PLOS ONE: Atomic Perspicacité dans le Altered O6-méthylguanine ADN-méthyltransférase Protein Architecture in gastrique Cancer

Résumé

O ^{6-méthylguanine-ADN méthyltransférase (MGMT) est l'une des principales protéines de réparation d'ADN qui contrecarre l'induit agent alkalyting dommages à l'ADN en remplaçant O 6-méthylguanine (lésion mutagène) retour à guanine, éventuellement supprimer les erreurs de désadaptation et doubles réticule brin. altérations exons sous forme de polymorphisme nucléotidique peut entraîner une structure de protéine modifiée qui à son tour peut conduire à la perte de fonction. Dans la présente étude, nous nous sommes concentrés sur la population craint pour une grande exposition à des agents alkylants en raison de leurs habitudes alimentaires typiques et spécialisés. A cet effet, les patients atteints de cancer gastrique rassemblées à partir de la population ont été sélectionnés pour le criblage mutationnelle d'une région sujette erreur spécifique du gène MGMT. Nous avons constaté que près de 40% des échantillons étudiés néoplasiques recelait mutation faux-sens au niveau du codon 151 résultant en Serine à la variation isoleucine. Cette variation conduit à provoquer le désordre structurel, par la suite qui suit dans un écart stoechiométrique important dans le domaine de la reconnaissance, la liaison du substrat et la boucle de sélectivité du site actif de la protéine MGMT, comme observé au microscope virtuel de simulation de dynamique moléculaire (MDS). L'idée atomique en protéine MGMT par l'approche de calcul a montré un changement significatif dans la structure moléculaire intra liaison hydrogène, conduisant ainsi à des anomalies structurelles observées. Pour examiner davantage les implications mutationnelles sur fiches réglementaires de MGMT qui détient la protéine dans une position de liaison à l'ADN, une analyse basée sur MDS a été effectuée, tous interagissant physiquement acides aminés connus essentiellement regroupés en groupes en fonction de leur position et leur fonction. Les résultats générés par le regroupement physique fonctionnelle de la protéine indiquent que la mutation identifiée dans le voisinage du site actif de la protéine MGMT provoque la déstabilisation locale et globale d'une protéine soit par l'élimination des ponts de sel de stabilisation en grappe C3, C4 et C5 ou en déstabilisant localement la «protéine de stabilisation hing" mappé sur le groupe C3-C4, précédant le site actif}

Citation:. Chikan NA, Bukhari S, Shabir N, Amin A, Shafi S, Qadri RA, et al. (2015) atomique Un aperçu de la O ^{6-Methylguanine ADN-méthyltransférase Protein architecture Altered dans le cancer gastrique. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10.1371 /journal.pone.0127741}

Academic Editor: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCE

Reçu le 16 Décembre 2014; Accepté: 19 Avril 2015; Publié: 26 mai 2015

Droit d'auteur: © 2015 Chikan et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, pourvu que l'auteur et la source originelle sont crédités

Disponibilité des données: Toutes les données pertinentes sont dans le ses fichiers de renseignements à l'appui du papier et

financement:. la recherche a été financée par l'Université VIT associé de recherche subvention et l'organisme de financement n'a joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

intérêts concurrents:. les auteurs ont déclaré qu'il n'y a pas des intérêts divergents existent

