Istraživači razvijaju alat koji ubrzava analizu i objavljivanje biomedicinskih podataka

Istraživači na Medicinskom fakultetu Icahn na brdu Sinaj razvili su alat koji ubrzava analizu i objavljivanje biomedicinskih podataka od mnogo mjeseci ili godina do samo nekoliko minuta, mijenjajući način na koji istraživači prenose rezultate svojih studija. Do sada, primarna metoda dostupna za razmjenu podataka o biomedicinskim istraživanjima bila je putem tiskanih publikacija u znanstvenim časopisima. Novi alat, BioJupies, oslanja se na cloud tehnologije za analizu i vizualizaciju velikih količina podataka, poput onog stečenog sekvenciranjem genoma, kako je opisano u izdanju časopisa za studeni 2018 Stanični sustavi .

RNK sekvenciranje najčešća je eksperimentalna metoda koja se koristi za profiliranje stanica u biomedicinskim istraživanjima. Posljednjih godina, tehnologija sekvenciranja revolucionirala je način na koji znanstvenici ispituju genetske podatke, i taj napredak igra ključnu ulogu u otkrivanju i razvoju lijekova. Tradicionalno, Analiza sekvenciranja RNA zahtijeva opsežne vještine računalnog programiranja i pristup lokalnim računalima visokih performansi, usporavanje brzine kojom se mogu analizirati biomedicinski podaci, podijeljeno, i objavljeno.

Stvaranjem BioJupiesa, korisnici sada mogu učitavati i analizirati svoje podatke o sekvenciranju RNK u djeliću vremena kao i ranije. Platforma koristi cjevovod računalstva u oblaku koji smanjuje troškove obrade podataka sekvenciranjem RNA na manje od jedan cent po uzorku. BioJupies također proizvodi potpunu, otvoreni izvor, interaktivno izvješće iz obrađenih podataka koje omogućuje 300, 000 javno dostupnih skupova podataka o sekvenciranju RNK koji će se dohvatiti, ponovno analizirano, i ponovno upotrijebljen za jačanje biomedicinskih istraživanja.

"Kako količina generiranih biomedicinskih podataka nastavlja eksponencijalno rasti, tako i alati za njihovu analizu i dijeljenje, "rekao je Avi Ma'ayan, Doktor znanosti, Direktor Centra za bioinformatiku Mount Sinai, Profesor, Odjel za farmakološke znanosti, fakultet Icahn Instituta za znanost o podacima, i viši autor publikacije. "BioJupies ne samo da ubrzava način na koji analiziramo i tumačimo podatke, ali pruža i potpuno novi način dijeljenja rezultata sa globalnom istraživačkom zajednicom. "

Budući da su nove genomske tehnologije omogućile prikupljanje ogromne količine biomedicinskih informacija koje se mogu iskoristiti za napore u preciznoj medicini, pristupačnost, interoperabilnost, a ponovna upotreba ovih podataka postala je ključna za znanstvena istraživanja. BioJupies utire put istraživačima bez računalne podloge za izvođenje analize sekvenciranja RNA bez potrebe za suradnjom s bioinformatičarima, omogućujući napredak medicinskog i znanstvenog napretka u svijetu bogatom podacima.

• Istraživači istražuju mogu li se dijete s niskim sadržajem glutena preporučiti osobama bez alergija
• Studija pruža novi uvid u izbijanja norovirusa,