Prethodna obrada enzima daje vrlo preciznu sliku kožnih bakterija

Naš cilj je naučiti ulogu različitih vrsta kožnih bakterija u takvim bolestima. "

Dr. Martin Köberle, Voditeljica dermatoinfektološkog laboratorija, Klinikum Rechts der Isar s Tehničkog sveučilišta u Münchenu (TUM)

Dosadašnji napori dermatologa da istraže detaljan sastav mikrobioma naišli su na prepreke. Razlog:U konvencionalnim kulturama uzgojenim na agar pločama, ne napreduju sve bakterije i ne razmnožavaju se jednako dobro. Kao rezultat, neke vrste koje sporo rastu mogu se potpuno zanemariti. Nedostatak novijih genetskih analitičkih metoda je što se hvataju velike količine DNK sekvenci iz stanica kože i fragmenata mrtvih bakterija. Time se smanjuje informacijska vrijednost rezultata.

Odvajanje genetske pšenice od kukolja

Dr. Köberle i biologinja dr. Yacine Amar, obojica dio tima prof. Biedermanna na Klinici i Poliklinici za dermatologiju i alergologiju na TUM -u, razvili su metodu za uklanjanje DNK neciljne vrste u suradnji s međunarodnom organizacijom, interdisciplinarni tim. Koristili su posebnu karakteristiku enzima benzonaze. Uništava nukleotidne lance koji nose nasljedne informacije u svim živim bićima razbijajući ih na kratke fragmente. Enzim izbjegava uništavanje samo živih bakterija čija je DNK zaštićena vanjskom staničnom stijenkom.

Benzonaza se koristi već neko vrijeme, na primjer za pročišćavanje proteina:Enzimi razbijaju sve strane fragmente DNA i RNA. Oni se tada mogu ukloniti u centrifugi, ostavljajući proteine ​​iza sebe. Odabir kožnih bakterija funkcionira prema istom principu:enzim razgrađuje genetski materijal iz stanica kože ili mrtvih bakterija, a zatim se može odvojiti od uzorka. Preostale bakterije mogu se uništiti mehanički, dopuštajući proučavanje njihove DNK.

"Naši eksperimenti su pokazali da, ovom metodom, doista možemo potpuno ukloniti neciljanu DNK i odabrati mikrobiom kože, "kaže voditelj projekta Yacine Amar. U laboratoriju je prvo proučavao umjetne uzorke koji sadrže mješavinu ljudskih stanica i mrtvih i živih bakterija stvorenih strogim protokolom i prethodno tretiranih benzonazom." Postupak koji je tada korišten-poznat kao 16S sekvenciranje-dao je rezultate vrlo precizna slika sastava netaknutih bakterija, "kaže istraživač. Analiza stvarnih briseva s kože bila je jednako uspješna:u uzorcima nije pronađena zaostala DNK iz mrtvih bakterija.

Köberle je uvjeren da će ovaj pristup također imati ključnu ulogu u budućim istraživanjima:"Enzimski odabir živih kožnih bakterija može nam pomoći u pronalasku mikrobnih biomarkera za određene dermatološke bolesti, kao i u identificiranju bakterija koje imaju pozitivan utjecaj o toku bolesti. Možda će se jednog dana koristiti u liječenju. " Nova metoda za analizu mikrobioma već se koristi u mnogim kohortnim studijama o kožnim bolestima na Klinici i Poliklinici za dermatologiju TUM.

• Sustav nadzora otpadnih voda UC San Diego omogućuje rano otkrivanje većine slučajeva COVID-19
• Mount Sinai dodijelio je više od 4 milijuna dolara za procjenu probira analnog raka kod visokorizičnih žena