Mély szekvenálása gyomorrák kiderül szomatikus mutációk fontos a személyre szabott orvoslás

Mély szekvenálása gyomorrák kiderül szomatikus mutációk fontos a személyre szabott orvoslás katalógusa Abstract katalógusa Háttér
globálisan, gyomorrák a második leggyakoribb oka a rák okozta halál, a legtöbb egészségügyi terheivel gazdaságilag kevésbé -developed országokban.
Methods
Itt azt jelentse egy genetikai jellemzése 50 gyomor adenokarcinóma minták Affymetrix SNP tömbök és Illumina mRNS expressziós tömbök valamint Illumina szekvenálása kódoló régióinak 384 tartozó gének különböző utak ismert meg kell változtatni a más daganatok. katalógusa Eredmények
genetikai elváltozásokat figyeltek meg a WNT, Hedgehog, a sejtciklus, DNS-károsodás és az epithelium-to-mesenchymalis átmenet utakat. katalógusa Következtetések katalógusa az adatok arra engednek célzott terápiák jóváhagyott vagy klinikai fejlesztés gyomorrák válna, hogy ~ 22% a vizsgált betegek. Ezen túlmenően, a új mutációt észlelt itt, valószínűleg befolyásolják a klinikai válasz és azt sugallják, új célokat gyógyszerkutatásban. Katalógusa Háttér katalógusa ellenére legutóbbi csökkenés a halálozási aránya gyomorrák Észak-Amerikában és a legtöbb nyugat-európai és észak- , gyomorrák továbbra is az egyik fő halálok világszerte, és a közös Japánban, Koreában, Chile, Costa Rica, Oroszország és más országok az egykori Szovjetunió [1]. Javulása ellenére kezelési módok és szűrés, a betegek prognózisát gyomor adenokarcinóma továbbra is rossz. [2] Ahhoz, hogy megértsük a patogenezis és, hogy új terápiás stratégiák, elengedhetetlen, hogy boncolgatni molekuláris mechanizmusok, amelyek szabályozzák a progresszióját gyomorrák. Különösen az onkogén mechanizmusokat, amelyek célpontjai lehetnek a személyre szabott orvoslás.
A "onkogén függőség", hogy leírja a rákos sejtek nagymértékben függ egy adott onkogént vagy onkogén útvonalat vezette be Weinstein a [3, 4]. A koncepció kiemeli a fejlesztés a célzott terápiák, amely megpróbálja inaktiválására egy onkogént, kritikus a túlélés a rákos sejtek, míg az egészséges sejteket megkíméli, amelyek nem hasonlóan rabja.
Számos onkogén aktivált nagy gyakorisággal más rákok azt is kimutatták, hogy a mutáns a gyomorrák. Ebből következik, hogy forgalmazott Therapeutics célozza ezeket onkogének hatékonyan kezelni egy hányadát gastricus karcinómák, akár egyetlen ágensként, vagy kombinációban. 2010 januárjában, a trastuzumab-ben jóváhagyott kemoterápiával kombinálva az első vonalbeli kezelésére ERBB2 katalógusa-pozitív előrehaladott és áttétes gyomorrákban. A trastuzumab az első célzott anyagot jóváhagyandó kezelésére gyomor karcinóma és a növekedés 12,8% -os válaszadási arány volt látható hozzáadásával trastuzumab a kemoterápia ERBB2
pozitív gyomor adenokarcinóma [5, 6]. Úgy becsülik, hogy a 2-27% -a gyomor rákos kikötő ERBB2
amplifikációt és lehet kezelni az ErbB2 inhibitorok [7, 8]. Hasonlóképpen túltermelése másik receptor tirozin-kináz (RTK) EGFR katalógusa, megállapításra került a gyomorrák és a többszörös vizsgálatok az EGFR-gátlók katalógusa ezen daganatok folyamatban vannak (összefoglalva [9, 10]). Továbbá néhány gyomor rák kikötő DNS-amplifikációt vagy overexpressziója az RTK MET katalógusa [11, 12] és annak paralóg MST1R katalógusa [13], és lehet kezelni a MET
vagy MST1R
inhibitorok [14-20 ]. Végül FGFR2 katalógusa több mint kifejezés és erősítés is megfigyelték egy kis hányada gyomorrák (scirrhous) [21] és a gátlók némi hatással a klinikán [22].
