Konzorcij pod vodstvom GW prejme 2,2 milijona dolarjev od FDA za projekt specifikacije bioračunalniških objektov

Konzorcij, ki ga vodi Univerza George Washington (GW), je bil povrnjen za njihov projekt specifikacije objektov BioCompute, zahvaljujoč 2,2 milijona dolarjev, petletna štipendija ameriške uprave za hrano in zdravila (FDA). Projekt specifikacije predmeta BioCompute, ki se je začela jeseni 2017, zagotavlja prepotrebne standarde za sporočanje izračunov visoko zmogljivega zaporedja (HTS) in analize podatkov, znani kot BioCompute Objects (BCO).

Ta projekt, ki ga vodi skupnost, pospešuje izmenjavo podatkov in izmenjavo tokov med FDA, raziskovalci, farmacevtska podjetja, in razvijalci tehnologije bioinformatike. V zadnjih nekaj letih, konzorcij je organiziral redna odprta srečanja, vključno z letno delavnico, ki udeležencem omogoča širitev, izboljšati, in dajejo prednost potrebi po standardnem poročanju, hkrati pa razpravljajo o lastnih zahtevah standarda za posamezne zainteresirane strani. Po teh delavnicah so je bil objavljen dokument s specifikacijo objekta BioCompute - eden v letu 2017 in drugi posodobljen dokument v letu 2018 - za sporočanje najboljših praks. V konzorcij pod vodstvom GW so vključeni strokovnjaki iz DNAnexusa, Projekt Galaxy, Sedem mostov, in več.

Da bi pomagali voziti osebno zdravilo, moramo najti boljši način za primerjavo in gradnjo na genomskih podatkih, ki bi lahko dali vpogled v raka, predniki, dinamika mikrobioma, metagenomika, in več. Tu nastopi projekt specifikacije objektov BioCompute. "

Raja Mazumder, Doktor znanosti, glavni raziskovalec projekta in profesor biokemije in molekularne medicine na GW School of Medicine and Health Sciences

Standard trenutno ocenjuje Združenje za standarde inženirjev elektrotehnike in elektronike, da postane uradno priznan standard. Ker vzpostavljanje in vzdrževanje standardov HTS za preverjanje podatkov, računanje in interoperabilnost sta ključnega pomena za regulativno poslanstvo FDA, cilj konzorcija je ustvariti spremno bazo podatkov (BioComputeDB). To bo vključevalo razvoj mehanizmov za prenos BCO, posodobitve dokumentacije o tehničnih specifikacijah, in prirejanje rednih informativnih sej za osebje FDA o ustvarjanju in uporabi BCO.

"Mislim, da ima naša predlagana zbirka podatkov in mehanizem za prenos BCO potencial za poenostavitev postopka oddaje, "je rekel Jonathon Keeney, Doktor znanosti, soraziskovalka na projektu in docentka za biokemijo in molekularno medicino na Medicinski fakulteti GW School of Medicine and Health Sciences. "Načrtujemo, da bomo tesno sodelovali z osebjem FDA, da bi zagotovili, da projekt podpira njihovo poslanstvo, in da ustreza tudi potrebam drugih članov skupnosti. "

Projekt BioCompute je prav tako koordiniral izziv "App-a-thon" na platformi PrecisionFDA, ki je bioinformatično skupnost vključil v izdelavo BCO-jev in aplikacij, povezanih z njimi, pred kratkim pa je začelo tudi javno -zasebno partnerstvo, ki bo nadalje razvijalo orodja in povratne informacije, in bo razširil doseg projekta, da bo vključeval več skupin na različnih področjih.

• Nova virtualna biopsija omogoča zdravnikom, da dokončno diagnosticirajo ciste v trebušni slinavki
• Kapljice, ki vsebujejo poseben probiotični sev, lahko zmanjšajo kolike pri dojenčkih