Исследование описывает исходную базовую базу данных здорового кишечного микробиома и профиль численности

Исходная базовая база данных здорового кишечного микробиома и профиль численности описаны в исследовании, опубликованном 11 сентября. 2019 в журнале открытого доступа PLOS ONE Чарльза Хэдли Кинга из Медицинского центра Университета Джорджа Вашингтона, СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ, и коллеги.

Столбчатая диаграмма филогенетического состава всех таксонов микробиома в этом исследовании разрушена на уровне филы в образцах фекалий. Зеленые полосы представляют Firmicutes, а синие - Bacteroidetes, два наиболее распространенных семейства бактерий. В эстетических целях образцы (n =98, внизу) были отсортированы в соответствии с их составом Bacteroidetes и Firmicutes, чтобы продемонстрировать, как исходные результаты микробиома кишечника в этом исследовании могут быть использованы в сочетании с результатами прошлых исследований. Предоставлено:Кинг и др., 2019 г.

Хотя исследовательский интерес к важности микробиома кишечника человека для здоровья в целом продолжает расти, в настоящее время нет полного справочного списка микробиома кишечника, доступного для исследователей и пациентов. В этом исследовании, Кинг и его коллеги начинают каталогизировать состав здоровых микробиомов кишечника человека. и разработал прототип шаблона отчета для врачей, чтобы передать результаты пациентам.

Чтобы составить свою базу данных, авторы генетически секвенировали 48 образцов фекалий шестнадцати здоровых участников, набранных из кампуса Университета Джорджа Вашингтона в Вашингтоне, ОКРУГ КОЛУМБИЯ., в дополнение к использованию 50 метагеномных образцов фекалий, загруженных из проекта «Микробиом человека» от людей, признанных «здоровыми».

После анализа геномных и метагеномных последовательностей всех образцов с использованием нового рабочего процесса, основанного на программном обеспечении, Кинг и его коллеги составили исходную базу данных подтвержденных микробов и их относительной численности во всех образцах. GutFeelingKB, использование всеобъемлющей и общедоступной генетической информации NCBI для предоставления метаданных об описанных организмах.

GutFeelingKB описывает 157 организмов (155 бактериальных и два архейных) 60 различных родов. Самый большой представленный тип бактерий был Firmicutes (40 процентов всех организмов в списке), которые, в свою очередь, на 20 процентов состояли из клостридий, 19 процентов бактериоидий, 17 процентов бифидобактерий, 14 процентов Enterobacterales, и 14 процентов бактерий Lactobacillales - классов бактерий, которые также содержатся в йогурте и других пробиотических продуктах. Авторы также отмечают, что 84 организма были общими для всех образцов, потенциально указывает на то, что это могут быть основные виды кишечника человека.

В этом исследовании приняли участие только шестнадцать участников. небольшой образец. Но хотя дальнейшие исследования могут продолжить выявление дополнительных организмов, присутствующих в здоровом кишечнике со всего мира, GutFeelingKB - важный первый шаг. База данных может служить отправной точкой для сравнительного анализа образцов и разработки будущих методов лечения микробиома пациентов.

Авторы добавляют:

<цитата>

Наша цель - составить карту здорового микробиома кишечника, чтобы мы и другие исследователи могли использовать наши данные для разработки моделей прогнозирования конкретных заболеваний ».

• Образцы вируса Западного Нила, обнаруженные в 10 милях друг от друга, поступили из разных мест,
• Патологические кишечные бактерии, связанные с плохой когнитивной способностью у ветеринаров с посттравмати…