PLOS ONE: La asociación entre los SNPs o haplotipos de metaloproteinasas de la matriz 1 y el cáncer gástrico susceptibilidad, la progresión y Prognosis

Extracto

Antecedentes

Los polimorfismos de nucleótido único (SNP) en las metaloproteinasas de matriz 1 (MMP-1) juegan un papel importante en algunos tipos de cáncer. Este estudio examinó las asociaciones entre los SNP o haplotipos individuales de MMP-1 y la susceptibilidad, parámetros clínico y el pronóstico del cáncer gástrico en una amplia muestra de la población Han en el norte de China.

Métodos

este estudio de casos y controles, hubo 404 pacientes con cáncer gástrico y 404 controles sanos. Siete SNPs se genotipo utilizando el sistema MALDI-TOF MS. A continuación, el software SPSS, software Haploview 4.2, el software y el software Haplo.states Thesias fueron utilizados para estimar la asociación entre los SNPs o haplotipos de MMP-1 y la susceptibilidad al cáncer gástrico, la progresión y pronóstico.

Resultados

Entre siete SNPs, no hubo SNPs individuales que se correspondan con el riesgo de cáncer gástrico. Por otra parte, sólo el genotipo rs470206 tenido una correlación con los grados histológicos, y los pacientes con GA /AA tenido así la diferenciación celular en comparación con los pacientes con genotipo GG (OR = 0,573; IC del 95%: 0,353 a 0,929; p = 0,023). A continuación, se construyó un bloque de haplotipos de cuatro marcador que contenía 4 haplotipos comunes: TCCG, GCCG, TTCG y TTTA. Sin embargo, los cuatro haplotipos comunes no tenían correlación con el riesgo de cáncer gástrico y que no encontraron ninguna relación entre estos haplotipos y parámetros clínico en cáncer gástrico. Por otra parte, ni los SNPs haplotipos individuales ni tenían una asociación con la supervivencia de pacientes con cáncer gástrico.

Conclusiones

Este estudio polimorfismos evaluados del gen MMP-1 en el cáncer gástrico con un MALDI-TOF MS método en una gran cohorte de casos y controles del norte de china. Nuestros resultados indican que estos siete SNPs de MMP-1 pueden no ser útiles como marcadores importantes para predecir la susceptibilidad al cáncer gástrico, la progresión o pronóstico, al menos en la población Han en el norte de China

Visto:. Canción YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li aL, Liang JW, et al. (2012) La asociación entre los SNPs o haplotipos de metaloproteinasas de la matriz 1 y el cáncer gástrico Susceptibilidad, progresión y pronóstico. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10.1371 /journal.pone.0038002

Editor: E. Yury Khudyakov, Centros para el Control y Prevención de Enfermedades, Estados Unidos de América

Recibido: 30 Enero, 2012; Aceptado: April 29, 2012; Publicado: 24 de mayo de 2012

Derechos de Autor © 2012 Song et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan

Financiación:. Este trabajo fue apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias de China (Nº 30972879 y Nº 81172370), el Programa de la Ciencia y el Departamento de la provincia de Liaoning (Nº 2010225032) Tecnológico y la Fundación de Ciencias Naturales de la provincia de Liaoning (Nº 20092129). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito

Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia

Introducción

el cáncer gástrico es una de las principales causas más comunes de muerte por cáncer en todo el mundo [1]. A pesar de algunos avances en el diagnóstico y tratamiento del cáncer gástrico en las últimas décadas, el pronóstico de los pacientes con cáncer gástrico avanzado sigue siendo pobre [2]. Al igual que otros tipos de cáncer, el desarrollo de cáncer gástrico es un proceso de múltiples etapas con la acumulación de cambios genéticos y epigenéticos. El descubrimiento y la aplicación de biomarcadores que pueden ser incorporados con diagnóstico de cáncer tradicionales, la estadificación y el pronóstico en gran medida podría ayudar a mejorar el diagnóstico precoz y la atención de los pacientes [3]. Con la finalización del proyecto del genoma humano, millones de polimorfismos de nucleótido único (SNP) han sido identificados como biomarcadores atractivos en la evaluación del riesgo de cáncer, exámenes, puesta en escena, o clasificar [4].

