Retrospektívne prehľad za použitia cieleného hlbokú sekvenovanie odhalí mutačné rozdiely medzi gastroezofageálneho spojenia a žalúdočných karcinómov

Retrospektívne prehľad za použitia cieleného hlbokú sekvenovanie odhalí mutačné rozdiely medzi gastroezofageálneho spojenia a žalúdočných karcinómov
abstraktné
pozadia
adenokarcinóm oboch gastroezofageálneho spojenia a žalúdok sú molekulárno zložité, ale líšia sa s ohľadom na epidemiológie, etiológie a prežitie. Existuje len málo údajov priamo porovnávajúcej početnosť výskytu jednonukleotidových mutácií v génoch súvisiacich s rakovinou medzi dvoma lokalitami. Sekvenovania cieľových génov panelov môžu byť užitočné pri odhaľovaní viacerých genómovej aberácie pomocou jediného testu.
Metódy
DNA z 92 gastroezofageálneho spojenia a 75 resekčných vzoriek adenokarcinóme žalúdka bola extrahovaná z formalínom fixovaných v parafínu zaliate tkaniva. Cielené hlboké sekvenovania 46 génov súvisiacich s rakovinou sa vykonáva pomocou emulznej PCR nasledované polovodičov na báze sekvenovania. Gastroesophageal križovatkou a žalúdočné karcinómy boli kontrastovala s ohľadom na mutačných profilov, imunohistochémia a in situ hybridizácia
, rovnako ako zodpovedajúce klinickej jednotky dát.
Výsledky
gastroezofageálneho spojenia karcinómy boli spojené s mladšom veku, častejším črevným typu histológia, častejšie p53 nadmerné expresie, a horšie prežívanie bez ochorenia na multivariable analýze. Zo všetkých prípadoch, 145 mutácie boli zistené v 31 génov. TP53
mutácie boli najčastejšie zistené abnormality a boli častejšie u gastroezofageálneho spojenia karcinómov (42% verzus 27%, p = 0,036). Mutácie v Wnt dráha komponenty APC stroje a CTNNB1
boli častejšie u žalúdočných karcinómov (16% vs. 3%, p = 0,006), a žalúdočné karcinómy bola väčšia pravdepodobnosť, že ≥3 mutácie Ovládač zistil (11% verzus 2%, p = 0,044). Dvadsať percent prípadov malo potenciálne žalovateľné identifikovaných mutácií. R132H a R132C missense mutácie v géne IDH1
boli pozorované a sú prvýkrát zaznamenaná mutácie svojho druhu v karcinómu žalúdka.
Závery
sekvenčné panel rutinného patológie materiálu môže priniesť mutačné informácie o niekoľkých génov vodiča, vrátane niektorých, pre ktoré cielené terapie sú k dispozícii. Rozdielne sadzby mutácií a patologickým rozdiely podporujú rozdiel medzi adenokarcinómy, ktoré vznikajú v gastroezofageálneho spojenia a tie, ktoré vznikajú v žalúdku správny.
Kľúčové
rakovinou žalúdka gastroezofageálny rakovina križovatka rakovinou žalúdka genomika žalúdka sekvenčné rakovina pozadia
žalúdočné rakovina predstavuje viac ako 10.000 úmrtí ročne v Spojených štátoch [1], a je druhou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu po celom svete [2]. Hoci karcinómy gastroezofageálneho spojenia (ġej) boli zoskupené s žalúdočných karcinómov u onkologických registrov a v klinických štúdiách pre cielenej liečby [3], lézie na týchto dvoch miestach majú výrazné klinické prejavy. Adenokarcinóm žalúdka správnej sú spôsobené najmä Helicobacter pylori infekcie
[4] a klesá vo výskyte na svete [1]. Na rozdiel od rakoviny ġej sú najviac spojené s refluxnej choroby pažeráka [2-5] a obezity [6], a výskyt ġej karcinómov zostáva stabilný v priebehu posledných 20 rokov [7]. Okrem toho, prognóza ġej karcinómov už bolo uvedené, že je horší ako žalúdočné karcinómy, a tam je neistota, či ġej karcinómy by mal byť predstavený ako žalúdka alebo pažeráka nádorov [8]. Rozlišovanie medzi nimi karcinómy ġej, pažeráka, žalúdka a môže zvýšiť zber zmysluplných epidemiologických dát a mať za následok väčšiu presnosť riadenia [9].
