeni iz ove studije. Follow-up je završen za cijeli ispitivane populacije do siječnja 2010. Dva pacijenta umrla u postoperativnom periodu, a 21 bolesnika je izgubio tijekom praćenja, dakle 381 pacijenata bilo je uključeno u analizu preživljenja. Srednja i prosječna follow-up razdoblja bili su 90.0 mjeseci i 93,3 ± 20,24 mjeseci (raspon: 61-136 mjeseci), respektivno. Sljedeći podaci su dobiveni za sve bolesnike: datum smrti (ako je primjenjivo), uzrok smrti (ako je primjenjivo), i datum praćenja. Primarni cilj je bio uzrok specifičnih trajanje preživljavanja od dana dijagnoze raka želuca do datuma smrti. 5 godina stopa preživljavanja od 404 pacijenata bila je 54,2%. Pregled

404 uzoraka krvi dobivene od raka bez pojedinaca koji su nasumično odabranih na temelju fizičke preglede tijekom prosinca 2009. do kolovoza 2011. godine, kao i kontrolne skupine, a ova skupina se vjeruje da je dobra zastupljenost stanovništva u sjevernoj Kini regiji. Kriteriji za odabir uključeni pojedinačni povijest raka, frekvencija odgovara za slučajeve o spolu i dobi, a pojedinci su nepovezane etničke Han Kineza. Uzorci (etilen tetraoctena kiselina [EDTA] anticoagulate), pohranjene su na -20 ° C u roku od 30-40 minuta, a onda se u zamrzivaču na -80 ° C tijekom 2 do 3 dana nakon sakupljanja. Pregled

istraživanje je odobreno od strane etičkog povjerenstva za istraživanje kineskog medicinskog sveučilišta, Kina. Pismeni informirani pristanak dobiveni su iz svih bolesnika prije sudjelovanja u istraživanju. Pregled

DNA ekstrakcije pregled

Genska DNA je izvađen iz uzoraka FFPET u slučaju grupe. Sekcije debljine 8 um i površine do 250 mm ^{2 pripravljeni su mikrotomom i DNA je izolirana iz 6 do 12 dijela, ovisno o veličini tkiva i broja stanica. Mikrotomu je očišćen i noževi su promijenjeni kako bi se izbjeglo intersample kontaminacija. Ekstrakcija DNA iz FFPETs provedena je QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Njemačka) [29], prema postupcima opisanim od strane proizvođača, uključujući (i) otopljenog parafin u ksilenu i ukloniti, (ii) Uzorak liziraj pod denaturirajućim uvjeti s proteinazom K, (iii) obrnuti formalin umrežavanja inkubacije na 90 ° C, (iv) vežu DNA na membranu i omogućiti kontaminanti protok kroz, (v) pranje preostali kontaminanti, i (vi) eluira čist i koncentrirana DNA iz membrana (tris-EDTA puferu [TE]). Oko 2-10 ug DNA je skupljena u 50 jal konačne otopine i pohranjena na -80 ° C. Pregled}

Genomska DNA bila je ekstrahirana iz uzoraka krvi iz kontrolne skupine s Universal genomske DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) u skladu s uputama proizvođača. O 2-6 ug DNA je izoliran u TE i pohranjena na -80 ° C. Pregled

Izbor SNP i genotipizacija Netlogu

U istraživanju je sudjelovalo šest SNP-ova u HPSE, koji su uzeti iz NCBI SNP baze podataka (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) i baza podataka HapMap (faza III baze podataka) (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Ovi SNP-ovi su mapirani u HPSE gena (slika 2). rs 11099592 je jedinstvena, ne samo s manjim frekvencije alela (MPŠ) do 1%, ali i kao polimorfni u Han China Beijing (HCB) stanovništva među svim područje kodiranja SNP (cSNPs) u HPSE, koji je registriran u bazama podataka. Osim toga, druge pet SNP-ova nalaze se u intronske i 3'-UTR područja. Osim toga, drugi istraživači su pokazali da rs11099592, rs4693608 i rs4364254 bili povezani sa izrazom heparanaze mRNA [22]. Također, povezanost između pojedinih SNP-ova ili haplotipova u HPSE i osjetljivosti, kliničkopatološkim parametara i prognozi tumora izvijestio je u tim člancima je složen, ali uglavnom koncentrirana na šest SNP-ova koje smo odabrali [17] -. [22] pregled

