Identifikatiouns- an Confirmatioun vun Genen vun gastric tumorigenesis

Identifikatiouns- an Confirmatioun vun Genen vun gastric tumorigenesis VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung Gastric Kriibs Équipe Équipe ass eent vun de gemeinsam zu Süden Indien gesinn Cancers. Leider méi wéi 90% si vun der Zäit si am Land zu engem Secteur Zentrum Rapport viraussetzt. Et ass eng dréngend brauchen dës Cancers zu Markenzeeche a probéieren Potential biomarkers an Roman therapeutesch Ziler ze identifizéieren. VerfÜgung spontan a Methoden VerfÜgung Mir 24. gastric Cancers benotzt, 20 vläit normal (PN) an 5 vermeintlech normal vu Patiente kritt gastric Stoffer mat Net-gastric Cancers (via normal - EN) fir d'Etude microarray vun Confirmatioun vun de wesentleche Genen duerno (n = 63), déi jee quantitation Taqman niddreg Dicht Singular Real Time Hinnen alleguer benotzt. Mir ginn dann e moossgefäerdëgt Quantibody FAQ Partie den Ausdrock vun 15 Proteinen am gastric Stoffer (4 EN, 9 PN an 9 gastric Cancers) ze validéieren. Déi selwecht vill Format benotzt gouf de Plasma Niveau vun deene Proteinen vun 58 Patiente mat gastric Cancers an 18 aus Patienten mat normal /Nët-malignant gastric Konditiounen ze studéieren. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Siwwenzéng Genen (ASPN, CCL15 /MIP-1δ , MMP3, SPON2, PRSS2, CCL3, TMEPAI /PMEPAI, SIX3, MFNG, SOSTDC1, SGNE1, SST, IGHA1, AKR1B10, FCGBP, ATP4B, goufen NCAPH2) gewisen differentially fir d'éischt tëscht der erhéijen an der vläit normal, ausgedréckt ginn Zäit. EpCAM (p = 0.0001), IL8 (p = 0.0003), CCL4 /MIP-1β (p = 0.0026), CCL20 /MIP-3α (p = 0.039) an TIMP1 (p = 0.0017) Otemschwieregkeeten FAQ Niveauen sech vill verschidden (Mann Whitney U Test) tëscht erhéijen versus aN & PN. Ausserdeem goufen Steiren Plasma Niveau vun IL8, CXCL9 /da, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B an TIMP1 Proteinen vill verschidden tëscht der Net-malignant Grupp an der gastric Kriibs Grupp. D'Post-chirurgesch Niveau vun EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /da, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN an PDGFR-B weisen eng eenheetlech Lëscht vun all den Echantillon studéiert.
Konklusiounen VerfÜgung Eis studéieren puer Genen differentially zu gastric Cancers ausgedréckt, e fir d'éischt Kéier identifizéiert huet. Verschidde vun dëse goufen op d'FAQ Niveau bestätegt, als gutt. Verschidde vun dëse Proteinen braucht fir weider fir hir potentiell als diagnostic biomarkers zu gastric Cancers évaluéiert gin an e puer als Suivi lues zu gastric Kriibs nëtzlech ginn hätt. VerfÜgung Erschléisse VerfÜgung Gastric Kriibs ass eent vun de gemeinsam gesinn Cancers zu South Indien, klasséiert 2 rg tëschent Männer a 5 September ënnert de Fraen an der Géigend Chennai Metropolitan [1]. Vun de Patiente fir de Secteur Steierberoder presentéieren, si méi wéi 90% bei Presentatioun fortgeschratt a nëmmen palliativer Gestioun vun dëse Patienten machbar ass [2]. An 2005 an 2006, goufen am Institut Ganzen 1239 gastric Kriibs Patienten gesinn, vun deem 211 Patienten virdrun soss behandelt gouf. Ënnert der Behandlung granzt Patienten (n = 1028), waren 61% vun lokalen fortgeschratt an 39% sech mat fernen Metastasen. Am Hibléck op d'fortgeschratt Natur vun der Krankheet a wéinst schlecht Leeschtung Status, huet nëmmen 91 Patiente fir Agrëff mat beduecht bis Kur. Dëst Héichpunkter de Problem vum Mangel vun fréi ze erkennen fir d'gastric Kriibs an Indien. VerfÜgung A Japan, déi eng héich Heefegkeet vun gastric Kriibs huet, ass photofluorography Duerchmusterung wéi engem Präventiounsprogramm vun der Bevëlkerung gemaach, an fréi ze erkennen lesions doraus, puer nëmmen zu mucosa agespaart [3]. Esou enger Prozedur ass onwahrscheinlech der Léisung vun engem grousse Land wéi Indien ze ginn. Opgrond vun der subtiler Symptomer wéi indigestion, moderate Gewiichtsverloscht déi allgemeng ignoréiert ginn, déi meescht