Hiányában Helicobacter pylori nagy tetraciklin rezisztens 16S rDNS AGA926-928TTC genotípus gyomor biopsziás mintáiban emésztési betegek egy város belsejében São Paulo, Brazília

Hiányában Helicobacter pylori
magas tetraciklin rezisztens 16S rDNS AGA926-928TTC genotípus gyomor biopsziás mintáiban emésztési betegek egy város belsejében São Paulo, Brazília katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa kezelés hatásossága a Helicobacter pylori
változik regionálisan és csökken világszerte, elsősorban eredményeként az antibiotikum-rezisztens baktérium. A tetraciklin általában tartalmazza a második sorban a H. pylori katalógusa felszámolására sémák. Brazíliában, a magas szintű tetraciklin-rezisztencia (TetR) főleg kapcsolódó AGA926-928TTC 16 S rDNS nukleotid helyettesítések. Mivel H. pylori katalógusa kultúra válogatós, megvizsgáltuk az elsődleges előfordulását H. pylori
16 S rDNS magas szintű TetR genotípus egy molekuláris megközelítés közvetlenül a gyomor biopszia diszpepsziás betege Egymás Kórház das Clinicas Marilia, São Paulo, Brazília. katalógusa módszerek
Gyomor biopsziás mintákat 68 fekélybetegség (PUD) és 327 krónikus gyomorhurut (CG) betegek pozitív szövettani diagnózis H. pylori katalógusa vizsgáltunk TetR 16 S rDNS genotípus keresztül molekuláris assay alapuló amplifikáció egy 16 S rDNS 545 bp hosszúságú fragmenst polimeráz láncreakcióval és Hinfl
restrikciós fragmens hossz polimorfizmus (PCR /RFLP). Ezen keresztül a vizsgálatban AGA926-928TTC 16 S rDNS TetR genotípus eredményezte három DNS-fragmens restrikciós mintázatot (281, 227 és 37. bp) és annak hiányában keletkezett két DNS-fragmentumot (264 és 281 bp) miatt a 16 S rDNS konzervált Hinf I
restrikciós hely.
Eredmények
A 545 bp-s 16 S rDNS PCR-fragmenst amplifikáltunk a 90% -a gyomor származó biopsziák hisztológiai H. pylori
pozitív betegek. Hinfl
RFLP feltárta hiányában a AGA926-928TTC H. pylori
genotípus és a PCR-termékek két betegnél hiányában a konzervált 16 S rDNS HinfI
restrikciós hely. BLASTN szekvencia analízise négy fragmentumok (két konzervált és két egy váratlan HinfI katalógusa restrikciós mintázata), kiderült, hogy 99% -os homológiát mutat a H. pylori
16 S rDNS afrikai, észak és dél-amerikai baktérium izolátumok. A nukleotid szubsztitúció eltörölte a konzervált HinfI
restrikciós hely a két PCR fragmensek unpredicted HinfI
RFLP, így egy EcoRI
restrikciós.
Következtetések
H. pylori
AGA926- 928TTC 16 S rDNS gén helyettesítések nem találtunk a népesség. További kutatásokra van szükség, hogy vizsgálja meg, ha H. pylori katalógusa TetR egy eltérő genetikai régiónkban, és ha a nukleotid helyettesítések a kulturálatlan H. pylori
16 S rRNS részleges szekvencia biológiai jelentősége. Katalógusa kulcsszavak
Helicobacter pylori
tetraciklin rezisztencia Helicobacter pylori katalógusa 16 S rDNS nukleinsavalapú diagnózis Helicobacter pylori
16 S rDNS polimorfizmus alapon
széles körben elfogadott, hogy a Helicobacter pylori katalógusa, egy Gram-negatív mikroaerofil baktérium van társítva több emésztőrendszer betegségek, mint például krónikus gastritis, gyomorfekély és nyombélfekély, a gyomorrák és limfoproliferatív rendellenességek [1]. Nincs egységes kezelési rend H.pylori
fertőzés [2], és ha a baktérium kimutatható a megváltozott gyomor nyálkahártya, a jelzett kezelés áll, egy hármas antibiotikum kezelés, beleértve a metronidazol, klaritromicin, amoxicillin, tinidazol, a tetraciklin és a fluorokinolonok kapcsolódó protonpumpa-inhibitor, például omeprazol, lanzoprazol vagy pantoprazol [3-5] szerint antibiotikum recept politikák a helyi egészségügyi ellátás.
H. pylori eradikáció aránya katalógusa számos kombinált szerek és kezelések közel 80% [6, 7], változó országonként és régiónként belül [8]. Számos tényező járul hozzá ez az alacsony arány a H. pylori
