Somaattiset lukukehysmutaatioita in Bloom oireyhtymä BLM geeni ovat yleisiä satunnaisia ​​mahakarsinoomat kanssa mikrosatelliittimerkkien mutaattori- fenotyyppiin

Somaattiset lukukehysmutaatioita että Bloom oireyhtymä BLM
geeni ovat yleisiä satunnaisia ​​mahakarsinoomat kanssa mikrosatelliittimerkkien mutaattori- fenotyyppiin
tiivistelmä
tausta
Perimän epävakaus on raportoitu mikrosatelliittimerkkien kirjoitusten muutaman koodaussekvenssit. Olemme osoittaneet, että Bloom oireyhtymä BLM
geeni voi olla kohde microsatelliteinstability (MSI) lyhyen poly-adeniini toista sijaitsee sen koodaavan alueen. Edelleen karakterisoimiseksi osallistumista BLM
kasvainten synnyssä, olemme tutkineet mutaatioita yhdeksässä sisältävien geenien koodaavat mikrosatelliitteihin mikrosatelliitti mutaattori- fenotyyppiin (MMP) positiiviset ja negatiiviset mahakarsinoomat (GC). Tool Menetelmät
Analysoimme 50 maha- karsinoomat (GC) mutaatioita BLM
poly (A) suolikanavan portista ja koodauksessa mikrosatelliitit, että TGFp 1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6, BAX, WRN, RECQL
ja CBL
geenejä.
tulokset
BLM
mutaatioita havaittiin 27% MMP + GC (4/15 tapausta), mutta ei missään MMP negatiivisen GC (0/35 tapausta). Taajuus mutaatioiden muut kahdeksan koodaavat alueet microsatellite oli seuraava: TGFp 1-RII
(60%), BAX
(27%), hMSH6
(20%), hMSH3
(13 %), CBL
(13%), IGFIIR
(7%), RECQL
(0%) ja WRN
(0%). Mutaatiot BLM
näyttävät useammin liittyvän lukukehyksensiirtojen BAX
ja hMSH6
ja /tai hMSH3.
Kasvaimet BLM
muutoksiin aiheuttaa suuremman taajuuden epävakaa mono- ja trinukleotidi toistoja sijaitsee koodaavat alueet verrattuna mutaattori- fenotyypin kasvaimia ilman BLM
kehyksenvaihtoja.
Johtopäätökset
BLM
kehyksenvaihtoja ovat yleisiä muutoksia GC nimenomaan liittyvän MMP + kasvaimia. Ehdotamme, että BLM
toimintakyvyn menetystä MSI voi lisätä geneettinen epävakaus on ennalta olemassa epävakaa genotyypin mahalaukun kasvaimet.
Tausta
Syöpä on etenevä geneettinen sairaus, etenevä mutaatioiden sekä koodaus ja ei-koodaavia sekvenssejä [1]. Yksinkertainen jakso toistuu tai mikrosatelliitteihin ovat erittäin epävakaita joissakin ihmisen kasvainten, tunnistaa luokan kasvainten kanssa mikrosatelliittimerkki mutaattori- fenotyyppi (MMP +) (katso katsaus [2]). MMP + ve tila määritellään epävakaus yli 30% analised mikrosatelliitit, joka sisältää ainakin yhden mononukleotidin (kuten BAT26 tai BAT25) [3]. Mikrosatelliitti epävakaus (MSI) on kuvattu usein geneettinen muutos ihmisen eri kiinteitä kasvaimia kuten Satunnaista ja perinnöllistä mahakarsinoomat (GC). Melkein kaikilla potilailla, joilla on perinnöllinen polypoottinen peräsuolen syöpä (HNPCC), molekyyli-tutkimukset ovat osoittaneet, että MSI johtuu ituradan mutaatioista geeneissä, jotka koodaavat proteiineja, joita tarvitaan DNA: n yhteensopimattomuuden korjausjärjestelmän (MMR) [4]. Geenit kuten hMSH2, hMLH1, PMS1, PMS2
ja hMSH6 /GTBP
[5-8], määriteltiin "hoitajia", koska, kun häiriintynyt, ne suosivat hankinta mutaatioiden korkealla taajuudella useita geenejä, mukaan lukien onkogeenit ja tuumorisuppressorigeenit [9]. Kuitenkin huomattava osa satunnaista MMP + kasvaimia, mutaatio analyysi on kielletty tunnistamisen vastuussa olevien geenien MSI [2, 10], mikä viittaa siihen, että tällaisissa tapauksissa, MSI saattaa johtua epigeneettiset mekanismit. Itse asiassa geenien jonka promoottori hypermetylaation äskettäin osoittaneet, että hMLH1
geeni [11-13].
Merkitys MSI kasvainten synnyssä on tukenut sen osoittaminen, että geneettinen epävakaus kuvaavat MMP + ruoansulatuskanavan syöpiä voidaan kohdistaa lyhyellä toistuvia kirjoituksia sisällä koodaavan alueen geenien tärkeä solujen eloonjäämistä ja proliferaatiota. Insertio /deleetio mutaatioita löydettiin geenit transformoivan kasvutekijä-beeta tyypin II reseptori (TGFp 1-RII
