PLOS NËMMEN: D'Association tëscht Individuell SNPs oder Haplotypes vun MATRIX Metalloproteinase 1 an Gastric Cancer waat, zerstéiert an hätt

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

Déi eenzeg Nukleotid schiefgang (SNPs) zu Matrixentgasung metalloproteinase 1 (MMP-1) Leeschtung wichteg Roll am puer Cancers. Dës Etude iwwerpréift d'Associatiounen tëschent eenzelne SNPs oder haplotypes zu MMP-1 an waat, clinicopathological Parameteren an hätt vun gastric Kriibs zu engem groussen Prouf vun der Han Bevëlkerung am Norde China. VerfÜgung

Method VerfÜgung

An dësem Fall-kontrolléiert studéieren, waren et 404 Patienten mat gastric Kriibs an 404 gesond Kontrollen. Seven SNPs sech mat der MALDI-Ënnerportal MS System genotyped. Dunn, SPSS Software, Haploview 4.2 Software, Haplo.states Software an THEsias Software sech benotzt d'Associatioun tëschent eenzelne SNPs oder haplotypes vun MMP-1 Devis an gastric Kriibs waat, Werdegang an Iwwregens hätt. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

vun siwen SNPs, goufen et keng eenzel SNPs soll zu gastric Kriibs Risiko. Ausserdem, hu just d'rs470206 genotype eng Korrelatioun mat histologic hierer, an d'Patiente mat GA /AA haten och dat Zell am Verglach zu de Patiente mat genotype GG (ODER = 0,573; 95% CI: 0.353-0.929; P = 0.023). Dunn, gebaut mir e véier-Bissau haplotype Spär datt 4 gemeinsam haplotypes enthale: TCCG, GCCG, TTCG an TTTA. Mä, all véier gemeinsam haplotypes hu keng Korrelatioun mat Risiko gastric Kriibs a mir hu keng Relatioun tëscht deenen haplotypes an clinicopathological Parameteren an gastric Kriibs fannen. Ausserdeem, weder eenzelne SNPs nach haplotypes haten eng Associatioun mat der Iwwerliewe vu Patienten mat gastric Kriibs. VerfÜgung

Konklusiounen VerfÜgung

Dës Etude bewäert schiefgang vun der MMP-1 Gentherapie zu gastric Kriibs mat engem MALDI-Ënnerportal MS Method zu engem groussen nërdlechen Chinese case-kontrolléiert Kohort. Eis Resultater uginn, datt dës siwe SNPs vun MMP-1 net sënnvoll wier als bedeitendst lues gastric Kriibs waat, Werdegang oder hätt ze soe, op d'mannst an der Han Bevëlkerung am Norde China VerfÜgung

Fro:. Song YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li AL, Liang no vir kucken, et al. (2012) De Association tëscht Individuell SNPs oder Haplotypes vun MATRIX Metalloproteinase 1 an Gastric Cancer waat, zerstéiert an Iwwregens hätt. PLoS NËMMEN 7 (5): e38002. Doi: 10.1371 /journal.pone.0038002 VerfÜgung

Redakter: Yury E. Khudyakov, Centers fir Genau Grousshändler a Präventioun, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 30. Januar 2012; Akzeptéiert: 29. Abrëll 2012; Publizéiert: Mee 24, 2012 VerfÜgung

Copyright: © 2012 Song et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht war déi National Science Foundation of China (Nr 30972879 an Nr 81172370), de Programm vun wëssenschaftlech an technologesch Chiffer vun Liaoning Province (Nr 2010225032) an Natural Science Foundation vun Liaoning Province (Nr 20092129) ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass eent vun de meescht genannten Virwaat Ursaachen vun Kriibs-Zesummenhang veruerteelt weltwäit [1]. Trotz e puer Schrett an der Diagnos a Behandlung vun gastric Kriibs an de leschte Joerzéngten, déi hätt fir Patiente mat fortgeschratt gastric Kriibs bleift aarmséileg [2]. Wéi aner Cancers, ass d'Entwécklung vun gastric Kriibs engem multistep Prozess mat der Heefung vun genetesch a epigenetic Ännerungen. D'Entdeckung an Uwendung vun biomarkers datt mat traditionelle Kriibs Diagnos, Stadium an hätt Uerden kann kéinten hëllefen drëms fréi Diagnos an Patienten [3] verbesseren. Mat der Réalisatioun vun der mënschlecher Nepgen Projet, Millioune vu Single Nukleotid schiefgang (SNPs) goufen als attraktiv biomarkers zu Kriibs Risiko Foussgänger identifizéiert, Kontroll, Stadium, oder senger Analyse [4]. VerfÜgung

