Frankräich Profil Analyse vun diffusen-Typ gastric cancers

Frankräich Profil Analyse vun diffusen-Typ gastric Cancers VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Mo. Kriibs ass den drëtte Punkt weltwäit ënnert all Cancers. Obwuel Heefegkeet vun der intestinal-Typ gastric Kriibs ofgeholl huet, ass d'Heefegkeet vun diffusen-Typ nach ëmmer a sengem Werdegang ass notoriously aggressiv. Et ass net genuch Informatiounen iwwert Nepgen Variatioune vun diffusen-Typ gastric Kriibs, well hir Zellen normalerweis mat normalen Zellen gemëscht sinn, an dësen niddregen cellularity huet et schwéier d'Nepgen ze analyséieren. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Mir ganzt genomes an entspriechend exomes analyséieren gastric Kriibs vun diffusen-Typ, mat ë.a. entholl an normal Echantillon vun 14 diffusen-Typ a fënnef intestinal-Typ gastric Kriibs Patienten. Somatic Variatioune vun der diffusen-Typ gastric Kriibs fonnt ginn an déi vun der intestinal-Typ Verglach an ze virdrun Varianten gemellt. Mir bestëmmen der Moyenne exonic somatic stattfannen Taux vun de zwou Zorten. Mir fannen Kandidat Chauffer Genen verbonnen, an z'identifizéieren siwen Roman somatic kennen CDH1 VerfÜgung, déi e gutt-bekannt gastric Kriibs-verbonne Gentherapie ass. Dräi-Dimensiounen Struktur Analyse vun der mutated E-cadherin FAQ hindeit, datt dës nei somatic kennen bedeitendst funktionell Wierkung vu kriteschen Kalzium-verbindlech Siten an der EC1-2 menaarbecht verursaache kéint. Chromosomal Onstabilitéit Analyse konnt gewise ginn, datt d'MDM2 VerfÜgung Gentherapie Kick ass. No en- strukturell Analys, eng TSC2 Roman Fusioun Gentherapie VerfÜgung -RNF216 VerfÜgung Kloeren ass, déi gläichzäiteg entholl-suppressive Weeër desorganiséieren kann an tumorigenesis aktivéieren. VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung Mir Rapport d'Frankräich Profil vun diffusen-Typ gastric Cancers dorënner nei somatic Variatiounen, e Roman Fusioun Gentherapie, an amplification a Läsche vu bestëmmte chromosomal Regiounen datt oncogenes an entholl suppressors. VerfÜgung Background VerfÜgung Mo. Kriibs verléiert als drëtt wichtegst Ursaach vun global Kriibs veruerteelt [1] enthalen. Histopathologically, kann gastric Kriibs (GC) an zwou Kategorien séiert ginn baséiert op morphological Ënnerscheeder: intestinal-Typ GC (CIG) an diffusen-Typ GC (DGC) [2, 3]. Ginnn ass normalerweis mat Helicobacter pylori VerfÜgung Wonn verbonnen, an ass virun allem gemeinsam an Japan a Korea [4-6]. DGC ass uniform geografesch verdeelt, an ënner anerem aggressiv Medeziner Formen, wéi linitis plastica, déi aarme hätt hunn, virun allem an jonk Patienten [7, 8]. Frankräich DNA Modifikatioune flénke GC kënnt als Resultat vun e puer Ëmwelt- Risiko Facteure wéi eng héich-Salz iessen an Tubak geschitt [9]. Obwuel d'Heefegkeet vun CIG stänneg iwwer puer Joerzéngten (44% Reduktioun vun 1978 bis 2005) ofgeholl huet, fräi DGC séier (vun 62%) vun 1978 bis 2000, ier gehumpelt an 2001-2005 falender [10]. Trotz der entwéckele Beweiser datt CIG an DGC via verschidden carcinogenic Weeër entwéckelen [11, 12], detailléiert Frankräich Skala Daten fir DGC sinn subtil well vun limitéiert Disponibilitéit vun de Medeziner Echantillonen an engem niddregen Niveau vun Rengheet vum Kriibs Zell Populatioun. VerfÜgung Fir Datum, ganz wéineg Genen verbonne mat GC bestemmt identifizéiert ginn. D'CDH1 VerfÜgung Gentherapie, déi d'E-cadherin FAQ encodes, sinn déi bescht-bekannt Genen verbonne mat ierflech DGC (HDGC) [13-16]. Genetesch Duerchmusterung fir dësen Projet'en ass fir depressiv fréi-agesat GC [17] ugeholl. E-cadherin Viagra, ëmmer vun Projet'en, Verloscht vun heterozygosity, an Promoteur hypermethylation, ass déi gutt etabléiert Mängel an GC Initiatioun an Entwécklung [18-20]. A Nepgen-grouss association Etude gewisen, datt schiefgang vun der Aarbecht Stammzellenfuerschung antigen Gentherapie (PSCA VerfÜgung) si staark mat waat fir DGC verbonne [21]. D'microarray-baséiert Method, ass awer, limitéiert op eenzel Nukleotid