Plos ONE: Funkcionalna Promotor -308G > varianta v faktor tumorske nekroze a sklepati Gene je povezana s tveganjem in napredovanja želodčnega raka v kitajski Population

Abstract

Ozadje

Tumor nekroza Factor α (TNF-α) igra ključno vlogo pri razvoju in napredovanju raka želodca. Funkcionalni polimorfizem, -308 G > A (rs1800629), ki se nahaja v promotorja TNFa
gen, je bilo predlagano, da bi spremenili produkcijo TNF-a in tveganja raka vpliv. V tej študiji smo skušali raziskati, ali ima ta polimorfizem učinke na tveganje in napredovanje raka želodca v kitajskega prebivalstva.

Metode

genotipizacijo smo, TNFa
-308 G > polimorfizma metodi TaqMan v študiji primerov in kontrol v dveh fazah, ki obsega skupno 1686 bolnikov z rakom želodca in 1895 z rakom brez predmetov. Logistična regresija je bila uporabljena za oceno genetske združenjem nastanka in napredovanja raka želodca.

Rezultati

Ugotovili smo, pomembno povezavo med variantnih genotipov in povečano tveganje za nastanek raka želodca [ P
= 0,034, razmerje obetov (OR) = 1,39, 95% interval zaupanja (CI) = 1,01-1,67, GA /AA proti GG]. Podobni rezultati so bili v študiji replikacijo spremljanja opazili. Ko združili podatke iz dveh študijah smo ugotovili, bolj pomembno združenje ( P
= 0.001, OR = 1,34, 95% CI = 1.13-1.59), zlasti starejših osebah (> 65 let). Poleg tega so bolniki, ki prevažajo varianta genotipe imela bistveno večjo razširjenost T4 stadiju bolezni ( P
= 0.001, OR = 2,19, 95% IZ = 1,39-3,47) in daljni metastaz ( P
= 0.013, OR = 1,61, 95% CI = 1,10-2,35)

Sklepi

Naši rezultati kažejo, da je funkcionalna promotor -308 G >. polimorfizma v TNFa
vplivajo na dovzetnost in napredovanje raka želodca v kitajskega prebivalstva

Navedba. Hong Y, Ge z, Jing C, Shi J, Dong X, Zhou F, et al. (2013) Funkcionalna Promotor -308G > varianta v faktor tumorske nekroze alfa gen je povezana s tveganjem in napredovanje želodčnega raka v kitajskega prebivalstva. PLoS ONE 8 (1): e50856. doi: 10,1371 /journal.pone.0050856

Urednik: Ramon Andrade de Mello, Univerza v Portu, Portugalska

Prejeto: 27. maj 2012; Sprejeto: 29. oktober 2012; Objavljeno: 10. januar 2013

Copyright: © 2013 Hong et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. To delo je podprl delno Project "je Six vrha Talent" v provinci Jiangsu (SWYY-71-028), National Natural Science Foundation Jiangsu (BK2011194) in National Natural Science Foundation Kitajske (30872084, 30972444 in 81001274). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je četrti najpogostejši rak in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka po vsem svetu, in še posebej razširjena v nekaterih državah, vključno s Kitajsko [1], [2]. Čeprav točen etiologija raka želodca je treba še opredeliti, se kopičijo epidemiološke študije so pokazale, da prehrana, kajenje, alkohol in še posebej Helicobacter pylori
( H. Pylori
) okužbe, so dobro znani vzroki za rakom želodca [3], [4]. Vendar pa je velika razširjenost teh dejavnikov tveganja niso vedno za posledico visoko incidenco raka želodca, kar kaže, da lahko drugi dovzetne dejavniki, kot so genetske variacije in okoljske razlike še dodatno prispeva k želodca rakotvornost. Nedavno je nastajajoča dokazi kažejo, da so bili genetski polimorfizmi v kandidatnih genih povezan z dovzetnostjo do raka želodca [5] [6] [7].

Ugotovljeno je bilo, da je kronično vnetje želodčne sluznice inducirane z H. pylori
infekcija je pomemben korak pri razvoju raka želodca [8], [9]. V tem primeru se lahko genetske spremembe v zvezi-vnetnih citokinov genov potencialna občutljivosti dejavnika za to bolezen. Eden izmed pomembnih citokinov, povezanih z H. pylori
okužba tumor nekrotizirajočega faktorja (TNF) -α, ki je kodiran z TNFa
genu [10]. TNF-α je pleiotropen citokin večinoma proizvajajo aktivirane monocite in makrofage in igra pomembno vlogo pri vnetnem odzivu [11]. Predlagano je bilo, da je več kot izražanje TNF-a so pokazali veliko resnosti-odmerkom in odzivom, kot označevalcev tveganost pre-neoplastične lezije za rakom želodca [12].