), insuliinin kaltainen kasvutekijä tyypin II reseptori (IGFIIR
), DNA mismatch-korjauksen geenien hMSH3
ja hMSH6,
proapoptoottiset geeni BAX
ja transkriptiotekijä E2F-4
[14-18]. Kaikissa tapauksissa, lukuun ottamatta E2F-4,
nukleotidit lisäys /poisto johti lukukehysmutaatioita ja proteiinin katkaisu. Vaikka biologista merkitystä näiden muutosten ei ole täysin vakiintunut, ehdotettiin, että puuttuminen TGFp 1-RII reseptorit pinnalta ruoansulatuskanavan epiteelisolujen voisi poistaa negatiivisen kasvun kontrolli TGF-β, mikä johtaa hallitsemattomaan solun kasvua [19]. IGFIIR on rooli kasvun hidastuminen sitomalla ja aktivoimalla TGFp 1-reseptori monimutkainen ja välittämällä sisäistämisen, jossa myöhempi hajoaminen, että kasvutekijä IGF-II [20, 21]. BAX
edistää apoptoosia, ja on raportoitu, että BAX
inaktivaatio johtaa nopeaan kasvaimen kasvua [22]. Ihmisen geenit hMSH3
ja hMSH6
ovat homologisia bakteeri MutS
geenin, jonka tuotteet sitovat DNA epäsuhta aloittaa juosteen-erityisiä korjaus DNA-replikaation virheiden [23]. Somaattiset ja ituradan mutaatioita hMSH6
liittyi satunnaista MMP + peräsuolen karsinoomat ja HNPCC [6].
Olemme havainneet aikaisemmin, että BLM
geeni voi myös olla tavoitteeksi MSI [24]. Kehyksenvaihtoja, löytyy lyhyen poly-adeniini toista, ennustettiin tuottaa katkaistun ja ei-toiminnallinen BLM proteiinia. Homotsygoottinen tai yhdiste heterotsygoottinen mutaatioita BLM
geenin osoitettiin aiheuttaa Bloom oireyhtymä (BS; OMIM 210900), ennalta pahanlaatuinen tila, jolle kromosomi epävakaus ja lisääntynyt mutaatiostatuksesta korko. BS potilaat ovat alttiita monenlaisia ​​neoplams diagnosoitu varhaisessa iässä. Huomionarvoista, joukossa 100 kasvaimet kirjataan BS rekisterissä, 19 olivat ruoansulatuskanavan (ruokatorven, mahalaukun ja paksusuolen) ja vain kaksi oli diagnosoitu ikävuoden jälkeen 40 [25]. Nämä tiedot osoittavat, että mutaatiot BLM
geeni voi edistää kasvainten synnyssä.
Määrittelemiseksi paremmin roolin BLM
ruuansulatuskanavan kasvainten synnyssä me seulotaan paneeli MMP + ja MMP- mahakarsinoomat (GC) varten: a) lukukehyksensiirtojen BLM
koodaavan alueen microsatellite ja b) mahdolliset yhdistysten muiden geeninsisäiset kehyksenvaihtoja.
tulokset
MSI tila
varten olevassa tutkimuksessa meidän paneeli 50 GC sisältää 15 MMP + kasvaimista MSI at kahden tai useamman lokuksen (taulukko 2) ja 35 GC MMP- kanssa muutos yhdessä microsatellite (4 kasvaimet) tai ilman MSI (31 kasvaimet). Kaikki MMP + tapauksista oli BAT 26 positiivisia, ja BAT 25 epävakaus löytyi 13 ulos 15 tapausta (paitsi kotelot 67R ja 27P). Kliinis-patologisia piirteitä MMP + kasvaimia on kuvattu taulukossa 1. MMP + fenotyyppi liittyy läheisesti alhainen pTNM vaiheessa ja vähemmän yleisiä solmukohtien etäpesäkkeitä (p = 0,02 ja p = 0,001 at Fisherin tarkkaa testiä, vastaavasti, vs.
MMP-kasvaimet). Sisällä MMP + ryhmä, ylimäärä kasvaimia alkuvaiheessa ja ilman imusolmuke etäpesäke havaittiin (10/15 tapausta vs. 10/32 tapausta MMP- tapauksissa, p = 0,02 ja 11/15 tapauksissa vs. 7/32 tapauksista MMP- tapauksissa p = 0,001, tässä järjestyksessä), tiedot, jotka tukevat ehdotettua parempi ennustetekijöiden GC MMP + [33, 34]. Huomattavaa on, että mitään ylimääräistä suolen tyyppiä keskuudessa MMP + kasvainten havaittiin (12/15 tapausta vs.
20/32 of MMP- tapausta) (taulukko 1), datan mukaisesti viimeaikaisissa tutkimuksissa ei ilmene merkittävää eroa taajuus MSI suolen-tyypin ja diffuusi-tyypin karsinoomien [26, 35] .table 1 Histotype ja lavastus liittyviä parametreja MMP fenotyyppi meidän GCsa
Variable

