Helicobacter pylori katalógusa (HP) egy baktérium, colonizes az emberi gyomor és hozzon létre hosszú távú fertőzés a gyomor nyálkahártyáját. Állandó Hp fertőzés gyakran indukál gyomorhurut, és együtt jár a fejlesztés a gyomorfekély-betegség, atrófiás gasztritisz, és gyomor adenokarcinóma. A virulens HP izolátumok hordozzák a CAG (citotoxin-asszociált gének) patogenitási sziget (cagPAI), egy 40 kb méretű DNS-szakaszt, amely kódolja alkatrészek egy IV típusú szekréciós rendszer (T4SS). Ez T4SS képez pilus az injekció virulenciatényezők gazdasejtekbe célsejtek, például a CagA onkoprotein. Elemeztük a genetikai variabilitás cagA katalógusa és egyéb kiválasztott gének a HP cagPAI ( cagC katalógusa, ketrec katalógusa, cagL katalógusa, cagT katalógusa, cagV katalógusa és CAG Gamma katalógusa) felhasználásával kivont DNS fagyasztott gyomor biopsziás vagy klinikai izolátum. Vizsgálati alanyok voltak 95 cagA + betegek voltak szövettanilag diagnosztizált krónikus gastritis vagy gyomorrák Venezuelában és Mexikóban területeken magas előfordulási Hp fertőzés. A szekvenálási reakciókat végeztünk mindkét Sanger és a következő generációs Pyrosequencing (454 Roche) módszerekkel. Találtunk egy összesen 381 variánsok egyértelmű hívások megfigyelhető legalább 10% az eredetileg vizsgált minták és a referencia törzseket. Összehasonlítottuk a frekvenciák ilyen genetikai variánsok között a gyomorrák és a krónikus gyomorhurut esetekben. Huszonhat SNP (11 nem szinonim és 14 szinonim) statisztikailag szignifikáns különbség (P < 0,05), és a két SNP, abban a helyzetben 1039 és 1041 a ketrec katalógusa mutatott erősen szignifikáns összefüggést a rák (p -érték = 2,07 × 10 -6), és a variáns kodon volt található, a VirB3 homológia domén Agrobacterium katalógusa. A vizsgálat eredményei nyújthat előzetesen tájékoztatást megcélozni antibiotikumos kezelés a magas kockázatú személyek, ha hatásait ezen változatok megerősítik a további vizsgálatokra. Katalógusa Citation: Rizzato C, Torres J, Plummer M Muñoz N, Franceschi S, Camorlinga-Ponce M, et al. (2012) Változatok a Helicobacter pylori cytotoxin asszociált gének és ezek hatása a Progression gyomorrák: következmények megelőzésére. PLoS ONE 7 (1): e29605. doi: 10,1371 /journal.pone.0029605 katalógusa Szerkesztő: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japán katalógusa Beérkezett: október 6, 2011; Elfogadva: december 1, 2011; Megjelent: január 3, 2012 katalógusa Copyright: © 2012 Rizzato et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa Forrás: JT a címzett az exkluzivitás ösztöndíjat Fundacion IMSS, Mexikóban. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa Bevezető Helicobacter pylori katalógusa (HP) az egyik leggyakoribb krónikus bakteriális fertőzés emberben. Úgy becsülik, hogy több mint a fele a felnőtt lakosság a világon fertőzött ez az organizmus [1]. Ezek közül körülbelül 10-15% -a a fertőzött egyének becsült tapasztaltak klinikailag káros következményei, beleértve a peptikus fekélyek, gyomor adenokarcinóma és gyomornyálkahártya-asszociált limfoid szövet lymphoma (MALT) [2]. Eddig, annak ellenére, fáradságos világszerte, mi határozza meg ezeket a változó klinikai eredmények még nem teljesen tisztázott, de úgy tűnik, hogy kombinációi környezeti (dohányzás és az étrend) [3], a fogadó genetika és a HP virulencia faktorok [3], [4 ], [5]. Munka általunk [6] és mások támogatására, hogy a bakteriális tényezők valószínűleg játszani a legfontosabb szerepet [7], [8]. Katalógusa A legjobban jellemzett HP virulencia marker a cytotoxin-asszociált gén patogenitási sziget (cagPAI ), egy 40 kb méretű régió kromoszomális DNS kódoló körülbelül 31 gének képez IV típusú szekréciós rendszer (T4SS) transzlokációs bakteriális termékek a gazdasejtbe. cagA katalógusa lakozik cagPAI és felelős a legtöbb HP-asszociált malignus fenotípus: kiváltja az IL-8 szekréciójának alapozás a gyulladásos választ, elősegíti a sejtek szaporodását, szétszórja és migrációs akár foszforiláció-függő és független mechanizmusok [ ,,,0],9], [10]. A cagPAI jelen van körülbelül 95% -a kelet-ázsiai elszigeteli, és ez kevésbé gyakori a izolátumok alacsony kockázatú nyugati országokban [11], [12], [13]. Katalógusa Sok a cagA funkciók lakik belül C-terminális tandem öltözködött ismétlődő motívum tartalmazó aminosavak Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala (EPIYA motívumok a, B, C és D). Törzsek rejtegetése több példányban nyugati típusú EPIYA-C vagy keleti típusú EPIYA-D javasoljuk, hogy további kapcsolódó gyomorrák, valamint megnövekedett cagA in vitro katalógusa tevékenység [14], bár ez vitatható [15] . A mai napig, annak ellenére, hogy az ismert eltéréseket az N-terminális cagA katalógusa gén és más cagPAI sziget gének, ott már nagyon kevés információt klinikai genetikai variánsok kívül EPIYAs. Így, ebben a cikkünkben felkutatják variánsok cagPAI gének cagC katalógusa ( HP0546 katalógusa), ketrec katalógusa ( HP0544 katalógusa), cagL katalógusa ( HP0539 katalógusa), cagV katalógusa ( HP0530 katalógusa), cagT katalógusa ( HP0533 katalógusa), és CAG Gamma katalógusa ( HP0523 katalógusa) géneket, amelyeket kijelölt fontos funkcionális elemei modell bakteriális T4SS, és ismert, hogy döntő fontosságú cagPAI transzlokáció funkciót vagy jelen a sejten, ami arra utal, kölcsönhatások a befogadó sejtek; és cagA, katalógusa, amelynek EPIYA régióban következetesen kimutatták, hogy korrelálnak a klinikai kimenetellel (gyomorrák) [16]. katalógusa cagA katalógusa állapot önmagában nem elegendő ahhoz, hogy előre klinikai kimenetelt. Ráadásul vannak arra utaló jelek, hogy a HP felszámolása csökkenti a gyomorrák előfordulása csak az egyének nélkül rákmegelőző elváltozások. A tanulmány eredményei értékes információkkal szolgálhatnak a cél az antibiotikus kezelés a magas kockázatú egyének, ha hatásait ezen változatok megerősítik a további vizsgálatokra. Katalógusa Anyagok és módszerek katalógusa Etikai Nyilatkozat katalógusa Minden résztvevő aláírt tájékozott írásbeli hozzájárulása szükséges. A tanulmány által jóváhagyott etikai felülvizsgálati táblák a felelős intézmények téma felvételi mind a felvételi központ. Katalógusa A mexikói minták, a tanulmány által jóváhagyott etikai bizottságok az Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) és General Hospital a Secretaria de Salud (SS), Mexico City, Mexico. katalógusa a venezuelai minták, etikai távolság a vizsgálatot végzünk a Nemzetközi Ügynökség Rákkutató (IARC) etikai Bizottsága Lyon, Franciaországban és az Cancer Control Center San Cristobal, Venezuela. katalógusa Study lakosság katalógusa Venezuela. katalógusa Mi használt 11 DNS minták gyomor biopsziás alanyok hatással krónikus gyomorhurut nélkül sorvadás felvett egy kemoprevencióval tárgyalás Venezuela [17], [18]. A vizsgálati alanyok (életkor 35-69) Ebben a vizsgálatban vettek a résztvevők a Gyomor Rákellenes Program Tachira állam, amely alapján a gyomor kettős kontrasztos röntgen majd gasztroszkopikus vizsgálat. Alanyok bármilyen rák, beleértve a gyomorrák, vagy más súlyos betegségek, mint a szív, a tüdő, a vese vagy májelégtelenség és a terhes nők nem voltak jogosultak. Hét gyomor biopsziát vettünk előre meghatározott helyek, öt szövettani értékelés és kettő fagyasztották H pylori katalógusa DNS izolálás vagy a kultúra. Szakértő patológusok daganatos elváltozások a gyomor olvasni szövettani metszetek. Katalógusa Mexico. Katalógusa 84 minta volt származó betege a Gastroenterology Unit A México General Hospital (Secretaría de Salud) és az Onkológiai Kórház ( Instituto Mexicano del Seguro Social), mind a kórházak Mexikóvárosban. Harmincöt beteget érint krónikus gyomorhurut és 49. gyomorrák. A betegek 30 év feletti, konzultálni, mert a gyomorsav tünetek (General Hospital), vagy azért, mert egy valószínű gyomorrák (Onkológia Kórház), és arra programozták endoszkópia diagnosztikai célokra. Azoknál, akik korábban kapott rák kezelésére, voltak antibiotikumok, anti-HP terápia vagy nem szteroid gyulladásgátló gyógyszerek két héttel a vizsgálat előtt, vagy volt más súlyos krónikus betegségek kizártuk. A gyomor biopsziás mintákat helyeztünk steril 0,9% -os sóoldat, homogenizáljuk, és oltani vér agar bázis (BBL, MD) táptalajon, tálcákon, kiegészítve 5% Sheep Blood HP kultúra. A lemezeket inkubáljuk 37 ° C-on 9% CO 2-atmoszférában 5 napig. HP azonosították