GW-ledt konsortium får 2,2 miljoner dollar från FDA för Biocompute Object Specification Project

Ett konsortium som leds av George Washington University (GW) har återbetalats för deras BioCompute Object Specification Project, tack vare 2,2 miljoner dollar femårigt bidrag från U.S. Food and Drug Administration (FDA). BioCompute Object Specification Project, som lanserades hösten 2017, ger välbehövliga standarder för att kommunicera beräkningar med hög genomströmningssekvensering (HTS) och dataanalys, kallas BioCompute Objects (BCO).

Detta community-driven projekt arbetar för att effektivisera data och arbetsflödesutbyte mellan FDA, forskare, läkemedelsföretag, och bioinformatik teknikutvecklare. Under de senaste åren har konsortiet organiserade regelbundna öppna möten, inklusive en årlig workshop för att låta deltagarna expandera, förfina, och prioritera behovet av standardrapportering samtidigt som de diskuterar sina egna intressentspecifika krav på en standard. Efter dessa workshops, BioCompute Object Specification Document publicerades - ett 2017 och ett annat uppdaterat dokument 2018 - för att kommunicera bästa praxis. I det GW-ledda konsortiet ingår experter från DNAnexus, Galaxy Project, Sju broar, och mer.

För att hjälpa till med att driva personlig medicin, vi måste hitta ett bättre sätt att jämföra och bygga på genomisk data som kan ge insikter om cancer, anor, mikrobiomdynamik, metagenomik, och mer. Det är här BioCompute Object Specification Project kommer in. "

Raja Mazumder, Doktorsexamen, projektets huvudutredare och professor i biokemi och molekylär medicin vid GW School of Medicine and Health Sciences

Standarden utvärderas för närvarande av Institute of Electrical and Electronics Engineers Standards Association för att bli en officiellt erkänd standard. Eftersom upprättande och underhåll av HTS -standarder för validering av data, beräkning och driftskompatibilitet är avgörande för FDA:s regleringsuppdrag, konsortiet syftar till att skapa en medföljande databas (BioComputeDB). Detta kommer att innefatta utveckling av mekanismer för överföring av BCO, uppdateringar av den tekniska specifikationsdokumentationen, och ordnar regelbundna informationssessioner för FDA -personal om skapande och användning av BCO.

"Jag tror att vår föreslagna databas och mekanism för överföring av BCO har potential att effektivisera inlämningsprocessen, "sa Jonathon Keeney, Doktorsexamen, medforskare i projektet och biträdande forskningsprofessor i biokemi och molekylärmedicin vid GW School of Medicine and Health Sciences. "Vi planerar att arbeta med FDA -personal mycket nära för att se till att projektet stöder deras uppdrag, och att det också tillgodoser behoven hos andra medlemmar i samhället. "

BioCompute-projektet har också samordnat en "App-a-thon" -utmaning på PrecisionFDA-plattformen som engagerade bioinformatikgemenskapen för att bygga BCO och appar relaterade till dem, och har nyligen lanserat ett offentligt privat partnerskap som kommer att vidareutveckla verktyg och feedback, och kommer att utöka projektets räckvidd till att omfatta fler grupper på olika områden.

• Ny virtuell biopsi gör att läkare definitivt kan diagnostisera cystor i bukspottkörteln
• Droppar som innehåller en specifik probiotisk stam kan minska kolik hos spädbarn