Helicobacter pylorigenotypes tunnistettu mahan biopsianäytteistä päässä Jordanian potilaista

Helicobacter pylori
genotyyppejä tunnistettu mahan biopsianäytteistä päässä Jordanian potilaista
tiivistelmä
tausta
geneettistä monimuotoisuutta Helicobacter pylori
voidaan analysoida kahdella eri tasolla: Genomisen vaihtelusta kantojen peräisin eri yksilöitä, ja vaihtelu bakteerien populaatiot yksittäisen isännän. Me raportoitu ensimmäistä kertaa helikobakteerin
genotyyppien Jordanian potilailla, joilla on ruoansulatuskanavan sairaudet. Tool Menetelmät
Ylä endoskopia tehtiin 250 potilaalla on oireita ruoansulatuskanavan sairaudet. Useita mahalaukun koepala yksilöt otettiin antrumiin. Kaikki koepalat testattiin PCR varten Helikobakteeri
virulenssigeenejä Vaca
, Caga
, ja ICEA
, ja 151 testattiin histologisesti.
Tulokset
koepaloja positiivinen H. pylori
PCR oli 110/250 (44%), ja histologia 117/151 (77,5%), ja nämä tulokset olivat erittäin liittyy (P
< 0,02). Analyysit virulenssigeeneissä paljastui, että iceA2
(73,6%) oli vallitseva Perimän Vaca
s2 alleeli useammin tunnistettiin kuin vaca
s1 alleeli, kun taas Caga
genotyyppi oli alhainen (26,4 %). Läsnäolo tietyn genotyypin saattaa liittyä toisiinsa, mutta läsnäolo tietyn genotyypin ei merkittävästi liittynyt ikä tai sukupuoli potilaan.
Päätelmä
Tulokset kuvaavat maantieteellisiä geneettisen monimuotoisuuden helikobakteeri
, koska tunnistetut genotyypit ovat samanlaiset kuin naapurimaissa. Tämä tutkimus antaa lähtötietoja H.pylorin
genotyyppejä tunnistettu mahan biopsianäytteistä Jordan, joka toimii tehokas epidemiologinen työkalu mahdollisille tutkimuksiin ymmärtää paremmin geneettistä monimuotoisuutta taudinaiheuttajan.
Tausta
Helicobacter pylori
on mahan taudinaiheuttaja, joka kroonisesti tarttuu yli puolet kaikista ihmistä eri puolilla maailmaa. Kehitysmaissa 70-90% väestöstä kantaa H. pylori
; Lähes kaikki nämä saavat tartunnan ennen 10-vuotiaana [1]. Kehittyneissä maissa esiintyvyys on alempi, vaihtelee 25 50% (8) [1], parantuneen sosioekonomiset olosuhteet viime vuosikymmeninä [2]. Siksi Helikobakteeri
infektion kehitysmaissa voi edistää lapsuuden aliravitsemus ja lisäävät tai vakavuutta infektion muiden ruoansulatuskanavan taudinaiheuttajia kuten Vibrio
[3]. Useimmat tartunnan saaneet yksilöt ovat oireettomia tai krooninen gastriitti [1, 4]. Erot taudin tulos voi johtua useista tekijöistä, jotka ovat; isäntäsolugeenit, ympäristötekijät, ja eroja yleisyydessä tai ilmaus bakteerin virulenssiin liittyviä tekijöitä [4, 5]. Geneettisen monimuotoisuuden helikobakteeri
voidaan analysoida kahdella eri tasolla: Genomisen vaihtelusta kantojen peräisin eri henkilöitä, ja vaihtelu bakteerien populaatiot yksittäisen isännän [6]. Käyttämällä satunnaisesti monistetun polymorfisen DNA-PCR ja DNA-sormenjälkien, on osoitettu, että kannat ulkopuoliselta tartunnan saaneilla potilailla oli ainutlaatuinen sormenjäljistä, kun taas eristettyjen kantojen perheenjäsenten oli hyvin samanlainen, vaikka ei identtisiä malleja [7]. Nämä tulokset ymmärtää, että havaitut erot kantojen tartuttamisesta yksittäisten perheenjäsenten jälkeistä alkuperäisen tartunnan. Tällainen geneettinen monimuotoisuus voidaan havaita joukossa H. pylori
virulenssigeenit; CAGA
, Vaca
, ja ICEA
.
