Abstrakt
NBN Citation : Sun P, Du J, Zhu X, Ren C, Xie L, Dai N, et al. (2015) genetisk variation i 3'-otranslaterade regionen av NBN Redaktör: Yifeng Zhou, Medical College of Soochow University, Kina Mottagna: 30 juni 2015, Accepteras: 7 september 2015, Publicerad: 24 september 2015 Copyright: © 2015 Sun et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit datatillgänglighet: Alla datamängd filer är tillgängliga från Dryad databasen. (DOI: http://dx.doi.org/10.5061/dryad.0k0n5) katalog Finansiering: 81.230.067, http://www.nsfc.gov.cn/, National Natural Science Foundation i Kina, HS; 81422042 och 81373090, http://www.nsfc.gov.cn/, National Natural Science Foundation i Kina, GJ; BK20130042, http://www.jstd.gov.cn/, Science and Technology Agency i Jiangsu-provinsen, Kina, GJ; BL2012008, http://www.njkj.gov.cn/, vetenskap och teknik kommitté Nanjing, Kina, HS; http://www.jiangsu.gov.cn/, regeringen i Jiangsu-provinsen, Kina, HS; Science Foundation för Distinguished Unga forskare i Jiangsu (BK20130042); Jiangsu-provinsen Klinisk vetenskapliga och tekniska projekt (Clinical Research Center, BL2012008); och Priority Academic Program för utveckling av Jiangsu högskolorna (folkhälsa och förebyggande medicin). Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns Introduktion Gastric cancer är de vanligaste matsmältningssystem maligna tumörer av världen. Kina bär den största magcancer bördan av världen. Det uppskattas att 42,6% nya gastric cancerfall och 45,0% dödsfall i världen har inträffat i Kina under 2012 [1]. Helicobacter pylori Genomisk instabilitet är en viktig kännetecken för cancer [8]. DNA-skadande medel exponering såsom kemisk exponering, virusinfektion, etc. kan förstöra genomisk integritet och slutligen leda till precancerous lesions eller cancer [9]. DNA dubbelsträngbrott (DSB) är dödlig hotar för normala cellulära processer och felaktiga DNA-DSB reparationsmekanism reglering kan främja utvecklingen av cancer [10]. Mer intressant, DSB observerades ofta i H. pylori-infekterade humana magslemhinnan celler [11]. NBN (NBS1) är ett kärnprotein i både DNA-DSB-reparation-homolog rekombination (HR) och icke-homologa-ändförening (NHEJ) vägen hos människa. NBN kombinera med MRE11 och RAD50 kan bilda en MRN proteinkomplex, som är en dynamisk makromolekylärt maskin som spelar en nyckelroll i det första steget i DNA-DSB reparation av både HR och NHEJ vägen via fel erkännande eller signaltransduktion [12, 13] . Onormalt uttryck eller total förlust av MRN-komplex observerades ofta i flera cancer [14]. Baserat på ovanstående bevis forskare ansåg att genetiska varianter i NBN kan tillföra subtila strukturella förändringar av proteiner och därmed skadligt påverka cancerbenägenhet [15-18]. Under det senaste decenniet har flera NBN I denna studie vi hypotesen att de genetiska varianterna i NBN Material och metoder försökspersoner Gastric patienter i studie cancer var i följd rekryterats från städerna Yangzhong, Yixing, Yangzhou och Nanjing mellan januari 2004 och december 2011 i Jiangsu provinsen, östra Kina. Kontroller valdes slumpmässigt från friska individer från community-baserade kroniska icke smittsamma sjukdomar screeningprogram fördes i Changzhou stad. Efter att ha erkänt diagnos, alla gastric cancerfall bekräftades genom histopatologisk diagnos. Dessutom har dessa patienter med någon känd historia av malignitet eller ha genomgått strålbehandling eller kemoterapi uteslutas. Följaktligen har totalt 1,140 nydiagnostiserade gastric cancerfall och 1,547 ålder och kön frekvensmatchade kontroller som ingår i aktuella studien. För att få den viktiga personlig information såsom kön, ålder, rökning och dricka status, var varje enskild intervjuad av utbildad utredare med ett standardiserat frågeformulär. Efter intervju varje försöksdone 5 ml perifert blod, och lagrades vid -20 ° C. Deltagare som rökte minst en gång per dag under mer än ett år ansågs vara rökare. Som drack mer än två gånger per vecka under minst ett år definierades som dricker. Vi sammanfattade detaljerad information om försökspersoner i Tabell 1. Varje föremål tecknat ett informerat samtycke före intervjun, och studien godkändes av institutionella forskningsetisk