profili del numero di copie di DNA di lesioni cancro gastrico precursori

profili del numero di copie di DNA di lesioni cancro gastrico precursori
Abstract
sfondo
instabilità cromosomica (CIN) è il tipo più diffuso di instabilità genomica nei tumori gastrici, ma il suo ruolo nella trasformazione maligna della mucosa gastrica è ancora oscuro . Nel presente studio, abbiamo deciso di studiare se due categorie morfologicamente distinte di gastrici lesioni cancro precursori, cioè di tipo intestinale e adenomi delle ghiandole pilorica, avrebbe portato diversi modelli di copie del DNA cambia numero, forse riflettendo percorsi genetici distinti di carcinogenesi gastrica in questi due tipi di adenoma.
Risultati
Utilizzando una piattaforma di array di 5K BAC CGH, abbiamo dimostrato che le aberrazioni più comuni condivise dai 11 di tipo intestinale e 10 pilorica adenomi della ghiandola sono stati i guadagni dei cromosomi 9 (29%), 11q ( 29%) e 20 (33%), e la perdita di cromosomi 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) e 10 (33%). Le aberrazioni più frequenti in intestinale-tipo adenoma gastrica erano guadagni su 11q, 9q e 8, e le perdite sui cromosomi 5q, 6, 10 e 13, mentre in pilorica adenomi gastrica ghiandola questi erano i guadagni sul cromosoma 20 e le perdite su 5q e 6. Tuttavia, non sono state osservate differenze significative tra i due tipi di adenoma.
Conclusione
i risultati suggeriscono che i guadagni sui cromosomi 8, 9q 11q, e 20, e le perdite sui cromosomi 5q, 6, 10 e 13, probabilmente rappresentano presto eventi a carcinogenesi gastrica. Le entità fenotipiche, di tipo intestinale e adenomi delle ghiandole pilorica, tuttavia, non differiscono in modo significativo (p = 0,8) a livello del DNA variazioni del numero di copie.
Sfondo
cancro gastrico è la seconda neoplasia più frequente in tutto il mondo e la la prognosi di questa neoplasia è ancora scarsa [1]. tassi di incidenza e mortalità per cancro gastrico differiscono tra i vari paesi dell'Unione europea [2]. Nei Paesi Bassi si colloca al quinto posto come causa di morte per cancro, con circa 2.200 nuovi casi ogni anno [3]. La chirurgia con intento curativo è il trattamento di scelta nei casi avanzati di cancro gastrico, mentre locale mucosectomia endoscopico può essere curativa in cancro gastrico precoce. Rilevamento e la rimozione di neoplasie gastriche in uno stato precoce o addirittura pre-maligne contribuiranno a ridurre la morte a causa di cancro gastrico. Per raggiungere questo obiettivo, sono necessarie prove migliori per la diagnosi precoce del cancro gastrico, e una migliore comprensione della biologia di progressione del cancro gastrico è fondamentale a questo riguardo.