potilaiden lukumäärä
P arvoB
Yhteensä (%) B MMP + (%) B MMP - (%) B Histotype
Suoliston
32 (68,0)
12 (37,5)
20 (62,5) B Diffuusi + Mixed
15 (32,0) B 3 (20,0)
12 (80,0) B NSC
T (syvyys seinästä tunkeutumisen) B T1 + T2
12 (25,5) B 6 (50,0)
6 (50,0) B T3 + T4
35 (74,5 )
9 (25,7)
26 (74,3) B NS
N (imusolmuke tila) B N0
18 (38,3)
11 (78,5) B 7 (21,5) B N +
29 (61,7) B 4 (12,1)
25 (87,9) B = 0,001
M (etäpesäkkeet) B M0
40 (85,1 )
14 (35,0)
26 (65,0) B M +
7 (14,9) B 1 (14,2) B 6 (85,8) B NS
Pystytysympäristö
I + II
20 (42,5)
10 (58,8)
10 (41,2) B III + IV
27 (57,5) B 5 (16,6)
22 ( 83,4) b = 0.02
Totala
47
15
32
a - oli saatavilla 47 joukosta 50 tapauksessa b - at Fisherin tarkkaa testiä c - NS = ei tilastollisesti merkitsevä
Taulukko 2 asema koodauksen mikrosatelliittia sisällä BLM, WRN, RECQL, CBL, hMSH6, hMSH3, IGFIIR, TGF-pRII
ja BAX
geenien sarjassa mahakarsinoomat kanssa Mikrosatelliittimarkkerien mutaattori- fenotyyppiin.
Case

Histotypea

Stagingb


BLM

WRN

REQL

CBL

hMSH6

hMSH3

IGFIIR

TGF-βRII

BAX

No.



