PLoS ONE: DNA Repair Gene APE1 T1349G polymorfismi ja mahalaukun syövän riski on kiinalainen Population

tiivistelmä

Background

Apurinic /apyrimidinic endonukleaasi 1 ( APE1
) on keskeinen rooli korjaus apurinic apyrimidic sivustoja sekä sen endonukleaasilla ja fosfodiesteraasi toimintaa. Yhteinen APE1
polymorfismi, T1349G (rs3136820), on aiemmin osoitettu liittyvän riskin syöpiä.

tavoite

arveltu, että APE1
T1349G polymorfismi liittyy myös mahasyöpäriski.

Methods

sairaalassa perustuva tapauskontrollitutkimuksessa 338 tapauksessa, joilla on vasta diagnosoitu mahalaukun syöpä ja 362 syöpää ilmaiseksi valvontaa taajuus-Hyväksytty iän ja sukupuolen mukaan, me genotyyppi T1349G polymorfismi ja arvioi sen yhdistysten mahasyöpäriski.

tulokset

verrattuna APE1
TT genotyyppi, yksilöiden jossa muunnelma TG /GG genotyyppien oli merkittävästi lisääntynyt mahalaukun syövän riski (riskisuhde = 1,69, 95% luottamusväli = 1,19-2,40), joka oli jyrkempi keskuudessa alaryhmien vuotiaiden ≤60 vuotta, mies, koskaan tupakoitsijoita, ja yhä juovat. Edelleen analyysit paljastivat, että variantti genotyypit liittyy lisääntynyt riski diffuusi-tyyppinen, syviä kasvaimen infiltraatiota (T1 ja T2), ja imusolmuke etäpesäke mahasyövässä.

Johtopäätökset

APE1
T1349G polymorfismi voi olla markkeri mahasyövän Kiinan väestössä. Suuremmat tutkimuksia edellytetään vahvistaa nämä havainnot erilaisissa populaatioissa.

Citation: Gu D, Wang M, Wang S, Zhang Z, Chen J (2011) DNA Repair Gene APE1
T1349G polymorfismi ja mahalaukun syövän riski kiinalaisessa väestöstä. PLoS ONE 6 (12): e28971. doi: 10,1371 /journal.pone.0028971

Editor: Paolo Peterlongo, IFOM, Fondazione Istituto FIRC di Oncologia Molecolare, Italia

vastaanotettu: 19 lokakuu 2011; Hyväksytty: 18 marraskuu 2011; Julkaistu: 19 joulukuu 2011

Copyright: © 2011 Gu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus osittain tuettu National Natural Science Foundation of China (81071641), Natural Science Foundation of Jiangsun maakunnassa (BK2010120), ja Science Project ja ohjelma Nanjing (201001099). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahasyöpä on neljänneksi yleisin syöpä ja toiseksi yleisin syy syövän liittyvät kuolemat maailmanlaajuisesti noin 700000 ihmistä kuolee tämän maligniteetin vuosittain ja noin 1,1 miljoonaa uutta tapausta vuonna 2010 odotettua [1]. Kiinassa se oli ennustettu listalla kolmanneksi yleisin syöpä vuonna 2005, 0,3 miljoonaa kuolemantapausta ja 0,4 miljoonaa uutta tapausta mahasyöpä [2]. Vaikka se on hyvin tiedossa, että ympäristötekijät, ruokailutottumukset, ja helikobakteeri
infektion jotka liittyvät mahalaukun syövän riski, isäntä geneettiset tekijät voivat olla yksi kriittisimmistä aineita mahasyövän. Esittäminen mahasyöpä nuorilla potilailla liittyy usein familiaalinen klustereiden [3].

