PLoS One: A miR-184 Binding-Site rs8126 T > C polimorfizmusa TNFAIP2 társul Risk gyomorrák

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

TNFAIP2 katalógusa döntő szerepet játszó gén apoptózist. Egypontos nukleotid polimorfizmusok (SNP) annak miRNS kötőhelyek is modulálja funkcióit miRNS-target gének és így kockázatot a rák. Ebben a tanulmányban azt vizsgáltuk, egyesületek között esetlegesen funkcionális SNP a miRNS-kötőhelyek a 3'UTR a TNFAIP2 katalógusa és a gyomorrák kockázatát egy amerikai lakosság. Katalógusa

Módszerek katalógusa

Mi végzett eset-kontroll vizsgálatban 301 gyomorrákos betegek és 313 ráktól mentes ellenőrzések gyakoriságát igazítottuk az életkor, a nem és az etnikai hovatartozás. Mi genotipizált négy kiválasztott TNFAIP2 katalógusa SNP (rs8126 T > C, rs710100 G > A, rs1052912 G > A és rs1052823 G > T), és használta a logisztikus regressziós elemzés értékelése szövetségeinek SNP rák kockázatát.

Eredmények katalógusa

A rs8126 CC genotípus esetén jelentősen megemelkedett kockázatát gyomorrák (korrigált OR = 2,00, 95% CI = 1,09-3,64 és P katalógusa = 0,024) , míg a kombinált rs8126 TT + TC genotípusok, különösen a jelenlegi iránt. Azonban egyik más TNFAIP2
SNP járt kockázatát gyomorrák. Katalógusa

Következtetések katalógusa

adatok arra utalnak, hogy a TNFAIP2 katalógusa miRNS kötőhely rs8126 T > C SNP markere lehet az érzékenység gyomorrák, és ez a megállapítás igényel további érvényesítését a nagyobb tanulmányok. katalógusa

Citation: Xu Y, Ma H, Yu H, Liu Z, Wang LE, Tan D, et al. (2013) A miR-184 Binding-Site rs8126 T > C polimorfizmusa TNFAIP2 katalógusa társított kockázati gyomorrák. PLoS ONE 8 (5): e64973. doi: 10,1371 /journal.pone.0064973 katalógusa

Vágó: Nathan A. Ellis, University of Illinois at Chicago, Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: július 23, 2012; Elfogadva: 23. április 2013; Megjelent: 2013. május 28 katalógusa

Copyright: © 2013 Xu et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatta a National Institute of Health ad R01 CA131274 és R01 ES011740 (Q. Wei), és P30 CA016672 (The University of Texas MD Anderson Cancer Center). Annak tartalma kizárólag a felelős a szerzők, és nem feltétlenül tükrözik a hivatalos álláspontját a National Institutes of Health. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: Prof Qingyi Wei M. D. Anderson Houston, Texas, egy szerkesztő PLoS One. Ez nem változtat a szerzők betartása minden PLoS One politikák adatok megosztása és anyagok. Katalógusa

Bevezető katalógusa

A gyomorrák egyik fő oka a rákos halálesetek a világon, bár mind a megbetegedések és halálozások száma is csökkent, a legutóbbi évtizedben [1]. 2010-ban mintegy 21.000 újonnan diagnosztizált betegek és 10570 halálesetek a betegség az Egyesült Államokban. [2] Epidemiológiai vizsgálatok arra utalnak, hogy a környezeti tényezők, mint például a táplálkozás nagy sós és nitráltak ételek, dohányzás, alkoholos fogyasztások, és különösen a Helicobacter pylori katalógusa ( H. Pylori katalógusa) fertőzés, fontos tényezők az etiológiája gyomorrák [3]. Azonban csak egy töredéke az emberek elfogadása hasonló életmódra vagy kitéve ugyanannak a környezeti kockázati tényezők végül kifejlesztett gyomorrák, ami arra utal, hogy a fogadó vagy a genetikai tényezők is szerepet játszanak a betegség etiológiája [4]. Katalógusa

között patofiziológiai változások által okozott különböző etiológiai kapcsolatos tényezők gyomor rák, az indukciós az oxidatív DNS-károsodás a hámsejtek a gyomor kimutatták, hogy egy erős linket karcinogenezis [5], [6]. Annak megakadályozása érdekében egy szabályozatlan sejtnövekedést eredő ilyen DNS-károsodás, néhány sejtciklus ellenőrzési mechanizmusok kell kezdeményezni, hogy megakadályozza a mutációk vagy kezdeményezni apoptózis a sejtek túlnyomó kárt a DNS-t.