Lefelé a RTK, KRAS katalógusa vad típusú amplifikáció és mutációt is találtak körülbelül 9-15% a gyomor rákos megbetegedések [23, 24], és lehet hatékonyan kezeljük a MEK inhibitorok [25, 26]. Az aktiválás a PI3K /AKT /mTOR útvonal is látható 4-16% gyomorrák [27-30], és így érzékeny lehet PI3K gátlók [31-34]. Hasonlóképpen, a sejtciklus-kináz AURKA
kimutatták, hogy aktiválja a gyomorrák [35, 36] és AURKA inhibitorok klinikai fejlesztés [37] lehet a klinikai előnyöket.
Jelentések gyakorisága a különböző típusú onkogén aktiválás és ezek együttes előfordulása korlátozott. Ezzel szemben a gastrointestinonal stroma tumorok (GIST), amely jellemző a nagy gyakorisággal KIT
és PDGFRA
aktiválás [38], és így hatékonyan kezelhető a többségi által imitanib és szunitinib [39, 40], gyomor adenokarcinóma megjelenik hogy molekulárisan heterogén betegség, nem nagyfrekvenciás onkogén perturbáció felfedezett eddig. Ezt szemlélteti egy friss felmérés szomatikus mutáció kináz kódoló gének egész 14 gyomorrák sejtvonalakon és három gyomorrák szövetek felfedezett több mint 300 új kináz egypontos nukleotid variációk és kináz kapcsolatos szerkezeti változatok. Azonban nem nagyon gyakran visszatérő mutáció vagy mutáns kináz napvilágra került [41].
Azzal a céllal tisztázásához potenciális gyomorrák kezelésében célzott terápiák sem a piacon, a fejlesztés, illetve, hogy felfedezzük, mi jellemzi a klinikai gyomorrák mintákat felismerni onkogén aktiváció.
vettünk egy globális megközelítés vizsgáljuk a minták Affymetrix SNP tömbök és Illumina mRNS expressziós array. Ezek a technológiák jól hitelesített detektálására genotípus, kópiaszám variáció és mRNS expressziós profilt. Ezek alkalmasak a heterogén klinikai mintákban. A mintákat is kihallgatta a második generáció (Illumina) sorrendje. Viszonylag új második generációs szekvenálás technológiák által egyaránt megnöveli a teljesítményt és mély szekvenálás kapacitást. Ez utóbbi különösen fontos a jellemzésére rák minták, amelyek hajlamosak felvenni keverékét sejttípusok, köztük infiltráló a normál sejtek, érrendszerben és a tumorsejtek a különböző genotípusok. Ebben a tanulmányban felhasznált cél gazdagodás és Illumina szekvenálás technológia szekvenciájhoz kódoló régiójában 384 géneket. Úgy döntöttünk, hogy előnyben mélysége lefedettséget kiszélesítését annak érdekében, hogy rögzítse mutánsok részpopulációinak a daganatok. A legújabb kutatások kimutatták rákos hajlamosak kikötő számos mutációt kisebb számú jelátviteli [42, 43], ezért koncentráltunk gének utakban. Mi is benne végző fehérjét kódoló gén korábban kimutatták, hogy befolyásolja válasz célzott terápiák és sokkal valószínűbb, hogy sikeresen célba kis molekula beavatkozás, mint az a célunk, hogy megtalálják a hatékonyabb és újszerű kezelésére gyomorrák. Katalógusa módszerek katalógusa a szövetminták katalógusa DNS és RNS mintákat vettünk a kórházak Oroszországban és Vietnam szerint IRB jóváhagyott jegyzőkönyvek és IRB jóváhagyott Hozzájárulás formák molekuláris és genetikai analízis. Az egészségügyi központok maguk is belső etikai bizottságok áttekintette a protokoll és BEK-ek. A mintákat forrásból keresztül Tissue Solutions Kft http: //www. Szöveti megoldásokat. Com /. A minták jellemzőit lásd egyéb fájl 1. táblázat S1 katalógusa tömbök katalógusa genotípusok és kópiaszám profilt hoztunk létre az egyes mintákban 1 ng DNS futás Affymetrix SNP V6 tömbök Affymetrix protokollokat. Kópiaszám variáció adatok elemzésére a ArrayStudio szoftver http: //www. Omicsoft. Com. Az adatok normalizálása Affymetrix algoritmus és szegmentált segítségével CBS. A átirat profilt létrehozni, minden mintát 1 ng teljes RNS fut Illumnia HG-12-RNS expressziós array követő Illumina protokollokat. Az adatokat elemeztük az Illumina GenomeStudio szoftver http: //www. Illumina. Com /software /genomestudio_ szoftver. Ilmn. Mint az adatok előzetes feldolgozási eljárás egy hibridizációs próba készletet csak megmarad, ha van egy "jelen van" (azaz két standard deviáció a háttér felett) hívás legalább az egyik mintát. Jelek értéke a maradék próba készletek alakították át 2 alapú logaritmus skála és kvantilis normalizációs végeztünk. DNS és RNS másolat expressziós szinteket integrált a gén szinten belül ArrayStudio szoftver http: //www. Omicsoft. Com. Út dúsítás elemzést végeztünk a GeneGO metacore elemzés suite http: //www. Genego. Com /. Minden array adat ebből a vizsgálatból áll rendelkezésre GEO http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /geo /alatt sorozat hozzáférési szám GSE29999.
