As descobertas iniciais relatadas pela Arizona COVID-19 Genomics Union (ACGU) sugerem que após o primeiro caso relatado de COVID-19 no Arizona no final de janeiro, o estado não registrou nenhum caso que passou despercebido e estava livre de COVID até que pelo menos 11 incursões distintas ocorreram entre meados de fevereiro e o início de abril.
p Os resultados publicados aparecem na revista científica
mBio .
p Docente do Translational Genomics Research Institute (TGen), uma afiliada da City of Hope, Northern Arizona University (NAU), Universidade do Arizona (UArizona), e a Arizona State University (ASU) lançou a ACGU em abril com o propósito expresso de rastrear o agente causador do COVID-19, SARS-CoV-2:como ele evolui e como se espalha em, dentro e fora do Arizona.
p A ACGU sequenciou os genomas SARS-CoV-2 no maior número possível de amostras de pacientes com vírus positivo no Arizona, e trabalhar com funcionários de saúde pública do Arizona, aplicou os resultados em esforços estaduais para testar e rastrear pacientes, além de fornecer orientação para os formuladores de políticas públicas do Arizona.
p Ação rápida pela ASU e funcionários de saúde pública do condado de Maricopa, Cientistas da ACGU concordam, provavelmente manteve o primeiro paciente COVID-19 identificado no Arizona - um aluno que acabara de retornar de Hubei, a província chinesa onde a doença se originou - de desencadear um surto, e evitou que o Arizona se tornasse um epicentro precoce para o contágio.
p "Este é um ótimo exemplo de como uma resposta rápida e completa da saúde pública pode ter sucesso na prevenção da propagação desta doença, "disse o Diretor da ACGU, Dr. Paul Keim, Professor Regents 'de Ciências Biológicas e Cowden Endowed Chair em Microbiologia na NAU e Diretor Executivo do Pathogen and Microbiome Institute da NAU.
p "Medidas semelhantes podem ser tomadas ao moldar esforços futuros para reabrir empresas e escolas, mesmo que o vírus continue a circular e as pessoas continuem suscetíveis, "acrescentou Keim, que também é um distinto professor e codiretor da Divisão de Patógenos e Microbiomas do TGen.
p Dr. Michael Worobey, um cofundador da ACGU e chefe do Departamento de Ecologia e Biologia Evolutiva da University of Arizona, concorda.
p "É uma combinação do paciente fazendo as coisas certas para se isolar e estar ciente de que ele possivelmente tinha essa doença, e funcionários de saúde pública fazendo todas as coisas certas. Parar uma incursão do COVID-19 foi uma vitória para o estado do Arizona, "Dr. Worobey disse.
p Isso deu ao Arizona um tempo valioso para os esforços de preparação. O primeiro caso relatado de transmissão "comunitária" ocorreu no Arizona no início de março, decorrente do surto no estado de Washington, descoberto em fevereiro.
p Mais de 80% das sequências do genoma SARS-CoV-2 de casos COVID-19 do Arizona descendem de pelo menos 11 linhagens separadas que estavam inicialmente circulando amplamente na Europa, e por viagens, desde então, dominou o surto em todos os EUA. Nenhum dos grupos de transmissão observados estão epidemiologicamente ligados ao caso original relacionado a viagens no Arizona, sugerindo isolamento precoce e quarentena bem-sucedidos.
p O ACGU usa sequenciadores de última geração, fluxos de trabalho de análise computacional personalizados, e supercomputadores para determinar a sequência do genoma de RNA do vírus, que é pouco menos de 30, 000 bases de comprimento. Em contraste, existem quase 3 bilhões de bases no genoma humano, que determinam características tão simples como a cor dos olhos e do cabelo, e tão complexo quanto a propensão de um indivíduo para câncer e outras doenças.
p TGen, até agora, sequenciou genomas SARS-CoV-2 de quase 3, 000 amostras COVID-19 positivas para o ACGU, e sequenciamento adicional foi realizado na ASU e UArizona, entre os mais de 200, 000 casos positivos no Arizona, tornando-o um dos mais robustos esforços desse tipo no país. ACGU recebe amostras do Arizona coletadas por estado, condado, sistemas de saúde tribais e privados.
p Os cientistas da ACGU tiram proveito de pequenas mudanças ou mutações no genoma do vírus, que ocorrem naturalmente ao longo do tempo à medida que o vírus se reproduz, para rastrear a propagação do vírus. Ao comparar as mutações observadas no Arizona com aquelas presentes em cepas que circulam por todo o mundo, eles podem determinar quando e de onde o vírus foi introduzido no Arizona.
p Usando análises de relógio molecular, os pesquisadores descobriram que a maioria das sequências do Arizona são representadas por duas linhagens - e várias sublinhas - a maioria das quais foi provavelmente introduzida por meio de viagens domésticas, mas com alguma evidência para importação internacional.
p “Por meio da ACGU, estamos aproveitando a experiência em virologia, genômica, evolução e bioinformática de todo o Arizona para destilar rapidamente esses dados genômicos em percepções acionáveis que podem complementar a resposta de saúde pública do estado, "Dr. Keim disse." Esses resultados demonstram o poder do rastreamento de contatos de saúde pública e do auto-isolamento após um teste positivo para conter a onda de infecções que está avançando.
p Dr. David Engelthaler, Diretor da TGen North em Flagstaff, que inclui o ramo de doenças infecciosas do instituto, disse que as descobertas iniciais da ACGU mostram como cada comunidade, cada estado está escrevendo sua própria história sobre o que está acontecendo na pandemia de COVID-19.
p "Precisamos entender todas as linhas de trama que levaram a onde estamos agora, "disse o Dr. Engelthaler, outro dos co-fundadores da ACGU. "Uma vez que esta doença foi detectada no Arizona em 26 de janeiro, a saúde pública imediatamente interveio para se certificar de que todos os contatos foram identificados, amostras foram coletadas e o paciente foi observado de perto nas próximas semanas para ter certeza de que não havia mais nenhum caso. "
p Nos próximos meses, ele disse, será necessário rastrear surtos de COVID-19 e construir paredes epidemiológicas em torno de cada caso, especialmente para aqueles em maior risco:pessoas com mais de 65 anos, aqueles em instituições de cuidados de longo prazo, prisões, e aqueles com problemas de saúde pré-existentes.
p "Quando você não tem olhos sobre isso, quando você não tem rastreamento de contato, então ele pode facilmente passar de pessoa para pessoa, "Dr. Engelthaler disse." É realmente útil para os formuladores de políticas públicas tomar decisões informadas localmente. "
p Dr. Efrem Lim, um virologista que lidera a equipe da ASU, disse que os dados da sequência do genoma da SARS-CoV-2 podem dar aos profissionais de saúde e aos formuladores de políticas públicas uma vantagem no combate à pandemia.
p Rastrear a transmissão do vírus e suas mutações garante que a terapêutica e as vacinas em desenvolvimento estejam no curso certo. Agora temos uma ideia de como é o vírus SARS-CoV-2 em nossas comunidades no nível da sequência. "
Dr. Efrem Lim, Virologista e professor assistente, Instituto Biodesign, Arizona State University
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