Door GW geleid consortium ontvangt $ 2,2 miljoen van FDA voor Biocompute Object Specification Project

Een consortium onder leiding van de George Washington University (GW) is terugbetaald voor hun BioCompute Object Specification Project, dankzij een $ 2,2 miljoen, vijfjarige subsidie van de Amerikaanse Food and Drug Administration (FDA). Het BioCompute-objectspecificatieproject, die in het najaar van 2017 werd gelanceerd, biedt de hoognodige standaarden voor het communiceren van high-throughput sequencing (HTS) berekeningen en data-analyse, bekend als BioCompute Objects (BCO's).

Dit door de gemeenschap aangestuurde project werkt aan het stroomlijnen van gegevens en workflow-uitwisseling tussen de FDA, onderzoekers, farmaceutische bedrijven, en ontwikkelaars van bioinformaticatechnologie. In de afgelopen jaren, het consortium organiseerde regelmatig open bijeenkomsten, inclusief een jaarlijkse workshop om deelnemers te laten uitbreiden, verfijnen, en prioriteren van de behoefte aan standaardrapportage, terwijl ze ook hun eigen stakeholderspecifieke vereisten voor een standaard bespreken. Na deze workshops het BioCompute Object Specification Document werd gepubliceerd - een in 2017 en een ander bijgewerkt document in 2018 - om best practices te communiceren. In het door GW geleide consortium zijn experts van DNAnexus, Galaxy-project, zeven bruggen, en meer.

Om gepersonaliseerde geneeskunde te stimuleren, we moeten een betere manier vinden om genomische gegevens te vergelijken en erop voort te bouwen die inzichten in kanker kunnen opleveren, voorgeslacht, microbioom dynamiek, metagenomica, en meer. Dit is waar het BioCompute Object Specificatie Project van pas komt."

Raja Mazumder, doctoraat, hoofdonderzoeker van het project en hoogleraar biochemie en moleculaire geneeskunde aan de GW School of Medicine and Health Sciences

De norm wordt momenteel geëvalueerd door het Institute of Electrical and Electronics Engineers Standards Association om een officieel erkende norm te worden. Omdat het vaststellen en onderhouden van HTS-standaarden voor het valideren van gegevens, berekening en interoperabiliteit is van cruciaal belang voor de regelgevende missie van de FDA, het consortium streeft naar het creëren van een bijbehorende database (BioComputeDB). Dit omvat de ontwikkeling van mechanismen om BCO's over te dragen, updates van de technische specificatiedocumentatie, en het organiseren van regelmatige informatiesessies voor FDA-personeel over het maken en gebruiken van BCO's.

"Ik denk dat onze voorgestelde database en ons voorgestelde mechanisme om BCO's over te dragen het potentieel heeft om het indieningsproces te stroomlijnen, " zei Jonathon Keeney, doctoraat, een co-onderzoeker van het project en assistent-onderzoekshoogleraar biochemie en moleculaire geneeskunde aan de GW School of Medicine and Health Sciences. "We zijn van plan zeer nauw samen te werken met FDA-personeel om ervoor te zorgen dat het project hun missie ondersteunt, en dat het ook voldoet aan de behoeften van andere leden van de gemeenschap."

Het BioCompute-project heeft ook een "App-a-thon"-uitdaging op het PrecisionFDA-platform gecoördineerd, waarbij de bio-informaticagemeenschap werd betrokken bij het bouwen van BCO's en daaraan gerelateerde apps, en heeft onlangs ook een publiek-private samenwerking gelanceerd die instrumenten en feedback verder zal ontwikkelen, en zal het bereik van het project uitbreiden met meer groepen op verschillende gebieden.

Vragen over de Maag

Maaggezondheid voor Baby's

Buikpijn