Genetikai vonalból differenciálatlan típusú gyomor carcinoma elemeztük felügyelet nélkül klaszterezése genomi DNS microarray data

genetikai vonalból differenciálatlan típusú gyomor carcinoma elemeztük felügyelet nélkül klaszterezése genomi DNS microarray adatok katalógusa Abstract Background katalógusa katalógusa Azt gyanítják, hogy a korai gyomorrák (GC) egy alvó változata, amely csak ritkán fejlődik a fejlett GC. Kimutattuk, hogy a nyugvó és agresszív változatai csöves adenocarcinoma (kádak) a gyomor jellemzi elvesztése MYC katalógusa, és átveheti a TP53 katalógusa és gain MYC katalógusa és /vagy elvesztése TP53 katalógusa, illetőleg. A jelen vizsgálat célja annak meghatározása, hogy ez is a helyzet a differenciálatlan típusú GC (UGCs) különböző genetikai vonalak: az egyik egy réteges szerkezetet (LS) + származó korai pecsétgyűrű sejtes karcinóma (SIG), és a másik , többnyire rosszul differenciált adenokarcinómák, anélkül, LS de egy kisebb cső alakú alkatrész (TC), dedifferenciálódott származó kádak (lS- /TC +).
módszerek
használata 29 műtétileg eltávolított gyomor 9 intramucosalis és 20 invazív UGCs (11 LS + és a 9. lS- /TC +), 63 genomiális DNS-mintát a nyálkahártya és invazív alkatrészek és a megfelelő referencia-DNS-eket készítettünk formalinnal fixált, paraffinba ágyazott szövetek lézermikrodisszekcióval, és vetettünk alá tömb-alapú összehasonlító genomiális hibridizáció (aCGH), felhasználásával 60K microarray, és az azt követő felügyelet nélkül, hierarchikus klaszterezés. 979 rákkal kapcsolatos gének értékelni, mi kiválasztott gének az átlagos kópiaszám szignifikáns különbség a két nagy csoportokban. Katalógusa Eredmények összehasonlítás alapján a hasonlóság genomi copy-szám profil, a 63 mintákat sorolni két nagy klaszterek. Klaszterek az A és B, amelyek gazdagok voltak LS + UGC és lS- /TC + UGC Rendre megkülönböztetést alapján a 40 géneket. Az agresszív mintát gyakrabban kimutatható lS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), mint az LS + UGCs (17/37; 46%; p = 0,0195), míg nem nyugvó minta volt kimutatható bármely az UGC mintákat. katalógusa Következtetések katalógusa ellentétben kádak, kópiaszámától myc katalógusa és TP53 katalógusa mutatott agresszív mintázat LS + SIG korai és előrehaladott szakaszában, jelezve, hogy a korai LS + UGCs elkerülhetetlenül haladás fejlett GC. Cluster B (dúsított lS- /TC +) mutatott gyakrabban nyereség vezető gének és a gyakoribb az agresszív mintázat, mint cluster, ami arra utal, potenciálisan rosszabb prognózissal UGCs klaszter B. katalógusa Háttér katalógusa gyomorrák (GC) van besorolása szövettanilag a bél, a diffúz és nem minősített típusok Lauren [1] és a nem minősített jellege tovább oszlik szilárd és vegyes típusok Carneiro [2]. A differenciálatlan típusú gyomor karcinóma (UGC) szerint a japán osztályozás [3] többnyire átfedésben gyengén differenciálódott GC, amely magában foglalja nemcsak a diffúz típusú beleértve pecsétgyűrűsejtes sejtes karcinóma (SIG), hanem a szilárd típusú és a vegyes típusú kisebb csőszerű komponens (TC).
Legújabban azt javasolták, hogy a fejlett diffúz típusú GC származhat akár korai diffúz típusú vagy intesztinális típusú GC. Jól differenciált csőszerű adenokarcinóma (BME) képes átalakulni rosszul differenciált adenocarcinoma (POR) után a hangtompító sejtadhézió kapcsolatos gének beleértve Cdh1
[4, 5]. Carneiro vegyes típusú carcinomák tehát átfedés dedifferenciált kádak. Leírták, hogy a túlélési arány a betegek kevert típusú GC szignifikánsan alacsonyabb volt, mint a betegek GC más típusú [2], míg a túlélési arány a korai GC betegek SIG volt magasabb, mint a GC betegek nélkül SIG [6]. Így UGCs oszthatók alcsoportok különböző prognózist. Nemrégiben egy tömeges szűrés program neuroblastomák [7-9] felfüggesztették Japánban, mert a folytonos genetikai leszármazás volt megfigyelhető a korai és a késői prezentáló neuroblastomák. Negatív és késői prezentáló (≥1 év) neuroblastomák kiállított közel-diploid sejtek terminális 1p törlés, míg a pozitív neuroblastomák csecsemők kiállított közel triploidia nélkül 1p törlés [10, 11]. Az ilyen alcsoportosítás, már besorolt ​​UGCs alapuló folytonosságát genetikai leszármazási vonalak, valamint a kifejezés a morfológiai sejtvonal markerek.