introduction

Bien que la baisse, la maladie du cancer gastrique, selon GOLOBOCON 2012 est. toujours la troisième principale cause de décès par cancer dans le monde [1, 2]. Dans la pathogenèse de cette maladie, diverses altérations génétiques et moléculaires ont lieu conduisant à la transformation maligne de la muqueuse gastrique [3]. Cette transformation est un processus à étapes multiples qui entraîne des anomalies dans les fonctions cellulaires importantes, telles que la réparation de l'ADN, l'adhérence, la transduction du signal, la différenciation cellulaire et d'autres [4,5]. Alkyler carcinogènes tels que le N-nitrosodiméthylamine, le méthyl nitrosourée (UMN), le N-méthyl-N'-nitro-N-nitroguanidine, etc. conduisent à la formation d'O ^{6-méthylguanine, un produit d'addition d'ADN, dont la présence conduit à une induction de mutations ( G: C-A: T transition) et les résultats dans le développement du cancer [6-10]. MGMT
est l'enzyme responsable de la réparation des adduits O 6-méthylguanine [11-13]. MGMT est une enzyme suicidaire qui élimine un groupe méthyle de la S 6 positions dans la guanine et la transfère à son propre résidu de cystine au niveau du codon 145 dans la protéine elle-même ainsi inactivant pendant la réparation guanine [14]. Sous l'exposition des NMU, les souris MGMT défectueux ont été vus pour développer le cancer [15], alors que les souris comme transgéniques portant des copies supplémentaires du gène MGMT étrangères étaient moins sujettes à la maladie [16] .Le, polymorphisme génétique de cette enzyme a avéré être un facteur de risque potentiel pour le cancer [17-22]. Cette étude porte donc sur le profilage mutationnelle d'erreur de région sujette Exon 5 de MGMT qui code pour le site actif de la protéine, à savoir le site actif entouré par des domaines responsables de la tenue sur l'ADN [13]. La population représentative de patients atteints de cancer gastrique qui a été choisi pour cette étude présente une cohorte unique, essentiellement étant fortement exposés à des agents alkylants alimentaires [6, 23-28].}

L'utilisation de Insilico
techniques pour comprendre l'effet du polymorphisme sur la structure des protéines et la dynamique a été dans la pratique et une pléthore de travail a été fait à cet égard [29-32]. Les assistés par ordinateur les méthodes de prédiction utilisant la prédiction de l'évolution et de la structure à base donne un aperçu de la capacité dommageable du polymorphisme [33]. La dynamique moléculaire peut être utilisé pour observer les changements de conformation du polymorphisme peut infliger dans la protéine. Ces changements conformationnels dans la structure tridimensionnelle de la protéine peuvent affecter les affinités physiologiques et les diverses interactions de la voie biochimique. Pour examiner l'effet de la mutation à l'évolution ainsi que le niveau atomique, les prédictions Insilico utilisant différents serveurs ainsi que MDS du type sauvage (wt) et Mutant (Mu) protéine MGMT a été réalisée. Pour MDS trajectoires de protéines et l'analyse de l'interaction atomique, gromacs outils encastrables ont été utilisés. Analyse en composantes principales (ACP) a été réalisée pour évaluer la souplesse des deux structures. paysages énergétiques libres (LEL) de natif et Mu MGMT ont également été étudiés pour comprendre l'effet de la mutation.

Résultats et discussion

Le segment Exon 5 du gène MGMT, a été amplifié avec succès de tous les échantillons . Amplicons après séquençage ont montré une mutation de transversion dans le codon 151AGC, dont les séquences ont été soumises à des numéros d'adhésion d'appui GenBank KM000795 et KM000796. Les outils in silico pour étudier les éventuels effets néfastes de la mutation ont été sélectionnés avec soin, de sorte que chaque facteur est examinée et une double vérification par un autre outil qui utilise l'algorithme différent. Les détails des serveurs qui sont utilisés dans notre étude sont décrits dans le tableau S1, où l'algorithme, le travail et les critères de prédiction est donnée. serveur sélectionné prédit la mutation d'être dommageable. Les trajectoires de simulation MDS pour 30ns courent pour la protéine en poids et mutant ont été analysées en profondeur en utilisant gromacs outils intégrés. S1 figure montre un nsSNP au niveau du codon 151 qui conduit à une mutation faux-sens de Ser en Ile, sinon dans sa forme de type sauvage aide dans les interactions protéine-ADN [34-36]. Comme on le voit sur la figure 1, wtMGMT (PDBID: 1T39). SER 151, en plus de rendre l'interaction électrostatique avec la normale thymine également formé deux liaisons hydrogène avec elle par l'intermédiaire d'un amide de l'azote