Célzott mély DNS szekvenálás katalógusa 5 ng DNS-t PCR-dúsított a kódoló exonját ismert átirat 384 bíró gének (további fájl 2 táblázat S2) a Raindance platform http: //www. raindancetechnol giák. com /.
Az így kapott cél könyvtárakat szekvenáltuk Illumnia GAII egy olvasható hossza 54 nt. Sequence szól térképezték a referencia genom (hg18) a BWA-program [44]. Bázisok kívül a megcélzott régiók nem vették figyelembe, amikor összefoglalja lefedettség statisztikák és variáns hívásokat. SAMtools használták értelmezni a nyomvonalakat, és genotípus kéri [45], és minden hívás, hogy eltér a hivatkozási alap volt tekinthető potenciális változata. A SAMtools csomag generál konszenzus minőségét és variáns minőségi becslések jellemzésére genotípus hívásokat. Pontossága genotípus hívások becsültük egyezés genotipizálását hívások a Affymetrix 6.0 SNP microarray. Konkordancia mátrixok minták alapján az SNP és a szekvencia adatokat generált, hogy ellenőrizze a minta címkézésével (további fájl 3 ábra S1). Konkordancia és mennyisége genotípus hívások táblázatba küszöbértékek konszenzus minőségű, változat minősége és mélysége. Az utolsó sor variáns hívások segítségével azonosítottuk konszenzus minőség nagyobb, vagy egyenlő, mint 50, és variáns minőség nagyobb, mint 0. A kizárólag azonosítására szomatikus változásokat, csak azok a mutációk jelen a daganatos mintát, és nem mutatható ki bármelyik normális mintát megtartottuk. Mint egy további szűrő csíravonalbeli változatok összes változatát jelen dbSNP és 1000 genom polimorfizmus adatállományok eltávolítottuk. Katalógusa Q-PCR katalógusa Q-PCR segítségével szabványos protokoll használatával Fluidigm 48 * 48 dinamikus tömb. Először is, egy érvényesítési kísérletet végeztünk segítségével összegyűjtött kontroll RNS három példányok. Négy bemenet RNS-mennyiségeket vizsgáltunk (125 ng, 250 ng, 375 ng és 500 ng). Három párhuzamos adatpontot kapunk a későbbiekben 10 pontos hígítási per minden feltételt per assay. A legjobb eredményeket voltak 250 vagy 500 ng; így hatékonysági értékeket ~ 85%. Ezért a 250 ng beviteli mennyisége a kísérleti minta. Az adatokat előállított három példányban jelenti együttvéve. CT értékek alakítunk bőség standard képlettel bőség = 10 (40-CT /3,5). Vizsgálati adatok normalizáltuk házvezetők felhasználásával kovarianciaanalízis módszer, amelynek során a két házvezető (GAPDH és a béta-aktin) arra alkalmazzuk, hogy kiszámítsuk egy robusztus pontszám és a pontszám volt, mint kovariáns állítsa be a többi gén. Az adatok elemzése végeztünk a Arraystudio szoftver.