kommitté Nanjing Medical University. SNP valdes ut baserat på NCBI databasen (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP) och Internationella HapMap Project databasen (http: //hapmap.ncbi.nlm .nih.gov /) enligt följande två kriterier: 1) belägna i exon, 3 'eller 5'untranslated region, och 2) med en mindre allel frekvens (MAF) av minst 5% i kinesiska befolkningen. Efter dessa kriterier, har totalt 10 SNP vald. Länkdisekvilibrium (LD) analys med en r 2 tröskeln 0,80 tillämpades ytterligare filtrera dessa SNP. Slutligen, var 4 SNP vald bland rs10464867 (G > A), rs14448 (A > G), rs1063053 (G > A) och rs1063045 (G > A). genotypning utfördes på ABI 7900 TaqMan allelisk diskriminering systemet (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) utan att känna till försökspersonernas gruppering situation. Sekvensinformationen av primrar och prober visas i S1 tabell. Två negativa kontroller inkluderades i varje 384-brunnsplatta för kvalitetskontroll. De genotyper bestämdes med hjälp av SDS 2,3 Allelisk Diskriminering Software (Applied Biosystems). Den enlighet hastigheten för varje SNP var 100% för dubbletter av 5% av slumpmässigt utvalda prover. En analys baserad på haplotyper kan vara fördelaktigt över en analys baserad på enskilda SNP i närvaron av multipla mottaglighetsalleler alleler, speciellt när länk obalanser mellan SNP som bildar en haplotyp är svaga [31]. Därför genomförde vi ytterligare en haplotypanalys att bedöma associationer mellan haplotypen skapas av dessa fyra SNP och magcancer känslighet. Haplotyper skapades av en konfidensintervall tillvägagångssätt, vilket är standardalgoritmen i HaploView 4,2 mjukvara och tas från Gabriel et al., 95% konfidensintervall gränser om D prime genereras och varje jämförelse kallas "stark LD", "tveksam" eller "stark rekombination". Ett block skapas om 95% av informativa jämförelser är "starka LD" [32]. Som ett resultat var ett block skapas och analyseras i föreliggande studie. Information av länkdisekvilibrium (r 2 eller D ') information mellan de fyra SNP sammanfattades i S2 tabell. Haplotyper erhölls för varje prov med hjälp av FAS datorprogram (ver 2.1), och haplotypfrekvensema uppskattades via permutation metoder [33]. Vi använde chi-square test till jämföra distributionsskillnader kategoriska variabler mellan fall och kontroller. En godhet-of-fit chi-två test användes för att testa Hardy-Weinberg-jämvikt (HWE) mellan SNP bland kontrollerna. Föreningen analys mellan genetiska varianter och gastric cancerrisken, och utvärderingen av oddskvoter (ORS) och 95% konfidensintervall (CI) genomfördes av logistisk regressionsanalys med en justering för ålder, kön, rökning och dricka status. Chi-square-baserade Q-test användes för att testa heterogenitet effektstorlekar (yttersta randområdena och 95% CI) härrör från motsvarande undergrupper. Alla statistiska analyser genomfördes med Statistical Analysis System (version 9.1.3, SAS Institute, Cary, NC). Kännetecken för 1,140 GC fall och 1,547 kontroller är sammanfattade i tabell 1 . Inga signifikanta skillnader upptäcktes på ålder, kön, rökning och dricka status mellan fallen och kontrollerna ( P genotypen fördelningarna i de fyra SNP och dess föreningar med gastric cancerrisken visas i Tabell 2. Logistisk regressionsanalyser visade att A-allelen av rs10464867 var starkt förknippade med en minskad risk för magcancer (per allel eller = 0,81, 95% CI: 0,71-0,94, P i haplotypanalys, haplotyper skapades för rs10464867, rs14448 och rs1063053 i ett block. Vi har sedan utfört associationsanalys och konstaterade att haplotyp GAA och AGG var signifikant associerade med en minskad risk för gastric cancerrisken jämfört med haplotyp GAG, OR var 0,88 (0,77-0,99) och 0,76 (0,65-0,89), P Diskussion NBN DNA dubbelsträngsbrott (DSB) är en särskilt viktig form av DNA-skada, vilket kan leda till genetisk instabilitet och karcinogenes [10]. NBN protein spelar en central roll i upprätthållandet av genomisk stabilitet och omfattande involverad i nästan alla aspekter av DNA-DSB metabolismen av NHEJ och HRR DSB-reparationsvägar [11]. Alla genetiska varianter av NBN den mest robusta SNP rs10464867 (G > A) ligger i den 3 'UTR av NBN DSB