PLoS One: Atomic Betekintés a megváltozott O6-metilguanin-DNS Methyltransferase Protein Architecture gyomorrákban

absztrakt

O ^{6-metilguanin-DNS metiltranszferáz (MGMT) az egyik a fő DNS-javítás fehérje, amely ellensúlyozza a alkalyting ágens által indukált DNS-károsodást helyettesítésével O 6-metilguanin ( mutagén lézió) vissza guanin, végül elnyomja a illesztési hibák és a kettős szálú keresztkötések. Exon elváltozások formájában nukleotid polimorfizmus eredményezheti megváltozott fehérje szerkezet, amely viszont vezethet a veszteséget a funkciót. A jelen tanulmány témája a lakosság félt a nagy kitettség aikiiezőszerek fogva tipikus és speciális táplálkozási szokások. Ebből a célból, a gyomor rákos betegek egyesített ki a populáció választottak ki a mutációs szűrésére egy adott hibára hajlamos régiójának MGMT gén. Azt találtuk, hogy közel 40% -a tanult daganatos mintákban menekített missense mutációt kodonnál 151 kapott a szerin izoleucin variáció. Ez a változás eredményezte előidézésében a strukturális rendellenesség, ezt követően ebből a jelentős sztöchiometriai variancia felismerés domain, szubsztrátkötő és szelektivitása hurok az aktív hely a MGMT fehérje, amint a Virtuális mikroszkóp molekuláris dinamikai szimulációval (MDS). Az atomi betekintést MGMT fehérje számítási megközelítést mutatott jelentős változást belüli molekuláris hidrogén kötés minta, és így a megfigyelt szerkezeti anomáliákat. Ahhoz, hogy tovább vizsgálja a mutációs hatása a szabályozó dugója MGMT hogy tartja a fehérje DNS-kötő helyzetben egy MDS alapú elemzést végeztünk, minden ismert fizikai kölcsönhatásban aminosavak lényegében fürtözött alapján csoportokba helye és funkciója. Az eredmények által generált fizikai-funkcionális klaszterek fehérje jelezte, hogy az azonosított mutáció közelében aktív helyén MGMT fehérje okozza a helyi és globális destabilizálása egy fehérje akár kiküszöbölve a stabilizáló só hidak klaszter C3, C4 és C5 vagy helyileg destabilizálja a "fehérje stabilizáló hing" feltérképezték C3-C4 klaszter, megelőző aktív hely. katalógusa}

Citation: Chikán NA, Bukhari S, Shabir N, Amin a, Shafi S, Qadri RA, et al. (2015) Atomic Betekintés a Altered O ^{6-metilguanin-DNS Methyltransferase Protein Architecture gyomorrákban. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10,1371 /journal.pone.0127741 katalógusa}

Akadémiai Kiadó: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCIAORSZÁG katalógusa

Beérkezett: december 16, 2014; Elfogadva: 19. április 2015; Megjelent: május 26, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Chikán et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden lényeges adatot belül a papír és az azt támogató információs fájlokat. katalógusa

Forrás: a kutatás által támogatott VIT Egyetem tudományos munkatárs támogatás és a finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. katalógusa

Érdekütközés: a szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. katalógusa