Las metaloproteinasas de matriz (MMP) son una importante familia de enzimas dependiente de metal que son responsables de la degradación de los componentes de la matriz extracelular [5]. estudios epidemiológicos moleculares han demostrado asociaciones entre los polimorfismos genéticos de las MMP y la susceptibilidad al cáncer, la progresión y pronóstico [6] - [10]. Recientemente, algunos SNPs de MMP-1 se ha demostrado que se asoció significativamente con un mayor riesgo para el desarrollo de cáncer de pulmón [6], [7], [11]. En el cáncer de mama, Karolina Przybylowska et al. se encontró que el alelo 2G de la 1G /2G MMP-1 polimorfismo del gen puede ser responsable de los ganglios linfáticos (LN) metástasis [8]. Por otra parte, ambos estudios de Hinoda Y et al. Ghilardi y G et al. encontraron que los SNPs de MMP-1 estaban vinculados a un mayor riesgo de cáncer colorrectal [12], [13]. Además, un SNP en el promotor de MMP-1 se demostró que se correlaciona con la diferenciación histológica de cáncer gástrico [14]. Sin embargo, otros estudios mostraron una asociación negativa entre la MMP-1 polimorfismos y la susceptibilidad al cáncer [15], [16], [17]. Por otra parte, la mayoría de estos estudios se limitará a las muestras pequeñas, pocos SNP o haplotipos construidos a partir de dos o tres sitios polimórficos. Por lo tanto, una muestra amplia y más sitios polimórficos son fundamentales para la comprensión del papel de la MMP-1 SNPs en el desarrollo del cáncer gástrico.

En el presente estudio, en una amplia muestra de la población Han en el norte de China, hemos utilizado , tejidos embebidos en parafina fijados con formalina (FFPETs) -derivado muestras de ADN de pacientes y el ADN derivado de la sangre de los controles en una espectrometría de masas de tiempo de vuelo con láser asistida por matriz de desorción /ionización (MALDI-TOF MS) método para estudiar la la asociación entre los siete SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 y rs1144396) o haplotipos en MMP-1 y la susceptibilidad del tumor, los parámetros clínico-patológicas y la supervivencia del cáncer gástrico.

Materiales y Métodos

Asunto selección

Este estudio consistió en 404 pacientes con cáncer gástrico primarias y 404 controles y todos los sujetos eran de la población Han en el norte de china. Las características de los sujetos se han descrito anteriormente [18]. En resumen, los pacientes elegibles habían recibido cirugía radical en el Primer Hospital de la Universidad Médica de China entre enero de 1998 y diciembre de 2004 y fueron diagnosticados con cáncer gástrico en base a la evaluación histopatológica. El grado histológico del tumor se evaluó de acuerdo con los criterios y los tumores de la Organización Mundial de la Salud se organizaron utilizando la 7ª edición de la clasificación TNM de la Unión Internacional Contra el Cáncer (UICC) Comité Conjunto sobre el Cáncer del sistema /(AJCC) (2010), basado en el postoperatorio patológica examen de los especímenes. Se obtuvieron los datos patológicos completos, incluyendo edad, sexo, fecha de la cirugía, la localización del tumor primario, el grado histológico, la invasión venosa, invasión linfovascular, profundidad de la invasión, el número de LN recuperados, el número de los LN metastásicos, y el número de depósitos tumorales recuperados. Aquellos (i) con tumores malignos sincrónicos o metacrónicos, (ii) con metástasis a distancia se encuentra antes de la operación, (iii) que se sometieron a radioterapia o quimioterapia preoperatoria, o (iv) con entradas de datos patológicos incompletos fueron excluidos de este estudio. El seguimiento se completó para toda la población de estudio hasta enero de 2010. Dos pacientes fallecieron en el postoperatorio (dentro de los 30 días) y 21 pacientes se perdieron durante el seguimiento; por lo tanto, 381 pacientes se incluyeron en el análisis de supervivencia. los períodos de seguimiento mediana y la media era 90.0 meses y 93,3 ± 20,24 meses (rango: 61-136 meses), respectivamente. Se obtuvieron los siguientes datos de todos los pacientes: la fecha de la muerte (si es aplicable), causa de la muerte (en su caso), y la fecha de seguimiento. El criterio de valoración principal fue la duración de supervivencia específica del cáncer desde la fecha de diagnóstico de cáncer gástrico a la fecha de la muerte. La tasa de supervivencia a 5 años de los 404 pacientes fue de 54,2%.

