Stomach Health > Maag Gezondheid >  > Q and A > maag vraag

Studie:sequencing van het hele genoom kan surveillance verbeteren,

controle van gastro-enteritis Een nieuwe studie naar een van de belangrijkste oorzaken van gastro-enteritis in het VK heeft aangetoond hoe sequencing van het hele genoom de bewaking en beheersing van de ziekte kan verbeteren.

Clostridium perfringens bacteriën zijn verantwoordelijk voor naar schatting 80, 000 gevallen van diarree in het VK per jaar, hetzij door voedselvergiftiging, hetzij door niet door voedsel overgedragen nosocomiale oorsprong. Voor de meesten, de symptomen zijn onaangenaam, maar verdwijnen normaal gesproken binnen 24 uur.

Echter, in zeer zeldzame gevallen, C. perfringens infectie kan zich ontwikkelen tot ernstigere vormen. Voor kwetsbare groepen zoals ouderen die in verzorgingshuizen wonen, een langduriger slopende chronische infectie kan optreden die in zeldzame gevallen fataal kan zijn.

Om dit probleem te helpen bestrijden, we hebben meer informatie nodig over hoe deze bacteriën zich verspreiden en mensen infecteren. Onderzoekers van het Quadram Institute hebben samengewerkt met Public Health England om te analyseren C. perfringens door voedsel en niet door voedsel overgedragen uitbraken over een periode van 7 jaar in Engeland en Wales.

Samenwerken met collega's van de Universiteit van Cambridge, ze hebben sequentiebepaling van het hele genoom gebruikt om een ​​gedetailleerde analyse uit te voeren van de bacteriestammen die geassocieerd zijn met het veroorzaken van menselijke gastro-enteritis. 109 monsters van C. perfringens geïsoleerd uit ziektegevallen of voedsel waarvan vermoed wordt dat het tussen 2011 en 2017 infecties veroorzaakte in Engeland en Wales, waarvan de sequentie van het hele genoom werd bepaald.

Dit maakte een analyse mogelijk van de aanwezige genen die verantwoordelijk zijn voor de toxineproductie, evenals verwante kenmerken die infectie helpen, zoals antimicrobiële resistentie.

belangrijk, vergelijkende analyse van de verschillende genomen laat de onderzoekers zien hoe verwant de verschillende stammen zijn, wat een belangrijke manier is om te achterhalen waar ze vandaan komen.

Het team, publiceren in het tijdschrift Microbiële genomica , ontdekte dat negen verschillende uitbraken in verband met verzorgingshuizen in Noordoost-Engeland over een periode van vijf jaar werden veroorzaakt door zeer nauw verwante
stammen van C . perfringens . Dit duidt op een mogelijke gemeenschappelijke bron die hen verbindt, hoewel de exacte bron niet kan worden vastgesteld na de gebeurtenis.

Met behulp van hele genoomsequencing voor routinematige surveillance, vooral op plaatsen zoals verzorgingshuizen waar kwetsbare mensen bescherming nodig hebben, kan van cruciaal belang zijn bij het voorkomen van toekomstige verspreiding van uitbraken en bij het snel opsporen van de bronnen van besmetting.

Naast het monitoren van uitbraken, breder toezicht zou essentiële gegevens uit verschillende bronnen kunnen opleveren die onderzoekers zullen helpen meer over de bacteriën te begrijpen, hoe ze overleven en waarom ze ziekte veroorzaken.

'Dit is een opwindende studie die de kracht van samenwerkingen tussen academische instellingen zoals Quadram Institute en volksgezondheidsautoriteiten zoals Public Health England benadrukt, en hoe geavanceerde benaderingen kunnen worden gebruikt om belangrijke met voedselvergiftiging geassocieerde bacteriën te profileren en op te sporen", zegt dr. Lindsay Hall van het Quadram Institute.

"We hopen de gegenereerde informatie te gebruiken om mogelijke stammen van te identificeren Clostridium perfringens die kunnen worden geassocieerd met uitbraken, zodat we in de toekomst interventiestrategieën kunnen ontwikkelen om verspreiding te voorkomen."

De onderzoekers werden ondersteund door financiering van de Biotechnology and Biological Sciences Research Council, de Wellcome Trust en het Food Standards Agency.

De gegevens die in dit onderzoek zijn verkregen, hebben aangetoond dat de genen die coderen voor het belangrijkste toxine dat verantwoordelijk is voor het veroorzaken van gastro-enteritis, niet beperkt zijn tot het bacteriële chromosoom, maar ook kunnen worden gedragen op virulentieplasmiden die rond bacteriën kunnen worden overgedragen.

Verdere gegevens zullen meer kennis opleveren over hoe de virulentiefactoren worden verspreid en zullen helpen bij het identificeren van reservoirs van persistente bacteriën. Dit zal helpen bij het verbeteren van interventiestrategieën en manieren om uitbraken en infecties te voorkomen en uiteindelijk kwetsbare gemeenschappen te beschermen.