H. pylori isolados clínicos têm diversas distribuições babAB genótipo em diferentes sítios topográficos de estômago com correlação com a doença clínica outcomes

H. pylori
isolados clínicos têm babAB diversificada
distribuições de genótipos mais diferentes locais topográficas do estômago com correlação com a evolução das doenças clínicas da arte abstracta
Fundo
intragenômica recombinação entre babA Comprar e Babb
medeia variações antigênicas e pode ajudar a H. pylori
colonização. Este estudo determinou se genótipos variáveis ​​de babA Comprar e Babb
correlacionam com diferentes desfechos clínicos de doença, e pode distribuir ao longo dos diferentes nichos gástricas.
Resultados
Este estudo envolveu 92 estirpes clínicas (45 de úlcera péptica , 27 de gastrite, e 20 a partir de cancro gástrico) para detectar se o babA
e Babb
estão no locus de a ou B por meio de reacções de PCR utilizando os iniciadores concebidos a partir da região a montante e a variável de Baba e
Babb
genes. Quatro genótipos de babA Comprar e Babb
(A B, AB B, A AB, AB AB) foram encontrados. A distribuição dos genótipos 4 em 92 estirpes clínicas foi significativamente diferente entre os pacientes com diferentes doenças gástricas (p
< 0,05). Os isolados de pacientes com câncer gástrico tinha uma taxa mais elevada de AB AB genótipo do que os de pacientes não-cancerosas (40,0% vs.
9,7%, p Art < 0,05). O genótipo AB AB foi associada com uma maior intensidade de metaplasia intestinal (p
< 0,05), mas não se correlacionou com uma densidade superior a inflamação e colonização gástrica em histologia (p
> 0,05). Além disso, o estudo envolveu 19 pacientes para verificar se genótipos variáveis ​​de babAB
existia nos diferentes nichos gástricas. Entre os pacientes infectados com mais de um babAB
genótipos mais de antro e do corpo, houve maior taxa de genótipos como AB ou AB AB em isolados do antro do que naqueles de corpus (75,0% vs.
16,7%, p
. < 0,05)
Conclusões
o H. pylori
isolar com o genótipo AB AB correlaciona com um aumento do risco de câncer gástrico, e colonizar de maneira predominante antro
Fundo infecção por Helicobacter pylori
aumenta o risco de úlcera péptica e o adenocarcinoma gástrico do estômago humano [1-3]. H. pylori
adesão ao epitélio gástrico e entregar efectores para induzir a inflamação [4, 5]. Uma das adesinas mais bem estudados é a adesina ligação ao antígeno do grupo sanguíneo (Baba), que se liga Lewis b (Leb) e antígenos ABO coligadas [6, 7]. adesina putativa, Babb, é codificada por Babb
, que compartilha sequências N- quase idêntico e C-terminal com babA
[7, 8]. As localizações cromossômicas invertidas de babA Comprar e Babb
entre J99 tensão e 26695 provar que os eventos de recombinação entre estes dois genes [9, 10]. Os dois genes também mostrar tanto a variação geográfica e alélica [11]. Além disso, a duplicação de babA
ou gene Babb
é mediada através da conversão gênica entre os diferentes loci cromossómico [12-14]. Bäckström et al
. [14] demonstraram que o gene babA
silenciosa de uma estirpe-Leb não ligante pode ser activada por recombinação do gene para o Babb
. O modelo de macaco rhesus mostraram que a maioria recuperou isolados substituíram babA
com uma segunda cópia de Babb
após várias semanas de infecção [12].
Nos países ocidentais, os pacientes infectados com babA
-positivo H . pylori
isolados estão associados com um risco aumentado de doenças de úlcera péptica [15, 16]. No entanto, esta associação não é confirmado em pacientes da Ásia Oriental, ou alguns outros países ocidentais [17-19]. Colbeck et al
. [20] utilizado PCR para detectar se a jusante da hpyD
(locus de A) e s18
(lócus B) são babA
ou Babb
e encontrou single-colónia isolar com babA mista
e Babb
genótipo no mesmo locus, indicando subpopulações dentro da população bacteriana derivado a partir de uma única colónia. É digno de responder se os perfis genéticos de babA Comprar e Babb
poderia estar relacionada com os diferentes resultados da doença clínica ou o H. pylori específica
características histológicas relacionados com.