MATRIX metalloproteinases (MMPs) sinn eng wichteg Famill vun Metal-ofhängeg Enzymen, datt fir d'ofgeschnidden vun extracellular Matrixentgasung Komponente responsabel sinn [5]. Molekulare epidemiologic Studien hunn Associatiounen tëscht genetesch schiefgang vun MMPs a Kriibs waat, Werdegang an hätt dës [6] - [10]. Kuerzem, hunn e puer SNPs vun MMP-1 Gewise ginn däitlech mat méi Risiko fir d'Entwécklung vun haett Kriibs [6], [7], [11] verbonne ginn. An Broscht Kriibs, Karolina Przybylowska et al. fonnt, dass de 2G allele vun der polymorphism 1G /2G MMP-1 Gentherapie fir lymph Node (Am) Metastasen responsabel gin kann [8]. Op der aner Hand, souwuel Studie vun Hinoda Y et al. an GHILARDI G et al. fonnt dass SNPs vun MMP-1 fir eng fräi Risiko vun colorectal Kriibs verbonne waren [12], [13]. Doriwwer eraus, war e SNP am MMP-1 Promoteur bewisen mat histological dat vun gastric Kriibs soll ginn [14]. Allerdéngs, awer aner Studien eng negativ association tëscht MMP-1 schiefgang a Kriibs waat [15], [16], [17]. Ausserdeem, waren déi meescht vun dëse Studien limitéiert zu klengen Echantillonen, puer SNPs oder gebaut haplotypes aus zwee oder dräi polymorphic Siten. Sou, eng grouss Echantillonen an méi polymorphic Siten kritesch sinn ze verstoen der Roll vun MMP-1 SNPs zu gastric Kriibs Entwécklung. VerfÜgung

Am Moment studéieren, an engem grousse Prouf vun der Han Bevëlkerung am Norde China, déi mir formalin-fix, paraffin-Ënnerbewosstsinn Stoffer (FFPETs) -derived DNA Echantillon vun Patienten a Blutt-ofgeleet DNA aus Kontrollen zu engem Matrixentgasung-assisteiert Laser Eispist /Eegeliichten Zäit-vun-Vol Mass spectrometry (MALDI-Ënnerportal MS) Method déi ze studéieren Potential Associatiounen tëscht siwen SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 an rs1144396) oder haplotypes zu MMP-1 an entholl waat, clinicopathological Parameteren, an Iwwerliewe vun gastric Kriibs. VerfÜgung