La figure 2 montre les clichés de ces deux structures wt et Mu à des intervalles de temps différents, stipulant le synopsis de l'effet de la mutation sur la dynamique des structures de MGMT. A partir de clichés instantanés, la structure de Mu autre que révélant la conformation, la conformation hélicoïdale également formée élargi au numéro d'acide aminé 87-90, ce qui donne une idée que la mutation ne favorise pas la compacité structurale de la protéine, ce qui conduit à leur tour à sa conformation compromise et aberrée ayant un changement structurel considérable qui est essentiel dans l'apparition de la fonction des protéines défunte [37]. Après l'analyse visuelle, g_rms outil a été utilisé pour calculer le RMSD pour les atomes de protéines, en utilisant la structure de départ en tant que référence. La structure mutant a montré l'élévation brusque de RMSD à environ 17 ns. En observant l'anomalie au niveau de la structure, nous avons constaté que la boucle hélicoïdale et le contenu de la structure de mutants a varié (figure 3A). Le RMSD de la moyenne au cours du temps est désigné comme FPMR, g_rmsf a été utilisé pour calculer l'écart type atomique et sur l'observation, la structure Mu a montré une plus grande flexibilité. La FPMR des deux structures a montré un léger changement au niveau du résidu 151, mais varie considérablement d'une région de boucle en protéines de 27-53 (figure 3B), qui pourrait être la résultante d'une longue plage de variation de l'interaction tertiaire intermoléculaires. Dans l'outil de r_rmsf l'option-oq a été utilisé pour convertir la valeur de FPMR en valeurs de Facteur B et implicite entre eux sur la structure moyenne (représentant le bleu le plus fluctuant plus stable et rouge). La projection du facteur B comparative (S2A Fig) sur poids et Mu MGMT indique principalement les fluctuations des variations au sein de la structure moyenne, nous donnant un aperçu de la modification de la configuration fluctuant entre les deux structures. Le motif de coloration est par défaut compris entre bleu au rouge. Un changement important dans les fluctuations observées dans la structure Mu outre que la moyenne structure secondaire layout (S2B Fig) différait considérablement ce qui implique encore une fois que le Mu peut être désavantageux pour réparation de l'ADN.

Pour analyser la forme de la protéine à chaque avec le temps, l'outil g_ gyrate a été utilisé, qui calcule le rayon de giration d'un groupe d'atomes le long de l'axe des x, l'axe z y- et, en fonction du temps. Nos résultats démontrent le grand écart de Radii de giration dans la structure Mu, adoptée après 17 ns courent (S3 Fig). Tandis que l'on sait que la structure de MGMT ne varie pas à la grande mesure par rapport à la structure de MGMT lié à l'ADN, ce qui indique une structure liée stable par l'intermédiaire d'une association étroite de résidus de reconnaissance (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 et Gly132), et Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 et Ser151, interagir avec le squelette phosphate de l'ADN [36] cependant, depuis la radi de giration a été enregistré pour être augmenté en raison de la mutation et donc suggérant la structure de la protéine renversée élargi vraisemblablement déplace maladroitement le doigt Arginine (intrahelical positionné Arg128) de sa position, qui est responsable de la promotion du retournement du nucléotide dans le site actif de MGMT, pourrait ainsi nuire à la diligence nécessaire pour enlever O ^{6-méthylguanine produit d'addition de l'ADN}