Vonalunk analízissel kromoszomális összehasonlító genomiális hibridizáció (CGH) alapult megkülönböztető morfológiai lineage markerei. A réteges szerkezetű (LS) képviseli egy kezdődő szakasza SIG fejlesztés [12], és általánosan is megmarad egy előrehaladott szakaszában az emberi gyomorban. A tumor régiókban LS, az üzemmód sejtproliferáció hasonlít a szokásos gyomor nyálkahártyáját. És úgy vélik, hogy a tumorsejtek korlátozni a nyálkahártya, amennyiben azok nőnek, hogy létrehozzák a LS [13]. Vonalunk elemzések megerősítették, hogy POR LS származik intramucosalis SIG, míg POR nélkül LS és egy kisebb Tc (< 30%), származik TC [14, 15]. Azonban a TC nem mindig származik korai TUB de azt is származhatnak SIG, míg az LS-t alig származik TUB [15]. Ezért, mint a morfológiai lineage marker, LS is elsőbbséget élveznek a TC. Emellett UGCs nélkül LS vagy TC miatt másodlagos veszteség ezen markerek figyelhető meg, ami arra ösztönzött minket, hogy fogadjanak array CGH (aCGH) és az ellenőrizetlen klaszteranalízis az aCGH adatok osztályozására UGCs kizárólag az alapján a hasonlóság genom kópiaszám profil.
differenciált típusú gyomor carcinoma (DGCs), a legutóbbi aCGH alapú lineage analízissel két genetikai vonalból: egy copy-szám veszteség MYC katalógusa és a másolási szám nyereség TP53 katalógusa (MYC katalógusa - és TP53 + katalógusa), egy alvó minta, a másik pedig a másolat-száma nyereség MYC katalógusa és /vagy copy-szám veszteség TP53 katalógusa (MYC + katalógusa és /vagy TP53 katalógusa -), agresszív mintázat. A nyugvó minta 70% -át a intramucosalis karcinóma minták és fél a intramucosalis része mintákat az invazív karcinóma. Az invazív részei invazív karcinóma többnyire mutatott agresszív kópiaszám megváltozása (CNA) mintát. Amikor a intramucosalis része egy előrehaladott rákos volt nyugalmi állapotban, a vonal volt folytonosak a nyálkahártya és az invazív alkatrészek. Ezért a MYC katalógusa - /TP53 katalógusa + és MYC katalógusa + és /vagy TP53 katalógusa - CNA mintát lehet aláírásokat a nyugvó és agresszív kádak között [16].
Jelen tanulmány, genomi DNS-mintákon a nyálkahártya és invazív tömegrész korai és előrehaladott UGCs állítottunk elő, és vetjük alá gén kópiaszámú elemzések segítségével aCGH, majd felügyelet nélkül klaszteranalízissel a aCGH adatokat. Ezen eredmények alapján megvizsgáltuk kapcsolatát morfológiai és genetikai leszármazás markerek és talált több hasznos leszármazás marker gének UGC. Katalógusa Módszerek katalógusa Az Institutional Review Board on Orvosi Etikai Shiga University of Medical Science jóváhagyott ez a tanulmány azzal a feltétellel, hogy az UGC használt minták voltak anonim. Írásos beleegyezését adta nem szükséges, mert ez a retrospektív vizsgálatban használt archivált mintákban.