Sanger-féle szekvenálással katalógusa A genomiális DNS PCR-primereket megrendelhető a IDT (Integrated DNA Technologies Inc, Coralville, Iowa). PCR-reakciókat végeztünk Invitrogen Platnium polimeráz (Invitrogen, Carlsbad, CA). 50 ng genomiális DNS-t amplifikáltunk 35 cikluson át 94 ° C-on 30 másodpercig, 58 ° C-on 30 másodpercig és 68 ° C-on 45 másodpercig. A PCR-termékeket tisztítottuk Agencourt AmPure (Agencourt Bioscience Corporation, Beverly, MA). Közvetlen szekvenálása A tisztított PCR termékek szekvenáló primereket végeztük AB v3.1 BigDye-terminátor ciklus szekvenáló kit (Applied Biosystems, Foster City, CA) és szekvenálási reakciók alkalmazásával tisztítottuk Agencourt CleanSeq (Agencourt Bioscience Corporation, Beverly, MA). A szekvenálási reakciók alkalmazásával analizáltuk egy Genetic Analyzer 3730XL (Applied Biosystems, Foster City, CA). Minden szekvencia eredmények adat gyûlt és elemeztük kodon Code aligner (CodonCode Corporation, Dedham, MA). Katalógusa Eredmények
DNS és RNS amplifikációs mutatkozó minták összhangban vannak a korábbi tanulmányok
összhangban a legtöbb egyéb emberi rákos megbetegedésben kópiaszám változások történtek az egész genom a 50 gyomorrák mintákat összehasonlítva illesztett normál mintát (1. ábra). Nagy régiójában gyakori amplifikációs találtak kromoszóma régiók 8 q, 13q, 20q, 20p és. Ismert onkogének MYC katalógusa és CCNE1 katalógusa találhatók a 8 q és 20p amplikonokhoz rendre és valószínűleg hozzájárul a növekedéshez által biztosított előnyt erősítés. Sokszorozások láttak korábbi vizsgálatban a gyomorrák együtt erősítés a 20p amelyre ZNF217 katalógusa és TNFRSF6B katalógusa már javasolták a jelentkező mozdonyvezető gének [46]. 1. ábra megtekintése CNV aberrációk minden 50 gyomorrák mintákat az egyes autoszóma. Az Y-tengely megfelel a számának összege pozitív, vagy negatív változások egy adott szegmens és a log2 aránya változás. Területeken fokozott vagy csökkent kópiaszám következetes egész vizsgált minta vagy nagyon nagy változások néhány mintát fog mutatni nagy pozitív és negatív változás méretben. Minden pont vagy szegmens ábrán színezett minta. A színkód önkényes minden a 50 rákos minta van hozzárendelve egy színt. Erősített szegmensekkel kromoszóma 8 q, 20q, 20p, 3q, 7p, és 1q.
Közötti összhang kópiaszám erősítés és RNS expresszió között daganatos minták értékelését és a 200 legjobb géneket tartalmaz egy régión belül a gyakori magas DNS másolat rák minták és amelyek nagy mRNS szintek (szemben a párosított normális szövetekben) táblázatba további fájl 4. táblázat S3. A legtöbb gén ezen a listán vannak kromoszomális régiók 20q és 8 q, ami arra utal, hogy sokszorozások van a legnagyobb hatása a mRNS-szint, a kisebbség gének 20p, 3q, 7p, és 1q. A 2. ábra mutatja az RNS-profilok által mért Q-PCR egy példakép gén minden régió mutató általános overexpressziója a gyomorrák, különösen bizonyos mintákban. Emellett MYC katalógusa és CCNE1 katalógusa, van több gén ezekben a régiókban, amelyek hozzájárulhatnak a növekedési előnye a rákos sejtek. A biológiai útvonalak legnagyobb mértékben feldúsul felerősített és túlzott mértékben gének szabályozásában szerepet fordítás (p = 0,000015) és DNS sérülés javítására (p = 0,003). A mintákat a amplifikálásokban ezekben genomi régiókban kiegészítések 3. ábrán nincs érzékelhető tendencia amplifikálásokban ezekben a régiókban, hogy együtt fordul elő, vagy kizárólagosan. Egyetértésben a korábbi tanulmány [47], a PERLD1 katalógusa lókusz erősített (az ERBB2 katalógusa fragmentum) minta 08.280 és MMP9 katalógusa volt túlzott mértékben, de észrevehetően nem erősíthető. Szintén a 3. ábrán fokális DNS amplifikálásokban egybehangzó RNS gének expresszióját befolyásolhatja a válasz célzott terápiák jelöljük, például az alapul szolgáló adatok lásd egyéb fájl 5. ábra S2. 2. ábra expressziója példa gének egyes amplifikált kromoszomális régió egész tanulmány mintákat igazoltuk Q-PCR-rel. A piros pontok jelölik a rák minta és fehér pontok jelölik a normál mintákat. Az y tengely jelöli az mRNS bőségesen.