en outre, comme nous savons que chaque acide aminé a sa propre hydrophobie valeur, le résidu de type sauvage d'origine et les résidus mutant nouvellement introduit diffèrent dans cette propriété. Pour évaluer cela, nous avons utilisé g_sas outil qui calcule SASA hydrophobe, hydrophile et totale de la protéine au fil du temps. La structure mutant a une plus grande SASA qui est en corrélation avec notre constatation antérieure de l'augmentation de Rg dans la structure mutant (S4 Fig). Pour vérifier l'effet de la Mu sur la structure de MGMT amarré avec l'ADN PDB ID: 1T39 [38], nous avons utilisé Studio Discovery pour colorer et calculer l'hydrophobie selon l'échelle kyte-dolittle (S5 Fig). L'hydrophobie de poids et cinq résidus en cours d'exécution hydrophobie moyenne étaient de -0,8 et 0,94 respectivement, alors que les valeurs correspondantes pour les résidus Mu étaient considérablement plus élevés à 4,5 et 2, montrant ainsi que le résidu Mu est plus hydrophobe que le résidu de poids. L'écart indexée sur les valeurs de la protéine mutante hydrophobie par rapport à la protéine wt pourrait affecter profondément la stiochiochemistry de formation d'une liaison hydrogène entre l'enzyme et l'ADN, comme il ressort de la figure S5. Par la suite, l'accueil défavorable Enzyme-ADN peut conduire à la non-réactivité de l'enzyme par rapport à sa fonctionnalité coopérative.

Pour approfondir la compréhension de la mutation sur la dynamique des protéines, nous avons divisé les acides aminés importants impliqués dans l'interaction physique avec ADN et Mg ^{+ ion en grappes (figure 4) en fonction de leur position et des contributions en accueil de l'ADN, le retournement de base et réparation de l'ADN [36]. Cluster1 contenait cinq acides aminés dans l'ADN impliquant docking savoir. SER93, PHE94, Thr95, ASN123 et LYS125. Cluster 2 contenait un seul acide aminé ARG 135 également impliqué dans l'ADN accueil. Cluster 3 contenait trois acides aminés TYR114, GLN115 et SER151 où TYR 114 est impliqué dans le retournement de base nécessaires à la réparation de l'ADN et les deux autres ont des rôles dans l'ADN docking. Groupe 4, en plus de contenir grappe 3 acides aminés, contenait CYS145 qui est un site actif de MGMT, responsable de la réparation de l'ADN. Le groupe 5 constitué de trois acides aminés (CYS24, et HIS29 HIS85) qui tous interagissent avec Mg + ions. outil g_rama a été utilisé pour générer des combinaisons dièdres phi /psi de grappes sélectionnées et a été utilisé pour calculer les angles en fonction du temps. Leur tracé de contour a été généré en utilisant des minima d'énergie pour comprendre leur mobilité respective (S6 Fig). Tous les grappes sélectionnées ont été affectées par la mutation de SER151 à ILE151. Pour comprendre l'effet, en particulier sur le groupe 3 et 4, les Psi /distributions phi relatives aux minima d'énergie marqués ont été tracés (figure 5). La différence dans la région de crête des minima d'énergie peut être observée dans les groupes wt et Mu correspondants, donnant l'impression distinctive du possible imparité en réparation de l'ADN.}

Pour une meilleure compréhension de la variation structurelle observée jusqu'à présent, nous avons examiné la formation de liaisons intra d'hydrogène des grappes sélectionnées en utilisant g_hband outil, dont les résultats ont été représentés sur la figure 6. Toutes les grappes sélectionnées pour cette analyse montrent la diminution du nombre moyen de liaisons hydrogène par trame dans la structure mutant attendre cluster 1. l'augmentation dans le nombre de liaisons hydrogène moyenne par trame dans le groupe 1 est mince par rapport aux variations que nous observons. La diminution totale de la formation moyenne de liaison hydrogène par trame est en co-relation avec l'augmentation FPMR et Rg dans la structure mutant. Le résultat généré par cette analyse est concluante impliquant l'anomalie observée jusqu'à maintenant avec le changement dans le modèle intra de liaison hydrogène.