gyógyulás beleértve a nem hatékony antibiotikum penetráció a gyomor nyálkahártya, az antibiotikum inaktiválódását a sav szekréció a gyomor [9], hiányzik a beteg [10] és elsődlegesen sürgősségi esetek és növekedése H. pylori katalógusa antibiotikumokkal szemben rezisztens törzsek [11]. Így a regionális H. pylori katalógusa ellenállás ellenőrzés nagyon fontos vizsgálati és kezelési stratégiák.
Brazíliában, az ország kontinentális méreteket, a legtöbb gyakorló klinikusok közé tetraciklin egy második vonalbeli kezelési meghibásodása után a klasszikus hármas rend tagjai Claritromycin, amoxicillin és a protonpumpa-gátló hét napig leküzdeni a H. pylori fertőzés katalógusa [12].
H. pylori
tetraciklinnel szembeni rezisztencia (TetR) alacsony a legtöbb országban [13-15], Ezzel szemben, Latin-Amerikában, szerint egy kis számú tanulmányok kimutatták, hogy magas a Chile [16] és Brazíliában [17]. Sőt, néhány évig az előfordulási TetR nőtt [15, 18-21]. Ennek megfelelően, figyelembe véve a klinikai jelentőségét elsődleges H. pylori
antibiotikum-rezisztencia, meg kell fontolni, regionálisan, mielőtt tartalmazza felszámolására sémák.
Az arany standard módszer a meghatározására a H. pylori in vitro
érzékenységet antibiotikumok megfelel a szigetelés a mikroorganizmus tenyésztéssel. Azonban, mivel a lassú növekedés és a különleges követelményeknek a H. pylori katalógusa kultúra, ez a megközelítés nem megbízható használata a legtöbb rutin klinikai laboratóriumok, elsősorban a fejlődő országokban. Ezért, molekuláris vizsgálatok célzási rezisztencia-asszociált gén mutációk közvetlenül a biopsziás minták rendelkeznek azzal a potenciállal való használatra nagyméretű vizsgálatok [22-25].
A molekuláris mechanizmusa TetR áll annak kötődését egy adott 16 S rRNS régió, kölcsönható sztoikusan a aminoacyl-tRNS-transzferáz az a helyén a riboszóma. Ez a kötőhely definiálta a atomi felbontását riboszómák Thermus thermophilus katalógusa van kialakítva a két domén a 16 S rRNS frakciót, amely a Helix 34. és a hurok mellé helix 31 [26, 27]. A H. pylori
izolátumok, a magas fokú TetR főként három bázis mutációk származó AGA926-928 TTC, a 16 S rRNS-gének rRNS /B [28, 29]. Mutációk egy vagy két ilyen pozíciók eredményez alacsony szintű TetR [30, 31].
Brazíliában végzett vizsgálatokban a betegek Bragança Paulista, Sao Paulo, azt mutatta, hogy hármas AGA926-928 TTC mutációk találhatók minden TetR H. pylori
izolátumok [32]. Így, egy molekuláris megközelítést alapuló polimeráz-láncreakció társított restrikciós fragmens hossz polimorfizmus (PCR-RFLP) assay, megvizsgáltuk az elsődleges előfordulása a H. pylori
magas szintű TetR közvetlenül a gyomor biopsziás mintákban nyert diszpepsziás beteg benyújtott hogy a gasztroszkópia a Kórház das Clinicas Marilia, São Paulo, Brazília, 2003. január és 2006. július katalógusa Eredmények és megbeszélés katalógusa Gyomor- betegség kimenetele 1102 betege gasztroenterológiai ambulancia Kórház das Clínicas Marilia vizsgáltuk endoszkópia és kórszövettani. Endoszkópos megállapítása gyomorfekély vagy nyombélfekély betegség (PUD) voltak jelen, 119 betegen. Különböző fokú krónikus gastritis (CG) figyeltek meg hisztopatológiai a 693 betegek és más elváltozások megfelelő többnyire a gastrooesophagealis reflux betegség (GERD) és a normál gyomornyálkahártya, találtak 290 betegeknél. Néhány betegnél egynél több változtatás, a legsúlyosabb patológia tekinti az elemzésben. Katalógusa kimutatása H. pylori katalógusa végeztünk közvetlenül a biopsziás minták szövettani, az arany standard H. pylori katalógusa diagnosztikai teszt alkalmazott klinikai rutin, amely együtt szövettani elemzés segítségével eldönteni H. pylori katalógusa eradikációt. 119 PUD, 693 CG és 290 GERD mintákat, 76, 359, illetve a 2., volt pozitív a H. pylori
szövettani.
Miután kimutatható gyomor nyálkahártya, egy klasszikus a H. pylori