Secondo il modello Correa, patogenesi di tipo intestinale adenocarcinoma gastrico segue un percorso di gastrite cronica attiva a causa di infezione da Helicobacter pylori
, che porta alla mucosa atrofia, metaplasia intestinale seguita da neoplasia intraepiteliale e adenocarcinoma infine invasivo [4]. Caratterizzazione genetica di campioni di tessuto in fase di neoplasia intraepiteliale contribuirebbe sostanzialmente alla nostra comprensione della patogenesi molecolare del cancro gastrico. Tuttavia, queste lesioni sono solo raramente rilevati, forse a causa di rapida progressione attraverso questa tappa verso il cancro, e di solito sono presenti solo in alcune parti del campioni bioptici, ostacolando l'analisi genomica di queste lesioni. Analisi delle lesioni precursori alternativi potrebbe quindi, almeno in parte, essere un sostituto. Lo sviluppo di cancro gastrico attraverso uno stadio adenoma, anche se meno comune, è tale percorso alternativo. Questi adenomi sono occasionalmente rilevati durante la gastroscopia e presente come lesioni di grandi dimensioni che mostrano istologicamente neoplasia intra-epiteliale, che li rende adatti per l'analisi genomica. adenomi gastrico hanno un potenziale maligno diretta e rappresentano circa il 20% di tutti i polipi epiteliali [5, 6]. adenomi gastrici possono avere un tubolare classico, tubulovillous, o la morfologia dei villi con un tipo intestinale epitelio prevalentemente, ma possono anche apparire come adenomi delle ghiandole pilorica [6]. Pilorica adenomi della ghiandola derivano da profondi ghiandole mucoidi nello stomaco e sono fortemente positivi per mucina 6 [7, 8]. Un numero consistente di adenomi gastrici mostrano già la progressione di adenocarcinoma. Sulla prima diagnosi circa il 30-40% di tutti gli adenomi delle ghiandole pilorica già mostrano una particolare attenzione del carcinoma [9, 10]. Per intestinale-tipo adenomi questo numero è più bassa e varia dal 28,5% per adenomi villosi e 29,4% per adenomi di tipo tubulovillous a solo il 5,4% negli adenomi tubulari [11]. Entrambi gli adenocarcinomi, ex intestinali di tipo adenomi ed ex adenomi delle ghiandole pilorica, mostrano strutture ghiandolari, a differenza di diffondere tipo di cancro gastrico.
Una caratteristica fondamentale nella patogenesi della maggior parte dei tumori gastrici, come in molti altri tumori solidi, è instabilità cromosomica , con conseguente utili e le perdite di parti o cromosomi addirittura interi [12]. Queste modifiche cromosomiche possono essere analizzati mediante ibridazione genomica comparativa (CGH). Diversi studi precedenti hanno rilevato alterazioni genetiche in adenomi gastrica utilizzando questa tecnica, essendo i guadagni sul cromosoma 7q, 8q, 13q, 20q, e le perdite sul cromosoma 4p, 5q, 9p 17p e 18q [13-16]. Anche se raro e osservata solo negli adenomi con alto grado neoplasia intraepiteliale, amplificazioni di alto livello sono stati rilevati sui cromosomi 7q, 8p, 13q, 17q e 20q [13-16]. In adenocarcinomi gastrici, aberrazioni cromosomiche costantemente descritti sono guadagni sul cromosoma 3q, 7p, 7q, 8Q, 13q, 17q e 20q e le perdite sul cromosoma 4q, 5q, 6q, 9p, 17p e 18q. amplificazioni di alto livello sono stati ripetutamente rilevato 7q, 8p, 8Q, 17q, 19q e 20q [14, 17-23]. Eppure, aberrazioni cromosomiche, o numero di copie di DNA cambia, non sono uniformi nel cancro gastrico [24]. Sottogruppi con diversi modelli di numero di copia del DNA alterazioni possono essere riconosciuti, che hanno dimostrato di essere associati con l'esito clinico e [25].
Nel presente studio, abbiamo deciso di studiare se due categorie morfologicamente distinte di cancro gastrico lesioni precursori, cioè di tipo intestinale e adenomi delle ghiandole pilorica, avrebbe portato diversi modelli di copie del DNA cambia numero, forse riflettendo percorsi genetici distinti di carcinogenesi gastrica nei due tipi di adenoma.
sono stati osservati risultati
copia del DNA cambia numero di 10 su 11 intestinali di tipo adenomi e 9 su 10 adenomi delle ghiandole pilorica. Il numero medio di eventi cromosomiche, definiti come gli utili e le perdite, per tumore era 6,0 (range 0-18), compresi 2,9 (0-14 gamma) gli utili e 3,0 (0-7) intervallo perdite. In intestinali di tipo adenomi, il numero medio di eventi cromosomiche per tumore era 6.5 (range 0-18), di cui 3,4 (range 0-14) utili e 3.1 (0-7 range) perdite, e nella ghiandola pilorica adenomi la media numeri erano 5.4 (range 0-9), 2.4 (range 0-7) e 3.0 (range 0-7), rispettivamente.
