PLOS Genetics: csírasejt-mutáció MAP3K6 társul familiáris gyomorkarcinóma

absztrakt katalógusa

A gyomorrák egyik vezető oka a rák összefüggő halálesetek világszerte. Míg öröklődő formái gyomorrák viszonylag ritkák, azonosítva a felelős gének ilyen esetekben tájékoztatja diagnózis és a kezelés mind örökletes és szórványos esetek a gyomorrák. Mutáció az E-cadherin gén, Cdh1 katalógusa, 40% -át a leggyakoribb formája a familiáris gyomorrák (FGC), örökletes diffúz gyomorrák (HDGC). A felelős gének megmaradt formáinak FGC jelenleg ismeretlen. Itt megvizsgáltuk egy nagy család Tengeri Kanada nélküli FGC Cdh1 katalógusa mutációkat, és azonosították a csíravonal kódolási változatot (p.P946L) mitogén-aktivált protein kináz kináz 6 ( MAP3K6 katalógusa) . Alapuló védelmi jósolt kórokozó képesség és egy ismert szerepe a gén a rák hajlam, MAP3K6 katalógusa tartották erős jelölt, és vizsgáltuk tovább. Bemutató egy további 115 nem rokon egyének nem Cdh1 katalógusa FGC azonosította p.P946L MAP3K6 katalógusa változata, valamint négy további kódolási variánsok MAP3K6 katalógusa (p. F849Sfs * 142, p.P958T, p.D200Y és p.V207G). A szomatikus második találatot változat (p.H506Y) jelen volt a nyert DNS egyik tumor minták, és bizonyítékot a DNS hipermetilációt a MAP3K6 katalógusa gén volt megfigyelhető DNS-t a tumor más érintett egyén. Ezek az eredmények, együtt korábbi származó bizonyítékok egér modellek, amelyek A MAP3K6
működik, mint egy tumorszuppresszor, és tanulmányok jelenlétére mutat szomatikus mutációk MAP3K6
nem örökletes gyomor rák és gyomorrák sejt vonalak, pont felé MAP3K6 katalógusa változatok hajlamosító tényező FGC. katalógusa

Szerző összefoglaló katalógusa

A háttérben genetikai mutációk bevont 60% öröklött gyomorrák esetben ismeretlen marad. Itt bemutatunk egy nagy, kiterjedt családfa familiáris gyomorrák és egy szövetség részben a család egy mutáció MAP3K6 katalógusa. Megőrzésére, megjósolta patogenitású variáns szöveti megoszlását, és az ismert funkciója MAP3K6 katalógusa tette ezt egy erős jelölt is, amelyek további vizsgálatot. Vizsgálata egy további 115 független probandok azonosított további mutációkat MAP3K6 katalógusa, köztük egy csonkított mutációt. Katalógusa

Citation: Gaston D, Hansford S, Oliveira C Nightingale M, Pinheiro H, MacGillivray C, et al. (2014) csírasejt-mutáció MAP3K6 katalógusa társul familiáris gyomorrák esetén. PLoS Genet 10 (10): e1004669. doi: 10,1371 /journal.pgen.1004669 katalógusa

Szerkesztő: Marshall S. Horwitz, University of Washington, az Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: március 3, 2014; Elfogadva: augusztus 14, 2014; Megjelent: október 23, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Gaston et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Az alábbi ügynökségek támogatást nyújtott ehhez a projekthez: Genome Canada, Genome Atlantic, Nova Scotia Health Research Foundation, Nova Scotia és innovációs Trust, Dalhousie Orvostudományi Kar, Dalhousie Szemészeti Klinika, Health Canada, a Centre for Drug Kutatási és Fejlesztési, Capital District Health hatóság IWK egészségügyi Központ Alapítvány, Fővárosi egészségügyi Kutatási Alap, és a COMPETE /Feder portugál Alapítvány Tudományos és Technológiai (FCT), projektek Hiv. FCT PTDC /Sau-GMG /110785/2009 és a Post-doc támogatás SFRH /BPD /79499/2011 HP "financiados nem Ambito nem Programa Operacional Temático Factores de Competitividade (versenyzés) e comparticipado pelo fundo Comunitario Europeu Feder." MES támogatott a CHU Ste-Justine Centre de Recherche. A szerzők szeretnék elismerni a hozzájárulását: Genome Quebec Nagy teljesítményű szekvenálás platform; és Sónia Sousa és José Carlos Machado a IPATIMUP Diagnostics Unit, Porto, Portugália. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák a második vezető oka a rák okozta halál világszerte 738.000 haláleset évente [1]. Elsődleges kezelés áll sebészi eltávolítását a daganat és követheti a kemoterápia és /vagy sugárterápia. Az 5 éves túlélés műtéti eltávolítása után is magas, ha a betegség korai észlelése (71% színpadi 1A), azonban lehull gyorsan, amikor a diagnózist későbbi szakaszaiban (46% szakaszban IIA, 20% IIIA, 4% stádium IV) (National Cancer Institute SEER adatbázis október 2013). Sajnos, mivel a korai tünetei gyomorrák nagyon hasonlítanak más betegségek kimutatására gyakran nem fordul elő előrehaladott stádiumában már elérte [2]. Katalógusa

