PLOS ONE: Matrix Metaloproteinase-1 (MMP-1) Promotor Polimorfismos são bem ligada com Lower formação de tumores de estômago no leste indiano Population

Abstract

A expressão da metaloproteinase-1 matriz (MMP-1), um intersticial colagenase, desempenha um papel importante na invasão celular durante o desenvolvimento do cancro gástrico, uma das principais causas de morte em todo o mundo. Um polimorfismo de um único nucleótido-(SNP) -1607 local 1G /2G do promotor do gene de MMP-1 foi relatada para alterar o nível de transcrição. Enquanto de outros SNPs da importância para o promotor MMP-1 ainda não foram estudados em câncer gástrico, o nosso objectivo foi investigar MMP-1 polimorfismos promotor do gene ea susceptibilidade câncer gástrico em população indiana oriental. Um total de 145 pacientes com câncer gástrico e 145 controles saudáveis ​​foram genotipados para MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) por PCR-polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP), enquanto MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), MMP-1 -340 T /C (rs514921) e MMP-1 -320 T /C (rs494379) foram genotipados por sequenciação de ADN. Uma associação positiva foi encontrada com MMP-1 -422 T /A SNP, que mostrou risco significativo para a metástase linfonodos regionais ( P
= 0,021, o rácio da Odd (OR) = 3.044, os intervalos de confiança (IC) = 1.187 -7,807). Além disso, encontramos uma associação significativa com menor formação de tumores de estômago entre os pacientes com câncer gástrico durante três polimorfismos adjacentes perto dos locais de início da transcrição de [MMP-1 -422 T /A ( P
= 0,043, OR = 2.182 , CI = 1,03-4,643), MMP-1 -340 T /C ( P
= 0,075, OR = 1,97, IC = 0,94-4,158) e MMP-1 -320 T /C ( P
= 0,034, OR = 2,224, IC = 1,064-40.731)]. MMP-1 nível no soro dos doentes foi correlacionada com haplotipos de MMP-1 promotoras conferir estas três SNPs para avaliar a importância funcional destes polimorfismos em menor formação de tumores do estômago e foi observada uma correlação significativa. Além disso, MMP-1 -519 A /G polimorfismo exibido pobre diferenciação celular ( P
= 0,024, OR = 3,8, IC = 1,69-8,56) atribuindo um maior risco de progressão do cancro. Em conclusão, o promotor de MMP-1 proximal SNPs estão associados com o risco de menor formação de tumores de estômago e metástase na população indiana oriental

Citation:. Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar S (2014) Matrix Metaloproteinase-1 (MMP-1) promotor Polimorfismos são bem ligada com Lower formação de tumores de estômago no leste indiano População. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10.1371 /journal.pone.0088040

editor: Redhwan Ahmed Al Naggar, Saúde da População e Medicina Preventiva, Malásia

Recebido: 02 de setembro de 2013; Aceito: 03 de janeiro de 2014; Publicação: 05 de fevereiro de 2014

Direitos de autor: © 2014 Dey et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Sanjib Dey foi destinatário de Senior Research Fellowship do Conselho indiano de Pesquisa médica (ICMR), na Índia. NG e KK estão destinatário da Senior Research Fellowship do Conselho de Pesquisa Científica e Industrial (CSIR). O trabalho foi apoiado pela concessão IAP001 do Conselho de Investigação Científica e Industrial (CSIR), na Índia, NBA07 do Departamento de Biotecnologia (DBT), na Índia. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer gástrico é uma das principais causas de morte relacionada com câncer em todo o mundo [1]. Em uma escala global, o câncer gástrico (GC) é responsável por aproximadamente 800.000 mortes por ano. Mais de 70% dos casos GC ocorrem nos países em desenvolvimento e metade do total mundial ocorre na Ásia Oriental [1]. É um problema de liderança em estados do nordeste e sul do subcontinente indiano [2]. A incidência de câncer gástrico varia de país para país, provavelmente como resultado de fatores genéticos, epigenéticos e ambientais. infecção por Helicobacter pylori
é considerado como um importante fator de risco para o desenvolvimento de câncer gástrico especialmente câncer na parte inferior (noncardia) do estômago [3]. Uma análise combinada de 12 estudos de H. pylori
e câncer gástrico estimou que o risco de adenocarcinoma em regiões não-cárdia do estômago era quase seis vezes maior para H. pylori
pessoas infectados do que para pessoas não infectadas [3].