reparation kapacitet utgör en viktig källa till variabilitet i genomet integritet och därmed påverka cancerrisken [39]. Under de senaste två decennierna har DSB reparation kapacitet av normalpopulationen visat sig minska med stigande ålder, och män, visade bättre kapacitet DSB reparation än kvinnor i samma åldersgrupp [40, 41], vilket tyder på att interkönsskillnader DSB reparation kapacitet kan delvis bestämmas av olika genetiska mekanismer. I nuvarande studie en mer uttalad skyddande effekt av rs10464867 observerats hos män, vilket gav en möjlig förklaring till mellan könsskillnader i DSB reparation kapacitet. Basen förändring av G till A för rs10464867 kan förändra uttrycket NBN protein och i slutändan påverka NHEJ och HRR DSB-reparationsvägar hos män. Mer intressant, flera associationsstudier fann också att SNP ligger i DNA-reparationsrelaterade gener inklusive ERCC4 Vissa begränsningar i vår studie måste åtgärdas. För det första har vi rekryterat mag cancerfall från sjukhus och utvalda kontroller från samhällen, som inte kan mycket väl representera hela befolkningen och kan leda till potentiella val partiskhet. För det andra, vi kunde inte komma åt fler fall och kontroller för att bekräfta våra resultat. Sammanfattningsvis var denna studie utformad för att söka efter genetiska varianter i NBN Tack till författarna vill tacka Ph.D. Yifeng Zhou (Academic redaktör för PLOS ONE) och anonyma granskare för deras noggranna arbete och konstruktiva förslag som har hjälpt förbättra detta dokument avsevärt. Vi tackar också patienterna och stödpersonal i denna studie.
spelar en avgörande roll i karcinogenes som en kärna komponent för både homolog rekombination (HR) och icke-homologa-ändförening (NHEJ) DNA-dubbelsträngsbrott (DSB) reparationsvägar. Genetiska varianter i NBN
genen har förknippats med flera cancerrisken, vilket tyder på pleiotropa effekt på cancer. Vi antar att genetiska varianter i NBN
genen kan modifiera risken för magcancer. För att testa denna hypotes, utvärderade vi sambandet mellan fyra potentiellt funktionella single nucleotide polymorphisms i NBN Mössor och magcancer risk i en fall-kontrollstudie av 1.140 gastric cancerfall och 1,547 kontroller i en kinesisk befolkning. Vi fann att A-allelen av rs10464867 (G > A) var signifikant associerad med en minskad risk för magcancer (odds ratio [OR] = 0,81, 95% konfidensintervall [95% CI] = 0,71-0,94; P
= 4,71 × 10 -3). Dessutom sambandet mellan en allel av rs10464867 och minskad risk för magcancer var mer markant i äldre individer (per allel eller = 0,72 [0,59-0,88], P
= 1,07 × 10 -3 ), och manliga individer (per allel eller = 0,73 [0,62-0,87], P
= 3,68 × 10 -4). Vi genomförde ytterligare en haplotypanalys och upptäckt att NBN Review, en rs10464867G rs14448G rs1063053 haplotyp ges starkare skyddande effekt på magsäckscancer (OR = 0,76 [0,65-0,89], P
= 6,39 × 10 -4). Sammanfattningsvis visar dessa resultat tyder på att genetiska varianter på NBN
gen kan bidra till magsäckscancer mottaglighet och kan ytterligare öka vår förståelse av NBN
genen i cancerutveckling.
Gene förknippas med Gastric cancerrisken i en kinesiska befolkningen. PLoS ONE 10 (9): e0139059. doi: 10.1371 /journal.pone.0139059
(HP) infektion är den mest erkända etiologiska riskfaktor för magcancer [2]. Kost- och levnadsvanor, såsom användning av tobak, alkohol dricker, intag av saltad eller rökt mat, och låg förbrukning av färska vegetabilier var riskfaktorer för magcancer utveckling [3]. Även förekomsten av Helicobacter Pylori
(HP) infektion har en hög förekomst (40% till 80%) i befolkningen, endast en liten del av infekterade individer kommer att utveckla magcancer, vilket tyder på att genetiska faktorer kan spela en viktig roll i magcancer utveckling [4]. Under det senaste decenniet, har genomtäckande associationsstudier (GWAS) identifierat flera magcancer känslighet loci, inklusive 1q22, 3q13.31, 5p13.1, 8q24.3 och 10q23 [4, 5, 6]. Men GWAS fokuserar ofta på toppsignaler, medan signaler med relativt måttlig signifikansnivå kan förbises. Gene baserad analys strategi därför kan fortfarande spela en viktig roll när det gäller att utforska cancer känslighet, särskilt för de nyckelgener i cancer [7].
