Znanstvenici čine još jedan korak u razumijevanju bakterija koje uzrokuju epidemiju salmonele

Znanstvenici sa Sveučilišta u Liverpoolu napravili su još jedan korak naprijed u razumijevanju bakterija koje izazivaju razaranje Salmonela epidemija trenutno ubija oko 400, 000 ljudi godišnje u podsaharskoj Africi.

Objavljeno u časopisu PLOS Biologija i predstavlja pet godina rada, znanstvenici s Instituta za integrativnu biologiju dovršili su jednu od najvećih dosadašnjih studija uporedne ekspresije gena za bakterije.

Invazivna netifoidna salmoneloza (iNTS) javlja se kada Salmonela bakterije, koji obično uzrokuju gastrointestinalne bolesti, ulaze u krvotok i šire se kroz ljudsko tijelo. Afričku iNTS epidemiju uzrokuje varijanta Salmonella Typhimurium (ST313) koji je otporan na antibiotike i općenito pogađa pojedince s imunološkim sustavom oslabljenim malarijom ili HIV -om.

„Iako su genomi Afrike i svijeta S. Typhimurium 95% su identični, preostalih 5% je vrlo različito, "objašnjava autor studije dr. Rocío Canals Alvarez." Većina ovih razlika ne uzrokuje promjene u ekspresiji gena, ali moramo identificirati genetske promjene koje utječu na ekspresiju gena i mogle bi utjecati na ishod bakterijske infekcije kod ljudi. "

Da bismo otkrili te ključne genetske razlike, istraživači su proveli opsežni usporedni transkriptomski pristup između smrtonosnog Afrikanca Salmonela i uobičajenu 'globalnu' verziju koja uzrokuje gastroenteritis.

Istraživači su uzgajali svaki od njih Salmonela sojeva na 16 različitih načina koji su predstavljali različite faze procesa infekcije ljudi. Također su izolirali salmonelu iz mišjih makrofaga - imunoloških stanica koje bakterije koriste za otimanje domaćina tijekom infekcije.

Istražujući transkriptom afričkog i globalnog S. Typhimurium pod tim različitim uvjetima, otkrili su da je 677 gena i malih RNA različito izraženo između dva soja.

Paralelni proteomski pristup identificirao je razlike u ekspresiji gena koje su dovele do promjena na razini proteina. Dva eksperimenta s dokazima principa otkrila su genetsku osnovu metaboličkog defekta afričke salmonele i otkrila novi sustav održavanja bakterijskih plazmida.

Omogućiti istraživačima diljem svijeta da rade s novim informacijama, novi podaci prezentirani su u mrežnom alatu prilagođenom korisniku pod nazivom

"Ova studija podiže snagu transkriptomike na novu razinu bakterije. Naš" funkcionalni transkriptomski "pristup relevantan je za široku publiku i može se primijeniti na mnoge druge organizme. Analitički cjevovod i aspekti izvora podataka zajednice su generički i mogli bi potaknuti druge da koriste sličan pristup kako bi odgovorili na svoja istraživačka pitanja, "dodaje profesor Jay Hinton, koji je vodio studiju.

• Studija utvrđuje utjecaj poremećaja antibiotika mikrobioma crijeva na zdravlje skeleta
• Studija pokazuje kako su virusi herpesa i tumori naučili manipulirati istom drevnom RNK