Estudos recentes demonstram que, carcinogênese é um processo multi-celular e multi-estágio em que a destruição do microambiente do tecido é um requisito para a conversão de tecido normal de tumor [4]. Assim, a análise molecular do microambiente do tecido e a sua desregulação durante a neoplasia é um passo chave para conhecer os mecanismos de malignidade. As metaloproteinases de matriz (MMPs), ambos produzidos por tumor e as células normais, alterar o microambiente através da degradação da matriz extracelular, e sinais celulares subsequentes conduzir aos estágios iniciais de formação de tumor [5]. Várias das MMPs tem a capacidade única de degradar colagénios intersticiais (por exemplo, I, II, e III), proteínas mais abundantes do corpo. MMP-1 é a colagenase intersticial mais ubiquamente expresso [6] e a sua sobre-expressão está associada a várias condições patológicas, incluindo a invasão tumoral e metástase [7]. A sobre-expressão da MMP-1 mRNA foi demonstrada numa variedade de cancros, tais como cancro gástrico, cancro colo-rectal e cancro do esófago [8] - [12]. Superexpressão de MMP-1 proteína está associada com mau prognóstico de câncer de esôfago e câncer colorretal [10], [11]. Esta sobre-expressão de MMP-1 pode ser atribuída à justaposição do factor de transcrição aos sítios e cooperatividade entre os factores que se ligam a estes locais na região promotora do gene de MMP-1 [13] de ligação.

A região do promotor de MMP-1 contém uma inserção polimorfismo guanina /exclusão (1G /2G polimorfismo) na posição -1607, que gera a sequência 5'-GGA-3 ', que tem um alelo 2G. A presença de um polimorfismo 2G poderia aumentar a actividade transcricional de MMP-1 endógeno devido a inserção guanina cria um local de ligação para um membro da família do factor de transcrição Ets. O alelo 2G pode contribuir para o aumento da capacidade de invasão de carcinomas do endométrio, para o desenvolvimento de câncer de ovário, câncer de pulmão e câncer colorretal [14] - [21].

Os estudos realizados em vários outros genes têm proporcionado um novo paradigma na que a transcrição de um gene é mais provável de ser influenciado por vários polimorfismos localizados na região promotora, que actuam em conjunto para exercer um efeito haplótipo [22], [23]. Vários outros polimorfismos de um único nucleótido (-519A /L, -422T /A, -340C /T, e -320C /T) no promotor do gene de MMP-1 têm sido recentemente identificado [24]. efeitos funcionais destes polimorfismos sobre a actividade do promotor de MMP-1 do gene foram avaliados em linhas celulares de melanoma (A2058 e A375), o cancro da mama (MCF7 e MDA-MB-231), cancro do pulmão (A549 e H69), e o cancro colo-rectal ( HT-29, SW-620) por comparação das forças promotor do 10 haplótipos mais comuns derivados destes polimorfismos [24]. Embora a expressão aumentada de MMP-1 foi associada com a invasão local e mau prognóstico no cancro gástrico [25], o papel da MMP-1 promotor SNPs e as suas haplótipos no desenvolvimento do cancro gástrico é actualmente desconhecida em qualquer população humana.

no presente estudo, foi realizado um estudo caso-controle de base hospitalar para explorar a associação do promotor MMP-1 gene SNPs [-1.607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1.1), -519A /L (rs1144393) (MMP-1.2), -422T /A (rs475007) (MMP-1.3), -340C /T (rs514921) (MMP-1.4), e -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] e seus haplótipos com o risco de desenvolvimento de câncer gástrico em uma população indiana oriental. Também explorou a relação entre os polimorfismos e os fatores clínico-patológicos em pacientes com câncer gástrico. O estudo demonstrou a associação putativo de MMP-1,3, 1,4-MMP, MMP-1,5 e polimorfismos com o risco de formação de tumores inferior do estômago no cancro gástrico. A importância funcional da MMP-1 polimorfismos em menor formação do tumor do estômago foi confirmada por efeitos de haplotipos desses polimorfismos em MMP-1 no soro níveis de expressão. No entanto, nenhuma associação com a ocorrência de câncer gástrico foi encontrada para qualquer um dos cinco SNPs do promotor MMP-1 e os seus haplótipos resultantes