Patienten präsent mat fortgeschratt Krankheet. Et ass dofir bluttnéideg verléisslech Duerchmusterung Tester ze entwéckelen, déi am Ufank Detectioun vun der Krankheet hëllefe kann. Serum baséiert Tester fir Pepsinogen an H. pylori antibody hunn net verbreet Akzeptanz verdengten an hun net fir Duerchmusterung Individuen vun der National Cancer Center, Tokyo, Japan [3] considéréiert gouf. D'diagnostic Test soll Ze- Blutt oder Pipi Prouf baséiert a brauch spezifesch ze ginn. VerfÜgung Vun de grousse Risiko Facteure fir gastric Kriibs, Ernährung spillt eng wichteg Roll. Konsum vun salzeg Iessen (Fësch a Fleesch) an Tubak gi mat enger méi Risiko verbonnen [4-6]. Chronescher atrophic gastritis an intestinal metaplasia goufen als Pre-malignant Ännerungen am gastric mucosa considéréiert. Fëmmen opzehalen, H. pylori, Bierger mat héije Inhalt vun Salz, nitrites an Nitrater, an niddreg ofgeroden vun Uebst a Geméis sinn bekannt Risiko Facteure fir chronesch atrophic gastritis [7]. De Süde indesch iessen besteet traditionell vun héich kill Inhalt an déif Liewensmëttel frittéiert, mat dem Ueleg ier fir Frittefett amgaang puer Zykle vun Uleedung benotzt discarded ginn an domat och eng héich Inhalt vun carcinogens wouvun [5, 8, 9]. VerfÜgung Gastric Cancers adenocarcinomas si virun allem an hätt vun dräi Sous-Typen ginn - Intestinal, Firwat a Bréissel [10]. D'Intestinal Typ vun gastric Kriibs ass normalerweis am distal Deel vun Mo. gesinn, huet precancerous Etappen an regruppéiert vun zesummenhängende Kriibs Zellen drüs wëll Strukturen [11] grënnen. Déi meescht vun de intestinal Zorte sinn gutt zu mëttelméisseg ënnerscheet (DÉI Course). D'Firwat Kategorie vun eenzelne Kriibs Zellen infiltrating a wäit doriwwer eraus seng macroscopic Grenze geréckelt. Si si meeschtens schlecht ënnerscheet zu Strenz [12]. Zu Chennai, sinn distal erhéijen méi heefeg wéi proximal Cancers. VerfÜgung Gene Ausdrock Studien a verschiddene Cancers gehollef hunn an Erkenntnesser am Prozess vun tumorigenesis Équipe Genen [13]. Microarray Studien der Gentherapie Ausdrock Differenzen tëscht normal Mo an gastric Kriibs [14], tëschent jonken an eelere gastric Kriibs Patienten erhéijen [15], tëscht Primärschoul entholl an metastatic lesions vergläichen [16] hu gemellt ginn. Eis Etude am Verglach der Gentherapie Ausdrock tëscht vermeintlech normal gastric vu Patiente kritt Stoffer mat Net-gastric Cancers (via normal - EN), gastric Otemschwieregkeeten Echantillon gutt ewech vun der entholl a confirméiert duerch gefruer Rubrik net entholl Zellen ze hunn (vläit normal - PN) an gastric Cancers (Tumours - T). Dëst ass den éischte studéieren an der Gentherapie Ausdrock Musteren vun gastric Cancers am Süden indesch Patienten ze kucken an e puer vun dëse Genen op d'FAQ fir hir potentiell als biomarkers fir gastric Kriibs. VerfÜgung spontan a Methoden VerfÜgung Five AN Echantillon validéieren (2 aus Patienten mat Hypopharyngeal Kriibs, 1 aus ieweschte oesophageal squamous Zell carcinoma, 1 aus Peri-ampullary carcinoma, 1 aus pancreatic Kriibs) aus Patienten déi Mo. resection als Deel vun hirem sechste Agrëff mécht sech an der Étude abegraff. Zousätzlech, 24 gastric Cancers an 20 PN sech an der Étude abegraff. All d'Patienten gëtt hir Awëllegung fir d'Etude, déi vun de Finanzpolitiker ethneschen Comité ofgeseent gouf. VerfÜgung D'grënnen uplanzen sech direkt verschafft an Rubriken huet fir gefruer Rubrik geholl. Klinescher Echantillon mat méi wéi 70% Kriibs Zellen; amgaang oesophagogastroduodenoscopy (OGDscopy) fir dyspeptic Symptomer PN a AN Echantillon mat kee Beweis vun entholl Zellen a vermeintlech normal Wirklechkeet an d'Etude mat abegraff waren. VerfÜgung Zousätzlech, Bluttprouwen sech aus Individuen gesammelt an gastrointestinal TRACT wirklech all ieweschter zu ausschléissen. Vun dësem, goufen 58 fonnt gastric Cancers ze gin, waren 6 benign wirklech ze hunn am Mo (gastritis, benign oppent) an 12 hat eng normal