A mikroRNS ( miRNS-ek), egy osztály az endogén és a kis nem-kódoló szabályozó RNS, negatívan szabályozzák a génexpressziót a poszt-transzkripciós szinten történő hibridizáció komplementer szekvenciák a 3 'nem transzlálódó régiót (3'UTR) a megcélzott messenger RNS-ek (mRNS-ek) [ ,,,0],7], [8], [9], [10]. A legújabb vizsgálatok kimutatták, jelentős hatásait miRNS különböző biológiai folyamatokat, beleértve a sejtek differenciálódását, proliferációját, a sejtciklus progressziójában, valamint az apoptózist. Altered kifejezései miRNS, valamint azok lehetséges funkcióit tumorszuppresszorok és onkogének kimutatták számos típusú rák, beleértve a gyomorrák [11], [12]. Eközben több, viszonylag gyakori genetikai variánsok, mint például egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP), már azonosított biomarkerek genetikai fogékonyság rák molekuláris epidemiológiai vizsgálatok. Tekintettel a potenciális hatásokat miRNS expresszió és az azt követő hatással mRNS transzkripcióját, miRNS SNP-k vagy miRNS kapcsolatos SNP-k, mint például azok található a miRNS kötőhelyek a 3 'nem transzlálódó régiót (UTR) azok célgének, szerepet játszanak, mint kulcsfontosságú genetikai tényezők érzékeny a különböző rákos megbetegedések. Mivel szerepük a daganatos etiológiája még nem tisztázott, hogy fontos, hogy megértsük a funkcionális és evolúciós jelentősége ezeknek a miRNS összefüggő SNP keresztül gyakorolt ​​hatásukat a rák kockázatát, és azok kölcsönhatása környezeti kockázati tényezők etiológiájában gyomorrák [13]. Katalógusa

tartozás a SEC6 család, a tumor nekrózis faktor α-indukált protein 2 (TNFAIP2, más néven B94 vagy EXOC3L3), amely az egyik fajta proapoptotikus protein, eredetileg azonosították egy olyan gént, amelynek expressziója indukálható a tumor nekrózis faktor alfa (TNFa) a köldökzsinór véna endoteliális sejtekben [14]. TNFAIP2
kromoszómán helyezkedik el 14q32 és egy olyan fehérjét kódol 654 aminosavból látszólagos molekulatömege 73 kDa. Amely 11 exont és 10 intron, TNFAIP2 katalógusa ível mintegy 13,45 kb genomi DNS [15]. A dbSNP adatbázis (http://egp.gs.washington.edu/), ez a gén számoltak be, hogy 180 SNP, ebből 15 SNP 3'UTR a TNFAIP2 katalógusa találhatók az előre jelzett miRNS kötőhelyek, de csak négy ilyen miRNS összefüggő SNP közös [azaz minor allél frekvenciája (MAF) > 0,05]. Ez a négy SNP rs8126 T > C (lokalizált belül kötõhelye miR-184), rs710100 G > A (a miR-155), rs1052912 G > A (a miR-105) és rs1052823 G > T (belül miR 550) (http://compbio.uthsc.edu/miRSNP) [ábra. 1A]. Katalógusa

