DNA kopi nummer profiler av magekreft forløper lesions

DNA kopiantall profiler av magekreft forstadier
Abstract
Bakgrunn
kromosom ustabilitet (CIN) er den mest utbredte typen av genomisk ustabilitet i mage svulster, men dens rolle i ondartet transformasjon av mageslimhinnen er fortsatt uklar. I denne studien har vi satt ut for å undersøke om to morfologisk forskjellige kategorier av magekreft forstadier, dvs. intestinal-type og pylorusstenose kjertel adenomer, ville bære ulike mønstre av DNA kopiantall endringer, muligens gjenspeiler forskjellige genetiske veier av magekreftutvikling i disse to adenom typer. Search Results
ved hjelp av en 5K BAC rekke CGH plattform, vi viste at de mest vanlige avvik som deles av de 11 intestinal-type og 10 pyloriske kjertel adenomer var gevinster på kromosomene 9 (29%), 11q ( 29%) og 20 (33%), og tap av kromosomer 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) og 10 (33%). De hyppigste avvik i intestinal-type mage adenom var gevinst på 11q, 9q og 8, og tap på kromosomer 5q, 6, 10 og 13, mens det i pyloric kjertelen mage adenomer disse var gevinster på kromosom 20 og tap på 5q og 6. imidlertid ble det ikke observert noen signifikante forskjeller mellom de to adenom typene.
Konklusjon
resultatene tyder på at gevinster på kromosomene 8 9q, 11q og 20, og tap på kromosomer 5q, 6, 10 og 13, sannsynlig representerer tidlig hendelser i magekreftutvikling. De fenotypiske enheter, intestinal-type og pylorusstenose kjertel adenomer, men ikke signifikant forskjellig (P = 0,8) på nivå av DNA-kopi nummer endringer.
Bakgrunn
Magekreft er den nest hyppigste kreft over hele verden og prognosen for denne malignitet er fortsatt svært dårlig [1]. Gastric kreftforekomst og dødelighet varierer mellom ulike land i Den europeiske union [2]. I Nederland rangerer den femte som en årsak til kreft død, med ca 2200 nye tilfeller hvert år [3]. Kirurgi med kurativ hensikt er behandling av valget i avanserte tilfeller av magekreft, mens lokale endoskopisk mucosectomy kan være kurativ tidlig magekreft. Oppdagelse og fjerning av mage neoplasier i en tidlig eller premaligne staten vil bidra til å redusere død på grunn av magekreft. For å oppnå dette målet, er bedre tester for tidlig deteksjon av magekreft som trengs, og en forbedret forståelse av biologien til magekreft progresjon er avgjørende i denne sammenheng.
Ifølge Correa modell, patogenesen av intestinal-type adenokarsinom i ventrikkel følger en vei av kronisk aktiv gastritt grunn av Helicobacter pylori-infeksjon
, som fører til slimhinne atrofi, intestinal metaplasi, etterfulgt av intraepitelial neoplasi og endelig invasiv adenokarsinom [4]. Genetisk karakterisering av vevsprøver i intraepitelial neoplasi scenen i vesentlig grad vil bidra til vår forståelse av den molekylære patogenesen av magekreft. Imidlertid er disse lesjonene bare sjelden detektert, muligens på grunn av rask progresjon gjennom dette stadiet mot kreft, og er vanligvis til stede bare i deler av biopsiprøver, hindrer genomisk analyse av disse lesjoner. Analyse av alternative forstadier kan derfor, i det minste delvis, være et substitutt. Utvikling av magekreft gjennom et adenom scenen, men mindre vanlig, er et slikt alternativ rute. Disse adenomer er tidvis oppdages under gastroskopi og nåtid som store lesjoner som histologisk viser intra-epitelial neoplasi, noe som gjør dem egnet for genomisk analyse. Gastric adenomer har en direkte ondartet potensial og står for ca 20% av alle epitel polypper [5, 6]. Gastric adenomer kan ha en klassisk rørformet, tubulovillous, eller villøse morfologi med en overveiende intestinal-type epitel, men kan