Variatiounen, a kann net Copy-neutral strukturell Variatiounen (SVs) z'entdecken. Zwee rezent Studien op GC exomes gemellt, a gewisen, datt Projet'en am ARID1A VerfÜgung Gentherapie dacks am GC mat microsatellite Onstabilitéit fonnt ginn, an an Epstein-Barr Virus (EBV) -positive GCs [22, 23]. Nee Analyse vun GC bestemmt war gesuergt, an der Majoritéit vun de Echantillon vun de Studien analyséiert goufen aus Patienten mat CIG. VerfÜgung Next-Generatioun sequencing (NGS) huet Fuerscher Krankheet-verbonne Variatiounen erlaabt, an gehollef getrueden d'Basisdaten Mechanismen ze entdecken vun Krankheet Entwécklung. An virun allem, ganz Nepgen sequencing (WGS) kann stäerkste Frankräich Variatiounen, dorënner SVs, wéi intrachromosomal an interchromosomal rearrangements z'entdecken. Geff ganz exome sequencing (Wes), engem Arc-Zil- sequencing Method, kann fir Héich-Déift sequencing vun enger grousser Zuel vun Echantillon op engem relativ niddregen Käschten [24] benotzt gin, obwuel nëmmen eenzel Nukleotid Variatiounen (SNVs) a kleng insertions oder geläscht (indels) kënnt mat dëser Method identifizéiert ginn. WGS an Wes all hutt Virdeeler an Nodeeler, an engem Zuel vun de rezenten Etuden esouwuel Methode benotzt hunn [25-27]. VerfÜgung mir presentéieren Hei detailléierte characterization vun DGC genomes aus reagéiert entholl an normal Echantillon vun ganz Frankräich Profiler vun Wes duerno generéieren . Mir benotzt Bluttprouwen wéi eng normal Kontroll, wéi an de leschte Studien [28-31]. Fir DGC-spezifesch Variatiounen ze fannen, huet CIG genomes och mat Variatioune vun genomes vun DGCs identifizéiert analyséiert a verglach. Dräi-Dimensiounen FAQ Struktur Analyse war fir Roman somatic Projet'en vun der CDH1 VerfÜgung Gentherapie gesuergt, an dëser kritescher Regiounen am Kloeren, datt déi Projet'en System geännert huet. Zousätzlech, hunn mir e Roman Fusioun Gentherapie, datt zu tumorigenesis Équipe ginn hätt. VerfÜgung Resultater an Diskussioun VerfÜgung Lait Nepgen a exome sequencing VerfÜgung entholl iwwereneestëmmen normal (Blutt) Echantillon vun 14 Patiente mat DGC (de clinicopathological Beméien vun deenen Kranken an Table S1 zu Weider Fichier 1) gewise ginn, deen all relativ jonk (Steiren Alter 38 Joer huet) koreanesch Fraen, sech mat enger Illumina HiSeq 2000 Nepgen, dee vläit-Enn produzéiert, 90-Basis an 101-huel DNA liest. Ausserdeem, fënnef Puer entholl iwwereneestëmmen normal Echantillon vun Patienten mat CIG (Steiren Alter 42 Joer) huet zu DNA sequencing ënnerworf; eent vun dësen Echantillon gouf spéider als e Fall vun microsatellite Instabilitéit (MSI) an domat war vun der stattfannen Analyse ausgeschloss identifizéiert. Keen vun den Echantillon hu keng familial Geschicht vu Kriibs, an der bestemmt waren histopathologically confirméiert. Nëmmen entholl Zellen vun macrodissection der hematoxylin staining gesammelt goufen. VerfÜgung Fir de ganzen Nepgen Analyse, iwwert der Moyenne, 92 gigabases (GB) pro Prouf ware bei ongeféier 32 Mol sequencing Déift produzéiert, 3,5 terabases (wuel) an total déifgräifend, a sech Ëmgéigend un d'Referenz Nepgen (NCBI bauen 37, hg19) op engem androën Taux méi wéi 94,5% (fir sequencing Statistiken, gesinn Weider Fichier 1: Table S2). D 'Finale 3,3 wuel vun der Ëmgéigend liest, war e Frankräich Profil Datebank fir z'entdecken SNVs gebaut, Kopie Zuel Variatiounen (CNVs), an SVs. Well de bewosst Puritéit vun engem entholl Prouf enger kritescher Fonktioun zu Kriibs Nepgen Analyse ass, war et évaluéiert en zu-Haus Berechnung Method benotzt (kuckt spontan a auswierken; gesinn Weider Fichier 1: Table S3 an Dorënner S1). Obwuel mir probéiert nëmme entholl Zellen ze sammelen, eis Echantillon zougedréckt nach eng héije Niveau vun stromal admixture. Fir d'Richtegkeet vun stattfannen Detectioun an genic Regiounen och zu niddereg-Puritéit Echantillonen, zousätzlech Wes Erhéijung war op ronn 103 Mol sequencing Déift Duerchschnëtt gesuergt, deen am Ganzen 17 GB Haaptrei Donnéeën produzéiert. Den Arc Wes 93,1% vun der genic