Bevezető katalógusa

Bár csökken, a betegség gyomorrák szerint GOLOBOCON 2012 még a harmadik vezető oka a rákos halálesetek világszerte [1, 2]. Patogenezisében a betegség, a különböző genetikai és molekuláris változások zajlanak, ami a rosszindulatú transzformáció gyomornyálkahártya [3]. Ez az átalakulás egy többlépéses folyamat, amely együtt jár a rendellenességek fontos celluláris funkciók, mint például a DNS-javítás, az adhézió, a szignál transzdukció, sejtdifferenciálódás és társai [4,5]. Alkiláló karcinogének, mint az N-nitrozodimetilamin, metil-nitrozo-karbamid (NMU), N-metil-N'-nitro-N-nitro-guanidin stb képződéséhez vezethet, O ^{6-metilguanin, egy olyan DNS-adduktumot, amelynek jelenléte vezet indukció mutációk ( G: C-a: T átmenet) és az eredményeket a rák kialakulásában [6-10]. MGMT katalógusa az enzim felelős a javítási O 6-metilguanin adduktok [11-13]. MGMT egy öngyilkos enzim, amely eltávolítja a metil-csoport a O 6-helyzetben a guanin és átadja azokat a saját cisztin maradékot kodonnál 145 a fehérje, így inaktiváló maga míg javítási guanin [14]. Az expozíció NMU, MGMT-hibás egerek észlelték, hogy dolgozzon a rák [15], míg a hordozó transzgenikus egereket extra példányait az idegen MGMT gén kevésbé voltak hajlamosak a betegség [16] .A, genetikai polimorfizmus ennek enzimnek bebizonyította, hogy egy potenciális kockázati tényező a rák [17-22]. Ez a tanulmány tehát összpontosít mutációs profiljának hibára hajlamos régió exonjának 5 MGMT amely kódolja az aktív hely a fehérje, azaz aktív hely körül domének felelősek kapaszkodott DNS [13]. A reprezentatív lakossági gyomorrák betegek lett kiválasztva ez a tanulmány, amely egyedülálló kohorsz lényegében éppen ki van téve az étrendi alkilezőszerek [6, 23-28]. Katalógusa}

A Insilico katalógusa technikákat, hogy megértsék a polimorfizmus a fehérjék szerkezetének és dinamikájának már a gyakorlatban, és rengeteg munkát végeztek ebben a tekintetben [29-32]. A számítógépes előrejelzési módszerek segítségével evolúciós és szerkezete alapján az előrejelzést ad betekintést káros képessége a polimorfizmus [33]. A molekuláris dinamika lehet használni, hogy vegye figyelembe a konformációs változásokat polimorfizmus tud okozni a fehérjében. Ezek a konformációs változások a háromdimenziós szerkezetét a fehérje befolyásolhatja a fiziológiai affinitását és a különböző biokémiai útvonal kölcsönhatások. Gyakorolt ​​hatásának vizsgálatára mutációja evolúciós valamint atomi szinten, Insilico előrejelzéseket különböző szerverek, valamint a MDS a vad típusú (WT) és mutáns (Mu) MGMT fehérje végeztük. Az MDS-protein pályák és atomi kölcsönhatások elemzése, gromacs beépített eszközöket használtak. Főkomponens analízis (PCA) végeztünk becslésére a rugalmasságot, a mindkét szerkezetek. Szabad energia tájak (FEL) őshonos és Mu MGMT is vizsgáltuk, hogy megértse a hatását mutáció. Katalógusa

Eredmények és megbeszélés katalógusa

A Exon 5 szegmens MGMT gén sikeresen amplifikált minden minta . Fragmentumok után szekvenálás mutatott transzverziót mutáció kodon 151AGC a szekvenciája, amely a benyújtott GenBank csapágy nyilvántartási számokat KM000795 és KM000796. Az in silico eszközöket, hogy tanulmányozzák a lehetséges káros hatása a mutáció választottak aprólékosan, így minden tényezőt vizsgálni és kétszer ellenőrzik más eszköz, amely használja a különböző algoritmust. A részleteket a szervereket, amelyek használják a tanulmányban ismertetett S1 táblázat, ahol algoritmus, a munka és a kritériumokat az előrejelzést adott. Kiválasztott kiszolgáló jósolja mutáció káros. Az MDS szimuláció trendjei 30ns futni vad típusú és mutáns fehérje elemeztük kiterjedten használja gromacs beépített eszközöket. S1 ábra mutat nsSNP kodonnál 151 vezet egy missense mutációt Ser Ile, másképpen nem rendelkezik a vad típusú formájában segít a fehérje-DNS kölcsönhatások [34-36]. Amint az 1. ábrán látható, wtMGMT (PDBID: 1T39) Ser 151, amellett, hogy normál elektrosztatikus kölcsönhatás timin is képződik két hidrogénkötések vele keresztül amid nitrogén.