MSIc

(A)9

(A)8

(A)9

(ATG)6

(C)8

(A)8

(G)8

(A)10

(G)8

31R
I
I(T2N0M0)
2/5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
57R
I
IV(T3N1M1)
5/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
63R
I
I(T2N0M0)
5/5
-
-
-
-
+
-
-
+
+
67R
I
I(T2N0M0)
4/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
69R
D
II(T3N0M0)
4/5
+
-
-
+
+
+
-
+
+
79R
I
I(T2N0M0)
5/5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3P
I
II(T3N0M0)
4/7
+
-
-
-
-
-
-
-
+
11P
I
III(T3N1M0)
3/7
+
-
-
-
-
+
+
+
-
14P
M
II(T3N0M0)
6/7
+
-
-
+
+
-
-
+
+
17P
I
II(T3N0M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
19P
D
III(T3N1M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
27P
I
IV(T4N0M0)
2/5
-
-
-
-
-
-
-
+
-
30P
I
I(T2N0M0)
3/6
-
-
-
-
-
-
-
-
-
37P
I
I(T2N0M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
+
-
38P
I
III(T3N2M0)
3/7
-
-
-
-
-
-
-
+
-
%
present tutkimus (tapausten lukumäärä)
27%
0%
0%
13%
20%
13%
7%
60%
27 %
mutaatioita
(4/15) B (0/15 -lisäaineeseen) B (0/15 -lisäaineeseen) B (2/15) B (3/15) B (2 /15) B (1/15) B (9/15) B (4/15) B raportoitu kirjallisuudessa (in GC) d -
-
- -
22-52%
19-64%
19-24%
42-83%
15-64%
a - I = suolen tyyppiä; D = hajanainen tyyppi; M = sekamuotoinen b - mukaan TNM luokittelu (Sobin ja Wittekind, 1997) c - määrä epävakaa /yhteensä testattu mikrosatelliitteihin vrk - saatuja tietoja viitteet: [17,27,42,50,51,52]
BLM lukukehyksen
PCR-monistus BLM
mikrosatelliitti paljasti epänormaalin bändejä, puuttuu normaali Hyväksytty DNA: t, 4 ja 15 MMP + kasvaimia (27%) (Fig. 1). Olemme varmistettiin sekvensoimalla että epänormaali bändit aiheuttavat häviämä yhden adeniinitähde poly-adeniini-suolikanavan (vähennys yhdeksästä kahdeksaan adeniinit), kuten aikaisemmin on esitetty [24]. Mutaatio taajuus BLM
voi olla alhainen arvio, koska olemme ulkopuolelle tapauksia, joissa epänormaali kaistoilla kasvaimen DNA: t olivat selvästi heikompia kuin normaaleihin, mahdollisesti seurauksena suuri saastuminen kasvain ei-pahanlaatuisten solujen tai matalan osa pahanlaatuisten solujen näytetään poikkeavuus (Fig. 1). Koska ei ole BLM
mutaatio havaittiin MMP- kasvaimia, lukukehyksen mutaatiot BLM
geenin näyttävät olevan spesifisesti liittyy mahan MMP + kasvaimia (todennäköisyys P < 0,01 at Fisherin eksakti testi), samanlainen kuin edellinen hyvin dokumentoitu muutoksia TGFp 1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6
ja BAX
geenejä [14, 16, 17, 32]. Siksi meidän data laajentaa ohjelmistoon muuttunut liittyvien geenien MMP + mahakarsinoomat. Kuva 1 edustavia esimerkkejä mutaatioiden havaittu mikrosatelliitteihin geeni- koodaavat alueet. Asia numerot on esitetty päällekkäin Matching normaalin (N) ja kasvaimen (T) DNA paria. Nuolet osoittavat epänormaalia bändejä. Huomaa, että emme ole harkittu mutatoitunut näytteitä, jos epänormaali bändit olivat erittäin heikkoja (kuten BLM
ja BAX