spontan a Methode

Betreff Auswiel VerfÜgung

Dës Etude vun 404 Primärschoul gastric Kriibs Patienten an 404 Kontrollen an all Themen goufen aus der Han Bevëlkerung am Norde China ofgeschloss. D'Thema Charakteristiken gewiescht virdrun [18] beschriwwen. Kuerz no der Verlousung Patienten radikal Agrëff bei der Éischt Hospital vu China Medical University tëscht Januar 1998 an Dezember 2004 an sech festgestallte mat gastric Kriibs baséiert op histopathological Evaluatioun dobäi. D'entholl histological Schouljoer war no Weltgesondheetsorganisatioun Critèren évaluéieren an erhéijen sech agebousst baséiert op Thes mat der 7. Editioun vun der TNM Stadium vun der International Union Géint Cancer (UICC) /American Gemeinsam Comité op Cancer (AJCC) System (2010) Darmstadt Ënnersichung vun der uplanzen. Komplett agebousst Date goufen dorënner Alter kritt, Geschlecht, Datum vun Agrëff, Lag vun der Primärschoul entholl, histologic Schouljoer, Schwächt Invasioun, lymphovascular Invasioun, Déift vun Invasioun, Zuel vun LNs Sensor, Zuel vun metastatic LNs, an Zuel vun entholl Dépôten Sensor. Déi (ech) mat Synchron- oder metachronous malignant erhéijen, (II) mat fernen Metastasen fonnt preoperatively, (III) wien mécht preoperative radiotherapy Chimiotherapie goen, oder (IV) mat onkomplett agebousst Donnéeën Entréen aus dëser Etude ausgeschloss waren. Follow-up war bis Januar fir de ganze Etude Populatioun fäerdeg 2010. zwee Patienten op der Thes Period gestuerwen (bannen 30 Deeg) an 21 Patienten goufen verluer ze Suivi; dofir, 381 Patienten goufen an Iwwerliewe Analyse abegraff. Paracetamol an mengen Suivi Periode waren 90,0 Méint an 93,3 ± 20,24 Méint (Gamme: 61-136 Méint), bzw.. Datum vum Doud (wann et zoutrëfft), Doudesursaach (wann et zoutrëfft), an Datum vun Suivi: Déi folgend Daten sech fir all Patienten kritt. Der Primärschoul Endpunkt war Kriibs-spezifesch Iwwerliewe Dauer vun den Datum vun gastric Kriibs Diagnos dem Datum vum Doud. De 5-Joer Iwwerliewe Taux vun der 404 Patienten war 54.2%. VerfÜgung

404 Blutt Echantillon vun der Kontroll Grupp sech vu Kriibs-gratis Persounen kritt dass zoufälleg op kierperlech Examen am Dezember 2009 baséiert ausgewielt goufen bis August 2011, an dës group huet gegleeft eng gutt Representatioun vun der Populatioun an dëser Regioun ze ginn. D'Auswiel Kritären agebaut keng individuell Geschicht vu Kriibs, Frequenz ze Fäll op Sex passende an Alter a Persounen goufen allerdéngs ethnesch Han Chinese. D'Echantillon (Ethylene Diamine Tetraacetic Saier [héich] anticoagulate) sech bannent 30-40 Minutten bei -20 ° C gespäichert, an geplënnert dann zu engem Frigo bei -80 ° C an 2 oder 3 Deeg an der Kollektioun. VerfÜgung

Ethik Ausso VerfÜgung

d'Etude gouf vun der Fuerschung Ethik Comité vun China Medical University, China guttgeheescht. Schrëftlech informéiert Averständnes war vun all Vollek kritt, ier an der Etude deelhuelen. VerfÜgung

DNA Extraktioun VerfÜgung

Frankräich DNA war vun FFPET Echantillon am Fall Grupp ofgebaut. Sektiounen mat engem Bou vun 8 μm an enger Fläch vu bis zu 250 mm 2 ware mat engem microtome virbereet an DNA huet aus 6 Sektiounen bis 12 Sektiounen isoléiert, op der Otemschwieregkeeten Gréisst a Zell zielt jee. D'microtome war gebotzt an der Blades geännert goufen intersample kontaminéierte ze verhënneren. DNA erauszéien aus FFPETs war mat engem QIAamp® DNA FFPE Ray Kit (QIAGEN, Hilden, Däitschland) standing [19], folgende d'vun den Hiersteller beschriwwen Prozeduren an eiser leschter Aarbecht [18]. Iwwer 2-10 μg vun DNA war zu 50 μl Finale Léisung erholl a war bei -80 ° C gespäichert. VerfÜgung