Nel intestinali di tipo adenomi gastrici, le aberrazioni più comuni osservati sono stati i guadagni sui cromosomi 8, 9Q e 11q, e le perdite sui cromosomi 5q, 6, 10 e 13. In quattro adenomi (36,4%), il guadagno del cromosoma 11q23.3 è stata osservata con una comune regione di sovrapposizione di 2,6 Mb. Guadagno del cromosoma 9q è stato osservato in quattro adenomi (36,4%) con un 12,6 Mb regione comune di sovrapposizione localizzato sul cromosoma 9q33.1-q34.13. Gain del cromosoma 8 è stata osservata in tre adenomi (31%), di cui due adenomi guadagno mostrato dell'intero cromosoma 8, e il terzo adenoma mostrato un guadagno del cromosoma 8p-q22.3 con un ulteriore 28,7 guadagno Mb sul cromosoma 8q24.11 -qter. Inoltre, i guadagni sono stati osservati sui cromosomi 1, 3, 6p, 7, 11p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 e 22q. Non amplificazioni sono state osservate nei adenomi intestinali di tipo. Sono stati osservati
eliminazioni sul cromosoma 13 in sette adenomi intestinali di tipo (64%). Di questi, cinque hanno mostrato un 11,9 Mb delezione del cromosoma 13q21.2-21.33 con un ulteriore 7.7 Mb delezione sul cromosoma 13q31.1-31.3. Gli altri due adenomi hanno mostrato una delezione 16,6 Mb di 13q14.3-31. Una delezione sul cromosoma 6 è stata osservata in sei adenomi (55%), con una regione di sovrapposizione di 68.9 Mb situate 6cen-q22.1. Una delezione del cromosoma 5q è stato osservato in quattro adenomi (36%) con una regione comune di sovrapposizione localizzato sul cromosoma 5q22.1-q23.2. Inoltre, una delezione di intero cromosoma 10 è stato osservato in quattro adenomi (36%). Altre perdite osservate in intestinale tipo adenomi erano situati sui cromosomi 8q, 9p, 10, 12q, 20q e 21. Una panoramica di tutte le aberrazioni del numero di copie di DNA degli adenomi intestinali di tipo è illustrato in tabella 1.Table 1 Panoramica del DNA numero di copie cambia in 11 intestinale tipo adenomi

aberrazioni cromosomiche

Aggirare cloni


Tumori ID
Utili
perdite
dimensione
Segment (Mb)

Start

End
1
1p-p36.11
26.68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-q23 .2
55.26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13.78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52.05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17.32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4.80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39.63
RP11-200F15
RP11-62D23 2
1p -1p33
46.90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14.12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54.91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105.67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28.65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13.63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31.69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2.62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-q14 .1
10.57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18.24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12.49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-q21
57.26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 .1
5.97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22.46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81.24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61.01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5.09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19.60
RP1-138B7
CTB81F12 3
- Francia - Pagina 4
6p21.1
3.32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76.38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156.89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9.69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-q34 .13
12.58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3.04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17.05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11.68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-Q24 .3
8.92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53.40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8.06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33.72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11,75
RP11-322N7
RP11-1K22
6 3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88.49
RP11-91E17
RP11-86O4 7
156.09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144.26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11.86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9.62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1.41
RP11-212M6
RP4-586J11 7
5q21.1-qter
80.52
CTC -1564E20
RP11-281O15 10
132.19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8.76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74.37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-pter
31.18
RP11-147I11
RP11-12K1 10
133.18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39.71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77.65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63.31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60.87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31,25
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33.06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8.44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88.89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145.95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13.60
RP11-91G7
GS1-135I17 10
133.18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3.16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58.59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1.96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19 10
8q22.3-q23.3
12.93
RP11-142M8
RP11-143P23 10
134.52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18.03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8.99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11 -
-
L'aberrazione più frequente osservato in adenomi delle ghiandole pilorica sono stati i guadagni sul cromosoma 20 e le perdite sui cromosomi 5q e 6. Gli utili sul cromosoma 20 sono stati visti in quattro adenomi (40 %). Tre adenomi hanno mostrato un aumento di 9,8 Mb del cromosoma 20q13.12-q13.33, e il guadagno di tutto il cromosoma 20 è stata osservata in un altro adenoma. Inoltre, i guadagni sono stati visti sui cromosomi 1, 3q, 5q, 7, 9q, 11q, 12q, 13q, 15q, 17 e 22q. Un pilorica ghiandola adenoma mostrato amplificazioni, che si trova su 12q13.2-q21.1 e 20q13.3-q13.33.
