PLoS ONE: ДНК Ремонт Gene APE1 T1349G полиморфизм и риск рака желудка в китайский Population

Абстрактный

Фон
<р> Apurinic /apyrimidinic эндонуклеазы 1 ( APE1
) играет центральную роль в ремонте apurinic apyrimidic сайтов через обе его эндонуклеазы и его фосфодиэстеразы деятельности. Распространенной APE1
полиморфизм, T1349G (rs3136820), как было показано ранее, связаны с риском развития рака.

Цель
<р> Мы предположили, что APE1
T1349G полиморфизм также связан с риском развития рака желудка.

Методы
<р> В больничной основе случай-контроль исследование 338 случаев больных с впервые выявленным раком желудка и 362 без рака управления частота подобранная по возрасту и полу, мы генотипирование полиморфизма T1349G и оценили его ассоциации с риском развития рака желудка.

Результаты
<р> по сравнению с APE1
ТТ генотипа, частные лица с вариантом TG /GG генотипы имели значительно повышенный риск развития рака желудка (отношение шансов = 1,69, 95% доверительный интервал = 1.19-2.40), которая была более выражена среди подгрупп в возрасте ≤60 лет, мужчина, курильщики, и когда-либо поилки. Дальнейший анализ показал, что вариант генотипы были связаны с повышенным риском развития диффузного типа, низкая глубина проникновения опухоли (Т1 и Т2), а также узел метастаз лимфатический рака желудка.

Выводы
<р> APE1
T1349G полиморфизм может быть маркером для развития рака желудка у китайского населения. Требуются более масштабные исследования, чтобы подтвердить эти результаты в различных популяциях
<р> Цитирование:. Гу D, Ван М, Ван S, Z Чжан, Чэнь J (2011) ДНК Ремонт Gene APE1
T1349G полиморфизм и риск развития рака желудка в китайской популяции. PLoS ONE 6 (12): e28971. DOI: 10.1371 /journal.pone.0028971
<р> Редактор: Паоло Peterlongo, IFOM, Fondazione Istituto FIRC ди Oncologia Molecolare, Италия
<р> Поступило: 19 октября 2011 года; Принято: 18 ноября 2011 года; Опубликовано: 19 декабря 2011
<р> Copyright: © 2011 Гу и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Это исследование была частично поддержана Национальным фондом естественных наук Китая (81071641), в фонд естественных наук провинции Цзянсу (BK2010120), и научно-технических проектов и программы Нанкине (201001099). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> рак желудка является четвертым наиболее распространенным видом рака и второй ведущей причиной рака, связанных смерти во всем мире, около 700 000 человек умирают от этой злокачественной опухоли каждый год, и около 1,1 миллиона новых случаев, как ожидается, в 2010 году [1]. В Китае, было предсказано ранга в качестве третьего наиболее распространенной формой рака в 2005 году, 0,3 миллиона случаев смерти и 0,4 миллиона новых случаев от рака желудка [2]. Хотя хорошо известно, что факторы окружающей среды, пищевые привычки и хеликобактерной
инфекции связаны с риском развития рака желудка, генетические особенности могут быть одним из наиболее важных агентов в желудочном канцерогенезе. Представление рака желудка у молодых пациентов часто связано с семейной группировки [3].
<Р> повреждение ДНК, индуцированных экзогенных канцерогенов или эндогенными метаболические процессы могут быть преобразованы в генных мутации, приводящие к нестабильности генома и злокачественной трансформации [4] , Генетические вариации генов репарации ДНК могут модулировать репарации ДНК потенциал и, следовательно, изменить риск развития рака. Около 150 генов репарации ДНК человека были идентифицированы данным [5]. Они сотрудничают в различных путях, которые специализируются на ремонте различных типов повреждений ДНК [6], [7]. Среди этих путей, основание иссечение ремонт (BER) путь, который, возможно, обрабатывает наибольшее количество цитотоксических и мутагенным базовых поражений, был связан с риском рака [8].
<Р> человек apurinic /apyrimidinic эндонуклеазы ( APE), APE1
(также известный как APE
, APEX
и REF-1
), участвует в BER пути [9 ]. APE1
ген локализован на хромосоме 14q11.2-Q12, и состоит из пяти экзонов охватывающих 2,21 кб. Гидролизом 3'-блокирующей фрагменты из окисленного ДНК, APE1
производит нормальные 3'-гидроксильные нуклеотидные концевые группы, которые необходимы для синтеза репарации ДНК и перевязки в одно- или двунитевых разрывов [10], [11] , В общей сложности 18 полиморфизмов в APE1
было сообщено [12], но наиболее широко изучен полиморфизм Т к G трансверсии (T1349G, также известный как Asp148Glu, rs3136820).