OGDscopy Rapport fonnt. An 8 gastric Kriibs Patienten déi radikal Agrëff mécht, post-grënnen Blutt Beispill och tëscht Dag 7 an Dag 15 ausser zwee Patienten an där d'Prouf gesammelt gouf bei der Zäit vun hirem éischte Suivi an der Chirurgie gesammelt war (Deeg 55 an 64) . VerfÜgung RNS Extraktioun VerfÜgung d'RNS aus der Otemschwieregkeeten Echantillon ofgebaut gouf de RNeasy RNS Extraktioun Kit benotzt (QIAGEN, GMBH, Hilden; Cat nee: 74106) als pro Fabrikant d'Uweisungen. D'Qualitéit vun den RNS fir Mikro-Partie Analyse benotzt gouf mat der Bioanalyzer an Echantillon mat engem RNS mir dann Number (RIN) vu 7 oder méi konsultéiert goufen an der Etude abegraff. RNS war mat NanoDrop ™ ND1000 (NanoDrop Technologies, USA) spectrophotometer quantitated. VerfÜgung Detektioun vum H pylori VerfÜgung Analys fir H pylori zu gastric Otemschwieregkeeten Echantillon war Hinnen alleguer standing benotzt wéi virdru beschriwwen [17]. Hinnen alleguer primers entworf S2 Regioun vun VAC A Gentherapie an der H pylori Nepgen zu Meenungsfreiheet nennt sech fir erkennen benotzt. D'Reaktioun verstäerkt eng amplicon vun ongeféier 194 BP Längt VerfÜgung Microarray Experimenter VerfÜgung 1 μg vun insgesamt RNS vum entholl /PN /AN Echantillonen an universal RNS (Stratagene; Cat nee: 740000-41). Sech ëmgedréint ausserdeem benotzt Singular Script op 42 ° C fir 2 Stonnen ze kréien cDNA der Héicht Allyl MessageAmp II Arna amplification Kit benotzt (Ambion, Austin, Suerge; Cat nee: AM1797). D'cDNA war Implikatioune verstärkt, gekennzeechent, hybridized an drënner ëmschriwwen virdrun gescannt [18] zu All d'raw Daten Fichieren deposéiert gi mat engem unerkannten Geo Bäitrëtt Nummer ze Geo -.. GSE17154 VerfÜgung Microarray analyteschen VerfÜgung der Ausdehnung an Background Paracetamol Intensitéit fir Cy3 an Cy5, goufen importéiert BRB-ArrayTools Software [19] den Import paff Funktioun benotzen. Background Korrektur gouf net gemaach. Global normalization war d'Logbuch-nennen op all lackeleg fir ze Steiren Zentrum benotzt fir Ënnerscheeder zu Etikette intensities vun der Cy3 an Cy5 Hoer ze ajustéieren. D'Daten vum Class Verglach Modul analyséiert benotzt [20] zu der BRB-ArrayTools Software. VerfÜgung Class Se zu BRB-Singular Tools VerfÜgung Mir Genen identifizéiert datt differentially ënnert der 3 Klassen ausgedréckt huet (entholl /PN /EN) mat der Klass Se Modul. Univariate F-Test gouf benotzt an de Genen huet statistesch relevant als wann hir p Wäert war &Si besteet; 0,001. Nieft enger zwou fantastesch Ënnerscheed ass tëscht de verschiddene Klassen néideg VerfÜgung Chemeschen Real Zäit Hinnen alleguer VerfÜgung Real Zäit Confirmatioun vun der Gentherapie Ausdrock gemaach gouf de TLDA real Zäit Hinnen alleguer (Obwuel Biosystems benotzt, Foster City, CA; Cat keen.: 4342261). Triplicate cDNA Skelett Echantillon waren Kick an analyséiert op d'Abi Prism 7900HT Haaptrei erkennen System (Obwuel Biosystems, Foster City, CA) wéi virdrun beschriwwen [18]. VerfÜgung D'raw Daten aus der Prism 7900HT Haaptrei erkennen System importéiert war an Microsoft Excel Software fir statistesch Analyse vun den Donnéeën. Ënnert der endogenous Referenzmaterial Genen op der Gamme (18S ribosomal Gentherapie; ACTB) mat abegraff, war ACTB gewielt no der globaler CT Wäert Verdeelung visualizing, fir d'Daten norméierend. Zousätzlech, HSPE1 déi baséiert op den Ënnerscheed Ausdrock op Microarray gesinn agebaut gouf, gouf fonnt minimal Variant ze hunn an domat war wéi eng zousätzlech endogenous Kontroll abegraff. D'TLDA assays sech um LabIndia Instrumenter Pvt Ltd Laboratoiren um Gurgaon lafen, New Delhi. VerfÜgung der AN Echantillon als calibrators benotzt goufen an der famill quantitation Wäerter sech fir all d'Genen an den Echantillon berechent. VerfÜgung Gene Ontologie Analys