felszámolására hármas rendet előírt mi gasztroenterológia egészségügyi klinikákon. Amikor első választás séma terápia nem felszámolására H. pylori katalógusa, a második sorban rend tetraciklin a leginkább jelezték. H. pylori katalógusa antibiotikum TetR régiónként változik, hogy nagyon alacsony Európában és Észak-Amerikában a [2, 33, 34]. Azonban Ázsiában [15, 19, 35], és Latin-Amerikában, beleértve Brazília [16, 32], a magas aránya a H. pylori katalógusa TetR találtuk. Így annak érdekében, hogy javítsák a választott H. pylori
társuló betegség terápia, főként abban az esetben, első felszámolására kudarc, megvizsgáltuk a regionális magas szintű a H. pylori katalógusa TetR alkalmazásával molekuláris alapuló megközelítés PCR és RFLP közvetlenül ugyanabból gyomor biopsziás használnak gyors ureáz teszt. Csak biopsziás mintát a betegek pozitív H. pylori katalógusa diagnózis szövettani vontak be. Egy 545 bp a H. pylori
16SrDNA PCR-fragmenst kapunk 89,5% (68/76), és 91,1% (327/359) a gyomor származó biopsziák PUD és CG betegek, ill. Mivel mindkét teszteket végeztünk egyetlen és a különböző gyomor-biopszia és a H. pylori
fertőzés bemutatja a fokális jellemző fertőzés [36], hogy javítsa módszer érzékenysége több mintavétel, ajánlott.
Egymást követően annak érdekében, hogy érzékeli a fő kapcsolódó pontmutációk, AGA TTC a pozíciók 926, 927 és 928, a H. pylori katalógusa 16 S rDNS társított magas szintű TetR, és egy egyedi genotípus jellemezve, brazil TetR a H. pylori
elszigeteli [32], a 545 bp 16 S rDNS PCR fragmentumot korlátozott HinfI katalógusa. Ebben a H. pylori katalógusa 16 S rDNS amplikon van egy konzervált HinfI
restrikciós hely, amely egy belső ellenőrzését enzimes emésztéssel, így a két DNS-fragmenst restrikciós mintázatot, amikor a hármas AGA926-928TTC nukleotid helyettesítés hiányzó. 395 PCR minták, 393 bemutatta a két DNS fragmentum restrikciós mintázata és két PCR termék nyert mancs (Hp16S563Mar) a beteg és a CG (Hp16S587bp) beteg nem emésztett HinfI katalógusa. A nagy tetraciklin rezisztens AGA926-928TTC genotípus függ a H. pylori
16 S rDNS nem volt jelen a népesség. Ezek az eredmények jelzik a H. pylori katalógusa magas szintű TetR hiánya vagy, hogy a mi régióban más 16 S rDNS nukleotid szubsztitúciók vagy különböző genetikai tényezők vesznek részt, tetraciklin rezisztencia, amint azt más tanulmányok [21]. További kutatásokat kell végezni, hogy megállapítsák vagy kizárják ezeket a hipotéziseket.
Annak érdekében, hogy erősítse a sajátossága a 545 bp a H. pylori
16 S rDNS PCR reakciókat gyomor- biopszia, a 545 bp PCR fragmentumok nyert két H. pylori
pozitív PUD beteg kontrollként használt PCR-reakciókban (Hp16S248Mar és Hp16S644Mar), valamint a 545 bp hosszúságú PCR-fragmensek unpredicted HinfI
restrikciós mintázatot elemzi Hp16S563Mar és Hp16S587bp, szekvenáltuk és elemeztük alapvető BLASTN keresés [ ,,,0],37]. Mind a négy szekvencia bemutatott 99% -os homológiát mutat a 16 S rDNS Nyugat és dél-afrikai, dél és észak-amerikai H. pylori katalógusa izolátum. A pontmutációk megtalálható minden egyes elemzett PCR szekvenciát összehasonlítva a H. pylori katalógusa 16 S rDNS referencia szekvenciák bemutató magasabb homológiát a kapott fragmentumok 1. táblázat foglalja össze eltörlése HinfI katalógusa restrikciós helyére Hp16S563 és 587Mar eredményezte egy nukleotid pozícióban szubsztitúciót 958 származó, egy EcoRI
restrikciós helynél. Így a nukleotid szubsztitúciók ezekben 16 S 545 bp méretű PCR-fragmentumokat igazoltuk EcoRI
restrikciós analízis (az adatokat nem mutatjuk be). A biológiai jelentősége nukleotid szubsztitúció megtalálható a 16 S kulturálatlan H. pylori katalógusa PCR fragmentumok kell vizsgálni. 1. táblázat összehasonlítása Helicobacter pylori 545 bp 16 S rDNS nukleotid polimorfizmusok között hivatkozások és kulturálatlan baktériumtörzsek katalógusa H. pyloristrain + Matton 16 S rDNS nukleotid pozíciójában # Matton
926-928