Materiais e Métodos

Os sujeitos do estudo:. Oriental indiana caso-controle coorte

A coorte de caso-controle indiano oriental consistiu de 145 casos de câncer gástrico e 145 indivíduos controle. Os protocolos de estudo (2008-2014) foram aprovadas pelos Conselhos de Revisão Ética da Cancer Center Saroj Gupta e Instituto de Pesquisa, Kolkata, Departamento de Cirurgia gástrica, Faculdade de Medicina e Hospital, Kolkata, IPGMER, hospitais Kolkata e Comitê de Ética em Seres Humanos do Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, na Índia. Todos os pacientes com diagnóstico clínico de câncer gástrico que frequentam os serviços hospitalares de Gastro-oncologia do Saroj Gupta Cancer Center e Instituto de Pesquisa, Kolkata, o Departamento de cirurgia gástrica, Faculdade de Medicina e Hospital, Kolkata eo IPGMER, Kolkata durante junho de 2008 para Maio de 2013, foram identificados a partir de registros hospitalares e contactado durante o acompanhamento investigações. Todos os participantes assinaram termo de consentimento para a participação. Doentes dados demográficos, sintomas e tumor de classificação foram gravadas e amostras de sangue colhidas depois de tomar uma história clínica e realização de exames clínicos e endoscópicos. digitação histológico do tumor foi determinado com base no biópsias ou espécimes ressecados. Os critérios de exclusão incluíram história prévia de outro câncer metástase exceto câncer gástrico. Possibilidade de úlcera péptica, sem ter qualquer lesão cancerosa tinha sido excluído por exame histopatológico de lesão estômago. O diagnóstico de câncer gástrico e estadiamento TNM foi baseada em geralmente aceite clínicos, histológicos, achados radiológicos e de imunofluorescência e do Comité da American Joint sobre Câncer (AJCC) eo critério União Internacional Contra o Câncer (UICC) [25]. Os indivíduos que eram anteriormente ou que atualmente foram viciadas em tabaco por pelo menos 2 anos foram definidos como tabaco viciado. Pessoas que visitam estes hospitais para um exame de rotina e que estavam sem história ou diagnóstico de qualquer tipo de cancro ou doenças genéticas também foram convidados a participar e se oferecem para doar sangue para o estudo. Estes assuntos foram consideradas controles saudáveis. Todos os pacientes com câncer e indivíduos controle não foram relacionados e de nacionalidade indiana de Bengala Ocidental ou as vizinhas estados indianos orientais. Esta população foi considerada representativa de uma população indiana oriental.

Extração de DNA e Cobrança Serum

De cada assunto, 5 ml de sangue venoso foram desenhados de forma asséptica em tubos vacutainer (Qiagen, USA) contendo EDTA e armazenada a 4 ° C antes da extracção do ADN genómico. O ADN genómico foi extraído a partir de 3,5 ml de sangue total dentro de duas semanas após a amostragem utilizando um kit de ADN Midi sangue QIAamp (Qiagen, EUA) de acordo com o protocolo do fabricante. Imediatamente depois da recolha de sangue, additional1.5 ml de sangue total foi centrifugado a 1800 g durante 5 min para se obter a fracção de soro. As amostras de soro foram armazenadas a -80 ° C até à análise