Há celular predominante diferente tipos no antro e do corpo. As células parietais que produzem HCl localizar no corpus e fazer um gradiente de pH diferente do antro. O nosso estudo anterior mostrou que os pacientes com infecção crónica pylori
H. expressa uma maior intensidade de Lewis b no epitélio gástrico de corpo do que no antro [17]. Recombinação entre babA Comprar e Babb
pode ajudar a H. pylori
para alterar sua capacidade de adesão para se adaptar diferentes nichos dentro do estômago [21]. Por conseguinte, é digno para determinar a distribuição dos genótipos de babA Comprar e Babb
na infecção por H. pylori
sobre as diferentes localizações topográficas como quer antro ou corpus no estômago humano. Neste estudo, analisamos o significado clínico da babA Comprar e Babb
genótipos ea presença de babA Comprar e Babb Restaurant at locus de A e B de várias colónias de diferentes nichos gástricos para entender o babAB
perfil genético de H. pylori
isolados em todas as regiões gástricas dentro do mesmo host.

Resultados Distribuições de baba e Babb genótipos em pacientes com diferentes doenças clínicas
Detecção de babAB
genótipos foi com base no desenho de primers mostrado na Figura 1. Entre as 92 estirpes, a distribuição dos quatro genótipos (AB, AB B, a e AB AB AB) foi de 46 (50%), 21 (22,8%), 10 (10,9%) , e 15 (16,3%), respectivamente. Não houve diferença na distribuição por sexo entre os diferentes genótipos (teste do qui-quadrado, p Restaurant > 0,05). A idade média dos pacientes infectados com o genótipo AB AB foi marginalmente mais velho do que os infectados com outros genótipos (57,6 vs. 50,3 anos, test-amostra independente t, p
= 0,09). As distribuições das quatro genótipos foram significativamente diferentes nos pacientes com doenças clínicas diferentes (Tabela 1, o teste do qui-quadrado, p
= 0,04). A idade média dos pacientes do GC foi maior do que os outros pacientes não-cancerosas (58,6 vs. 49,5 anos
, teste t-sample Independent, p
= 0,01). A taxa do genótipo AB AB nos pacientes com GC foi maior do que nos três grupos de pacientes não-cancerosas (40,0% [8/20] vs.
9,7% [7/72], o teste exato de Fisher, p Art < 0,05, odds ratio: 6,2; 95% CI: 1.9-20.3) .table 1 O Baba e Babb genótipos de H. pylori de diferentes grupos clínicos de pacientes
N (%)

DU
(n = 18)
GU
(n = 27)
Gastrite
(n = 27)
GC
(n = 20)
total
(n = 92)
estatísticas
valor p
AB
11 (61,1)
14 (51,9)
15 (55,6)
6 (30)
46 (50)
0,039
AB B
6 (33,3) página 4 (14.8)
7 (25,9) página 4 (20)
21 (22,8)
A AB
0 (0) página 4 (14,8) página 4 (14,8)
2 (10)
10 (10,9)
AB AB
1 (5.6)
5 (18,5)
1 (3.7)
8 (40)
15 (16,3 )
DU: úlcera duodenal. GU: úlcera gástrica. GC: câncer gástrico. A diferença entre os quatro genótipos em doenças gástricas foi avaliada pelo teste do qui-quadrado.
Como o genótipo AB AB foi maior nos pacientes com câncer gástrico, nós ainda testado se tal genótipo podem levar a uma maior taxa de pré-cancerosa alterações ou inflamação histológica mais grave. Nos pacientes com GC, o genótipo AB AB foi associada com uma maior intensidade de metaplasia intestinal (IM) no antro em comparação com não-AB AB genótipo (2,0 vs
0,27, p = 0,02
). No entanto, nos pacientes não-cancerosas, o genótipo AB AB não foi associada com a pontuação de inflamação maior agudas (soma de antro, corpus e cárdia: 3,43 vs.