DNA aiheuttaman vaurion eksogeeninen karsinogeeneja tai endogeenisten metabolisia prosesseja voidaan muuntaa geenimutaatioita johtavat genomin epästabiilisuuden ja pahanlaatuisiksi [4] . Geneettistä vaihtelua DNA: n korjaukseen geenit voivat moduloida DNA-korjaus kapasiteetti, ja näin ollen muuttaa syöpäriskiä. Noin 150 ihmisen DNA: n korjaukseen geenejä on tunnistettu data [5]. Ne tekevät yhteistyötä erillisiä polkuja, jotka ovat erikoistuneet korjaus erityyppisten DNA-vaurioiden [6], [7]. Näistä reittejä, pohja Leikkauskorjauksessa (BER) reitin, joka mahdollisesti käsittelee eniten sytotoksinen ja mutageeninen pohja vaurioita, on liittynyt riski syöpiä [8].

Ihmisen apurinic /apyrimidinic endonukleaasilla ( APE), APE1
(tunnetaan myös nimellä APE
, APEX
, ja REF-1
), on mukana BER koulutusjakson [9 ]. APE1
geeni sijaitsee kromosomissa 14q11.2-Q12, ja koostuu viidestä eksonista ulottuen 2,21 kb. Hydrolysoimalla 3'-esto fragmentit hapettunut DNA, APE1
tuottaa normaalia 3'-hydroksyyli nukleotidin päät, jotka ovat välttämättömiä DNA korjautumissynteesin ja ligaatiolla yksi- tai double-säikeen katkoksia [10], [11] . Yhteensä 18 polymorfismien APE1
on raportoitu [12], mutta laajimmin tutkituista polymorfismi on T G transversion (T1349G, joka tunnetaan myös nimellä Asp148Glu, rs3136820).

Viimeksi olemme suorittaa meta-analyysi kaikki voivat tapausverrokkitutkimukset arvioida APE1
T1349G polymorfismi ja riski syöpiä, mukaan lukien keuhkosyöpä, virtsarakon syöpä, peräsuolen syöpä, rintasyöpä, haimasyöpä, pään ja kaulan alueen syöpä, leukemia, ruokatorven syöpä, sappiteiden syöpä, kilpirauhassyöpä, ja eturauhassyövän [13]. Huomasimme, että APE1
T1349G variantti genotyypit liittyy kohtalaisen kohonnut kaikkien syöpätyyppien (OR = 1,08, 95% CI = 1,00-1,18 määräävässä malli), mikä viittaa siihen, että tämä polymorfismi on alhainen -penetrance syöpäriskin kehittämiseen [13]. Viime aikoina jotkut tutkimukset raportoivat APE1
T1349G polymorfismi oli yhteydessä mahalaukun syövän riskiä ja ennusteen [14], [15], [16], [17]. Nämä epidemiologista tulokset ovat ristiriitaisia ​​sijasta vakuuttavia.

Tässä tutkimuksessa, tutkimaan vaikutusta APE1
T1349G polymorfia on mahalaukun syövän riski, me genotyyppi polymorfismin ja arvioidaan yhdistyksen välinen APE1
T1349G polymorfismi ja mahalaukun syövän riski on jatkuvaa, sairaala-pohjainen, tapauskontrollitutkimuksessa kiinalaisessa väestöstä.

Materiaalit ja menetelmät

etiikka lausunto

eettisen komitean Nanjing Medical University on hyväksynyt tutkimussuunnitelman. Aikana epidemiologinen haastattelut, kirjallinen suostumus annettiin kaikille aiheista. Lisäksi koulutetun tutkimushenkilöstön annetaan yhdenmukaisella lomakkeella saada tietoa demografisia ominaisuuksia.