også vises som pylorusstenose kjertel adenomer [6]. Pylorusstenose kjertel adenomer oppstå fra dype slimet kjertler i magen og er sterkt positivt for mucin 6 [7, 8]. Et betydelig antall av mage adenomer viser allerede progresjon til adenokarsinom. På første diagnose rundt 30-40% av alle pylorusstenose kjertelen adenom allerede viser et fokus på karsinom [9, 10]. For intestinal-type adenomer dette nummer er lavere og varierer fra 28,5% for villous adenomer og 29,4% for tubulovillous typen adenomer til bare 5,4% i de rørformede adenomer [11]. Begge adenokarsinomer, ex intestinal-type adenomer og ex pyloriske kjertel adenomer, viser kjertelstrukturer, i motsetning til diffuse typen magekreft., En viktig funksjon i patogenesen av de fleste mage kreft, som i mange andre solide kreftformer, er kromosomal instabilitet , noe som resulterer i tap og gevinster på deler eller hele kromosomer [12]. Disse kromosomale endringer kan analyseres ved sammenlignende genomisk hybridisering (CGH). Flere tidligere studier har påvist genetiske endringer i mage adenomer ved hjelp av denne teknikken, er gevinster på kromosom 7q, 8Q, 13q, 20Q, og tap på kromosom 4p, 5q, 9 p 17p og 18q [13-16]. Selv uvanlig, og bare observert i adenomer med høy klasse intraepitelial neoplasi, har høyt nivå presiseringer blitt oppdaget på kromosomer 7q, 8p, 13q, VED BETJENING 17Q og 20Q [13-16]. I mage adenokarsinomer, konsekvent beskrevet kromosomavvik er gevinster på kromosom 3Q, 7p, 7q, 8Q, 13q, VED BETJENING 17Q og 20Q og tap på kromosom 4. kvartal, 5q, 6Q, 9 p, 17p og 18q. Høye nivå presiseringer har gjentatte ganger blitt oppdaget på 7q, 8p, 8Q, VED BETJENING 17Q, 19q og 20Q [14, 17-23]. Likevel, kromosomavvik eller DNA-kopi nummeret endres, er ikke ensartet i magekreft [24]. Undergrupper med ulike mønstre av DNA kopiantall endringer kan bli gjenkjent, som har vist seg å være assosiert med klinisk utfall samt [25].
I denne studien har vi satt ut for å undersøke om to morfologisk forskjellige kategorier av magekreft forstadier, dvs. intestinal-type og pylorusstenose kjertel adenomer, ville bære ulike mønstre av DNA kopiantall endringer, muligens gjenspeiler forskjellige genetiske veier av magekreftutvikling i de to adenom typene.
ble observert Resultater
DNA kopinummerendringer 10 av 11 intestinal-type adenomer og 9 av 10 pylorusstenose kjertel adenomer. Gjennomsnittlig antall kromosom hendelser, definert som gevinst eller tap, per svulst var 6,0 (range 0-18), inkludert 2,9 (spredning 0-14) gevinster og 3,0 (spredning 0-7) tap. I intestinal-type adenomer, var gjennomsnittlig antall kromosom hendelser per svulsten var 6,5 (range 0-18), hvorav 3,4 (spredning 0-14) gevinster og 3,1 (spredning 0-7) tap, og i pyloriske kjertelen adenom middelverdien tallene var 5,4 (range 0-9), 2,4 (range 0-7) og 3,0 (range 0-7) hhv.
i tarm-type mage adenomer, de vanligste avvikene observert var gevinst på kromosomene 8, 9q og 11q, og tap på kromosomer 5q, 6, 10 og 13. i fire adenomer (36,4%), forsterkning av kromosom 11q23.3 ble observert med en felles region av overlapping på 2,6 Mb. Gevinst av kromosom 9q ble observert i fire adenomer (36,4%) med en 12,6 Mb felles region overlapping ligger på kromosom 9q33.1-q34.13. Gevinst på kromosom 8 ble observert i tre adenomer (31%), hvorav to adenomer viste gevinst på hele kromosom 8, og den tredje adenom viste en gevinst på kromosom 8p-q22.3 med ytterligere 28,7 Mb gevinst på kromosom 8q24.11 -qter. I tillegg ble det observert gevinst på kromosom 1, 3, 6p, 7, 11p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 og 22q. Det er ingen amplifikasjoner ble sett i intestinal-type adenomer.