TNFa
gen ki se nahaja v III regiji človeških levkocitov antigen razreda na kromosomu 6 (6p21) in je zelo polimorfna. Polimorfizmi v TNFa
gena, se je izkazalo, da v veliki meri vplivajo na njegovo izražanje ravni [13]. Zato številne študije poskušali raziskati, ali je mogoče polimorfizmi v promotor TNFa
uporablja kot domnevnega odločilni dejavnik dovzetnosti za različne bolezni, vključno z rakom želodca. Med številnimi polimorfizmi v TNFa
promotor, TNFa
-308 G > polimorfizma so divje študiral in je funkcionalno študija kaže, da je alel -308A povezana s povečano proizvodnjo TNF-alfa [14]. Kot je za raka želodca, je bilo opravljenih več študij, naj razišče povezave med TNFa
-308 G > polimorfizma in želodčnega raka v različnih skupinah, vendar so rezultati tvorijo te študije ostajajo inclusive [15], [16] [17] [18] [19]. Do sedaj, ko sta dve objavljeni meta-analize na to temo predlagal, da -308 G > polimorfizma je povezano z rakom želodca v zahodnih populacije, vendar ne v azijskih populacijah [20], [21]. Tu, v tej študiji smo izvedli relativno obsežno študijo primerov in kontrol v dveh fazah, ki je vključevala skupno 1686 želodčnih bolnikov z rakom in 1895 z rakom brez predmetov, ki še dodatno oceniti vpliv TNFa
-308 G >. polimorfizma na želodcu tveganje za nastanek raka in napredovanje v kitajskega prebivalstva

Materiali in metode

Etika izjava

študija je odobril Institutional Review Board je v Nanjing Medical University, Nanjing, Kitajska. Pri zaposlovanju, je bilo napisano obvestil pridobili soglasje vseh udeležencev v tej študiji.

Študija prebivalstva

To je v teku molekularno epidemiološko študijo raka želodca poteka v prvi odvisnimi bolnišnici Nanjing Medical University , Nanjing, Kitajska. Zasnova študije in merila za vključitev v predmetih so bili prej opisani drugje [22]. Na kratko, je bilo dve neodvisni študiji primerov in kontrol, ki temeljijo na bolnišničnih vključeni v to študijo. Na splošno je test set vključena 750 želodčni primere in 835 starost in spol ujemanjem kontrole zaposleni na drugem povezana bolnišnici Nanjing Medical University, Nanjing in Hospital raka v Nantong City, Nantong, Kitajska od marca 2006 do januarja 2010, in validacija set vključen 936 primerov in 1.060 kontrole vpisanih iz Yixing Ljudska bolnišnica, Yixing, Kitajska od januarja 1999 do decembra, je bilo 2006. Vse teme etnične Han kitajski prihajajo iz različnih družin in ni imel razmerje krvi. Vsi bolniki so bili na novo diagnosticiranih z histopathologically potrjeno, incidentom raka želodca in so posledično zaposli brez omejitev starosti in spola. Histološke sekcije vseh primerih so bili pregledani z dvema patologi samostojno. Tisti bolniki, ki so imeli prejšnjo raka, metastaze raka od drugih ali neznanega izvora, ali predhodno radioterapijo ali kemoterapijo, so bili izključeni. Kontrole so bili zaposleni pri zdravih osebah, ki so iskali fizični pregled v ambulantno na ustrezni bolnišnici in so frekvence ujemajo primerih, ki jih dobi (± 5 let) in spol. Kontrole raka brez bile genetsko povezana z primerih in ni imela individualno zgodovino raka. Vsak bolnik po opravljenem privolitev pisno podarili 5 ml venske krvi. Delež odgovorov primerov in kontrolne skupine je bil tako nad 85%.

