PLoS ONE: polimorfismo del DNA metiltransferasi 3b e di associazione con lo sviluppo e la prognosi in gastrico Cancer

Estratto

Obiettivo

DNA metiltransferasi 3b (DNMT3B) svolge un ruolo importante nella metilazione anomala durante tumorigenesi. Il polimorfismo del DNMT3B
gene può influenzare DNMT3B
attività ed essere associato con il rischio di cancro. Questo studio ha lo scopo di studiare l'associazione tra polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) del DNMT3B
gene e la suscettibilità e la prognosi del cancro gastrico.

Metodi

Quattro cento e quarantacinque sette casi istologicamente confermati cancro gastrico, 111 casi atrofia gastrica e 961 controlli senza tumore sono stati arruolati nello studio. Cinque SNPs tag (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 e rs8118663) del DNMT3B
gene sono stati genotipizzati con saggio TaqMan. DNMT3B espressione è stata valutata in 104 tessuti tumorali con il metodo di immunoistochimica.

Risultati

Il tempo mediano di follow-up per i 422 pazienti gastrici con informazioni prognosi era 55,1 (51,8-58,5) al mese. Abbiamo trovato che gli individui con il genotipo rs1569686 variante (TG /GG) sono risultati significativamente associati con prognosi sfavorevole nel carcinoma gastrico rispetto a quelli che trasportano il genotipo TT (HR = 1.43, 95% CI: 1,02-1,99). Questa tendenza è stata più evidente nel sopravvivenza a lungo termine di cancro gastrico. sono stati osservati risultati simili per i portatori G allele dei vettori rs4911107 e rs4911259 T allele di come questi due siti sono stati in completo linkage disequilibrium con rs1569686. I vettori GG rs8118663 tendevano a vivere più breve di AA /AG genotipo (HR = 2.72, 95% CI: 1,45-5,12) in pazienti che vivono più di 2,0 anni. Nessuno dei cinque SNP è stato associato con il rischio di cancro gastrico o atrofia gastrica. E nessuna relazione è stata trovata tra ogni dell'espressione cinque SNP e DNMT3B.

Conclusioni

Questo studio fornisce la prova che DNMT3B
polimorfismi possono prevedere a lungo termine la sopravvivenza del cancro gastrico . Tuttavia, sono necessari ulteriori studi per rivelare i ruoli biologici sottostanti di DNMT3B
polimorfismo

Visto:. Wang C, Jia Z, Cao D, L È, Jin M, Wu X, et al . (2015) Il polimorfismo del DNA metiltransferasi 3b e di associazione con lo sviluppo e la prognosi nel cancro gastrico. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10.1371 /journal.pone.0134059

Editor: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncologico, IRCCS Istituto Nazionale Tumori, ITALIA

Ricevuto: 16 Aprile, 2015; Accettato: 3 luglio 2015; Pubblicato: 11 agosto 2015

Copyright: © 2015 Wang et al. Questo è un articolo ad accesso libero distribuito sotto i termini della Creative Commons Attribution License, che permette l'uso senza restrizioni, la distribuzione e la riproduzione con qualsiasi mezzo, a condizione che l'autore originale e la fonte sono accreditati

disponibilità dei dati: Tutti i dati rilevanti sono all'interno del suoi file informazioni di supporto carta e

Finanziamento:. Questo lavoro è stato sostenuto dal National Science Foundation naturale della Cina (81.072.369, JJ), National Science Foundation naturale della Cina (81.373.084, JJ), National Natural Science Foundation of China (81273065, XYC), Norman Bethune Programma di Jilin University (2013025, JJ), la Fondazione Gioventù del primo ospedale di Jilin University (JDYY42013014, ZFJ), la Fondazione Gioventù del primo ospedale di Jilin University (JDYY42013018 , DHC) e scienza e la tecnologia Development Program della provincia di Jilin (20150414014GH, JJ). I finanziatori avevano alcun ruolo nel disegno dello studio, la raccolta e l'analisi dei dati, la decisione di pubblicare, o preparazione del manoscritto