Regioun op 10 Mol oder méi Déift iwwerzunn, an dëser Websäit ass gläicht dofir deem vun virdrun gemellt exome Daten op GC [22, 23]. VerfÜgung der WGS an Wes Donnéeën kombinéiert, nogewise mir somatic hire Restaurant op der DGC Echantillonen, a si mat der CIG hire Restaurant Verglach (d'Donnéeë si zu kengem 1 als Zirkus Diagramm zesummegefaasst). Fir eis Daten behaapt, mir kombinéiert an analyséiert se mat virdrun exome Daten aus zwee verschiddene Studien gemellt (24 CIG a 5 DGC Echantillonen, net abegraff MSI a gemëscht Echantillon) [22, 23] an aus vill Komparativ Nepgen hybridization (CGH) Donnéeën ( 16 CIG an 14 DGC Echantillon) [32]. Obwuel déi Studien haaptsächlech IGCs benotzt a just eng kleng Zuel vun DGC Echantillon abegraff, konnt si als eng Kontroll an eiser Donnéeën ergänzt ginn (duerch eng grouss Zuel vun CIG Donnéeën an Eliminatioun vun Otemschwieregkeeten Spezifizitéit suergt). An der kombinéiert Donnéeën, am Verglach mir d'Differenzen an hire Restaurant tëscht der DGC an CIG Echantillon. Figur 1 Lait Nepgen Verdeelung vun somatic kennen an Hausdokter oder Läschen Evenementer vun diffusen-Typ gastric Cancers (DGCs). All d'somatic kennen, dorënner Hausdokter /Läschen Evenementer, déi an der 14. DGC genomes fonnt goufen, sinn am Zirkus Grondstécker fusionéiert. Vun baussen ze bannen, Kaddoen der Komplott de folgende Charakteristiken: chromosome ideograms, Frequenz vun entwéckele amplification oder Läschen Evenementer (schwaarz, amplification; rout, Läschen), an d'Zuel vun somatic Net-Zifferen Single Nukleotid Variatiounen (nsSNVs), indels, an SNVs zu splice Siten fir all Gentherapie. Black triangles weg héich mutated Genen. Orange triangles Geleeënheet oncogenes, a blo triangles unzeginn entholl suppressors. VerfÜgung Umeldung vun diffusen-Typ-spezifesch SNVs an indels VerfÜgung An all Prouf Pair, mir identifizéiert ongeféier 3,7 Milliounen SNVs, déi polymorphism Single Nukleotid Hëllef ubelaangt huet (SNP ) Fritten (duerchschnëttlech concordance Quote: 99,2%; gesinn Weider Fichier 1: Table S4), an ongeféier 0.69 Milliounen indels (fir Detailer, gesinn Weider Fichier 1: Table S5 an Table S6). Mir éischt mutational Frequenz vun zwou Zorte vun GC op der eenzeger Nukleotid Niveau évaluéieren (kuckt Weider Fichier 1: Dorënner S2 engem, b). D'somatic stattfannen Spektrum war vun C > dominéiert; T (G > A) ëmgebaut a souwuel d'DGC an CIG Echantillonen, an et waren och keng Differenze zu mutational Kontexter tëschent den zwou GC Zorte, am Aklang mat virdrun Studie vun GC [23, 30]. Wa mir zwee virdrun gemellt exome konsultéieren analyséiert, fonnt mir dass de Spektrum vum Verhältnis Nukleotid Wiessel un eis Daten ähnlech war (cf. Weider Fichier 1: Dorënner S2c, d). VerfÜgung Obwuel d'stattfannen Spektrum vun DGC ähnlech ass vun deem CIG, eenzel Projet'en am betraff Genen huet verschidden. Vun subtracting zu normal Blutt genomes fonnt kennen, identifizéiert mir 922 Net-Zifferen SNVs (nsSNVs) als somatic Projet'en an der 18. entholl Echantillon (kuckt Weider Fichier 1: Table S7; gesinn Weider Fichier 2). D'Moyenne stattfannen Taux vun der 18 GCs (1.97 kennen /Mo) war vergläichbar mat dass an aner Studien op Colon gemellt, pancreatic, a Liewer Cancers [33-35]. Vun 847 mutated Genen vun den 922 nsSNVs betraff, goufen 581 an 14 Fäll DGC, 288 an 4 CIG Fäll goufen, an 22 (2,6%) waren an zwou Zorte gemeinsam. D'MSI Echantillonen, déi aus der Komparativ Analyse, zougedréckt ronn sechs Mol méi SNVs an indels wéi hutt Wéinst Echantillon ausgeschloss war; dësem Resultat ass am Accord mat enger viregter gemellt [22]. Wann mir déi zwou virdrun gemellt exome konsultéieren kombinéiert, identifizéiert mir 967 an 2.077 somatic nsSNVs zu 19 DGCs an 28 IGCs, bzw.. D'somatic stattfannen Taux vun der IGCs (3.71 kennen /Mo an der 28. Echantillon) war méi héich wéi déi vun der DGCs (2.29 kennen /Mo an der 19. Echantillon) (kuckt Weider Fichier 1: Table S8). Virdrun publizéiert Fuerschung hindeit datt melanoma an haett Kriibs héich stattfannen Tariffer hunn, Wéint der