Tutkittavat

yksityiskohtaiset menetelmät rekrytointi koehenkilöistä tätä tutkimusta varten on kuvattu aiemmin [18]. Lyhyesti, 338 äskettäin diagnosoitu, histopatologisesti vahvisti mahasyöpäpotilaista ja 362 syöpää vapaa verrokeilla rekrytoitiin kaupungeissa Yangzhong ja Yixin, kaksi alueilla esiintyy paljon ja kuolleisuus mahasyövän Jiangsu Kiina välillä maaliskuussa 2006 heinäkuu 2008 . Poissulkukriteerit mukana edellisen syöpä, metastasized syöpä muista tai tuntematon alkuperä, ja edellinen sädehoitoa tai kemoterapiaa. Kontrollit taajuus-sovitettu tapauksiin iän (± 5 vuotta) ja sukupuoli. Syöpä-vapaa verrokeilla rekrytoitiin jotka etsivät terveydenhuolto, asuvat samassa asuinalueilla. Ennen rekrytointi, suostumus saatiin kustakin tukikelpoisten aiheista. Jokaisen yksittäisen, demografiset tiedot sekä tiedot tupakoinnista ja alkoholin käytöstä saatiin läpi face-to-face haastattelut. Yksilöt, jotka savustettu kerran päivässä yli 1 vuoden määriteltiin koskaan tupakoitsijoita. Koskaan tupakoija lopetti tupakoinnin enemmän kuin 1 vuosi määriteltiin entiset tupakoitsijat, ja toinen tupakoitsijoiden tupakoijilla. Yksilöt, jotka kulutetaan yhden tai useamman alkoholijuoman viikossa vähintään 1 vuoden katsottiin koskaan juovat, ja loput määriteltiin koskaan juovat. Jälkeen haastattelu, noin 5 ml laskimoverta näytettä kerättiin jokaisen osallistujan.

Genotyypin

Genominen DNA uutettiin periferaalisen veren lymfosyyttien proteinaasi K digestiolla, jota seurasi fenoli-kloroformi-uutolla ja etanolisaostuksella [19]. APE1
T1349G polymorfismi määritettiin käyttäen polymeraasiketjureaktiota-restriktiofragmenttipituuspolymorfismin (PCR-RFLP) -menetelmää, joka on kuvattu aiemmin [20], [21]. Suunnittelimme aluke 5'-TAATTCTGTTTCATTTCTATAGGCTA-3 '(eteenpäin) ja 5'-TGCATTAGGTACATATGCTGTT-3' (taaksepäin) monistamaan kohde fragmentti APE1
. Näytteet altistettiin denaturaatio 95 ° C: ssa 5 min, jota seurasi 30 sykliä, kuumentamalla 95 ° C: ssa 30 s, pariutuminen 55 ° C: ssa 40 s, sitten pidennys 72 ° C: ssa 45 s, ja lopullinen inkubointi 72 ° C: ssa 10 min. PCR-tuotteet 108 emäsparin pilkottiin FspB
restriktioentsyymiä, tunnistaa genotyypit T1349G polymorfismin. Sen jälkeen, kun entsyymi ruoansulatusta, variantti G-alleeli on valmistettu 2-fragmentteja 82 bp ja 20 bp, ja villityypin T-alleelin saatiin yksi 108 bp: n fragmentti.

genotyyppi analyysit suoritettiin kaksi henkilöitä itsenäisesti sokkotavalla. Noin 10% näytteistä valittiin satunnaisesti vahvistusta, ja tulokset olivat täysin sopusoinnussa.

Tilastollinen

erot tapausten ja kontrollien välillä valituissa demografiset muuttujat, tupakoinnista, alkoholin käyttö, ja jokainen alleeli ja genotyyppi polymorfismit APE1
geeni arvioitiin käyttäen Chi-square testi. Chi-square testiä käytettiin myös arvioida eroa APE1
polymorfismi ja ennusteeseen viittaavia ominaisuuksia. Liitot välinen APE1
genotyypit ja mahalaukun syövän riski arvioitiin laskemalla kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmillä alueilla) ja niiden 95% luottamusväli (CI) alkaen ehdoton yhden ja usean logistinen regressio analyysejä. Nämä analyysit toistettiin ositettiin sukupuolen (mies, nainen), tupakointi asema (ikinä) ja juominen tila (no, kyllä). Ositustarkoituksiin iän, ikä raja on 60 vuotta käytettiin tässä tutkimuksessa, koska se oli mediaani-ikä palvelukseen potilaiden ja verrokkien. Lisäksi genotyyppitietojen-erityisiä riskejä Lisäksi arvioitiin erikseen cardia /noncardia kasvainpaikkaa, suoliston /diffuusi histotype, T1 /T2 /T3 /T4 syvyys kasvain soluttautumista ja negatiivinen /positiivinen imusolmuke etäpesäke. Hardy-Weinberg tasapaino valvonnan "genotyyppi jakaumia testattiin jonka hyvyys fit chi-neliö testi. Kaksipuolinen testeissä tilastollisen merkityksen tehtiin käyttämällä SAS-ohjelmiston (versio 8.2; SAS Institute, Inc., Cary, NC).