Frankräich DNA war vum Blutt Echantillon vun der Kontroll Grupp mat der Universal Frankräich DNA Extraktioun Kit Ver.3.0 ofgebaut (TAKARA) laut den Hiersteller d'Uweisungen an eiser leschter Aarbecht [18]. Iwwer 2-6 μg vun DNA war zu TE erholl a war bei -80 ° C gespäichert. VerfÜgung

selektionéiert vum Kandidat SNPs VerfÜgung

D'Etude dorënner siwen SNPs zu MMP-1, déi aus geholl goufen der NCBI SNPs Datebank an der HapMap Datebank. Mir ausgewielt SNPs ganze Gentherapie loci eng héich Dicht vu lues ze garantéieren an adequate characterization vun haplotype Diversitéit ze bidden [6]. All ausgewielt SNPs goufen néideg engem mannerjäregen allele Frequenz ze hunn ≥5%. Mir ausgewielt dofir siwen SNPs:. Rs2071231 (intron), rs7125062 (intron), rs491152 (intron), rs470558 (Exon), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) an rs1144396 (. Lalumi 1A) VerfÜgung

SNPs Analyse an Confirmatioun VerfÜgung

SNPs genotyped sech d'MALDI-Ënnerportal MS System benotzt (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA) mat primers an Ämter (Table S1) wéi virdru beschriwwen [19], [20]. Ze suergen, waren an all genotyping zappen Uerden der ennerluecht Qualitéit, 1% positive Echantillon (YanHuang Zell Deformatioun) d'Zouverlässegkeet vun der primers an 1% negativ Echantillon (Waasser mat keng DNA) ze validéieren sech benotzt kontaminéierte ze kontrolléieren. 5% zoufälleg Echantillon waren am zweete duerch verschidde Persoune getest an der reproducibility war 100%. De Labo Personal sech un d 'Prouf Unuerdnung während dem Prozess blinded. MALDI-Ënnerportal MS Analyse waren laut Justenhoven et al. [21] an der Haaptrei Prozess abegraff Hinnen alleguer amplification (GeneAmp® Hinnen alleguer System 9700 Dual 384-Majo Sample Block Modul, Sequenom), statspaye alkaline phosphatase Behandlung (Sequenom), huel Extensioun Reaktiounen, Salz Entféierung mat resin, SpectroCHIP dispensing (384-gutt SpectroCHIP microarray, Sequenom). Allelic Diskriminatioun war vun Analyse mat enger MassARRAY Organer Fiskalpakt Mass Spektrometer (MT9) kritt. Endlech, waren Daten Analyse Software MassArray Typer Organer standing mat 4,0 (Sequenom, San Diego, CA) [22]. VerfÜgung

Linkage disequilibrium (LD) Spär Determinatioun a haplotype Konstruktioun VerfÜgung

Haploview 4.2 Software war benotzt haplotypes diskutéieren LD an bauen wéi virdru beschriwwen [6]. LD tëschent de siwen SNPs zu haplotype Analyse benotzt gouf vun engem pairwise D 'iwwerleen gemooss. D'Struktur vun der LD Spär gouf mat der Method vun Gabriel et al iwwerpréift. [23], déi 80% Vertraue Grenzen vun D 'Hëllef Siten vun historeschen recombination tëscht SNPs ze definéieren. Haplotypes sech aus genotype Daten an der voller-Gréisst case-Kontroll Rot bannen spären andeems en denke Erwaardung-doktoral sind Method mat Haploview 4.2 Software [6], [24] gebaut. Ausserdeem, huet mir genotype Kombinatioune SNP hir Associatioun mat gastric Kriibs Risiko ze fannen [25]. VerfÜgung