A legújabb vizsgálatok kimutatták, hogy ezek a SNP miRNS kötőhelyek összefüggésben lehetnek az emberi rák kockázatát [15], [16]. Ezért azt feltételeztük, hogy a TNFAIP2
SNP társított érzékenységet gyomorrák. Ezen hipotézis, végeztünk egy eset-kontroll vizsgálatban, a szövetség között a négy TNFAIP2 katalógusa SNP miRNS kötőhelyek és a kockázat a gyomorrák egy amerikai nem latin-amerikai fehér lakosság. Katalógusa

anyagok és módszerek katalógusa

szakterületektől katalógusa

Vizsgálati alanyok voltak betegek újonnan diagnosztizált és szövettanilag igazolt gyomorrák The University of Texas MD Anderson Cancer Center (Houston TX) között 2002 márciusa és 2011. február akik vettek egy folyamatos eset-kontroll vizsgálat a gyomorrák. Ugyanakkor, a rák-mentes kontroll alanyok által felvett frekvenciát használva megfelelő életkor (± 5 év), a szex és az etnikai hovatartozás (nem latin-amerikai fehérek vs. mások) egy folyamatban lévő molekuláris epidemiológiai vizsgálata a fej-nyaki rák között 2002 és 2011-ben [17]. Ezek a rák-mentes kontroll alanyok nem a kórházi betegek, akik keresték az egészségügy, sem genetikailag nem rokon az esetben. További információk a kockázati tényezők, mint a dohányzás és az alkoholfogyasztás, gyűjtöttünk minden egyes jogosult támogatásra, aki informált beleegyező. A vizsgálati protokollt jóváhagyta a University of Texas MD Anderson Cancer Center intézeti etikai bizottság. Katalógusa

Genotyping katalógusa

A genomi DNS-t kivonjuk a buffy coat frakció minden vérminta segítségével Blood Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. DNS tisztaságát és koncentrációját spektrofotometriás mérésével abszorbancia 260 és 280 nm-es UV spektrofotométerrel. Katalógusa

A kiválasztott két TNFAIP2 katalógusa SNP, rs710100 és rs1052912, genotipizálása a Taqman módszertan 384-lyukú lemezeken, és olvassa el a Sequence Detection szoftver egy ABI-Prism 7900 eszköz szerint a gyártó utasításai Applied Biosystems (Foster City, CA), aki szintén mellékelt primerek és próbák. Minden lemez tartalmaz négy negatív kontrollok, sokszorosított pozitív kontrollok és nyolc ismétlődő mintát. A feltételek a amplifikáció a következők voltak: 50 ° C 2 perc, 95 ° C-on 10 percig, majd 40 ciklus 95 ° C-on 15 másodperc, és 60 ° C-on 1 percig.

Mivel a TaqMan assay nem volt alkalmas a másik két SNP, azaz rs8126 és rs1052823, azokat genotipizáltuk a PCR-restrikciós fragmens hossz polimorfizmus módszer, amelyben a primereket úgy terveztük, hogy új restrikciós helyeket és használt amplifikálására a fragmenseket, amelyek tartalmazzák a polimorfizmusok a mindkét két SNP. [18] a szekvenciákat a használt primerek genotipizálási esszék voltak: 5'-GGGGCCGGCTCTCTTGGGCC-3 'és 5'-CACACGTACAAAGACCTTGGGCATCC-3' a rs8126, és az 5'-CCTTCGGACTCAGGCATGACTC-3 'és 5'-GTAAGGCAGTACCTGGGAAAAGGGTA -3 'az rs1052823. A PCR profil állt egy kezdeti olvasztási lépésben 95 ° C-on 5 percig, 35 ciklus 95 ° C-on 30 s, 60 ° C-on 45 s és 72 ° C-on 1 percig és egy végső extenziós lépés: 72 ° C 10 perc. A PCR-termékek a rs8126 C allél 105 bázispár (bp) emésztünk a ApaI
I enzimet (New England Biolabs, Beverly, MA), hogy két fragmenst 85 bp és 20 bp, míg az rs1052823 G allél 108 bp-t emésztettünk a Rsa
I (New England Biolabs) a három fragmentumot a 83 bp, 15 bp és 10 bp. A vizsgálati siker aránya az összes genotípus > 99%, és az ismételt vizsgálatok: > 10% a mintákat 100 egybehangzó. Katalógusa