Cinque adenomi pilorica della ghiandola (50%) hanno mostrato la perdita del cromosoma 5q, due delle quali avevano perso un intero cromosoma il braccio, mentre due adenomi ha mostrato un 22,4 Mb delezione di 5q11.2-q13.3 e uno adenoma una delezione 40,3 Mb di 5q21.1-q31.2. La perdita del cromosoma 6 è stato osservato in quattro adenomi pilorica della ghiandola (40%), tre dei quali hanno mostrato una completa perdita di 6q e un adenoma mostrato un 51,2 Mb delezione di 6p21.1-q16.3. Sono stati osservati Altre perdite cromosomiche sui cromosomi 1p, 2Q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20q, e 21. Una panoramica del numero di copie di DNA aberrazioni degli adenomi delle ghiandole pilorica è mostrato nella Tabella 2.Table 2 Panoramica del numero di copie di DNA cambia in 10 adenomi pilorica ghiandola

aberrazioni cromosomiche

cloni di accompagnamento


Tumori ID
Utili
perdite
dimensione del segmento (Mb )
Manager Inizia
Fine
12
1q21.3-q23.3
9.95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-q43
14.07
RP11-375H24
RP11-80B9
3q
111.59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 .3
9.11
RP11-20O22
RP11-451H23
6q
115.76
RP11-524H19
RP5-1086L22 7
156.09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77.48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63.47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 -
-
14 4
191.13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128.59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14q
83.81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89.71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10.84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16.81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16.04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-q15
2.58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6.86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32.53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13.57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110.28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17.72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10.84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1.96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-pter
35.59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203,62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66.00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40.27
CTD-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39.06
CTD-2323H12
RP11-451H23
6q
113.61
RP11-89D6
CTB-57H24 10
134.52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
36.14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11.24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-q21 .2
51.24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51.24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-q13
66.82
GS1-41L13
RP11-265B8 10
133.04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-q13 .3
24.64
RP4-592P18
CTD-2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-q26 .3
77.21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-q23
31.31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10.02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9p-q13
66.57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-q21 .1 (amplificazione)
19.50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55.56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-q23
23.28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (amplificazione)
14,62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43.15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130.26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62.57
CTB-62I11
RP11-506N21
6q
106.73
RP11-767J14
RP5-1086L22