SNP har rapporterats vara signifikant associerade med flera cancerformer. Av dessa signifikanta samband, var rs1805794 först involverad i urinblåsecancer i en Sverige befolkning [19]. Därefter har ett antal studier rapporterade att rs1805794 också var förknippad med flera andra cancer inklusive bröstcancer [20,21], huvud- och halscancer [22], prostatacancer [23], levercancer [24], njurcellskarcinom [25 ], basalcellscancer [26]. Dessutom fanns det andra fyra SNP i NBN
(rs1061302, rs1063054, rs2735383 och rs805794) rapporterades signifikant associerade med lungcancer [27, 28, 29], och en (rs376639) rapporterades vara avsevärt associerad med leukemi [30]. Dessa bevis kollektivt föreslå en pleiotropa effekt av NBN
SNPs på flera cancerformer. Det är dock till stor del okända för effekten av genetiska varianter i NBN
magcancer.
kan ha viktig implikation för magcancer känslighet. Därför genomförde vi en fall-kontrollstudie för att undersöka sambandet mellan fyra potentiellt funktionella single nucleotide polymorphisms (SNP) i NBN
genen och gastric cancerrisken med 1,140 gastric cancerfall och 1,547 kontroller i en kinesisk befolkning.
NBN kriterier polymorfism urval och genotypning analyser
Haplotype skapa
Statistisk analys
Resultat
= 0,412, 0,522, 0,879 och 0,269 respektive). Genotypning samtalspriser var mer än 95% för alla fyra SNP. De observerade genotyp frekvenser för dessa SNP var alla överens med Hardy-Weinberg-jämvikt i kontrollerna ( P
= 0,094 för rs10464867, P
= 0,095 för rs14448, P
= 0,145 för rs1063053 och P
= 0,367 för rs1063045).
= 4,71 × 10 -3). I skiktning analys, utvärderade vi ytterligare sammanslutningar av de fyra SNPs på gastric cancerrisk i subgrupper baserade på ålder, kön, rökning, dricka status och tumörställen. En signifikant skillnad mellan undergrupper av kön ( P Idéer för heterogenitet = 0,040) observerades för föreningen av rs10464867 med gastric cancerrisk. Sambandet mellan en allel av rs10464867 och minskad risk för magcancer var mer markant i äldre individer (per allel eller = 0,72 [0,59-0,88], P
= 1,07 × 10 -3), och manliga individer (per allel eller = 0,73 [0,62-0,87], P
= 3,68 × 10 -4), liksom, G-allelen av rs14448 visat samma resultat med rs10464867 (Tabell 3).
värde var 0,034 och 6,39 x 10 -4 (tabell 4, S1 figur).
gen har varit inblandad i mottaglighet för ett stort antal cancerformer, medan inga genetiska varianter har rapporterats hittills som associerade med magcancer. I aktuella studien, rs10464867 ligger i var NBN
identifierades vara signifikant associerade med förändrad risk för magcancer i kinesiska befolkningen.
kan ha skadliga effekter på DNA reparera skadorna, och följaktligen kan predisponera till cancer. Under det senaste decenniet, till ett visst antal polymorfismer fördelade i NBN
genen har rapporterats vara associerade med flera olika typer av andra än magcancer [34] malignitet. Vår analys bygger på TCGA (Cancer Genome Atlas) data visade vidare att NBN
mRNA expressionsnivå i magcancer var betydligt högre än intilliggande normala vävnader (S2 FIG), vilket tyder på en potentiell viktig roll NBN
i gastrisk karcinogenes. Den aktuella studien gav viktiga ledtrådar att genetiska varianter i NBN kan
också vara inblandade i mottagligheten hos magcancer och ytterligare belysa den potentiella pleiotropa effekten av NBN
SNPs på flera cancerformer.