Bedeelegung vun mächtegst mutagens [36]. Anerersäits, ass et méiglech, datt CIG dës héich stattfannen Taux huet well seng tumorigenic Mechanismus méi verbonne ginn Ëmwelt- an /oder parasitic mutagens Verglach mat DGC. VerfÜgung Fir eenzel Variatiounen, goufen putative Kriibs-causative Genen vun Automobilist Gentherapie stoung Berechnung virausgesot (kuckt Weider Fichier 1: Table 1 an Table S9). Der Gentherapie VerfÜgung CDH1 gouf fonnt an DGC gin Iwwerfloss mutated (P VerfÜgung = 1,29 × 10 -2), dorënner sechs somatic kennen (dräi missense, ee lächerlech, ee frameshift, an ee splice Site kennen) datt mer net virdrun gemellt ginn, hierkommen nëmmen ee missense stattfannen an der CIG Echantillon (Table 2) fonnt gouf. All siwe CDH1 VerfÜgung somatic Projet'en vun Sanger sequencing Fra goufen (kuckt Weider Fichier 1: Table S10 an Table S11). An eiser DGC Echantillonen, 35,7% (5/14) haten somatic kennen VerfÜgung CDH1, an et huet sech confirméiert ginn, dass d'Ofstänn vun CDH1 VerfÜgung somatic kennen sporadesch DGCs vun 3% fir méi wéi 50% variéiere kann [19 , 37-40]. Et war an de Länner mat enger héijer Heefegkeet vun sporadesch GC (wéi Japan a Korea), d'Frequenz vun germline kennen familial GCs niddreg ass am Verglach mat deem vun niddereg-Heefegkeet Länner [41, 42] ubelaangt dass. Dofir, spekuléieren mir datt de globale GC Heefegkeet och fir d'Heefegkeet vun CDH1 VerfÜgung somatic Projet'en am Beräich ass. Ausserdeem, war ee germline stattfannen (T340A) zu CDH1 VerfÜgung zu souwuel entholl an entspriechend Blutt genomes aus zwee Echantillon (; M-01, MSI-Typ D-14, DGC) fonnt. Obwuel T340A engem causative stattfannen an HDGC ass [43], dës zwee Patienten hu keng familial Geschicht wéi GC oder lobular Broscht Kriibs. Zwee leschte Rapporte exome Donnéeën vun GC analyséiert hat z'identifizéieren net CDH1 VerfÜgung als héich gesaten Gentherapie (nëmmen ee missense stattfannen an eng MSI CIG Prouf) [22, 23]. Dës Ënnerscheeder kann un der klenger Zuel vu Echantillon vun DGC vun deene Studien (2 vun 22 an 3 aus 15 Echantillon waren DGCs, bzw.) wéinst ginn. Am Moment schaffen, PIK3CA VerfÜgung an TP53 VerfÜgung, bekannt Genen Kriibs-assoziéiert, waren déi dacks mutated Genen Souwuel DGC an CIG gesinn Table 1 an Table S9 zu Weider Fichier 1. kennen zwou bekannt PIK3CA VerfÜgung Zonen (E545K an H1047L) sech zu véier DGC Echantillon fonnt. Ausserdeem, war ee nsSNV stattfannen (Q546K) nieft dem E545K stattfannen an een DGC Prouf fonnt. Am Ganzen, 5 aus 14 DGC Echantillon (ca. 30%) harbored nsSNVs zu PIK3CA VerfÜgung, déi eng oncogene mutated hir ass Form geet fräi kinase Aktivitéit, Kriibs Zell Prolifératioun dauernd [44]. Mir vergläichen dann d'niddereg Frequenz (16-17%) vun der nsSNVs zu PIK3CA VerfÜgung zu Rapporte vun aneren [22, 23, 44] (déi meeschtens benotzt CIG Echantillon) an d'Resultater vun eisen kombinéiert Analyse (31.5% fir DGC , 14,3% fir CIG) (kuckt Weider Fichier 1: Table S9). Et schéngt, datt der relativ héich stattfannen Tariffer vun PIK3CA VerfÜgung zu DGC kann d'Spezifizitéit vun Projet'en an dësem Gentherapie fir dës Zort vu Kriibs spigelen. Ausserdeem, dräi Echantillon (zwou DGC an ee CIG) Texter souwuel nsSNV an eng Kopie Verloscht vun TP53 VerfÜgung, engem homozygous Verloscht vun Funktioun vun TP53 VerfÜgung beweist, wéi virdrun gemellt [45]. An SNP am PSCA VerfÜgung Gentherapie (rs2976329) huet gemellt gouf mat méi Risiko vun DGC an Japanesch a Koreanesch Populatiounsschichte [21] verbonne ginn. Dëst SNP war och an der Majoritéit vun DGC Echantillon vun eiser Etude beräichert, (9 aus 14 Patienten), wat beweist, datt eis analyséiert Echantillon typesch Patienten mat DGC am Osten Asien vertrieden. Ervirgestrach, e lächerlech stattfannen (R1446 *) an der ARID1A VerfÜgung Gentherapie, war an ee DGC Prouf (D-08) fonnt. Obwuel kennen ARID1A VerfÜgung dacks zu MSI fonnt ginn an am EBV-positiv GCs [22, 23], den D-08 Echantillonen zougedréckt keng EBV Wonn, an eng MSI Prouf (M-01) huet net all ARID1A hunn