geenit kasvaimen näytteen 30P). Koska taipumus Taq-polymeraasin lisätä ylimääräinen nukleotidi lopussa syntetisoidun DNA-fragmenttien PCR-tuotteet näkyvät joskus kaksinkertainen bändejä. Lukuun ottamatta BAX
lukukehyksen kasvaimen 69R, ei muita mutaatio näyttää olevan homotsygoottinen. Kuitenkin tietämällä suhde pahanlaatuisten solujen kasvain näytteessä, olemme aiemmin osoittaneet, että BLM
mutaatio kasvain 69R on myös homotsygoottista [24].
Lukukehyksensiirtojen muissa CDR mikrosatelliitteihin ja suhteet BLM kehyksenvaihtoja
sama paneeli MMP + kasvainten analysoitiin myös läsnäolon lukukehyksensiirtojen mikrosatelliitteihin sijaitsee koodausalueissa kahdeksan muiden geenien (taulukko 2). Olemme löytäneet vaihtelua järjestyksessä pituus TGFp 1-RII, IGFIIR, hMSH3, hMSH6
ja BAX
geenit, kaikki aiemmin raportoitu muuttaa MMP + GC. Tiedot siitä TGFp 1-RII
tila kahdeksan (P-sarjan taulukossa 2) viidestätoista kasvaimia raportoitiin aiemmin [27]. Havaittu mutaatio taajuudet olivat verrattavissa aikaisemmin raportoitu kaikkien näiden geenien, lukuun ottamatta IGFIIR,
, joille löydettiin pieni osa lukukehyksen (taulukko 2). Mielenkiintoista on, verrattuna BLM
mutaatioita, vain TGFp 1-RII
kehyksenvaihtoja olivat yleisempiä (60% vs. 27%, vastaavasti) ja BAX
kehyksenvaihtoja olivat sekä usein (27%). Nämä tiedot viittaavat siihen, että lukukehyksensiirtojen BLM
ovat yleisiä muutoksia MMP + GC. Suuntaus kohti yhdistyksen välillä mutaatiot BLM
ja mutaatiot BAX
ja hMSH3
ja /tai hMSH6
havaittu (taulukko 2) (P = 0,05 at Fisherin tarkka testi).
Olemme myös analysoineet RecQL, WRN
ja CBL
geenejä, jotka sisältävät lyhyitä toistoja koodaavat alueet. Ensimmäiset kaksi geenit kuuluvat samaan helikaasin geeni perheeseen BLM
[36, 37]. Vaikka RecQL
ei liity mitään ihmisen sairauksia, mutaatioita WRN
geeni ovat syynä Wernerin oireyhtymä (WS, OMIM 277700), joka on harvinainen peittyvästi periytyvä sairaus on kliinisesti ominaista ennenaikaista vanhenemista ja lisääntynyt riski erilaisiin kasvainten, ja geneettisesti ominaista perimän epävakaisuuden. CBL
on tyrosiinikinaasireseptori [38], jonka vapauttaminen liittyi oncogenesis [39]. Olemme löytäneet mutaatiot vain CBL
geenin (Fig. 1). Kaksi näytettä (69R ja 14P) todettiin kantavan 3 emäsparin insertion trinukleotidi (ATG) 6 toistoa CBL
geeni (tietoja ei esitetä). Kuten olemme aikaisemmin raportoitu [24], koska mitään kehyksenvaihdon tuotetaan, mitään toiminnallista seurauksena voidaan päätellä. Molemmat mutaatiot löydettiin syövissä näytetään myös BLM
kehyksenvaihtoja (taulukko 2). On huomattava, että tämä osajoukko kasvaimia osoittavat tilastollisesti merkittävän ylimäärän MSI koodausalueilla verrattuna MMP + osajoukko ilman BLM
muutoksia (P < 0,001, on Χ 2-testi) (taulukko 2).
keskustelu