404 muestras de sangre del grupo de control se obtuvieron de individuos libres de cáncer que al azar fueron seleccionados en base a exámenes físicos durante diciembre 2009 a agosto 2011, y este grupo se cree que es una buena representación de la población en esta región. Los criterios de selección incluyen ninguna historia individual de cáncer, frecuencia coincidente a los casos en el sexo y la edad y los individuos no estaban relacionados étnicos chinos Han. Las muestras (ácido etilendiaminotetraacético [EDTA] anticoagulan) fueron almacenadas a -20 ° C dentro de 30-40 minutos, y luego se trasladaron a un congelador a -80 ° C dentro de 2 o 3 días después de la recogida.

ética declaración

el estudio fue aprobado por el Comité de ética de Investigación de la Universidad de Medicina china, china. escrito el consentimiento informado se obtuvo de todas las personas antes de participar en el estudio.

extracción de ADN

El ADN genómico fue extraído de muestras FFPET en el grupo de casos. Las secciones con un grosor de 8 micras y un área superficial de hasta 250 mm ^{2 se prepararon con un microtomo y se aisló el ADN a partir de 6 secciones a 12 secciones, en función del tamaño del tejido y los recuentos de células. El microtomo se limpió y las cuchillas se cambió para evitar la contaminación intermuestreos. Extracción de ADN de FFPETs se realizó con un kit de tejido QIAamp® ADN FFPE (Qiagen, Hilden, Alemania) [19], siguiendo los procedimientos descritos por el fabricante y nuestro trabajo previo [18]. Acerca de 2 a 10 g de ADN se recuperó en 50 l solución final y se almacenó a -80 ° C.}

ADN genómico fue extraído de muestras de sangre del grupo de control con el ADN genómico universal Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) de acuerdo con las instrucciones del fabricante y nuestro trabajo previo [18]. Aproximadamente 2-6 g de ADN se recuperó en TE y se almacenó a -80 ° C.

Selección de SNPs candidatos

El estudio incluyó siete SNPs en MMP-1, los cuales fueron tomados de la base de datos NCBI SNP y la base de datos HapMap. Hemos seleccionado SNPs a través de los loci de genes para asegurar una alta densidad de marcadores y para proporcionar una adecuada caracterización de la diversidad de haplotipos [6]. Se requiere que todos los SNPs seleccionados para tener un alelo menor frecuencia ≥5%. Por lo tanto, se seleccionaron siete SNP:. rs2071231 (intrones), rs7125062 (intrón), rs491152 (intrón), rs470558 (exón), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) y rs1144396 (Fig. 1A)
el análisis

SNPs y validación

SNPs se genotipo utilizando el sistema de MS MALDI-TOF (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, EE.UU.) con cebadores y sondas (Tabla S1) como se describe anteriormente [19], [20]. Para garantizar la calidad de mecanografía, muestras positivas 1% (cepa de células Yanhuang) se incorporaron en cada placa de genotipificación para validar la fiabilidad de los cebadores y 1% de las muestras negativas (agua sin ADN) se utiliza para controlar la contaminación. 5% de las muestras al azar fueron probados por duplicado por diferentes personas y la reproducibilidad fue del 100%. El personal del laboratorio fueron cegados a la disposición de muestras durante el proceso. MALDI-TOF MS análisis fueron de acuerdo con Justenhoven et al. [21] y el principal proceso incluyó la amplificación por PCR (GeneAmp® PCR System 9700 dual de 384 pocillos de muestra del bloque del módulo, Sequenom), tratamiento con fosfatasa alcalina de camarón (Sequenom), reacciones de extensión de base, eliminación de sales con resina, SpectroCHIP dispensación (384 pocillos microarrays SpectroCHIP, Sequenom). discriminación alélica se obtuvo por análisis con un espectrómetro de masa compacta MassARRAY Analyzer (MT9). Por último, se realizaron análisis de datos utilizando el software analizador MassArray Typer 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22]

