Tutkijat kehittävät työkalun, joka nopeuttaa biolääketieteellisen tiedon analysointia ja julkaisemista

Siinainvuoren Icahnin lääketieteen koulun tutkijat ovat kehittäneet työkalun, joka nopeuttaa biolääketieteen tietojen analysointia ja julkaisemista monista kuukausista tai vuosista pelkkiin minuutteihin, muuttaa tapaa, jolla tutkijat viestivät tutkimustensa tuloksista. Tähän asti, ensisijainen menetelmä biolääketieteen tutkimustietojen jakamiseksi on ollut painettu julkaisu tieteellisissä aikakauslehdissä. Uusi työkalu, BioJupies, luottaa pilviteknologioihin suurten tietomäärien analysoinnissa ja visualisoinnissa, kuten genomin sekvensoinnilla hankittu, marraskuun 2018 numerossa kuvatulla tavalla Solujärjestelmät .

RNA -sekvensointi on yleisin kokeellinen menetelmä, jota käytetään solujen profilointiin biolääketieteellisessä tutkimuksessa. Viime vuosina, sekvensointitekniikka on mullistanut sen, miten tutkijat tutkivat geneettistä tietoa, ja tällä edistyksellä on ratkaiseva rooli huumeiden löytämisessä ja kehittämisessä. Perinteisesti, RNA -sekvensointianalyysi edellyttää laajaa ohjelmointitaitoa ja pääsyä paikallisiin korkean suorituskyvyn laskentatiloihin, hidastaa nopeutta, jolla biolääketieteelliset tiedot voidaan analysoida, jaettu, ja julkaistu.

BioJupiesin luomisen kautta käyttäjät voivat nyt ladata ja analysoida RNA -sekvensointitietonsa murto -osassa ajasta kuten aiemmin. Alusta käyttää pilvipalveluputkea, joka alentaa RNA-sekvensoinnin tietojenkäsittelyn kustannukset alle prosenttiin näytettä kohden. BioJupies tuottaa myös täydellisen avoin lähdekoodi, interaktiivinen raportti käsitellyistä tiedoista, mikä mahdollistaa 300, 000 julkisesti saatavilla olevaa RNA -sekvensointiaineistoa haettavaksi, uudelleen analysoitu, ja käytetään uudelleen biolääketieteellisen tutkimuksen tukemiseen.

"Kun tuotettujen biolääketieteellisten tietojen määrä kasvaa eksponentiaalisesti, samoin niiden analysointiin ja jakamiseen käytettävien työkalujen, "sanoi Avi Ma'ayan, PhD, Mount Sinai Bioinformatics Centerin johtaja, Professori, Farmakologisten tieteiden laitos, tiedekunta Icahn Institute for Data Science, ja julkaisun vanhempi kirjoittaja. "BioJupies ei vain nopeuta tapaa, jolla analysoimme ja tulkitsemme tietoja, mutta se tarjoaa myös täysin uuden tavan jakaa tuloksia maailmanlaajuisen tutkimusyhteisön kanssa. "

Koska uudet genomiteknologiat ovat mahdollistaneet valtavan määrän biolääketieteellisen tiedon keräämisen, joka voidaan hyödyntää tarkkaan lääketieteelliseen toimintaan, saavutettavuus, yhteentoimivuus, ja näiden tietojen uudelleenkäytettävyydestä on tullut ratkaisevan tärkeää tieteelliselle tutkimukselle. BioJupies avaa tieteen tutkijoille, joilla ei ole laskennallista taustaa, RNA -sekvensointianalyysin suorittamiseen ilman yhteistyötä bioinformatiikan kanssa, mahdollistaa enemmän lääketieteellistä ja tieteellistä kehitystä kukoistaa datarikkaassa maailmassa.

• Tutkijat tutkivat, voidaanko vähägluteenista ruokavaliota suositella allergikoille
• Tutkimus tarjoaa uutta tietoa noroviruksen puhkeamisesta,