Slettinger på kromosom 13 ble observert i syv intestinal-type adenomer (64%). Av disse fem viste en 11,9 Mb sletting av kromosom 13q21.2-21.33 med en ekstra 7,7 Mb sletting på kromosom 13q31.1-31.3. De to andre adenomer viste en 16,6 Mb sletting av 13q14.3-31. En delesjon på kromosom 6 ble observert i seks adenomer (55%), med et overlappende område av 68,9 Mb plassert på 6cen-q22.1. En delesjon av kromosom 5q ble observert hos fire adenomer (36%) sammen med et felles område av overlappings lokalisert på kromosom 5q22.1-q23.2. I tillegg ble en delesjon av hele kromosom 10 observert hos fire adenomer (36%). Andre tap observert i intestinal-type adenomer ble lokalisert på kromosomer 8q, 9p, 10, 12q, 20Q og 21. En oversikt over alle DNA-kopi antall avvik av intestinal-type adenomer er vist i tabell 1.Table en oversikt av DNA kopi nummeret endres i 11 intestinal-type adenomer

Kromosomavvik

flankerer kloner


Tumor ID
Gevinst
Tap
Segment størrelse (Mb)

start til
End
en
1p-p36.11
26.68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-Q23 0,2
55.26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13.78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52.05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17.32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4,80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39.63
RP11-200F15
RP11-62D23
2
1p -1p33
46.90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14.12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54.91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28,65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13.63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31.69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-Q14 0,1
10.57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18.24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12.49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-Q21
57.26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 0,1
5.97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22.46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81.24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61.01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5,09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19.60
RP1-138B7
CTB81F12
3 -
-
4
6p21.1
3,32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76,38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9.69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-Q34 0,13
12.58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3,04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17,05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11.68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-Q24 0,3
8.92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53.40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8.06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33.72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11.75
RP11-322N7
RP11-1K22
6
3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88,49
RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11,86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9,62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1,41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80.52
CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8.76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74,37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-Pter
31.18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39.71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77,65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63.31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60.87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31.25
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33.06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8.44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88,89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145,95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13.60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3.16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58.59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1.96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12.93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18.03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8.99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11 -
-
hyppigste avvik observert i pylorusstenose kjertel adenomer ble gevinster på kromosom 20 og tap på kromosomer 5q og 6. gevinst på kromosom 20 ble sett i fire adenomer (40 %). Tre adenomer viste en 9,8 Mb gevinst på kromosom 20q13.12-q13.33, og gevinst på hele kromosom 20 ble observert i andre adenom. I tillegg ble det gevinst sett på kromosomene 1, 3Q, 5q, 7, 9q, 11q, 12Q, 13q, 15Q, 17 og 22q. En pyloric kjertelen adenom viste presiseringer, som ligger på 12q13.2-q21.1 og 20q13.3-q13.33.