El desequilibrio de ligamiento (LD) y la determinación de bloques de haplotipos construcción

software Haploview 4.2. Era utilizado para evaluar LD y construir haplotipos tal como se describe anteriormente [6]. LD entre los siete SNPs utilizados en el análisis de haplotipos se midió mediante una estadística por parejas D '. La estructura del bloque de LD se examinó utilizando el método de Gabriel et al. [23], utilizando los límites de confianza del 80% de D 'para definir los sitios de recombinación histórica entre SNPs. Haplotipos se construyeron a partir de datos de genotipo en el panel de control de casos de tamaño completo dentro de los bloques utilizando un método expectativa de maximización algoritmo acelerado con el software Haploview 4.2 [6], [24]. Además, hicimos combinaciones genotipo SNP para encontrar su asociación con el riesgo de cáncer gástrico [25].

El análisis estadístico

A chi-cuadrado se utilizó la prueba (χ2) para estimar la distribución de la población por las dos caras características, se comparan las diferencias de frecuencias alélicas y genotípicas entre los casos y controles y las asociaciones de estimación entre los SNPs y los parámetros clínico-patológicos. Para evaluar la significación, se utilizó un procedimiento de permutación (1.000 tests) para corregir el valor P de los resultados de la asociación de un solo locus [6]. Una prueba de permutación es un tipo de prueba de significación estadística en la que se obtiene la distribución de la estadística de prueba bajo la hipótesis nula mediante el cálculo de todos los valores posibles de la estadística de prueba bajo reordenamientos de las etiquetas de los puntos de datos observados. Además, se utilizó la corrección de Bonferroni para múltiples pruebas de corrección [26]. Se utilizó regresión logística para analizar la asociación entre las frecuencias de genotipo y el riesgo de cáncer gástrico, ajustados por sexo y edad. Los análisis de supervivencia se realizó mediante la prueba de log-rank y Cox de riesgos proporcionales. El paquete de software 4.2 Haploview se utilizó para: estimación por pares LD, detectar la salida de equilibrio de Hardy-Weinberg, la construcción de haplotipos, el cálculo de las frecuencias de haplotipos y las asociaciones entre los haplotipos de estimación y el riesgo de cáncer gástrico. También se utilizó el software Haplo.states para evaluar las asociaciones entre haplotipos y características clínico [6], [27]. Se utilizó el software de Thesias basado en riesgos proporcionales de Cox de regresión supervivencia en el análisis de asociación basado en el haplotipo usando el algoritmo estocástico-EM para producir el análisis de supervivencia de los haplotipos [28]. Debido a múltiples pruebas de hipótesis, el valor de p para la significación se ajustó de forma conservadora mediante la corrección de Bonferroni a < 0,007 (0,05 /7)

Resultados

Características de los sujetos

Como se muestra en Tabla 1 y el trabajo previo, la edad media fue de 56,67 ± 11,92 y y el porcentaje de varones fue 70,54% en el grupo de casos. La edad media del grupo de control fue de 56,91 ± 11,48 y y el porcentaje de varones fue 70,54%. No hubo diferencias estadísticamente significativas en la distribución de sexo y edad entre los pacientes y los controles (todos P = 1,00). Además, de los 404 pacientes, 85 (21,04%) tenían cáncer de estadio I gástrico, 107 (26,49%) tenían etapa II cáncer gástrico, y 212 (52,48%) tenían etapa III cáncer gástrico (Tabla 1). Los otros parámetros clínico de los pacientes con cáncer gástrico se muestran en la Tabla 1.