Competere interessi:.. Gli autori hanno dichiarato che non esistono interessi in competizione

Introduzione

cancro gastrico (GC) è uno dei tumori maligni più comuni in Cina ed è la seconda causa di morte correlate cancro [1, 2]. Helicobacter pylori
( H
. pylori
) è stato classificato come un agente cancerogeno ho gruppo di cancro gastrico da IARC nel 1994 [3]. H
. pylori
è anche uno dei fattori di rischio per l'atrofia gastrica (GA), che è coinvolto nello sviluppo del cancro gastrico [4, 5]. Anche se la metà della popolazione mondiale ha H
. pylori
infezione, solo una piccola parte di loro progredire a gastrite cronica atrofica e quindi cancro gastrico. Questi suggeriscono un possibile ruolo dei fattori genetici in risposta alla cronica H
. pylori
e lo sviluppo del cancro gastrico, in seguito [6].

metilazione del DNA è uno dei le modulazioni epigenetiche ed è importante nella regolazione della trascrizione e della struttura della cromatina rimodellamento [7]. Aberrant metilazione del DNA può causare ipometilazione genome-wide e hypermethylation regionale, che viene identificato come un possibile meccanismo di inattivazione di geni oncosoppressori [8-10]. DNA metiltransferasi-3b (DNMT3B) è un de novo
metiltransferasi ed è sopra espresso in una varietà di tumori, come il cancro al polmone [11], carcinomi mammari [12], il carcinoma epatocellulare [13] e di grandi dimensioni B- linfomi a cellule [14]. Il nostro lavoro precedente ha mostrato che DNMT3B espressa significativamente maggiore nel tessuto del cancro gastrico rispetto a quella dei campioni di controllo accoppiati [15]. E i livelli più elevati di DNMT3B sono stati segnalati per essere coinvolti nella metastasi linfonodali del carcinoma ovarico [16] e più breve sopravvivenza globale della leucemia mieloide acuta [17]. Questi hanno suggerito il possibile ruolo di DNMT3B nello sviluppo e nella progressione dei tumori.

DNMT3B
individua nel cromosoma 20q11.2 con una dimensione totale di 47kb. Si è ritenuto che polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) all'interno della regione promotore di DNMT3B
gene possono modificare i livelli di espressione genica [18]. Studi precedenti hanno dimostrato che SNP di DNMT3B
sono stati correlati con la suscettibilità di vari tipi di cancro, come il carcinoma epatocellulare [19], il cancro del polmone [18], i carcinomi del rinofaringe [20], il cancro al seno [7] e gastrico cancro [21], e Azad et al [22] hanno dimostrato che DNMT3B
rs2424913 polimorfismo è stata correlata ad un aumentato rischio di pericolosità del nel cancro della testa e del collo. Questi SNP sono stati trovati per influenzare l'attività di DNMT3B
sulla metilazione del DNA, modificando il livello di DNMT3B, modulando in tal modo la suscettibilità al cancro [23, 24].

Tuttavia, per quanto ci sapere, nessuna carta era disponibile sul ruolo di DNMT3B
polimorfismo nella prognosi del cancro gastrico. Nel presente studio, abbiamo esaminato l'associazione tra polimorfismi di DNMT3B
gene e suscettibilità del cancro gastrico, così come atrofia gastrica, e le caratteristiche clinico-patologici e la sopravvivenza globale del cancro gastrico in una popolazione cinese.

Materiali e Metodi

Etica dichiarazione

Questo studio è stato approvato dal Comitato Etico del primo ospedale di Jilin University. consensi informati scritte sono state ottenute da tutti i soggetti prima di prendere parte a questa ricerca.