В последнее время , мы провели мета-анализ по всем критериям исследований случай-контроль, чтобы оценить APE1
T1349G полиморфизм и риск развития рака, включая рак легких, рак мочевого пузыря, колоректальный рак, рак молочной железы, рак поджелудочной железы, головы и рак шеи, лейкоз, рак пищевода, рак желчных путей, рак щитовидной железы, рак предстательной железы и [13]. Мы обнаружили, что APE1
вариант генотипы T1349G были связаны с умеренно повышенным риском развития всех видов рака (OR = 1,08, 95% ДИ = 1.00-1.18 в доминантной модели), предполагая, что этот полиморфизм является низкая -penetrance фактор риска для развития рака [13]. Совсем недавно, в некоторых исследованиях говорится в сообщении APE1
T1349G полиморфизм был связан с риском развития рака желудка и прогнозом [14], [15], [16], [17]. Однако эти эпидемиологические результаты остаются противоречивыми, а не окончательным.
<Р> В настоящем исследовании, чтобы исследовать влияние APE1
T1349G полиморфизма на риск развития рака желудка, мы генотипирование полиморфизма и оценивали связь между APE1
T1349G полиморфизма и риск развития рака желудка в нашей постоянной, госпитальной, исследования случай-контроль в китайской популяции.

материалы и методы

этика Заявление
<р> комитет по этике Нанкин медицинского университета одобрил протокол исследований. В ходе эпидемиологических опросов, письменное информированное согласие было дано всем предметам. Кроме того, обучение научных сотрудников вводят стандартный вопросник для получения информации о демографических характеристиках.

Испытуемых
<р> Подробные методы рекрутинга субъектов исследования для данного исследования были описаны ранее [18]. Вкратце, 338 вновь диагностированных, гистологически подтвердили у больных раком желудка и 362 без рака пациентов группы контроля были набраны из городов Yangzhong и Yixin, две области высокой заболеваемости и смертности рака желудка в провинции Цзянсу Китая в период с марта 2006 года по июль 2008 . критерии исключения включали предыдущий рак, метастазы рака от других или неизвестного происхождения, а также предыдущие лучевой терапии или химиотерапии. Органы управления были частоты соответствуют случаям по возрасту (± 5 лет) и пола. Раковые свободные контрольные субъекты были набраны из тех, кто ищет медицинскую помощь, живущих в одних и тех же жилых районах. До приема на работу, было получено информированное согласие от каждого из субъектов, имеющих право. Для каждого человека, демографические данные, а также данные по статусу курения и алкоголя был получен через лицом к лицу интервью. Лица, которые курили один раз в день в течение более 1 года, были определены как Курильщики. Курильщики, которые бросают курить в течение более 1 года были определены как бывших курильщиков, и других курильщиков как курильщиков. Лица, которые потребляли один или более алкогольных напитков в неделю в течение не менее 1 года считались когда-либо пьющие, а остальные были определены как никогда пьющих. После того, как интервью, около 5 мл венозной отбирали образец крови от каждого участника.