947

954-959

981

988

1092

1093

1097

SouthAfrica07 katalógusa AGA katalógusa Egy fiatal GAATCC katalógusa Egy fiatal T katalógusa T katalógusa C katalógusa G katalógusa 2017WestAfrica katalógusa AGA katalógusa Egy fiatal GAATCC
Egy fiatal T katalógusa T katalógusa C katalógusa G katalógusa EU544200USA katalógusa AGA katalógusa Egy fiatal GAATCC katalógusa Egy fiatal T katalógusa T katalógusa T katalógusa G katalógusa Puno /Peru katalógusa AGA katalógusa Egy fiatal GAATCC katalógusa G katalógusa C katalógusa T katalógusa C katalógusa G katalógusa Hp16S248Mar katalógusa AGA katalógusa G katalógusa GAATCC katalógusa Egy fiatal T katalógusa T katalógusa C katalógusa Egy fiatal Hp16S644Mar katalógusa AGA katalógusa Egy fiatal GAATCC katalógusa A
T katalógusa G katalógusa C katalógusa G katalógusa Hp16S563Mar katalógusa AGA katalógusa Egy fiatal GAATTC katalógusa Egy fiatal T katalógusa T katalógusa T katalógusa G katalógusa Hp16S587Mar katalógusa AGA katalógusa Egy fiatal GAATTC katalógusa G katalógusa C katalógusa T katalógusa C katalógusa G katalógusa # alapuló H. pylori katalógusa hivatkozás törzs 26995; + Nyilvántartási számokat a H. pylori katalógusa szekvencia törzsek SouthAfrica07, 2017WestAfrica, EU544200USA, Puno /Peru, Hp16S248Mar, Hp16S644mar, Hp16S563Mar és Hp16S567Mar rendre: [génbank: CP002336.1, génbank: CP002571.1, génbank: EU544200.1, génbank: CP002982.1, génbank: JQ315410, génbank: JQ315411, génbank: JQ315412 és génbank: JQ315413].
Következtetések katalógusa A magas szintű TetR H. pylori katalógusa genotípus függő AGA926-929TTC 16 S rDNS gén helyettesítések nem található a népesség. További kutatásokra van szükség, hogy vizsgálja meg, ha H. pylori katalógusa magas TetR hiányzik, vagy ha ez együtt jár a különböző bakteriális genetikai háttérrel régiónkban. Továbbá, a biológiai jelentősége a váratlan nukleotid helyettesítések a Marilia kulturálatlan H. pylori
16 S rDNS részleges szekvencia további vizsgálatot igényel. Katalógusa Módszerek katalógusa Betegek katalógusa 1102 felnőtt beteg lakó Marilia város, Sao Paulo állami, Brazília, 19 évesen 91 éves, aki egymás után keresztülment esophagogastroduodenoscopy (EGD) felső hasi fájdalom vagy emésztési tünetek 2003 januárja 2006. július gasztroenterológiai ambulancia a Kórház das Clínicas Marilia Medical School, vontak be tanulmány. katalógusa Endoszkópia, biopszia
EGD úgy végeztük fibroendoscope (GIF-XP20, GIF-XQ20) vagy video-endoszkópos (GIF-100) mindkét Olympus. Gyomor- vagy nyombélfekély diagnózis által meghatározott endoszkópia és két töredék az antrum összegyűjtöttük, hogy hajtsa végre a gyors ureáz és kórszövettani vizsgálatok. A biopszia használt gyors ureáz tesztet továbbá közölte, hogy DNS kivonás. Az alkalmazott protokoll egyetért a Helsinki Nyilatkozat és hagyta jóvá az illetékes etikai bizottság Humán Kutatás Marilia Medical School hivatkozási szám 388/01. Katalógusa Szövettan katalógusa One antrális mintának rögzítették formalin oldatban 10% és paraffinba ágyaztuk. A metszeteket Giemsa festett H. pylori katalógusa értékelés és festettünk hematoxilin és eozin értékelésére szövettani elváltozások [38]. Katalógusa DNS kivonás és polimeráz láncreakció katalógusa polimeráz láncreakció és restrikciós analízis létre ugyanazt a biopszia használt gyors ureáz teszt. Ez benyújtották DNS kivonás a foglalkoztatás a GFX DNS extrakciós kit vásárolt Amersham /Pharmacia Biotech, követve a gyártó utasításait. DNS-t mennyiségileg agaróz gél elektroforézissel felhasználásával Invitrogem alacsony tömegű létrán, és 50-100ηg használtunk a PCR reakciók A láncindító készlet Hp16Sr1 (sense),): 5 'AAC ATT ACT GAC GCT GAT TG-3'; Hp16S R2 (antiszensz): 5 'TGG CTC CAC TTC GCA GTA TT-3', amelyek felerősítik egy konzervált fragmenst 545 bp megfelelő H. pylori
