Pilotstudie vil gi data for videre testing av tarmmikrobiomanalyse

Tarmmikrobiota, består av mikroorganismer som lever i tarmene våre, kan gi oss informasjon om vår helse, siden sammensetningen kan avhenge av faktorer som diett, livsstilen eller patologiene våre. Videre, Å vite hvilke spesifikke bakterier som er i tarmene våre, kan bidra til å forutsi sykdommer som tykktarmskreft. Nye fremskritt innen genom -sekvensering metoder, og bioinformatikkverktøy som lar oss analysere dataene, har hjulpet oss med å identifisere tusenvis av nye mikroorganismer som er tilstede i tarmene våre gjennom analysen av deres genom.

Et team av forskere fra Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) og Catalan Institute of Oncology (ICO) har utført en pilottest i analysen av tarmmikrobiotgenomet. I denne studien, de analyserte, ved to forskjellige sekvenseringsmetoder, tykktarmsbiopsier og fekale prøver fra ni pasienter. Målet har vært å implementere sekvenseringsteknikker og verktøy for bioinformatikkanalyse.

Det er den første studien av et prosjekt som har som mål å være mye mer omfattende. Dataene innhentet i denne pilottesten vil tjene som grunnlag for utformingen av analysemetoden for Colonbiome -prosjektet. Dette brede prosjektet tar sikte på å finne mikrobiotamarkører som kan brukes til tidlig påvisning av tykktarmskreft. Å gjøre dette, tykktarmsbiopsier og fekale prøver vil bli samlet fra friske pasienter og pasienter i forskjellige stadier av tykktarmskreft. Deretter blir mikrobiotas genom sekvensert for å identifisere forskjeller mellom grupper.

Data tilgjengelig for alle

Alle dataene som er innhentet i denne pilotstudien er lagt inn i European Nucleotide Archive, en offentlig og samarbeidende database, hvor alle typer genomiske sekvenser deles til fordel for hele det vitenskapelige samfunnet. I tillegg, alle resultatene av denne første pilottesten har blitt publisert i Vitenskapelige data tidsskrift, også en offentlig journal, hvor både sekvensene og bioinformatikkanalysemetodene som brukes er detaljerte.

Denne studien har ikke bare som mål å være nyttig for gruppens fremtidige arbeid, men den har også som mål å være nyttig for alle forskningsgrupper som utfører lignende analyser eller prøver nye bioinformatikkverktøy, som har åpen tilgang til alle resultatene oppnådd i denne studien. I tillegg, forskerne forsikrer at de også vil offentliggjøre alle detaljene i de påfølgende studiene, å fortsette å bidra til samarbeid og fremgang på feltet.

De to sekvenseringsmetodene

To sekvenseringsmetoder ble sammenlignet i studien:16 -årene og Shotgun. Den første er fokusert på sekvensen til et enkelt gen av mikroorganismer, mens den andre gir oss hele sekvensen til hele genomet. Selv om sekvensering av et enkelt gen innebærer mindre følsomhet, det kan være billigere. Dessuten, sekvensering av et gen som bare er tilstede i mikrobiotaen lar oss analysere biopsiprøver uten forstyrrelse av det menneskelige genomet. I tillegg pilottesten har vist at begge teknikkene er konsistente. Selv om fullstendig sekvensering er mer sensitiv og kan skille flere arter av mikroorganismer, resultatene er ikke motstridende med enkeltgen-sekvensering.

• TGen øker testene for COVID-19 for å bekjempe global helsetrussel
• Redaksjonen utfordrer det amerikanske helsevesenet til å revurdere konvensjonell omsorg for divertikulitt