A klasszikus, gyomorrák már két csoportba sorolhatjuk: bél és diffúz [ ,,,0],3]. A bél formája spontán és a leggyakrabban talált idős egyének, míg a kiterjedt forma gyakran előfordul a fiatalabbak és társítható a családjában az gyomorrák. Populációk nagyobb számban előforduló krónikus Helicobacter pylori fertőzés katalógusa általában magasabb gyomorrák terhek [4]. A legtöbb gyomor rák (90%) sporadikus, de körülbelül 10% megjelenítése családi halmozódás [5]. Csak 1% -ról 3% által okozott örökletes szindróma, szemben a környezeti tényezők, mint például a megosztott étkezési szokások [5]. A legtöbb jól megalapozott örökletes formája a gyomorrák örökletes diffúz gyomorrák (HDGC [MIM ​​137215]), ahol mintegy 40% -ában tulajdonítják csírasejt-mutáció az E-cadherin kódoló gén, Cdh1 katalógusa [6 ] - [9]. katalógusa

Megállapítottuk nagy család Tengeri Kanada, akiknek kórtörténetében örökletes gyomorkarcinóma (FGC) megjelenítő látszólagos autoszomális domináns örökloydésmenetet, de figyelembe nem variánsok a kódoló régióban a Cdh1 katalógusa gént. Míg a család megjeleníti számos olyan funkciót jellemző HDGC volt sokszínűség a klinikai családon belül, valamint előrehaladott életkorban alakul ki, ezért úgy döntöttek, hogy egyszerűen csak utalhat a feltétel FGC felett szigorúbban meghatározott HDGC. Genomiális feltérképezése megosztott örökölt régiók között az érintett családtagok, majd egész-exome szekvenálás, azonosításához vezetett egy csíravonal egyetlen nukleotid variáns (SNV) a mitogén-aktivált protein-kináz kináz kináz 6 ( MAP3K6 katalógusa, ASK2 katalógusa, MAPKKK6 katalógusa, MEKK6 katalógusa, ENSG00000142733) kódoló gén tagja a szerin /treonin protein-kináz család. Számos in silico
módszerek megjósolta a SNV a MAP3K6 hogy károsítja a fehérje, és a korábbi vizsgálatok MAP3K6
hiányos egerekben [10], valamint az a mutációk ebben gén mind az elsődleges gyomor rákos daganatok és a gyomor rákos sejtvonalakban [11], összhangban voltak mutációk a MAP3K6
gén hogy a kiváltó mutációt. Szekvenálása izolált DNS közvetlenül a fixált tumor mintában egyetlen személy jelenlétét mutatta a de novo katalógusa második találatot változatot MAP3K6 katalógusa. Bemutató egy további 115 független FGC minta is negatív Cdh1 katalógusa mutációk, kiderült, öt személy további négy SNVs MAP3K6 katalógusa, amelyek várhatóan szintén patogén, valamint bármely más személy a SNV azonosított család Maritime Kanadában. A kezdet különbözőnek MAP3K6
SNV fuvarozók öt család, és az egyik nem fejlődött a rák még késői életszakaszban, ami arra utal, hiányos penetranciával. Ez az első jelentés a öröklődő rák miatt SNVs MAP3K6 katalógusa.