16 S rRNS gén nukleotid pozíciók között 700 és 1245 (számozott szerint a rRNS gén H. pylori katalógusa törzs 26695), módosult [32]. Minden PCR-reakciók egy negatív és egy pozitív kontroll használtunk megfelelő, illetve steril víz és két különböző ureáz H. pylori
pozitív gyomor származó biopsziák PUD betegeknél. A PCR-körülmények 94 ° C-5 ', majd 40 ciklusban 94 ° C-1' /55 ° C-1 '/72 ° C-1' és egy ciklus 72 ° C-7 ', a teljes térfogat 25 ul tartalmazó 1x PCR puffert, 200 jiM dNTP-k, 2,0 mM MgCI 2, 1 uM oligoHp16Sr1, 1 uM oligo Hp16Sr2, 1,25 U Taq DNS-polimerázt Platinum Brazília (Invitrogen), 2,5% DMSO, 50ηg DNS-t. A PCR-termékeket oldani 1,5% -os agaróz gélen etídium-bromiddal festett, és fényképezett UV fény alatt.
Restrikciós és szekvenálási analízis
16 S rDNS 545 bp-amplikonok kapott PCR-biopsziás mintákat emésztettünk Hinf katalógusa I (Biolab - New England) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. A kiszámítható restrikciós mintázata tetraciklin érzékeny H. pylori törzsek katalógusa megfelel a két darabjai 264 és 281 bp és a H. pylori katalógusa törzsek nagy tetraciklin rezisztencia megegyezik három darab 281, 227 és 37 bp. A termékek a restrikciós analízis oldani 8% akrilamid gélen, etidium-bromiddal festjük és lefényképezzük UV fény alatt. 16 S rRNS 545 bp PCR fragmentumok a két H. pylori katalógusa pozitív kontroll gyomor biopszia (Hp16S248Mar és 644Mar), valamint a két amplikonokhoz bemutató váratlan Hinf katalógusa I restrikciós minták (Hp16S563Mar és Hp16S587bp) nyújtottak be szekvenciálások DyeTM Terminator v3.0 Cycle Sequencing Ready Reaction készletet és egy ABI-3100 gép vásárolt Applied Biosystem, a gyártó utasításai szerint. A nukleotid szekvencia meghatározása, két példányban végeztük, összehasonlító elemzést végeztünk az alap nukleotid BLAST [37]. Katalógusa Szerző járulékok katalógusa RBS és CMA végzett molekuláris vizsgálatok és hozzájárult a beszerzési és az adatok értelmezése; MAS tervezett kísérletek, hozzájárult ahhoz, hogy az adatok elemzése és megfogalmazása a kéziratot. Minden szerző elolvasta és jóváhagyta a végleges kéziratot. Katalógusa Notes katalógusa Rodrigo Buzinaro Suzuki, Cristiane Maria Almeida hozzájárult egyaránt ezt a munkát. Katalógusa rövidítések katalógusa mancs: katalógusa Gyomorfekély-betegség katalógusa Matton CG: katalógusa krónikus gyomorhurut
GERD: katalógusa gastrooesophagealis reflux betegség
PCR:
polimeráz láncreakció
RFLP: katalógusa restrikciós fragmens hossz polimorfizmus
TetR: katalógusa tetraciklin-rezisztenciát. katalógusa Matton nyilatkozatok katalógusa Köszönetnyilvánítás
hálásak vagyunk Dr. Adriana Augusta Pimenta de Barros neki ellátást minden beteg vett részt a vizsgálatban, és Dr. David Howe az ő hozzájárulása a kiadás a kézirat nyelvet. Ezt a munkát támogatja a Fundacao de Amparo egy Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), Research Grant 2006 /01223-0; Fellowship CMA 2005 /04087-7.
Érdekütközés katalógusa Jelenleg nincs semmilyen nyilatkozni. Katalógusa

• Genomikai változtatások és molekuláris altípusát gyomor rák Asians
• Interobszerver és intraobserver megállapodás gyomornyálkahártya atrophy