Fem pyloriske kjertelen adenom (50%) viste tap av kromosom 5q, to ​​av dem hadde mistet en hel kromosom arm, mens to adenomer viste en 22,4 Mb sletting av 5q11.2-q13.3 og ett adenom en 40,3 Mb sletting av 5q21.1-q31.2. Tap av kromosom 6 ble observert i fire pyloriske kjertel adenomer (40%), tre av dem viste et fullstendig tap av 6Q og ett adenom viste en 51,2 Mb sletting av 6p21.1-q16.3. Andre kromosomavvik tap ble observert på kromosomene 1P, 2Q, 4, 9 p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20Q, og 21. En oversikt over DNA kopi nummer avvik av pylorus kjertel adenomer er vist i tabell 2.Table 2 oversikt over DNA-kopi nummeret endres i 10 pyloriske kjertel adenomer

Kromosomavvik

Flanke kloner


Tumor ID
Gevinst
Tap
Segment størrelse (Mb ) på
Begynn
End
12
1q21.3-q23.3
9.95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-Q43
14,07
RP11-375H24
RP11-80B9
3Q
111,59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 0,3
9.11
RP11-20O22
RP11-451H23
6Q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77,48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63.47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 -
-
14
4
191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10.84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16.81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16.04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-Q15
2,58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6,86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32.53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13.57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110,28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17.72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10.84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1.96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-Pter
35.59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203,62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66.00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40.27
CTD-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39.06
CTD-2323H12
RP11-451H23
6Q
113,61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
36.14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11.24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-Q21 0,2
51.24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51.24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-Q13
66.82
GS1-41L13
RP11-265B8
10
133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-Q13 0,3
24.64
RP4-592P18
CTD-2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-Q26 0,3
77,21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-Q23
31.31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10.02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9p-q13
66,57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-Q21 0,1 (forsterkning)
19.50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55,56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-Q23
23,28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (forsterkning)
14.62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43.15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130,26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62,57
CTB-62I11
RP11-506N21
6Q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
De vanligste avvikene som deles av både intestinal-type og pylorusstenose kjertel adenomer var vinning av kromosom 9q (29%), 11q (29%), og 20Q (33%) og tap av kromosom 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) og 13q (48%). Ved å sammenligne intestinal-type og pylorusstenose kjertel adenomer, CGH Multiarray avslørt åtte kloner å være vesentlig annerledes, hvorav seks ble plassert på kromosom 6q14-Q21 (p = 0,02 til 0,05) og to kloner på kromosom 9p22-p23 (p = 0,02 og 0,04, henholdsvis) (figur 1). Det er ingen gener lokalisert i områdene som dekkes av disse klonene har vært kjent for å være involvert i kreftrelaterte biologiske prosesser. Likevel, CGH Multiarray Region, etter korreksjon for multiplisitet, ga en falsk oppdagelse hastighet (FDR) av en for alle disse områdene, noe som indikerer ingen signifikante forskjeller mellom de to ulike typer av adenomer på kromosomale nivå. Unsupervised hierarkisk klyngeanalyse ga 2 klynger. Ingen signifikante sammenhenger ble funnet her (p = 0,8). Figur 1 Sammenligning av DNA kopiantall endringer i tarm og pyloric kjertel typen mage adenomer. En p-verdi (Y-aksen) ble beregnet for hver klon, basert på et Wilcoxon test med bånd, og plottet i kromosomalt rekkefølge fra kromosom 1-22 (X-aksen). Åtte kloner nådde signifikansnivå (p < 0,05)., Men ikke klarte å opprettholde en betydelig lav falsk funnraten etter korreksjon for multippel sammenligning
Diskusjon
Gitt den heterogene fenotype av magekreft, denne studien primært rettet sammenlign kopi tallendringer mellom intestinal-type adenomer og pylorusstenose kjertel adenomer, for å finne potensielle kunder mot genetiske stier involvert i patogenesen av magekreft. Adenom til karsinom progresjon er observert i 30-40% av pyloric kjertel adenomer og i ca 5-30% av intestinal-type adenomer (varierende fra ca 5% i rørformet adenomas til nesten 30% for tubulovillous og villøse adenomer) [9-11], indikerer direkte ondartet potensialet i disse to adenom typer og gjør mage adenomer en egnet modell for å oppdage tidlige hendelser i magekreftutvikling.
pyloriske kjertel adenomer utgjør en nylig anerkjent aktør [8, 26]. Så langt vi kjenner til, har denne typen adenomer aldri blitt analysert av matrise CGH før. Gjennomsnittlig antall hendelser i denne type adenom var 5,4 (0-9), med 2,4 (0-7) gevinster og 3 (0-7) tap. Dette kan sammenlignes med det midlere antall avvik i intestinal-type adenomer (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) og 3,1 (0-7) henholdsvis). I pylorusstenose kjertel adenomer, hyppige arrangementer var gevinst på kromosom 20 og tap på kromosomer 5q og 6, mens intestinal-type adenomer viste hovedsakelig gevinst på kromosomene 8 9q og 11q, og tap på kromosomer 5q, 6, 10 og 13. I denne studien, gevinst på kromosom 7 var mindre vanlig enn funnet tidligere [16]. Selv om disse hyppig endrede områder adskiller seg mellom de to typer av adenomer, hierarkiske klynge analyse ikke skille gruppene. I tillegg gjorde CGH Multiarray Region avdekket ingen signifikante forskjeller etter korreksjon for multiple sammenligninger. Denne mangelen på statistisk signifikante forskjeller kunne være på grunn av den begrensede prøvestørrelse kombinert med det faktum at generelt, adenomer vis små kromosomale avvik. På den annen side, kan det bare være at disse morfologisk forskjellige enhetene ikke avviker i form av kromosom gevinster og tap. Finne ingen signifikante forskjeller på kromosomnivå utelukker ikke andre genetiske og biologiske forskjeller som mutasjon eller arrangøren metylering status av spesifikke gener.