Le aberrazioni più comuni condivisi da entrambi intestinale-tipo e pilorica adenomi della ghiandola erano guadagno del cromosoma 9 Q (29%), 11q (29%), e 20q (33%) e perdita del cromosoma 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) e 13q (48%). Confrontando intestinale-tipo e adenomi delle ghiandole pilorica, CGH multiarray rivelato otto cloni di essere significativamente diversi, sei dei quali si trovavano a cromosoma 6q14-q21 (p = 0,02 a 0,05) e due cloni sul cromosoma 9p22-p23 (p = 0,02 e 0,04 rispettivamente) (Figura 1). Non ci sono geni localizzati nelle regioni interessate da questi cloni sono stati conosciuti per essere coinvolti in processi biologici connessi con il cancro. Eppure, CGH multiarray Regione, dopo la correzione per la molteplicità, ha prodotto un tasso di falsi scoperta (FDR) del 1 per tutte queste regioni, indicando differenze significative tra i due diversi tipi di adenomi a livello cromosomico. Unsupervised cluster analysis gerarchica prodotto 2 cluster. Nessuna associazione significativa è stata trovata qui (p = 0,8). Figura 1 Confronto di DNA copia alterazioni numero di tipi di ghiandole adenomi intestinali gastrici e piloro. A p-value (asse Y) è stata calcolata per ogni clone, sulla base di un test di Wilcoxon con legami, e tracciati per cromosomico dal cromosoma 1 a 22 (asse X). Otto cloni hanno raggiunto il livello di significatività (p < 0,05)., Ma non è riuscito a mantenere un tasso di scoperta falsa significativamente basso dopo la correzione per il confronto multiplo
Discussione
Dato il fenotipo eterogeneo di cancro gastrico, il presente studio destinato principalmente per confrontare i cambiamenti del numero di copie tra adenomi intestinali di tipo e adenomi delle ghiandole pilorica, al fine di trovare conduce verso percorsi genetici coinvolti nella patogenesi del cancro gastrico. Adenoma a carcinoma progressione si osserva nel 30-40% dei adenomi ghiandola piloro e in circa il 5-30% degli adenomi intestinali di tipo (variabile da circa 5% in adenomi tubolari a quasi il 30% per adenomi tubulovillous e villi) [9-11], che indica il potenziale maligno diretta di questi due tipi di adenoma e facendo gastrica adenomi un modello adatto per la rilevazione di eventi precoci nella carcinogenesi gastrica.
pilorica adenomi della ghiandola costituiscono una entità recentemente riconosciuto [8, 26]. Per quanto a nostra conoscenza, questo tipo di adenomi non è mai stata analizzata da CGH array prima. Il numero medio di eventi in questo tipo di adenoma era 5,4 (0-9), con 2,4 (0-7) utili e 3 (0-7) perdite. Questo è comparabile con il numero medio di aberrazioni in intestinale tipo adenomi (6.5 (0-18), 3.4 (0-14) e 3,1 (0-7), rispettivamente). In adenomi delle ghiandole pilorica, eventi frequenti sono stati guadagno sul cromosoma 20 e le perdite sui cromosomi 5q e 6, mentre intestinali di tipo adenomi hanno mostrato principalmente guadagno sui cromosomi 8, 9q e 11q, e le perdite sui cromosomi 5q, 6, 10 e 13. In il presente studio, il guadagno del cromosoma 7 era meno comune di quanto trovato in precedenza [16]. Sebbene queste regioni frequentemente alterato differiscono tra i due tipi di adenomi, gruppo gerarchico analisi non separò i gruppi. Inoltre, CGH multiarray Regione non ha evidenziato differenze significative dopo la correzione per confronti multipli. Questa mancanza di differenze statisticamente significative potrebbe essere dovuto alla dimensione del campione limitata combinato con il fatto che, in generale, adenomi mostrano piccole aberrazioni cromosomiche. D'altra parte, potrebbe essere semplicemente che queste entità morfologicamente differenti non differiscono in termini di guadagni e perdite cromosomiche. Non trovando differenze significative a livello cromosomico non esclude che altri differenze genetiche e biologiche, come la mutazione o metilazione del promotore status di specifici geni.
Aberrazioni già rilevati negli adenomi possono essere eventi precoci del processo graduale di cambiamenti accumulare che possono causare la progressione di adenoma a carcinoma. Come previsto, il numero medio di eventi cromosomiche era inferiore negli adenomi rispetto ai carcinomi [13, 14, 27]. Inoltre, amplificazioni di alto livello sono rari negli adenomi, carcinomi mentre mostrano spesso amplificazioni di alto livello [13, 16].