Niekoľko štúdií si všimli rozdiely v molekulárnej charakteristiky ġej karcinómov oproti tým, ktoré vzniknú inde v žalúdku. TP53
mutácie sú častejšie v ġej než v distálnej žalúdku, zatiaľ čo strata heterozygosity z nasledujúcich TP53
lokuse je tiež častejšia u ġej nádorov [10,11]. Významné rozdiely v metylácie promótorom miery APC stroje a CDKN2A
tiež boli popísané [12]. Okrem toho boli tiež preukázané, rozdiely v APC
mutácie sadzieb a expresiu proteínu, ako aj rozdiely v globálnej profilov génovej expresie medzi dvoma sieťami [13-16].
Testovanie amplifikáciou ErbB2
( tiež známy ako HER2
) génu v žalúdku a gastroezofageálneho spojenia rakoviny je teraz bežnou praxou v mnohých inštitúcií [17]. Podobne, testovanie mutácií vodiča, najmä jednonukleotidových substitúciou, v onkogénov a supresorových génov nádoru v súčasnosti informuje o liečbu v adenokarcinómov ostatných lokalít, ako pľúc a hrubého čreva [18-20]. Ako ďalšie molekulárne ciele sú objavené v celej miestach ochorenia, bude potrebné účinné analytické metódy na stanovenie citlivosti nádorových ochorení "pre cielenú liečbu.
Sekvenovanie novej generácie môžu byť použité v blízkej budúcnosti pre dotazovanie viac génov v jednej vzorke, a tieto údaje by mohli byť použité na informovanie lekárom mutácií vodiča a viesť cielenú liečbu. Cielené sekvenčné panel je forma sekvenovania novej generácie, kde sa detekované jednonukleotidových varianty v obmedzenom počte vopred určená genomická loci, ktoré úmyselne sú často prognosticky a terapeuticky kritická. Sekvenovania panel umožňuje multiplexovanie vzoriek, a pokrývajúce (viac ako 500x) uľahčuje analýzu suboptimálne šablóny materiálu z archívneho tkaniva a vzorky s nízkou nádorovú bunkovom. Čím užšie set génov taktiež umožňuje rýchlejšie spracovanie vzorky a bioinformačných analýzy. Tak, žalovateľné výsledky možno dosiahnuť v priebehu niekoľkých dní, nie týždňov, v porovnaní s celým genómom a exome prístupov. Dáta je však obmedzená vo svojej podstate skresleného výberu génov, a neschopnosť detekovať zmeny v počte kópií, stratu heterozygotnosti a štrukturálne preskupenie génov, ako sú fúzie. To znamená, že efektívne využitie NGS vyžaduje starostlivé posúdenie technológií, obmedzenie testu, požiadavky na šablónu a výskum a klinické otázky brané do úvahy.
Ciele tejto štúdie bolo skúmať užitočnosť sekvenovania panelu na formalínom fixované paraffin- vložený (FFPE) tkanivo, a porovnať klinicky komentovaný ġej a žalúdočných karcinómov pomocou panela sekvenovania hotspotov 46 génov s rakovinou. Tiež sme sa snažili porovnať frekvencia mutácií identifikovaných s panelom sekvenovania hotspotov proti celej exome sekvenovania s využitím verejne dostupné údaje z The Cancer Genome Atlas.