3. ábra mutációs profilja minták. Szöveti mintákat tetején keresztül jeleníti meg, és megjegyzéseket a számukra releváns vannak oszlopok alatti. Piros doboz jelöli DNS amplifikáció és egybehangzó mRNS fokozott expressziójának, narancssárga dobozok jelölik RNS túltermelése és nincs bizonyíték a DNS amplifikáció, piros pontok jelölik DNS eltűnése. Kék doboz jelöli szomatikus mutáció nonsynonymous érvényesíteni Sanger szekvenálás és lila doboz jelöli nonsynonymous szomatikus mutációk, megfigyelhető a Illumina adatok sem kísérelte, hogy erősítse meg a Sanger szekvenálás. Amino változások megjegyezte, a dobozok és a változások vezető vesztesége vagy nyeresége egy stop kodon van piros betűkkel. Katalógusa szekvenálása adatok azt mutatják, nagy egyeznek genotipizáláshoz katalógusa szekvenálása könyvtár készítését nem hat az eredeti 50 rákos mintákat és tizennégy az eredeti illesztett normális mintákat. Ezért még két egyező párokat adunk az elemzés, ami egy adatbázisba 44 daganatos minták 36 illesztett normális pár (további fájl 1 táblázat S1). A megcélzott régió tartalmazza 3,28 MB-szerte 6547 egyedülálló exon 384 gén (további fájl 2 táblázat S2). Medián lefedettsége valamennyi minta 88,3%, és leesett 74%, ha a minimális időtartamának lefedettség 20. A szekvenálás végeztünk legalább 110x átlagos olvasási lefedettségét a dúsított genomi régiók minden mintánál. Az olvasás összehangolták ellen az emberi genom és változatai a referencia genom hívták. Kontrollként egy elemzést összehasonlítani genotipizálása hívások a Affymetrix V6 SNP tömbök és a Illumina szekvenálást végeztünk. A régiók célzott szekvenálás szereplő 1005 loci által lefedett Affymetrix V6 SNP tömbök. Ha nincs szűrés a szekvenálás variáns kéri, minőségi mutatókat, a medián közötti megállapodás genotipizáláson és szekvenálás eredménye volt, 97,8% a tartományban 65-99% (kiegészítő fájl 6a ábra S3a). A nyers teljes genotípus hívás konkordancia 96,8%. Minőségi mutatók kerültek kiválasztásra, hogy maximalizálják a megállapodás az genotipizáláson és a szekvenálás hívásokat, miközben minimalizálja a téves negatív eredmények. A leginkább informatív mutató konszenzus volt a minőség és a cut-off ≥50 eredményezett veszteség mintegy 10% -a közös genotípusok de összességében 2% -kal nőtt a konkordancia a 98,7% (kiegészítő fájl 6b ábra S3b). Variant genotípus kéri izoláltunk további konkordancia elemzés. A szett egy változata minőségi küszöböt > 0 fokozott pontosság variáns genotípus hívások 98,9% (kiegészítő fájl 6c ábra S3C). Amikor mind minőségi küszöbértékeket alkalmazták a medián minta konkordancia 99,5% (kiegészítő fájl 6d, ábra S3D), amely a régión belül genotípus tömb hiba. Hat mintát (08362T1, 08373T2, 336MHAXA, 08337T1, 89362T2, DV41BNOH) volt egyezősége < 98% és ezek közül két (08393T2 és DV41BNOH) volt egyezésének 82%, illetve 88% volt. Ezért a konszenzus minőségét ≥ 50 és egy variáns minőségű > 0, a fals pozitív arány 0,5% és 1,6% a referencia genotípusok és variáns allél, illetve (további fájl 6e ábra S3E).
Mindebből egyetlen nukleotid változás halad a fenti értékhatárok minden változata jelen bármelyik normális minták vagy a polimorfizmus adatbázisok dbSNP (V130), vagy 1000 genomok azt feltételezték, hogy csírasejt változatok és eldobjuk. Változatok jelenleg csak az exon rákos mintákat feltételezhető, hogy a szomatikus és megmarad. 18549 szomatikus variánsai mutattunk teljes minden 44 minta (további fájl 7 táblázat S4), 3357 volt megjósolt exon és nonsynonymous. Előtérbe mutációk funkcionális hatását koncentrálunk minden további elemzéseket nonsynonymous mutációk és kiemelt vezető mutációkat veszteség vagy nyereség stop kodon. Azt kérték a SZITÁL algoritmus [48] megjósolni aminosav változások, amelyek nem tolerálják az evolúcióban, és így nagyobb valószínűséggel érinti az a fehérje működését, 1509 szomatikus mutációk nonsynonymous van SZITÁL pontszáma < 0.05. Ez az arány a mutációk SZITÁL pontszám < 0,05 gén, korrigálva CDS hossza számítottuk (4). 4. ábra mutatja, a gének, a legmagasabb koncentráció alacsony SZITÁL pontozási mutáció volt S1PR2 katalógusa, LPAR2 katalógusa, SSTR1 katalógusa, TP53 katalógusa, GPR78 katalógusa és RET katalógusa, a S1PR2 hogy a legtöbb szélső. Tizenöt mutációk SZITÁL pontszám < 0,05 egész 353aa CDS S1PR2 katalógusa, koncentrálódik kilenc mintát. S1PR2
néven is ismert EDG5
kódokat egy G-fehérjéhez kapcsolt receptor az S1P és aktiválja RhoGEF, larg
[49]. Kevéssé ismert az a szerepe a rák és a szomatikus mutációk nem észleltek a 44 szövetek szekvenálni S1PR2 katalógusa kozmikus adatbázis [50]. 4. ábra sávdiagramja mértéke káros mutációk egész gén szekvenálása. A gének szekvenáltuk megjelennek az x tengelyen. Száma káros szomatikus nonsynonymous mutációkat észleltek minden egyes gén /aminosavak száma az egyes CDS ábrázoltuk.