las tasas de éxito de Genotipado, LD y haplotipo estructura

Todos los SNPs fueron polimórficos con frecuencias menores alelo > 10% y genotipo distribuciones eran todos de acuerdo con Hardy-Weinberg (datos no mostrados). Las tasas de éxito fueron altas en el grupo de casos (98,27 a 100%) y el grupo control (99,50 a 100%; Tabla S2). A continuación, se utilizó el software Haploview 4.2 para evaluar LD y construir haplotipos. LD se observó a través de rs2071231, rs7125062, rs491152 y rs470558 (todo ≥0.99 D), y estos cuatro SNPs construyó el bloque 1. Bloque 1 cubierta de 5,0 kb y contenía 4 haplotipos comunes: TCCG, GCCG, TTCG y TTTA (rango de frecuencia: 0.127- 0,500), lo que representa aproximadamente el 99,9% de los sujetos (Figura 1B).

las asociaciones entre SNPs y el riesgo de cáncer gástrico, parámetros clínico-patológicos y supervivencia

Como se muestra en la Tabla 2, se produjo ninguna diferencia estadística en la distribución de alelos entre pacientes y controles (p > 0,007 y P > 0,007 después de una prueba de permutación de las frecuencias alélicas y corrección de Bonferroni). Por otra parte, no hubo asociación entre el genotipo distribuciones de los siete SNPs en MMP-1 y el riesgo de cáncer gástrico (P > 0,007 y P > 0,007 después de haber sido ajustado por sexo y edad para las frecuencias genotípicas, Tabla 3)
<. p> los genotipos de los SNPs fueron evaluados para las asociaciones con los parámetros clínico. Tabla 4 mostraron que los genotipos rs470206 tuvieron una correlación con los grados histológicos, y los pacientes con GA /AA tenido así la diferenciación celular en comparación con los pacientes con genotipo GG (OR = 0,573; IC del 95%: 0,353-0,929; p = 0,023). Sin embargo, no fue significativa después de la corrección de Bonferroni. Los otros genotipos de SNP tuvieron correlaciones significativas con parámetros clínico en cáncer gástrico
.

En el análisis univariante, el tipo Borrmann, categoría pT, metástasis en los ganglios linfáticos, invasión linfovascular y el estadio TNM demostraron ser factores pronósticos significativos (Tabla 5). Sin embargo, los resultados estadísticos revelaron que todos los genotipos de los siete SNPs tenían ninguna asociación con la supervivencia de los pacientes con cáncer gástrico (todos p > 0,007, Tabla 5).

Las asociaciones entre haplotipos o combinaciones de genotipo SNP y el riesgo de cáncer gástrico , parámetros clínico-patológicos y supervivencia

el uso de software Haploview 4.2, se construyó un bloque de haplotipos de cuatro marcador, que contenía cuatro haplotipos comunes: TCCG, GCCG, TTCG y TTTA. Todos los cuatro haplotipos comunes no tenían correlación con el riesgo de cáncer gástrico (P > 0,007 y P > 0,007 después de una prueba de permutación; Tabla S3). Por otra parte, no se encontró ninguna relación entre estos cuatro haplotipos comunes y parámetros clínico en el cáncer gástrico (todos p > 0,007, Tabla S4). Por otra parte, el resultado del análisis univariado mostró ninguna asociación entre todos los haplotipos y la supervivencia de los pacientes con cáncer gástrico. (Todos p > 0,007, el cuadro S5)

A continuación, hicimos combinaciones genotipo SNP para encontrar su asociación con gástrica el riesgo de cáncer. Entre todas las combinaciones, combinaciones genotipo de dos SNPs (rs2071231 y rs470206) tenían cuatro subgrupos: TA, TG, GG y AA. Aunque el LD entre los dos SNPs no existía y los cuatro subgrupos no tuvo correlación con el riesgo de cáncer gástrico (p = 0,523), los pacientes con TA tuvieron así la diferenciación celular en comparación con los pacientes con genotipo TG (OR = 0,561; IC del 95% : 0,357 hasta 0,881, p = 0,022). Sin embargo, no fue significativa después de la corrección de Bonferroni. Además, todos los subgrupos no tenían asociaciones con la supervivencia de pacientes con cáncer gástrico (todos p > 0,007). Las otras combinaciones genotipo no tenían resultados significativos.