Statisztikai elemzés katalógusa

A χ ^{2 teszt végeztük, hogy összehasonlítsuk a megoszlása ​​demográfiai változók és egyes kockázati tényezők, mint a dohányzás és az alkoholos fogyasztások közötti esetek és a kontrollok. A Hardy-Weinberg teszteltük egy jóságát fit χ 2 teszt összehasonlítani a megfigyelt genotípus frekvenciák a várt is a rák-mentes ellenőrzéseket. Az egyesületek a genotípusok TNFAIP2 katalógusa SNP kockázata gyomorrák becsülték kiszámításával esélyrátákat (OR) és 95% -os konfidencia intervallum (CI) mindkét univiariate és többváltozós logisztikus regressziós modellek eset-kontroll vizsgálatok , majd rétegződés vizsgálata életkor (≤59 vs. > 59 éves korig), a nem, az etnikai hovatartozás (fehér, illetve a nem fehér), a dohányzás és az ivás állapotát. Mindezen elemzéseket végeztünk, vagy anélkül korrekció demográfiai változók és a kiválasztott kockázati tényezőket. Proc haplotípus SAS /Genetika szoftvert a várakozás-max-imization (EM) algoritmus végeztek, hogy a lehető legnagyobb valószínűség becslése haplotípus frekvenciákat. Haplotípusok frekvenciákkal < 5% egyesítjük egy csoportba. Minden vizsgálatot kétoldalas, és a P katalógusa < 0,05 volt a cutoff statisztikai jelentősége. Az összes statisztikai elemzést végeztünk Statistical Analysis System software (Version 9.2; SAS Institute, Cary, NC). Katalógusa}

Eredmények katalógusa

Demográfiai jellemzők és kockázati tényezők gyomorrák katalógusa

Ez a vizsgálat 301 gyomorrákos betegek és 313 ráktól mentes ellenőrzéseket. Az 1. táblázat összefoglalja a eloszlása ​​demográfiai jellemzők, és a kiválasztott kockázati tényezők a gyomorrák. Mivel a frekvencia megfelelő általunk használt vizsgálati terv nem volt szignifikáns különbség a disztribúció kor (átlagéletkor 59 év), nemek és etnikai. Úgy tűnik, nem volt különbség a dohányzás és az alkoholfogyasztás állapot közötti esetek és a kontrollok. Azonban ezek a változók tovább korrigált további többváltozós logisztikus regressziós modelleket, hogy ellenőrizzék az esetleges maradék zavaró a fő hatása a kiválasztott SNP. Katalógusa

TNFAIP2 katalógusa genotípusok és a kockázat a gyomorrák katalógusa

a genotípus eloszlása ​​a kiválasztott négy TNFAIP2 katalógusa SNP közötti esetek és a kontrollok felsorolása a 2. táblázatban megfigyelhető genotípus frekvenciái SNP mind megegyeznek azokkal, amelyeket várhatóan a Hardy-Weinberg az alanyok ( P katalógusa = 0,234 rs1052823 G > T, P katalógusa = 0,698 az rs710100 G > a és P katalógusa = 0,125 rs1052912 G > a), kivéve a rs8126 T > C ( P katalógusa = 0,013) azokban az esetekben. Az eloszlás a genotípusok TNFAIP2 katalógusa rs8126 T > C volt 56,48% TT, 32.56% CT és 10,96% a CC azokban az esetekben, amelyek lényegesen eltérnek a kontroll, ami 52,72% -os TT , 41.53 CT és 5,75 CC. Ez a különbség statisztikailag szignifikáns volt ( P katalógusa = 0,019) a recesszív modell (rs8126 T > C CC /TT + CT). (2. táblázat) hotelben

Továbbá, a TNFAIP2 katalógusa SNP rs8126 T > C, az egyetlen a négy kiválasztott TNFAIP2 katalógusa SNP miRNS kötőhelyek mutatott statisztikailag szignifikáns összefüggés további logisztikus regressziós analízis. Pontosabban, a rs8126 homozigóta CC genotípus összefüggés csak a kapcsolódó fokozott kockázata gyomorrák (korrigált OR = 1,76, 95% CI = 0,96-3,27 és P katalógusa = 0,072), míg a TT genotípusú, de ez a kockázat emelkedése (korrigált OR = 2,00, 95% CI = 1,09-3,64 és P katalógusa = 0,024), összehasonlítva a kombinált rs8126 T variáns allél (2. táblázat). Azonban a következő rétegzett elemzés kor, nem, etnikai hovatartozás, a dohányzás és az alkoholfogyasztás állapot, csak a alcsoportban a jelenleg dohányzók, de nem ivók, nem a fokozott kockázata továbbra is statisztikailag szignifikáns egy nagyobb változás a becslések (korrigált OR = 4,04 95% CI = 1,08-15,08 és P katalógusa = 0,038) (3. táblázat), bár az alcsoport csak korlátozott észrevételeit. Nincs más szignifikáns összefüggést találtak az elemzés együttes hatását mind a négy TNFAIP2 katalógusa SNP miRNS kötőhelyek. Katalógusa