2,94, p Art > 0,05), inflamação crônica pontuação (soma de antro, corpus e cárdia: 7,29 vs.
7,22, p Art > 0,05), H. pylori densidade
(soma de antro, corpus e cárdia: 8,14 vs 8,84
, p Art > 0,05), ou a intensidade do IM (0,43 vs.
0,51, p Art >. 0,05) em relação ao AB não-AB genótipo
Diferença na Baba e Babb genótipo de isolamentos de antro e do corpo
Para os 19 pacientes que forneceram isolados de diferentes nichos gástricos sobre o antro e do corpo, a composição genótipo do babA Comprar e Babb Restaurant at o locus a e B de seu antro e isolados corpus é mostrada na Tabela 2. Quatro pacientes (n. 7, 12, 29, 30) foram infectados com uma cepa genótipo AB através do antro e do corpo, e 15 pacientes foram encontrados para ter um estirpes do genótipo mistos (AB B, a AB ou AB AB) apenas no corpus, ou ambos os nichos gástricas. Nesses 15 pacientes, 3 pacientes (n. 28, 2, 4) tinha os mesmos genótipos mistos em todo o antro e do corpo. Oito dos restantes 12 pacientes tiveram uma grande genótipo em ambos os nichos gástricas. Combinando com os 7 pacientes (n. 7, 12, 29, 30, 28, 2, 4) com apenas um genótipo, 78,9% (15/19) dos nossos pacientes tinha uma grande genótipo distribuídos em dois niches.Table 2 O genótipo composições de antro e do corpo H. pylori isoladas de Caso 19 pacientes
No.
babAB
genótipos de isolados
major babAB
genótipo através antro & corpus
genótipo Dominante no antro /corpus
AB ou AB AB genótipo dominante de 12 pacientes infectados com mais de um genótipo
antro (n)
corpus (n)
antro
corpus
7
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
12
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
29
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
30
AB (4 )
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
28
A AB (4)
A AB (4)
A AB
A AB /A AB
x
x Página 2
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x 4
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x
1 | AB AB (3)
AB AB (2)
AB AB
AB AB /-
+
- AB B (1)
AB B (2)
3
AB (3) B
AB B (4)
AB B
AB B /AB B Restaurant -
- AB (1)
6
AB AB (3)
A AB (1)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
+
+
10
AB AB (3)
AB B (4)
- AB AB /AB B
+
- AB B (1)
19
AB (3)
AB (3)
AB
AB /-
+
- A AB (4)
21
AB (4)
AB (3)
AB
AB /AB
+
+
AB B (1)
25
AB (4)
AB (1)
- AB /AB B
+
- AB B (3)
14
AB (4)
AB (2 )
AB
AB /-
+
- AB B (2)
AB B (2) AB AB (2)
24
AB (3 )
AB (1)
- AB /-
+
- A AB (1)
AB B (1)
A AB (2)
27
A AB (3)
AB (1) of a AB
A AB /A AB viajantes -
- AB AB (1)
A AB (3)
11
AB (4)
A AB (2)
- AB /-
+
- AB B (1 )
AB AB (3)
AB AB (2)
17
AB (3)
AB (3)
AB viajantes - /- Restaurant -
-
AB B (3)
A AB (1)
A AB (2)
AB AB (2)
paciente já. 1, 3, 6, 19 e 21, que foram infectados por 2 genótipos, ainda tem uma das mais importantes em ambos os nichos gástricos, e que também foi verdadeiro em 2 (no. 14, 27) doentes com 3 e 1 (no. 17) o paciente que tem 4 genótipos representados em suas infecções. - Indicando que os pacientes têm babA
não-dominante e Babb
genótipo nos isolados de antro ou corpus. número dos pacientes foi de acordo com o nosso estudo anterior [22].
Entre os 12 pacientes infectados com mais de um genótipo (Tabela 2), a frequência das principais genótipo dominante, AB combinado com AB AB, no antro foi maior em comparação com os do corpus (75% [9/12] vs.