popolazioni di studio

nuova diagnosi di casi di cancro gastrico in fase di tumorectomia sono stati invitati allo studio presso il Dipartimento di gastrico e del colon-retto chirurgia, il primo ospedale di Jilin University (Changchun, Cina) nel corso del 2008 al 2010. Un totale di 447 casi con vista istopatologico diagnosticato il cancro gastrico sono stati inclusi e nessuno dei casi sono stati trattati con la chemioterapia o la radioterapia prima dell'intervento. Le caratteristiche cliniche principali sono stati raccolti dalle cartelle cliniche o tramite intervista telefonica. Abbiamo definito la chemioterapia come trattamento efficace per almeno 3 cicli. I pazienti hanno ricevuto diversi regimi chemioterapici post-operatorie, compresi FOLFOX-4 regime (combinazione con 5-fluorouracile, leucovorina e oxaliplatino); regime XELOX (capecitabina e oxaliplatino); altre chemioterapie come la capecitabina o 5-fluorouracile solo. Durante lo stesso periodo, esaminandi che frequentano il centro di check-up di salute senza storia di tumore sono stati invitati al gruppo di controllo nello stesso ospedale e 1072 individui hanno firmato il consenso informato. Tra questi, 150 soggetti sono stati trovati ad avere atrofia gastrica da siero esame pepsinogeno e 111 sono stati confermati da biopsia e istopatologia e sono stati inclusi come gruppo atrofia gastrica. I soggetti rimanenti (961) sono stati inclusi nel gruppo di controllo. Cinque millilitri di sangue periferico è stato raccolto da tutti i partecipanti e conservati a -80 ° C fino a quando l'estrazione di DNA genomico.

casi di cancro gastrico sono stati seguiti da telefonate tre mesi, sei mesi, e un anno dopo la tumorectomia ed ogni un anno dopo fino alla morte o l'ultimo programmato di follow-up. I casi non sarebbero inclusi nell'analisi di sopravvivenza se (i) sono stati persi al follow-up a la prima volta di intervista telefonica, o (ii) erano morti di complicazioni dell'intervento chirurgico nel periodo perioperatorio. Il tempo di sopravvivenza è stata definita come la durata dalla data di intervento chirurgico alla data di morte se i pazienti sono stati morti o alla data dell'ultimo colloquio di successo se i pazienti sono stati persi al follow-up o vivo fino alla fine dello studio . Il tempo di sopravvivenza è stato giusto censurato, tranne che i pazienti sono stati morti di cancro gastrico.

Prove di H
. pylori
infezione e la diagnosi di atrofia gastrica

siero immunoglobuline G (IgG) anticorpi per H
. pylori
, pepsinogeno I (IGP) e pepsinogeno II (PGII) sono stati valutati da immunoenzimatico (ELISA) seguendo le istruzioni del produttore (Biohit, Finlandia). Gli individui con IGP < 82,3 ng /ml e i rapporti di IGP /PGII < 6.05 sono risultati positivi per lo screening atrofia gastrica e validate da biopsia e istopatologia tramite gastroscopia [25]. Il coefficiente interday di variazioni (CV) dei campioni di controllo tra kit erano 4,5%, 4,3% e 4,7% per H
. pylori
IgG, PG I e PG II, rispettivamente.

Tagging SNP selezione

SNPs che coprono la regione di DNMT3B
sono stati analizzati utilizzando v4.0 SNPbrowser software basato sul cinese Han Popolazione nel Progetto HapMap (06-02-2009 HapMap). Quattro SNPs codifica (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 e rs8118663) sono stati selezionati in grado di coprire i 22 SNPs di DNMT3B
con una frequenza minima minore allele (MAF) di 0,05 e una coppia-saggio r
^{2 di 0.8 o maggiore [26]. Inoltre, altri tre SNP, rs2424913, rs6087990 e rs1569686, sono stati anche destinati ad essere selezionati come le SNPs candidati. Tuttavia, solo rs1569686 sono stati genotipizzati come rs2424913 era troppo basso MAF (0.012, i dati di HapMap Project) e rs6087990 era in un LD assoluto ( D
'= 1 e r
2 = 1) con rs4911107. Infine, cinque SNP, rs6119954 (introni), rs1569686 (promotore), rs4911107 (introne), rs4911259 (introni) e rs8118663 (3 'fiancheggiante regione) sono stati selezionati per la genotipizzazione.}