statistique Analyse VerfÜgung

A zwee-eesäitegen Chi-Feld (χ2) Test benotzt gouf Populatioun Verdeelung Devis Charakteristiken, vergläichen Differenzen an allelic an genotypic Ofstänn tëscht Fäll a Kontrollen an Devis Associatiounen tëschent eenzelne SNPs an clinicopathological Parameteren. Ze bewäerten Bedeitung, war e permutation Prozedur (1000 Tester) benotzt de P Wäert vun Single-nët Veräin Resultater verbessere [6]. A permutation Test ass eng Zort vun statisteschen Bedeitung Test an déi d'Verdeelung vun den Test iwwerleen ënnert der ongëlteg Hypothesen déi Paien all méiglech Wäerter vun den Test iwwerleen ënner rearrangements vun der Etiketten op d'observéiert Eckdate kritt ass. Ausserdem war de Bonferroni Verbesserung fir Multiple Testen Korrektur benotzt [26]. Logistic Réckgang gouf benotzt fir Geschlecht an Alter der Associatioun tëscht genotype Ofstänn an gastric Kriibs Risiko, seng Taktik ze analyséieren. Survival analyséiert goufen mat der Läschlëscht-Platz Test an Cox proportional Risikoe Modell gemaach. Estimatioun Pair-schlau LD, z'entdecken Depart vun der Hardy-Weinberg Gläichgewiicht, bauen haplotypes, haplotype Ofstänn an Devis Associatiounen tëscht haplotypes an gastric Kriibs Risiko berechnen: Den Haploview 4.2 Software Paquet zu benotzt. Mir ginn och Haplo.states Software Associatiounen tëscht haplotypes an clinicopathologic Fonctiounen ze bewäerten [6], [27]. D'THEsias Software baséiert op Cox proportional Risikoe Iwwerliewe Réckgang vun haplotype-baséiert association Analyse huet sech d'Stochastic-EM sind benotzt benotzt Iwwerliewe Analyse vun haplotypes ze produzéieren [28]. Well vu multiple Hypothes Testen, war de P Wäert fir Bedeitung conservatively vun Bonferroni Korrektur seng Si besteet bis &; 0,007 (0,05 /7) VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Betreff Charakteristiken VerfÜgung

Well dës an Table 1 a virdrun Aarbecht, déi an der Moyenne Alter war 56,67 ± 11,92 y an de Prozentsaz vun Männercher huet 70,54% vun de Fall Grupp. Den Duerchschnëtt vun der Kontroll Grupp war 56,91 ± 11,48 y an de Prozentsaz vun Männercher huet 70,54%. Et gouf kee statistesch groussen Ënnerscheed zu der Verdeelung vun Geschlecht an Alter tëscht Patienten a Kontrollen (all P = 1.00). Desweideren, vun der 404 Patienten, 85 (21.04%) haten Etapp ech gastric Kriibs, 107 (26.49%) haten Etapp II gastric Kriibs, an 212 (52.48%) haten Etapp III gastric Kriibs (Table 1). Wéinst clinicopathological Parameter vun gastric Kriibs Patienten sinn an Table dës 1. VerfÜgung

Genotyping Succès rates, LD an haplotype Struktur VerfÜgung

All d'SNPs mat mannerjäregen allele Ofstänn polymorphic sech > 10% an genotype distributions all eens mat Hardy-Weinberg Gläichgewiicht waren (Donnéeën net gewisen). De Succès Tariffer waren héich am Fall Grupp (98.27-100%) a Kontroll Grupp (99.50-100%; Table S2). Dunn, déi mir Haploview 4.2 Software LD ze diskutéieren an haplotypes bauen. LD war ganze rs2071231, rs7125062, rs491152 an rs470558 observéiert (all D ≥0.99), an deene véier SNPs gebaut Spär 1. Block 1 Daach 5.0 KB an enthale 4 gemeinsam haplotypes: TCCG, GCCG, TTCG an TTTA (Frequenz Gamme: 0.127- 0.500), wat ronn 99,9% vun de Sujeten vertrueden (Fig.1B). VerfÜgung

Associations tëschent eenzelne SNPs an gastric Kriibs Risiko, clinicopathological Parameteren an Iwwerliewe VerfÜgung

Als zu Table 2 gewisen, war et keng statistesch Ënnerscheed zu de allele Verdeelung tëschent Patienten a Kontrollen (P > 0,007 an P > 0,007 no engem permutation Test fir allelic Ofstänn an Bonferroni Korrektur). Desweideren, do war keen association tëscht genotype distributions vun der siwen SNPs zu MMP-1 an de Risiko vun gastric Kriibs (P > 0,007 an P > 0,007 no fir genotypic Ofstänn fir Geschlecht an Alter ugepasst ginn, Table 3) VerfÜgung <. p> d'genotypes vun eenzelne SNPs sech fir Associatiounen mat der clinicopathological Parameteren bewäert. Table 4 zougedréckt datt rs470206 genotypes eng Korrelatioun mat histologic hierer haten, an d'Patiente mat GA /AA hu gutt Zell dat am Verglach zu de Patiente mat genotype GG (ODER = 0,573; 95% CI: 0.353-0.929; P = 0.023). Allerdéngs war, et net relevant der Bonferroni Korrektur. Wéinst genotypes vun SNPs hat kee groussen kennenzeléieren mat clinicopathological Parameteren an gastric Kriibs. VerfÜgung