Tulokset

Distribution valittujen ominaisuuksien välillä mahasyövän tapausten ja verrokkien on koottu taulukkoon 1. ne voidaan -genotyypitystulosten ja kyselyn tiedot, lisäsimme 338 mahalaukun syöpätapausta ja 362 syöpää vapaa määrittävät, kuka oli kaikki nämä tiedot saatavilla tämän analyysin. Keskimääräinen ikä diagnoosin varten mahasyövän tapaukset oli 61,7 vuotta (keskihajonta (SD) ± 12,3) ja keskimääräinen ikä toteamista tarkastukselle oli 62,4 vuotta ((SD) ± 10,5). Ei ollut tilastollisesti merkitseviä eroja tapausten ja kontrollien välillä jakelussa ikä ja sukupuoli. Kuitenkin korkeampi esiintyvyys tupakointi ja juominen liittyy mahasyövän ( P
< 0,05). Lisäksi potilailla, joilla on syöpä, mahalaukun cardia ja ei-cardia oli 143 (42,3%) ja 195 (57,5%), vastaavasti. Histologinen tyypit olivat 192 (56,8%) ja suoliston ja 146 (43,2%) ja diffuusi mahasyövän. Syvyyden kasvaimen infiltraatiota, T1, T2, T3 ja T4 olivat 104 (30,8%), 64 (18,9%), 126 (37,3%), ja 44 (13,0%), vastaavasti. Ja positiivisia imusolmukkeita todettiin 174 (51,5%) tapauksista.

genotyyppi ja alleelifrekvenssien APE1
T1349G polymorfismi joukossa tapauksissa ja valvontaa ja yhdistysten kanssa mahalaukun syövän riski on esitetty taulukossa 2. taajuudet TT, TG, ja GG genotyypit olivat 20,4%, 54,7%, ja 24,9% syövän ryhmässä vs. 30,4%, 50,5%, ja 19,1% normaalin terveen yksilön, tässä järjestyksessä. Taajuus G-alleelin oli 52,2% joukossa tapauksia, mikä oli merkitsevästi suurempi kuin verrokeilla 44,3% ( P
= 0,003). Myöhempi analyysi paljasti merkittävän yhdistyksen heterotsygoottinen (TG) ja homotsygoottisia (GG) variantti genotyyppi APE1
T1349G kanssa mahalaukun syövän riski (OR = 1,61, 95% CI = 1,12-2,32 TG vs. TT ja OR = 1,92, 95% CI = 1,23-2,99 GG vs. TT, vastaavasti). Lisäksi olemme havainneet, että yksilöiden variantti TG /GG genotyyppien oli huomattavasti suurempi riski mahasyövän kuin TT-genotyyppi (OR = 1,69, 95% CI = 1,19-2,40). Edelleen kerrostunut analyysit osoittivat, että lisääntynyt riski oli selvempää alaryhmissä aged≤60 vuotta (OR = 2,00, 95% CI = 1,11-3,61), mies (OR = 1,65, 95% CI = 1,07-2,55), koskaan tupakoitsijoita ( OR = 2,00, 95% CI = 1,14-3,05), ja yhä juovat (OR = 2,18, 95% CI = 1,18-4,03) (taulukko 3). Kuitenkin, koska rajoitetun Tutkimuksen otoskoko, kaikki tulokset kerrostunut analyysit olivat alustavia.