Os iniciadores de PCR e amplificação da região do promotor de MMP-1 Os genes

Os iniciadores foram concebidos com software FastPCR (http: //www.. biocenter.helsinki.fi) de modo a amplificar as regiões promotoras do gene de MMP-1, a fim de analisar polimorfismos de sequenciação (Tabela 1). A PCR foi realizada num termociclador de PCR SPRINT (Thermo Electron Corporation, Japão). A sequência alvo foi amplificada num volume de reacção de 25 uL contendo 10-20 ng de DNA genómico, dNTP 0,2 mM, Tris-HCl a 10 (pH 8,3), KCl 50 mM, MgCl2 a 2 mM, 0,3 uM de cada iniciador, e 1,0 unidades de polimerase de ADN de Taq (Fermentas polimerase Taq de ADN, Fermentas, EUA). A amplificação por PCR foi realizada com 35 ciclos de desnaturação a 94 ° C durante 30 s, emparelhamento a 58 ° C-59 ° C durante 1 min (Tabela 1) e seguida por extensão a 72 ° C durante 30 s após a activação inicial passo de 94 ° C durante 5 min. fragmentos de PCR foram analisados ​​em comparação com 100 escada de DNA pb (Fermentas, EUA) em um com brometo de etídio 1,5% em gel de agarose (Cat No. 014.011, Sisco Research Laboratories, Índia) executado por 60 minutos a 100 V.

a genotipagem

para genotipagem por sequenciação, nenhum dNTPs não incorporados foram desfosforilado e iniciadores não incorporados foram removidos a partir do produto de PCR por fosfatase alcalina de camarão (Fermentas, EUA) e exonuclease I-enzima (Fermentas, EUA). Os produtos de PCR foram usados ​​para a sequenciação com BigDye® Terminator Cycle Sequencing Kit v3.1 (Applied Biosystems, EUA) e sequenciados utilizando um ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.) de acordo com o protocolo do fabricante. O fragmento amplificado pela PCR foi sequenciado em ambas as direções, com frente e verso, iniciadores de PCR, eliminando a possibilidade de artefatos de compressão. cromatogramas de sequenciação foram analisados ​​usando software do scanner Sequence v1.0 (Applied Biosystems, EUA) para analisar as alterações dos nucleotídeos e, portanto, genótipos

O polimorfismo MMP-1.1 1G /2G foi genotipados por PCR -.
polimorfismo de fragmentos de restrição (RFLP) método usando AluI
enzima (New England BioLabs, Inc. (NEB); Ipswich, MA)., como descrito anteriormente [26]

enzimática imunoensaio (ELISA)

Serum MMP-1 nível de proteína (pro e ativa) em pacientes com câncer de estômago superior com haplótipos não de risco e, em menor cancro de estômago com haplótipos de risco (contém um ou mais alelos de risco) foram comparados usando um kit de MMP-1 ELISA comercialmente disponível (ab10063, Abcam, EUA), de acordo com as instruções do fabricante. As amostras de soro foram diluídas (1:05 ​​v /v) em diluente de ensaio fornecido no kit. Resumidamente, 100 ul dos padrões, espaços em branco e amostra de soro diluída foram pipetadas para a MMP-1 pré-revestidas placas de 96 poços anti-humano fornecida no kit e incubado durante 2,5 horas a 37 ° C. Após várias lavagens, adicionou-se MMP-1 anticorpo anti-humano biotinilado (diluído 1:1000) aos poços e a placa foi incubada durante 1 hora à temperatura ambiente. Após a lavagem para retirar o anticorpo não ligado biotinilado, estreptavidina conjugada com HRP é pipetado para os poços. A placa foi novamente incubada durante 45 min. Após lavagem extensiva, a 100 ul do substrato foi tetramethylbenizidine pipeta em cada cavidade, e a placa foi incubada durante 30 min no escuro à temperatura ambiente (25 ° C). A solução de paragem foi adicionado após a conclusão. Cada amostra foi testada em duplicado. Os valores de absorção dos espaços em branco, amostras e padrões foram lidas num leitor de microplacas a um comprimento de onda de 450 nm. O nível de MMP-1 de proteína nas amostras foi obtida por comparação com a curva padrão, produzida a partir de padrão fornecidos pelo fabricante. O nível mínimo detectável de MMP 1 foi de 8 pg /ml.