16,2% [2/12], p = 0,012
, odds ratio, 15). No entanto, 6 dos 12 pacientes não tinham um genótipo dominante no seu corpus isolados.
A análise da sequência e comparação
No locus de A, antro e do corpo de cada paciente isolados apresentavam substituições específicas dos aminoácidos na região de BabA (Figura 2 e tabela 3). No entanto, não houve diferença óbvia entre o antro e do corpo isolados na região de sequenciação, com excepção de nenhum paciente. 27 (aminoácido 134 e 198). Encontramos também 5 diferentes substituições nonsynonymous no aminoácido 161 em isolados 6 dos pacientes, em comparação com J99 tensão. O mesmo cenário (especificidade de sequência em cepas dos pacientes individuais, mas não entre o antro e do corpo isolados) foi em sequências do Babb
. A Figura 1 PCR padrões de bandas de genótipos babAB. (A) Os pares de iniciadores utilizados para a detecção do gene no locus de A e B. Os iniciadores para a frente, e HypDF1 S18F1, localizadas na região a montante de babA
ou Babb
, são emparelhados com os iniciadores BabAR1 ou BabBR1 para determinar se o gene no locus de a e B é babA
ou Babb
. padrões de bandas (B) de PCR de genótipo A B, AB B, A AB e AB AB. O genótipo AB B mostrou duas populações bacterianas no single-colónia isolar, o dominante babA
eo menor como Babb
, no lócus A. A estirpe com um genótipo AB representava uma população dominante de Babb e um menor população de babA
no locus de B. A combinação de AB AB A B e foi definida como um genótipo AB AB. Pista M1, um marcador molecular de 100 bp; pista M2, l marcador HindIII. O tamanho dos produtos de PCR no locus de A e B foi de 2.1-2.6 kb e 1,0-1,5 kb, respectivamente.
Tabela 3 As substituições de aminoácidos em Baba codificados por Baba no locus de A
A localização de amino substituições de ácido
Caso No.
6
9
37
92
131
134
136
161
165
166
198
202
204
206
212
218
25
L
T
A
N
N
K
T
R
Y
G
N
S
T
T
E
S
27
L
A
A
N
N
T, K
T
A
D
G
N, K
S
T
T
Q
P Página 2
L
A
S
S
N
E
T
K
Y
S
N
S
T
T
E
S
24
L
A
A
N
N
K
I
T
Y
G
N
E
S
T
E
D
6
L
A
A
N
H
Q
T
P
Y
G
N
N
T
T
A
S
26
F
A
A
N
N
K
T
S
Y
G
N
S
N
a
e
S
repete CT de baba e Babb no lócus B
Genes no lócus B são regulados pela CT repete na região 5 'de codificação e o número de CT repete (5, 8 e 11) fazem a expressão da proteína em quadro possível [12, 20]. As repetições de CT gene do locus de Babb
em B estão apresentados na Tabela 4. O corpus isolados em 7 dos 12 pacientes tinham uma mudança de repetições de CT gene do locus de Babb
em B, e antro isolados desses pacientes sempre têm as mesmas repetições CT, exceto paciente de 17 (Tabela 4) .table 4 o número de CT repete na região 5 'de Babb da codificação em lócus B
processo nº
Antrum isola (n = 2)
(CT número de repetições)
Corpus isolados (n = 2)
(CT número de repetições)
Concordância
Mudança de repetição CT na corpus
2
8, 8
8, 8
+
- 12
8, 8
8, 8
+
-
24
7, 7
7, 7
+
- 30
11, 11
11, 11
+ Restaurant -
1 | 8, 8
7, 10
- +
11
8, 8
7, 9
- +
26
8, 8
8, 9
- +
6
9, 9
9, 12
- +
21
7, 7
9, 10
- +
27
9, 9
9, 8
- +
14
8, 8
7, 7 Restaurant -
- 17
7, 10
8, 7
- +
Quatro pacientes (n. 2, 12, 24, 30) foram infectados por isolados com um tipo de repetição CT (7, 8 e 11) em todo o antro e do corpo, mas apenas um deles (no. 24) teve um fora da moldura de Babb
. Nos demais pacientes (n. 1, 11 e 26), sua antro isolados continha 8 repetições CT, mas o corpus isolados alterado para 7, 9 ou 10 repetições. Para os pacientes (n. 6, 21 e 27) que foram infectadas pelo antro isolados com 7 ou 9 repetições CT, o seu corpus isolados também teve uma mudança de CT repete, mas o número de repetições CT ainda estava fora do quadro (9 , 10 e 12), exceto em um isolado de nenhum paciente. 27 (CT repete = 8).