Eredmények katalógusa

A klinikai és patológiai értékelése katalógusa

Megállapítottuk nagy tengerparti kanadai családi európai származású során rutin klinikai vizsgálatnak az örökös Cancer Clinic részeként Tengerészeti Orvosi Genetikai Szolgálat a IWK egészségügyi Központ Halifax, Nova Scotia, Kanada (1. ábra). Nyál, vér, vagy formalin-fixált, paraffinba ágyazott (FFPE) mintákat vettünk a 6 család tagjai gyomorrák, valamint 27 nem érintett rokonok, és egy házas-in egyén. Nem vérrokonság a gyanúja generálása. Katalógusa

A proband, az érintett egyén 1884-ben diagnosztizáltak áttétes gyomorrák és ment összesen gastrectomián évesen 51. patológiai vizsgálat során a rosszul differenciált adenocarcinoma felmerülő antrumban a gyomor a háttérben intestinalis metaplasia és idült gyomorhurut. A tumort áll egy ív pecsétgyűrű sejtek (2C ábra és D). A karcinóma áthatolt a teljes vastagsága a muscularis propria bevonásával a serosa réteget. Nincs bizonyíték a H. pylori katalógusa látták. katalógusa

A proband anyai nagynénje, egyedi 1826-ben diagnosztizáltak gyomorrák 80 évesen, és ment részleges gasztrektómiának. Patológiai vizsgálat kimutatta, közepesen, gyengén differenciált adenocarcinoma betörő be muscularis propria (2A ábra). A tumort túlnyomórészt összetartó fészkek a daganatos sejtek alkalmi mirigyes kialakulását. Tumorsejtek pecsétgyűrű sejtes formák voltak láthatók a tömör felületek (2B). A gyomornyálkahártya szomszédos tumor fokális intestinalis metaplasia nincs bizonyíték a H. pylori katalógusa.

76 éves korában a gyomor biopszia másik anyai nagynénje a proband, egyes 1841-ben számoltak be, hogy egy közepesen differenciált adenocarcinoma mirigyes kialakulását. H. pylori katalógusa azonosították a háttérben gyomor nyálkahártyáját. Egy kis biopszia szakasz állt rendelkezésre az újbóli vizsgálat. Bár ez a minta túl kicsi volt a teljes osztályozási azt mutatta, hogy összetartó fészket a daganatos sejtek kis gócok képződését mirigyes összhangban a rosszul differenciált adenocarcinoma. Voltak bizonyos daganatsejtek a mintában egyértelműen bizonyítja a citoplazmában, de ezek nem lehetett véglegesen minősített pecsétgyűrű sejteket. Katalógusa

A gyomor biopszia évesen 82 beteg 1844, a proband anyja mutatott rosszul differenciált adenocarcinoma pecsétgyűrű funkciókat. A háttér nyálkahártya mutatkozott H. pylori katalógusa és foltos intestinalis metaplasia. katalógusa

A beteg 1845 első unokatestvére egyszer eltávolították a proband, diagnosztizáltak évesen 59 egy differenciálatlan carcinoma nélkül pecsétgyűrű jellemzői. A tumort járó sűrű limfoid beszűrődés és a legjobban minősíthető lymphoepithelialis carcinoma. H. pylori katalógusa nem volt látható a szomszédos normális nyálkahártya. A tumor pozitív volt két intronikus variánsok Cdh1
mindkettő várhatóan jóindulatú (NM_004360.3: c.688-83G > A és c.2439 + 52g > A).

a beteg 2447, harmadik unokatestvére, diagnosztizáltak 44 évesen egy rosszul differenciált adenocarcinoma nélkül pecsétgyűrű sejt funkciókat. A szomszédos gyomornyálkahártya megmutatta kiterjedt intestinalis metaplasia. Nem volt bizonyíték a H. pylori katalógusa.

Miután átvizsgálása panel 115 proband a nem Cdh1 katalógusa familiáris gyomorrák, egy független családi Portugália beszállítási tanulmány (3A). Egyedi II-6 diagnosztizáltak gyomorrák évesen 62, amelynek rosszul differenciált adenocarcinoma a gyomor és a jelenléte pecsétgyűrűje sejteket. Az immunhisztokémiai analízis pozitív membrán festés E-cadherin daganatos sejtek (3C, ábra), beleértve a pecsétgyűrű-sejtek (3B). A kapcsolódó egyének I-4, II-1, és a II-7 diagnosztizáltak gyomorrák (szövettan részletek ismeretlen) éves korban 53, 62 és 52 volt. Mind a négy személy a portugál törzskönyve halt meg a betegségben 5 éven belül a diagnózis ebben a családban. A tengerparti kanadai család, 1884, 1844 és 1841 halt meg a betegségben egy éven belül a diagnózis. Katalógusa