Pour comprendre l'effet de cette mutation sur les motions corrélées mondiales dans les simulations atomiques, PCA, une technique mathématique qui est efficace pour caractériser les pliables général et non-pliage des caractéristiques de protéines, a été utilisé. La technique identifie les mouvements dominants de la protéine par extraction de modes principaux impliqués dans le mouvement impliqué dans la molécule. Les principales composantes du mouvement de la protéine ont été calculés comme les vecteurs propres (Ev) de la masse pondérée matrice de covariance d'atomes protéiques. Le calcul de ces valeurs a été effectuée à l'aide dynamique essentielle méthode (ED) selon le protocole standard [39] disponible dans le logiciel GROMACS. Deux des huit premiers Ev de ce compte pour plus de 85% du mouvement système global ont été sélectionnés pour l'analyse, la projection au fil du temps et de la fluctuation de la FPMR qui est représenté sur la figure 7. Les deux Ev de ont été combinés en une seule trajectoire; la combinaison produit un ensemble commun de composants principaux (PC) pour les vecteurs propres poids et Mu MGMT, ce qui rend la comparaison directe possible entre les différents systèmes. Les trajectoires ont été obtenues à l'aide g-covar et g-anaeig de GROMACS utilitaires. Sur la figure 8 (A), les projections PC 1 ou PC 2, des deux structures sont projetées (noir poids Mu /rouge), le groupe obtenu à partir de la structure en poids est stable, alors que la projection de deux premiers PC mutant couvre une grande surface. Pour analyser davantage les projections de PC, leurs surfaces d'énergie libre ont été tracées (Fig 8B) qui a révélé que la stabilité du poids au cours de la course est uniforme au fil du temps par rapport à Mu sur la base des bassins minima d'énergie formés par les deux. Les structures avec un minimum d'énergie ont été récupérées à partir du scape des terres d'énergie libre à différents points de temps. Les structures sur le côté droit de chaque partie en saillie sur la figure 8 (C) du PC sont depuis le début de la simulation à la gauche de l'extrémité proche de la simulation. Cette analyse a été cruciale pour élucider le paysage d'énergie libre compromis de la structure Mu, une observation qui en plus concordantes avec nos résultats précédents, a définitivement impliqué un changement conformationnel drastique dans la structure Mu.

Conclusion

incongruités la réparation de l'ADN et de l'étiologie du cancer sont des synonymes d'une manière qui est l'apparition de la mutation qui a été largement acceptée comme base du cancer. Une mutation dans une protéine de réparation de l'ADN qui pourrait nuire à sa fonction (S7 Fig) peut créer un environnement pretumorigenic et peut aider à la progression du cancer à un stade quelconque. MGMT étant l'un des importants protéines de réparation d'ADN a un rôle essentiel dans le maintien de la stabilité génomique en enlevant O ^{adduits 6Methyleguanine. Ainsi, un important polymorphisme génétique dans cette protéine aura un effet sur le développement du cancer et sa progression. Comme aucune des études jusqu'à ce jour a rapporté l'analyse mutationnelle de MGMT utilisant MDS, il a d'abord nous a incité à se pencher sur la possibilité de MGMT étant muté dans une population classée où la consommation d'aliments contenant des niveaux plus élevés de composés N-nitroso est commun et gastrique le cancer est très répandue.}

l'utilisation de la dynamique moléculaire pour étudier l'effet de la nouvelle mutation au niveau du codon ^{151 nous a donné un aperçu de l'architecture des deux structures à un niveau atomique sur une course de la période de 30 ns . L'effet de la mutation n'a pas seulement limitée à son voisinage, mais aussi empiété sur la structure globale incluant des éléments secondaires à différents endroits de la protéine. Les transitions structurelles observées dans les éléments secondaires, favorise l'effondrement de l'architecture structurelle de Mu protéine MGMT. Le FEL obtenu par analyse quasiharmonic (PCA) a également conclu que la mutation affecte considérablement la stabilité de la MGMT au fil du temps, un facteur qui peut entraver la mode stoechiométrique normale de réparation de l'ADN par MGMT
.}