d'Genen vun gin differentially zu erhéijen ausgedréckt a vläit normals "baséiert op der microarray Date goufen importéiert der Fatigo Modul vun Babelomics [21] an analyséiert iwwer-Representatioun vun der GO Konditiounen am Verglach zu de Rescht vun der Nepgen fonnt, mat Fisher d'exakt Test fir 2 × 2 weider Dëscher. D'p Wäert war um &dra setzen; 0,05. VerfÜgung Virbereedunge Ray FAQ lysates an Collection vum Plasma VerfÜgung Protein lysates fir Analyse mat antibody flamenden Ofgrond vum 60-80 mg gefruerenem gastric Otemschwieregkeeten Echantillon virbereet goufen. D'Otemschwieregkeeten Echantillon waren an der Präsenz vun flëssegem Stéckstoff Buedem Zement an pestle benotzt. D'powdered Otemschwieregkeeten war an Otemschwieregkeeten lysis Prellbock (Tris. HCL pH7.5, 150 mm Natrium Mord, 1% Natrium deoxycholate, 1% NP40)-du gespaart. Virum benotzen, war lysis gefiermt mat Komplett Mini ™ protease inhibitor Cocktail (Roche kinnt GMBH, Däitschland) ergänzt. D'FAQ lysates sech ze sonication ënnerworf Vibra Zell mat ™ (Sonics Galaxy USA) sonicator. D'lysates sech duerch centrifugation geraumt an quantitated benotzt Coomassie Plus-Bradford assay ™ reagent (Pierce Galaxy USA) als pro Fabrikant d'Protokoll. D'Qualitéit vun der Proteinen war vun der Léisung vun 50 μg vun der lysate op 10% Natrium dodecyl sulfate polyacrylamide (SDS) gelies analyséiert an dono visualized vun Coomassie Blue benotzt staining. VerfÜgung Plasma huet aus 5 ml vu Blutt an der Präsenz gesammelt kritt vun 200 μl vun 10% ethylene diamine tetra acetic Seier (héich). D'Plasma aus dem Blutt Echantillon isoléiert war bei 3000 g an gespäichert bei -80 ° C an aliquots centrifuged VerfÜgung Antibody flamenden Ofgrond VerfÜgung Benotzerdefinéiert antibody flamenden Ofgrond Quantibody ™ vill (Katalog Nummer: QAA-Wuedenbäisser). Baséiert op engem multiplex Elisa System fir grouss Miessung vu multiple Proteinen vum Ray Biotech kaaft, INC, war USA ze studéieren FAQ Ausdrock Niveauen am gastric Stoffer a Plasma Echantillon benotzt [22, 23]. Déi folgend Genen (CXCL5 /Ena-78, CXCL8 /IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /da, CCL3 /MIP-1α, CCL15 /MIP-1δ, EpCAM, MMP3, SPP1 /OPN, TIMP1, Adipsin /CFD, CCL4 /MIP-1β, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B an IGFBP-3) fonnt an gastric Cancers famill ze PN an EN (mat der Ausnam vun CFD /Adipsin overexpressed gin déi am PN famill ze gastric Cancers a aN overexpressed war) sech fir hir FAQ Niveauen am entholl studéiert, PN an zu aN Stoffer entspriechend. Zousätzlech, Plasma Niveau vun deene Proteinen an Patienten déi OGDscopy weiderentwéckelt huet sech mat der selwechter vill Format (58 gastric Kriibs Patienten, 6 mat benign gastric oder ausléisen oppent oder gastritis an 12 mat normal OGDscopy Rapport) geschat. An 8 gastric Kriibs Patienten déi radikal Agrëff, Précoce a Post-grënnen Echantillon sech gesammelt an analyséiert weiderentwéckelt huet. VerfÜgung D'assay Leeschtung war wéi déi vun den Hiersteller d'Protokoll beschriwwen. Kuerz, war am Fall vun der Otemschwieregkeeten lysates 100 μg vun der FAQ lysate vun verwässeren der Otemschwieregkeeten lysate Bourse Léisung mat Prouf der Mindeststeier Prellbock vun den Hiersteller zu enger definitiver Konzentratioun vun 1 mg /ml Pleséier virbereet. 100 μl vun der verdënntem lysate war fir 2 Stonnen an der Gamme Chambre incubated. 1: Am Fall vun der Plasma Echantillonen, war de Plasma mat Prouf der Mindeststeier gefiermt mat de Kit op engem Verhältnis vun 1 Pleséier verdënntem. 