A 2. ábra mutatja a pillanatképeket mind a WT és a MU struktúrák különböző időintervallumokban, meghatározva a szinopszis hatásának mutáció szerkezeti dinamikája MGMT. Tól pillanatkép, a Mu struktúra eltérő felfedve bővült konformáció is alakult helikális konformáció aminosav száma 87-90, így egy ötlet, hogy a mutáció nem kedvez a strukturális tömörség a fehérje, amely inturn vezet a veszélyeztetett, és aberrált konformáció amelynek jelentős szerkezeti eltolódás, amely sarkalatos okoz megszűnt a fehérje funkcióját [37]. Miután vizuális elemzés g_rms eszközt kiszámításához használt RMSD fehérje atomok, felhasználva a kiindulási szerkezet, mint a referencia. A mutáns szerkezet megmutatta hirtelen emelkedést RMSD pedig körülbelül 17 ns. Megfigyelésén az anomália a struktúra szintjén, azt találtuk, hogy a spirális, és a hurok tartalma a mutáns szerkezet változtatható (3A ábra). A RMSD az átlagos időbeli hivatkozunk, mint RMSF, g_rmsf segítségével számítottuk az atomi szórás és a megfigyelés, a Mu struktúra magasabb volt a rugalmasság. A RMSF Mindkét szerkezet kismértékű változás maradék 151, de változó mértékben a protein hurok régió 27-53 (3B ábra), mely lehet az eredője intramolekuláris hosszú távú tercier kölcsönhatás variáció. Ebben r_rmsf szerszám lehetőség-OQ-t használtak a RMSF értéket B faktor értékek és implicit őket az átlagos szerkezet (kék képviselő legstabilabb és piros leginkább ingadozó). Az összehasonlító B faktor vetítés (S2A ábra) a tömeg és Mu MGMT elsősorban azt jelzi ingadozások belüli eltérések az átlagos szerkezet, ami nekünk betekintést a változás a fluktuáló mintázatot a két szerkezet. A színezés minta alapértelmezett közötti kék-piros. Lényeges változás ingadozás figyelhető Mu struktúra mellett, amely az átlagos másodlagos szerkezet elrendezés (S2B ábra) jelentősen eltértek ami ismét arra utal, hogy a Mu hátrányos lehet a DNS-javítás. Katalógusa

Ahhoz, hogy elemezni az alak a fehérje minden adott időben, G_ pörög eszközt használjuk, amely kiszámítja a forgási sugara egy csoport atomok mentén az x-, y- és z-tengely, mint az idő függvényében. Eredményeink azt mutatják, a jelentős eltérés a forgási sugarak Mu szerkezet, eltelt 17 ns fut (S3 ábra). Míg, mivel ismert, hogy az MGMT szerkezet nem változik, hogy a nagy mértékben, ha összehasonlítjuk a MGMT-kötött DNS szerkezet, jelzi a stabil kötött szerkezet keresztül szoros társulása elismerés maradékok (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 és Gly132), és Ser93, Thr95, Gln115, Asn123, és Ser151, kölcsönhatásban a foszfát gerinc DNS [36] mivel azonban a radi forgási került rögzítésre, hogy növelni kell mutáció miatt, és ezért javasolja az expandált felborult fehérje szerkezete feltehetően ügyetlenül eltolja a arginin ujj (intrahelical elhelyezett Arg128) a helyéről, amely felelős elősegítése essek nukleotid az MGMT aktív hely, így ronthatja a szorgalom szükséges eltávolítására O ^{6-metilguanin addukt DNS katalógusa}