vakuoleja Sytotoksiini joka vahingoittaa epiteelisolujen koodaa VacA
geenin [8, 9], joka sisältää vähintään kaksi eri osille [10] . Vacas
alue (joka koodaa signaalipeptidiä) esiintyy s1 tai s2 alleeliset tyyppejä, joukossa tyyppi s1 kannat, alatyyppien S1A, S1B, ja s1c on tunnistettu [11]. M (keskellä) alueella tapahtuu them1 tai m2 alleeliset tyyppi muun tyyppinen m2, kaksi alatyyppiä on tunnistettu, nimetty m2a ja M2B. Yleensä tyypin s1 m1 ja tyyppi s1 m2 kannat tuottavat suuria ja kohtuullisesti toksiini, vastaavasti, kun taas s2 m2 kannoista osoittaa vähän tai novacuolating toksiini toimintaa [10].
ICEA
geeni, joka koodaa oletettua rajoitus entsyymi, joka näyttää indusoituvan kun H. pylori
kohtaa epiteelisolujen esittää alleelivariaatiota mukaan pistemutaatio, jonka tuloksena on kaksi alleeliset tyypeissä iceA1
ja iceA2
[6]. Tutkimus helikobakteeri
infektio potilailla alistetaan ylemmän ruoansulatuskanavan endoskopia Jordaniassa raportoitu yleisyys [12], ja vahvisti, että sen läsnäolo oli merkitsevästi yhteydessä gastriitti ja mahahaava. Nykyinen tutkimus raportit ensimmäistä kertaa Jordaniassa helikobakteerin
genotyyppejä tunnistettu mahan biopsianäytteistä. Tool Menetelmät
Potilaat
Kaikkiaan 250 peräkkäisen potilaiden käyneiden kuningas Abdullah Hospital, ja prinsessa Basma sairaala välillä heinäkuun 2003 ja toukokuussa 2004 ylemmän tähystykseen otettiin tutkimukseen. Nämä kaksi opetussairaaloissa sidoksissa Jordan University of Science and Technology, jossa tutkimus tehtiin. Biopsianäytteet otettiin antrumiin. Tutkimuksen hyväksyi eettisen komitean yliopiston. Kukin potilas allekirjoittaneet kirjallisen tietoon perustuvan suostumuksen ennen näytteen keräämistä, ja kaikki kliiniset näytteet testattiin undercode.
Data
tiedot annetaan patologiaraporteista tai potilaiden tiedostot kirjattiin kullekin potilaalle, joka sisälsi: potilaan sairaalassa numero , ikä, sukupuoli, historia, kliininen diagnoosi perustuu histologia, tähystys, ja edellisen hoidon (esim anti-H. pylori
, kolme oli protonipumpun estäjiä tai antasideja). Raportoimiin oireisiin potilailla, joille tehtiin ruoansulatuskanavan yläosan tähystykseen olivat vatsakipu, vatsakipu, oksentelu, tai närästystä.
Histologinen tutkimukset
histologinen tutkimus suoritettiin 151 (60,4%) antral biopsianäytteistä. Viisi yksilöitä antrumlimakalvolla otettiin keskisuurten pihdit. Kaksi näytteet upotettiin parafiiniin ja parafiinileikkeillä värjättiin hematoksyliinillä-eosiinilla ja Giemsa menetelmiä. Limakalvon näytteet arvioitiin histologisesti mukaan Sydney luokitusta. Koodattujen objektilasien tutkittiin mikroskooppisesti yhden patologi käyttäen suuren tehon (suurennus, x 400), ja vähintään viisi suuritehoisia alueita tarkastellaan.
PCR-pohjainen genotyypin kolmen virulenssigeeneissä
Kaikki 250 koepaloja testattu PCR säilytettiin -80 ° C: ssa 70% etanolia eppendorf-putkiin, kunnes käsitelty. Nämä koepalat olivat 151 koepaloja, jotka testattiin histologisesti.