Avvik allerede oppdaget i adenomer kan være tidlige hendelser i trinnvis prosess for akkumulering av endringer som kan føre til progresjon av adenom til karsinom. Som forventet, var gjennomsnittlig antall av kromosomale hendelser var lavere i adenomer i forhold til de karsinomer [13, 14, 27]. Videre høyt nivå presiseringer er uvanlig i adenomer, mens karsinomer ofte viser høyt nivå presiseringer [13, 16].
Den avvik som finnes i både tarm-type og pylorusstenose kjertel adenomer, for eksempel tap på kromosom 5q, blir også ofte oppdages i gastriske karsinomer [15, 19, 28]. Tidligere CGH Resultatene viste en signifikant høyere antall kromosom 5q tap i intestinal-type carcinoma i forhold til å diffundere typen karsinom [29]. Kromosom 6, også tapt i begge typer adenomer, ofte blir slettet i gastriske karsinomer, bestemt ved LOH studier [30, 31]. Videre har kromosom 6q sletting blitt rapportert å være involvert i et tidlig stadium av mage carcinogenese, ettersom kromosom 6Q delesjoner blir ofte detektert i tidlig magekreft og også i intestinal metaplasi [31, 32]. Tap av kromosomene 10 og 13, har tidligere blitt observert i adenomer ved lavere frekvenser. I mage karsinom, har både gevinster og tap av kromosom 10 og 13 blitt observert av tidligere CGH studier [15, 19, 21, 33]. Kromosom 10 havner onkogen FGFR2
(10q26) og tumorsuppressorgener PTEN /MMAC1 plakater (10q23) og DMBT1 plakater (10q25-Q26), som begge er involvert i kreftutvikling, noe som kan forklare observasjonen av både gevinster og tap av kromosomer 10 i mage karsinom [34-36]. Faktisk kromosom 13 havner tumorsuppressorgener som BRCA2 plakater (13q12.3) og retinoblastomagenet (RB1
) (13q14). I motsetning til dette, har gevinst på kromosom 13q blitt korrelert med kolorektal adenom-til-karsinom progresjon, og amplifikasjon av kromosom 13 er blitt observert i mage-adenomer med alvorlige intraepitelial neoplasi [14, 37]. Den nøyaktige rolle av kromosom 13 avvik i magekreft gjenstår derfor å være løst.
Hyppigste kopitall gevinster ble observert på kromosomene 8 9q, 11q og 20. Spesielt gevinster av kromosomer 8 og 20 er i samsvar med tidligere (array) CGH studier i både mage adenomer og mage karsinom [13-16, 19, 25], implicating dette så tidlig hendelser i tumorgenesen. Selv om gevinst på kromosom 11q ikke har blitt beskrevet som en hyppig hendelse i adenomer, i karsinomer forsterkningen på kromosom 11q er vanlig [13-16]. I denne studien gevinst på kromosom 11q ble ofte observert i adenomer, noe som tyder på ondartet potensialet i disse adenomer.
Konklusjon
Disse dataene indikerer at gevinster på kromosomene 8 9q, 11q og 20 og tap på kromosomer 5q, 6, 10 og 13 er tidlig hendelser i magekreftutvikling. Til tross for de fenotypiske forskjeller, gjør intestinal-type og pyloric kjertel adenom ikke skiller seg vesentlig på nivå av DNA-kopitall endres.