Gentherapie kennen entweder. Vun Variatioune vun Kandidat Chauffer Genen, 88. nsSNVs, 4 kleng indels, an 2 SNVs zu engem splice Site sech mat konventionelle Sanger sequencing ubelaangt. Seven vun deene Projet'en konnt net well vun Hinnen alleguer Echec getest ginn, a vun der reschtlech 87 Projet'en, ware 96,6% als richteg somatic kennen bestätegt (kuckt Weider Fichier 1: Table S10 an Table S11) .Table 1 Top Kandidat Chauffer Genen am 14 diffusen -type gastric Cancers VerfÜgung Gene
Echantillonen, n
nsSNVs, n
SNVs zu splice Site, n
Indels, n VerfÜgung VerfÜgung P VerfÜgung -value
Driver Gentherapie stoung
PIK3CA
5 zur VerfÜgung 5 zur VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 zu 3,63 × 10 -12 VerfÜgung 9,83 VerfÜgung CDH1
5 zur VerfÜgung 4 VerfÜgung 1 zu 1 VerfÜgung 4,64 × 10-10 VerfÜgung 8,02 VerfÜgung SNRPN VerfÜgung
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 1,86 × 10-07 VerfÜgung 5,60 VerfÜgung TP53
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0
4,88 × 10-07 VerfÜgung 5,36 VerfÜgung CMKLR1
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 5,33 × 10-07 VerfÜgung 5,36 VerfÜgung CYP2A7
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 1,53 × 10-06 VerfÜgung 4,99 VerfÜgung GUCY1B3
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 1,97 × 10-06 VerfÜgung 4,99 VerfÜgung PAPOLB
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 2,15 × 10-06 VerfÜgung 4,99 VerfÜgung MYH9
3 VerfÜgung 3 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 2,27 × 10-06 VerfÜgung 4,99 VerfÜgung FAM71B
1 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 2,51 × 10-06 VerfÜgung 4,99 VerfÜgung C10orf90
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 3.76 × 10 -06 VerfÜgung 4,86 ​​VerfÜgung AKAP8
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 4,59 × 10-06 VerfÜgung 4,81 VerfÜgung ZC3H12B VerfÜgung
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 5,87 × 10-06 VerfÜgung 4,74 VerfÜgung SFTA3
1 zu 1 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0
6,86 × 10-06 VerfÜgung 4,70 VerfÜgung SENP7
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 7,65 × 10-06 VerfÜgung 4,68 VerfÜgung TMPRSS6
2 VerfÜgung 2 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 8,38 × 10-06 VerfÜgung 4,67 VerfÜgung PAGE2
1 zu 1 VerfÜgung 0 VerfÜgung 0 VerfÜgung 9,94 × 10-06 VerfÜgung 4.62 VerfÜgung fir zousätzlech Chauffer Gentherapie Lëschten, gesinn weider Fichier 1:. Table S9 VerfÜgung Table 2 CDH1 hire Restaurant zu 18 gastric Cancers VerfÜgung Sample
zu Type
Verfall
CDH1 VerfÜgung Regioun
d-01 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16
d-02 T VerfÜgung SNV VerfÜgung N256S VerfÜgung Exon 6 VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung d-03 T VerfÜgung SNV VerfÜgung Splice Site
Donateur Site vun Intron 4 VerfÜgung d-04 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung d-05 T VerfÜgung SNV VerfÜgung D257N VerfÜgung Exon 6
AFÜ VerfÜgung S829fs VerfÜgung Exon 16 VerfÜgung D-09 T VerfÜgung SNV VerfÜgung V252G VerfÜgung Exon 6 VerfÜgung SV VerfÜgung Break Punkt VerfÜgung Intron 2 VerfÜgung D -10 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung d-11 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung d-12 T VerfÜgung SNV VerfÜgung Q23 * VerfÜgung Exon 2 VerfÜgung d-13 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung SV VerfÜgung Punkt Break VerfÜgung Introns 2 an 10
d-14 T VerfÜgung SV VerfÜgung Break Punkt VerfÜgung Introns 2, 5 an 9 VerfÜgung ech-01 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung ech -02 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung ech-03 T VerfÜgung SNV VerfÜgung D221G VerfÜgung Exon 5 zur VerfÜgung SV VerfÜgung Punkt VerfÜgung Break Introns 10 an 13 VerfÜgung ech-04 T VerfÜgung CNV VerfÜgung Verloscht VerfÜgung Exons 1 bis 16 VerfÜgung CNV, Nummer Variant kopéieren; AFÜ, kleng Enregistréiere; SNV, eenzel Nukleotid Variant; SV, strukturell Variant. VerfÜgung D'somatic Variatioune sech dann op de Kyoto Enzyklopedie vun Genen Ëmgéigend an Genomes (Kegg) Weeër Datebank. Dës