A gyomorrák ismertetett beteg 1845 és 2447 nem volt pecsétgyűrűk tartani, és diagnosztizáltak korábbi életkorban ( 52, illetve 72, bár a proband diagnosztizáltak évesen 51). Különbségek alapján szövettan, különösen a hiánya pecsétgyűrűje sejtek 1845 és 2447, mint a többi érintett egyének, akkor lehetséges, hogy a betegségnek az e két személy jelent elkülönült állapotban. Alternatívaként lehetséges, hogy a család a LED egy bonyolultabb fenotípusos minta hajtja meg a két (vagy több) géneket. Katalógusa

Molekuláris feltérképezése és kizárása ismert és jelölt gének katalógusa

Bár 30-40% a HDGC esetek tulajdoníthatók mutációk Cdh1 katalógusa, nincs mutáció a fehérje-kódoló exonját Cdh1 katalógusa találtak az érintett egyének a tengerparti kanadai család. Azonosítani a kórokozó loci ebben a családban, nagy sűrűségű SNP-genotipizálás Illumina tömbök végeztünk öt érintett személyek: a proband anyja (1844), két érintett anyai nagynéni (1826 és 1841), és két távoli unokatestvérek (1845 és 2447) valamint több kapcsolódó egyének nem jelentettek rák előfordulása, akinek szeretet állapotát kezelték ismeretlen (1907, 1924, 1821, és 1822). Minden egyén számára, kivéve 1845 genotípus-adatok álltak rendelkezésre 2500000 markerek. Egyedi 1845 korábban genotipizált sűrűségben 660K, és nem volt képes újra genotipizált a nagyobb sűrűségű. Nincs DNS alkalmas SNP genotipizálást kapunk a FFPE mintát a proband (1884). Ezeknek az adatoknak a végeztünk mind a nem-parametrikus és parametrikus kapcsoltsági analízis Merlin [12]. Tekintettel a késői életkorban alakul ki a sok érintett családtagok, behatolásának a tengerészeti törzskönyv ismeretlen. Annak érdekében, hogy a konzervatív azonosításában genomi régiókban az érdeklődés, két domináns penetranciája modellek (50% és 99% penetrancia) alkalmazásával érintett magánszemélyek 1826, 1841, 1844, és 2447 (és az egyének 1907, 1924, 1821, és 1822 ismeretlen szeretet állapotát ) használva voltak. A genomi régiók szerint azonosított parametrikus kapcsoltsági analízis általában megegyeztek egymással, függetlenül attól, behatolásának paraméter kiválasztott (1. táblázat). Az analízist megismételtük az egyedi 2447 kezelni ismeretlen, hogy elemezze csak csökkentett Származás ahol 2447 és 1845 kezelték potenciális phenocopies (2. táblázat). Ez azt eredményezte, alacsonyabb teljes LOD pontszámok összes azonosított régiók, valamint a több és nagyobb régiók átlagosan, amely magában foglalja egy nagyobb része a genomban.

Mi is végeztünk nem-paraméteres függesztés (NPL), a módszer a kevesebb alapfeltételezését szolgáló öröklés modell segítségével az érintett egyének 1826, 1841, 1844, és 2447 (pedigré-szintű) vagy az eltávolítása 2447 potenciális phenocopy meghatározza őket, hogy az ismeretlen állapot (al-törzskönyv). Származás kiterjedő genomi időközönként többnyire megegyeznek alkalmazásával azonosított két parametrikus modellek (3. táblázat). Kizárása 2447 eredményezett alacsonyabb teljes maximális pontszámot (1,204), amely megtalálható számos időközökben a genom (3. táblázat).