Análise Estatística

A análise estatística foi realizada utilizando o software SPSS (versão 16.0J. SPSS, Inc., Chicago, IL, EUA ). diferenças significativas entre a idade da entrevista para os controles e idade ao diagnóstico de casos de câncer foram avaliados utilizando o teste t de Student para comparação de médias utilizando o software GraphPad InStat3 (GraphPad Software, Inc., San Diego, Califórnia, EUA). Hardy-Weinberg (HWE) foram realizadas para comparar observada ea esperada freqüências alélicas, utilizando o teste do qui-quadrado para controles para garantir que cada marcador estava em equilíbrio ( p Art > 0,05). A freqüência do alelo menor (MAF) ( -model
opção) e HWE ( -hardy
opção) para cada SNP foi estimada a partir da população de controle usando v0.99 Plink [27]. dados de caso-controle foram analisadas utilizando dois lados 2-por-2 ou 2-by-3 tabelas de contingência de acordo com o genótipo pelo teste do qui-quadrado de Pearson. O odds ratio (OR) e intervalo de confiança de 95% (CI) dos genótipos foram calculados a partir de um modelo de regressão logística multivariada ajustada para idade (variável contínua), sexo e tabagismo. Neste estudo, definimos que o alelo 1G da de 1G-1607 2G SNP, o alelo A do A-519G SNP, o alelo A do t-422A SNP, o alelo T do SNP T-340C e o t alelo do T-320C SNP foram alelos de referência. Os resultados foram avaliados com alelos acima como uma referência usando o modelo de regressão logística multinomial. Analisando a relação entre o SNP genótipos e doença estado de GC, a fase do cancro, a classificação histológica e profundidade da invasão tumoral foram transformados em dados binários (Fase I + II + III versus fase IV, bem diferenciado + moderadamente diferenciadas vs. mal diferenciadas, e T1 + T2 vs. T3 + T4). A relação entre as distribuições genotípicas e profundidade do tumor ou estágio foi também examinada utilizando um modelo de regressão logística multinomial ajustada para a idade (variável contínua), sexo e tabagismo como um potencial fator de confusão. frequências dos haplótipos foram analisados ​​utilizando o programa Haploview (ver. 4.1, Instituto Broad, Chembridge, EUA) [28]. Todos os resultados foram considerados estatisticamente significativos se o p valor
foi < 0,05. Um cálculo de potência post hoc foi realizada para testar o poder estatístico do estudo de acordo com o método de Schlesselman, JJ [29].

Resultados

Descrição do
Estudo da População

A população de estudo consistiu em 145 pacientes com câncer gástrico com 112 (77,2%) do sexo masculino e 33 (22,8%) do sexo feminino com idade entre 42.6-65.8 anos, bem como 145 indivíduos do grupo controle com 81 (55,9%) do sexo masculino e 64 (44,1%) do sexo feminino com idade entre 34.5-62.5 anos. Pacientes e controles foram obtidos a partir da mesma localização geográfica e são representativos de uma população indiana oriental. Houve diferença estatisticamente significativas na distribuição do sexo ( p Art < 0,001) e idade ( p Art < 0,0001) entre pacientes e controles. Além disso, significativamente mais indivíduos tabaco-dependentes (p < 0,0001) estiveram presentes entre os pacientes (68,3%) em comparação com os controles (28,3%). Assim, no decorrer da estimativa do risco, uma rácios de idade, sexo e chances ajustada à dependência foram calculados.

Detecção de Polimorfismos de Nucleotídeo Único na MMP-1 Promotor

ocorrem naturalmente seqüência, comum variantes do promotor do gene de MMP-1 em casos e controlos foram pesquisados ​​através de sequenciação directa de ADN. Alinhamento de um cromatograma de sequência com a sequência do promotor do gene contig de MMP-1 (adesão não- Genebank AF023338) confirmou a posição do SNP em -1607 (1G /2G, isto é, a inserção L /eliminação), -519 (A /G), -422 (T /a), -340 (T /C) e -320 (T /C) (Figura S1 S1 do ficheiro). MMP-1,1 genotipagem por PCR-RFLP foi, em seguida, realizada entre os doentes com cancro gástrico e controlos. Figura S1A (S1 Ficheiro) mostra um padrão típico de PCR-RFLP. A região alvo 269 pb do promotor do gene de MMP-1 foi amplificado por PCR e digeriu-se com Alui
, que clivado do alelo 1G para gerar dois fragmentos de 241 pb e 28 pb. O alelo 2G não digeriu com AluI
. genótipo heterozigoto apresentou três bandas de 269 pb, 241 pb e 28 pb (Figura S1A em S1 arquivo). MMP-1,2, 1,3-MMP, MMP-1.4) e MMP-1.5 foram genotipados por sequenciação de ADN (Figura S1B no ficheiro S1). A análise de genótipo de MMP-1,1 por sequenciação de ADN foi restringido a um estudo piloto, bem como para 10% da população para rechecking. Todos genotipagem foi realizada entre os 145 pacientes e 145 controles.