Analyse verroden, datt de mutated Genen vun DGCs vill mat der Kalzium sécher Passerelle (P VerfÜgung = × 7.00 10 -5; gesinn Weider Fichier 1: Table S12 an Table S13) verbonne waren. Low Kalzium ofgeroden zu GC Entwécklung [46] bäidroen kënnen. Kalzium ass wichteg fir d'Funktioun vum E-cadherin, an engem Verloscht vu E-cadherin-mediated Haftung ass vun der Transitioun vun engem benign lesion zu invasiv metastatic Kriibs [47] Équipe. Doriwwer eraus, huet de somatic Projet'en betraff mat Weeër verbonne ze kleng Zell haett Kriibs dinn (P VerfÜgung = 1.00 × 10 -6 zu DGC a P VerfÜgung = 4,24 × 10 -2 an CIG). Besonnesch, Équipe Genen vun Brennwäit Haftung Weeër, wéi ITGA VerfÜgung, PIK3CA VerfÜgung, an PTEN VerfÜgung, waren dacks mutated. VerfÜgung SV an CNV Analyse VerfÜgung SVs discordantly fonnt goufen baséiert op der Ëmgéigend liesen Puer, an all SVs datt an der germline genomes 'Patienten sech ausgeschloss präsent waren. Am Duerchschnëtt, fonnt mir 552 somatic SVs pro DGC Prouf Pair (211 grouss insertions, 264 grouss geläscht, 27 inversions, 44 intrachromosomal translocations, a 6 interchromosomal translocations). Mir hunn 664 somatic SVs an all CIG Prouf Pair (285 grouss insertions, 283 grouss geläscht, 34. inversions, 38. intrachromosomal translocations, an 24 interchromosomal translocations) (fir Detailer fir all Prouf, gesinn Weider Fichier 1: Table S14 an Dorënner S3). Zousätzlech fonnt mir 2.258 Genen leider gin, an 1.736 vu dëse sech nëmmen an der DGC Echantillon (fir Donnéeë fir all Prouf, gesinn Weider Fichier 1: Table S15; a gesinn Weider Fichier 3) fonnt. Dräi entholl suppressor Genen FHIT VerfÜgung, WWOX VerfÜgung, an MIPOL1 VerfÜgung, déi an enger viregter GC Etude gemellt goufen [30], huet impairments wéinst der SVs (FHIT VerfÜgung zu 11 Echantillonen, WWOX
zu 5 Echantillonen, an MIPOL1 VerfÜgung an 3 Echantillon) VerfÜgung Fusion Genen vun enger chromosomal Emplazéiren generéiert goufen donieft, an 19 Fusioun Gentherapie Kandidate waren bestëmmt (kuckt Weider Fichier 1: Table S16), dorënner och eng Verfilmung Fusioun Gentherapie, TSC2 VerfÜgung -RNF216 VerfÜgung, an eng Prouf (Dorënner 2a, b) fonnt. TSC2 VerfÜgung der tuberin FAQ Zeechesaatz virdrun als entholl suppressor Gentherapie an der mammalian Zilscheif vun rapamycin (mTOR) Passerelle [48, 49] Équipe ugeholl gouf. Zousätzlech, ligase RNF216 VerfÜgung, Zeechesaatz E3 ubiquitin-FAQ, ass zu cytokine Funktioun Équipe vun der nohalteger Aktivatioun vun nuklearem Faktor (NF) Préventioun -κB [50]. D'Velostroun GTPase activating FAQ (Velostroun-GAP) Domän vun der TSC2 FAQ, déi zu der Ausriichtung GTPase Aktivitéit vun der Zesummenhang ass Ras-Zesummenhang Proteinen RAP1A an RAB5, war vun dëser chromosomal br (Dorënner 2C) gebrach. Ausserdeem huet den Zénk Fanger Beräicher vun der RNF216 FAQ net zu der Fusioun Gene ausgedréckt, well vun enger frameshift datt virzäitegen anze- verursaacht. Benotzt ëmgedréint Transkriptiouns polymerase Kette Reaktioun (RT-Hinnen alleguer), gefollegt vun sequencing Analyse, déi Ausdrock vun dëser Fusioun Gentherapie an der Otemschwieregkeeten de Patient gouf confirméiert. eng zousätzlech Formatioun vu 15 GC Patient Stoffer der Fahrt, identifizéiert mir 2 Patiente ausdrécken der Fusioun Gentherapie (Dorënner 2D, E). Dëst chromosomal br kënnen ze verännert bewosst gelooss huet souwuel vun der normal Fonctionnement vun der Gentherapie jonken Studenten an dauernd Ausdrock vun der Fusioun Gentherapie Produit, deen géint d'normal Gentherapie konkurréiere kënnen. D'Fusioun Gentherapie kann competitively mat entholl suppressor Weeër Amëschung an NF-κB-mediated cytokine sécher aktivéieren. Figur 2 TSC2 - RNF216 Fusioun Gentherapie breakage. (En) Exon Struktur vun der TSC2 VerfÜgung -RNF216 VerfÜgung Fusioun Gentherapie. D'Zuel vun de Këschte sinn der Exon Zuelen vun all Gentherapie. Red Linnen deiten d'Fusioun Punkten. (B) Protein Domain Struktur vun der TSC2-RNF216 Fusioun FAQ. D'Velostroun-GAP Domän vun TSC2 war gebrach, an RNF216 no engem frameshift stattfannen