Metódy
Case výber a získavanie dát patologickým
inštitucionálnej etiky schválenie bola získaná z University of British Columbia /Britská Kolumbia agentúry pre výskum rakoviny etické dosky (# H07-2807) a výskum bol vykonaný v súlade s vyhlásením v Helsinkách. Prípady karcinómu žalúdka boli získané z oddelenia archívov z Britskej Kolumbie agentúry Cancer (BCCA), provinčné postúpenia centra. Kritériá pre zaradenie boli postúpenie agentúry v rokoch 2004 až 2010 k dispozícii FFPE tkanivo z chirurgickej resekcii primárneho nádoru, kompletné patologickým dát, vrátane klinických výsledkov na sledovanie a absencia metastatické ochorenie u prezentácie. Biopsia primárnych a metastatických lézií boli vylúčené z dôvodu absencie úplných patologických dát. Poloha ġej bola definovaná ako lézie s epicentrom do 5 cm od proximálneho konca žalúdočných Rugal záhybov [21]. Nerozlišuje sa medzi nádory vzhľadom na umiestnenie ich epicentra v 5 cm od ġej (tj typu Siewerta sa nezaznamenajú) [22]. Karcinómy umiestnené výlučne v pažeráku boli vylúčené, podľa najnovších kritérií Svetovej zdravotníckej organizácie [21]. Všetky gastrických nádorov umiestnené distálne k ġej sa odloží do koša a súčasne pre túto štúdiu. Patologickým údaje boli zhromaždené retrospektívne prostredníctvom revízie grafov pacientov členom klinického tímu, ako aj prostredníctvom revízie patologických správach.
Tissue microarray konštrukcie, imunohistochémia a in situ hybridizácia
Tissue microarray stavby bolo vykonáva pomocou dvoch 0,6 mm jadra z dvoch samostatných častí nádoru. Imunohistochemické farbenie na p53 (1: 100; klon DO-7, Ventana Medical Systems, Tucson, AZ), Baf250a (1:75; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) a opravy nesúlad (MMR) proteíny vrátane hMLH1 (01:25, klon ES05, ​​Leica, Wetzlar, Nemecko), MSH2 (1: 5, klon 25D12, Leica), hMSH6 (1: 300, klon PU29, Leica) a hPMS2 (1: 150, klon MOR4G, Leica ) bola vykonaná na XT plošiny (Ventana). Expresia proteínu p53 bola hodnotená ako chýbajúce (menej ako 1% nukleárna farbenie), normálne (1-60% nukleárny farbenie akejkoľvek intenzity), alebo nadmerná expresia (viac ako 60% nukleárnej farbenie akejkoľvek intenzity). Baf250a a MMR proteíny boli hodnotené ako intaktné (≥1% farbením) alebo negatívne (menej ako 1% sfarbenie) na základe expresie proteínu špecificky v nádorových bunkách (tj. Imunitné a stromálne expresie bola ignorovaná). ErbB2
striebra in situ hybridizácia
(Sish) bola vykonaná s použitím automatického IHC /ISH farbenie platformy XT (Ventana). ErbB2
: CEP17 pomer < 2.0 bol klasifikovaný ako non-zosilnený, a hodnota ≥2.0 ako zosilnený. Výpočet Sish signálov sa na základe zistených protokoly [17].
Spracovanie vzorky DNA, sekvenovanie, a variant volania
V každom prípade, Hematoxylin a eozín sklíčka boli použité ako vodítko macrodissection alebo rolovanie nádorového tkaniva FFPE kĺže po navrhovať nádorov pomocou anatomické patológom. Nádor DNA z každého prípadu bola extrahovaná Qiagen FFPE extrakciu DNA kitu (Qiagen, Venlo, Holandsko); č zárodočnej DNA bola extrahovaná. Extrahovaná DNA bola kvantifikovaná pomocou testu qubit HS dsDNA (Life Technologies Gaithersburg, MD, USA); Vo všetkých prípadoch mali minimálne 10 ng DNA extrahovanej z FFPE, v súlade s predtým vykazovaný požiadavka na stanovenie [21]. bolo potrebné minimálne A260 /280 pomer 1,8 pre každú vzorku DNA. DNA amplicon knižnica Stavba bola vykonaná za použitia DNA priméry z v1 Ion Ampliseq ™ Cancer Hotspot panel (Life Technologies). Súprava sa skladá z 207 párov primérov, ktoré pokrývajú 739 hotspotov v rámci 46 génov súvisiacich s rakovinou (ďalší súbor 1: Tabuľka S1). Indexované amplikónu knižnice boli zlúčené pre emulzie PCR a sekvenovanie na platforme Ion Torrent PGM (Life Technologies). bolo potrebné minimálne aspoň 500x pokrytie párov báz pre každý prípad. Variant volanie bola vykonaná s použitím v2.2 Torrent variant volajúceho (Life Technologies) pomocou referenčnej hg19 genóm. Varianty prítomný iba pri frekvenciách ≥5% boli považované. Vzhľadom k tomu, zárodočnú DNA bola k dispozícii pre porovnanie varianty boli vylúčené z možných somatických mutácií v prípade, že boli identifikované ako jednonukleotidových polymorfizmy s priemernou frekvenciou alel > .... 0 rámci databázy dbSNP (www NCBI NLM NIH gov /SNP); Ich status ako non-zárodočnej variantov bola ďalej potvrdená pomocou PubMed vyhľadávania (www. NCBI. NLM. NIH. Gov /PubMed).