TNFAIP2 katalógusa haplotípusok és a kockázat a gyomorrák

A haplotípusok is vizsgálták, hogy meghatározzák, hogy egy adott haplotípus társulhat gyomorrák kockázatát. Ábrán látható. 1B, TNFAIP2 katalógusa rs1052823 és rs1052912 vannak nagy kapcsolódási egyensúlyban (LD) (r ^{2 = 0,87); Következésképpen rs1052912 nem szerepelt a haplotípus analízis. Négy haplotípusokat kimutatták, hogy frekvenciák > 5% között minden esetben, míg a kevésbé gyakori haplotípus (frekvenciák < 5%) egyesítjük egy csoportba az elemzésben. A négy közös haplotípusok (rs8126 /rs1052823 /rs710100: T-G-G, C-G-A, T-G-A és a C-T-A) elszámolni 90,53% és 94,72% a kromoszómák az esetek és a kontrollok, ill. Azonban a gyakorisági eloszlását haplotípusok nem volt statisztikai különbség esetek és a kontrollok, valamint azok társulásai kockázatával gyomorrák nem volt szignifikáns is. További elemzést a másik ritka haplotípusok, a haplotípus rs8126 /rs1052823 /rs710100: CGG mutatott statisztikailag szignifikáns összefüggést a rák kockázatát (korrigált OR = 2,60, 95% CI = 1,39-4,85 és P katalógusa = 0,003) , míg a közös haplotípus TGG. (4. táblázat) hotelben}

Vita katalógusa

Ebben a kórház-alapú eset-kontroll vizsgálat során megállapítottuk, hogy a TNFAIP2 katalógusa miR-184 kötőhely variánsa rs8126 CC genotípus szignifikánsan összefüggött az emelkedett kialakulásának kockázatát gyomorrák recesszív genetikai modellt. Ebben rétegződés vizsgálata, ilyen hatással volt még nyilvánvalóbb az alcsoportban a jelenlegi itatók, ami csak a véletlen. Azonban nem volt statisztikai bizonyíték társulás kockázata a betegség variáns allél egyéb kiválasztott SNP, beleértve rs1052823 G > T, rs710100 G > A és rs1052912 G > A, sem az általános elemzések vagy rétegzett elemzés kor, nemre, etnikumra, dohányzást vagy ivást állapotát. Sőt, a haplotípus analízis nem tárt fel semmilyen további alcsoportok közös frekvencia nagy a kockázata. Katalógusa

A közelmúltban két genom asszociációs vizsgálatok (GWASs) arról számoltak be szignifikáns összefüggést számos genetikai variánsok gyomorrák kockázatát a kínai népesség valamint a japán és koreai lakosság [19], [20]. SNP-k A TNFAIP2
gén nem között a jelentett top-találatot, mert csak allélikus társulásai helyett genetikai modellek, mint például a recesszív modellben vizsgáltuk ezeket GWAS vizsgálatokban. A jelen tanulmány egy kis esetszám, a kiválasztott SNP rs8126 T > C SNP TNFAIP2 katalógusa miRNS kötő hely, SNP, amely nem volt benne, sem LD azokkal benne, a GWAS chip, társult gyomor rák. Ez a megállapítás azonban szükség további érvényesítését a nagyobb tanulmányok. Katalógusa