Biopsianäytteistä homogenisoitiin steriilillä mikro-survin, ja DNA uutettiin käyttäen Wizard Genominen DNA puhdistuskittiä (Promega, Madison, WI, USA), seuraten valmistajan ohjeita puhdistamiseksi DNA eläinten kudoksiin. Läsnäolo Helikobakteeri
havaittiin erillisellä PCR suunnattu Caga
, Vaca
s ja m alueiden ja ICEA
genotyypit määritettiin erillisessä iceA1
- ja iceA2
erityisiä PCR kuten aiemmin on kuvattu [13, 14]. Viisi lajikohtaisia ​​alukesarjoista (alfa DNA, Montreal, Kanada) käytettiin monistamaan hyvin säilyneitä sisällä ilmoitettu geenejä.
Tilastollinen analyysi
välinen yhteys histologian ja PCR-tuloksiin, ja yhdistyksen välillä genotyyppien analysoitiin käyttämällä Fisherin tarkka ja chi-neliö kokeet tilastollinen paketti yhteiskuntatieteet (SPSS Inc. Chicago, Illinois USA). Ero keskimääräisessä iässä miesten ja naisten välillä on laskettu itsenäisyys otoksen t-testiä.
Tulokset
Diagnoosi helikobakteeri
perustui histologian, ja PCR-menetelmällä.
Histologinen havainnot
histologinen tutkiminen 151 koepaloja paljasti, että 117 (77,5%) potilaista oli positiivisia helikobakteeri
, siis todellisuudessa tartunnan, ja 34 (22,5%) olivat negatiivisia.
virulenssitekijät
läsnäolo Caga
, Vaca
s ja m alueiden ja iceA1
- ja iceA2
geenit tutkittiin kaikki 250 koepaloja. Koepaloja, jotka olivat PCR-positiivisia yhden tai useamman geeneistä, jotka olivat 110 (44%), ja 140 (56%) olivat negatiivisia kaikkien geenien.
Uros: nainen suhde potilasryhmässä oli 58/110 (52,7 %) urokset: 52/110 (47,3%) naaraat; (Keski-ikä 42,03 + 15,135 vuotta, alue, 17-67 vuotta).
Helikobakteeri genotyyppien
tulokset genotyyppitestien 110 koepaloja esitetty taulukossa 1.Table 1 yleisyys Helicobacter pylori
genotyypit havaittu 110 koepaloja
genotyyppi
yleisyys (%)
vaca
s1
34 (45,3) B vaca
s2
41 (54,7) B vaca
m1
23 (48,9) B vaca
m2
24 (51,1) B vaca
s1m1
12 (46,2 ) B vaca
s2m2
12 (46,2) B vaca
s1m2
2 (7,7) B vaca
s2m1
0 (0,0) B Caga
29 (26,4) B iceA1
0 (0,0) B iceA2
81 (73,6) B vaca genotyyppien
koot monistaa tuotteita Vaca
s1 ja Vaca
s2 ovat 259 bp ja 286 bp. Intensiteetit tuotteiden vaihteli yksilöitä. Vaca
s alue monistettiin 75/110 (68,2%) koepaloja. S1 variantti havaittiin 34/75 (45,3%), tai 34/110 (30,9%), verrattuna s2 variantti, joka havaittiin 41/75 (54,7%), tai 41/110 (37,3%) ja koepaloja. Vaca
m alueella havaittiin 47/110 (42,7%) koepaloja. M1 variantti havaittiin 23/47 (48,9%) tai 23/110 (20,9%), verrattuna m2 muunnoksen havaittiin 24/47 (51%), tai 24/110 (21,8%).
Yhdistelmä n Vaca
s, ja m alueilla havaittiin 26/110 (23,6%) ja koepaloja. Molemmat vaca
s1m1 ja Vaca
s2m2 havaittiin suunnilleen samansuuruisia 12/26 (46,2%), on Vaca
SM genotyyppi, tai 12/110 (10,9%), kun taas Vaca
s1m2 havaittiin vain 2/26 (7,7%) ja VacA
sm genotyyppi, tai 2/110 (1,8%). Mikään koepaloja osoitti VacA
s2m1 genotyyppi, tai useita genotyyppejä.
CagA genotyyppi
koko CagA
monistettu tuote oli 349 bp. Caga
genotyyppi havaittiin 29/110 (26,4%), ja 81 (73,6%) olivat negatiivisia.