La genotipizzazione

il DNA genomico è stato estratto da campioni di sangue intero utilizzando kit di estrazione del DNA genomico sangue seguito le istruzioni del produttore (Axygen Biosciences, Stati Uniti d'America). I genotipi di ogni SNP sono stati determinati utilizzando i saggi TaqMan genotipizzazione seguendo il protocollo del produttore nelle piastre da 384 pozzetti (Applied Biosystems, USA). Sequenze di primer e sonde sono disponibili su richiesta. reazione a catena della polimerasi (PCR) sono i seguenti: 1 ciclo di 95 ° C per 10 min, seguiti da 40 cicli di 95 ° C per 15 s e 60 ° C per 1 min. I processi di amplificazione sono stati eseguiti su Bio-Rad S1000 termociclatori (Bio-Rad, California) ed i prodotti finali sono state lette su un ABI PRISM 7900 Sequence Detector HT utilizzando la sequenza Detector Software V2.3 (Applied Biosystems, USA). Due controlli in bianco sono stati inclusi in ogni test 384 pozzetti facilitando il software per identificare i genotipi. Il cinque per cento dei campioni duplicati selezionati casualmente sono stati inclusi in ciascuna piastre da 384 pozzetti per il controllo qualità, e il tasso concorde complessiva è stata 99,91%.

L'immunoistochimica

espressione DNMT3B è stata valutata nel tessuto tumorale di 104 pazienti affetti da cancro gastrico con il metodo di immunoistochimica. Le sezioni 4μm spessore da blocchi di tessuto sono stati asportati, deparaffinate e colorate con una tecnica dell'immunoperossidasi streptavidina-biotina. In breve, le sezioni di tessuto sono state incubate overnight a 4 ° C con l'anticorpo anti-umano DNMT3B policlonale (1: 200 diluito, sc-20704, Santa Cruz, USA). I segnali sono stati visualizzati con 3, 3-diaminobenzidina (DAB) ei vetrini sono stati con ematossilina. Come controlli negativi, i vetrini sono stati trattati con IgG di isotipo in sostituzione degli anticorpi primari. I vetrini colorati sono stati valutati da due patologi indipendenti, che sono stati accecati dai dati clinici. Il sistema HSCORE ampiamente accettato è stato usato per valutare l'intensità di colorazione e percentuali delle cellule colorate con una determinata grandezza di intensità. Il HSCORE è stata calcolata dalla seguente equazione: HSCORE = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). Il i indica l'intensità della colorazione, cioè alcuna colorazione = 0, debole colorazione = 1, colorazione moderata = 2 e forte colorazione = 3. Pi rappresenta percentuali di cellule colorate con intensità variabile da 0 a 100%. Il HSCORE va da 0 a 300.

L'analisi statistica

I dati continui come l'età e punteggi HSCORE di espressione DNMT3B sono state riassunte come mediana (25 ° al 75 ° percentile) e rispetto da parte di Mann-Whitney U test o test di Kruskal-Wallis. dati categorici sono stati descritti come la frequenza e la percentuale e confrontate utilizzando χ <sup>2 test o test esatto di Fisher quando appropriato. Le frequenze di genotipi di ogni SNP sono stati determinati mediante conteggio diretto e deviazione da Hardy-Weinberg nel gruppo di controllo è stata valutata da un χ 2 test di bontà di adattamento. Linkage disequilibrium (LD) tra coppie di loci biallelica è stato determinato utilizzando due misure, D
'e r
2. analisi di regressione logistica incondizionata è stata utilizzata per calcolare le probabilità ratio (OR) e gli intervalli di confidenza al 95% (IC), con aggiustamento per possibili fattori confondenti (età come una variabile di scala, il sesso come una variabile nominale e H
. pylori
anticorpo come variabile nominale). funzioni di sopravvivenza dei pazienti affetti da cancro gastrico all'interno di ogni SNP sono stati tracciati con il metodo di Kaplan-Meier e confrontate con log-rank test. Gli hazard ratio (HR) con IC al 95% sono stati utilizzati per quantificare l'influenza di genotipi di ogni SNP sulla sopravvivenza globale e sono stati calcolati con il modello di regressione di Cox. Per aplotipi con frequenze > 1%, rischi su pericolo la suscettibilità e la morte sono stati valutati a confronto per l'aplotipo di riferimento (importante aplotipo nel gruppo di controllo) che utilizzano il modello di regressione logistica incondizionata e il modello di regressione di Cox, rispettivamente, con il software THESIAS versione 3.1 [27, 28]. Tutti i test statistici erano a due code e valore P
< 0.05 è stato considerato statisticamente significativo. Salvo diversa indicazione, le analisi di cui sopra sono stati eseguiti in SAS software 9.1.3 (SAS Institute Inc., USA).</sup>