További mint tudjuk, hogy minden egyes aminosav saját hidrofobicitás-érték, az eredeti vad típusú oldallánc, és újonnan bevezetett mutáns maradékot különböznek az ingatlan. Értékelni ezt használtuk g_sas eszköz, amely kiszámítja a hidrofób, hidrofil és teljes Sasa a fehérje idővel. A mutáns szerkezet nagyobb Sasa amely korrelál a korábbi megállapításunkat fokozott Rg mutáns szerkezet (S4 ábra). Annak ellenőrzésére, a hatás a Mu a MGMT struktúra dokkolt DNS PDB ID: 1T39 [38], szoktuk Discovery stúdió szín és kiszámítja hidrofób szerint Kyte-Dolittle skála (S5 ábra). A vezeték nélküli terminál a hidrofobicitás és öt maradékot futó átlagos hidrofobicitás voltak -0,8 és 0,94 rendre, míg a megfelelő értékek a Mu maradékot jelentősen magasabb volt a 4,5 és 2, ami azt mutatja, hogy a Mu maradékot erősebben hidrofób, mint a wt maradékhoz. Az indexelt eltérést értékeinek mutáns fehérje hidrofób jelleg képest a wt fehérje lehet alapvetően befolyásolja a stiochiochemistry hidrogén kötés kialakulása között, az enzim és a DNS-t, amint az S5 Fig. Ezt követően, a kedvezőtlen enzim DNS dokkoló vezethet, nem reagál az enzim tekintetében az együttműködési funkciót. Katalógusa

A további megértéséhez mutáció fehérje dinamika osztottuk fontos aminosav vesz részt a fizikai interakció DNS-t és Mg ^{+ ion klaszterekbe (4. ábra) attól függően, hogy helyzetét és járulékok DNS dokkoló, bázis essek és a DNS javító [36]. Klaszter1 öt, aminosavak bevonásával DNS dokkoló ti. SER93, PHE94, THR95, ASN123 és LYS125. 2. klaszter tartalmazott egyetlen aminosav ARG 135 is részt vesz a DNS-dokkoló. 3. klaszter tartalmazott három aminosav TYR114, GLN115 és SER151 ahol TYR 114 részt vesz a bázis essek szükséges DNS-javítás és a másik kettő szerepet DNS dokkoló. 4. klaszter mellett tartalmazó 3. klaszter aminosavakat tartalmazott CYS145 amely egy aktív helye MGMT, felelős a DNS-javítás. 5. Klaszter áll három aminosav (Cys 24, HIS29 és HIS85), amelyek mindegyike kölcsönhatásba Mg + ion. g_rama eszközt generálására alkalmazott Phi /psi diéderes kombinációi kiválasztott klaszterek és arra használták, hogy kiszámítsák a szögek, mint az idő függvényében. Az kontúrgörbe állítottunk elő energia minimum, hogy megértsék a saját mobilitás (S6 ábra). Az összes kiválasztott klaszterek érintette a mutációt SER151 a ILE151. Ahhoz, hogy megértsük a hatása, különösen a klaszter a 3. és 4. a Psi /phi disztribúciók kapcsolatos a jelölt energia minimum ábrázoltuk (5. ábra). A különbség a csúcs régió energia minimum figyelhető meg a megfelelő tömeg és Mu klaszterek, ami jellegzetes benyomást lehetséges különbözőség a DNS repair. Katalógusa}

A mélyebb megértését a szerkezeti változás figyelhető meg eddig, mi belenézett belüli hidrogénkötés kialakulását a kiválasztott klaszterek segítségével g_hband eszköz, az eredmények, amelyeket ábrán látható 6. összes klaszterét kiválasztott az elemzés azt mutatják, az alacsonyabb átlagos számának hidrogénkötések keretenként mutáns szerkezet számítunk Cluster 1. a növekedés számának átlagos hidrogénkötések keretenként 1. klaszter karcsú, összehasonlítva a variációk megfigyeljük. A teljes csökkenés az átlagos hidrogén kötés kialakulását egy képkocka a co-kapcsolatban fokozott RMSF és Rg mutáns szerkezet. Az eredmény keletkezett ez az elemzés meggyőzően járó rendellenesség figyelhető meg eddig váltással belüli hidrogénkötés mintát. Katalógusa