Useissa tutkimuksissa on todistettu, että vaihtoehtoisia väyliä voi esiintyä ruoansulatuskanavan MMP + ja MMP- syövät ominaista erilaista muuttunut geeni [40]. Asteittainen malli mutaattori- mutaatioiden ( "mutaattorikannasta että mutates muut mutaattori-") ehdotettiin määritellä mutaattori- verrattuna vaimentimen reittejä ruoansulatuskanavan kasvaimet [41]. Analysoimalla ajoitusta mutaatiotapahtumaa geneettisesti epävakaa GC, ehdotettiin, että ensimmäinen tavoitteita yhteensopimattomuuden korjauksen puute ovat mononukleotidi kirjoitusten TGFp 1-RII
ja BAX.
Lukukehysmutaatioita of hMSH3
ja hMSH6
näyttävät olevan toissijainen yhteensopimattomuuden korjauksen vauriot, jotka tuottavat mutaatiot IGFIIR
[42]. Havainto, että lukukehysmutaatioita at TGFp 1-RII
ovat yleisimpiä ja IGFIIR
ovat harvinaisempia mahalaukun MMP + kasvainten tukee mallin ennenaikaista tulisi joka tapauksessa olla läsnä useimmissa kasvaimia ja myöhään mutaatiot vain in pienen osan [43]. Tätä päätelmää tukee lisäksi tutkimuksessamme (taulukko 2). BLM
lukukehysmutaatioita liittyvät useammin ensimmäinen ja toinen vaihe muutoksia Tässä mallissa ehdotettu, mikä viittaa siihen, että ne ovat toissijaisia ​​epäsuhta korjata viat (vuonna hMSH3
ja /tai hMSH6
) läsnä soluissa, jotka eivät apoptoosiin (mahdollisesti seurausta BAX
inaktivointi). Huomionarvoista, jos 3P, lisäksi BLM,
vain lukukehyksen havaittiin BAX (ks
kuva 1) ja p53
(tuloksia ei ole esitetty) geenejä, mikä viittaa siihen, että joissakin tapauksissa, BLM
muuttaminen voi tapahtua ilman hMSH3
ja /tai hMSH6
mutaatioita, vuonna solujen epänormaali p53-välitteisen reitin apoptoottisten vaste DNA yhteensopimattomuus.
osallistuminen BLM
kasvainten synnyssä ulkopuolella BS potilaiden tuntuu mahdollista, koska tämä geeni näyttää toimivan hoitaja. BLM
mutaatiot tiedetään aiheuttavan lisääntynyttä genomin epästabiilisuuden ominaista kohonnut määrä kromosomi taukoja, aukkoja ja uudelleenjärjestelyt sekä liiallinen määrä mutaatioita sekä koodaus ja koodaavat alueet, todennäköisesti alkunsa eriarvoiseen sisar-kromatidityyppisiä vaihto, ominainen piirre n Bloom oireyhtymä [44, 45]. Niinpä BS esittelee yhdistelmä genomin epästabiilisuuden ja kohonnut syöpäriski, yhdistys löytyy myös muiden sairauksien aiheuttamia vikoja talonmies geenejä (esim HNPCC, WS, ataksia-teleangiektasia ja xeroderma pigmentosum). Samanlainen mutaatiot löytyy BS: kehyksenvaihtoja kuvattuja GC lakkauttaa helikaasin funktio BLM proteiini [24]. BLM proteiini on osoittautunut DNA purkautumiseen toimintaa [46], ja se voisi olla mukana prosessit häiriintyvät pahanlaatuisissa soluissa, kuten DNA: n kahdentuminen, rekombinaatio, kromosomi erottelu, DNA: n korjaukseen transkriptio. Todellakin, fissio hiivan BLM geeni
homologin (radl2
+ /rqhl
+) osoitettiin säännellä S-vaiheen tarkastuspiste ja ehdotettiin pari kromosomi eheyden solusyklin etenemisen [47, 48]. Kuitenkin toteaminen BLM
mutaatioiden MMP + kasvainten luo paradoksi: BLM
mutaatiot ennustetaan tuottaa kromosomi epävakautta kun taas suurin osa MMP + kasvaimet ovat diploidinen. Kuitenkin jotkut MMP + kasvaimet ovat aneuploidi ja BLM