An univariate Analyse, Typ Borrmann, PT Kategorie, lymph Node Metastasen, lymphovascular Invasioun an TNM Etapp huet bedeitend prognostic Faktoren bewisen gin (Table 5). Mä, sot de statistesch Resultater datt all genotypes vun der siwen SNPs hat kee Associatiounen mat Iwwerliewe vu Patienten mat gastric Kriibs (all P > 0,007, Table 5). VerfÜgung

Associatiounen tëscht haplotypes oder SNP genotype Kombinatioune an gastric Kriibs Risiko Ausschöpfung, clinicopathological Parameteren an Iwwerliewe VerfÜgung

Haploview 4.2 Software, gebaut mir eng haplotype Spär véier-Bissau, déi véier gemeinsam haplotypes enthale: TCCG, GCCG, TTCG an TTTA. All véier gemeinsam haplotypes hu keng Korrelatioun mat gastric Kriibs Risiko (P > 0,007 an P > 0,007 no engem permutation Test; Table S3). Ausserdem, fannen mir net all Relatioun tëscht deenen véier gemeinsam haplotypes an clinicopathological Parameteren an gastric Kriibs (all P > 0,007, Table S4). Doriwwer eraus, awer d'Resultat vun univariate Analyse kee Veräin tëscht all de haplotypes an Iwwerliewe vu Patienten mat gastric Kriibs. (All P > 0,007, Table S5) VerfÜgung

Dann, mir SNP genotype Kombinatioune huet hir Associatioun mat gastric ze fannen Kriibs Risiko. Ënnert all Kombinatioune, genotype Kombinatioune vun zwee SNPs (rs2071231 an rs470206) huet véier subgroups: TA, TG, GG an AA. Obwuel den LD tëschent den zwou SNPs nett an de véier subgroups hu keng Korrelatioun mat gastric Kriibs Risiko (P = 0.523), hat d'Patiente mat TA gutt dat Zell am Verglach zu de Patiente mat genotype TG (ODER = 0,561; 95% CI : 0.357-0.881; P = 0.022). Allerdéngs war, et net relevant der Bonferroni Korrektur. Ausserdeem, déi all subgroups kee Associatiounen mat Iwwerliewe vu Patienten mat gastric Kriibs (all P > 0.007). Wéinst genotype Kombinatioune hat kee groussen Resultater. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

D'ofgeschnidden vun extracellular Matrixentgasung an Keller Membran vun MMPs ass eent vun de wichtegsten Elementer reglementaresche zu vill gestallt an agebousst Prozesser vun entholl Invasioun an Metastasen [5]. D'Majoritéit vun virdrun Studien hunn op der Relatioun tëscht SNPs an MMP-2 do an MMP-9. Doriwwer eraus, hunn e puer SNPs vun MMP-1 Gewise ginn däitlech mat méi Risiko fir d'Entwécklung vun haett Kriibs, Broscht Kriibs an colorectal Kriibs [6] verbonne ginn - [8], [11] - [13]. Allerdéngs, awer aner Studien eng negativ association tëscht MMP-1 schiefgang a Kriibs waat [15] - [17]. Desweideren, an gastric Kriibs, déi meescht vun de Studien op MMP-1 hunn nëmmen op d'Wichtegkeet vun der SNP (-1607 1G /2G) an der promotor do an relativ klengen Echantillonen. Jin X et al. confirméiert, datt et kee Associatioun vun den MMP-1 Promoteur polymorphism war (-1607 1G /2G) mat waat fir gastric härzwierksam adenocarcinoma am Norde China (183 Patienten) [15]. Mä, eng Etude iwwert eng japanesch Populatioun (215 Patienten) gewisen, datt, wann d'Presenz vun der 2G allele (-1607) an den MMP-1 Promoteur net huet de Risiko vun gastric Kriibs verbesseren, kann et zu dat vun gastric Kriibs Équipe ginn [14]. Dofir, sinn eng grouss Echantillonen an méi polymorphic Siten kritescher fir Versteesdemech der Roll vun MMP-1 SNPs zu gastric Kriibs Entwécklung. VerfÜgung