Assosiaatio Caga ja vacAs1 genotyyppien
Caga
genotyyppi havaittiin 8 /17 (47,1%) ja VacA
s1 genotyyppi, verrattuna vain 2/20 (10%) ja VacA
s2 genotyypin.
ICEA genotyyppi
Mikään 110 koepaloja osoitti ICEA
1 genotyyppi, kun taas 81 (73,6%) osoitti iceA2
genotyyppi. IceA2
vahvistus saatiin sekä 229 emäsparin ja 334 emäsparin fragmentit, tämä ero fragmenttikoko johtuu läsnäolo 105 bp - frame amplikonin läsnä 334 emäsparin fragmentti, joka puuttuu 229 emäsparin fragmentti [ ,,,0],15].
assosiaatio genotyyppien ja sukupuolten
Vaikka tietyn genotyypin havaittiin enemmän toista sukupuolta kuin muut, niiden läsnäolo ei merkittävästi liittynyt ikä tai sukupuoli potilaan. Genotyypit, jotka havaittiin enemmän miehillä kuin naisilla oli VacA
s1 9/17 (53%), CagA
16/29 (55,2%), iceA2
45/81 (55,5%), Vaca
s1m1 7/12 (58,3%), ja yhdistetyt VacA
s1 CagA
genotyyppien 6/8 (75%). Genotyypit että havaittiin enemmän naisilla olivat vaca
s2 11/19 (65%), Vaca
m2 15/20 (75%), Vaca
s2m2 8/11 (72,7%), ja yhdistetyn vaca
s2 Caga
genotyyppien 2/2 (100%). Vaca
m1, ja Vaca
s1m2 genotyypit havaittiin suunnilleen yhtä paljon molemmilla sukupuolilla.
Tilastollinen analyysi
yleinen positiivinen PCR tulokset olivat erittäin liittyy (P
< 0,02) kanssa histologia tuloksia. Tietojen analysointi osoitti merkittävää yhdistyksen välillä samanaikaisen havaitsemisen sekä Caga
ja Vaca
s1 genotyyppien (P
= 0,026), yhdistelmä sekä Vaca
s1 ja Vaca
m1 genotyyppien (P
< 0,0001), ja yhdistelmä sekä Vaca
s2 ja Vaca
m2 genotyyppien (P
< 0,0001). Toisaalta, ei havaittu yhteyttä välillä havaitsemisen sekä Vaca
s2 ja Caga
genotyyppien (P
= 0,102), havaitseminen useamman kuin yhden genotyypin joko iän tai sukupuolen (P
> 0,05), yhdistelmä sekä Vaca
s1 ja Vaca
m2 genotyyppien (P
> 0,05), ja yhdistelmä sekä Vaca
s2 ja Vaca
m1 genotyyppien (P
> 0,05).
keskustelu
Tämän tutkimuksen raportteja Vaca
, Caga
, ja ICEA
genotyypin helikobakteeri
että havaittiin mahalaukun koepaloja. Vaikka kaikki kannat kuljettaa kopio Vaca geenin, joko s1 tai s2-signaalin sekvenssien Vaca
s alue monistettiin 75/110 (68,2%) koepaloja. Samanlaisia ​​tuloksia on raportoitu muut tutkimukset osoittavat, että ylimääräinen subfamilies s ja m genotyyppien vieressä tunnetaan niistä voi olla olemassa. [16]
vallitseva genotyypin 110 koepaloja, jotka olivat positiivisia H. pylori
PCR oli iceA2
(73,6%), jonka jälkeen VACAS
genotyyppi (68,2%); 34 (45,3%) näistä olivat vaca
s1 alleeli, ja 41 (54,7%) olivat vaca
s2 alleeli, kun taas Caga
genotyyppi monistettiin vain 29/110 (26,4%) ja koepaloja. Tuloksemme ovat yhteistyössä toisen tutkimukset Israelin lasten [13], ja egyptiläinen potilaat [15], jossa Caga
genotyyppi ilmoitettiin 28%, ja 36%: lla. Samankaltaisuus genotyyppien yksilöityjen kolmessa tutkimuksessa voidaan selittää ensisijaisesti maantieteellinen vaikutus tärkeä mukauttaminen organismin ympäristöön ja ilmasto-olosuhteet [13], vaikka ilmeisiä isäntä eroja elämäntyyliä kahden naapurimaan. Läheinen samankaltaisuus kantojen naapurimaiden myös raportoitu Bangladeshissa ja Kalkutassa, Intiassa [3, 17], joka on varsin todennäköisesti harkitsee lähellä kahden maissa samanlainen fysiologinen ympäristöt, ja elämäntapojen isännän.