Risultati

caratteristiche soggetti

Un totale di 1519 soggetti, 447 casi di cancro gastrico, 111 casi atrofia gastrica e 961 controlli senza tumore sono stati inclusi in questo studio. Le caratteristiche di tutti i soggetti sono riassunte nella Tabella 1. L'fattori demografici, età e sesso, non sono stati uniformemente distribuito nei tre gruppi che il gruppo GC ha avuto argomenti più maschili e più anziani. E 69,1% dei casi GC erano positivi per H
pylori
, significativamente più alto rispetto al gruppo di controllo (49,7%, P
< 0,001)., Mentre non significativamente inferiore rispetto al gruppo gastrica atrofia (75,7%, P
= 0.176). Poiché questi fattori possono confondere gli effetti di SNP, i confronti di distribuzione dei genotipi di seguito sono stati adeguati per età, sesso e H
. pylori
infezione. La maggior parte dei casi di cancro gastrico avevano tipo intestinale di tumore (87,3%) e 140 pazienti hanno ricevuto chemioterapia postoperatoria (31,3%).

Associazione degli SNP con il rischio di cancro gastrico o atrofia gastrica

Quattro SNP loci , rs1569686, rs4911107, rs4911259 e rs8118663, erano coerenti con l'equilibrio di Hardy-Weinberg nel gruppo di controllo ( P
era 0.321, 0.341, 0.362 e 0,874, rispettivamente). Il locus rs6119954, tuttavia, è risultato essere deviato da esso ( P
= 0,0331). Tuttavia, questo locus è stato incluso nell'analisi finale poiché il tasso di concordanza dei campioni duplicati di rs6119954 era 100%. misure a coppie di linkage disequilibrium sono state elencate nella Tabella S1. Tre loci, rs1569686, rs4911107 e rs4911259 hanno mostrato completa linkage disequilibrium ( D
'> 0,98, r
^{2 > 0,96). Pertanto, solo rs1569686 sono stati analizzati rappresentano rs4911107 e rs4911259.}

Confrontando al genotipo più comune di ogni SNP, nessuna differenza è stata osservata sulle distribuzioni dei tre loci tra il gruppo cancro gastrico e il gruppo di controllo dopo aggiustamento per età , il sesso e H
. pylori
infezione (Tabella 2). Nessuno allele o aplotipo è stato associato con il rischio di cancro gastrico. Risultati simili sono stati ottenuti negativi sul rischio di atrofia gastrica (Tabella 2). Inoltre, non sono state osservate associazioni tra SNPs o aplotipo e rischio di H
. pylori
infezione nel gruppo di controllo (S3 Tabella).

Associazione di SNP con i parametri clinico-patologiche di cancro gastrico

distribuzioni genotipiche della SNP sono stati analizzati in base a parametri clinico-patologici come ad esempio le dimensioni del tumore, lo stadio, grado e metastasi a distanza nei casi di cancro gastrico. I pazienti che trasportano il genotipo AA di rs6119954 hanno una maggiore frequenza di metastasi a distanza (25,6% vs
. 9,1%, P
= 0.003). E i pazienti che portano il genotipo AA di rs8118663 avevano più proporzione di dimensioni del tumore ≥ 5 cm (33,5% vs
. 23,3%, P
= 0,040) (Tabella S4).