dauernd virzäitegen anze- vun der interchromosomal Emplazéiren. (C) Struktur vun der TSC2 Velostroun-GAP Domän. De roude Regioun ass déi reschtlech Velostroun-GAP Domain Regioun, an de gro Regioun ass d'Velostroun-GAP Domän vun der TSC2 VerfÜgung -RNF216 VerfÜgung Fusioun Gentherapie geläscht ass. (D) RNS Haaptrei vun der TSC2 VerfÜgung -RNF216 VerfÜgung Fusioun Gentherapie. Positioun 136 ass den N. Entweder eng E oder G Basis produzéiert engem anze- codon (TAA oder Tag) gewisen. (E) Préifen vun der TSC2 VerfÜgung -RNF216 VerfÜgung Fusioun ët zu RNS (cDNA) vun heescht vun Hinnen alleguer amplification an electrophoresis. VerfÜgung An DGCs, chromosomes 16, 17, 19, 20, 21, an 22 Texter eng Zomm vun der Spär geläscht fräi, während chromosomes 3, 7, 8, an 13 zougedréckt gëlt fräi duplications (Dorënner 1). Vill entholl suppressor Genen, wéi CDH1 VerfÜgung, PLA2G2A, RUNX3 VerfÜgung, SMAD2 VerfÜgung, an TP53 VerfÜgung, sinn an extensiv geläscht chromosomal Regiounen läit. somatic stattfannen (nsSNV oder splice Site stattfannen) a kopéieren Zuel Verloscht vun CDH1 gëlt, VerfÜgung allgemeng géigensäiteg exklusiv goufen: véier aus fënnef DGC Echantillon mat somatic stattfannen rauszesichen Gentherapie Kopie Zuel erlidden hunn, an aacht aus néng DGC Echantillon mat engem Gene Kopie Zuel Verloscht VerfÜgung CDH1 hu keng somatic kennen CDH1 VerfÜgung. Nëmmen ee Beispill (1/18, 5,6%) huet esouwuel hire Restaurant (stattfannen a kopéieren Zuel Verloscht) concomitantly, an dëser Beobachtung gläichzäiteg mam fréiere Studien Berichterstattung datt concomitant hire Restaurant zu CDH1 VerfÜgung rare sinn [19, 40, 51, 52] . Wann mir als SVs zu CDH1 VerfÜgung zesummen, hunn mir déi aner dräi Echantillon mat SV engem stattfannen /Kopie Zuel Verloscht concomitant haten. Ausserdeem, MYC d'Kopie Zuelen vun der oncogene VerfÜgung zu fënnef DGC Echantillon eropzesetzen (kuckt Weider Fichier 4), a kopéieren Zuelen vun begéint VerfÜgung zu dräi DGC Echantillon eropzesetzen [53]. D'oncogenes Dag VerfÜgung an ZHX2 VerfÜgung och eng Kopie Zuel Mosconi an fënnef a véier DGC Echantillon zougedréckt, bzw.. Méi wéi d'Halschent vun der Echantillon (10 vun 18) huet eng Kopie Zuel Reduktioun vun ARID1A VerfÜgung, déi engem Automobilist Gentherapie fir spillt kloer Zell carcinoma ass, an engem chromatin remodeler am GC [22, 54, 55]. Et ass bekannt, datt d'Majoritéit vun GCs mat ARID1A VerfÜgung kennen weisen ënneschten FAQ Ausdrock Verglach mat GCs ouni eng ARID1A VerfÜgung stattfannen [22]. Wann der Doséierung Effet wichteg an dëse Kriibs Stoffer ass, Kopie Zuel Reduktioun vun ARID1A VerfÜgung eng méiglech Kriibs-verbonne Faktor kéint VerfÜgung Eng grouss Regioun vun chromosome 12 war an dräi DGC genomes Kick. vun dësen dräi genomes Echantillon D-01 T an D-02 T zougedréckt distinctively héich amplification (Dorënner 3A). D'Verdueblung Musteren sech liicht anescht: D-01 T huet eng zwee Verdueblung vun 3 Mbp hierkommen D-02 T en Inverted Verdueblung vun 1 Mbp (Dorënner 3B, c) hat. Deel vun dëser verduebelt Regioun encodes der murine duebel Minutt (MDM2 VerfÜgung) Gentherapie. Et war an engem klengen Donnéeën, déi MDM2 VerfÜgung Gentherapie war dacks Implikatioune [56], an datt dës Gentherapie ass verbonne mat e puer Cancers [57] dat. MDM2 VerfÜgung overexpression vun der Gentherapie amplification ëmmer war bestätegt experimentally benotzt grouss RT-Hinnen alleguer mat der entholl an bascht normal Otemschwieregkeeten vläit Echantillon fir NGS benotzt gebueden, an normal Zell goufe fir Verglach (Dorënner 3D) abegraff. MDM2 VerfÜgung overexpression positiv mat der Kopie Zuel Analyse Donnéeë soll. Obwuel virdrun gemellt vill CGH Donnéeën [32] relativ héich Opléisung fir CNV erkennen haten, déi mir déi Donnéeën fir eng Schold vu senge Politiker an hire Restaurant vun der Gentherapie Kopie Zuel vun all histopathological Typ ze sichen. Eng Kopie Zuel Gewënn vun Genen Zeechesaatz Kalzium Kanal Proteinen (CACNG6 VerfÜgung, CACNG7 VerfÜgung, an CACNG8 VerfÜgung, P VerfÜgung = 4,24 × 10 -2) war vill méi heefeg an DGC Echantillon (gesinn Weider Fichier 1: Table S17). All integréiert Verfall Informatiounen ass zu Weider Fichieren dës (kuckt Weider Fichier 1: Table S18 an Table S19; gesinn Weider Fichier 5). Figur 3 D'Verdueblung Regioun vun der MDM2 Gentherapie op chromosome 12 an Echantillon D-01 T an D-02 T. (e) Kaartefunktiounen Déift Diagramm vun den zwou chromosomes. (B) dënn schwaarz Spikes sech um androën Déift vun 2000-huel Breed liesen. D'y VerfÜgung -axis weist relativ Déift. All Unitéit entsprécht ongeféier 30 Mol sequencing Déift. (C) Gene Positiounen an Nimm ronderëm d'Implikatioune Regiounen. Déi schwaarz Bande weisen Gentherapie Standuerter. (D) MDM2 VerfÜgung ët Niveauen am entholl an bascht normal Otemschwieregkeeten vläit Echantillonen an normal Zell Linnen. Chemeschen RT-Hinnen alleguer benotzt gouf MDM2 VerfÜgung mRNA Niveauen am Echantillon D-01 an D-02 (mat deenen hire MDM2 VerfÜgung Regiounen), D-04, D-05, D-10, ech-03, ze moossen an ech-04 (ouni Implikatioune MDM2 VerfÜgung Regiounen), an dräi normal Zell Linnen (HDF, HMEC, an t 738.St/Int). Feeler Baren sech aus zwee getrennt Experimenter vun triplicate Reaktioune berechent. VerfÜgung 3D strukturell Analys vun mutated CDH1 VerfÜgung Fir ze verstoen, wéi d'Réckstänn kennen FAQ Struktur /Funktioun an Aktivéierung vun afgerappt biologescher Weeër ze beaflossen carcinogenesis betreffen, analyséiert mir dräi-Dimensiounen ( 3D) Strukture vun der Mann- e-cadherin FAQ an ee CIG a fënnef DGC Echantillon (kuckt Weider Fichier 2) fonnt. D'CDH1 VerfÜgung Gentherapie encodes engem Kalzium-ofhängeg Zell Haftung glycoprotein an huet fënnef extracellular cadherin Beräicher (EC1-EC5) (Dorënner 4A). Et ass bekannt, datt d'Interaktioun tëscht cadherin an Kalzium fir dimerization, strukturell Léin néideg ass, an de Schutz vun proteolytic ofgeschnidden [58]. Projet'en am EC1-2 an EC2-3 junctions si bekannt fir Messstänn cadherin Lokalisatioun a manner Zell Haftung Ursaach [59]. Strukturell Analys war op véier nsSNVs duerchgefouert (D221G, V252G, N256S, an D257N), ausser e lächerlech SNV (Q23 *), engem frameshift Enregistréiere (S829fs), an enger splice Site (chr16: 68842472) stattfannen. All véier nsSNVs waren an der menaarbecht tëschent EC1 an EC2 (EC1-2 menaarbecht) (Dorënner 4B, c) läit, an dräi nsSNVs (D221G, N256S, an D257N) an d'FAQ Regioun goufen déi direkt mat enger Kalzium ioun openee (Dorënner 4d, E). Dës Situatioun zu anormal Interaktiounen tëschent de cadherin Beräicher Resultat kéint. Et ass confirméiert datt A298T, D231K, an D231A kennen, déi en ähnleche strukturell Positioun um EC1-2 Échangeur zu der somatic kennen an dëser Etude erausfonnt hunn, e Verloscht vun Zell Haftung Funktioun zougedréckt [60, 61]. Aner nsSNV stattfannen, V252G, ass an de β-Blat Struktur vun cadherin etabléiert, a seng Säit Ketten ass Richtung bannen konzentréiert. Well β-Faass Strukturen allgemeng Jets a hydrophobic Aminosaier Saieren enthale oofwiesselnd, mat der hydrophobic Reschter konzentréiert bei der Ariichtung vun der abaut engem hydrophobic Kär ze Form, an de Polargebidder Reschter géintiwwer der ausserhalb vun der abaut konzentréiert op der Léisungsmëttelbad-ausgesat Surface, déi Opstellung vun der hydrophobic Kär kënnt vun der V252G stattfannen (Dorënner 4e) behënnert ginn. A virdrun exome Etude confirméiert zwee CDH1 VerfÜgung kennen, P127fs (frameshift stattfannen an enger DGC) an V694I (an eng MSI CIG) [22]. Dimerization vun zwee cadherin Molekülle an entweder e Well VerfÜgung oder Ziel VerfÜgung Configuratioun Accident op der Kräizung tëscht EC1-2 an EC1-2 [62] hierkommen, déi kennen op d'EC3-4 an EC4-5 junctions net vill gemaach Afloss Zell Haftung [59]. All Auteuren liesen an guttgeheescht der Finale mëttelalterlech Handschrëft. VerfÜgung

• Mechanisme vun gastroprotection vun methanol Extrait vun Melastoma malabathricum Blieder
• Héich Frequenz vun cagA EPIYA-C Phosphorylation z'erwaarde zu H. pylori analyséieren vum éischte-Diplome Famill vun gastric Kriibs Patienten