Genomi időközönként azonosított ezen a módon használtuk szűrésére a exome szekvenálási adatok azonosítani potenciális kiváltó mutációkat. Ahhoz, hogy széles körű azonosítása lehetséges oki mutációt, mind a származási széles és al-családfa esetén az intervallumok a megfelelő parametrikus és nem parametrikus elemzéseket egyesítjük. A családfa-szintű elemzéseket ez volt az unió időközönként az 1. táblázatban leírt együtt megfelelő időközönként a 3. táblázatban (beleértve a 2447), és az al-pedigré analízis az unió időközönként talált a 2. táblázat megfelelő időközönként a 3. táblázatban ( kivéve 2447). katalógusa

teljes Exome szekvenálása katalógusa

a következőkben végre teljes exome szekvenálása a két érintett anyai nagynéni a proband (1826 és 1841), valamint az érintett harmadik unokatestvér (2447). Mi prioritást és szűrt változatai alapján frekvencia között európai származású populációk (< 2%, és a szigorúbb szűrőt < 1%) a 1000 genomok és Exome Sequencing Project adatkészletek valamint más exomes szekvenáltuk ugyanabban szekvenálás szolgáltató, helyét egy genomiális régió az érdeklődés, és a funkcionális következménye a mutáció (megváltoztatja a fehérjét kódoló szekvencia vagy splice hely legalább egy fehérjét kódoló transzkriptum). Változatok az érdeklődés azután szekvencia Sanger szekvenálás más érintett személyek. Variant szűrés alapján genomiális időközönként végeztük külön-külön hipotézist (teljes származási és csökkentett Származás) (táblázatok S1 és S2). Amellett, hogy az azonosítási és szűrés genetikai variánsok, felmértük a szekvenálás mélysége lefedettség exon (amelyet a konszenzus CDS set) a genomi régiókban az érdeklődés és az egész egyéni exome szekvenálás eredménye. Továbbá kerestünk potenciálisan közös változatokat, amelyek "elfedi" a lefedettség kérdéseket. Minden változatra figyeltünk meg egy vagy több exomes, ha nincs variáns volt megfigyelhető a fennmaradó exome (s), értékeltük, hogy e volt köszönhető, hogy alacsony lefedettség, vagy a lefedettség hézagokat belül exon. Variánsok, ahol ez igaz volt mi szűrjük standard kritériumok (mint fent). Ezekkel szűrési feltételeket, több változatban alacsony MAF és ami hatással a fehérje-kódoló szint volt megfigyelhető a pedigré kiterjedő genomi régiókban az érdeklődés, hogy már azonosított parametrikus kapcsoltsági analízis; Azonban, egy sem volt jelen az összes érintett egyének. További nem "álcázott" jelölt variánsok által meghatározott ugyanazon kritériumokat. Katalógusa

annak lehetőségét, hogy az egyének és a 1845 2447 van egy külön klinikai állapot, és megvizsgálta a változatok megoszlanak a proband és közvetlen családja. Ugyanezzel a szűrési feltételeket, mint fent, de csak a exomes magánszemélyek 1826 és 1841, összesen 127 variánst azonosítottunk. Szigorúbb szűrés ritka változatok (MAF < 1%) csökkentette ezt a számot 85 (táblázat S2). A betegek egy részénél ezek a variánsok alapuló tényezők kombinációja (mutációk KOZMIKUS [13], Előre jelzett hatás a mutáció, megőrzése a kódolt aminosav, irodalmi áttekintés, ismert expressziós mintázatok normál szövetek és tumorok, a betegség fenotípus társított gén) szekvenciáját nyomon követési a proband és anyjuk. A variáns MAP3K6 katalógusa (CHR 1, NM_004672) különösen érdekes volt. A mutációt azonosítottak MAP3K6 katalógusa (c. [2837C > T] [=], p.P946L) tartották erős jelölt alapuló ismert szövetségei más MAP kinázok rákkal, és számos publikáció megvilágította a szerepet MAP3K6 a tumorigenezisben [10], [11], [14], [15]. Ez a változat korábban leírták (rs141787524) egy kisebb allél gyakorisága 0,7% 1000 Genomes Project (európai származású csoport) és egy gyakorisága 0,4% az európai-amerikai populációban (Exome Variant Server (NHLBI GO Exome Sequencing Project ( ESP): http://evs.gs.washington.edu/EVS [Accessed október 2013]). Azt láttuk, mint a heterozigóta variáns 11 (1532) egyéb exomes ütemezni a Genome Quebec innovációs Központ, azaz a MAF 0,36%. katalógusa