Szövetmintákat
Ez a vizsgálat 29 műtétileg eltávolított, pufferolt formalin-fixált, paraffinba ágyazott UGCs: 20 LS legalább egy részében a tumor (LS + , 9. intramucosaltumours és 11 invazív tumorok) és a 9. nélkül LS tartalmazó, de egy kis TC (lS- /TC +, mind az invazív tumorok) (1. táblázat). TC definiáltuk, mint egy jól vagy közepesen differenciált adenocarcinoma komponenst, amely ≤ 30% a teljes tumor [15]. Minden mintát választott GC diagnosztizált esetek osztályunkon 1997-től 2011-intramucosalis LS + UGC betegek átlagosan 57,6 éves korban (tartomány 48-79) és invazív LS + UGCs 60,2 év (tartomány: 48-79), és betegek invazív lS- /TC + UGCs 62,2 év (tartomány; 50-75). A makroszkopikus osztályozás szerint határoztuk meg a japán osztályozása gyomorrák TNM stádium [3] .table 1 összefoglalása klinikopatológiai jellemzők 29 UGCs katalógusa Case nincs Matton Kor /szex Matton Méret a nyálkahártya elváltozás (cm) Matton makroszkópos típusa * Matton szövettani típus * Matton mintavételt régió aCGH
mélysége invázió † Matton LN meta † Matton Stage † Matton intramucosalis része Matton invazív rész Matton LS Matton nem LS Matton TC
M101
79 /F
8,5 × 4,0 katalógusa 0 (Sic) hotelben SIG > TC katalógusa + katalógusa NT katalógusa NT katalógusa T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M102 katalógusa 48 /F
9,5 × 5,0 katalógusa 0 (lic ) hotelben SIG > POR1 katalógusa + katalógusa NT
- T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M103 katalógusa 57 /M katalógusa 1,4 × 0,8 katalógusa 0 (lic ) hotelben SIG katalógusa + katalógusa NT
- T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M104 katalógusa 76 /F katalógusa 6,0 × 5,0
0 (He) hotelben SIG katalógusa + katalógusa NT
- T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M105 katalógusa 50 /m
1.5 × 1,2 katalógusa 0 (Sic) hotelben SIG katalógusa + katalógusa NT
- T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M106 katalógusa 60 /F
1,2 × 1,0 katalógusa 0 (Sic) hotelben SIG katalógusa + katalógusa -
- T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M107
49 /F
4,0 × 2,5 katalógusa 0 (He + III) hotelben SIG > POR1 katalógusa + katalógusa NT
- T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M108 katalógusa 48 /F katalógusa 6,0 × 2,8 katalógusa 0 (lic ) hotelben SIG > POR1 > TC katalógusa + katalógusa POR katalógusa NT katalógusa T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa M109 katalógusa 51 /M katalógusa 5,3 × 3,3 katalógusa 0 (lic + III) hotelben SIG katalógusa + katalógusa SIG -
T1 (m) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa SM101 katalógusa 71 /F
0,9 × 0,8
0 (He) hotelben SIG > POR2 katalógusa + katalógusa NT -
NT katalógusa T1 (SM2) hotelben N2 katalógusa II katalógusa A102 katalógusa 72 /F
5,0 × 3,0
0 (He + IIb) hotelben POR2 > POR1 > SIG katalógusa + katalógusa SIG -
POR2 katalógusa T2 (mp) hotelben N1 katalógusa II katalógusa A103 katalógusa 79 /F
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb) hotelben POR1 > TC > SIG > POR2 katalógusa + katalógusa POR
NI katalógusa NT katalógusa T2 (mp) hotelben N1 katalógusa II katalógusa A104 katalógusa 49 /M
2,8 × 2,5
0 (He + III) hotelben SIG > POR2 > TC katalógusa + katalógusa NT katalógusa NT katalógusa POR2 katalógusa T2 (ss) hotelben N1 katalógusa II katalógusa SM105 katalógusa 59 /F
11,5 × 7,0
0 (IIa + He) katalógusa SIG > TC > POR2 katalógusa + katalógusa TUB2 katalógusa NT katalógusa POR2 katalógusa T1 (sm) hotelben N1 katalógusa IB katalógusa SM106 katalógusa 72 /M
3,7 × 2,3
0 (He) hotelben SIG > POR1 katalógusa + katalógusa POR -
NT katalógusa T1 (SM2) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa A107 katalógusa 48 /F
12,0 × 6,5
0 (He + III) hotelben SIG > POR2 > POR1 > FRA katalógusa + katalógusa POR -
POR2 katalógusa T3 (se) hotelben N2 katalógusa IIIB katalógusa A108 katalógusa 46 /M
4,0 × 2,8
0 (He + III) hotelben POR2 > POR1 > SIG katalógusa NI katalógusa NI -
POR2 katalógusa T2 (mp) hotelben N2 katalógusa IIIA katalógusa A109 katalógusa 55 /M
3,8 × 3,3
0 (He + III) hotelben SIG > POR1 katalógusa + katalógusa POR -