Associação entre Individual SNPs de MMP-1 Promotor e câncer gástrico Risco

A distribuição dos genótipos da MMP-1 polimorfismos foram consistentes com a Hardy- Weinberg (HWE). O estudo teria alcançado uma potência de 80% (Z-alfa = 1,645, para alfa = 0,05) com 145 casos, relação de caso-controle de 1,0 e 10% de controle expostos ao alelo de risco com OR de 2,31.

MMP-1.1 polimorfismo não apresentou diferença significativa na distribuição dos genótipos (1G1G vs 1G2G, 2G2G e 1G2G + 2G2G) entre pacientes e controles ( p
= 0,430, p
= 0,465 e p
= 0,411, respectivamente). Além disso, a distribuição de frequência de alelos (1G vs 2G) não foi significativa entre pacientes e controles ( p
= 1,000), e, portanto, não confere qualquer risco para o desenvolvimento de câncer gástrico (Tabela 2). É também de salientar que o alelo 2G foi o principal alelo na população e nós levamos isto como um alelo de risco como muitos outros estudos anteriormente considerou um alelo de risco [14], [30], [31].

Em pacientes com câncer gástrico, a frequência das MMP-1,2 AG, GG e AG + GG genótipos não foram significativamente diferentes dos controles saudáveis ​​( p
= 0,603, p
= 0,506 e p
= 0,510, respectivamente) e, portanto, não confere qualquer risco significativo de câncer gástrico. Além disso, a freqüência do alelo (A x L) em pacientes com câncer não foi significativamente diferente dos controles saudáveis ​​( p
= 0,337) e não confere risco para o desenvolvimento de câncer gástrico (Tabela 2).

a distribuição de freqüência do genótipo, (AA vs. TT, TA e TA + TT) do polimorfismo MMP-1.3 na população de doentes não foi significativamente diferente dos controles saudáveis ​​( p
= 0,626, p = 0,999
e p
= 0,806, respectivamente) e, portanto, não confere qualquer risco significativo de câncer gástrico. Além disso, a freqüência do alelo (T vs. A) de distribuição em pacientes e controles de câncer não foram significativas (p
= 0,927) (Tabela 2).

Para paciente polimorfismo MMP-1.4, genótipos (TT vs. TC, CC e TC CC +) mostrou uma distribuição semelhante ao observado nos controles ( p
= 0,474, p
= 0,424 e p
= 0,388, respectivamente), mostrando nenhuma associação para o risco de câncer gástrico. Além disso, a distribuição de freqüência do alelo (T vs. C) em pacientes e controles não foi estatisticamente diferente ( p
= 0,357), mostrando ainda mais a ausência de qualquer associação com o risco de câncer gástrico (Tabela 2).

MMP-1,5 freqüências genotípicas do polimorfismo (TT vs. TC, CC e TC + CC) em doentes foi semelhante distribuída ao de controles ( p
= 0,329, p
= 0,358 e p
= 0,228, respectivamente), mostrando nenhum risco significativo para câncer gástrico. Além disso, a distribuição de freqüência do alelo (T vs. C) em ambos os pacientes e controles não foi significativamente diferente ( p
= 0,469) (Tabela 2).

Associação entre Individual SNPs de MMP -1, bem como Demográfico e de recursos clínicopatológicos no Momento da gástrico Cancer Diagnosis

Associações foram examinados entre cada polimorfismo e as características demográficas e clínico-patológicos de pacientes com câncer gástrico e controles (Tabela 3). MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3, MMP-1.4 e MMP-1,5 polimorfismos não desempenhou qualquer papel na determinação do risco de câncer gástrico para qualquer estado do grupo de idade, sexo ou tabaco-dependência.