Ez SNV jelen volt négy érintett személyek a tengerészeti család (1884, 1826, 1844, 1841), melyek közül három világosan megmutatta jelenlétében pecsétgyűrű sejteket. Csak egy kis ütést biopsziás állt rendelkezésre az anyai nagynénje, 1841, tehát nem voltunk képesek véglegesen megerősíti jelenlétét vagy hiányát pecsétgyűrű sejteket. a MAP3K6
SNV is jelen volt öt a 27 jelenleg nem érintett hozzátartozók mintába, és nem volt jelen a házas-relatív. az egyik hordozók volt homozigóta a SNV és több mint 80 éves, amelyek nem jelentettek rák. Bár nem vérrokonság jelentettek a családban, és nincs bizonyíték a kópiaszám variáció volt megfigyelhető az SNP genotípus adatokat, ez az egyedi volt homozigóta egy 10 Mb régiót felölelő lókusz. A fennmaradó hordozók életkora 33-51, és a kor kezdete a rák általában később, az állapotát tartották "ismeretlen". Mind az egyének, 1845 és 2447, a fenotípus különböző gyomorrák negatív a MAP3K6
SNV. Katalógusa

szomatikus variánsok a tumor katalógusa

A következőkben használt izolált DNS tumoros részében a FFPE minta az érintett MAP3K6 katalógusa SNV hordozó 1884 (a proband) szűrésére további szomatikus SNVs vagy veszteség heterozigótaság (LOH) a tumor is. Amellett, hogy a p.P946L variáns, azonosítottunk egy új SNV A MAP3K6
gén-helyzetben C-on. [1516C > t], ami egy aminosav változás p.H506Y (4. táblázat), és képesek voltak a következtetés, hogy a SNV volt szomatikus szerzett alapján szekvencia adatokat a házastárs és a gyermekek. katalógusa

Ellenőrzés független FGC ügyekben katalógusa

árnyékolt származó DNS-minták további 115 független FGC használó magánszemélyek multiplex célzott következő generációs szekvenálás vizsgálatban. A mintákat a nem rokon családok megfeleltek a nemzetközi gyomorrák kapcsolat konzorcium (IGCLC) kritériumai örökletes diffúz gyomorrák (106), de a korábban negatívnak mutáció a Cdh1 katalógusa locus, vagy örökletes bél gyomorrák. Ezen belül a kohorsz azonosítottunk öt további heterozigóta SNVs a MAP3K6 katalógusa gén (4. táblázat): a csonkolása SNV (c. [2544delC] p.F849Sfs * 142), három missense SNVs (c. [2872C > a], p.P958T c. [598G > T] p.D200Y, és c. [620T > G], p.V207G), és egy másik személy a p.P946L (c. [2837C > T] ) variáns, korábban talált a tengerészeti család (4. ábra). Mutációi MAP3K6 katalógusa csak felfedezték a magánszemélyek kritériumoknak megfelelő diffúz gyomorrák (106). Az egyén ebben a regényben pácienscsoporton hordozó p.P946L variáns azt gondolják, hogy nem kapcsolódik a tengerészeti család. Katalógusa

A csonkolása SNV volt megfigyelhető a portugál egyedi, akiknek a családjában a gyomorrák (3A). Bár ez SNV egy dbSNP azonosító (rs34008139), nincs népesség frekvencia összefüggésbe hozták azt sem a 1000 Genomes vagy Exome Variant Server projektek. Ez SNV is beszámoltak a KOZMIKUS adatbázis [13] (szomatikus /csírasejt állapot nincs megadva) a carcinoma mintában a vastagbél. Szövettani vizsgálata a proband tumor mutatott rosszul differenciált gyomorrák pecsétgyűrű sejtek, megtartva az E-cadherin fehérje expresszióját a sejt membrán (3B és 3C).

A p.D200Y variáns találtak proband -tól két független a családok, de megfigyeltek már az 1000-genomok kohorsz (rs41291098), de az is ritka egy minor allél frekvenciáját (MAF) 0,4%, mind a 1000 genomok és Exome szekvenálás projekt európai származású csoportok. A p.P958T változat (rs75893867) nincs MAF számolt sem a 1000 Genomes vagy Exome szekvenálása Project európai származású adatsorok, és csak azonosított 1000 Genomes között a japán csoportban frekvenciája 2,2%. Azonban, azt már azonosították KOZMIKUS (COSM99077), mint egy szomatikus mutáció egy gyomorrák betegnek. A p.V207G változatot azonosítottak a Exome szekvenálás Project európai-amerikai adatbázisba a MAF 0,01%. Ez nem volt meg az európai vagy európai származású csoportok a 1000 genomok, de megfigyelhető volt a más népcsoportok egy sor minor allél frekvenciák. Katalógusa