SNP genotipizirane pomoću MALDI-TOF MS sustav (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA) s početnica i proba (Tablica S6) kao što je prethodno opisano u [29], [42]. Da bi se osigurala kvaliteta tipkanja, 1% pozitivnih uzoraka (soj YanHuang stanica) su uključene u svaki genotipizacija ploče za provjeru pouzdanosti primera i 1% negativnih uzoraka (vode bez DNA) za praćenje kontaminacije. 5% slučajni uzorci se testiraju u duplikatu različitih ljudi i reproducibilnost je 100%. Laboratorijski osoblje su zaslijepljeni uzorka dogovoru tijekom procesa. Bilo je šest koraka, uključujući PCR amplifikaciju, fosfataze tretman škampi alkalne, produžetka baze, uklanjanje soli sa smolom, SpectroCHIP za doziranje (Sequenom, San Diego, CA, USA), a podaci akvizicije s MALDI-TOF MS prema Justenhoven et al. [43]. Konačno, analiza podataka provedena je pomoću MassArray Typer analizator softver 4.0.4.20 (Sequenom, San Diego, CA) [44]. Pregled

određivanja LD blok i haplotip gradnja pregled

Haploview 4.2 software je korišten za ocjenjuju LD i izgraditi haplotipovi [31]. LD između šest SNP-ova koji se koriste u haplotipa analizi mjerena je parnom D'statistiku. Struktura bloka LD je ispitan pomoću metode Gabriel et al. [45], koristeći granice od 80% povjerenje D 'za definiranje mjesta od povijesnog rekombinacije između SNP-ova. Haplotipa su izgrađene od genotipa podataka u punoj veličini case-control panel unutar blokova pomoću ubrzani postupak očekivanje-maksimizacija algoritam [46]. Ukratko, ova metoda stvara vrlo precizne frekvencije stanovništvo procjene etapne haplotipova na temelju maksimalne vjerojatnosti kao što je određeno unphased ulaz [47]. Pregled

Statistička analiza pregled

Statističke analize provedena je korištenjem PASW Statistika 18,0 softver (SPSS Inc., Somers, NY, USA). Dvostrani hi-kvadrat (χ2) test je korišten za procjenu karakteristike distribucija stanovništva, usporedite razlike u alela i genotipske frekvencije između predmeta i kontrole i procijeniti povezanost između pojedinih SNP-ova i kliničkopatološkim parametara. Postupak permutacija (1.000 testova) se upotrebljava za ispravljanje P vrijednost rezultata jednog locus udruge. Tečajevi omjera (OR) i intervali pouzdanosti (CI 95%) su izračunate bezuvjetne logističke regresije analizirati povezanost između frekvencije genotipova i želučane rizikom od raka, te su prilagođena za spol i dob. Jednosmjerna i multivarijatna analiza preživljenja su učinili s log-rank testa i Cox proporcionalnih rizika modela pomoću kliničkopatološka parametre i SNP-ova. To je dovelo do identifikacije kovarijanata koji značajno korelira s preživljavanje pacijenata. Multivarijantna analiza preživljavanja je provedeno zasebno dodavanje varijabli SNP svim klinikopatološkim parametrima. Kaplan-Meier postupak se koristi za mapiranje krivulje preživljavanja.

• PLO ON: S100A6 Protein negativno regulira CacyBP /SIP posredovanoj inhibiciji proliferacije stanica raka želuca i tumorigenezu
• PLoS ONE: meta-analiza interleukina-8 -251 Promotor polimorfizam povezan s rakom želuca opasnosti