Porovnaní s Cancer Genome Atlas (TCGA) údaje
Kurátori somatická mutácia vyzýva na 281 TCGA vzorky žalúdočné adenokarcinóm sa známymi anatomických lokalít boli získané z TCGA portálu dát (http: ... //tcga dátový NCI NIH gov /tcga /), 19. februára 2014. mutácie kódujúci proteín sa nachádza v regiónoch zosilniť panel v1 Ion Ampliseq ™ Cancer Hotspot v každom zo 46 génov boli získané pre prípady a stratifikovaný podľa miesta (60 kardio /proximálnej a gastroezofageálneho spojenia proti
221 fundu /tela, antra /distálnej a žalúdka NOS). Číslo Kopírovanie dát, RNA expresných dát a expresiu proteínu údaje neboli považované ako naše vlastné test zistí iba jedného nukleotidu varianty (SNVs) a malých párov báz inzercie /delécie (INDELs). Frekvencia mutácií, a to bez ohľadu na typ mutácie, boli porovnané proti hotspot viacnásobné sekvenčné panelu, ktoré sme vykonali.
Analýza dát
Mann-Whitney U-testy a Student t-testy boli použité pre porovnanie lineárne premenné, kde je to vhodné. Fisherov presný a chi-kvadrát test, kde je to vhodné, boli použité na porovnanie kategorické hodnoty. Prežitie analýzy boli vykonané pomocou log-rank (Kaplan-Meier) a COX proporčne rizík testy. Medzi 46 gény panelu boli mapované na Kjótsky Encyklopédia génov a genómov (KEGG) [22,23] a programom Ingenuity® Integrovaného Pathway Analysis (Qiagen) na identifikáciu onkogénnych ciest a sietí obohatené pre mutácie a testovanie štatisticky významných rozdielov medzi gastroezofageálneho spojenia a vzoriek adenokarcinóme žalúdka. P
hodnoty boli korigované na viacnásobné testy za použitia korekcie Benjamin-Hochberg (BH) [24]. Všetky štatistické testy boli dvojchvostý a P
hodnota < 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú. Štatistické analýzy boli vykonané pomocou SPSS Statistics software (V22, IBM, Armonk, NJ, USA) a R štatistického jazyka v.2.15.1 (R jadro Team (2012) R: .. Jazyk a prostredie pre štatistické výpočty R Foundation for , štatistické výpočty, Viedeň, Rakúsko ISBN 3-900051-07-0, URL http: ... //www R-project org /)
Výsledky
v rámci oddelení archívov v BCCA, 229 resekcia vzorky žalúdočné a ġej karcinómov boli získané od roku 2004 do roku 2010 a boli k dispozícii pre výstavbu mikroskopické sústavy tkanív. DNA bola k dispozícii pre ťažbu na 176 prípadov. Č patologickým dáta boli k dispozícii pre koreláciu v 6 prípadoch. Tri prípady mali metastatické ochorenie zdokumentovaný do jedného mesiaca od predloženia, a tie boli vylúčené z analýzy. Zo zostávajúcich 167 prípadov, 92 vznikol v gastroezofageálneho spojenia a 75 vznikol v zostávajúcej časti žalúdka (obrázok 1). Obrázok 1 Vývojový diagram uvádzajúci výberu prípadu a vylúčenie z kohorty.