La mutation explorée dans l'exon 5 semble être associée à la mutation du pilote, ce qui semble affecter l'interaction ADN /protéine, un facteur important qui pourrait affecter docking d'ADN, retournement de base et, finalement, réparer le mécanisme qui, si altérée, pourrait également se traduire par génome large augmentation de O ^{6 méthyle adduits guanine conduisant à une instabilité génomique accrue.}

déclaration éthique de matériaux et méthodes

les protocoles /expériences impliquant l'utilisation de spécimens humains ont été dûment examinés et approuvés par l'Université Comité d'éthique humaine (UHEC), Université VIT, Vellore (UHEC-VIT /2011).

patients et collecte de tissus

Un total de 30 patients diagnostiqués avec un cancer de l'estomac admis à Sheri-Cachemire Institut des sciences médicales (écumes), Srinagar ont été considérés pour l'étude. Les patients subissant une chirurgie comme traitement primaire à différents stades de la maladie ont été recrutés pour l'étude avec leur consentement. Les caractéristiques des patients étudiés sont énumérés dans le tableau S2.

échantillons de tumeur 5mm ^{3 ont été excisées à partir de spécimens réséquées chirurgicalement au sein de la masse tumorale, à l'exclusion de la marge. échantillons non néoplasiques adjacents de dimension similaire ont été prises à partir de la marge de résection, environ 10 mm à partir du bord de la tumeur macroscopique et par la suite confirmé que bénigne par histopathologie de routine à écumes. Un total de 30 tumeur et 30 échantillons de tissus normaux ont été recueillis et conservés à -80 ° C jusqu'à l'analyse.}

extraction d'ADN et Polymerase Chain Reaction

ADN a été extrait de 2mm ^{3 échantillons de tissus en utilisant le kit d'extraction d'ADN (Salut Pura Mammalian ADN génomique Isolation kit-HiMedia). La concentration et la qualité de l'ADN a été mesurée par analyse spectrophotometeric de routine. L'amplification des exons 5 régions de l'exon MGMT a été réalisée en minicycler gradient (Eppendorf) dans un mélange réactionnel 25 pi contenant 1 pi (400 ng /ul) d'ADN génomique, 1 x tampon de PCR d'ADN polymérase {(Tris-HCl 200 mM, 200 mM KCl, 50 mM, (NH4) 2 SO4) fourni avec 25 mM de MgCl2, Fermentas} eau exempte de nuclease et 1 pl de l'avant (5 'GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3') et arrière (5 'AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3') les amorces chacune. La température de recuit a été optimisé à 65,5 ° C. Pour faciliter la réaction en chaîne par polymérase (PCR) l'analyse du produit pour la mutation, le séquençage du produit PCR a été réalisée.}

SNP Damage Prediction.

La prédiction de l'endommagement de l'polymorphisim a été réalisée à l'aide EIPD [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNPs & Allez [45] et Popmusic [46].