генотипирование
<р> геномную ДНК экстрагировали из лимфоцитов периферической крови с помощью протеиназы К пищеварения с последующей экстракцией фенол-хлороформом и осаждению этанолом [19]. APE1
T1349G полиморфизм определяли с помощью полимеразной цепной реакции длины рестрикционных фрагментов полиморфизм (ПЦР-ПДРФ), который был описан ранее [20], [21]. Мы разработали праймер 5'-TAATTCTGTTTCATTTCTATAGGCTA-3 '(вперед) и 5'-TGCATTAGGTACATATGCTGTT-3' (обратный) для амплификации целевого фрагмента APE1
. Образцы подвергали денатурации при 95 ° С в течение 5 мин, затем 30 циклов нагревания при 95 ° С в течение 30 с, отжиг при 55 ° С в течение 40 с, а затем удлинение при 72 ° С в течение 45 с, а окончательное Инкубационный при 72 ° С в течение 10 мин. Продукты ПЦР 108 п.о. переваривают с помощью
ограничение полевое топографическое наставление [англ.) I фермента, для идентификации генотипов полиморфизма T1349G. После ферментативного расщепления, вариант G аллель произвел 2 фрагменты 82 пар оснований и 20 пар оснований, а Т аллеля дикого типа приводило к одной 108 п.н. фрагмента.
<Р> Анализ генотипов были выполнены два лица, независимо друг от друга в слепом. Около 10% проб были выбраны случайным образом для подтверждения, и результаты были полностью согласные.

Статистический анализ
<р> Различия между случаями и контролем в отдельных демографических переменных, статуса курения, употребления алкоголя, и каждая аллель и генотип полиморфизма APE1
гена оценивали с использованием критерия хи-квадрат. Хи-квадрат тест также используется для оценки разницы между APE1
полиморфизма и клиникопатологическими характеристик. Ассоциации между APE1
генотипов и риском развития рака желудка оценивались путем вычисления отношения шансов (ПРС) и их 95% доверительный интервал (ДИ) от анализа безусловная одномерного и многомерного логистической регрессии. Эти анализы были повторены расслаивая для секса (мужчины, женщины), статусу курения (никогда, никогда) и пить состояние (нет, да). Для стратификации по возрасту, возраст обрезания в 60-е годы был использован в данном исследовании, как это было средний возраст завербованных пациентов и контрольной группы. Кроме того, генотипических специфические риски также были оценены отдельно для кардиального /сайта некардиальных отделов опухоли, кишечные /диффузный histotype, глубина T1 /T2 /T3 /T4 инфильтрации опухоли и негатив /позитив метастаза лимфатических узлов. Харди-Вайнберга распределений генотипов элементов управления "был протестирован с помощью критерия хи-квадрат доброкачественность-оф-приступе. Двусторонние испытания статистической значимости были проведены с использованием программного обеспечения SAS (версия 8.2; SAS Institute, Inc., Cary, NC).