Discusión

La degradación de la matriz extracelular y la membrana basal por MMPs es uno de los elementos reguladores más importantes en muchos procesos fisiológicos y patológicos de la invasión tumoral y metástasis [5]. La mayoría de los estudios anteriores se han centrado en la relación entre SNPs y MMP-2 y MMP-9. Por otra parte, algunos SNPs de MMP-1 se ha demostrado que se asoció significativamente con un mayor riesgo para el desarrollo de cáncer de pulmón, cáncer de mama y cáncer colorrectal [6] - [8], [11] - [13]. Sin embargo, otros estudios mostraron una asociación negativa entre la MMP-1 polimorfismos y la susceptibilidad al cáncer [15] - [17]. Por otra parte, en el cáncer gástrico, la mayoría de los estudios sobre la MMP-1 sólo han centrado en la importancia de la SNP (-1607 1G /2G) en el promotor en muestras relativamente pequeñas. Jin X et al. informó que no hubo asociación de la MMP-1 polimorfismo del promotor (-1607 1G /2G) con la susceptibilidad a adenocarcinoma gástrico cardiaco en el norte de China (183 pacientes) [15]. Sin embargo, un estudio sobre una población japonesa (215 pacientes) mostró que, aunque la presencia del alelo 2G (-1607) en el promotor de MMP-1 no aumentó el riesgo de cáncer gástrico, que puede estar implicada en la diferenciación de cáncer gástrico [14]. Por lo tanto, una muestra amplia y más sitios polimórficos son fundamentales para la comprensión del papel de la MMP-1 SNPs en el desarrollo del cáncer gástrico.

Teniendo en cuenta lo anterior, se seleccionaron siete sitios polimórficos a través de la MMP-1 para asegurar una alta densidad de marcadores y para proporcionar una adecuada caracterización de la diversidad de haplotipos. Por otra parte, se seleccionaron 404 pacientes y 404 controles que tenían las mismas distribuciones de sexo y edad. Por otro lado, hasta ahora, la mayoría de los SNPs fueron estudiados por el polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) de ensayo [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] y pirosecuenciación análisis [31]. Actualmente, el método MS MALDI-TOF, que ofrece aproximadamente 100% de precisión para la genotipificación de SNP, se considera como un estándar de oro [19], [32]. Además, los informes previos mostraron que no había diferencias de frecuencia alélica entre el ADN derivado de FFPET y el ADN derivado de la sangre del mismo individuo a través de varios métodos, incluyendo MALDI-TOF MS [33] - [35]. Por lo tanto, el genotipado de ADN derivado de FFPET por MALDI-TOF MS es fiable y reproducible. Nuestros resultados también mostraron altas tasas de éxito oscilan entre 98,27% y el 100% (media: 99,43%), que estaban de acuerdo con los datos reportados anteriores [19], [32], [33]

Entre siete SNPs. , Sun et al. mostraron que las frecuencias alélicas riesgo de rs7125062, rs2075847 y rs470206 fueron mayores en pacientes con cáncer de pulmón que en los controles [6]. Sin embargo, en el presente estudio, no hubo SNPs individuales que se correspondan con el riesgo de cáncer gástrico. Por otra parte, los genotipos rs470206 tenido un corelation con grados histológicos, y los pacientes con GA /AA tenido así la diferenciación celular en comparación con los pacientes con genotipo GG. Este resultado fue similar a los sitios polimórficos (-1607 1G /2G), que pueden estar implicados en la diferenciación de cáncer gástrico [14]. Por otra parte, algunos estudios revelaron que la MMP-1 polimorfismo del promotor (-1607 1G /2G) tiene una asociación con el pronóstico en el cáncer de lengua [36], el cáncer de mama [37] y el cáncer colorrectal [38]. Sin embargo, no hemos encontrado ningún SNP individuales que se correspondan con el pronóstico en el cáncer gástrico en nuestro estudio.