Methods
material
Twenty-ett parafininnstøpte gastriske adenomer, 11 intestinal-type og 10 pyloriske kjertel adenomer, ble inkludert i denne studien (figur 2A og 2B). Tumor og pasientdata er gitt i tabell 3. For hvert tilfelle ble en tumor område bestående for minst 70% av tumorcellene avgrenset på en 4 um hematoksylin og eosin farget vev delen. Tilstøtende 10-15 serie vevssnitt av 10 mikrometer ble farget med hematoksylin og tilsvarende tumorområdet ble microdissected ved hjelp av en kirurgisk kniv. En siste 4 um "sandwich" -delen ble gjort og farget med hemotoxylin og eosin, for å sammenligne med det første lysbildet som en kontroll. Etter deparaffinization, ble DNA hentet av en kolonne basert metode (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table 3 Tumor og pasientinformasjon
Tumor ID
Adenom typen
Grade av dysplasi
Kjønn

Age
Tumor ID
Adenom typen
Grade av dysplasie
Kjønn
Alder
en
Intestinal
Moderat
Mann fra 75
12
Pyloric kjertel
Moderat
Mann fra 78
2
Tarm
Moderat
male 45
13
Pyloric kjertel
Mild
male 50
3
Tarm
Moderat
male 80
14
Pyloric kjertel
Alvorlig
Kvinne
76
4
Tarm
Moderat
Mann fra 79
15
Pyloric kjertel
Moderat
Kvinne
85
5
Tarm
Moderat
Mann fra 76
16
Pyloric kjertel
Moderat
Mann fra 63
6
Tarm
Moderat
Mann fra 75
17
Pyloric kjertel
Mild
Kvinne
86
7
Tarm
Mild
Mann fra 57
18
Pyloric kjertel
Moderat
Kvinne
59
8
Tarm
Moderat
Mann
64
19
Pyloric kjertel
Moderat
Mann fra 69
9
Tarm
Mild
Mann fra 63
20
Pyloric kjertel
Moderat
Kvinne
78
10
Tarm
Mild
Mann fra 75
21
Pyloric kjertel
Moderat
Mann
?
11
tarm~~POS=TRUNC
Moderat
Kvinne
45
Figur 2 Haematoxilin og eosin farging (opprinnelig forstørrelse × 400) av intestinal-type (A) og pyloric kjertelen ( B) mage adenomer. A. Intestinal-type adenom av magen sammensatt av uregelmessig anordnede kjertler sammensatt av intestinal-type epitel med eosinofilt cytoplasma og forstørrede kjerner. B. Pyloric kjertelen adenom i magen består av tett rygg mot rygg pakket kjertler som består av celler med blek cytoplasma og små runde hyperchromatic kjerner.
Genomisk DNA hentet fra perifert blod fra ti normale individer ble slått sammen (enten ti kvinner eller ti menn , avhengig av kjønn av pasienten fra hvilken adenom ble oppnådd) og anvendt som kontrollreferanse-DNA.