Le aberrazioni si trovano in entrambi intestinale-tipo e adenomi delle ghiandole pilorica, come ad esempio le perdite sul cromosoma 5q, sono spesso anche rilevato in carcinomi gastrici [15, 19, 28]. Precedente CGH risultati hanno mostrato un numero significativamente più elevato di perdite cromosoma 5q in intestinale-tipo di carcinoma rispetto a diffondere tipo di carcinoma [29]. Cromosoma 6, ha perso anche in entrambi i tipi di adenomi, frequentemente viene eliminato in carcinomi gastrici come determinato da studi LOH [30, 31]. Inoltre, il cromosoma 6q delezione è stato segnalato per essere coinvolto in una fase iniziale della carcinogenesi gastrica, dal momento che le eliminazioni cromosoma 6q sono frequentemente rilevati nel cancro gastrico precoce e anche in metaplasia intestinale [31, 32]. Perdite di cromosomi 10 e 13 sono stati precedentemente osservati negli adenomi a frequenze più basse. In carcinomi gastrici, entrambi utili e le perdite del cromosoma 10 e 13 sono stati osservati da studi CGH precedenti [15, 19, 21, 33]. Cromosoma 10 porti l'oncogene FGFR2
(10q26) e soppressore del tumore geni PTEN /MMAC1
(10q23) e DMBT1
(10q25-q26), entrambi coinvolti nella cancerogenesi, il che potrebbe spiegare l'osservazione di entrambi i guadagni e perdite di cromosomi 10 in carcinomi gastrici [34-36]. Infatti cromosoma 13 porti tumorali geni soppressori quali BRCA2
(13q12.3) e del gene retinoblastoma (RB1
) (13q14). Al contrario, il guadagno del cromosoma 13q è stata correlata alla progressione colorettale adenoma a carcinoma, e l'amplificazione del cromosoma 13 è stato osservato negli adenomi gastriche con neoplasia intraepiteliale gravi [14, 37]. Il ruolo preciso del cromosoma 13 aberrazione cancro gastrico resta dunque da risolvere. Sono stati osservati
numero più frequente di copia guadagni sui cromosomi 8, 9q 11q, e 20. In particolare i guadagni di cromosomi 8 e 20 sono in linea con le precedenti (array) studi CGH in entrambi adenomi e carcinomi gastrici gastrici [13-16, 19, 25], che implicano questa come eventi precoci nella tumorigenesi. Anche se l'aumento del cromosoma 11q, non è stato descritto come un evento frequente negli adenomi, carcinomi in guadagno o di amplificazione sul cromosoma 11q è comune [13-16]. Nel presente studio guadagno del cromosoma 11q è stato spesso osservato nei adenomi, che implica il potenziale maligno di questi adenomi.
Conclusione
Questi dati indicano che i guadagni sui cromosomi 8, 9q 11q, e 20 e le perdite su cromosomi 5q, 6, 10 e 13 sono eventi precoci nella carcinogenesi gastrica. Nonostante le differenze fenotipiche, di tipo intestinale e pilorica adenoma ghiandola non differiscono in modo significativo a livello di DNA copia cambiamenti numerici.