Ahhoz, hogy megértsük Ezen mutáció hatása a globális korrelált mozgások atomi szimulációk, PCA, egy matematikai eljárás, amely az hatékony jellemzésére az általános összecsukható és nem összecsukható jellemzői fehérje, használták. A technika azonosítja domináns mozgások a fehérje által kitermelésével fő módok vesz részt a mozgásban részt vevő molekula. A főkomponens fehérje mozgás került kiszámításra sajátvektorok (Ev) a tömeges súlyozott kovarianciamátrix fehérje tartalmaz. A számítás Ezen értékek alkalmazásával végeztük lényeges dinamika (ED) módszer standard protokoll szerint [39] belül elérhető GROMACS szoftvercsomag. Két első nyolc Ev, hogy figyelembe, hogy több, hogy 85% mozgás teljes rendszer választottuk ki analízis, a vetítési idővel és RMSF ingadozása, amely ábrán mutatjuk be a 7. Mind az Ev egyesítjük egyetlen röppálya; Az elegy közös főkomponens (PC) sajátvektorai tömeg és Mu MGMT, így a közvetlen összehasonlítás lehetővé a különböző rendszerekben. A pályák alkalmazásával kaptuk g-COVAR és g-anaeig a gromacs közművek. A 8. ábra az (A) a nyúlványok, PC 1 vs. PC 2, mindkét struktúrák vetített (fekete tömeg /piros Mu), a klaszter kapott tömeg szerkezet stabil, ahol, mint a vetülete első két PC mutáns fed nagy területen. Tovább elemezni a PC-előrejelzések, a szabad energia felületek ábrázoltuk (ábra 8B), amely kimutatta, hogy a stabilitás tömeg felett távon egyenletes idővel, mint Mu alapuló energia minimum medencék, amelyek mind. A szerkezetek minimális energia nyertük vissza a szabad energia föld menekülsz különböző időpontokban. A szerkezetek a jobb oldalán minden egyes nyúlvány ábrán a 8 (c) a PC-n kezdetétől szimuláció balra egyik a közeli vége szimuláció. Ez az elemzés elengedhetetlen volt felderítésében sérül a szabad energia táj Mu szerkezet, egy megfigyelés, hogy amellett, igazoltan, a korábbi eredményeket, már meggyőzően hallgatólagos drasztikus szerkezeti változást Mu szerkezet. Katalógusa

Következtetés katalógusa

képtelenséggel a DNS-javítás és a rák etiológiája szinonimák olyan módon, hogy ez az esemény a mutáció, amely már széles körben elfogadott, mint az alapját a rák. A mutáció a DNS-javító fehérje, ami ronthatja a funkcióra (S7 ábra) lehet létrehozni pretumorigenic környezet és hozzájárulhatnak a rák progressziója bármely szakaszában. MGMT, hogy az egyik legfontosabb a DNS repair fehérje alapvető szerepet játszik a genom stabilitásának eltávolításával O ^{6Methyleguanine adduktumai. Így egy jelentős genetikai polimorfizmus ebben fehérje hatással rák fejlődését és annak progresszióját. Mivel egyik tanulmány ig dátumot számolt mutációs analízise MGMT segítségével MDS, azt elsősorban arra ösztönzött minket, hogy vizsgálja meg annak lehetőségét, MGMT hogy mutált minősített lakosság, amikor a fogyasztás tartalmazó élelmiszerek magasabb N-nitrozo vegyületek közös és gyomor rák elterjedt. katalógusa}

a molekuláris dinamika hatásának vizsgálatára az új mutáció kodon ^{151 adott nekünk betekintést építészet mind a szerkezetek atomi szinten keresztül fut a 30 ns időszak . A hatás a mutációt nem csak arra korlátozódik, hogy a közelében, hanem ütköztetjük átfogó szerkezete, beleértve a másodlagos elemek különböző helyeken a fehérje. A strukturális átmenet figyelhető meg a másodlagos elemek, elősegíti az összeomlás építészet Mu MGMT fehérje. A FEL kapott quasiharmonic analízis (PCA) is arra a következtetésre jutott, hogy a mutáció jelentősen befolyásolja a stabilitást az MGMT idővel, olyan tényező, amely akadályozza a normális sztöchiometrikus divat DNS javítási MGMT. Katalógusa}