100 μl vun der verdënntem Plasma Prouf war fir 2 Stonnen an der Gamme Chambre incubated. Fir all vill Experimenter, zesumme mat de Kit geliwwert Standarden sech frësch vun de Produzente Protokoll ëmschriwwen virbereet an och zesumme mat engem Beispill vun der Mindeststeier gefiermt Kontroll (negativ Kontroll) déi weder Standard oder Echantillon haten. D'flamenden Ofgrond goufen als déi vun den Hiersteller d'Protokoll beschriwwen Filteren. D'drënner waren um 5 μ Resolutioun an enger PMT vun 70 benotzt Pro Scan Singular ™ (Perkin Elmer Galaxy USA) gescannt. Op dës Scanner Astellungen d'Signaler aus der héchster Standard Konzentratioun erreechen rauszesichen Samschten. D'Daten war mat der Quantibody Q-Organer analyséiert, eng Partie spezifesch, Microsoft Excel baséiert Programm, mat der Douane flamenden Ofgrond Pleséier. VerfÜgung statistique Analyse VerfÜgung der Steiren an Palett fir de Plasma Wäerter sech mat Microsoft Excel ™ verbreet Blat berechent Software (Microsoft, Galaxy). Mann Whitney U Test (http:... //Professere vassar hat /Lowry /utest HTML) war benotzt d'Bedeitung vun de Steiren Wäerter vun de Plasma ze studéieren an zwee tailed Test benotzt gouf de p fir Erhaalen Wäert. VerfÜgung Resultater VerfÜgung d'clinico-agebousst Detail vun all de Patienten, deenen hir Echantillon vun der microarray Analyse an hir entholl Echantillon benotzt goufen, sinn am Weider Fichier 1 an 2. de clinico-pathologic Detailer vun de Patienten entscheet aus wiem Bluttprouwen sech fir Estimatioun vun de Plasma Niveau vun cytokines /chemokines /Wuesstem Faktoren kritt ass an weider Fichier entscheet 3. VerfÜgung vun der 24 Patienten hir entholl Echantillon waren fir microarray Etude benotzt, 16 goufen vu méi wéi 45 Joer an 8 goufen 45 Joer oder manner; 18 waren Männercher a 6 goufen Weibchen; 5 waren erhéijen an der Regioun vun Cardia, 2 vu Kierper a 17 aus antrum opkommen. All déi zwanzeg-véier erhéijen sech adenocarcinomas mat ee vun hinnen ass schlecht ënnerscheet adenocarcinoma mat Beräicher vun Neuro-endocrine Fonctiounen. Ënnert der adenocarcinomas, war Intestinal subtype déi gemeinsam (n = 16), während diffusen subtype zu 5 an gemëscht an 2. Héichwäertege gesi war III erhéijen Schaffen (n = 20), mat kee Héichwäertege ech erhéijen an eiser Serie. Siwwenzéng vu 24 waren positiv Node a 4 Équipe um Presentatioun wäit Metastasen. VerfÜgung op der Class Se Analyse Opgrond (p Wäert = 0,001 an 2 fantastesch Ënnerscheed), hu mer 61 Genen zu Kriibs overexpressed, 66 an vläit normal an 61 mat ap Wäert vun &Si besteet; 1e-07 zu vermeintlech normal (Zousätzleche Fichier 4). Mir benotzt Taqman rel Quantitation RT-Hinnen alleguer fir Confirmatioun vun e puer vun de Genen vun der microarray Analyse identifizéiert. ACTB war als endogenous Kontroll an dëse Match gaangen, déi an Zousätzlech huet zu der 18S presentéieren Kontroll an d'TLDA Kaart. VerfÜgung de All 49 Echantillon vun der TLDA assay geschafft mee 2 Genen, C11orf42 an IGLL1 net geschafft haten. HSPE déi an eiser microarray Analyse fonnt gouf an d'Echantillonen Ënnerscheed Ausdrock ze hunn all Variant net weisen an de Niveau, an der TLDA assay a gouf als eng zousätzlech endogenous Kontroll abegraff. Normalization war mat ACTB an HSPE als endogenous Kontrollen gemaach. Vun der 63 Genen ausgewielt, ausser der endogenous Kontrollen (ACTB an HSPE) an den zwee Genen déi net geschafft huet, mir 59 Genen fir weider Analyse hat. Dräi vun de Genen VerfÜgung (REG4, CLDN18, MXRA5) hat och schonn fir Confirmatioun vun hiren Potential wéi prognostic Bewaacher virprogramméieren. Allerdéngs, an der Tëscht der Zäit datt d'Analyse microarray fäerdeg war an der RQ-RT-Hinnen alleguer Analyse gouf gemaach (ongeféier 3 Méint) do waren zousätzlech Patienten déi relapsed an dohier huet de Genen net fir weider Analyse als prognostic lues geduecht. Allerdéngs waren se och ze evaluéieren, ob se differentially tëscht PN an erhéijen ausgedréckt huet. D'Lëscht vun Genen VerfÜgung déi differentially identifizéiert huet an gastric Cancers ausgedréckt gin sin an Table 1 an Table 2. Table 1 enthält den Genen identifizéiert ginn differentially zu gastric Kriibs fir d'éischte Kéier an Table 2 ausgedréckt gin, enthält den Genen déi bekannt gi mat gastric Kriibs assoziéiert gin, an hunn och an eiser Etude. (Weider Dateien 5 a 6, Informatiounen iwwert dës Genen an den entspriechende Referenze). Et gi véier verschidden Musteren vun der Gentherapie Ausdrock - Python- 1 - overexpressed zu PN an Tumours; Muster 2 - overexpressed zu PN mee am erhéijen downregulated; Muster 3 - minimal änneren an PN mä overexpressed zu Tumours an Muster 4 - minimal änneren an PN mä downregulated zu Tumours (Dorënner 1) .Table 1 Genen gemellt differentially fir d'éischte Kéier an gastric Kriibs ausgedréckt gin [Foussballtraineren an Detailer zu Weider Fichier 4] VerfÜgung SNO