Associazione degli SNP con la sopravvivenza del cancro gastrico

informazioni di follow-up erano disponibili per 435 (97,3%) pazienti affetti da cancro gastrico fino al febbraio 2015. Tredici pazienti è morto per complicazioni post-operatorie entro 30 giorni all'inizio dello studio e questi casi sono stati esclusi dall'analisi degli effetti del SNP sulla sopravvivenza. Infine, 422 casi sono stati inclusi nell'analisi di sopravvivenza. Durante il follow-up, 195 (46,2%) pazienti sono morti da cancro gastrico, 14 (3,3%) dei casi sono morti per altre cause, 203 pazienti (48,1%) hanno vissuto e 10 (2,4%) pazienti sono stati persi al follow-up. Il tempo mediano di follow-up è stata di 55,1 mesi (che vanno da 1.1 a 79.2 mesi) per tutti i casi inclusi nell'analisi di sopravvivenza.

Cox analisi di regressione è stata effettuata per valutare l'associazione di DNMT3B
genotipi sulla sopravvivenza del cancro gastrico mediante il modello dominante o recessivo. Abbiamo scoperto che rs1569686 TG /GG variante genotipo era associata ad un aumento statisticamente significativo aumento del rischio del 43% di morte rispetto al genotipo TT nel modello dominante. Inoltre, la tendenza degli effetti sulla sopravvivenza a lungo termine potrebbe essere osservato dalle trame di sopravvivenza. Pertanto l'analisi dei sottogruppi sono stati eseguiti in pazienti che vivono più di due anni. I pazienti che portano G allele (TG o GG genotipo) di 1.569.686 è stato trovato a vivere più brevi rispetto a quelli di genotipo TT (HR = 2.46, 95% CI: 1,29-4,69, P
= 0.006) dopo aggiustamento per età, sesso, stadio TNM e la chemioterapia dopo tumorectomia (Fig 1A). Risultati simili sono stati osservati per i portatori G allele dei vettori rs4911107 e rs4911259 T allele di nella sopravvivenza globale del cancro gastrico (Tabella 3). E quelli che trasportano GG genotipo rs8118663 tendevano ad avere tempo di sopravvivenza più breve di un allele portatori (AA o AG) dopo aggiustamento per età, sesso, stadio TNM e la chemioterapia dopo tumorectomia (HR = 2.72, 95% CI: 1,45-5,12, P
= 0,002) (Fig 1B).

associazione tra SNPs e l'espressione di DNMT3B

DNMT3B espressione è stata valutata in tessuto canceroso di 104 casi di cancro gastrico con il metodo immunoistochimica. espressione DNMT3B è stata osservata principalmente in nucleo cellulare e livelli di espressione sono stati elevati (HSCORE > 200) in 64 casi (61,5%), moderata (100 < HSCORE≤200) a 30 (28,8%), bassa (HSCORE≤100) a 2 (1,9%) e negativo (HSCORE = 0) a 8 (7,7%). I risultati di espressione secondo i genotipi dei tre SNP loci sono stati mostrati in Tabella 4. Tuttavia, nessuna differenza di espressione DNMT3B potrebbe essere osservata tra genotipi di ogni SNP.

Discussione

Nel presente studio , abbiamo esplorato sistematicamente il ruolo di varianti di DNMT3B
gene nello sviluppo e nella prognosi del cancro gastrico in una grande popolazione. Abbiamo scoperto che rs1569686 genotipi TG /GG erano significativamente associati con scarsa sopravvivenza del cancro gastrico. Inoltre, abbiamo osservato che DNMT3B
polimorfismi effetto a lungo termine la sopravvivenza del cancro gastrico e l'effetto è stato ancora più forte nei pazienti vivono più di due anni.