patologickým rozdiely medzi ġej a žalúdočných karcinómov
patologickým črty týchto prípadoch sú zhrnuté v tabuľke 1 a anonymné klinické údaje sú uvedené v doplnkovom súboru (ďalší súbor 2: Tabuľka S2). Ġej karcinómy boli spojené s mladšom veku pri resekcii, častejšie črevné typu a menej časté difúzny histológia, častejšia p53 nadmernou expresiou a menej časté strata expresie p53, častejšie v štádiu III choroby, menej časté ochorenie v štádiu I a častejšie recidívy. Prežívanie bez príznakov ochorenia bol výrazne horší u pacientov s karcinómami ġej (obr 2A), hoci dve kohorty neboli štatisticky významný rozdiel z hľadiska celkového prežitia (obrázok 2B). Iné patologickým vlastnosti boli podobné medzi nádory dvoch miestach, vrátane T-fáze, zapojenie resekcia rozpätie, ErbB2
zosilnenie, a straty proteínov MMR (Tabuľka 1). Podiel difúznych karcinómov v klasifikácii Lauren) bola podobná medzi týmito dvoma miestami. Podskupina analýza iba karcinómov čreva typu ukázala pretrvávajúce rozdiely medzi ġej a žalúdočných karcinómov u prežitia bez choroby a expresie p53. Rozdiely vo veku, expresie p53 a výsledok trval, keď brala do úvahy iba karcinómy čreva typu, rovnako ako keď boli nádory stratifikovaní do troch podtypov (bližšie non-difúzna, rozptýlený, a distálnej non-rozptýlených), ako navrhol Shah et al. [16] (Ďalší súbor 3: Tabuľka S3) .Table 1 Zhrnutie clinocopathologic premenných v patologickým premenných kohorty v rámci CARDIA a non-kardio adenokarcinómu
patologickým premennú
gastroezofageálneho spojenia (n = 92)
Non-kardia (n = 75)
Celkovo (n = 167)
p
Vek (priemer, rokov)
61,5 + /- 9,6 [33-80]
66,3 +/- 11,9 [33-84]
63,7 +/- 10,9 [33-84]
0,001
sex
0,297
Muž
70 (76)
51 (68)
121 (73)
Žena
22 (24)
24 (32)
46 (27)
histologickú podtyp (Lauren)
0,008
črevnej
65 (71)
36 (48)
101 (60)
Difúzna
15 (16)
26 (35)
41 (25)
Mixed
12 (13)
13 (17)
25 (15)
Stage (AJCC)
0,031
IA-B
10 (11)
19 (25)
29 (17)
IIA-B
60 (65)
45 (60)
105 (63)
III-AC
22 (24)
11 (15)
33 (20)
Grade
0,415
dobre diferencovaných (G1)
4 (5)
10 (6)
Stredne diferencovaný (G2)
39 (42)
25 (33)
64 (38)
zle diferencované (G3)
47 (51)
46 (61)
93 (56)
resekčné okraje
0,306
nepostihnuté
74 (80)
65 (87)
139 (83)
podieľa
18 (20)
10 (13)
28 (17)
zosilnenie ErbB2
0,654
Absent
78 (85)
66 (88)
144 (86)
Prezentujte
14 (15)
9 (12)
23 (14)
BAF250a (ARID1A) výraz
0,111
v neporušenom stave
73 (79)
51 (68)
124 (74)
neprítomný
19 (21)
24 (32)
43 (26)
p53
2.8x10 -4
0 - chýba
32 (35)
47 (63)
79 (47) foto 1 - normálny (1-60%)
17 (19)
14 (19)
31 (19)
2 - zvýšená (viac ako 60%)
43 (47)
14 (19)
57 (34)
nezhoda reparačných proteínov
0,244
Intact
77 (84)
57 (76)
135 (80)
Abnormálne
15 (16)
18 (24)
33 (20)
počet recidív
57 (62)
32 (43)
89 (53)
0,019
medián prežívania bez progresie (mesiace)
12
18
15 EU Počet úmrtí
69 (75)
48 (64)
117 (70)
0,130
medián celkového prežívania (mesiace )
18,0
23,0
20,0
Obrázok 2 Porovnanie prežitie bez choroby a celkového prežitia medzi pacientmi s refluxnej a žalúdočných karcinómov. A) Prežívanie bez známok ochorenia bol výrazne horší pre gastroesophageal karcinómy (plné čiary) v porovnaní s žalúdočnými carcinoms (prerušovanou čiarou), log-rank test; p = 0,002, hoci B) celkového prežitia nelíšila medzi dvoma sieťami ochorenia (log-rank test;. p = 0,225)
Na multivariable analýzy, miesto ġej bola nezávisle spájaná s horšou prežívania bez ochorenia (Cox proporcionálny Hazard = 2,08 [95% interval spoľahlivosti: 1,25-3,44], p = 0,005) spolu so štatútom marže a mikrosatelitních nestability (ďalší súbor 4: Tabuľka S4). Vek, stupeň tumoru a zapojenie marže boli nezávisle prognostický celkového prežitia (Ďalší súbor 5: Tabuľka S5).