ha samband med en minskad risk för magcancer. Basen förändring av G till A för rs10464867 får göra subtila strukturella förändringar av NBN protein och därmed modulering av magcancer känslighet. Enligt den webbaserade SNP analysverktyg SNPinfo (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm), basen ändring av G till A för rs10464867 får inte bara påverka en exonic skarv förstärkare och resulterar i obalans för olika isoformer av NBN, men också kan förändra bindning av moget HSA-miR-216a eller HSA-miR-380 till sitt mål-mRNA [35]. Funktionella studier rapporterade att överuttryck av MIR-216a burk aktiverar PI3K /Akt och TGF-p vägar genom att rikta PTEN Mössor och SMAD7
, vilket bidrar till leverns cancer och tumörrecidiv i levercellscancer [36]. Medan miR-380-5p kan trycka p53-expression via en konserverad sekvens i p53 3 'otranslaterade regionen (UTR) [37]. Baserat på bevis ovan, kan vi dra slutsatsen att den basförändring av G till A för rs10464867 kan ändra transkriptionsreglering av NBN Mössor och sedan ändra uttrycket av NBN protein genom påverka exonic skarvning och miRNA bindning . Vår ytterligare funktionell anteckning analys baserad på RegulomeDB visade att rs2697679 som är i måttlig LD (r 2 = 0,222) med rs10464867 är en eQTL loci av NBN
[38]. Dessa bevis tyder på en viktig biologisk konsekvens av rs10464867 för magcancer utveckling.
, ERCC6
, Ku70m
, APE1
XRCC1
och XPD
uppvisade en differentiell effekt mellan könen på magcancer mottaglighet [42-46].
samband med magcancer och att testa en möjlig pleiotropa effekt av NBN
SNPs på flera cancerformer. Slutligen, rapporterade vi att NBN
genen innehåller genetiska varianter som är förknippade med risk för magcancer. Ytterligare populationsbaserade studier som kombinerar med funktionella undersökningar är motiverade att illustrera föreningen och molekylära mekanismer av dessa varianter i gastric cancer.
Bakgrundsinformation
S1 Fig. Länkdisekvilibrium block av märkning SNP i NBN skapades baserat på standardalgoritmen tas från Gabriel et al, Science, 2002, med hjälp av HaploView programvara 4,2.
Värdet på R2 för varje SNP par visas i de korsande områdena.
doi: 10.1371 /journal.pone.0139059.s001
(DOCX) Review S2 Fig. NBN mRNA expressionsanalys mellan 29 parade magcancer och angränsande normala vävnader baserade på TCGA uppgifter
(http://cancergenome.nih.gov/) Review doi:.. 10,1371 /journal.pone.0139059.s002
(DOCX) Review S1 tabell. De primers och prober av genotypning för NBN
polymorphisms
doi:. 10,1371 /journal.pone.0139059.s003
(DOCX) Review S2 tabell. Länkdisekvilibrium (r 2 eller D ') information om de fyra SNP
doi:. 10,1371 /journal.pone.0139059.s004
(DOCX) Review
Forskare bevisar mikrobiomets roll vid fetma
Tarm- och orala mikrobiomer förutsäger allvarligheten av COVID-19
Höjdpunkter och viktiga saker att hämta från Boston Bacterial Meeting 2019 (BBM)
Xylitol- och grapefruktfröextrakt visar löften om att förhindra SARS-CoV-2-infektion,
Varför COVID-19-patienter har fler patogena bakterier i näsan
Män som äter yoghurt två gånger i veckan är mindre benägna att utveckla tarmcancer
Tarmmikrober i getingar hjälper till att övervinna bekämpningsmedel
En spännande studie publicerad i tidningen i februari 2020 Cellvärd och mikrobe rapporterar att när getingar utsätts för atrazin, ett vanligt bekämpningsmedel, tarmmikrobiomet genomgår förändringar
Matsmältningsmanifestationer vanliga men milda bland sjukhusvistade covid-19-patienter
Ett team med 121 forskare från USA och Kanada rapporterar att även om matsmältningsmanifestationer verkar vara vanliga bland personer som är inlagda på sjukhus med coronavirus 2019 (COVID-19), majorit
Rengöringsprodukter kan öka risken för astma i barndomen finner studier
Enligt en ny studie från forskare vid Simon Fraser University:s fakultet för hälsovetenskap (SFU), exponering för hushållsrengöringsprodukter som spädbarn kan öka risken för astma hos barn till 3 år.