MMP 1.1 e MMP-1,2 polimorfismos não conferiu qualquer risco significativo para a localização do tumor ou grau de progressão do tumor no câncer gástrico (Tabela 3). No entanto pacientes portadores combinação de AG e genótipo GG de MMP-1.2 polimorfismo foram significativamente distribuídos entre os subtipos histológicos de câncer e mostrou significativamente maior risco de (PD) carcinomas pouco diferenciados ( p
= 0,001, OR = 3,803, IC = 1,69-8,56) (Tabela 3)

Para MMP-1.3 polimorfismo, pacientes portadores de combinação de AT e TT genótipos foram em maior risco de câncer de estômago mais baixo (inferior &. corpo médio, antro e piloro do estômago ) ( p
= 0,043, OR = 2,18, IC = 1,03-4,64). Além disso, a combinação de AT e TT genótipos foram encontradas mais frequentemente em pacientes com câncer gástrico com 10 ou mais linfonodos metastáticos ( p
= 0,021, OR = 3,044, IC = 1,187-7,807), sugerindo que a T alelo teve efeitos prejudiciais sobre a progressão do cancro gástrico e metástase precoce (Tabela 3).

para MMP-1.4 polimorfismo, a distribuição de TC e CC genótipos entre pacientes com diferentes locais de tumor no estômago estava perto de chegar a um associação estatisticamente significativa com o risco de câncer de estômago menor ( p
= 0,075, OR = 1,969, IC = 0,94-4,15) (Tabela 3). Contraditória com MMP-1.3 polimorfismo, pacientes portadores de uma combinação de TC e CC genótipos deram proteção contra metástases em linfonodos regionais ( p
= 0,026, OR = 0,34, IC = ,13-,88), além de metástases à distância ( p
= 0,061, OR = 0,49, IC = 0,24-1,03) de câncer gástrico (Tabela 3).

Para MMP-1,5 polimorfismo, uma combinação de TC e CC genótipos apresentaram uma significativa associação com a localização do tumor no estômago. Pacientes portadores de uma combinação de TC e CC genótipos foram em maior risco de câncer de estômago menor ( p
= 0,034, OR = 2,22, IC = 1,06-4,07) (Tabela 3).

análise de estratificação de SNPs e formação de tumor inferior do estômago, o estudo teria alcançado uma potência de 80% (Z-alfa = 1,645, para alfa = 0,05), com 89 casos de estômago inferior, estômago e amostra de estômago superior proporção de 0,505 e 35% expostos pacientes parte superior do estômago para o alelo de risco tendo OR de 2,5.

o genótipo de frequências em duas ligadas loci de MMP-1 SNPs e risco de Câncer gástrico

para avaliar os efeitos combinados de dois loci ligados sobre o risco de câncer, como SNPs indivíduo não conferiu risco para desenvolvimento de câncer gástrico, as freqüências genotípicas combinados foram comparados em pacientes e controles. As distribuições de frequências loci emparelhados para polimorfismos adjacentes foram observadas com a ordem crescente de alelo variante e associações foram examinados. Não houve associação dependente da dose observada, o número de alelo variante foi aumentada para qualquer combinação de loci emparelhado adjacente (Tabela 4).

Desequilíbrio de Ligação entre o SNPs da MMP-1 Promotor e haplótipos com a susceptibilidade à cancro gástrico

Todos os polimorfismos no promotor do gene de MMP-1 foram avaliados quanto a desequilíbrio de ligação (LD) entre os polimorfismos e para identificar os haplótipos comuns presentes nos doentes de controlo e coortes. A região apresentou baixa para LD substancial entre os polimorfismos, exceto MMP-1.4 e MMP-1.5, que estavam em LD completa na coorte de estudo caso-controle (Figura 1) (As definições de bloco de desequilíbrio de ligação foram baseados no método de Gabriel et ai.
) [32]. Dezesseis haplótipos foram identificados com uma frequência superior a 1%, tanto no controle e população de pacientes, incluindo todos os cinco marcadores que cobrem o promotor do gene MMP-1. As distribuições de frequências de haplótipos prolongados de MMP-1 polimorfismos não foram significativas entre pacientes com cancro gástrico e controlos, e nenhum destes haplótipos risco de ocorrência de cancro gástrico conferidos (dados não mostrados).

