Des chercheurs développent un outil qui accélère l'analyse et la publication des données biomédicales

Des chercheurs de l'école de médecine Icahn du mont Sinaï ont développé un outil qui accélère l'analyse et la publication de données biomédicales de plusieurs mois ou années à quelques minutes, transformer la façon dont les chercheurs communiquent les résultats de leurs études. Jusqu'à maintenant, la principale méthode disponible pour partager les données de la recherche biomédicale a été la publication imprimée dans des revues scientifiques. Le nouvel outil, BioJupies, s'appuie sur les technologies cloud pour analyser et visualiser de grandes quantités de données, telle que celle acquise par séquençage du génome, comme décrit dans le numéro de novembre 2018 de Systèmes cellulaires .

Le séquençage de l'ARN est la méthode expérimentale la plus couramment utilisée pour profiler les cellules dans la recherche biomédicale. Dans les années récentes, la technologie de séquençage a révolutionné la façon dont les scientifiques examinent les données génétiques, et cette avancée joue un rôle crucial dans la découverte et le développement de médicaments. Traditionnellement, L'analyse du séquençage de l'ARN nécessite des compétences approfondies en programmation informatique et l'accès à des installations informatiques de haute performance locales, ralentir la vitesse d'analyse des données biomédicales, partagé, et publié.

A travers la création de BioJupies, les utilisateurs peuvent désormais télécharger et analyser leurs données de séquençage d'ARN en une fraction du temps comme précédemment. La plate-forme utilise un pipeline de cloud computing qui réduit le coût du traitement des données de séquençage de l'ARN à moins d'un cent par échantillon. BioJupies produit également une gamme complète, Open source, rapport interactif à partir des données traitées permettant 300, 000 jeux de données de séquençage d'ARN accessibles au public à récupérer, réanalysé, et réutilisés pour soutenir la recherche biomédicale.

« Alors que la quantité de données biomédicales générées continue d'augmenter de façon exponentielle, il en va de même pour les outils utilisés pour les analyser et les partager, " a déclaré Avi Ma'ayan, Doctorat, Directeur du Mount Sinai Center for Bioinformatics, Professeur, Département des sciences pharmacologiques, faculté de l'Institut Icahn pour la science des données, et auteur principal de la publication. "BioJupies accélère non seulement la manière dont nous analysons et interprétons les données, mais il offre également une toute nouvelle façon de partager les résultats avec la communauté mondiale de la recherche. »

Comme les nouvelles technologies génomiques ont permis la collecte de quantités massives d'informations biomédicales qui peuvent être exploitées pour les efforts de médecine de précision, accessibilité, interopérabilité, et la réutilisation de ces données est devenue cruciale pour la recherche scientifique. BioJupies ouvre la voie aux chercheurs sans formation en informatique pour effectuer des analyses de séquençage d'ARN sans avoir besoin de collaborer avec des bioinformaticiens, permettant à davantage de progrès médicaux et scientifiques de prospérer dans notre monde riche en données.

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