A feltárt mutáció exon 5. Úgy tűnik, hogy jár a vezető mutáció, ami úgy tűnik, befolyásolja a DNS /fehérje kölcsönhatás, fontos tényező, amely hatással lehet a DNS dokkoló, bázis essek és végül javító mechanizmus, amely, ha károsodott, azt is eredményezheti, genom szintű növekedését O ^{6-metil-guanin adduktokat ami fokozott genetikai instabilitást. katalógusa}

anyagok és módszerek katalógusa

Etikai nyilatkozat katalógusa

a protokollok /kísérletek felhasználásával járó emberi egyedeket megfelelően megvizsgálta és jóváhagyta Egyetem humán Etikai Bizottság (UHEC) VIT Egyetem Vellore (UHEC-VIT /2011). katalógusa

a betegek és a szöveti gyűjtemény katalógusa

Egy 30 betegnél diagnosztizáltak gyomorrák bevezetett Sheri-Kasmírban Intézet Orvosi tudományok (salakhártya) Srinagar tartották a tanulmány. Műtéten átesett betegek elsődleges kezelés különböző szakaszaiban, a betegség vettek fel a vizsgálat hozzájárulásukat. A jellemzői a vizsgált beteg esetében felsorolt ​​S2 táblázatban.

A tumor minták 5mm ^{3 kivágtuk műtétileg eltávolított mintákat belül a tumor tömege, kivéve a árrés. Szomszédos, nem daganatos mintát hasonló dimenziójú vettünk a reszekciós, körülbelül 10 mm-re a makroszkopikus tumor szélén, és ezt követően megerősítette a jóindulatú rutin szövettani at súrolja. Összesen 30 tumort és 30 normál szöveti mintákat gyűjtöttünk, és -80 ° C-ig elemzést.}

DNS-extrahálás és polimeráz láncreakció

DNS-t extraháltunk 2mm ^{3 szövetminták DNS felhasználásával extrakciós kit (Hi Pura emlős genomiális DNS-t Isolation Kit-HiMedia). Koncentráció és minősége DNS mértük rutin spectrophotometeric elemzést. Amplifikálása exon 5 régióiban a MGMT exon, végeztük gradiens minicycler (Eppendorf) egy 25 ul reakcióelegy tartalmaz 1 ul (400ng /ml) genomiális DNS-t, DNS-polimeráz {1X PCR-puffer (200 mM Tris-HCl, 200 mM KCI, 50 mM, (NH4) 2SO 4) ellátott 25 mM MgCI 2, Fermentas}, Nuclease szabad vizet és 1 ul előre (5'GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ') és reverz (5'AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3') primerek minden. Az izzítás hőmérséklete optimalizáltuk át 65,5 ° C hőmérsékleten. Megkönnyítése polimeráz láncreakció (PCR) A termék elemzési mutáció, PCR-terméket szekvenálást végeztünk.}

SNP Damage előrejelzést.

A kár előrejelzése a polymorphisim végeztük SIFT [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], a SNAP [44], SNP-k & Menj [45] és PoPMuSiC [46]. Katalógusa