Expressão Genótipo e Baba
Para determinar o efeito da babA Restaurant at locus de A e B na expressão BabA (Figura 3A), descobrimos que Baba Restaurant at lócus B não afectou, obviamente, o nível de expressão Baba, quando em comparação com o 19C3 isolados (a AB) e 19C1 (AB). Todos os isolados (26A1, A4, C2 e C3) tiveram o genótipo A AB, mas as repetições CT de Baba Restaurant at lócus B do C2 estava fora do quadro. A expressão de Baba não foi afetada pelo fato de babA Restaurant at lócus B foi dentro ou fora do quadro. Nós ainda determinado se um genótipo misto no lócus A afetaria expressão Baba, e encontrou 14C2 e 14C3 com o genótipo AB B (Baba /rácio de Hsp60: 0,76 e 0,70) tiveram expressão ligeiramente inferior 14A2 e 14A4 com o genótipo AB (Baba /proporção hsp60: 0,90 e 0,87, Figura 3B). AB AB genótipo também tinha a expressão BabA inferior ao de A B (Baba /Hsp60 ratio: 1,09 e 0,89, Figura 3C). Figura 2 As sequências de Baba no lócus A do antro e do corpo isolados. números cardinais indicam diferentes isolados dos pacientes. A1-4 e C1-4 eram single-colónia isolar isolado do antro e do corpus, respectivamente. realce branca indica aminoácidos diferentes do consenso.
Discussão
A ocorrência de recombinação intragenômica entre babA Comprar e Babb
foi demonstrada em in vitro e in vivo

experimentos, implicando esta mecanismo pode, eventualmente, auxiliar de H. pylori
para se adaptar no estômago humano [12, 14]. Além disso, os genótipos mistos de babA
e Babb
no locus de A ou B ter sido demonstrada [20]. A associação clínica do
Baba e Babb
genótipo do H. pylori
estirpes e perfil genético com infecções do antro e do corpo de um único host ainda não estão claros. Neste estudo, foi demonstrado que o genótipo AB AB, um genótipo dominante no antro, foi associada com a lesão pré-cancerosa, como IM, e correlacionado com o cancro gástrico. No entanto, H. pylori
infecção por esse genótipo AB AB não levar a uma colonização ou inflamação gravidade mais densa na histologia gástrica. Nossos dados indicam H. pylori babA
e Babb
genótipos como AB AB deve, pelo menos, exercer com melhor adaptação ao ambiente gástrico durante a carcinogênese.
Colbeck et al
. [20] encontraram 9 genótipos (A B, AB B, A AB, A, B B, B A, B C, C B e B AB) em seu estudo. No entanto, o nosso estudo só encontrou quatro genótipos (A B, A AB, AB B e AB AB) no 168 isolados de antro e do corpo (Tabela 2) 19 pacientes '. Ele indica a diversidade genótipo do babAB
em isolados de Taiwan poderia ser, obviamente, menos complicar. Além disso, pelo menos um gene babA
no locus de A existiam em cada um dos isolados. Este achado é compatível com o nosso relatório anterior para revelar o H. pylori Taiwan
isolados são quase 100% babA
-positivo [17], e apoiar a maior prevalência de babA
em H. pylori
cepas de países do leste Asiático do que os de mundos ocidental [23]. Além disso, Matteo et al
. [24] demonstraram que 9 de 34 pacientes (26,5%) tiveram variação
gene bab em todo o antro e do corpo de um único host em um ponto de tempo específico. Verificou-se que 12 de 19 pacientes (63,2%) infectados por mais de um genótipo em qualquer um ou ambos os nichos gástricas. A discrepância prevalência entre dois estudos pode ser devido à análise de
genótipo bab da piscina bacteriana ou de colónias único isolado.