SIG katalógusa T1 (SM2) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa A110 katalógusa 57 /M
5,5 × 2,2
0 (He) hotelben POR2 > SIG > TC katalógusa + katalógusa POR -
POR2 katalógusa T2 (mp) hotelben N1 katalógusa II katalógusa A111 katalógusa 54 /F
8,0 × 7,0
3 katalógusa POR2 > SIG katalógusa + katalógusa POR -
POR2 katalógusa T3 (se) hotelben N2 katalógusa IIIB katalógusa SM201 katalógusa 75 /F
3,7 × 3,0
2 | POR1 > TC -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T1 (SM2) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa A202 katalógusa 60 /M
4,0 × 3,8
0 (He) hotelben POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T2 (mp) hotelben N0 katalógusa IB katalógusa SM203
71 /M
4,5 × 2,0
0 (IIa + He)
POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T1 (SM2) hotelben N0 katalógusa IA katalógusa A204 katalógusa 65 /F
5,5 × 3,0
3
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T3 (se) hotelben N3 katalógusa IV katalógusa A205 katalógusa 54 /M
7,4 × 5,8
5
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T3 (se) hotelben N0 katalógusa II katalógusa A206 katalógusa 67 /F
5,5 × 4,0
4
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa NT katalógusa T4 (si) hotelben N2 katalógusa IV katalógusa A207 katalógusa 52 /M
6,0 × 4,0
4
POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T3 (se) hotelben N3 katalógusa IV katalógusa A208 katalógusa 75 /M
9,0 × 7,0
2 | POR1 > TC -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T2 (mp) hotelben N1 katalógusa II katalógusa A209 katalógusa 50 /F
2,3 × 0,8
3
POR2 > SIG > POR1 > TC -
POR /TUB2 katalógusa + katalógusa POR katalógusa T2 (mp) hotelben N2 katalógusa IIIA katalógusa * Japán besorolása gyomorrák, módosítani. Katalógusa † TNM osztályozás. katalógusa UGCs katalógusa, differenciálatlan gyomor carcinoma; aCGH katalógusa, Array CGH; LN katalógusa, nyirokcsomó, LS katalógusa, réteges szerkezetű TC katalógusa, Tubular alkatrész; SIG katalógusa, pecsétgyűrű sejtes karcinóma; POR katalógusa, rosszul differenciált adenocarcinoma; POR1 katalógusa, Solid POR; POR2 katalógusa, nem szilárd POR; TUB2 katalógusa, közepesen differenciált adenocarcinoma; MUC katalógusa, Mucinosus adenokarcinóma; m katalógusa, nyálkahártya; sm katalógusa, submucosát; op katalógusa, izmos propria; ss katalógusa, subserora; se katalógusa, savós expozíció; si katalógusa, invázió a szomszédos szerkezetek; M katalógusa, Férfi; F katalógusa, Nő; NT katalógusa, nem tesztelt; NI katalógusa, nem informatív. Katalógusa LS értékelést katalógusa LS definiáltuk egy korábbi vizsgálatban [17]. Röviden, LS + katalógusa régiók volt a kis karcinóma sejtek korlátozódik a stroma a mirigy-nyak szintet fokozatosan differenciálódott sejtek pecsétgyűrű a felületes (és mély) lamina propria (1a ábra). Az a tény, LS intramucosalis régióiban a tumor által meghatározott négy minták: 1) Kapcsolat a kis karcinóma sejteket a muscularis nyálkahártyák a SIG, 2) mucinosus adenocarcinoma, 3) POR és 4) a jelenlétében, egy Tc (ábra 1b- f). 1. ábra szövettani látszat intramucosalis rész differenciálatlan típusú gyomor carcinoma (UGCs). A pecsétgyűrű sejtes karcinóma (SIG) komponens egy réteges szerkezet esetén A107 (a). Kis karcinóma sejtek vannak elosztva a mélyebb része fölött, vagy a muscularis nyálkahártyák egy SIG komponens esetén M109 (B). A mucinosus adenocarcinoma komponens esetén A107 (C). A rosszul differenciált adenocarcinoma komponens esetén SM106 (D). Kisebb csőszerű alkatrészek azokban az esetekben, SM105 és SM201, illetve (E, F).
Lézermikrodisszekciós és DNS-készítményből
Tumor szövetmintákat nyertünk 5-um vastag szövettani metszeteken egy LMD6000 lézermikrodisszekcióval rendszer (Leica Microsystems, Wetzlar, Németország). Invazív rák, a DNS-mintákat nyertünk mind a intramucosalis és invazív részek. Minden egyes minta esetében, a rák szöveteket nyert egy olyan területen, > 6 mm <sup>2, amelyben a rákos sejtek elszámolni ≥70% a teljes sejtszámot. Szöveti mintákat emésztünk 200 ug /ml proteináz K oldatot körülbelül 72 órán át 37,0 ° C-on, és genomi DNS-t extraháljuk fenol /kloroform eleggyel.