heivun Betruecht, ausgewielt mir siwen polymorphic Plazen an MMP-1 ze garantéieren eng héich Dicht vun lues an adequate characterization vun haplotype Diversitéit ze bidden. Desweideren, ausgewielt mir 404 Patienten an 404 Kontrollen déi selwecht distributions fir Geschlecht an Alter haten. Op der aner Hand, bis elo, déi meescht vun de SNPs sech duerch Restriktioun ofgesprengt Längt polymorphism (RFLP) assay [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-Ënnerportal MS [6], studéiert [20] an pyrosequencing Analyse [31]. Moment, ass de MALDI-Ënnerportal MS Method, bitt ronn 100% Genauegkeet fir SNP genotyping, wéi e Goldstéck Standard als [19], [32]. Desweideren, awer virdrun Rapporten, datt et tëscht FFPET-ofgeleet DNA a Blutt-ofgeleet DNA aus der selwechter eenzelne duerch verschidde Methoden, dorënner MALDI-Ënnerportal MS [33] kee allelic Frequenz Ënnerscheeder waren - [35]. Dofir, genotyping vun FFPET-ofgeleet DNA vun MALDI-Ënnerportal MS ass zouverléisseg a reproducible. Eis Resultater och héich Succès Taux awer variéieren tëscht 98,27% an 100% (heeschen: 99,43%), déi an Untersuchungshaft Donnéeën am Aklang mat virdrun goufen [19], [32], [33] VerfÜgung

Vun siwen SNPs. , Sonn et al. gewisen, datt Ofstänn vun rs7125062, rs2075847 allelic Risiko an rs470206 zu Patiente mat haett Kriibs méi héich waren wéi an Kontrollen [6]. Mä, an de Moment studéieren, goufen et keng eenzel SNPs soll zu gastric Kriibs Risiko. Ausserdem, hu rs470206 genotypes engem corelation mat histologic hierer, an d'Patiente mat GA /AA haten och dat Zell am Verglach zu de Patiente mat genotype GG. Dëst Resultat war ähnlech zu der polymorphic Siten (-1607 1G /2G), déi an dat vun gastric Kriibs [14] Équipe kann. Doriwwer eraus, datt e puer Studien, datt den MMP-1 Promoteur polymorphism (-1607 1G /2G) eng Associatioun mat Iwwregens hätt an Zong Kriibs huet [36], Broscht Kriibs [37] an colorectal Kriibs [38]. Allerdéngs hu mir net all eenzelne SNPs mat Iwwregens hätt an gastric Kriibs an eiser Etude soll fannen. VerfÜgung