Gene Symbol
UPREGULATION IN
Referenzmaterial NOTEIERT
1
CCL15 /MIP5 /MIP-1d /LKN1 VerfÜgung NSCLC VerfÜgung [SF5-R1] VerfÜgung 2 VerfÜgung ASPN VerfÜgung Broscht Kriibs VerfÜgung [SF5-R2] VerfÜgung 3
MMP3 VerfÜgung colorectal Kriibs VerfÜgung [SF5-R3] VerfÜgung 4 VerfÜgung SPON2 VerfÜgung Lung, spillt, Aarbecht Cancers VerfÜgung [SF5-R4] zu [SF5-R5]
[SF5-R6] VerfÜgung 5 zur VerfÜgung PRSS22 VerfÜgung spillt Kriibs VerfÜgung [SF5-R7] VerfÜgung 6 VerfÜgung CCL3 /MIP 1A VerfÜgung mëndlech SCC VerfÜgung [SF5-R8 ] VerfÜgung 7 VerfÜgung TMEPAI /PMEPAI VerfÜgung Neuro-endocrine erhéijen VerfÜgung [SF5-R9] VerfÜgung 8 VerfÜgung SIX3 VerfÜgung 9 VerfÜgung MFNG VerfÜgung zu cervical Kriibs Downregulated
[SF5-R10] VerfÜgung 10 VerfÜgung SGNE1 /SCG5 VerfÜgung endocrine erhéijen VerfÜgung 11 VerfÜgung SOSTDC1 VerfÜgung an keen Auto Kriibs VerfÜgung [SF5-R11] Downregulated VerfÜgung 12
SST VerfÜgung zu oesophageal adenocarcinoma VerfÜgung [SF5-R12] Downregulated VerfÜgung 13 VerfÜgung IGHA1 VerfÜgung 14 VerfÜgung AKR1B10 VerfÜgung Erop an Barrett d'epithelium VerfÜgung [SF5-R13]
15 VerfÜgung FCGBP VerfÜgung Down reglementéiert Colon CA VerfÜgung [SF5-R14] VerfÜgung 16 VerfÜgung ATP4B VerfÜgung 17 VerfÜgung NCAPH2 VerfÜgung Table 2 Genen bekannt an Équipe ze ginn gastric Kriibs tumorigenesis an dëser Etude identifizéiert [Foussballtraineren an Detailer zu Weider Fichier 5] VerfÜgung S KENG
Gene Symbol
uewen oder ënnen regulariséiert
Referenzmaterial
1 VerfÜgung CTSB VerfÜgung Up-reegelen besonnesch an Cardia tumours
[SF6-R1]
2
SPARC/Osteonectin
Up-regulated
[SF6-R2]
3
COL1A1
Up-regulated
[SF5-R3]
4
COL1A2
Up-regulated
[SF5-R3]
5
COL4A1/Arresten
Up-regulated
[SF5-R4]
6
CXCL1/GRO1/MGSA
Up-regulated
[SF5-R5]
7
SPP1/osteopontin
Up-regulated
[SF5-R6]
8
CXCL9/MIG
Up-regulated
[SF5-R7]
9
IL8/CXCL8
Up-regulated
[SF5-R8]
10
TIMP1
Up-regulated
[SF5-R9]
11
LUM/SLRR2D/LDC
Up-regulated
[SF5-R10]
12
CXCL5/ENA78
Up-regulated
[SF5-R11]
13
CXCL10/INP10/IP10
Up-regulated
[SF5-R4]
14
CEACAM6
Up-regulated
[SF5-R12]
15
REGIV
Up-regulated
[SF5-R13]
16
S100A10/ANX2L/CAL1L
Up-regulated
[SF5-R14]
17
SERPINH1/HSP47/CBP1
Up-regulated
[SF5-R15]
18
CDH3
Up-regulated
[SF5-R16
19
TACSTD1/EPCAM/CD326
Up-regulated
[SF5-R17]
20
IFITM1/LEU13
Up-regulated
[SF5-R18]
21
CTHRC1
Up-regulated
[SF5-R19]
22
SULF1
Up-regulated
[SF5-R20]
23
RNASE1
Down-regulated
[SF5-R21]
24
PGC
Down-regulated
[SF5-R22]
25
PGA5
Down-regulated
[SF5-R22]
26
GIF
Down-regulated
[SF5-R23]
27
LTF
Down-regulated
[SF5-R24]
28
TFF1
Down-regulated
[SF5-R25]
29
CLDN18
Down-regulated
[SF5-R26]
30
CFD/Adipsin
Secreted vun gastric CA Zell lines
[SF5-R27]
31
GHRL/Obestatin
Down-regulated
[SF5-R28]
32
LIPF
Down-regulated
[SF5-R29]
33
ANXA10
Down-regulated
[SF5-R30]
Figur 1 RQ Wäerter vun vläit normals (PN) (n = 20) an klinescher (n = 24), mat vermeintlech normal (EN) (n = 5) als calibrator. Déi fantastesch Ännerung ass relativ zu vermeintlech normals. VerfÜgung Mir dunn dann d'FAQ Ausdrock fir e puer vun de Genen an der AN (n = 4), PN (n = 9) an erhéijen ze confirméieren (n = 9). Mir ginn de Quantibody onerfëllt, déi op de Prinzip vun Sandwich Elisa baséiert ass d'FAQ Niveau vun 15 cytokines, chemokines a Wuesstem Faktore ze bestëmmen [22, 23]. De Paracetamol Wäerter an dem Range vun der Besatzungszäit Table entscheet gi 3. CFD /Adipsin Steiren Niveau sech zu erhéijen fonnt ënnescht ginn am Verglach zu der Besatzungszäit PN an EN (p = 0.0324), während CXCL5 /ENA78, CCL20 /MIP- 3α, IGFBP3, SPP1 /OPN an TIMP1 sech zu PN an erhéijen zu aN, an erhéijen gesinn mat héichen Niveau relativ fräi. Am Géigesaz, EpCAM, IL8, CXCL10 /IP10, CCL3 /MIP-1α, CCL4 /MIP-1β, CCL15 /MIP-1δ, PDGFR-B goufen erhéijen Verglach zu AN an PN Kannerbetreiung erhuewen. EpCAM (p = 0.0001), IL8 (p = 0.0003), MIP-1β (p = 0.0026), MIP-3α (p = 0.039) an TIMP1 (p = 0.0017) Niveauen sech vill verschidden (Mann Whitney U Test) tëscht erhéijen versus aN & PN. Ausserdeem, EpCAM (p = 0.0004), IL8 (p = 0.0015) an MIP-1β (p = 0.0061) waren an erhéijen Verglach zu hire jeeweilegen PN.Table 3 Paracetamol Wäerter fir cytokines an chemokines an eng, pn an entholl lysates vill nik VerfÜgung zu AN