Szekvenálási adatok megerősítik Sanger-féle szekvenálással
néhány nonsynonymous szomatikus mutációkat kiválasztott megerősítendő Sanger-féle szekvenálással. Minden mutáció jelentett kék a 3. ábrán igazoltuk Sanger szekvenálás és is megerősítette, hogy a szomatikus szekvenálás a vad típusú szekvencia kiegyenlített normális szövet (lásd egyéb fájl 8. ábra S4 például szekvenálás nyomok). Bár 74% -a megerősítette, néhány mutáció kimutatható a Illumnia szekvenálás nem erősítette meg a szomatikus mutációk Sanger szekvenálás. Tizenhat A 68 (24%) mutációkat kísérletet tettünk, hogy erősítse meg voltak jelen a normális és a rákos minták, ezek csíravonal mutációt, de nem kimutatható bármelyik normális minták Illumina szekvenálással és szintén nem képviselt dbSNP vagy 1000 genomok adatokat. Öt a tizenhat csírasejt-mutáció volt rákos minta nem illeszkedik a normál szövetek szereplő adatbázisba, a többi tizenegy jött a rákos minták illesztett normál szövetben sorrendben szerepelnek a adatbázisba. Ez bizonyítja sebességgel csíravonal szennyeződés nem szünteti meg az illesztett normál kontroll vagy az összehasonlítást az ismert polimorfizmus adatbázisok. Lehet, hogy a lefedettség, a szubsztitúció a normál szövet történetesen alacsonyabb, mint a rák mintában, és így néhány csíravonal mutáció ellenére fennmarad a szomatikus szűrőket. Két 68 (3%) mutációkat kísérletet tettünk, hogy erősítse meg nem voltak jelen a rendes vagy a rák minta Sanger-féle szekvenálással. Az egyik ok lehet a hamis pozitív a Illumnia adatok miatt lelet; azonban további fájl 6. ábra S3 mutatja a hamis pozitív arány alacsonynak legalább azon változatok képviselik a Affymetrix V6 tömbök. Egy másik lehetőség az, hogy ezek a jelen vannak egy részhalmaza a minta alatt az érzékenység a Sanger módszertan de által érzékelt Illumina szekvenálással. Ezért mutációk jelentett az Illumina szekvenálás is beszámoltak lila 3. ábrán némi óvatosság indokolt értelmezésekor ezeket az eredményeket, mert lehet csírasejt polimorfizmusok vagy jelenleg csak egy része a tumor mintában. Katalógusa Változások a RAS /RAF /MEK /ERK útvonal katalógusa Három tumor mintában volt KRAS katalógusa genetikai változások (3. ábra) arra utal, terápiás lehetőséget kezelés MEK inhibitorok. Az egyik ilyen változtatások egy G12D mutáció. KRAS
G12D mutáció kimutatták, hogy kezdeményezzen karcinogenezis és a tumor túlélését [51]. Amplifikációját és túlzott expresszióját a vad típusú KRAS katalógusa volt látható a másik 2 mintákban. KRAS katalógusa erősítés korábban már megállapításra került az 5% primer gyomor rák. A gyomorrák-sejtvonalak vad típusú KRAS katalógusa erősítés mutatják konstitutív KRAS katalógusa aktiválás és az érzékenység KRAS katalógusa RNSi kiütése [24]. Egy új mutáció KRAS katalógusa is megfigyelhető; (A minta 08393) funkcionális következménye ismert.