Molekuláris dinamikai szimuláció katalógusa

MDS vizsgálatokat végeztünk Gromacs 4.5.3 csomag [47]. Mert tömeg MGMT, az EKT szerkezetének 1QNT [48] használtuk kiindulási szerkezet MDS. Accelrys Discovery Studio [49] használták, hogy a egypontos mutáció a vad típusú szerkezet. Mind a tömeg és Mu MGMT vittük fel GROMOS96 43a1 erőteret, majd helyezzük a modell egy előre egyensúlyba vízfürdőben iont hozzá, hogy egy semleges mezőbe a "genion" eszköz, hogy jön gromacs csomagot. Oldószer-molekula visszafogták az eredeti helyzetbe erővel megkötés a 100 kcal /mol, 5000 lépések előtt kitéve energiaminimalizáció 5000 iteráció. Szabályozására a hőmérséklet a dobozban, Berendsen hőmérséklet kapcsolási módszer [50] használtuk. Elektrosztatikus kölcsönhatások számoltunk a Particle Mesh Ewald módszer [51]. Ionizáló állam a maradványok, nyomás és egyéb paraméterek beállítása a normál tartományban. Nem kötött pár lista frissítve után minden 10 lépés, és konformáció tárolt minden 2. picoszerkundumban (ps). Pozíció visszatartó szimuláció 500 ps hajtották végre, hogy az oldószer-molekulák belépni az üregbe régió szerkezetét. Végezetül a rendszer volt kitéve MDS 30 nano másodperc (ns). Root Mean Square Eltérés (RMSD), Root Mean Square fluktuáció (RMSF), oldószer számára hozzáférhető felülete (Sasa), forgási sugara (Rg) és PCA végeztük segítségével beépített gromacs eszközöket. g_hbond volt kiszámításához használt több különálló hidrogénkötések által alkotott specifikus maradékok más aminosavak a fehérje alatt szimulációk (NH kötés). g_sham széles körben használták, így szabad energia tájat. Grafikonok ábrázoltuk a Grace GUI toolkit 5.1.22 verzió, míg a szabad energia táj ábrázoltuk a gnuplot 4.6.0 verzió. Minden képi végeztük Pymol, Ligplus, VMD [52] és a grafikonokat ábrázoltuk alkalmazásával Grace Program [53] és GNUPlot. Trajectories elemeztük a beépített eszköz a GROMACS forgalmazás. Katalógusa

alátámasztó információk
S1 ábra. a) Egy reprezentatív kromatogramja MGMT exon 5 bemutató egyetlen bázispár, a G > T-helyzetben 151 által jelzett egy nyíl a neoplasztikus kromatogramon.
b) összehangolása exon 5 szekvenciát amplifikáltuk neopláziás és nem neopláziás szövet (szomszédos normál) azzal, hogy a vad típusú (referencia-szekvencia szerzett NCBI) fordította és az SNP leképezett ben kimutatták, hogy megváltoztatja a szerin be Isoleucine. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s001 katalógusa (TIF) hotelben S2 ábra. (A) Átlagos harmadlagos szerkezet szerint színezett Bfactor értékek (b) Átlagos Másodlagos szerkezet ábrázolása mindkét struktúrában. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s002 katalógusa (TIF) hotelben S3 ábra. (A) forgási sugarak a tömeg és a Mu MGMT külön-külön feltüntetve. Katalógusa

(b) Rg összes atom a vad típusú és Mu MGMT idő függvényében 300K.
Tömeg van represted Black és Mu Green.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003 katalógusa (TIF) hotelben S4 ábra. Oldószer számára hozzáférhető felszíni területe tömeg (fekete) és Mu (zöld) MGMT idővel 300K. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s004 katalógusa (TIF) hotelben S5 ábra. Változás színe (Surface fehérje szerint Kyte-Doolittle skála) a mutált régió és a grafikus ábrázolás variációs Kyte-Doolittle skála egyetlen aminosav és öt átlagos futási hidrofób jellege egyaránt tömeg és Mu MGMT. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s005 katalógusa (TIF) hotelben S6 ábra. Időfüggő Ramachandran kontúrgörbe összes kiválasztott klaszterek idővel minden sor mutatja az átmenet 1. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006 katalógusa (TIF) hotelben S7 ábra. Képi ábrázolása GC: AT Átmenet által károsodott MGMT. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s007 katalógusa (TIF) hotelben S1 táblázat. Polimorfizmus Jóslás különböző szervereken. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s008 katalógusa (DOCX) hotelben S2 táblázat. Jellemzői vizsgálati alanyok. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s009 katalógusa (DOCX) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

A szerzők szeretnék elismerni Dr. Daniele Granata az ő fajta bemenet szabad energia táj. katalógusa

• PLoS One: Kockázat Gyomorrák Vízzel Forrás: Bizonyíték az Golesztánjának Case-Control Study
• PLoS One: Fordított korrelációja microRNS-145 és FSCN1 befolyásoló gyomorkarcinóma Migráció és Invasion