Identifikovaných mutácií s rakovinou
panelu medzi všetkými prípadmi, 145 mutácie boli zistené v 31 génoch, s zistená 75 mutácií medzi 57 nádorov z ġej a 70 mutácií detegovaných medzi 43 nádorov žalúdka (obrázok 3). Žiadne mutácie boli zistené u 35 (38%) a 32 (43%) nádorov, z ġej a žalúdka, v danom poradí. TP53
bola najčastejšie mutované gény, s variantmi identifikovaných v 59 zo 167 prípadov (35%). Budúci najčastejšie mutované gény boli PI3KCA
(6%), CTNNB1
(5%), Kras
(5%) a SMAD4
(4%). Iné varianty zahrnuté hotspot mutácie v IDH1
(2 prípady), JAK3
(3 prípady) a FLT3
(2 prípady). Jedna mutácia bola identifikovaná v 70 prípadoch (42%), 2 mutácie boli zistené v 20 prípadoch (12%), a ≥ 3 mutácie boli zistené v 10 prípadoch (6%). Obrázok 3 Somatické mutácie identifikované v gastroezofageálneho spojenia a žalúdočných karcinómov. TP53
mutácie boli identifikované vo väčšom podielom gastroezofageálneho spojenia nádorov, zatiaľ čo abnormality v APC
/CTNNB1
vyskytli častejšie u nádorov žalúdka. Čierne bloky predstavujú orezávanie mutácie, zatiaľ čo šedivé bloky predstavujú missense mutácie. Prípady a gény, v ktorých mutácie neboli identifikované nie sú zahrnuté.
Neboli zistené žiadne mutácie v rámci hotspot regiónoch ALK
CSF1R
EGFR
FGFR2
HNF1A
Hraše
, JAK2
, MPL
, NPM1
NRO
, SRC
, STK11
alebo VHL
. Všetky varianty hovory sú k dispozícii v doplňujúcich údajov (ďalšie súbor 6: Tabuľka S6).
Rozdiely v mutáciami medzi ġej a žalúdka
TP53
mutácie boli zistené v 39 z 92 (42%) ġej nádorov , a v 20 z 75 (27%), gastrických nádorov (p = 0,036). Keď rozdelená na 3 subtypy navrhnutých Shah et al. [16], TP53
mutácie sa vyskytovali častejšie v proximálnych nondiffuse rakoviny (44%) než u difúznych rakoviny (37%) a distálnej nondiffuse rakoviny (20%, p = 0,024). Táto klasifikácia tiež ukázalo, častejšie mutácie v géne KRAS
v distálnom nondiffuse nádorov (12%) v porovnaní proximálny nondiffuse (3%) a difúzna (0%) karcinómov (p = 0,12). Žiadne významné rozdiely v kmitočtoch mutácií boli prítomné medzi ostatnými jednotlivých génov v paneli. Dve zložky Wnt dráhy, APC stroje a CTNNB1
, boli súhrnne mutovaný častejšie v žalúdočných karcinómov ako v ġej nádorov (16% vs. 3%, p = 0,006). Žalúdočné karcinómy častejšie mali mutácie do 3 alebo viac génov (11% vs. 2%, p = 0,044; obrázok 4). Žiadne rozdiely v zapojení onkogénnych dráh boli zaznamenané medzi dvoma sieťami, na základe mutácií profilov. Obrázok 4 Rozmery ġej a žalúdočné karcinómy s počtom zistených celkových a žalovateľné mutácií. Pevné tmavé oblasti v stĺpcoch predstavujú prípady s 1 mutáciou, tmavé diagonálne lemované oblasti predstavujú prípady s 2 mutáciami, a všimol oblasti predstavujú prípady s 3 alebo viac mutácií.