Teljes genom amplifikáció
minta DNS-t amplifikáljuk a GenomePlex teljes genom Amplification Kit ( WGA2 Kit; Sigma, St. Louis, USA) [18]. Egyes DNS-minták, amelyeket nem lehetett eléggé felerősödik, a WGA5 Kit (Sigma) használtunk. Katalógusa Array CGH
oligo CGH microarray (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) használtunk Ebben a vizsgálatban, a gyártó utasításai szerint. Röviden, az amplifikált tumor és kontroll DNS-mintákat nem-enzimatikusan Cy5 jelölt és Cy3, illetve a genomiális DNS ULS Labelling Kit (Agilent), és kompetitív módon hibridizáltuk a microarray. A hibridizált tömb képek fogták egy DNS microarray szkenner (Agilent), majd a fluoreszcencia intenzitás a tumor és ellenőrzési minden egyes próba dot úgy számítottuk ki, Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). A tömb adatokat normalizálódtak genomikus Workbench szoftver Ver.5.0 (Agilent). A pozíciók oligomerek alapján a Human Genome február 2009 egységet (hg19). Copy-szám nyereségek és veszteségek meghatározása a következő volt változás a alapú logaritmusa 2 a daganat a referencia jel intenzitás arány (T /R) nagyobb, mint 0,3219, és kevesebb, mint -0,3219, ill. Katalógusa Klaszteranalízis
végre új altípus UGC minták alapján a genomi profil hasonlóság ebben a tanulmányban, a felügyelet nélküli hierarchikus cluster analízist végeztünk az egész 63 minta 29 UGC esetben használja a cluster 3.0 és TreeView szoftverek. A csoportosítási algoritmus beállítása a teljes kapcsolat klaszterezés segítségével uncentered korreláció. Annak érdekében, hogy a felügyelet nélküli klaszteranalízis végeztünk elfogulatlan csökkenése szonda szám 60,000 több ezer próbák. Erre a célra, akkor a kiválasztott nagy gének, mivel a nagyobb számú megfelelő próbák eredményezett jobb jel-zaj arány a reprezentatív gén kópiaszámát. A felügyelet nélküli stratégiája lehetővé tette számunkra, hogy egy belső standard érvényesítéséhez csoportosítás eredményeinek; a kópiaszám profilok mintákban az azonos daganat kell több, hasonló, mint bármely kópiaszám profilokat másik tumor, mert a gén változások a folyamat a karcinogenezis nagyrészt gyakoribb az azonos mintát tumor.
Statisztikai elemzések
különbségek Kontingenciatáblázatok értékelték statisztikai jelentőség szempontjából a Fisher-féle egzakt tesztet. A P < 0,05 (2-oldalas) tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. A Welch T
tesztet használtuk, hogy értékelje a különbséget az átlagos kópiaszám minden egyes szonda két klaszter a minták. A Bonferroni korrekciót alkalmaztuk, hogy korrigáljuk a többszörös összehasonlításhoz. Katalógusa Eredmények katalógusa vizsgált minták array CGH katalógusa szövetminták kivágtuk 29 archivált GC mintákban lézermikrodisszekcióval. A szöveti minta populáció 11 régió (9 intramucosalis SIG), amelyek közül 9-régiók LS + és a másik két lS-, 26 régiója (11 LS + invazív UGC), ebből 10 LS + nyálkahártya régiók, 8 volt lS- nyálkahártya régiók és 8. invazív régiókban, és 26 régiók (9 lS- /TC + invazív UGCs): 9 intramucosalis POR, 9 intramucosalis TC 8 invazív régiókban. katalógusa Genome széles kópiaszámától
a cselekmény a genetikai aberráció penetrancia minden kromoszómák látható LS + UGCs és lS- /TC + UGCs ábra a 2a és 2b ábra, ill. Copy-szám nyereségek és veszteségek gyakoribb volt lS- /TC + UGCs mint LS + UGCs. A leggyakoribb copy-szám nyereséget detektáltuk 3q26 (7/63 minta), a 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) és 12p12 (6/63), míg a leggyakoribb copy-szám veszteségek találtak 7q36 (5/63) és 12p12 (5/63). 2. ábra gyakorisága copy-szám változásokat kromoszóma szinten. A százalékos a minták, amelyek CNAS minden egyes kromoszóma az LS + UGCs (A) és lS- /TC + UGCs (B). Nyereségek és veszteségek vannak jelölve piros és zöld, ill.
Copy-szám eltérések (CNAS) közös az összes azonos mintát tumor hívták stemline változások [14] és a becsült előfordulása a legkorábbi szakaszában tumorgenesisben és lehet inherens tumor sejtvonal. Stemline nyereség 3q26 mutattunk 20/02 esetben invazív LS + UGCs és egyik sem az invazív lS- /TC + UGCs. Ezzel szemben a stemline nyeresége 5p15, 8p23 és 12p12 mutattunk 09/02 esetben invazív lS- /TC + UGCs de semmi esetre sem az invazív LS + UGCs. Nem stemline veszteséget mutattak ki semmilyen esetben UGCs.