PIK3CA katalógusa mutáció együtt előforduló KRAS katalógusa G12D, ismert, hogy befolyásolja érzékenység MEK inhibitorok [25]; emellett új mutációt tanulmányban megfigyelt is kihatással lehet az azonos osztályú terápiák során. Például: KSR2 katalógusa funkcionál molekuláris állvány elősegítése ERK jelátviteli [52, 53]. Ezért mutációkat KSR2
mint például a látható hét mintát befolyásolhatja érzékenységet MEK inhibitorok. Egy másik példa ULK1 katalógusa, amely pozitívan szabályozza az autofágia downstream mTOR [54], és a mutáns tizennégy mintákban. Autofágia együtt emelkedett ERK foszforiláció, amikor a gyomor rákos sejteket kezelünk proteaszóma-inhibitor [55], ezért mutációk ULK1
befolyásolhatja érzékenységet proteaszóma inhibitor kezelések, mint a bortezomib, mint egyetlen szer, akár kombinációban MEK inhibitorok.
Változások a PI3K /AKT útvonal katalógusa volt lényeges szekvencia zavar a foszfatidil-3-kináz (PI3K) útvonal génjeinek a mintán. Számos PI3K /Akt /mTOR inhibitorok klinikai fejlesztés és a betegek aktiváló mutációk a reakcióút jelölt kezelés [56]. PIK3CA katalógusa mutációi ismert onkogenitási találtak négy mintát. Ennek eredménye egy gyakorisága PIK3CA katalógusa hotspot mutációja 9%, valamivel magasabb, mint a korábbi becsléseket 6% (12/185) [27] és 4,3% (4/94) [57]. A közös PIK3CA hotspot mutációinak ismert onkogenitási (E545K és H1047R) [58] észleltek kétszer. Egy másik mutációt PIK3CA
K111E, amely is megfigyelték, mielőtt a négy mintát kozmikus, megfigyelhető volt egyszer, és potenciálisan új szomatikus mutációk voltak megfigyelhetők két több mintát.
Öt nonsynonymous Akt1
mutációkat észleltek. Bár Akt1
mutációk találhatók körülbelül 2% -a az összes rákos megbetegedések, azok főként fordul elő aminosav a 15. és a funkcionális jelentőségét mutáció egyéb helyeken ismeretlen. Egy másik nonsynonymous mutáció Akt2 katalógusa volt megfigyelhető minta 08407. Akt2 katalógusa mutációk sokkal ritkább, mint Akt1 katalógusa mutációk, bár a Akt2 katalógusa mutáció korábban már megállapításra került a gyomorrák, egy 2% -os gyakorisággal [ ,,,0],59]. Végül mutáció PTEN katalógusa vagy mTOR katalógusa befolyásolhatja válasz-inhibitorok. Számos PTEN
mutációk jegyezni és mTOR
mutációk gyakori.
Megváltozása receptor tirozin-kinázok katalógusa A receptor-tirozin-kinázok (RTK-k), valamint Drug Targets EGFR
, ERBB2
és MET
voltak egyes amplifikált (log2 0,6-nál), és túlzott mértékben RNS-szinten egy rákos mintában. Ebből következik, hogy a tumorok érzékeny lehet az inhibitorok az amplifikált RTK-k. Ezen túlmenően, több nonsynonymous mutációk megfigyelhető azok kódoló régiók. Downstream mutációk lenne várható, hogy befolyásolják választ. Például, a MET katalógusa amplifikált mintából csonkolása mutáció AKT3 katalógusa befolyásolhatja érzékenységet MET-inhibitorok. Katalógusa FGFR2 katalógusa felerősödik és RNS túltermelõdik két minta is vannak többszörös mutációk FGFR1
-4. Széleskörű RTK inhibitorok, amelyek célba FGFRs között más kinázok lehetnek hatékonyak ezekben a betegekben [60, 61].