La maggior parte dei lavori pubblicati concentrarsi solo sul ruolo di DNMT3B
nel carcinogensis di vari tumori maligni. Per quanto ne sappiamo, questo è il primo rapporto che descrive l'associazione tra DNMT3B
polimorfismo e la sopravvivenza cancro gastrico in una popolazione cinese. Il nostro studio ha dimostrato che DNMT3B
varianti hanno contribuito alla sopravvivenza a lungo termine di cancro gastrico. Il DNMT3B
rs1569686 variante TG o GG vettori genotipo hanno mostrato un aumento delle risorse umane con un P
-value di 0.036 (HR = 1.43, 95CI: 1,02-1,99) rispetto al TT wild-type. Inoltre, il cuscinetto singolo G allele di rs1569686 (TG o GG) hanno 2,46 volte aumento del rischio di mortalità rispetto portatori dell'allele non G nei pazienti vivono più di 2 anni (Figura 1A), e gli individui che trasportano rs8118663 GG genotipo tendono ad avere più alto rischio nella sopravvivenza a lungo termine (Fig 1B).

Abbiamo inoltre per la prima volta studiato l'associazione tra DNMT3B
polimorfismi e le caratteristiche cliniche dei pazienti affetti da cancro gastrico. I pazienti che trasportano il genotipo rs6119954 AA avevano più la frequenza di metastasi a distanza, il che suggerisce che il polimorfismo rs6119954 può essere coinvolto nella progressione del cancro gastrico. Allo stesso modo, i pazienti con genotipo rs8118663 AA tendevano ad avere più grandi dimensioni del tumore (≥5cm), suggerendo che rs8118663 SNP può giocare un ruolo nella progressione tumorale dei pazienti GC. Nel loro insieme, tutti questi risultati hanno dimostrato il valore predittivo di DNMT3B
polimorfismi per la progressione e la sopravvivenza prognosi nei pazienti con cancro gastrico.

DNMT3B
gene codifica DNMT3B, un membro della famiglia di DNA metiltransferasi che partecipa a una vasta gamma di processi biologici, tra cui lo sviluppo del tumore e tumorgenesis [29]. Diversi studi precedenti hanno dimostrato che polimorfismi di DNMT3B
sono associati con lo sviluppo del cancro in una varietà di tumori. Shen et al [18] in primo luogo riferito che i portatori di alleli T, in particolare eterozigote (CT) di rs2424913, avevano quasi 2 volte maggiore rischio di rischio di cancro al polmone rispetto al genotipo CC omozigote della popolazione caucasica. Inoltre, questo C-to-T comune variante genetica nel promotore DNMT3B stata trovata per aumentare profondamente espressione mRNA [30]. Tuttavia, il ruolo di rs2424913 sul cancro in cinese potrebbe essere trascurabile come l'allele C della popolazione cinese è assente o rara [20], il significato della grande diversità in DNMT3B
distribuzione SNP può essere dovuto a diversi gruppi etnici , fattori ambientali sconosciuti o l'interazione tra fattori ambientali e predisposizione genetica. Il rs1569686 è stato segnalato per essere associate con la suscettibilità di cancro al polmone [31] e cancro gastrico [21], ma non in carcinoma epatocellulare [19], il cancro dell'esofago [32] e il carcinoma nasofaringeo [20]. In una precedente meta-analisi basata su 24 studi caso-controllo, il DNMT3B
rs1569686 G allele è stato identificato come un basso fattore di rischio per lo sviluppo del cancro colorettale [33]. Il rs1569686 si trova nella regione povera promotore CpG. Nel saggio promotore vitro hanno rivelato che il polimorfismo rs1569686 non influenza l'attività trascrizionale del DNMT
promotore [34], ma i meccanismi esatti sono in gran parte sconosciuti. Uno studio condotto da Lee et al [35] ha dimostrato che il rs6087990 nella regione del promotore di DNMT3B
, che era in completo LD con rs1569686, potrebbe modificare l'attività del promotore di DNMT3B
, la trascrizione attività del allele T era significativamente inferiore rispetto al allele C, ma il polimorfismo rs1569686 non ha influenzato l'attività del promotore. Nel nostro studio, tuttavia, non abbiamo osservato alcuna associazione di rs1569686 con lo sviluppo del cancro gastrico o atrofia gastrica, un importante fattore di rischio per il cancro gastrico (Tabella 2). Inoltre, non abbiamo osservato differenze di espressione DNMT3B all'interno dei genotipi di ogni SNP con il metodo immunoistochimica. Il meccanismo alla base di DNMT3B
sul cancro gastrico deve essere chiarito in studi futuri. Un altro siti, rs2424908, che è in completo linkage disequilibrium con rs8118663 ( r
^{2 = 0,956), è stata trovata anche di essere coinvolti in tumori, come il cancro dell'esofago [32] e il cancro del colon [ ,,,0],34]. Tuttavia, nel nostro studio, è stata osservata alcuna associazione positiva con cancro gastrico. Simile ai nostri risultati, Yang ed altri riferito che DNMT3B
rs2424908 polimorfismi non sono state associate con la suscettibilità al cancro gastrico nella popolazione cinese meridionale [36]. Pertanto, possono essere necessari ulteriori studi per concludere il ruolo del polimorfismo genetico di DNMT3B
nello sviluppo del cancro gastrico.}