AN
PN VerfÜgung
PN
klinescher
klinescher
zu Paracetamol zu PG /ml
Range op PG /ml
Paracetamol zu PG /ml
Range op PG /ml
Paracetamol zu PG /ml
Range op PG /ml
CFD /Adipsin VerfÜgung 27295,0 VerfÜgung 22097.9-31759.9 VerfÜgung 27162,9 VerfÜgung 19515,1 - 38224,3 VerfÜgung 13021,0 * VerfÜgung 9441,5 - 36873,1 VerfÜgung CXCL5 /Ena-78 VerfÜgung 283,8 VerfÜgung 39.3-4206.1 VerfÜgung 2922,7 VerfÜgung 84,9 - 31628,7 VerfÜgung 3978,0 VerfÜgung 723,9 - 40669,6 VerfÜgung EpCAM VerfÜgung 1466,0 VerfÜgung 905.7-2266.6 VerfÜgung 2243,5 VerfÜgung 915 - 8885,8 VerfÜgung 18717,6 *** /## # VerfÜgung 8966,1 - 34529 VerfÜgung IGFBP-3 VerfÜgung 3149,8 VerfÜgung 124,0 - 17530,2 VerfÜgung 12286,0 VerfÜgung 134,6 - 34036,3 VerfÜgung 17662,7 VerfÜgung 196,9 - 55671,5 VerfÜgung IL-8 /CXCL8 VerfÜgung 22,1 VerfÜgung 0 - 62,3 VerfÜgung 53,1 VerfÜgung 27,4 - 190,6 VerfÜgung 1240,4 *** /### VerfÜgung 93,1 - 3660,7 VerfÜgung CXCL10 /IP-10 VerfÜgung 20,4 mag VerfÜgung 1,4 - 146,1 VerfÜgung 147,0 VerfÜgung 0,8 - 3940,9 VerfÜgung 384,4 VerfÜgung 0,7 - 1643,1 VerfÜgung CXCL9 /da VerfÜgung 369,5 VerfÜgung 0 - 8569,7 VerfÜgung 4336,1 VerfÜgung 1077,2 - 19396,6 VerfÜgung 7540,3 VerfÜgung 727,7 - 73975,9 VerfÜgung CCL3 /MIP-1α VerfÜgung 0,0 VerfÜgung 0 - 187,4 VerfÜgung 203,6 VerfÜgung 0 - 1177,2 VerfÜgung 359,0 VerfÜgung 0 - 3231,5 VerfÜgung CCL4 /MIP-1β VerfÜgung 49,5 VerfÜgung 0 - 261,8 VerfÜgung 94,3 VerfÜgung 0 - 335,8 VerfÜgung 578,6 ** /# VerfÜgung 28,7 - 1185,2 VerfÜgung CCL15 /MIP-1δ VerfÜgung 86,0 VerfÜgung 54 - 157,3 VerfÜgung 169,3 VerfÜgung 51,7 - 748,9 VerfÜgung 374,3 VerfÜgung 63,4 - 2825,4 VerfÜgung CCL20 /MIP-3α VerfÜgung 859,3 VerfÜgung 76.1-1784.8
3049,6 VerfÜgung 893 - 16262,9 VerfÜgung 4773,4 * VerfÜgung 1014,4 - 13280,7 VerfÜgung MMP-3 VerfÜgung 269,0 VerfÜgung 0 - 648,6 VerfÜgung 143,9 VerfÜgung 0 - 353,1 VerfÜgung 0,0
0 - 2908,2 VerfÜgung SPP1 /OPN VerfÜgung 447,0 VerfÜgung 9,1 - 896,3 VerfÜgung 2054,0 VerfÜgung 193,6 - 3183,7 VerfÜgung 1407,1 VerfÜgung 12,6 - 5819,2 VerfÜgung PDGF RB VerfÜgung 222,3 VerfÜgung 174,3 - 521,4 VerfÜgung 295,3 VerfÜgung 184,9 - 1079,3 VerfÜgung 578,6 VerfÜgung 123,7 - 1516,8 VerfÜgung TIMP-1 VerfÜgung 9676,2 VerfÜgung 4373,3 - 17133,2 VerfÜgung 27022,2 VerfÜgung 17028,3 - 194387,8 VerfÜgung 139365,6 ** VerfÜgung 48146,4 - 367203,2 VerfÜgung AN - via normal; PN - vläit normal VerfÜgung p Wäert däitlech fir EN + PN versus klinescher - VerfÜgung * - &Si besteet; 0,05; ** - &Si besteet; 0,005; *** - &Si besteet; 0,0005 vum Mann Whitney U Test VerfÜgung p Wäert däitlech fir PN versus klinescher - VerfÜgung # - &Si besteet; 0,01; ## - &Si besteet; 0,005; ### - &Si besteet; 0,0005 vum Mann Whitney U Test VerfÜgung D'Plasma Niveau vun de 15 cytokines /chemokines /Wuesstem Facteuren huet geschate der Quantibody vill benotzt. Déi 18 Net-malignant Fäll (12 mat kee vun OGDscopy fonnt Anomalie a 6 mat benign wirklech am Mo.) waren clubbed zesummen an d'Steiren Wäerter sech tëscht dem erhéijen an d'Net-malignant Grupp Verglach. Mann Whitney U Test war standing statistesch Bedeitung (zwou tailed Test) ze bewäerten. IL8, CXCL9 /da, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, PDGFR-B an TIMP1 Plasma Niveauen sech tëscht der Net-malignant Grupp an der gastric Kriibs Grupp (Table 4) vill verschidden. SPP1 /OPN Niveau goufen och héich an gastric Kriibs Patienten, am Verglach zu den Net-malignant Grupp awer geséchert bedeitendst (p = 0,05). D'Post-chirurgesch Niveau vun EpCAM, IGFBP3, IL8, CXCL10 /IP10, CXCL9 /da, CCL3 /MIP-1α, CCL20 /MIP-3α, SPP1 /OPN an PDGFR-B weisen eng eenheetlech Lëscht vun all den 8. Echantillon studéiert. Am Géigesaz TIMP1, CCL15 /MIP-1δ an CFD /Adipsin Niveauen am Post-grënnen Period tatsächlech fräi am meeschte vun de Echantillon (Dorënner 2) .Table 4 Paracetamol Wäerter fir cytokines an chemokines zu Plasma aus Net-malignant Patienten versus Plasma aus Patienten mat gastric carcinomas VerfÜgung zu Steiren fir Net-malignant (n = 18) (op PG /ml)