Korábbi tanulmányok kromoszomális vagy array CGH analízis [19-27] számolt be, hogy a gyakori CNAS a gyomorrák (közös a UGC és DGC) volt kromoszóma nyereség a 3q, 5p, 7p, 8 q, 13q, 17q, 20p és 20q, és veszteséget 4q, 5q, 6q, 9p, 17p, 18q és 21q. A UGCs megvizsgálni a jelen tanulmány, minden eddig ismertetett CNAS észleltek kivéve nyereség a 17q és 20p és veszteséget 5q és 6q. Nyereség a 8p és 12p gyakori volt lS- /TC + UGCs. Copy-szám nyereség a 8q24 gyakori volt mindkét UGCs, a 20/04 esetek LS + UGCs és 3/9 esetben invazív lS- /TC + UGCs, de ezek nem voltak stemline változásokat. Katalógusa pártatlan kiválasztási gének tükröző a teljes genom adatai
besorolásához UGC minták alapján a teljes hasonlóság a profilját gén kópiaszám változások, szoktuk felügyelet nélküli hierarchikus cluster analízis. Erre a célra, szükséges volt, hogy csökkentsék a számát gén szondák használt klaszteranalízis származó 60K több ezer. A csökkentett gének száma még mindig tükrözik a teljes genom profilt, ha pártatlanul kiválasztva. Teljesíti ezeket a feltételeket, akkor a kiválasztott gének kizárólag a méret gének (a számok a megfelelő próbák). Ismételt kísérletek klaszterelemzés segítségével gének különböző minimális méretű (vagy próba szám per gén), azt tapasztaltuk, hogy a legtöbb CNAS ugyanabból tumor csoportosultak, szorosan együtt, mint bármely minta egy másik UGC eset, amikor elemeztük csak géneket 3 vagy több szondák per gén: összesen 5019 gének.
osztályozása UGC segítségével hierarchikus klaszterelemzés katalógusa alkalmaztunk egy felügyelet nélküli kétdimenziós hierarchikus klaszterezést algoritmus, összesen 63 DNS-minták 29 UGCs. A mintákat sorolni két fő klaszterek az A és B, hasonlóságon alapuló a genomban profil (3. ábra). 63 minta, 30 LS + UGCs soroltuk cluster és csak 7 a klaszter B. lS- /TC + UGCs, 8 minta soroltuk cluster és 18 a klaszter B. Minden intramucosalis LS + UGCs szerepeltek klaszter A. klaszterek az a és B szignifikánsan különböző arányú morfológiai altípusok (P = 0,0001). 3. ábra A nem felügyelt hierarchikus klaszteranalízis tömbalapú összehasonlító genomi hibridizáció (aCGH) adatai szerint. Gén kópia-számát nyereségek és veszteségek jelzi piros és zöld, ill. Összesen 63 mintát 29 UGCs soroltuk két fő kategóriába sorolja: A és B. A legtöbb minta az LS + UGCs vontak be cluster és a legtöbb lS- /TC + UGCs mintákat klaszter B. Minden intramucosalis LS + UGCs vontak be cluster A. katalógusa kópiaszámától myc katalógusa és TP53 Matton nyeresége a 8q24 gyakoriak voltak változások mind LS + és lS- /TC + UGCs. A képviselő gének található ebben lókusz MYC.
Nyereségeket myc katalógusa mutattunk 2/11 A intramucosalis LS + UGCs (18,2%), 6/26 LS + UGC (23,1%) és 8/26 az invazív lS- /TC + UGCs (30,1%). Az agresszív mintázat (MYC + katalógusa és /vagy TP53 katalógusa -) volt kimutatható 11/06 A intramucosalis LS + UGCs (54,5%), 11/26 invazív LS + UGCs (42,3%) és a 20/26 invazív LS - /TC + UGCs (76,9%; 4. ábra). Ezért az agresszív mintázat gyakrabban kimutatható invazív lS- /TC + UGCs mint LS + UGCs (P = 0,0195). Az alvó mód (MYC katalógusa - és TP53 + katalógusa) nem volt kimutatható semmilyen, a UGC minták, még azok is, honnan intramucosalis GC (4. ábra). 4. ábra Array CGH adatok MYC és TP53 LS + UGCs és lS- /TC + UGCs. LS + UGCs oszlanak intramucosalis rák és az invazív rák. Számok: a 2-es alapú logaritmusa teszt /referencia jel intenzitás arányai array CGH adatok. Jelentős nyereséget és veszteséget jelzett piros és zöld, ill. A mintákat jelzett és anélkül szürke árrés tartalmazza klaszter B és cluster A, illetve a 3. ábrán
kópiaszámától gének eltérő MYC katalógusa vagy TP53
Mint fent említettük, 5p15 volt az egyik leggyakoribb nyereség helyek invazív lS- /TC + UGCs (8/26; 30,7%), de nem volt kimutatható bármelyik 37 intramucosalis és invazív LS + UGCs (2. ábra). A target gének található ez a lókusz között lehetnek a telomeráz reverz transzkriptáz gén (TERT katalógusa), mert a TERT katalógusa gyarapodás gyakrabban kimutatható invazív lS- /TC + UGCs mint intramucosalis és invazív LS + UGCs (16/26 vs. 1/37, a P < 0,0001) (5. ábra). Ezzel ellentétben, a veszteségek terc katalógusa mutattunk 4/37 mintát intramucosalis és invazív LS + UGCs (10,8%), de nem invazív lS- /TC + UGCs. 5. ábra Array CGH adatok a gének eltérő MYC és TP53 jelentősen különböző T /R arány a klaszterek között az A és B UGCs vannak osztva klaszterek A és B, hogy meghatároztuk a 3. ábra A hő térkép mutatja, a 2 alap logaritmusa teszt /referencia jel intenzitás arányai array CGH adatok. Nyereségek és veszteségek vannak jelölve piros és zöld, ill.