SNPs stably ierflecher sinn, héich räich a weisen Diversitéit an an ënnert Populatiounen, déi attraktiv biomarkers si geduecht gin. Allerdéngs huet d'Uwendung vun eenzelne SNPs limitéiert ginn, well se niddereg penetrance an hir Auswierkungen si relativ schwéier ze identifizéieren hunn. Dofir, huet d'Wichtegkeet vun haplotype Informatiounen schonn waarden DNA Haaptrei Variant mat Krankheet ze Link [6], [18], [39]. An eiser Etude, gebaut mir e véier-Bissau haplotype Spär datt 4 gemeinsam haplotypes enthale: TCCG, GCCG, TTCG an TTTA, déi mat der Etude vun Sun et al konsequent waren. [6]. Hirem Studium zougedréckt haplotype TTCG enger Frequenz déi, datt tëschent deenen Kranken an Kontrollen vill anescht war. Desweideren, haplotype TTCG hat eng grouss Gefor fir fernen Metastasen vun haett Kriibs an, am Kontrast mat haplotype TTCG, haplotype TTTA zougedréckt engem Schutzpatrounin Effekt géint haett Kriibs Werdegang [6]. Allerdéngs, an eiser Etude, all véier gemeinsam haplotypes hu keng Korrelatioun mat Risiko gastric Kriibs a mir hu keng Relatioun tëscht deenen haplotypes an clinicopathological Parameteren an gastric Kriibs fannen. Doriwwer eraus, awer d'Resultat vun univariate Analyse kee Veräin tëscht all de haplotypes an Iwwerliewe vu Patienten mat gastric Kriibs. Bis elo, hun en waarden Zuel vun Studien op der Associatioun tëscht SNPs a Krankheet do, mä och mat der selwechter SNP, goufen d'Resultater meeschtens verschidden. Méi a méi Studien verroden, datt verschidde Resultater haaptsächlech fir verschidde Kombinatioune vu Facteuren zum Deel ginn hätt, wéi Krankheet heterogeneity, Bevëlkerung, Ëmwelt, allelic Ofstänn an /oder LD Differenzen, Otemschwieregkeeten Quell benotzt, Echantillonen, Detectioun technique an esou op.

Spannen, obwuel den LD tëscht rs2071231 an rs470206 net existéieren, laut mer nach zu der Étude vun Ostrovsky O et al SNP genotype Kombinatioune feieren. [25]. Mir hu fonnt, dass am Verglach zu de Patiente mat genotype TG, d'Patiente mat TA hu gutt Zell dat. Allerdéngs war d'Frequenz vun dëser Zort vun SNP genotype Kombinatioun vun der Bevëlkerung ganz niddereg. VerfÜgung

An Konklusioun, dës Etude bewäert schiefgang vun der MMP-1 Gentherapie zu gastric Kriibs mat engem MALDI-Ënnerportal MS Method an archivéiert FFPETs zu engem groussen nërdlechen Chinese case-kontrolléiert Kohort. Obwuel eis Resultater negativ waren, dës Etude uginn éischt, datt d'SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 an rs1144396) vun MMP-1 net sënnvoll wier als bedeitendst lues gastric Kriibs waat ze soe, Werdegang oder hätt, bei mannst vun der Han Bevëlkerung am Norde China. Desweideren, konnt dësen Resultater déi bedeitendst Informatiounen zu anere Wëssenschaftler déi Kriibsfuerschung deene siwe SNPs als diagnostic lues fir gastric Kriibs eliminéiert maachen. VerfÜgung

Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung Table S1. VerfÜgung Primer Message fir genotyping der siwen SNPs zu MMP-1 benotzt VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S2. VerfÜgung Genotyping Succès Tariffer vun de siwe SNPs zu MMP-1 VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S3. VerfÜgung Associatiounen tëscht haplotype Ofstänn vu véier SNPs zu MMP-1 an de Risiko vun gastric Kriibs VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s003 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S4. VerfÜgung Associatiounen tëscht haplotype Ofstänn vu véier SNPs zu MMP-1 an clinicopathological Parameteren VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s004 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S5. VerfÜgung traureg Analyse vun haplotypes vu véier SNPs zu MMP-1 VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung

Arbeschterlidder VerfÜgung

Mir Merci Departement vun Surgical Zukunft vun Europa Hospital vu China Medical Universitéit fir Mënscherechter Echantillon ëmzesetzen. Mir soen och dem College vun China Medical Universitéit fir technesch Assistenz an Experimenter. VerfÜgung

• PLOS NËMMEN: β, β-Dimethylacrylshikonin Induces Mitochondrie ofhängeg Apoptosis duerch Erk Passerelle an Human Gastric Cancer SGC-7901 Cells
• PLOS NËMMEN: langfristeg Resultater an Prognostic duerstellt Gastric Cancer kennen mat Microscopic Peritoneal Carcinomatosis