SPILLRAUM (op PG /ml)
Steiren fir erhéijen (n = 58) (op PG /ml)
SPILLRAUM (op PG /ml)
CFD /Adipsin
71520,0 VerfÜgung 58000,8 - 77527,9 VerfÜgung 69236,4 VerfÜgung 27926,9 - 95255,7 VerfÜgung CXCL5 /Ena-78 VerfÜgung 1100,6 VerfÜgung 0 - 7203,2 VerfÜgung 1702,8 VerfÜgung 0 - 11588,5 VerfÜgung EpCAM VerfÜgung 1789,8 VerfÜgung 0 - 13627,3 VerfÜgung 3527,1 VerfÜgung 0 - 35009,2 VerfÜgung IGFBP-3 VerfÜgung 119467,1 VerfÜgung 20164,6 - 174498 VerfÜgung 110395,1 VerfÜgung 0 - 979359,6 VerfÜgung IL-8 /CXCL8 VerfÜgung 22,5 VerfÜgung 0 - 69,9 VerfÜgung 48,9 * VerfÜgung 0 - 396,3 VerfÜgung CXCL10 /IP-10 VerfÜgung 670,2 VerfÜgung 0 - 3328,9 VerfÜgung 931,1
0 - 5158,9 VerfÜgung CXCL9 /da VerfÜgung 6069,2 VerfÜgung 0 - 18739,7 VerfÜgung 7561,8 * VerfÜgung 505-6 - 86999 VerfÜgung CCL3 /MIP-1α VerfÜgung 1464,8 VerfÜgung 0 - 10602,2 VerfÜgung 2335,1 * VerfÜgung 0 - 32199 VerfÜgung CCL4 /MIP-1β VerfÜgung 43,0 VerfÜgung 0 - 440,1 VerfÜgung 127,9 VerfÜgung 0 - 2138,5 VerfÜgung CCL15 /MIP-1δ
6628,8 VerfÜgung 1237,8 - 13178,1 VerfÜgung 5577,9 VerfÜgung 696,3 - 11054,4 VerfÜgung CCL20 /MIP-3α VerfÜgung 139,9 VerfÜgung 0 - 1994,1 VerfÜgung 654,6 # VerfÜgung 0 - 12013,1 VerfÜgung MMP-3 VerfÜgung 10966,2 VerfÜgung 3891,2 - 38928,9 VerfÜgung 13680,1 VerfÜgung 1358,7 - 80588,8 VerfÜgung SPP1 /OPN VerfÜgung 4621,5 VerfÜgung 0 - 20518,1 VerfÜgung 8680,5 VerfÜgung 0 - 110373,2
PDGF RB VerfÜgung 1391,5 VerfÜgung 0 - 5461,8 VerfÜgung 2300,5 * VerfÜgung 0 - 34754,4 VerfÜgung TIMP-1 VerfÜgung 31048,9 VerfÜgung 15603,8 - 220729,6 VerfÜgung 98054,6 # VerfÜgung 6252,5 - 463941 VerfÜgung # - p Wäert &Si besteet; 0,01; * - P Wäert &Si besteet; 0,05 duerch Mann Whitney U Test VerfÜgung Dorënner 2 Pre (1) a Post-grënnen (2) Plasma Niveau vun der cytokines /chemokines /Wuesstem Facteuren zu gastric Cancers (n = 8). D'Plasma Niveauen waren gemooss der Quantibody vill benotzt, déi de Prinzip vun Sandwich Elisa zu engem multiplex Format benotzt. D'Detailer vun der Estimatioun vun der Niveaue gi vun de Methode Rubrik gëtt. VerfÜgung de Plasma Niveau vun der cytokines /chemokines /Wuesstem Facteure sech dann mat der clinico-pathologic Fonctioune soll. 28 vun den 58 gastric Kriibs Patienten haten eng potenziell curative radikal Chirurgie (R0 resection) a 6 Patienten nëmme mécht R1 resection weiderentwéckelt. Dës 34 pathologic uplanzen goufen sinn fir pathologic kennenzeléieren (PT, pN, pStage, perinodal verbreet, lymphatic emboli, wiere emboli), während Iwwerliewe Analyse op 28 Patienten gemaach huet, deen e R0 resection weiderentwéckelt huet. Zéng Patiente mécht palliativer chirurgesch Prozeduren während 13 Patiente Fro Agrëff oder waren ville fir all Interventioun aner wéi ënnerstëtzen egal. Ee Patient no enger Strenz Kriibs, deen op zousätzlech Immunohistochemical Studien fonnt gouf eng primär gastric lymphoma gin, diffusen grouss B Zell Typ. Plasma Niveauen fir MMP3 wou héich zu Männercher Verglach zu Weibercher (Paracetamol Wäert 16772,1 PG /ml versus 8512,5 PG /ml) (p Wäert = 0.011); vun Indien.

• Korrelatioun tëschent KLENGE-2 /neu (erbB-2) Ausdrock Niveau an therapeutesch Wierkung vun geschéckt Behandlung mat HERCEPTIN an chemotherapeutic Agenten gastric Kriibs Zell lines
• Phase ech Etude vun neoadjuvant chemoradiotherapy mat S-1 plus biweekly cisplatin fir fortgeschratt gastric Kriibs Patienten mat lymph Node Metastasen: -KOGC04-