Welch t katalógusa tesztet végeztünk, hogy összehasonlítsuk az átlagos T /R aránya a minták cluster és a klaszter B minden 2756 szonda loci 979 rákos val kapcsolatos géneket. Negyvenhárom gén szondák tartozó 40 gének, szignifikánsan eltérő átlagos T /R arány a klaszterek között az A és B olyan szinten a P < 0.05 után Bonferroni korrekciót (2. táblázat). A 40 gének, 6 gén (KIT katalógusa, RAN katalógusa, RAB39B katalógusa, RAB9A katalógusa, RAB37 katalógusa és TERT katalógusa), beleértve a proto-onkogének, hozták összefüggésbe a fokozott tumor növekedés, és a 8. gének (ETS1 katalógusa, SPI1 katalógusa, ETV6 katalógusa, EPHA7 katalógusa, EPHA5 katalógusa, EPHB2 katalógusa, EPHA10 katalógusa és TRIO katalógusa) invázióban /metasztázis és 3 gének (APC, NF1
és a MEN-1
) a tumor elnyomás (2. táblázat). A legtöbb log <sub>2 T /R arány a 43 megkülönböztető gén próbákat az ellenkező előjelű klaszterek közötti az A és B, nagyobb abszolút értékek klaszter B (5 ábra) .table 2 jegyzéke 40 gének, amelyek CNAS jelentősen különböző csoportosulások közti a és B
Probe név Matton Hely Matton neve Gene Matton Leírás Matton P-érték Matton pvalue után Bonferroni korrekciót Matton A_16_P41637097 katalógusa Xp21.2 katalógusa DMD Matton disztrofin katalógusa 4.541E-08 katalógusa 1.251E-04 katalógusa A_14_P133591 katalógusa 5q21- q22 katalógusa APC Matton adenomatosus polyposis coli katalógusa 5.774E-08 katalógusa 1.591E-04 katalógusa A_14_P130973 katalógusa 4q11-q12 katalógusa * KIT Matton v -KIT Hardy-Zuckerman 4 macska szarkóma virális onkogén homológ katalógusa 1.047E-07 katalógusa 2.886E-04 katalógusa A_14_P125447 katalógusa 13q12-q14 katalógusa SMAD9 Matton SMAD családtag 9
1.373E-07 katalógusa 3.784E-04 katalógusa A_14_P100439 katalógusa 12q24.3 katalógusa * RAN Matton tagja RAS onkogén család katalógusa 1.876E-07 katalógusa 5.171E -04 katalógusa A_14_P102616 katalógusa 20q11.2 katalógusa GDF5 Matton növekedési differenciálódási faktor 5 katalógusa 2.828E-07 katalógusa 7.794E-04 katalógusa A_14_P133647 katalógusa 11q23.3
** ETS1 Matton v-etserythroblastosis vírus E26 onkogén homológ 1 (madár-) katalógusa 5.603E-07 katalógusa 0,0015 katalógusa A_14_P138640 katalógusa 5p14.3 katalógusa CDH18
katalógusa cadherin 18, 2-es típusú katalógusa 6.138E-07 katalógusa 0,0017 katalógusa A_14_P128664 katalógusa 18q23 katalógusa ATP9B Matton ATP-II osztály, típus 9B katalógusa 6.474E -07 katalógusa 0,0018 katalógusa A_14_P124801 katalógusa 19p12 katalógusa PBX4

pre-B-sejtes leukémia homeobox 4 katalógusa 1.010E-06 katalógusa 0,0028 katalógusa A_14_P118423 katalógusa Xq28 katalógusa * RAB39B Matton tagja RAS onkogén család katalógusa 1.573E-06 katalógusa 0,0043 katalógusa A_14_P134602 katalógusa 17q11.2 katalógusa NF1 Matton neurofibromin 1
1.802E-06 katalógusa 0,0050 katalógusa A_14_P120351 katalógusa 5q31.1 katalógusa IL5 Matton interleukin-5 (kolónia-stimuláló faktor, eozinofil) hotelben 1.988E-06 katalógusa 0,0055 katalógusa A_14_P125637 katalógusa 6q16.1 katalógusa ** EPHA7