Együtt MAP3K6 katalógusa 50 további géneket korábban javasolta, hogy vonják be veszélyt a betegségnek a tápcsatorna felső szekvenciáját az ebben a betegcsoportban egy egyedi panel-alapú assay (kézirat benyújtva). Gének az egyéni MiSeq-alapú képernyő alapján kerültek kiválasztásra szakirodalom, valamint érdekes gének együttműködési projektekben. Azokban az esetekben, ahol a MAP3K6 katalógusa missense variánsokat azonosítottak, nincs más jelölt változatokat talált. Katalógusa

A második Hit elemzés a tumor a portugál Family katalógusa

FFPE daganatos szövet volt rendelkezésre álló proband a portugál család hordozó p.F849Sfs * 142 csírasejt csonkolná mutációt. Szomatikus mutációk kizárták a teljes kódoló szekvenciát és intron-exon határokat MAP3K6 katalógusa a proband tumort. Hiánya LOH a MAP3K6
gén is lehet következtetni ezen tumor, mint mind a vad típusú és a mutáns allélok lehetett azonosítani, a csíravonal-mutáció helyén (Kiegészítő ábra S2). Ezért keresett feltételezett alternatív inaktiváló mechanizmusokat. Hipermetilációja CpG szigeteken génpromotereket és szabályozó régiókat egy gyakori jelenség, ami csökkent a génexpresszió rák [16]. MAP3K6 katalógusa szabályozás promoter hipermetilációt leírták az emberi csontvelő mesenchymalis őssejt [17], bár a korreláció a hipermetiláltsági és génexpressziós még nem állapították meg. Kerestünk MAP3K6
CpG-szigetek [18], és találtam két CpG-szigetek, az egyik a promoter régió és a másik felölelő exon 10 és részben a későbbi intron (5. ábra és kiegészítő ábra S1). A downstream CpG-sziget (CpG sziget 2) közelében egy DN-áz túlérzékeny oldalon megjósolta megtelepedését kapcsolatos promoter jellemzői (Ensembl szabályozási funkció azonosító ENSR00000533270, 5. ábra). Mi biszulfit-val kezelt DNS-re: A proband a perifériás vér limfociták (PBL-ek); A proband tumor; Négy különböző normál gyomor kontroll mintákban, és; hét gyomor rákos sejtvonalak. A promoter CpG-szigetre (CpG-szigetre 1), nem hipermetiláció detektáltuk két különböző primer készletek (5. ábra és Suppl. Ábra S1). Ami CpG Island 2, mi megfigyelt teljes metiláció a tumor DNS-t és nem metiláció a PBL DNS-t. Érdekes, hogy a metilációs elemzés CpG-sziget 2 normál gyomor nyálkahártyát a kontrollok jelenik részleges metilációs mintázatát. Összhangban a kapott eredmény tumor DNS, mind a hét gyomor rákos sejtvonalak megjelenített teljes metiláció (5. ábra és Suppl. Ábra S1). Katalógusa

patogenitását SNVs MAP3K6 Matton

alkalmazott különféle in silico módszerekkel katalógusa megjósolni a patogenitású megfigyelt missense SNVs. Bár nem volt teljes egyetértés van a program (5. táblázat), mind a SNVs tartották káros legalább egy programot, kivéve p.V207G és p.P958T, a többi négy változatban a jelentésben leírt jósoltak, hogy károsak a legalább 3, a 7 módszereket. Ezen túlmenően, a EvoD [19] konszenzus előrejelzése (alapuló kiegyensúlyozott kombinációja a EvoD, PolyPhen2 [20], és szitál [21] pont) számolt be, hogy három, a variánsok (p.D200Y, p.V207G, p.H506Y ) volt káros vagy valószínűleg káros. A maradék két változatban, p.P946L és p.P958T voltak előrejelzések szerint valószínűleg semleges változások bár ők evolúciósan konzervált ultra-és jól konzervált (az EvoD evolúciós ráta besorolás) volt; miközben csak az egyik a másik három változat (p.D200Y) ítélték jól konzervált, és a másik kettő kevésbé konzervált. Mivel az (I) egy MAP3K6
csonkolása variáns találták, (ii) volt egy második sújtotta variáns azonosított személy, akinek FFPE szövet megvizsgálták, és (iii) az összes program tesztelt vannak kialakítva, hogy megjósolni kórokozó képesség alapján funkciós zavarok, akkor valószínű, hogy a változatok leírt vezet vagy csökkenése függvényében vagy domináns negatív fenotípust. katalógusa

