Konzorcium vedené spoločnosťou GW získava od FDA 2,2 milióna dolárov na projekt špecifikácie objektov biopočítača

Konzorciu vedenému Univerzitou Georga Washingtona (GW) bolo vrátené peniaze za projekt Špecifikácia objektov BioCompute, vďaka 2,2 milióna dolárov, päťročný grant od US Food and Drug Administration (FDA). Projekt špecifikácie objektu BioCompute, ktorá bola spustená na jeseň 2017, poskytuje veľmi potrebné štandardy pre komunikáciu výpočtov vysokovýkonného sekvenovania (HTS) a analýzy dát, známe ako BioCompute Objects (BCO).

Tento komunitný projekt pracuje na zefektívnení výmeny údajov a pracovných tokov medzi FDA, vedci, farmaceutické spoločnosti, a vývojári bioinformatickej technológie. Za posledných niekoľko rokov, konzorcium organizovalo pravidelné otvorené stretnutia, vrátane každoročného workshopu, ktorý umožní účastníkom rozšíriť sa, upresniť, a uprednostniť potrebu štandardného výkazníctva a zároveň prediskutovať svoje vlastné požiadavky na štandardy špecifické pre zainteresované strany. Po týchto workshopoch dokument o špecifikácii objektu BioCompute bol uverejnený - jeden v roku 2017 a ďalší aktualizovaný dokument v roku 2018 - s cieľom oznámiť osvedčené postupy. Do konzorcia vedeného GW sú zahrnutí odborníci z DNAnexus, Projekt Galaxy, Sedem mostov, a viac.

Aby sme pomohli riadiť personalizovanú medicínu, musíme nájsť lepší spôsob porovnávania a budovania na genomických údajoch, ktoré by mohli poskytnúť poznatky o rakovine, predkovia, dynamika mikrobiómu, metagenomika, a viac. Tu prichádza na rad projekt špecifikácie objektu BioCompute. “

Raja Mazumder, PhD., hlavný riešiteľ projektu a profesor biochémie a molekulárnej medicíny na GW School of Medicine and Health Sciences

Normu v súčasnosti vyhodnocuje asociácia noriem Inštitútu elektrotechnických a elektronických inžinierov, aby sa stala oficiálne uznávanou normou. Pretože zavedenie a udržiavanie štandardov HTS na validáciu údajov, výpočet a interoperabilita sú rozhodujúce pre regulačné poslanie FDA, Cieľom konzorcia je vytvoriť sprievodnú databázu (BioComputeDB). To bude zahŕňať vývoj mechanizmov na prenos BCO, aktualizácie dokumentácie technickej špecifikácie, a organizovanie pravidelných informačných stretnutí pre zamestnancov FDA o vytváraní a používaní BCO.

„Myslím si, že nami navrhovaná databáza a mechanizmus na prenos BCO má potenciál zefektívniť proces predkladania, “povedal Jonathon Keeney, PhD., spoluriešiteľ projektu a odborný asistent biochémie a molekulárnej medicíny na GW School of Medicine and Health Sciences. „Plánujeme veľmi úzko spolupracovať s personálom FDA, aby sme zaistili, že projekt podporuje ich misiu, a že spĺňa potreby aj ostatných členov komunity. “

Projekt BioCompute tiež koordinoval výzvu „App-a-thon“ na platforme PrecisionFDA, ktorá zapojila komunitu bioinformatikov do budovania BCO a aplikácií, ktoré s nimi súvisia, a taktiež nedávno zahájila verejno -súkromné ​​partnerstvo, ktoré bude ďalej rozvíjať nástroje a spätnú väzbu, a rozšíri dosah projektu tak, aby zahŕňal viac skupín v rôznych oblastiach.

• Nová virtuálna biopsia umožňuje lekárom definitívne diagnostikovať cysty v pankrease
• Kvapky obsahujúce špecifický probiotický kmeň môžu znížiť koliku u dojčiat