välisestä assosiaatiosta APE1
T1349G polymorfismi ja ennusteeseen viittaavia ominaisuuksia mahasyövän riskin stratifioitiin kasvainpaikkaa, histologisia tyyppi, syvyys kasvain soluttautumista ja imusolmuke etäpesäke on esitetty taulukossa 4. tilastollinen analyysi paljasti merkittävän yhdistys TG /GG genotyyppien kanssa riskiä cardia kasvain ja ei-cardia kasvain (OR = 1,61, 95% CI = 1,01-2,56 ja OR = 1,79, 95% CI = 1,17-2,73, vastaavasti). Tilastollisesti, suuntaus on suurempi riski diffuusi-tyyppinen mahasyöpä havaittiin TG /GG genotyyppien (OR = 2,09, 95% CI = 1,29-3,42), mutta ei ollut merkittävää eroa suoliston tyyppisten syöpien ja normaalit kontrollit (OR = 1,46, 95% CI = 0,97-2,20). Edelleen kerrostuminen analyysi syvyys kasvaimen tunkeutuminen osoitti, että lisääntynyt riski oli selvempi vuoden T1 (OR = 2,73, 95% CI = 1,50-4,99) ja T2 (OR = 2,17, 95% CI = 1,08-4,33), mutta oli ei ole merkittäviä eroja jakaumat alaryhmissä T3 ja T4 (OR = 1,28, 95% CI = 0,80-2,04, ja OR = 1,26, 95% CI = 0,61-2,60, vastaavasti). Lisäksi, oli merkittävästi kohonnut in imusolmukkeisiin mahasyövän (OR = 1,80, 95% CI = 1,16-2,80), kun taas ei-solmun-negatiivinen mahasyövässä (OR = 1,62, 95% CI = 0,99-2,51) TG /GG genotyyppien verrattuna TT genotyypin.

keskustelu

tässä sairaalan johdolla tapauskontrollitutkimuksessa, selvitimme yhdistys APE1
T1349G polymorfismia mahalaukun syövän riski Kiinan väestö. Huomasimme, että T1349G polymorfismi osaltaan mahalaukun syövän riski, joka näkyi selvimmin keskuudessa alaryhmään aged≤60 vuotta, mies, koskaan tupakoitsijoita, ja yhä juovat. Lisäksi T1349G polymorfismi liittyy suurentunut riski diffuusi-tyyppinen, syviä kasvaimen infiltraatiota (T1 ja T2), ja imusolmuke etäpesäke mahasyövässä.

APE1 on olennainen entsyymi BER koulutusjakson, joka on ensisijainen mekanismi korjaamiseen DNA aiheuttamien vahinkojen hapettumisen ja alkyloimalla [7]. T1349G polymorfismi on yleisin polymorfismi, joka aiheuttaa yhden aminohapon substituutio on todettu väestössä [12]. Sitä ei ole määritetty, jos G variantin alleelin vaikuttaa endonukleaasilla ja DNA: ta sitovan toiminnan [22]. Kuitenkin GG genotyyppi on liittynyt merkitsevästi pitkittynyt solukierron G2 viivästyksiä verrattuna TT ja TG genotyyppien, mikä viittaa siihen, että tämä aminohapposubstituutio voi myötävaikuttaa yliherkkyyttä ionisoivan säteilyn [23]. Meidän tutkimuksessa todettiin, että G variantin alleelin liittyi merkitsevästi lisääntynyt mahalaukun syövän riski, joka on johdonmukainen aiemmin julkaistu meta-analyysitulokset [13]. Aiemmissa tutkimuksissa, Canbay et ai. [15] havaittu merkittäviä eroja taajuuksilla G-alleelin APE1
T1349G polymorfismin välillä mahasyövässä potilaiden ja verrokkien turkkilaisessa väestössä. Kuitenkin, Palli et ai. [16] eivät havainneet merkittävää yhteyttä tämän polymorfismin mahalaukun syövän tutkimuksessaan. Syynä näiden eri havaintojen jää epäselväksi, mikä saattaa johtua pienestä otoksesta tai monietnisessä.