Vita katalógusa

itt bemutatjuk az első bizonyíték arra, hogy csírasejt-mutáció MAP3K6 katalógusa kapcsolódnak öröklődő betegséggel. Négy egyének gyomorrák egy tengerparti kanadai család találták, hogy készítsen egy heterozigóta variáns a MAP3K6 katalógusa gén, ami a p.P946L aminosav változást. Ez az csírasejtszekvencia változat kromoszómán található 1-ben azonosították a háromból két exome mintákat, és területen belül helyezkednek azonosított parametrikus és nem parametrikus kapcsoltsági analízis az al-generálása (1845 és 2447 kezelt "ismeretlen" betegség állapot) . A jelentősége a MAP3K6 katalógusa variáns által támogatott azonosítása szomatikus második találatot mutáció a MAP3K6 katalógusa gén p.H506Y jelen izolált DNS közvetlenül a daganatos rész a beteg FFPE minta. Két egyének a törzskönyv a gyomorrák, de bizonyos fenotípusos különbségek nem hordozza a mutációt; azonban nem jelölt változatok azonosítottak, ezt minden érintett egyének bármely régiójában azonosított, parametrikus kapcsolatot végzett családfa-szerte. katalógusa

Bemutató további FGC családok feltárt öt másik MAP3K6 katalógusa mutációkat, beleértve a p.F849Sfs * 142 mutációi megfigyelhető a portugál proband, amely várhatóan fehérje csonkolást. Miután kivéve szomatikus mutációk és LOH, egy potenciális második találatot mechanizmust találtak via katalógusa hipermetiláltsági egy génen belüli CpG-sziget közelében egy megjósolt promoter összefüggő szabályozási elem (DN-áz I túlérzékeny oldalon). A jelentősége metiláció ebben MAP3K6 katalógusa génszakasz nem lehetett megállapítani gyakorolt ​​hatás tekintetében a génexpresszió, mégis lehetőségét eljáró egy esetleges második találatot inaktiválása (részleges vagy teljes) mechanizmus emelt miatt a kapott eredményeket a normál gyomor és rákos sejtvonalakban. Ha igen, ez jól reprezentálja egy másik példát egyre inkább elismert fogalom, amely a DNS metiláció a gén test nem csak passzív tanú géntranszkripció, de aktívan részt vesz több génreguláció eljárások [22], amely igazolná a további vizsgálatot. Kórszövettani elemzése az egyént a portugál család ez a könyv csonkolása mutáció szerepelt pecsétgyûrûsejtes sejtek részeként tumor fenotípus, ahogy a legtöbb ember a tengerészeti al-generálása (kivéve 1841, amikor a pecsétgyűrű állapota nem volt egyértelmű hiánya miatt elegendő anyagot). katalógusa

Bár MAP3K6 katalógusa mutációkat korábban nem azonosított öröklődő betegséggel van egyre több bizonyíték arra, hogy MAP3K6 katalógusa fontos szerepe van a rák patogenezisében . Egereknél, ahol a MAP3K6 katalógusa normálisan kifejezni gyomor szövetek és a bőr, a veszteség a MAP3K6 katalógusa homozigóta egerek találták hajlamosíthat okozta bőrrák [10]. Az egerek nem alakul ki rák spontán; Mindazonáltal a kémiai indukció jelenlétében végezzük gyulladásos inger vezetett, hogy nagyobb számú bőrdaganatok a MAP3K6
deficiens egerekben, mint a kontroll állatok. A daganatok száma heterozigóta ( MAP3K6
^{+/-) egerek, valamint azok mérete, volt közötti közbenső vad típusú és a knock-out egerekben, ami arra utal szerepe MAP3K6
adagolás hatásai [10].}

• PLoS One: Összehasonlító proteomikai analízise Gyomorrák Stem Cells
• PLoS One: Csökkent Core-Fucosylation Hozzájárul Rosszindulatú a gyomor Cancer