ekstrakcijo DNK in genotipizacija

Celoten genomske DNA smo izolirali in očistili iz levkocitov periferne krvi po proteinaze K prebavo in fenola /črpanje kloroform. TNFa
-308 G > polimorfizma smo genotipizacijo metodi TaqMan-MGB (Applied Biosystems, Foster City, CA, ZDA), ki uporablja dva alel specifičnih TaqMan MGB sond in PCR primer par za odkrivanje posebne ciljne SNP. Vrstni red primerjev in sond so dostopne na zahtevo. Reakcijsko zmes 10 ml vsebuje 20 ng genomske DNA, 3,5 tjj- 2 x TaqMan genotipizacija Master Mix, 0,25 iL primerjev in sond mešanico in 6,25 tjj- dvojno destilirane vode. Amplifikacije smo izvedli pod naslednjimi pogoji: 50 ° C za 2 min, 95 ° C za 10 minut, čemur sledi 45 ciklov 95 ° C 15 sekund in 60 ° C 1 min. Po navodilih proizvajalca, so ojačitve potekala v 384-tudi ABI 7900HT realnem času PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA, ZDA) in alelov diskriminacije so bile izvedene s programom SDS 2.4 (Applied Biosystems, Foster City, CA, ZDA). Stopnje genotipizacijio teh SNP so bili vsi nad 98%. Da se zagotovi točnost genotipizacije, sta bila dva negativna eksperimentalna kontrola (voda) in dva pozitivna eksperimentalni kontrole z znanega genotipa, vključenih v vsako reakcijsko ploščo. Poleg tega je bilo približno 5% vzorcev naključno izbranih za večkratno genotipa za potrditev; in rezultati so bili 100% skladnih

Statistična analiza

Pred nadaljnjo analizo, se alelov frekvence TNFa
-308G >. polimorfizma v kontrolah testni množici, potrjevanje set in kombinirane naprave so bile ocenjene glede odhoda od Hardy-Weinberg ravnotežno (HWE) s pomočjo χ2-test bog-of-fit. Razlike v distribucij na starost, spol in frekvence genotipov TNFa
-308G > polimorfizma med malimi in nadzora so bile ocenjene s testom χ2 Pearson. Združenja med -308G > A genotipi in tveganje za nastanek raka želodca kot tudi klinične značilnosti bolnikov so bile izmerjene z izračunom razmerja obetov (OR) in intervali zaupanja 95% (CIS) iz brezpogojno logistično regresijsko analizo, s prilagoditvijo za starost in spol. Vse statistične analize smo izvedli s programsko opremo SAS 9.1.3 (SAS Institute, Cary, NC, ZDA) in dveh stranskih P
vrednosti manj kot 0,05 smo upoštevali kot statistično značilne.

Rezultati

značilnosti študija prebivalstva

razdelitve frekvenc demografskih značilnosti in kliničnih značilnosti obeh sklopov študijske skupine so prikazani v tabeli 1. primerov in kontrol so sledili starosti in sex ( P
= 0,383 in 0,424 v testni množici in P
= 0,164 in 0,061 v nizu validacije, v tem zaporedju). Čeprav je več starejših oseb (> 65years) so bile in ženskah predstavljeni v testni množici kot v nizu validacije, niso opazili pomembne razlike v starosti in spolu med primerov in kontrol, ko smo združili dve populaciji (tabela 1). V testni množici je bilo 295 Cardia rak želodca (CGC) bolnikov in 455 non-Cardia bolniki z rakom na želodcu (NCGC); 406 bolnikov, diagnosticiran kot difuznega tipa raka želodca in 299 kot črevesno tipa. Klinična faza TNM so razdeljeni glede na globino invazije, bezgavkah metastaze in oddaljenosti metastaz. Odstotek TNM fazi bolnikov v testom od I do IV je bilo 26,8%, 22,0%, 35,5% in 15,7%, v tem zaporedju. Od 936 bolnikov v nizu potrjevanja, 358 je bilo CGC in 578 so bili NCGC; 539 bolnikov, diagnosticiran kot difuznega tipa raka želodca in 397 kot črevesno tipa. Približno bilo ugotovljeno, 27,7%, 19,8%, 42,2% in 10,3% bolnikov, da imajo TNM faza I, II, III in IV bolezni, v tem zaporedju.