SNPs se heredan de forma estable, muy abundante y mostrar la diversidad dentro y entre poblaciones, los cuales se cree que son biomarcadores atractivos. Sin embargo, la aplicación de los SNP individuales se ha limitado debido a que tienen baja penetrancia y sus efectos son relativamente difíciles de identificar. Por lo tanto, la importancia de la información de haplotipos ha ido en aumento para vincular la variación de secuencias de ADN con la enfermedad [6], [18], [39]. En nuestro estudio, hemos construido un bloque de cuatro haplotipos marcador que contenía 4 haplotipos comunes: TCCG, GCCG, TTCG y TTTA, que eran consistentes con el estudio de Sun et al. [6]. Su estudio mostró haplotipo TTCG tenía una frecuencia que fue significativamente diferente entre pacientes y controles. Por otra parte, haplotipo TTCG tenía un mayor riesgo de metástasis a distancia del cáncer de pulmón y, en contraste con TTCG haplotipo, haplotipo TTTA mostró un efecto protector contra la progresión del cáncer de pulmón [6]. Sin embargo, en nuestro estudio, los cuatro haplotipos comunes no tenían correlación con el riesgo de cáncer gástrico y que no encontraron ninguna relación entre estos haplotipos y parámetros clínico en cáncer gástrico. Por otra parte, el resultado del análisis univariado mostró ninguna asociación entre todos los haplotipos y la supervivencia de los pacientes con cáncer gástrico. Hasta ahora, un número creciente de estudios se han centrado en la asociación entre los SNPs y la enfermedad, pero incluso con el mismo SNP, por lo general los resultados fueron diferentes. Más y más estudios revelaron que los diferentes resultados podrían ser atribuibles principalmente a varias combinaciones de factores, tales como la heterogeneidad de la enfermedad, la población, el medio ambiente, las frecuencias alélicas y /o diferencias de LD, fuente de tejido utilizado, tamaño de la muestra, la técnica de detección y así sucesivamente.

Curiosamente, a pesar de no existir el LD entre rs2071231 y rs470206, que todavía se hacen combinaciones genotipo SNP según el estudio de Ostrovsky O et al. [25]. Se encontró que, en comparación con los pacientes con el genotipo TG, los pacientes con TA tenían así la diferenciación celular. Sin embargo, la frecuencia de este tipo de combinación genotipo SNP fue muy baja en la población.

En conclusión, este estudio se evaluaron los polimorfismos del gen MMP-1 en el cáncer gástrico con un método MALDI-TOF MS y FFPETs archivados en una gran cohorte de casos y controles del norte de china. Aunque nuestros resultados fueron negativos, este estudio indica en primer lugar que los SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 y rs1144396) de MMP-1 podría no ser útiles como marcadores significativos para predecir la susceptibilidad al cáncer gástrico, la progresión o el pronóstico, por lo menos en la población Han en el norte de china. Por otra parte, estos resultados podrían proporcionar la información importante a los demás científicos que hacen investigación sobre el cáncer para eliminar estos siete SNPs como marcadores de diagnóstico para el cáncer gástrico.

Apoyo a la Información sobre Table S1.
Primer secuencias utilizadas para el genotipado de los siete SNPs en MMP-1 | doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s001 gratis (DOC) sobre Table S2.
de genotipado tasas de éxito de los siete SNPs en MMP-1 | doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s002 gratis (DOC) sobre Table S3. Federaciones de entre cuatro frecuencias de haplotipos de SNPs en MMP-1 y el riesgo de cáncer gástrico
doi: 10.1371. /journal.pone.0038002.s003 gratis (DOC) sobre Table S4. Federaciones de entre cuatro frecuencias de haplotipos de SNPs en MMP-1 y los parámetros clínico-patológicos
doi: 10.1371. /journal.pone.0038002.s004 gratis (DOC) sobre Table S5.
análisis de supervivencia de los haplotipos de cuatro SNPs en MMP-1 | doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s005 gratis (DOC)

Reconocimientos

Agradecemos el departamento de Oncología quirúrgica del primer hospital de la Universidad médica de china para proporcionar muestras humanas. Agradecemos también al Colegio de Universidad Médica de China para la asistencia técnica en los experimentos.

• PLOS ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin Induce Apoptosis Las mitocondrias dependiente través de la vía ERK en células de cáncer gástrico humano SGC-7901
• PLOS ONE: resultados a largo plazo y los factores pronósticos de pacientes con cáncer gástrico con microscópica peritoneal Carcinomatosis