A análise das sequências de babA Comprar e Babb
revelou que as substituições nonsynonymous de aminoácidos ocorreu entre as estirpes individuais (Figura 2, Tabela 3 e dados não mostrados), mas não foi diferente entre os nichos gástricas. Orgulho et al
. [11] também mostraram alta diversidade alélica dentro babA Comprar e Babb
nas cepas de diferentes pacientes. A julgar pelas 6 diferentes substituições nonsynonymous de aminoácido 161 em cepas 6 pacientes ', que códon era um local altamente variável. Isso vale a pena uma investigação mais aprofundada, pois pode ser um site especial responsável pela adaptação às diferenças nos estômagos individuais.
CT repete na região 5 'de babA Comprar e Babb codificação
são mais comumente encontrados no lócus B do locus de A [20]. Descobrimos que o corpus isolados apresentaram maior frequência de alterações no número de repetições CT de Babb Restaurant at lócus B do que os isolados antro (Tabela 4). Entre os 7 pacientes infectados pelo corpus isolados com uma mudança de repetições PC, apenas uma (doente n. 27) tinha o isolado de mudança repete-CT em grelha (CT = 8) (Tabela 4). Estes dados indicam que a expressão Babb poderia ser controlada por variação de fase devido a fora de repetições de quadro no corpus. Entre 12 pacientes infectados por isolados com mais de um genótipo, os isolados de antro têm uma maior taxa de AB e AB AB genótipos como dominante do que corpus (9/12 vs.
2/12, p Art < 0,05 ). Além disso, metade dos pacientes não tinham um genótipo dominante em sua corpus isola. Estes resultados sugerem que o ambiente no corpus pode favorecer a adaptação diferente para os isolados com diferentes H. pylori
diversidades genéticas.
A presença do genótipo AB AB foi maior em pacientes do GC com idade mais avançada (Tabela 1). Além disso, o genótipo AB AB não está correlacionada com a resposta inflamatória mais grave ou alterações pré-cancerosas em pacientes não-cancerosas. Com base nesses dados histológica clínico transversal, sugere as cepas AB AB pode ter uma melhor adaptação ao ambiente cancerígeno no estômago, em vez de levar em mais toxicidade na carcinogênese gástrica. Na Figura 3A, mostra-se que o gene babA
no locus de A determina predominantemente expressão Baba, e o genótipo misto como AB no locus de A pode diminuir a expressão BabA (Figura 3B e 3C). É, assim, possível um genótipo misto como AB no locus de A pode fazer H. pylori
isolados para conter uma subpopulação perder expressão Baba. Alternativamente, o genótipo misto como AB no locus de B pode eventualmente permitir que o H. pylori
para alterar a expressão Babb e, portanto, merece mais estudo.
Além disso, os nossos dados anteriores têm demonstrado que a intensidade de Lewis B tornam-se diminuiu em antro atrofia, mas pode ser preservada em corpus para mediar a maior colonização de erro overthere [17]. Assim, será também implicative para testar se o genótipo AB AB predominantemente no antro pode ter vantagem de adaptar o epitélio gástrico com fraca b expressão Lewis no futuro.
Conclusões
O H. pylori
isolar com babA Comprar e Babb
genótipo AB AB genótipo se correlaciona com um aumento do risco de câncer gástrico, e colonizar de maneira predominante antro. Tal genótipo AB AB devem ser associados a uma melhor adaptação ao ambiente pré-cancerosas ou câncer gástrico, e possivelmente gerar subpopulações perdendo BabA ou Babb.