Array CGH
Array CGH ble utført i det vesentlige som tidligere beskrevet [39]. I korthet, 300 ng tumor og referanse DNA, sex-mistilpasning som eksperimentell kontroll, ble merket ved tilfeldig priming (Bioprime DNA Labelling System, Invitrogen, Breda, NL), hver i et volum på 50ul. Ikke inkorporert nukleotider ble fjernet ved hjelp ProbeQuant G-50 microcolumns (Amersham Biosciences). Cy3 merket forsøks genomisk DNA og Cy5 merket referanse-DNA ble kombinert og ko-utfelt med 100 ug av humant Cot-1 DNA (Invitrogen, Breda, NL) ved tilsetning av 0,1 volum 3 M natriumacetat (pH 5,2) og 2,5 volumdeler is- kald 100% etanol. Bunnfallet ble oppsamlet ved sentrifugering ved 14.000 rpm i 30 minutter ved 4 ° C og oppløst i 130 pl hybridisering blanding inneholdende 50% formamid, 2 x SCC og 4% SDS. Hybridiseringen Løsningen ble oppvarmet i 10 minutter ved 73 ° C for å denaturere DNA, etterfulgt av 60-120 minutters inkubering ved 37 ° C for å tillate Cot-1 DNA for å blokkere repetitive sekvenser. Blandingen ble hybridisert med en matrise inneholdende ca. 5000 kloner flekket i triplikat og spredt langs hele genomet med en gjennomsnittlig oppløsning på 1,0 Mb. De kloner er omfattet av Sanger BAC klone satt med en gjennomsnittlig oppløsning langs hele genomet til 1,0 Mb [40], den OncoBac sette [41], og utvalgte kloner av interesse, hentet fra Barnas Hospital Oakland Research Institute (chori). De valgte kloner omfatter en samling av BAC-kloner på kromosom 6 fylle hullene som er større enn 1 Mb, og full dekning contigs på bestemte områder på kromosomer 8, 13 og 20. Hybridisering ble utført i en i en hybridiserings-stasjon (Hybstation12 - Perkin Elmer life Sciences, Zaventem, BE) og inkubert i 38 timer ved 37 ° C. Etter hybridisering, ble objektglass vasket i en oppløsning inneholdende 50% formamid, 2 x SCC, pH 7 i 3 minutter ved 45 ° C, etterfulgt av en liten vasketrinn ved værelsestemperatur med PN-buffer (PN: 0,1 M natrium, 0,1% Nonidet P40, pH 8), 0,2 x SSC, 0,1 × SCC og 0,01 × SCC.
Bilde oppkjøp og dataanalyse
Bilder av arrays ble kjøpt opp av scanning (Agilent DNA Microarray skannere Agilent Technologies, Palo Alto, USA ) og kvantifisering av signal og bakgrunns intensiteter for hver spot for de to kanalene Cy3 og Cy5 ble utført av Imagene 5.6 programvare (Biodiscovery Ltd, Marina del Rey, CA, USA). Lokal bakgrunn ble subtrahert fra signalet median intensiteter og tumorer i referanse-forhold ble beregnet. Forholdene ble normalisert mot modus av forholdene i alle autosomer. Kloner med dårlig kvalitet på en av de tre paralleller og hybridisering med et standardavvik (SD) ≤ 0,22 og kloner med > 50% mangler verdier i alle adenomer ble ekskludert, slik at 4648 kloner for videre analyse. Alle påfølgende analyser ble gjort med tanke på klone posisjon fra UCSC May2004 fryse av Human Golden Path.
Array CGH glatt [42, 43], ble brukt for automatisert deteksjon av stoppunkter for å fastslå kopitall gevinster og tap. Siden variasjoner i kvalitet er observert i DNA oppnådd fra formalin-fikserte parafininnstøpte gastrisk vev ble forskjellige parametere utjevning anvendes, avhengig av kvaliteten på hybridisering. For utvalg CGH profiler med et standardavvik mindre eller lik 0,15, mellom 0,15 og 0,20 eller mellom 0,20 og 0,22, anvendt utjevning parametere for å bestemme gevinster og tap var 0,10, 0,15 og 0,20 kroner. Logg 2 svulst å referere ratio over 1 ble ansett som forsterkning.
Statistisk analyse
Unsupervised hierarkisk klyngeanalyse ble utført for å analysere fordelingen av de genomiske profiler av alle adenomer ved hjelp TMEV programvare 3.0.3 [44] . Basert på normalisert glattet log 2 svulsten til normale fluorescens intensitet forhold, ble en hierarkisk tre konstruert ved hjelp av parametrene komplett ledd og euclidean avstand. Pearson Chi-kvadrat test ble brukt for å analysere sammenhenger mellom cluster medlemskap og adenom type (SPSS 11.5.0 for Windows, SPSS Inc, Chicago, IL, USA).

• Nedregulering av bindevev vekstfaktor hemmer vekst og invasjonen av mage kreftceller og demper peritoneal formidling
• Sammenheng mellom Helicobacter pylori genotyper og alvorlighetsgraden av kronisk magekatarr, magesår sykdom og mageslimhinne interleukin-8 nivåer: Bevis fra en studie i Midtøsten