Metodi
Materiale
Ventuno inclusi in paraffina adenomi gastrico, 11 di tipo intestinale e 10 adenomi delle ghiandole pilorica, sono stati inclusi in questo studio (Figura 2A e 2B). dati tumorali e pazienti sono riportati in Tabella 3. Per ogni caso, una superficie tumorale costituito per almeno il 70% delle cellule tumorali è delimitata su un ematossilina 4 micron e eosina sezione di tessuto tinto. Adiacente 10-15 sezioni di tessuto di serie di 10 micron sono state colorate con ematossilina e la zona tumorale corrispondente è stata microdissezionate con una lama chirurgica. Una sezione finale 4μm "sandwich" è stata fatta e colorato con hemotoxylin eosina, da confrontare con la prima slitta come controllo. Dopo deparaffinizzazione, il DNA è stato estratto con un metodo basato su colonne (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table 3 tumorale e le informazioni del paziente
Tumori ID
tipo Adenoma
grado di displasia
genere

Età
Tumori ID
tipo Adenoma
grado di dysplasie
Sesso
Età
1
intestinale
Moderato
Maschio
75
12
ghiandola pilorica
Moderato
Maschio
78 2
intestinale
moderato Maschio
45
13
pilorica ghiandola
Mild Maschio
50 3
intestinale
Moderato
Maschio
80
14
pilorica ghiandola
grave
femminile
76 4
intestinale
Moderato
Maschio
79
15
ghiandola pilorica
moderato
femminile
85
5
intestinale
Moderato
Maschio
76
16
pilorica ghiandola
Moderato
Maschio
63
6
intestinale
Moderato
Maschio
75
17
pilorica ghiandola
Mild femminile
86 7
intestinale

Mild Maschio
57
18
ghiandola pilorica
Moderato
femminile
59 Pagina 8
intestinale
Moderato
Maschio 64
19
ghiandola pilorica
Moderato
Maschio
69
9
intestinale
Mild
Maschio
63
20
pilorica ghiandola
Moderato
femminile
78 10
intestinale
Mild Maschio
75
21
pilorica ghiandola
moderato
Maschio
?
11
intestinale
Moderato
femminile
45
Figura 2 Haematoxilin e eosina (ingrandimento originale × 400) di tipo intestinale (A) e la ghiandola del piloro ( B) adenomi gastrici. A. intestinale-tipo adenoma dello stomaco composto da ghiandole irregolarmente disposte composti di tipo intestinale epitelio con citoplasma eosinofilo e nuclei allargati. B. pilorica adenoma ghiandole dello stomaco composto da densamente back to back ghiandole imballato composto da cellule con citoplasma pallido e piccoli nuclei ipercromatici rotonde.
DNA genomico ottenuto dal sangue periferico da dieci individui normali è stato messo in comune (sia dieci femmine o maschi dieci , a seconda del sesso del paziente da cui è stato ottenuto un adenoma) e utilizzato come DNA riferimento di controllo.
Array CGH
Array CGH è stata effettuata essenzialmente come descritto in precedenza [39]. In breve, 300 ng tumorali e di riferimento DNA, il sesso-disadattamento come controllo sperimentale, sono stati etichettati da innesco casuale (Bioprime DNA Labelling System, Invitrogen, Breda, NL), ciascuna in un volume di 50μL. nucleotidi non incorporati sono stati rimossi con ProbeQuant G-50 microcolonne (Amersham Biosciences). Cy3 etichettato test del DNA genomico e Cy5 etichettato riferimento del DNA sono state combinate e co-precipitato con 100 mcg di umana Cot-1 DNA (Invitrogen, Breda, NL) con l'aggiunta di 0,1 volume di 3 M acetato di sodio (pH 5,2) e 2,5 volumi di ghiaccio freddo 100% di etanolo. Il precipitato viene raccolto mediante centrifugazione a 14.000 rpm per 30 minuti a 4 ° C, e disciolto in una miscela di ibridazione 130 microlitri contenente 50% formammide, 2 × SCC e 4% SDS. La soluzione di ibridazione è stata riscaldata per 10 minuti a 73 ° C per denaturare il DNA, seguito da 60-120 minuti di incubazione a 37 ° C per consentire al DNA Cot-1 per bloccare sequenze ripetitive. La miscela