Potenciálne žalovateľné mutácie
Cielené terapie sú k dispozícii alebo vo vývoji mutácie vyskytujúce sa v týchto génoch: Akt
[25] BRAF
[26] ErbB2
[27], erbB4
[28], FGFR1
[29], FGFR3
[30] flt3
[31,32], IDH1
[33], JAK3
[31], KDR
[34,35], Kras
[36], MET
[34], PDGFRA
[37], PIK3CA
[25], Ptení
[25], PTPN11
[38], RET
[39], SMO
[40]. Mutácie v týchto génov boli identifikované v 32 prípadoch (19%), vrátane prípadov, 6 (4%) s 2 mutáciami a 3 prípadoch (2%) s ≥3 mutácií. Distribúcia stíhateľné mutácií nebola významne odlišná medzi ġej a žalúdočných karcinómov. (P = 0,327; obrázok 4)
prognostický význam mutácií
erbB4
mutácie boli spojené s horšie prežívanie bez ochorenia (p = 0,018 ), zatiaľ čo tam bol trend k horšiemu prežitie bez choroby spojené s mutáciami v ABL1
(p = 0,063) a JAK3
(p = 0,059). Žiadna z týchto mutácií boli po zohľadnení veku, pohlavia, Lauren subtypu, javisko, platovej triedy a postavenie marží prognosticky významné. Mutácie v géne BRAF
(p 0,001), FGFR3
(p 0,001), Flt3
(p 0,001) boli spojené s horšie celkové prežitie na jednorozmerné analýze v dôsledku jedného prípadu s mutáciami vo všetkých troch týchto génov.). BRAF mutácie
zostal prognosticky významné po zohľadnení veku, pohlavia, Lauren subtypu, javisko, platovej triedy a postavenie marže (p = 0,002).
Porovnanie s TCGA dát
Pri posudzovaní hotspotu regióny, na ktoré sa sekvenčným panelom , celkový počet mutovaných génov na prípade bola podobná medzi TCGA a štúdium kohorty (p = 0,659), vrátane pri porovnávaní buď ġej (p = 0,399) alebo žalúdka (p = 0,845) nádory len (obrázok 5A). Trend k častejšie prípady s mutáciami v génoch ≥3 v žalúdku v porovnaní s ġej bola tiež pozorovaná v dátach TCGA (12% vs. 3%, p = 0,054). Celková frekvencia mutácií TP53
sa nelíšila medzi kohorty a TCGA kohorty (p = 0,230). Žiadne rozdiely v TP53
KRAS
APC
/CTNNB1
mutácie sadzbách medzi ġej a žalúdočných karcinómov boli pozorované v dátovom súbore TCGA (obr 5B-D). Mutované gény v súbore dát TCGA sú zahrnuté v ďalšej súbor 7: Tabuľka S7. Pokiaľ ide o mutácie v možnej prognostický význam je uvedený v našom súbore, bol trend k horšiemu celkové prežívanie spojené s BRAF
mutáciou (p = 0,079), zatiaľ čo žiadna prognostický asociácie bola nájdená v TCGA kohorty v súvislosti s mutáciami v erbB4
, ABL1
, JAK3
, FLT3
alebo FGFR3
. Obrázok 5 Porovnanie početnosti mutácií v rámci aktívnych bodov identifikovaných v kohorty pomocou sekvencovania panelu, v porovnaní s použitím identifikovaných mutácií celú exome sekvenovania v dátach TCGA. A) Mutácie cez mutácií hotspotov v 46 génov v paneli A, B), mutácie v TP53
, C) mutácie v géne KRAS
, a D), mutácie v Wnt signalizácie komponenty APC stroje a CTNNB1
.
Diskusia
Cieľom tejto štúdie bolo skúmať užitočnosť sekvenovania panelu pri identifikácii jednoduchých zmien nukleotidov v bežne spracovávaných vzoriek resekcii žalúdka, ktoré by mohli byť použité ako vodítko cielenej terapie. My sekundárne snažil kontrastovať ġej a žalúdočných karcinómov prostredníctvom cieleného hlbokom sekvenovania porota zložená z 46 génov súvisiacich s rakovinou, ktorý odhalil niektoré rozdiely na úrovni genómu, ktorá môže odrážať rozdielnu klinickej jednotky profily. Nakoniec sme sa snažili tiež porovnať frekvencia mutácií získané pomocou tohto panelu s výsledkami z celej sekvenovania exome v The Cancer Genome Atlas.