Efeitos funcionais haplótipos da MMP-1 Polimorfismos 'on Lower Formação de estômago Tumor

Dezesseis haplótipos foram identificados com uma frequência superior a 1% e classificadas por ordem de alelos variantes polimórficas aumentando e analisadas para efeito gene-dose (Tabela S1 S1 Arquivo). A diferença na frequência de haplótipos foi significativa entre pacientes com câncer gástrico inferior do estômago e pacientes com câncer gástrico do estômago superior, como o número de alelos variantes polimórficas foram aumentados resultando no aumento do risco para um menor estômago desenvolvimento de câncer gástrico com maior OR de 2,155, IC 95% = 1,317-3,526, P = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 para haplótipos combinadas contendo 4 alelos de risco (Tabela 5).}

a fim de investigar o impacto da MMP-1 polimorfismos do promotor sobre a função do gene , comparamos níveis séricos de MMP-1 por ELISA no soro em pacientes com menor cancro de estômago com haplótipos de risco combinadas (com pelo menos qualquer um alelo de risco) vs. câncer de estômago superior com o haplótipo de referência (1G-AATT). A concentração de proteína MMP-1 no soro era quase 1,5 vezes maior em pacientes com câncer de estômago inferior (n = 54) (com haplótipos risco combinado) do que pacientes com câncer de estômago superior (n = 15) (com haplótipo de referência; p = 0,024), sugerindo a importância funcional destas SNPs na regulação da MMP-1 e expressão do gene há influenciando o processo de carcinogénese do estômago inferior (Figura 2). A análise foi repetida e confirmada após o log transformar os dados (Figura S2 em S1 Arquivo).

Discussão

Apesar de MMPs não são oncogênicos ou mutagénicas, eles alteram o microambiente e pode afetar o processo de de carcinogénese e a sua histologia, e parecem ser induzida ao nível de activação da transcrição [33]. Sendo um membro da família MMP, MMP-1 foi relatada a desempenhar um papel importante na invasão de cancro através da sobre-expressão, que está associado com a metástase e mau prognóstico no cancro do esófago, cancro do ovário, o melanoma cutâneo maligno, cancro colorectal e cancro gástrico [11 ], [15], [16], [25], [34]. tipos difusos de cancro gástrico são normalmente caracterizados por uma deposição abundante de fibras de colagénio, possivelmente exigir maiores níveis de expressão de MMP-1 para a remodelação do tecido adequado do micro-ambiente [30]. O fundo genético tem sido sugerido para desempenhar um papel importante na incidência e progressão do cancro gástrico [30]. Além disso, alguns genes polimórficos que codificam enzimas metabólicas e reguladores do ciclo celular, tais como mthfr, NADPH: quinona oxidorredutase e Ciclina D1 foram documentadas para conferir uma susceptibilidade ao cancro gástrico [35] - [37]. Portanto, genes polimórficos, sozinho ou em combinação com outros ou através da interação com os fatores de risco exógenos, podem ser utilizados como parâmetros predicativos para triagem de indivíduos com alto risco de câncer gástrico.

Para o melhor de nosso conhecimento, este estudo da associação de MMP-1 variantes eo risco de desenvolvimento de câncer gástrico e progressão na população indiana oriental é o primeiro de seu tipo com um foco em um polimorfismo -1607 1G /2G (MMP-1.1), e um adicional de quatro polimorfismos entre este SNP e o local de início da transcrição. MMP-1 na região promotora polimorfismos funcionais responsáveis ​​pela sua Expressional alterações têm sido correlacionados com vários processos de doença. Apesar disso, no nosso estudo MMP-1,1 polimorfismo e, adicionalmente, quatro outros SNPs (MMP-1,1, MMP-1,2, MMP-1.3 e MMP-1.4) na região promotora não são correlacionados com a ocorrência de cancro gástrico, sugerindo estas variantes do promotor seja fatores de baixo risco penetrância em câncer gástrico. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLOS ONE: Luz e Microscopia Eletrônica do Beaver Europeia (fibra do rodízio) Estômago Revelar características únicas morfológica com significado biológico Geral Possível
• PLOS ONE: Auto-Relatados de estômago virado no viajantes sobre Cruise-based e Terrestres férias organizadas