è stata ibridata su una matrice contenente circa 5000 cloni macchiato in triplice copia e sparsi lungo l'intero genoma con una risoluzione media di 1.0 Mb. I cloni sono composti del clone Sanger BAC impostato con una risoluzione media lungo l'intero genoma di 1,0 Mb [40], il OncoBac set [41], e cloni di interesse, ottenuti dai bambini Hospital Oakland Research Institute (CHORI) selezionato. I cloni selezionati comprendono una collezione di cloni BAC sul cromosoma 6 colmare le lacune più grandi di 1 MB e contigs a copertura totale su regioni specifiche sui cromosomi 8, 13 e 20. L'ibridazione è stata eseguita in un in una stazione di ibridazione (Hybstation12 - Perkin Elmer life Sciences, Zaventem, BE) e incubate per 38 ore a 37 ° C. Dopo l'ibridazione, i vetrini sono stati lavati in una soluzione contenente 50% formammide, 2 × SCC, pH 7 per 3 minuti a 45 ° C, seguita da fasi di lavaggio 1 minuto a temperatura ambiente con PN tampone (PN: 0.1 M sodiumphosphate, 0,1% Nonidet P40, pH 8), 0,2 × SSC, 0,1 × SCC e 0,01 × SCC. all'acquisizione Immagine Stock e analisi dei dati
Immagini degli array sono stati acquisiti mediante scansione (Agilent DNA microarray, scanner tecnologie Agilent, Palo Alto, stati Uniti d'America ) e la quantificazione delle intensità di segnale e di sfondo per ogni posto per i due canali Cy3 e Cy5 è stata eseguita da Imagene software 5.6 (Biodiscovery Ltd, Marina del Rey, CA, USA). sfondo locale è stato sottratto dal segnale intensità e tumori a fare riferimento rapporti mediani sono stati calcolati. I rapporti sono stati normalizzati contro la modalità dei rapporti tra tutti gli autosomi. Cloni con scarsa qualità di uno dei triplicati e ibridazione con una deviazione standard (SD) ≤ 0,22 o cloni con > Il 50% dei valori di tutti gli adenomi mancante sono stati esclusi, lasciando 4648 cloni per ulteriori analisi. Tutte le successive analisi sono state effettuate considerando la posizione clone dal gelo UCSC Maggio 2004 dell'Umano Golden Path.
Array CGH liscio [42, 43], è stato utilizzato per il rilevamento automatico dei punti di interruzione per determinare copia guadagni e le perdite numerici. Poiché variazione della qualità si osserva in DNA ottenuti da tessuti gastrici inclusi in paraffina fissati in formalina, sono stati applicati diversi parametri di livellamento, a seconda della qualità dell'ibridazione. Per CGH array profili con una deviazione standard minore o uguale a 0.15, tra le 0.15 e 0.20 o tra 0.20 e 0.22, l'applicazione lisciatura parametri per determinare gli utili e le perdite sono state di 0,10, 0,15 e 0,20, rispettivamente. Log 2 tumore di riferimento rapporto superiore a 1 è stato considerato come l'amplificazione. Analisi statistica

incustodito cluster gerarchica è stata effettuata per analizzare la distribuzione dei profili genomici di tutti gli adenomi che utilizzano il software TMEV 3.0.3 [44] . Sulla base di registro lisciato normalizzato 2 tumore ai normali rapporti di intensità di fluorescenza, una struttura gerarchica è stato costruito utilizzando i parametri di collegamento completa e distanza euclidea. Pearson Test chi-quadro è stato utilizzato per analizzare le correlazioni tra l'appartenenza al cluster e il tipo di adenoma (SPSS 11.5.0 per le finestre, SPSS Inc., Chicago, IL, USA).

• L'abbassamento del connettivo fattore di crescita del tessuto inibisce la crescita e l'invasione delle cellule di cancro gastrico e attenua peritoneale dissemination
• Associazione tra Helicobacter pylori genotipi e la gravità della gastrite cronica, ulcera peptica e della mucosa gastrica interleuchina-8 livelli: Prove da uno studio in Medio Oriente