menettämisestä toiminto mutaatiot voivat olla pleiotrooppisimpien seurauksia, mahdollisesti vaikuttaa myös mikrosatelliittimerkki epävakautta koulutusjakson, ehdottivat kuvauksen lisääntyneen sisäisen geenimutaatioita Bloom oireyhtymä [44, 45 ]. Sen suppoprt meidän ehdotus on havainto, että olemme havainneet, että BLM
on mutatoitunut LoVo solulinjassa, joka on koolonisyöpäsolulinja sekä microsatellite ja kromosomi inatability [43]. Paljon enemmän, se oli raportoi äskettäin, että SGS1
geeni, Saccharomyces cerevisiae
homologi BLM
ja WRN,
tukahduttaa genomin epävakautta ja homeologous rekombinaatio ja on tarpeeton DNA mismatch korjaus (MMR) vaimentamiseksi kromosomaalinen uudelleenjärjestelyt ja vaimentamiseksi välinen rekombinaatio toisistaan ​​poikkeavia DNA-sekvenssien [49].
Johtopäätökset
Tuloksemme osoittavat, että BLM
kehyksenvaihtoja ovat yleisiä muutoksia GC ja nimenomaisesti liittyvät MMP + kasvaimia näyttää vähintään 2 epävakaa mikrosatelliitteihin. Mutaatiot BLM
näyttävät usein liittyvän lukukehyksensiirtojen BAX
ja hMSH6
ja /tai hMSH3,
ja kasvaimista BLM
muutoksiin antavat useita epävakaa mono- ja trinukleotidi toistoja sijaitseva koodaavat alueet merkittävästi suurempi kuin havaittu MMP + tuumoreihin BLM
kehyksenvaihtoja. Ehdotamme, että BLM
toimintakyvyn menetystä MSI Mahan kasvaimissa on väli mutaatiostatuksesta tapahtuma, joka voi lisätä epävakautta ennalta olemassa epävakaa genotyypin. Tool Menetelmät
kasvainnäytteestä
Viisikymmentä ensisijainen mahalaukun kasvaimet ja niiden normaali pariksi kudoksissa (verestä tai normaali mahan limakalvon) valittiin sen perusteella, saatavissa DNA paneeli 80 mahalaukun kasvaimet (27, Calin G ja NEGRINI M julkaisemattomia tietoja). Kun mahdollista, alueet kasvainkudoksen minimaalisella tulehduksellisten solujen tai minimaalinen strooman, tai molemmat, valittiin saamiseksi neoplastisen solun kuormitus on suurempi kuin 50%. Kaikki tapaukset tunnistettiin histopatologisesti kuin adenokarsinooman. Histotype (mukaan Lauren luokittelun) [28] ja lavastus (mukaan TNM-luokitus) [29] oli tiedossa 47 joukosta 50 tapauksessa (94%) (taulukko 1). Kolmekymmentäkaksi tapauksista oli suoliston histotype ja 15 tapausta levinnyttä tai sekamuotoinen. Kaksikymmentä kasvaimet järjestetään I tai II, kun taas 27 oli vaiheen III tai IV. Mitä imusolmuke tila, kahdeksantoista tapaukset olivat NO ja 29 oli N-positiivisia. Kukaan potilaista oli kehittynyt syöpä varhaisessa iässä, eikä kukaan ollut suvussa viittaavia geneettinen taipumus syöpään. Korkean molekyylipainon DNA: iden eristettiin käyttäen vakiintuneita menettelyjä [30].
Arviointi MSI
MSI paljastui kahdet anonyymi merkkiaineiden at loci: (i) D11S1778, D11S1328, D11S922
ja D11S1318
[24], tai (ii) D2S177, D3S1076, D5S433, D11S904, D17S796
ja D18S59
[27]. Alukkeet Näiden dinukleotidi mikrosatelliittimerkkien loci saatiin kautta saatavien tietojen Genome Database. PCR-monistukset tehtiin, kuten aikaisemmin on kuvattu [24, 27]. Kaikkien näytteiden BAT25