Результаты
<р> Распределение выбранных характеристик между раком желудка случаи и субъекты контроля приведены в таблице 1. по результатам генотипирования и анкетных данных, мы включили 338 случаев рака желудка и рака 362 контрольных образцов, которые были все эти данные, имеющиеся в данном анализе. Средний возраст на момент постановки диагноза для желудка случаев рака был 61,7 лет (стандартное отклонение (SD) ± 12,3) и средний возраст, в выяснении для контроля составила 62,4 лет ((SD) ± 10,5). Там не было никаких статистически значимых различий между случаями и контролем в распределении по возрасту и полу. Тем не менее, более высокие уровни курения и употребления алкоголя связаны с раком желудка ( P
&л; 0,05). Кроме того, у пациентов с раком кардии желудка и не-кардии были 143 (42,3%) и 195 (57,5%), соответственно. Гистологические типы были 192 (56,8%) для кишечных и 146 (43,2%) для диффузного рака желудка. Для глубины опухолевой инфильтрации, T1, T2, T3, T4 и были 104 (30,8%), 64 (18,9%), 126 (37,3%), и 44 (13,0%), соответственно. И положительные лимфатические узлы были выявлены в 174 (51,5%) случаях.
<Р> генотипом и аллельные частоты работы APE1
T1349G полиморфизм среди случаев и контроля и ассоциации с риском развития рака желудка являются приведены в таблице 2. частоты генотипов ТТ, ТГ, и GG были 20,4%, 54,7%, и 24,9% в группе рака, по сравнению с 30,4%, 50,5% и 19,1% у нормальных здоровых индивидуумов, соответственно. Частота G аллеля была 52,2% среди случаев, что было значительно выше, чем в контрольной группе 44,3% ( P
= 0,003). Последующий анализ показал статистически значимую связь гетерозиготных (ТГ) и гомозиготном (GG) вариант генотипа APE1
T1349G с риском развития рака желудка (OR = 1,61, 95% ДИ = 1.12-2.32 для TG против TT и OR = 1,92, 95% ДИ = 1.23-2.99 для GG по сравнению с ТТ, соответственно). Кроме того, мы обнаружили, что люди с вариантом TG /GG генотипов имели значительно более высокий риск развития рака желудка, чем те, с генотипом TT (OR = 1,69, 95% ДИ = 1.19-2.40). Далее многослойный анализ показал, что повышенный риск был более очевидным в подгруппах aged≤60 лет (OR = 2,00, 95% ДИ = 1.11-3.61), мужчина (OR = 1,65, 95% ДИ = 1.07-2.55), Курильщики ( OR = 2,00, 95% ДИ = 1.14-3.05), и когда-либо пьющие (OR = 2,18, 95% ДИ = 1.18-4.03) (таблица 3). Тем не менее, из-за ограниченного размера выборки, все результаты анализов пластовых были предварительными.
<Р> Ассоциация между APE1
T1349G полиморфизма и клиникопатологическими характеристиках риска развития рака желудка стратифицированных на месте опухоли, гистологические тип, глубина проникновения опухоли и метастазов в лимфатических узлах приведены в таблице 4. Статистический анализ показал статистически значимую связь ТГ /GG генотипов с риском развития опухоли кардиального и опухоли не-кардии (OR = 1,61, 95% ДИ = 1.01-2.56 и OR = 1,79, 95% ДИ = 1.17-2.73, соответственно). Статистически, тенденция к более высокому риску развития рака желудка диффузного типа был обнаружен для TG /GG генотипов (OR = 2,09, 95% ДИ = 1.29-3.42), но не было никакого существенного различия между кишечного типа рака желудка и нормальным контролем (OR = 1,46, 95% ДИ = 0.97-2.20). Дальнейший анализ стратификации глубины опухолевой инфильтрации показало, что повышенный риск был более выраженным между T1 (OR = 2,73, 95% ДИ = 1.50-4.99) и Т2 (OR = 2,17, 95% ДИ = 1.08-4.33), но были нет никаких существенных различий между распределениями в подгруппах T3 и T4 (OR = 1,28, 95% ДИ = 0.80-2.04 и OR = 1,26, 95% ДИ = 0.61-2.60, соответственно). Кроме того, было значительное увеличение риска в узле-положительным раком желудка (OR = 1,80, 95% ДИ = 1.16-2.80), а не лимфоузлов рака желудка (OR = 1,62, 95% ДИ = 0.99-2.51) с TG /GG генотипов по сравнению с генотипом ТТ.