Korkeampi esiintyvyys (67% tai enemmän) Caga
genotyypin helikobakteeri
ilmoitettiin Euroopassa, Keski- ja Etelä-Amerikassa, ja Itä-Aasia [15]. Vaca
s2 alleeli havaittiin alle 30% tutkituissa väestöstä useimmissa näistä maista. Esiintyvyys Tämän genotyypin muistuttaa nykyistä tutkimuksen (54,7%) on raportoitu Egyptissä (50%) [15], kun taas korkeammat (65%) on raportoitu Israelin tutkimuksessa [11]. Tutkimus Kuwaitin raportoitu että Vaca
s1 ja s2 tyyppejä havaittiin suunnilleen yhtä numerot koepaloja saatiin potilailta Lähi-idän alkuperää, kun taas Afrikkalainen arabit olivat pääasiassa tartunnan kanssa s2 type [18]. Tutkimus genotyyppejä neljässä eri maissa raportoitu, että Caga
, ja Vaca
s1ml iceA1
genotyypit olivat hallitseva sekä Japanissa ja Koreassa [14], ja Caga
, Vaca
s1m1 , iceA2
genotyypit usein tunnistettu Yhdysvalloissa, kun taas Caga
, Vaca
s1m1, iceA2
genotyypit olivat hallitseva Kolumbiassa. Samassa tutkimuksessa raportoitiin korkeampi esiintyvyys Vaca
s1 kuin vaca
s2 genotyyppi, ja korkea esiintyvyys Caga
genotyyppi; kuitenkin, esiintyvyys iceA1
ja iceA2
genotyyppien vaihteli näissä maissa. Tutkimus toteutettiin Englannissa raportoitu, että Vaca
s1m1 genotyypin havaittiin olevan harvinaisempia Englannissa [19], kun taas suurin osa on iceA1
alleelien, Caga
, ja läsnäolo Vaca
m1 alleelit havaittiin. Turkin kannat tutkittiin pääasiassa hallussaan Caga
, Vaca
s1m1 tai Vaca
m2 genotyyppejä, jotka olivat tyypillisiä genotyyppejä kannoissa länsimaista [20]. Hallitsevuus Vaca
sl /m1 alleeliset yhdistelmä, ja korkea esiintyvyys Caga
geeni (87%) raportoitiin myös Virossa helikobakteeri
kantoja [21].
Perustuen läsnäolo yhdistelmä Vaca
s, ja m alleelit, The Vaca
s1 alleeli merkitsevästi yhteydessä vaca
m1 (P
< 0,0001), ja sama yhdistyksen välillä havaittiin vaca
s2 ja Vaca
m2 (P
< 0,0001) alleeleja. Kuitenkin havaitseminen sekä Vaca
s1 ja VacA
m2 alleelien oli toisistaan ​​riippumattomia (P
> 0,05). Vaca
s1m2 genotyyppi havaittiin vain 2/26 (7,7%) ja Vaca
sm yhdistelmä. Lisäksi, ei ollut merkittävää assosiaatiota VacA
s2 ja Vaca
m1, mikä tarkoittaa, että havaitseminen kunkin alleelin oli riippumaton muista (P
> 0,05). Tämä havainto voi selittää ilman yhdistetyn s2 /m1 genotyyppi peräisin isolaateista tutkimuksessa, joka oli raportoitu aiemmin [22, 23]. Kuitenkin ensimmäinen tapaus Vaca
s2m1 Helikobakteeri
Isolaattia raportoitu pohjukaissuolihaava potilas Etelä-Afrikasta [24].
