Helgenomstudie av IBD hos afroamerikaner avslöjar ett annat genetiskt risklandskap

I afroamerikaner, det genetiska risklandskapet för inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) skiljer sig mycket från människor med europeiska anor, enligt resultaten av den första helgenomstudien av IBD hos afroamerikaner. Författarna säger att framtida klinisk forskning om IBD måste ta hänsyn till anor.

Resultaten av multicenterstudien, som analyserade hela genomerna på mer än 1, 700 drabbade personer med Crohns sjukdom och ulcerös kolit och mer än 1, 600 kontroller, publicerades den 17 februari i American Journal of Human Genetics .

Som en del av deras analys, forskarna utvecklade en algoritm som korrigerar för anor när man beräknar en IBD -polygen riskpoäng. Polygena riskpoäng är verktyg för att beräkna genbaserad risk för en sjukdom, som används för IBD liksom andra komplexa tillstånd såsom kranskärlssjukdom.

Även om sjukdomsdestinationen ser likadan ut, befolkningen ser väldigt olika ut, när det gäller vilka specifika gener som bidrar till risken för IBD. Det visar att du inte kan utveckla en polygen riskpoäng baserad på en population och tillämpa den på en annan. "

Subra Kugathasan, MD, Huvud författare

Kugathasan är vetenskaplig chef för det pediatriska IBD-programmet och chef för Children's Center for Transplantation and Immune-mediated Disorders at Children's Healthcare of Atlanta, liksom Marcus professor i pediatri och humangenetik vid Emory University School of Medicine.

Tidningens första författare är genetikern Hari Somineni, Doktorsexamen, som tog sin doktorsexamen med Kugathasan på Emory, och arbetar nu på Goldfinch Bio i Massachusetts.

De primära platserna för att rekrytera studiedeltagare var Emory, Cedars-Sinai och Rutgers, tillsammans med Johns Hopkins och Washington University i Saint Louis. Tillsammans med Kugathasan, medförfattarna och medarrangörerna av studien var Steven Brant, MD från Rutgers och Dermot McGovern, MD, Doktorand från Cedars-Sinai.

"Ett av våra mål för behandling av IBD är att gå mot en mer personlig strategi, "säger McGovern, Joshua L. och Lisa Z. Greer Chair i Inflammatory Bowel Disease Genetics på Cedars-Sinai. "Att dechiffrera den genetiska arkitekturen är en viktig del av detta arbete. Studier som denna är avgörande för att säkerställa att olika befolkningsgrupper, inklusive afroamerikaner, dra nytta av de enorma framsteg som genomisk medicin utlovar. "

Att ha en första graders släkting med en form av IBD ger en större risk än någon känd miljöfaktor. Afroamerikaner anses konventionellt ha mindre risk för IBD, men Kugathasan säger att synen kan återspegla skillnader i diagnos och tillgång till vård.

Studien visade att den viktigaste genetiska risken för IBD hos afroamerikaner - PTGER4 - är relativt liten i europeiska härkomstpopulationer, Säger Kugathasan. I kontrast, två genlokus som är viktiga hos européer - NOD2 och IL23R - spelar mindre roller hos afroamerikaner.

Det finns en viss överlappning i genetiska riskfaktorer baserat på att den afroamerikanska befolkningen historiskt sett har cirka 20 procent europeisk genetisk bakgrund, med kända IBD -riskfaktorer som IL23R som kommer från europeisk sida.

2016, forskargruppen publicerade den första genomomfattande associeringsstudien av IBD hos afroamerikaner, identifiera regioner av genomet som är associerade med ulcerös kolit endast hos människor av afrikansk härkomst.

Framtida kliniska studier av IBD -behandlingar måste ta hänsyn till den specifika populationens genetiska bakgrund, Säger Kugathasan. Flera terapier utvecklas för IBD riktad mot IL23 -receptorvägen, delvis för att IL23R är en viktig genetisk riskfaktor, med lite fokus på PTGER4. Det måste förändras, han säger.

Den aktuella studien identifierade också sällsynta genetiska varianter som ger IBD -risk som är specifika för afroamerikaner, som inte observerats i tidigare studier. Varianterna är kopplade till den gen som kodar för kalbindin 2 (CALB2), ett protein som är involverat i signalering av nervsystemet.

Vad studien inte fann - en besvikelse för forskarna - var en mängd sällsynta genetiska varianter som förklarar "saknad ärftlighet" i IBD bland afroamerikaner. I genom-omfattande associeringsstudier, saknad ärftlighet hänvisar till sjukdomsrisk som inte står för vanliga genvarianter.

För framtiden för IBD -fältet, Kugathasan säger studier av gen -miljöinteraktioner - undersöker faktorer som kost, mikrobiom, eller giftiga exponeringar-kan ge insikter som genomomfattande associeringsstudier inte har.

• Länder med äldre befolkningar har högre SARS-CoV-2-infektioner och dödsfall,
• Husdjur som osannolikt kommer att överföra SARS-CoV-2,