Обсуждение
<р> В этом исследовании случай-контроль стационара на основе, мы исследовали ассоциацию APE1
T1349G полиморфизм и риск развития рака желудка в китайских популяциях. Мы обнаружили, что полиморфизм T1349G способствовало риск развития рака желудка, который был более выражен среди подгрупп aged≤60 лет, мужчина, Курильщики, и когда-либо пьющих. Кроме того, полиморфизм T1349G был связан с повышенным риском развития диффузного типа, низкая глубина проникновения опухоли (Т1 и Т2), и узел метастазирования рака желудка лимфа.
<Р> APE1 является одним из важнейших ферментов в BER пути, которая является основным механизмом для ремонта повреждений ДНК, вызванных окислением и алкилированием [7]. Полиморфизм T1349G является наиболее распространенным полиморфизмом, что приводит к замене одной аминокислоты были идентифицированы в общей популяции [12]. Она не была определена, если вариант аллель G оказывает влияние на эндонуклеазы и ДНК-связывающим деятельности [22]. Тем не менее, GG генотип был связан с значительно увеличивал задержки клеточного цикла G2 по сравнению с ТТ и ТГ генотипов, что свидетельствует о том, что эта замена аминокислота может способствовать повышенной чувствительности к ионизирующей радиации [23]. Наше исследование показало, что вариант аллель G был связан со значительным увеличением риска развития рака желудка, что согласуется с ранее опубликованными результатами мета-анализа [13]. В предыдущих исследованиях, Canbay и др. [15] обнаружили существенные различия в частотах аллели G APE1
T1349G полиморфизм между больных раком желудка и контрольной группы в турецкого населения. Тем не менее, Palli и др. [16] не наблюдали значимую связь этого полиморфизма с раком желудка в их исследовании. Причина этих различных находок остается неясным, что может из-за небольших размеров выборки или многонациональная.
<Р> В дополнение, мы обнаружили, что полиморфизм T1349G был связан с повышенным риском развития рака желудка среди подгрупп более молодых субъектов ( age≤60 лет), но не более старые предметы. Слабая иммунная система и подавляющее накопилось воздействие канцерогенов окружающей среды у пожилых людей может объяснить разницу в возрасте мы наблюдали [24]. Старшие особи на более высокий риск развития рака желудка, что более вероятно, связано с эффектом старения, а не прямых генетических эффектов. Таким образом, изменение в APE1
гена может быть более влиятельным в ранним началом рака желудка, хотя этот результат нуждается в большем количестве подтверждений. Табачный дым содержит сотни химических веществ, которое было однозначно установлено в качестве основного причинного фактора для рака желудка [25]. Наши результаты показали, что риск, связанный с полиморфизмом T1349G было более очевидным, у курильщиков. Это может быть потому, что сигаретный дым создает реактивную производство форм кислорода и индуцирует аддукты ДНК [26]. Исследования сообщили, что потребление алкоголя увеличение может увеличить риск развития рака, включая рак желудка [27]. Последовательно, наши результаты также показали, что предметы, которые когда-либо употребляли алкоголь с полиморфизмом T1349G имеют повышенный риск развития рака желудка. Тем не менее, наш небольшой размер выборки может не иметь достаточной мощности для обнаружения значимого взаимодействия генов и окружающей среды; Таким образом, более крупные исследования с более подробными данными воздействия на окружающую среду необходимы для проверки этих выводов.

Кишечные и диффузные типы имеют различную эпидемиология и патогенез. Кишечного типа рака желудка является международной вариации и преобладает в группы высокого риска географических районах, особенно в Японии, Корее и Китае, в то время как диффузного типа рака желудка имеет единые географические распределения [28], [29]. Факторы окружающей среды было предложено играть важную роль в этиологии рака желудка кишечного типа, и генетические факторы могут внесла больший вклад развития рака желудка рассеянное типа. Интересно, что мы обнаружили, что эффект полиморфизма T1349G был связан с раком желудка диффундирует-типа, но не кишечном типа рака желудка. Кроме того, мы обнаружили, что полиморфизм T1349G было связано с повышенным риском низкой глубины проникновения опухоли (Т1 и Т2), а также узел метастаз лимфатический рак желудка, которое может служить в качестве биомаркера желудка раковых метастаз. Однако, поскольку обнаруживаемый размер эффекта в нашем исследовании была относительно невелика (п = 11 для ТТ генотипа в Т1 и Т2 подгрупп), клиническая полезность наших результатов следует интерпретировать с предосторожностью. Кроме того, биологический механизм, по отношению к APE1
вариант, то APE1
экспрессии генов, и развитие рака желудка и метастазы еще предстоит исследовать.
<Р> В заключение, наше исследование говорит о том, что APE1
T1349G полиморфизм может быть связано с риском развития рака желудка в китайских популяциях. Крупные популяции на основе перспективных исследований с этнически различных групп населения гарантированы проверить эти выводы.

• PLoS ONE: Изменения в хеликобактерной цитотоксин генов, ассоциированных и их влияние на прогрессию к рака желудк…
• PLoS ONE: Подавление RPL6 по миРНК подавляет пролиферацию и клеточного цикла Прогрессирование человеческого рака …