Métodos
doentes e isolados bacterianos
Um total de 92 H. pylori
estirpes foram cultivadas a partir de amostras de biópsias de pacientes com diferentes doenças clínicas como a úlcera duodenal (du, n = 18), úlcera gástrica (GU, n = 27), gastrite (n = 27), ou cancro gástrico (GCA, N = 20), definida por endoscopia com confirmação histológica. Todos os pacientes tinham dado o seu consentimento informado e panendoscopy submetidos no nosso instituto. Durante panendoscopy para cada paciente, foram obtidos cinco bits de biópsia gástrica, incluindo 2 a partir do antro, 2 a partir do corpo, e um a partir da cárdia. A cultura bacteriana e o exame histológico foi aplicado como o artigo anterior [17]. Este estudo foi aprovado pelo 'Experiência Humana e Comissão de Ética do Hospital Universitário de Kung Cheng Nacional' (No. HR-98-023).
-Colônia Único isola do antro e do corpo foram aleatoriamente escolhidos entre as placas de cultura primária. Para cada local, pelo menos 3-4 isolados de colónias única foram selecionados aleatoriamente para determinar o babAB
genótipo. Colony cultura para extracção de ADN foi inferior a 8 passagens para diminuir a possibilidade de variação genética in vitro. Cada um dos 19 pacientes infectados no antro e do corpo por isolados com o mesmo padrão de RAPD bandas foi descrito anteriormente [22].
Detecção de Baba e Babb genótipos
A detecção de babA Comprar e Babb
genótipos foi baseado no método de Colbeck
et ai [20]. HypDF1-BabAR1 e HypDF1-BabBR1 iniciadores foram utilizados para determinar se o gene no locus de A foi babA
ou Babb
. Da mesma forma, S18F1-BabAR1 e S18F1-BabBR1 iniciadores foram utilizados para determinar se o gene no locus de B foi babA
ou Babb
(Figura 1A). Os 40 ciclos de reacções de amplificação foram realizadas com 20 pmol de iniciador, 0,15 mM de cada trifosfato de desoxinucleótido, tampão de reacção com MgCl 2 e 1 U de polimerase Taq de ADN (New England Biolabs, Beverly, MA, EUA) num volume final de 50 ul. As condições de ciclos térmicos foram descritos anteriormente [20]. Cada produto amplificado (20 ul) foi analisada num gel de agarose a 1% corado com brometo de etídio. Figura 3 BABA, o locus A expressão BabA dominantemente determinado. (A) Efeito da babA Restaurant at lócus B na BabA
expression.The isolar (19C3) teve babA Restaurant at lócus A e no quadro repete CT de babA Restaurant at lócus B, que eram em comparação com o isolado só ter babA Restaurant at lócus a (19C1). A presença de babA Restaurant at locus de A e B foi nos isolados 26A1, A4, C2 e C3, mas C2 teve um fora do quadro babA Restaurant at lócus B. (B) Efeito do genótipo misto no locus de A em expressão do BabA
. Os isolados de um paciente (no. 14) teve um genótipo misto no locus de A (14C2 e C3), que foi comparado com aqueles com babA
apenas com o locus A (14A2 e A4). (C) Comparação de BabA
entre AB AB e A genótipos B. Hsp60 foi como um controlo interno. Definição de Genótipo
The Sims Baba e Babb
genótipo de cada isolado de colónias single foi com base na descrição anterior [20]. Um isolado J99 semelhante mostraram as bandas de PCR esperados de babA
no locus de A e Babb
no locus de B e foi definida como a "um genótipo B" (Figura 1B-a). Um isolado de colónias único contendo tanto babA
e Babb
no mesmo locus foi definida como "genótipo misto" (tal como AB B, A AB, AB e AB), indicando que não eram subpopulações dentro da população bacteriana derivada de uma única colónia. Um isolado com um genótipo AB B continha uma população com babA
e a outra população com Babb
no mesmo locus A (Figura 1B-b). O genótipo A AB representadas duas populações bacterianas, o dominante com Babb
ea um menor com babA
no local B, apesar de ambos derivados a partir de uma colónia única (Figura 1B-C). Um genótipo misto detectado em ambos locus de A e B foi definida como um AB AB (Figura 1B-d).

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