zveza med TNFa
-308 G > polimorfizma rak in rak želodca
tveganje

Rezultati genotipizacije TNFa
-308 G > polimorfizma med bolniki in kontrole v nizu dveh študije so predstavljeni v tabeli 2. The opaženih genotipov pri kontrolah testni množici, validacija niz in kombinirane naprave so bile vse skladna s HWE ( P
= 0,481, 0,448 in 0,946, v tem zaporedju). Nato smo uporabili Pearsonovim testom χ2 in logistično regresijsko analizo za ugotavljanje povezave med TNFa
-308 G > polimorfizma in tveganje za nastanek raka na želodcu. V testni množici, smo ugotovili, da je bilo več variant genotipi (GA /AA) pri skupini, kot da je v kontrolni skupini ( P
= 0,034). V primerjavi s posamezniki z GG genotipa, smo našli tiste predmete z GA /AA genotipov imeli povečano tveganje za nastanek raka želodca (popravljeni OR = 1,39, 95% IZ = 1.01-1.67). Podobna združenja so v študiji replikacijo opazili (GA vs. GG: OR = 1,29, 95% CI = 1,02-1,65 in GA /AA vs GG: OR = 1,31, 95% CI = 1,03-1,65). Ko smo združili podatke iz dveh študijah, je bila bolj pomembna povezava opaziti (GA vs. GG: OR = 1,33, 95% CI = 1,12-1,59 in GA /AA vs GG: OR = 1,34, 95CI% = 1,13-1,59 )

Za oceno, če je TNFa
-308 G >. polimorfizma igra drugačno vlogo v podskupinah starost, spol, lokacija tumorja in histološke vrste, smo nato izvedli slojevito analizo, ki temelji na teh spremenljivk . Kot je prikazano v tabeli 3, slojevit analiza je pokazala, da je povečano tveganje, povezano z TNFa
-308GG /GA genotipi je bolj očitna pri starejših osebah (> 65years) ( P
< 0,001, OR = 1,70, 95% CI = 1,28-2,25). Poleg tega ni bilo opazili pomembno razliko v razslojevanje spola, mesta tumorja in histoloških tipov

zveza med TNFa
-308 G > a. Polimorfizem in klinične značilnosti bolnikov z rakom želodca

polimorfizmi v kandidatnih genih so predlagali, da vplivajo na napredovanje raka. Nato smo ocenili, ali je TNFa
-308 G > polimorfizma ima učinke na klinične značilnosti bolnikov, vključno s fazo TNM, oddaljenih metastaz, bezgavk metastaz in globine tumorske infiltracije. Kot je prikazano v tabeli 4, smo ugotovili, da so imeli bolniki, ki prevažajo varianta genotipe bistveno večjo razširjenost T4 fazi napadel globine ( P
= 0,001, ali = 2,19, 95% IZ = 1,39-3,47) in oddaljene metastaze ( P
= 0,013, OR = 1,61, 95% CI = 1,10-2,35), kar kaže, da polimorfizem lahko povezana z želodčno napredovanju raka.

Pogovor

glavne ugotovitve naše študije so pomembne vezi med TNFa
-308 G > polimorfizma in želodca tveganja in napredovanje raka. TNF-α je pomembno imunsko posrednik pri vnetnega odziva in je bilo predlagano, da je endogeni tumor promotor v človeškem karcinogeneze [23], [24], [25]. Pri raku želodca, Senthilkumar et al.
Pokazala, da so TNF-α mRNA in beljakovin izrazi pri bolnikih adenokarcinomom želodca znatno povečal, s pomočjo RT-PCR, zahodni sušenjem in imunohistokemično [12]. Vpliv -308G > polimorfizma na ravni ekspresije TNFa
je bil prej raziskana. . Karen et al
je pokazala, da -308G > lahko A polimorfizem vpliva na afiniteto faktorja zavezujoča in povzroči dejavnik zavezujoč za alel -308A vendar ni alel -308G, ki je nato vodila do povečanega izražanja za TNFa
[14]. Če upoštevamo, da je TNF-a pripravljen regulirana raka želodca, je možno, da imajo posamezniki prevažajo alel -308A (tj. GA /AA), ki je povezano s povečano stopnjo TNF-a, povečano tveganje za raka želodca. Zato je biološko verjetno, da je TNFa
-308G > a. Daje dovzetnost posameznika za rakom želodca

