Exploiter la puissance de la technologie de pointe et de l'analyse « big data », les chercheurs de la nouvelle Arizona COVID-19 Genomics Union (ACGU) cherchent à mieux comprendre comment ce virus peut évoluer, comment il se transmet et comment il se propage dans la population générale. Cette approche d'épidémiologie moléculaire combine des méthodes épidémiologiques traditionnelles avec une modélisation évolutive basée sur une analyse à haute résolution du génome du virus.
Les scientifiques de l'ACGU séquenceront des échantillons de patients COVID-19 pour analyser les codes génétiques du virus, suivre ses différentes souches, montrer d'où provient chaque échantillon, où il a pu être transmis et - éventuellement - révéler des détails qui pourraient fournir des informations critiques pour le diagnostic, cibles de médicaments antiviraux et développement de vaccins.
Ce n'est qu'en utilisant le séquençage génomique et des analyses avancées que nous pouvons commencer à comprendre pleinement cette maladie au niveau moléculaire, à la recherche de clés pour percer ses mystères. Nous avons la capacité de séquencer le génome de chaque souche de chaque patient - c'est ce vers quoi nous travaillons."
David Engelthaler, Co-directeur et professeur agrégé de la division Pathogen and Microbiome de TGen, la branche des maladies infectieuses à Flagstaff connue sous le nom de TGen North
Engelthaler est l'ancien épidémiologiste de l'État de l'Arizona et coordinateur de la biodéfense de l'État. Il était auparavant avec les Centers for Disease Control (CDC), et a mené des enquêtes sur des foyers de maladies nationales et internationales depuis plus de 25 ans, à commencer par l'épidémie d'hantavirus en Arizona en 1993-94. Il coordonnera le séquençage génomique du nouveau virus ACGU du SARS-CoV-2, qui cause la maladie COVID-19.
Les autres cofondateurs de l'Union sont deux des principaux scientifiques spécialistes des maladies infectieuses de l'Arizona :Paul Keim de la Northern Arizona University et Michael Worobey de la University of Arizona.
Keim est un expert mondial des agents pathogènes tels que la peste et l'anthrax. Il a travaillé avec le FBI pour résoudre l'affaire des « lettres à l'anthrax » à la suite du 11 septembre. Chez NAU, il est professeur régent de biologie, détient la chaire Cowden Endowed en microbiologie et est directeur exécutif du Pathogen and Microbiome Institute (PMI). Il est professeur émérite à TGen, Co-directeur de TGen North et servira en tant que directeur de l'ACGU.
"Les séquences du génome sont idéales pour les efforts de recherche scientifique répartis et l'Arizona Union s'appuiera fortement sur des études nationales et mondiales pour suivre la maladie. Néanmoins, il est essentiel que les experts régionaux s'engagent dans ce processus pour maximiser les avantages pour les citoyens de l'Arizona, " dit Keim.
Worobey est le chef du département d'écologie et de biologie évolutive de l'Université de l'Arizona, et est mondialement connu pour son travail sur les pandémies virales. En utilisant l'épidémiologie génomique, il a définitivement traqué les origines et la propagation mondiale du VIH et a également déterminé pourquoi la pandémie de « grippe espagnole » de 1918 a tué des millions de jeunes adultes.
"L'analyse moléculaire des virus fournit des indices cruciaux sur la façon dont les pandémies commencent et comment les combattre, " a déclaré Worobey. " Nous allons capitaliser sur la richesse des talents et de l'infrastructure de l'Arizona dans cette entreprise. "
L'Arizona COVID-19 Genomics Union est similaire à d'autres groupes à travers le monde qui s'efforcent de prendre pied dans la lutte contre ce nouveau coronavirus. Le partage rapide des données et des analyses a été, et continue d'être, critique pour la science, compréhension médicale et de santé publique de la pandémie. Ironiquement, le premier épicentre américain de COVID-19, Seattle, abrite également NextStrain, la maison Internet pour le suivi du génome de cet agent pathogène et d'autres.
Le consortium de scientifiques de l'Arizona espère que leur séquençage régional donnera aux prestataires de soins de santé et aux décideurs publics de l'Arizona un avantage pour répondre à cette pandémie.
Comme NextStrain, L'ACGU rendra ses conclusions publiques et ouvertes aux épidémiologistes et virologues du monde entier.
Des scientifiques extraient le génome humain complet d'un « chewing-gum » vieux de plusieurs milliers d'années
Les globules blancs et leur rôle dans le cerveau
Détermination de la capacité de neutralisation des acides pour les antiacides en vente libre
Le microbiome humain coupe les glycanes muqueux,
COVID-19 :à quoi ressemble la maladie
Les bactéries dans le canal de naissance liées à un risque plus faible de cancer de l'ovaire
Le rotavirus joue un rôle dans le développement du diabète de type 1
Un nouvel article publié dans la revue PLOS Pathogens le 10 octobre, 2019, affirme que le rotavirus commun peut être responsable de certains cas de diabète de type 1, une forme de diabète qui survient
La recherche montre que les infestations de parasites intestinaux réduisent la gravité du COVID-19
Nous en apprenons chaque jour davantage sur la maladie COVID-19. Les adultes de tout âge atteints de certaines conditions médicales sous-jacentes courent un risque accru de maladie grave due au virus
L'utilisation d'antibiotiques à long terme chez les prématurés favorise les bactéries intestinales résistantes aux médicaments
Les nourrissons très prématurés sont souvent malades et nécessitent un traitement antibiotique pour sauver leur vie. Cependant, lorsque cette forme de thérapie dure 20 mois ou plus, il peut affecter l