Adenokarcinóme gastrointestinálneho traktu sú molekulárno heterogénne a komplexu [41 až 44]. V karcinómu žalúdka, hlboké sekvenovania jedného nukleotidu polymorfizmus a RNA expresných polí nedávno odhalili abnormality v niekoľkých ciest, vrátane WNT, ježko, bunkového cyklu, DNA opravy poškodenia a epitelu-to-mezenchymálnych prechodu [45]. Súčasný Použitie viacerých testov jednogenových je neudržateľná vzhľadom k tejto zložitosti, a to najmä v prítomnosti rastúceho počtu cielených terapií, obmedzených zdrojov a dostupnosti obmedzené tkaniva. Tak, že je žiaduce, aby preskúmala viac génov súčasne. Sekvenovania panel má citlivosť takmer 100% v porovnaní s konvenčnými testami, ako je Sanger sekvenovanie a metód na báze PCR, rovnako ako schopnosť detekovať SNVs a INDELs na allele frekvenciami tak nízke, ako 5% a 20%, v tomto poradí, v oboch FFPE [21,46-48] a cytológie exempláre [49 až 52]. Cielené sekvenovania panel dokáže detekovať odchýlky v génoch súvisiacich s rakovinou v skorých karcinómov žalúdka a prekurzorov lézií [53], a jeho hlboké pokrytie by mohlo byť užitočné najmä pri rakovine žalúdka tým, že poskytuje zodpovedajúce výsledky napriek mizivou bioptických materiálu a prímesí nádorových buniek s desmoplasia a zápalové bunky.
mutácie vodič Predpokladané boli identifikované vo väčšine ġej a žalúdočných karcinómov skúmané v tejto štúdii. Zďaleka najčastejšie zistený zmutovaný gén bol TP53
, a boli tiež zistené tieto mutácie v počiatočnom štádiu a prekurzorov lézií s použitím rovnakého testu [53]. Viacnásobné mutácie ovládače boli identifikované v niekoľkých prípadoch, posilňuje predstavu, že viac génov musieť byť vyšetrovaný naraz genomically komplexných nádorov, ako je žalúdočné adenokarcinómov. Prípad s mutáciou BRAF
(rovnako ako FLT3 a FGFR3) bol spojený so zlou celkové prežívanie ako na jednorozmerné a viac premenných analýzy. Toto zistenie odráža trend pozorovaný v údajoch TCGA smerom k chudobnej celkové prežívanie v BRAF
-mutated nádorov, čo naznačuje, že v niektorých prípadoch sekvenovania panel môže mať prognostickú úlohu.
Boli sme tiež schopní detekovať potenciálne žalovateľné mutácií v približne 20% prípadov, ktoré zahŕňali buď gény alebo cesty, kde sú k dispozícii alebo vo vývoji cielenej liečby. Kým toto číslo by v ideálnom prípade byť vyššia, náš test vzťahovala iba na určité hotspot regióny týchto génov, a prestať fakturovať o počte kópií zmeny, ktoré by mohli takisto prinášajú užitočné informácie. Ďalšie spresnenie týchto panelov, aby zahŕňala širšie spektrum génov a génových segmentov pravdepodobne zvýši podiel prípadov, v ktorých sú identifikované mutácie. Napríklad, aj keď TP53
mutácie sa vyskytujú v celom géne, panel zahŕňa predovšetkým exóny 5-8, a niektoré z génových segmentov, ktoré neboli sekvenované sú častejšie spojené so stratou p53 na imunohistochémia [54]. Táto skutočnosť môže potenciálne vysvetľovať ako rozdiely v sadzbách TP53
mutácií a vzorov imunohistochemické expresiu pozorované v ġej a žalúdka. Všetci autori čítať a schválená konečná rukopis.

• Úloha PET /CT v detekcii rakoviny žalúdka recidívy
• Cytoredukčnými chirurgia a hyperthermic intraperitoneálna chemoterapia zlepšuje prežitie rakoviny žalúdka s peritoneálnej karcinosou: dôkazy z experimentálneho study