Kevés tanulmány vizsgálta a szerepe az SNP-k a miRNS kötőhelyek etiológiájában gyomorrák. Egy eset-kontroll vizsgálat egyesület egy japán populációban 552 esetben, és 697 kontroll bizonyította, hogy a rs2910164 CC genotípus előre miRNS (miR-146a) statisztikailag kapcsolódó fokozott kockázata gyomorrák [21]. Egy másik hasonló gyomorrák tanulmány a kínai népesség bizonyította jelentősen megnövekedett kockázata alanyoknál a variáns CC homozigóta miR-196a-2 összehasonlítva a vad típusú homozigóta TT és a heterozigóta CT hordozók. Ez az SNP is kimutatták, hogy egy erős asszociáció nyirokcsomó-metasztázis [22]. Hasonló hatásokat találtak a kombinált rs895819 AG + GG genotípusok óra-mir-27a egy kínai tanulmány által végzett Qingmin S és munkatársai katalógusa [23]. További funkcionális elemzések azt mutatták, hogy a C-variáns allél lehet felelős emelkedett expressziója miR-27a, csökkentve mRNS expressziója a megcélzott gén, ZBTB10 katalógusa (cink-ujj és BTB domént tartalmazó 10), egy lehetséges mechanizmus, amely a hsa-miR-27a katalógusa SNP szerepet játszik a gyomorrák érzékenység [23]. Azonban nem publikált tanulmány vizsgálta a szerepe a SNP tartózkodó miRNS kötő szekvenciát gyomorrákban. Katalógusa

TNFAIP2 katalógusa ( B94 katalógusa) egy citokin-vezérelt elsődleges válasz gén, amely eredetileg klónozták a TNF-α-indukálható átirat humán stimulált endoteliális sejtekben [15]. További vizsgálatok során azt találták, hogy lehet aktiválni eltérő tényezők TNF például az interleukin-1β vagy lipopoliszacharid [24]. A kifejezés a TNFAIP2 katalógusa már kiderült, hogy létezett az embrionális máj és a vese, valamint a férfi érett ivarsejtekből és vérképző és limfoid szövetek [25]. Bár a funkciója a TNFAIP2 katalógusa gén még nagyrészt ismeretlen, azt javasolták, hogy a TNFAIP2 katalógusa játszhat több szerepet a fejlesztés a szervekben, beleértve vasculogenesis, a vér sejtek differenciálódását vérképződés és spermatogenezisre . Továbbá, azt jelentették, hogy a gén represszált csontvelői sejtek akut promielocitás leukémiában (APL) a betegek és az, hogy a megcélzott mRNS-ek lehetnek up-által szabályozott ALL-tans-RA (retinsav) [26].

miR-184 egy egyetlen példányban gén és evolúciósan konzervált a nukleotid szinten legyek az emberre. Bár a funkciója még nem tisztázott, egyes vizsgálatok arra utaltak, miR-184, mint potenciális onkogén jelölt. Egy tanulmány pikkelysejtes karcinómája (SCC) a nyelv azt mutatta, hogy a miR-184 játszhat szerepet részben az anti-proliferációja és a nyelv SCC sejteket [27]. Egy másik tanulmány először bizonyította, hogy a miR-184 szignifikánsan csökkentette a tumor fejlődését és a megnövekedett teljes túlélés ortotopikus rágcsáló modellje neuroblasztóma [28]. Egy későbbi vizsgálat megállapította, hogy a miR-184 részt vett egy közös genetikai ösvényt célzó szerin /treonin kináz Akt2 által eljáró MYCN transzkripciós faktor, hogy gátolja a neuroblasztóma sejtek túlélését [29]. Együttesen ezek a vizsgálatok arra utalnak, hogy lehetséges szerepe a miR-184 modulálására a rák kockázatát. Azonban ez nem egyértelmű, hogy SNP annak kötőhelyek tovább módosítani moduláció.

A mi korábbi vizsgálatban 1,077 betegek laphámrák a fej és a nyak (SCCHN) és 1,073 rák-mentes ellenőrzések a nem latin-amerikai fehér lakosság, amely értékelte az egyesületek az SNP-k a TNFAIP 2

• PLoS One: epigenetikai elnémítása miR-338-3p Hozzájárul tumorgenézisre gyomorrákban megcélozva SSX2IP
• PLoS One: tumorba hipoxia Elősegíti Immune Tolerance indukálva szabályozó T-sejtek révén TGF-β1 a gyomor Cancer