Due limitazioni dovrebbero essere riconosciuti nel nostro studio. Uno era che solo SNP con un allele minima minore di 0,10 o superiore sono stati inclusi a causa dei criteri di selezione. variazioni a bassa frequenza possono correlare con lo sviluppo del cancro, come rs2424913 [22]. sono necessari ulteriori studi che copre gli SNP con bassa frequenza. L'altro è che il tempo di follow-up per i casi di cancro gastrico sembra insufficiente come la maggior parte dei casi sul lato destro delle trame di sopravvivenza sono censurati. Influenze di SNPs sulla sopravvivenza a lungo termine non possono essere pienamente affrontati anche se una tendenza è stata osservata. Tuttavia, quando i casi sono stratificati in sottogruppo vivono più a lungo di due anni, potrebbe essere osservata una significativa associazione sulla prognosi a lungo termine. Tuttavia, il ruolo di DNMT3B
sul cancro gastrico sarà rivalutata e aggiornati in futuro, come il follow-up è ancora in corso.

Conclusioni

In sintesi, troviamo polimorfismi di DNMT3B
possono influenzare la sopravvivenza globale del cancro gastrico, suggerendo la possibilità di DNMT3B
SNP come marker utile per predire la sopravvivenza globale del cancro gastrico, soprattutto nei pazienti che sopravvivono più di due anni. Tuttavia, non abbiamo osservato tutte le associazioni significative tra DNMT3B
varianti e rischio di cancro gastrico o atrofia gastrica. Ulteriori indagini sono necessari per chiarire pienamente il ruolo del DNMT3B
sul cancro gastrico in differenti popolazioni etniche.

Informazioni di supporto
Tabella S1. coefficienti di linkage disequilibrium ( D
') e r
2 tra DNMT3B
htSNPs
doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 Table. I dati clinici di pazienti affetti da cancro gastrico
doi: 10.1371. /journal.pone.0134059.s002
(DOCX)
S3 Table. Associazione di SNPs e H
pylori
infezione nel gruppo di controllo
doi:.. 10.1371 /journal.pone.0134059.s003
(DOCX)
S4 Tabella . Distribuzione di genotipi in base ai parametri clinici in casi di cancro gastrico
doi: 10.1371. /Journal.pone.0134059.s004
(DOCX)
S1 supporto dati. I dati clinici e le frequenze genotipiche dei polimorfismi del gene DNMT3B nei casi e controlli
DOI: 10.1371 /. Journal.pone.0134059.s005
(XLS)

Ringraziamenti

Gli autori desidero ringraziare tutti coloro che partecipano a questo studio, in particolare per Ying canzone per il suo lavoro sul follow-up dei soggetti e Chang-canzone Guo per il suo supporto tecnico.

• PLoS Computational Biology: Scoperta di droga sinergie in gastrico cellule tumorali predetto dalla modellazione logica
• PLoS ONE: PRR11 è un marcatore prognostico e potenziale Oncogene in pazienti con cancro gastrico