Do sedaj so bile izvedene številne molekularne epidemiološke študije raziskati povezavo med TNFa
-308G > polimorfizma in tveganje za nastanek raka na želodcu. Vendar pa rezultati teh študij še vedno sumljiva. Obstajata dve objavljena meta-analiz združenja med TNFa
-308G > A in tveganja, želodčni rak, ki je bilo prepoznano polimorfizem kot dejavnik tveganja za raka želodca v kavkaških populacije, vendar ne v azijskih populacijah [20] [21]. Ko so pregledali dva meta-analize smo ugotovili, da samo 3 študij s skupno 513 primerov in 714 kontrol in 5 študijah s skupno 833 primerov in 1375 nadzora v kitajskih populacije so vključene v meta-analizi Zhang et al.
[20] in Gorouhi et al.
[21], (tabela 5). Število študij in velikost vzorca teh študij je lahko tudi omejena ustvariti stabilen rezultat. Teh študij, le Lu et al.
Ugotovilo pomembno povezavo med TNFa
-308GA genotip in povečana nevarnost tveganja želodčnega raka (OR = 1,81, 95% IZ = 1.04-3.14) . Naša raziskava nadalje opredeliti TNFa
-308G > polimorfizma kot dejavnik tveganja za raka želodca v kitajskega prebivalstva, ki so lahko koristne pri ocenjevanju vloge TNF-a v želodcu rakotvornost. Kot je navedeno v moči in vzorčne programsko opremo Velikost izračun, naša študija je imel 96% moči, da zazna ali 1,50 ali več in minimalno ali 0,62 s frekvenco izpostavljenosti za 9% na trenutno velikost vzorca (1686 primerov in 1895 kontrol) , kar kaže, da je velikost vzorca naše raziskave učinkovite

Poleg tega smo ugotovili, da je TNFa
-308G >. polimorfizma je bila povezana s povečanim tveganjem za raka želodca med podskupinami starejših predmeti (starost > 65 let) kot pri mlajših osebah. Ta ugotovitev je dobro podprta z veliko telo študij, ki povezujejo šibek imunski sistem, s staranjem [26], [27]. Imunski sistem starih posameznikov opravi spremembe, ki lahko računajo tudi povečano občutljivost na malignih bolezni [26]. Je bilo predlagano, da bi se visoka ekspresija TNF-a, vključenih v rast tumorjev in širjenje z vplivanjem preoblikovanje tkiva in razvoj stromalni [28], [29]. V naši raziskavi smo ugotovili, da tudi TNFa
-308G > polimorfizma je bilo povezano s kliničnim agresivnost kot v poznejši fazi tumorja in daljni metastaz. Podobno opazovanje so poročali tudi v drugi študiji [30]. Če je potrjena z dodatnimi študijami, bi to polimorfizem pomaga natančno napovedati klinični potek raka želodca. Vendar je treba te rezultate je treba razlagati previdno, saj obstaja možnost, da so združenja s slabo prognozo zaradi pozno ob diagnozi.

Pri tolmačenju naše rezultate, nekatere druge omejitve je treba prav tako zaskrbljen. Prvič, ker je bila naša raziskava temelji na bolnišnični zasnova, možnost izbora pristranskosti predmetov, ki so bile povezane z določeno genotipom lahko obstajajo. Vendar pa so bili genotip distribucije v naših kontrol podobna izplačila katerih so poročali pri drugih kitajskih študij in skladna s HWE. Zato je izbor pristranskost v smislu porazdelitev genotipov ne bi bil bistven. Drugič, H. pylori
stanje okužbe je dobro znan vzrok raka želodca in je bilo predlagano, da vpliva na izražanje TNF alfa [31]. Genetske spremembe v TNFa
lahko interakcijo s tem faktorjem vpliva na tveganje želodca CANER. Na žalost, pomanjkanje razpoložljivih informacij o H. pylori
stanje okužbe v naši raziskavi smo omejeni na nadaljnje raziskovanje te interakcije. Tako, nadaljnje študije s podrobnejšimi podatki o H. pylori
okužbe so utemeljene

Skratka, naši rezultati predlagam -308G >. polimorfizma v promotorja TNFa
ima pomemben vpliv na nastanek in napredovanje želodca v kitajsko prebivalstvo. Čeprav združenja je zdelo, da je statistično značilna v naši populaciji, je treba te ugotovitve še posamično preveriti z drugimi prospektivnih študijah z večjim vzorcem velikosti simultano dobro ujema, kontrol in nepristranskih ujemanjem homogenih udeležencev.

• Plos ONE: roman Proteomika-Based Klinična diagnostika Tehnologija Prepozna Heterogenost v aktiviranih signalnih poti v želodčnih rakov
• Plos ONE: Visoke vrednosti aromatskih aminokislin v želodčnega soka v zgodnjih fazah želodčnega raka napredovanje