dynamique moléculaire simulation

Des études ont été effectuées par MDS Gromacs 4.5.3 package [47]. Pour MGMT en poids, la structure PDB 1QNT [48] a été utilisé comme une structure de départ pour le MDS. Accelrys Discovery Studio [49] a été utilisé pour faire de la mutation ponctuelle sur la structure de type sauvage. Les deux, en poids et Mu MGMT ont été appliquées avec GROMOS96 43a1 champ de force, puis placé dans un modèle d'un bain d'eau pré-équilibrée et contre-ions ont été ajoutés pour obtenir une boîte neutre à l'aide de l'outil "Genion" qui vient avec le paquet de gromacs. les molécules de solvant ont été retenus dans la position initiale par une contrainte de force de 100 kcal /mol pour 5000 étapes avant d'être soumise à une minimisation d'énergie pour 5000 itération. Pour réguler la température à l'intérieur de la boîte, Berendsen méthode de couplage de température [50] a été utilisé. Les interactions électrostatiques ont été calculées en utilisant la méthode Particle Mesh Ewald [51]. état des résidus, la pression et d'autres paramètres ionisantes ont été fixés dans la gamme standard. liste de paire non liée a été mis à jour toutes les 10 étapes et conformations ont été stockées toutes les 2 secondes pico (ps). simulation de retenue de position pour 500 ps a été mis en œuvre pour permettre à des molécules de solvant pour entrer dans la région de la cavité de la structure. Enfin, le système a été soumis à MDS pendant 30 secondes nano (ns). Écart quadratique moyen (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (FPMR), Solvent Accessible Surface (SASA), Rayon de giration (Rg) et l'APC ont été effectuées en utilisant des outils de GROMACS intégrés. g_hbond a été utilisé pour calculer le nombre de liaisons hydrogène distinctes formées par des résidus spécifiques à d'autres acides aminés dans la protéine lors de simulations (liaison NH). g_sham a été largement utilisé pour obtenir le paysage de l'énergie libre. Les graphiques ont été tracés à l'aide de Grace GUI toolkit 5.1.22 Version tout en paysages énergétiques libres ont été tracées en utilisant gnuplot 4.6.0 Version. Tous les visualisations ont été effectuées en utilisant Pymol, Ligplus, VMD [52] et les graphiques ont été tracés à l'aide du programme de Grace [53] et GNUPlot. Trajectoires ont été analysées à l'aide de l'outil intégré dans la distribution GROMACS.

Informations complémentaires
S1 Fig. a) Un chromatogramme représentatif de MGMT exon 5, montrant la paire de base unique, G >. T en position 151 comme indiqué par une flèche dans le chromatogramme néoplasique
b) Alignement de l'exon 5 séquence qui a été amplifié à partir de néoplasique et non néoplasique tissu (adjacent normal) avec celle de type sauvage (Référence-séquence acquise de NCBI) a été traduit et le SNP mappé a été montré pour changer de Serine en isoleucine
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s001
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S2 Fig. (A) des structures tertiaires moyennes de couleur en fonction des valeurs Bfactor (b) Moyenne représentation de la structure secondaire des deux structures
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s002
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S3 Fig. (A) Radii de giration de MGMT en poids et Mu montré séparément
.

(b) Rg de tous les atomes de poids et de Mu MGMT en fonction du temps à 300K.
Poids est represted par Black et Mu par Green.
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S4 Fig. Solvent Accessible Surface du poids (noir) et Mu (vert) MGMT au fil du temps à 300K
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s004
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S5 Fig. Variation de couleur (surface de la protéine selon l'échelle kyte-doolittle) à région mutée et la représentation graphique de la variation de l'échelle kyte-doolittle dans un seul acide aminé et moyenne sur cinq hydrophobie de fonctionnement des deux MGMT en poids et Mu
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s005
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S6 Fig. Temps dépendant tracé Ramachandran Contour de toutes les grappes sélectionnées au fil du temps, chaque ligne montrant la transition de 1.
doi: 10.1371 /journal.pone.0127741.s006
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S7 Fig. Représentation Pictorial du GC: AT Transition par altération de MGMT
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s007
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S1 Table. Prediction Polymorphisme utilisant différents serveurs
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s008
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S2 Table. Caractéristiques des sujets d'étude
doi: 10.1371. /Journal.pone.0127741.s009
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Remerciements

Les auteurs tiennent à remercier le Dr Daniele Granata pour son entrées nature sur les paysages de l'énergie libre.

• PLOS ONE: Risque de cancer gastrique par eau Source: données du Golestan Case-Control Study
• PLOS ONE: Corrélation inverse entre microARN-145 et FSCN1 Affectant gastrique migration et l'invasion du cancer