ja BAT26
mikrosatelliitit analysoitiin PCR-monistuksella, kuten on kuvattu [31]. MSI arvioitiin, jos liikkuvuuden siirtymän PCR-tuotteiden kasvaimen DNA verrattuna normaaliin vastapuolen tunnistettiin. Vain kasvaimista ainakin 2 MSI (> 30% testatuista mikrosatelliitteihin) katsottiin MMP +.
Monistaminen mikrosatelliitteihin vuonna BLM ja muilla koodaavat alueet (CDR)
(A) 9 mikrosatelliittimerkkien sijaitsee asemassa 1610- 1618 BLM
cDNA-sekvenssin analysoitiin kaikkien pariksi näytteitä. Lyhyesti, mikrosatelliittimerkki monistettiin PCR: llä käyttäen 50 ng templaatti-DNA: ta, 1 uM kutakin aluketta, 1,5 mM MgC12, 50 uM kutakin dATP, dGTP ja dTTP ja 5,0 uM dCTP, 0,1 yksikköä Taq-DNA-polymeraasia, ja 1gCi [α33P] dCTP 10 ui reaktiotilavuudessa. PCR-reaktiot suoritettiin yksi sykli 94 ° C: ssa 5 min, jota seurasi 35 sykliä 94 ° C 30 s, 60 ° C: ssa 30 s ja 72 ° C: ssa 30 s. PCR-tuotteiden kasvain ja vastaava ohjaus DNA: t lastattiin rinnakkain 6% akryyliamidia sekvensointi geelit ja altistettiin visualisointi autoradiografialla Kodak X-AR elokuvia. Havaitseminen mutaatioita mikrosatelliitteihin sijaitsee CDR kahdeksasta muista geeneistä ((A) 10 TGFp 1-RII,
(G) 8 IGFIIR,
(G) 8 BAX,
(A) 8 hMSH3
(C) 8 hMSH6,
(A) 9 RecQL,
(A) 8 WRN,
ja (ATG) 6 CBL
) suoritettiin kuten aiemmin on kuvattu [14, 16, 17, 24, 32]. Tarkastusta kukin PCR toistettiin ainakin kahdesti. Mutatoitu alleeli edusti bändi muutos 1-3 emäsparin normaalista bändi intensiteetti verrattavissa tai suurempi kuin villityypin band (Fig. 1).
Sekvensointi epänormaali tuotteet
Genominen DNA-fragmentteja näytteille band siirtymät monistettiin uudelleen samoissa olosuhteissa lukuun ottamatta jättäminen leimatun dCTP. Ennen sekvensointi, PCR-tuotteet puhdistettiin joko suoraan tai erottamisen jälkeen 2% agaroosigeelillä käyttämällä Qiagen puhdistuskittejä. Molemmat DNA-säikeet sekvensoitiin PCR-alukkeet ja automaattisen Applied Biosystem 377 sekvensointi asemalle. Analysoitiin nukleotidisekvenssit käyttämällä Wisconsin (GCG) ohjelma paketti version Unix-8.1.
Tilastollinen analyysi
tilastollinen analyysi tuloksista tehtiin käyttämällä Χ 2 testiä tai Fisherin testiä. AP
arvo < 0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.
Julistukset
kuittaus
työtä tuki avustusta Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro (AIRC) ja osittain EY BIOMED sopimus BMH4-CT95-0914. GC tukivat IARC tutkimusapurahahakemuksensa.
Kirjoittajien alkuperäinen toimitti asiakirjat kuville
Alla linkkejä kirjoittajien alkuperäiset toimitti asiakirjat kuville. 12863_2001_18_MOESM1_ESM.png Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 1

• Vatsan migreenin lapsilla: yhdistyksen välillä mahan parametrien ja kliinisten characteristics
• Anti-ulcerogenic aktiivisuus juuri kuori ote Afrikkalainen kultasade "Cassia sieberiana" ja sen vaikutus antioksidantti puolustusjärjestelmää in rats