EPH receptor A7 katalógusa 2.153E-06 katalógusa 0,0059 katalógusa A_14_P100300 katalógusa 13q12-q14 katalógusa SMAD9 Matton SMAD családtag 9 katalógusa 2.525E-06 katalógusa 0,0070 katalógusa A_14_P201681 katalógusa 7p21.1 katalógusa ITGB8 Matton integrin béta 8 katalógusa 2,589 E-06 katalógusa 0,0071 katalógusa A_14_P130112 katalógusa Xp22.2 katalógusa * RAB9A Matton RAB9A tagja RAS onkogén család katalógusa 2.949E-06 katalógusa 0,0081 katalógusa A_14_P120484
1q41 katalógusa RPS6KC1 Matton riboszóma protein S6 kináz, 52 kDa, polipeptid 1 katalógusa 3.052E-06 katalógusa 0,0084 katalógusa A_16_P16709446 katalógusa 4q13.1 katalógusa ** EPHA5 Matton EPH receptor A5 katalógusa 3.584E-06 katalógusa 0,0099 katalógusa A_14_P201127 katalógusa 2q32 katalógusa DLX2 Matton distalis-kevésbé homeobox 2 | 3.703E-06
0,0102
A_14_P126957 katalógusa 11p11.2 katalógusa ** SPI1 Matton lép fókusz képező vírus (SFFV) provirális integrálódás onkogén katalógusa 4.334E-06 katalógusa 0,0119 katalógusa A_14_P104667 katalógusa 8q22.2 katalógusa STK3 Matton szerin /treonin kináz 3 katalógusa 4.386E-06 katalógusa 0,0121 katalógusa A_14_P137889 katalógusa 14q13.3 katalógusa NKX2-8
NK2 homeobox 8 katalógusa 5.393E-06 katalógusa 0,0149 katalógusa A_14_P109970 katalógusa 1p36.1-p35 katalógusa ** EPHB2 Matton Ef receptor B2 katalógusa 6,637 E-06 katalógusa 0,0183 katalógusa A_14_P118116 katalógusa Xp21.2 katalógusa DMD Matton disztrofin katalógusa 8.087E-06 katalógusa 0,0223 katalógusa A_16_P01378894 katalógusa 5q34 katalógusa ATP10B Matton ATP-osztály V. típusú 10B katalógusa 8.165E-06 katalógusa 0,0225 katalógusa A_14_P139456 katalógusa 17q25.1 katalógusa * RAB37 Matton tagja RAS onkogén család
1.001E-05 katalógusa 0,0276 katalógusa A_14_P111361 katalógusa 17q21.2 katalógusa KRT33B Matton keratin 33B katalógusa 1.069E-05 katalógusa 0,0295 katalógusa A_14_P134909
19p13.3-p13.2 katalógusa INSR Matton inzulin receptor katalógusa 1.110E-05 katalógusa 0,0306 katalógusa A_16_P02740008 katalógusa 13q12 katalógusa ATP8A2 Matton ATPáz , aminophospholipid transzporter I. osztályú típus 8A tag 2 | 1.129E-05 katalógusa 0,0311 katalógusa A_14_P102858 katalógusa 1q42 katalógusa KIAA1804 Matton vegyes eredetű kináz 4 katalógusa 1.155E -05 katalógusa 0,0318 katalógusa A_14_P113857 katalógusa 12p13 katalógusa ** ETV6 Matton ets változat 6 katalógusa 1.172E-05 katalógusa 0,0323 katalógusa A_14_P115054 katalógusa 16q22.3
ZFHX3 Matton cink-ujj homeobox 3 katalógusa 1.180E-05 katalógusa 0,0325 katalógusa A_14_P138431 katalógusa 1p32-p31 katalógusa ROR1 Matton receptor tirozin-kináz-szerű árva receptor 1 katalógusa 1,209 E-05 katalógusa 0,0333 katalógusa A_18_P22746653 katalógusa 3p25.3 katalógusa ATP2B2 Matton áz, Ca ++ szállítása, plazmamembrán 2 | 1.282E-05
0,0353 katalógusa A_14_P105811 katalógusa 11q13 katalógusa MEN-1 Matton multiplex endokrin neoplasia I
1.318E-05 katalógusa 0,0363 katalógusa A_14_P136621 katalógusa 18q11.2 katalógusa CDH2 Matton cadherin 2, 1-es típusú, N-cadherin (neuronális) hotelben 1.420E-05 katalógusa 0,0391 katalógusa A_14_P103176 katalógusa 1p34.3 katalógusa ** EPHA10 katalógusa</sub></sup>