Sfruttando la potenza della tecnologia all'avanguardia e dell'analisi dei "big data", i ricercatori della neonata Arizona COVID-19 Genomics Union (ACGU) vogliono capire meglio come questo virus potrebbe evolversi, come si trasmette, e come si sta muovendo attraverso la popolazione generale. Questo approccio epidemiologico molecolare combina i tradizionali metodi di epidemiologia con modelli evolutivi basati sull'analisi ad alta risoluzione del genoma del virus.
L'ACGU sequenzierà i campioni dei pazienti COVID-19 per analizzare i codici genetici del virus, seguire i suoi diversi ceppi, mostrare da dove proviene ogni campione, dove potrebbe essere stato trasmesso, e, possibilmente, rivelare dettagli che potrebbero fornire informazioni critiche per la diagnostica, bersagli di farmaci antivirali, e sviluppo di vaccini.
Solo utilizzando il sequenziamento genomico e analisi avanzate, possiamo iniziare a comprendere appieno questa malattia a livello molecolare, cercando le chiavi per svelare i suoi misteri. Abbiamo la capacità di sequenziare il genoma di ogni ceppo di ogni paziente, questo è ciò a cui stiamo lavorando".
Dott. David Engelthaler, Co-Direttore e Professore Associato della Divisione Patogeni e Microbiomi di TGen, il ramo delle malattie infettive a Flagstaff noto come TGen North
Il dottor Engelthaler è l'ex epidemiologo statale dell'Arizona e coordinatore statale della biodifesa. In precedenza era con il CDC, e ha condotto indagini su locali, epidemie nazionali e internazionali da oltre 25 anni, a partire dall'epidemia di hantavirus in Arizona del 1993-94. Coordinerà il nuovo sequenziamento genomico del virus SARS-CoV-2 della ACGU, che causa la malattia COVID-19.
Gli altri co-fondatori dell'Unione sono due dei principali scienziati dell'Arizona in malattie infettive:il dott. Paul Keim e il dott. Michael Worobey.
Il Dr. Keim è un esperto mondiale di agenti patogeni come la peste e l'antrace. Ha lavorato con l'FBI per risolvere il caso delle "lettere all'antrace" sulla scia dell'11 settembre. A NAU, è un Regents Professor di Biologia, detiene una cattedra in Microbiologia, ed è Direttore Esecutivo del Pathogen and Microbiome Institute (PMI). È illustre professore al TGen, Condirettore di TGen Nord, e fungerà da Direttore dell'ACGU.
"Le sequenze del genoma sono ideali per gli sforzi di ricerca scientifica distribuita e l'Arizona Union farà molto affidamento su studi nazionali e globali per monitorare la malattia. Tuttavia, è fondamentale che gli esperti regionali si impegnino in questo processo per massimizzare i benefici per i cittadini dell'Arizona, " ha detto il dottor Keim.
Il Dr. Worobey è il capo del Dipartimento di Ecologia e Biologia Evoluzionistica dell'Università dell'Arizona, ed è famoso in tutto il mondo per il suo lavoro sulle pandemie virali. Utilizzando l'epidemiologia genomica, ha tracciato definitivamente le origini e la diffusione mondiale dell'HIV, e determinò anche il motivo per cui la pandemia di "influenza spagnola" del 1918 uccise milioni di giovani adulti.
"L'analisi molecolare dei virus fornisce indizi cruciali su come iniziano le pandemie e su come combatterle, "ha detto il dottor Worobey. "Sfrutteremo la ricchezza di talenti e infrastrutture dell'Arizona in questa impresa".
L'Arizona COVID-19 Genomics Union è simile ad altri gruppi in tutto il mondo, lavorando per ottenere un punto d'appoggio su questo nuovo coronavirus. La rapida condivisione di dati e analisi è stata, e continua ad essere, critico per la scienza, comprensione medica e di salute pubblica della pandemia. Ironia della sorte, il primo epicentro statunitense di COVID-19, Seattle, è anche sede di NextStrain, la casa di Internet per il monitoraggio del genoma di questo e altri agenti patogeni.
Il consorzio di scienziati dell'Arizona spera che il loro sequenziamento regionale dia agli operatori sanitari dell'Arizona e ai responsabili delle politiche pubbliche un vantaggio nella risposta a questa pandemia.
Come NextStrain, ACGU renderà pubblici i suoi risultati; apertamente a disposizione di epidemiologi e virologi di tutto il mondo.
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