Merkitsevä yhteys vaca
s1 alleeli Caga
genotyyppi (47,1%) tutkimuksessamme kuvattiin 50% Israelin ja Egyptin isolaatit [13, 14]. Yhdistys yli 85% isolaateista oli raportoitu muissa maissa [15, 22], joka vahvistaa, että kahden merkin liittyvät läheisesti toisiinsa. Tutkimuksemme osoitti merkittävää yhdistyksen havaitsemiseen kaksi genotyyppiä samassa eristää kuten Caga
kanssa ICEA
2 Vaca
m2 alleelin kanssa ICEA
2 genotyyppi, ja Vaca
s2, m2 alleelien kanssa ICEA
2 osoittaa, että havaitseminen yksi geeni oli riippumaton muista. Lisäksi havaitseminen yhdistetyn VacA
s1 m1, ja ICEA
2 genotyyppien muutaman biopsies oli vähäinen (P
> 0,05), mikä osoittaa, että tunnistus ICEA
2 oli riippumaton vaca
genotyypit. Samat havainnot raportoi aiemman tutkimuksen [22]. Mikään kannoista oli useita vac
genotyyppiä, joka ilmoitettiin muissa maissa, kuten Pohjois-Etelä-Amerikka [15].
Naaraiden useammin kuljettavat Vaca
s2, ja Vaca
m2 genotyyppien (65%, ja 75%, tässä järjestyksessä) verrattuna (42%, ja 25%) miehillä. IceA2
(55,5%), Caga
(55,2%), ja Vaca
s1 (53%) genotyypit havaittiin enemmän miehillä kuin naisilla. Sukupuoli potilaan ja havaitsemista tietyn genotyypin tai yhdistelmää genotyypit eivät merkittävästi yhteydessä. Lisäksi H. pylori
genotyyppien (P
> 0,05), ja havaitseminen useamman kuin yhden genotyypin ei ollut merkittävää yhteyttä joko iän tai sukupuolen potilaan.
Yleinen positiivinen PCR tulokset olivat erittäin liittyy (P
< 0,02) ja histologia tuloksia. Erot histologian, ja PCR tulokset voivat johtua hajanaisesta jakelun helikobakteerin
vatsassa. Lisäksi vääriä negatiivisia saattaa olla ongelma genotyyppitestiä biopsioista koska jotkin koepaloja havaittiin sisältävän yhdisteitä estämään PCR [25]. Lisäksi testataan enemmän useita koepaloja histologisesti verrattuna yhteen PCR lisäsi mahdollisuutta löytää bakteerin, ja selittää enemmän positiivisia tuloksia on saatu histologia (77,5%), verrattuna PCR (44%). Hoitoja potilaiden kanssa protonipumpun estäjät, antasidit, tai anti-H. pylori
hoito saattanut johtaa negatiiviseen tuloksia testeistä näillä potilailla [26].
Päätelmä
Jordanian kantoja tutkittiin pääasiassa hallussaan iceA2
alleeli, The Vaca
s2 alleeli oli havaittu enemmän kuin vaca
s1 alleeli, kun taas Caga
genotyyppi oli alhainen. Havaitsemiseksi tietyn genotyypin saattaa liittyä toisiinsa. Tulokset kuvaavat maantieteellisiä geneettisen monimuotoisuuden helikobakteeri
, koska tunnistetut genotyypit ovat samanlaiset kuin naapurimaissa.
Tutkimus tarjoaa perustason puitteet helikobakteeri
genotyypit tunnistettu mahalaukun kudosnäytteistä, joka toimii tehokas epidemiologinen työkalu mahdollisille tutkimuksiin ymmärtää paremmin geneettistä monimuotoisuutta taudinaiheuttajan.
julistukset
Kiitokset
kirjoittajat kiittää gastroenterologeista ja sairaanhoitajien laitos Endoscopy king Abdullah ja prinsessa Basma sairaalat, jotka auttoivat näytteenotosta. Tutkimuksen tukivat apurahan/04 päässä Deanship tutkimusjohtaja Jordan University of Science & Technology.
Kilpailevat edut
tekijä (t) ilmoittaa, että heillä ei ole kilpailevia intressejä.

• Pahanlaatuisen mahalaukun pistorasiaan tukkeuma kanssa stentit: arviointi raportoiduista muuttujien kliinisen outcome
• Teho preoperatiivisen PET /TT ennustamiseksi kovettuvuuteen kirurgiassa paikallisesti edenneen mahasyövän carcinoma