Een IGS-studie die de ontwikkeling van VIRGO beschrijft en het nut ervan in onderzoek aantoont, werd vandaag gepubliceerd in Natuurcommunicatie .
"De waarde van VIRGO is dat het zowel fungeert als een centrale opslagplaats en een zeer schaalbare tool voor snelle, nauwkeurige karakterisering van vaginale microbiomen, " zei hoofdauteur van de studie Bing Ma, doctoraat, Onderzoeksmedewerker bij de afdeling Microbiologie en Immunologie van het Institute for Genome Sciences (IGS) bij UMSOM. "VIRGO is vooral handig voor gebruikers met beperkte rekenvaardigheden, die een grote hoeveelheid sequencing-gegevens willen analyseren en met toegang tot een beperkte computerinfrastructuur."
De gemeenschap van microben (microbiota) die de menselijke vagina bewonen, spelen een cruciale rol bij gezondheid en ziekten, maar de huidige kennis van de genetische en functionele diversiteit van microbiomen is nog beperkt. Wetenschappers weten dat optimale vaginale microbiomen meestal worden gedomineerd door een of meer soorten Lactobacillus, waaronder Lactobacillus crispatus, L. gasseri en L. jensenii. Onderzoek suggereert dat deze nuttige bacteriën grote hoeveelheden melkzuur produceren, wat leidt tot een zure omgeving die beschermt tegen schadelijke infecties. Onderzoekers willen meer weten, echter, over hoe deze bacteriën bijdragen aan de gezondheid en ziekte van een vrouw.
VIRGO zou dat doel kunnen vergemakkelijken met bijna 1 miljoen genen in de catalogus, elk geannoteerd met de naam van de bacterie die het draagt en met zijn functie, het verschaffen van een samenstelling en functionele karakterisering van vaginale microbiomen. De onderzoekers schatten dat VIRGO meer dan 95 procent van alle genen bevat die in vaginale microbiomen worden aangetroffen. VIRGO is dus alomvattend en het onderzoeksteam toonde aan dat het van toepassing is op populaties uit Noord-Amerika, Afrika en Azië. uiteindelijk, VIRGO en het bijbehorende analytische raamwerk zullen de analyse en interpretatie van grote metagenomische en meta-transcriptomics datasets vergemakkelijken en standaardiseren. VIRGO en de bijbehorende bestanden zijn gratis beschikbaar op deze website.
De bron is geconstrueerd met behulp van een combinatie van metanomen waarvan de sequentie is bepaald bij IGS en urogenitale bacteriële isolaatgenomen die gedeeltelijk zijn gedownload van openbare repositories. Sequencing werd uitgevoerd via Maryland Genomics, dat deel uitmaakt van de IGS en bestaat uit het Genomic Resource Centre (GRC), Informatic Resource Center (IRC) en het Microbiome Service Laboratory (MSL). Er werden innovatieve analytische strategieën toegepast om VIRGO, gebruikmakend van de computationele infrastructuur en expertise van de IGS Microbiome-groep.
VIRGO zal de analyse vergemakkelijken van gegevens die nu gebruikelijk zijn in microbioomonderzoeken en uitgebreid inzicht verschaffen in microbieel lidmaatschap, functie, en ecologisch perspectief van het vaginale microbioom."
Michaël Frankrijk, doctoraat, Postdoctoraal onderzoeker bij het Institute for Genome Sciences (IGS) bij UMSOM, en co-auteur van de studie
Het team demonstreerde de kracht van VIRGO bij het analyseren van meer dan 1, 500 vaginale metanomen. Daarbij, het onderzoeksteam ontdekte dat vaginale bacteriën genetisch meer divers zijn dan oorspronkelijk werd gedacht, wat betekent dat vrouwen elk hun eigen gepersonaliseerde versie van deze bacteriën dragen. Belangrijker, ze ontdekten dat optimale vaginale microbiota gedomineerd door Lactobacillus-soorten eigenlijk gemaakt zijn van verschillende stammen van dezelfde soort. Elke soort voegt een unieke functie toe aan de gemeenschap, en de combinatie van deze stammen bepaalt de sterkte van de beschermende eigenschappen van de optimale vaginale microbiota.
"Deze bevinding is een paradigma veranderende ontdekking, omdat het het veld verwijdert van het idee dat een enkele stam van Lactobacillus verantwoordelijk is voor een optimaal microbioom, zei Jacques Ravel, doctoraat, Hoogleraar Microbiologie en Immunologie, Associate Director en Senior Scientist bij het Institute for Genome Sciences (IGS) bij UMSOM.
Terwijl de IGS-onderzoekers VIRGO blijven updaten en uitbreiden, ze zullen hun begrip vergroten van de rol die het vaginale microbioom speelt bij aandoeningen zoals bacteriële vaginose, seksueel overdraagbare aandoeningen en ongunstige verloskundige uitkomsten, waaronder vroeggeboorte. Hun onderzoek wordt gefinancierd door het National Institute of Health (NIH), Nationaal Instituut voor Verpleegkundig Onderzoek (NINR), Nationaal Instituut voor Allergieën en Infectieziekten (NIAID), en de Bill en Melinda Gates Foundation.
"Er worden belangrijke inspanningen geleverd door de UMSOM-faculteit om ons groeiende begrip van met de mens geassocieerde microbiële gemeenschappen te vertalen naar klinische biomarkers en behandelingen, " zei UMSOM-decaan E. Albert Reece, MD, doctoraat, MBA, die tevens Executive Vice President voor Medische Zaken is, University of Maryland en de John Z. en Akiko K. Bowers Distinguished Professor. "Dit baanbrekende onderzoek biedt krachtige, openbaar beschikbare tools voor onderzoekers die zich bezighouden met belangrijke gezondheidsproblemen voor vrouwen."
Mensen versus virussen - Kunnen we uitsterven in de nabije toekomst voorkomen?
Koffie helpt bij het ontwikkelen van gezonde darmmicroben en bevordert de stoelgang
Waterstofademhaling komt niet van Bikini-atol
Studie werpt licht op de oorzaken van slopende darmpijn
Maatregelen om overdracht van SARS-CoV-2 via afvalwater in arme regio's te voorkomen
Plantaardig dieet kan je reumatoïde artritis genezen
Witte bloedcellen en hun rol in de hersenen
In een baanbrekend onderzoek een groep internationale onderzoekers heeft ontdekt dat de hersenen specifieke interne immuuncellen hebben die helpen bij de normale ontwikkeling van de hersenen en een ro
Wetenschappers ontwikkelen peptiden die het evenwicht in darmbacteriën herstellen en atherosclerose omkeren
Onderzoekers blijven de rol van darmbacteriën op de gezondheid onderzoeken, inclusief de link naar depressie, auto-immuunziekten, mentale gezondheid, en obesitas. Nutsvoorzieningen, een team van wet
Alcohol beschadigt het microbioom in de mond
Een nieuwe studie heeft aangetoond dat alcohol de natuurlijke bacteriële omgeving in de mond verandert en beschadigt. De studie getiteld, Het drinken van alcohol wordt geassocieerd met variatie in het