Változtatások a sejtciklus Proteins
A virális onkogén homológ SRC
mutált négy a tumor minták, két mutáció megjósolható, hogy káros hatásúak, beleértve bevezetését egy stopkodon. Ez kontratámadásokra jelzi SRC inhibitorok. MET
erősítés is egy ismert rezisztencia marker az anti-SRC terapeutikumok, mint az dasatanib [62, 63]. A sejtciklus kapcsolódó kináz, AURKA
amplifikáltuk és túlexpresszálódik egy mintában. AURKA inhibitorok fejlesztés szolid tumorok [37], és lehet feltüntetni ebben az esetben. CCNE1 katalógusa amplifikáltuk két minta (08390 és 08357). A magas CCNE1 katalógusa kimutatták, hogy gyakran társul korai gyomor rák és metasztázis, de az expressziós szintek nem korrelálnak a túlélést [64, 65]. Nagy CCNE1
szintek már javasolták, mint érzékenységi marker gén irányított pro-drog enzim-aktivált terápiák [66]
aktiválása Wnt útvonal gyakori a carcinoma mintákban
mutációkat észleltek az APC
gén 22 minta. Az APC egy tumor szupresszor ismert, hogy aktiválja CTNNB1 és Wnt-útvonali jeltovábbítás, többek között egyéb hatások [67]. A Wnt útvonal már korábban megállapították, hogy gyakran kell aktiválni a gyomorrák [68]. Mi egy transzkripciós aláírás, generált korábbi tanulmányok [69, 70], és rendelkezésre áll a Broad Intézet MSigDB adatbázisban minősítette a vizsgálati minta által Wnt transzkripciós aláírásokat. Az 5A ábra egy hőtérkép a transzkripciós szinten a WNT aláírás gének adathalmazok. Aktiválása ezen útvonal magasabb szinte az összes rák mintákat összehasonlítva a normál mintákat. Wnt inhibitorok tárgyát intenzív vizsgálat gyógyszeripari és tudományos kutatások [71-73]. Ezek az eredmények azt sugallják, hogy lesz egy jelzést a gyomorrák, valamint számos egyéb rák. 5. ábra A transzkripciós aláírást egész mintát. Csoportosulni Hőtérkép mutatja kifejezése egy Wnt aláírás gének és B sündisznó aláírás gének, az egész minta a vizsgálatban. Minden kifejezés értékek Zscore normalizált. Zscore < -1 kék, Z-score > 1 piros, osztályozott színező keresztül fehér 0 ° Minta nevek az x tengely, úgy csoportosulnak által expressziós mintázata és a minták magas aláírás pontszámok jobbra. Minták szomatikus nonsynonymous APC mutációk (A) vagy PTCH1 mutációk (B) és jelöljük csillaggal felett hőtérképeket. WNT aláírás gének (fentről lefelé): FSTL1, DACT1, CD99, LMNA, SERPINE1, TNFAIP3, GNAI2, ID2, MVP, ACTN4, CAPN1, LUZP1, MTA1, RPS19, PTPRE, AXIN2, NKD2, SFRS6, CCND1, SCAP, CPSF4 , SENP2, DKK1, PRKCSH, SLC1A5, HDGF, CBX3, SCML1, PCNA, RPS11, SNRPA1, TGM2, LY6E, IFITM1, NSMAF, TCF20, BCAP31, AXIN1, AGRN, PLEKHA1, SLC2A1, CTNNB1, EIF5A, IMPDH2, GSK3b, PFN1 UBE, MAP3K11, ARHGDIA, HNRPUL1, FLOT2, GYPC, NCOA3, CENTB1, SYK, POLR2A, KRT5, DHX36, ELF1, SMG2, FGD6, MAPKAP1, LOC389435, RPL27A, SRP19, RPL39L, SFRS2IP, FUSIP1 katalógusa; Hedgehog aláírás gének (fentről lefelé): LRFN4, JAG2, RPL29, Wnt5a, SNAI2, FST, MYCN, BMP4, CCND1, BMI1, CFLAR, PRDM1, GREM1, FOXF1, CCND2, CD44 katalógusa.
Aktiválása sündisznó útvonal is gyakori a carcinoma mintákban
PTCH1
egy tumor szuppresszor és működik, mint egy receptor a sündisznó ligandumok és gátolja a funkciója a smoothened. Ha simább felszabadul, azt jelzi a sejten belül, ami az aktiválás a GLI transzkripciós faktorok [74]. Több szomatikus mutációk PTCH1 katalógusa rögzíti KOZMIKUS, összhangban a tumor szupresszor szerepet. A D362Y mutáció látható ebben a vizsgálatban a mintában FICJG, van a negyedik transzmembrán doménje PTCH1 és korábban már tekinteni, mint a veszteség-of-function csíravonal mutáció egy beteg Gorlin szindróma, hajlamosító neoplazmák (számozott D513Y miatt a különböző transzkriptum ) [75].

• Downregulációját SPARC kifejezés csökkenti a gyomorrák sejt invázió és a túlélés
• BRCAA1 monoklonális antitest konjugált fluoreszkáló mágneses nanorészecskék in vivo célzott magnetofluorescent képalkotó gyomor- cancer