Lisäksi huomasimme, että T1349G polymorfismi oli yhteydessä lisääntyneeseen mahalaukun syövän riski keskuudessa alaryhmien nuoremmilla potilailla ( age≤60 vuotta), mutta ei vanhemmissa kohteissa. Heikko immuunijärjestelmä ja ylivoimainen kertynyt altistuminen ympäristön karsinogeeneille vanhemmilla henkilöillä saattaa selittää ikäero havaitsimme [24]. Vanhempi yksilöt ovat suurempi mahalaukun syövän riski, joka todennäköisesti johtuu ikääntymisen vaikutuksia pikemminkin kuin suoraan geneettisiä vaikutuksia. Siksi vaihtelu APE1
geeni voi olla vaikutusvaltainen varhain alkanut mahasyöpä, vaikka tämä tulos tarvitsee lisää vahvistuksia. Tupakansavu sisältää satoja kemikaaleja, joka kiistattomasti tärkein aiheuttava tekijä mahasyövän [25]. Tuloksemme osoittivat, että liittyvä riski T1349G polymorfismi oli selvempää tupakoitsijoilla. Tämä voi johtua siitä, että tupakansavu tuottaa reaktiivisia happiradikaaleja tuotannon ja indusoi DNA addukteja [26]. Tutkimukset ovat raportoineet, että kasvu alkoholin nauttiminen voi lisätä syöpäriskiä, ​​kuten mahasyövän [27]. Johdonmukaisesti, tuloksemme paljasti myös, että henkilöillä, jotka ovat koskaan alkoholia kanssa T1349G polymorfismi on lisääntynyt mahalaukun syövän riski. Kuitenkin meidän pieni otoskoko ehkä ole riittävä voima havaita merkittäviä geeni-ympäristö vuorovaikutus; Näin, suurempia tutkimuksia yksityiskohtaisemmat ympäristön altistuminen tietoja tarvitaan tarkistaa näitä havaintoja.

Suoliston ja hajanainen tyypeillä on erilaiset epidemiologian ja synnyssä. Suoliston-tyyppinen mahasyöpä on kansainvälinen vaihtelua ja hallitseva korkean riskin maantieteellisillä alueilla, erityisesti Japanissa, Koreassa ja Kiinassa, kun taas hajanainen-tyyppinen mahasyöpä on yhtenäinen maantieteellinen jakaumat [28], [29]. Ympäristötekijät on ehdotettu olevan tärkeä rooli etiologiassa suoliston-tyyppinen mahasyövän, ja geneettinen alttius tekijät voivat osaltaan enemmän levinnyttä-tyypin mahalaukun syövän kehittymisen. Kiinnostavaa kyllä, havaitsimme, että vaikutus T1349G polymorfismi liittyy leviää-tyypin mahasyöpä, mutta ei suoliston-tyypin mahasyöpä. Lisäksi huomasimme, että T1349G polymorfismi liittyy suurentunut riski syviä kasvaimen infiltraatiota (T1 ja T2), ja imusolmuke etäpesäke mahasyövän, joka voi toimia biomarkkeri mahasyövän etäpesäke. Kuitenkin koska havaittavaa vaikutusta koko tutkimuksessamme oli suhteellisen pieni (n = 11 TT genotyypin T1 ja T2 alaryhmiä), kliininen hyöty havainnoistamme pitäisi tulkita varoen. Lisäksi biologinen mekanismi suhteessa APE1
variantti, APE1
geeniekspressiota, ja mahalaukun syövän kehittymisen ja etäpesäkkeiden vielä tutkittava.

Yhteenvetona tutkimuksessamme ehdottaa, että APE1
T1349G polymorfismia voi liittyä mahalaukun syövän riski kehitys Kiinan väestön. Suuri väestöpohjainen tulevaisuudentutkimuksista kanssa etnisesti eri väestöryhmien perusteltua tarkistaa näitä havaintoja.

• PLoS ONE: Vaihtelut Helicobacter pylori Sytotoksiini liittyvien geenien ja vaikutusvaltaansa Eteneminen syöpään: Implications for Prevention
• PLoS ONE: alassäätely RPL6 siRNA Estää leviämisen ja solusyklin etenemisen of Human mahasyövän Cell Lines