kolónia és mikroszkópos morfológiai és pozitív oxidáz, kataláz, ureáz teszt. Minden egyes elsődleges növekedés, 7-10 egyedi telepeket minden egyes izoláltunk antrum és corpus és szaporítunk a vér agar táptalajon. A tanulmány elemeztük 43 mintát a tenyésztett törzsek és 41 közvetlenül a fagyasztott biopsziás. Katalógusa A fő jellemzői a lakosság leírása az 1. táblázatban katalógusa DNS kivonás katalógusa a venezuelai és mexikói biopsziás mintákból a DNS-t kivonjuk fagyasztott szövetekből QIAamp DNS micro kit (Qiagen, Hilden, Germany) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. Kulturált törzsek DNS-t megtisztítottuk a guanidin tiocianát-EDTA-Sarkosylt (GES) módszer [19]. Katalógusa Primer tervezés katalógusa Mi használt illesztések HP szekvenciák nyilvános adatbázisokból a szekvenciák azonosítására alkalmas tervezése PCR-primerek. Mi korlátozott adatbázisunkban keresések nyugati törzsek HP, amelyek nagyobb valószínűséggel lehet hasonló a törzsek munkánk során talált mintákat. Azt tervezték, csempézett fragmentumok terjedő méretű 312-876 bp. Az átlagos mérete szekvencia olvas 454 szekvenáló technológia 450 bp, ezért előre olvas és fordított olvas átfedés legalább részben, ezáltal javítja a megbízhatóságot a kimenet. Öt a cagA katalógusa amplimerek használt korábban már megjelentek [20], [21]. Minden használt primereket cagA katalógusa, cagC, ketrec, cagL, cagV, cagT katalógusa és CAG gamma katalógusa tesztelték, PCR reakciókban kisszámú tanulmányi minták ( n = 16), és az amplifikált régiókat szekvenáltunk Sanger technológia az ugyanazon mintákon specificitásának igazolására az amplifikációs (lásd a mellékelt táblázatot S1 primer szekvenciák és a PCR-amplifikációs körülmények között). Továbbá, mi használják, mivel hivatkozás, a három törzs 26695 (NC_000195), J99 (NC_000921) és G27 (NC_0011333) akiknek a genomot teljesen szekvenálták [22], [23], [24]. katalógusa 454 szekvenálás katalógusa Miután PCR körülményeket optimalizáltuk, mi újraszintetizáljuk ugyanazt alkalmazott primerek PCR multiplex tag (azonosítására használt szekvenciák minden egyes minta) és adapterek, és felerősítette a megcélzott régiók segítségével DNS mintákból. Egy második PCR-t végeztünk, felhasználva a címkézett primerek, annak érdekében, hogy növeljék a mennyiségű anyagot. Minden PCR-amplimerek ezután tisztított, mennyiségileg spektrofotometriával, és összegyűjtjük ekvimoláris mennyiségben. Library generációs 454 FLX szekvenálás felhasználásával végeztük a gyártó standard protokollok (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA). Röviden, a gyártó adapterek szükséges feldolgozás és szekvenálás adtunk a végeket mindegyik medence a címkézett PCR-termékeket ligáltuk. Egyes molekulák a PCR-termékek hordozó helyes adapterek hibridizáltuk egyedi gyöngyök, klonális amplifikált egy későbbi emulziós PCR és mindegyik medence felvittük 1/16 egy picotiterplate szekvenáláshoz a 454 GS FLX Titán technológia. A feldolgozás után bázis hívás a gyártó saját fejlesztésű szoftver (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA, szoftver verzió 2.0.00 2008 október) az ebből eredő leolvasni voltak rendezve szerint a pre-beépített hat bázis címkéket. A genomi szekvencia analízis 454 technológiával végeztük ezeket HP izolátumokat > 200-szeres átlagos lefedettség (minimum 59x, 580x maximum). A kapott contigs alkalmazásával állítottuk össze a gén szekvenciáját HP törzs 26695 [23] vázként. Mi már nem figyelhető meg jelentős különbség a kimenet minőségét a DNS tenyésztett törzs és a DNS-biopsziával. Annak érdekében, hogy értékelje minőségellenőrzési adatok összehasonlítottuk 454 szekvenálási adatok a referencia törzs 26695 és a publikált szekvencia NCBI adatbázisban (NC_000915); konkordancia vége volt > 99%. Azt is ütemezni 9 venezuelai mintát a hagyományos Sanger szekvenálás módszer, betartva a megfelelési > 99% között módszerekkel. Katalógusa Sanger szekvenálás katalógusa A cagA katalógusa N-terminális (630bp ), C-terminális (pozíció 2670-3100), és EPIYA motívumokat régió, valamint a cagL bioinformatikai és statisztikai módszerekkel A nyers szekvenciákat automatikusan elemzik a 454 szoftver, és a minőségi pontszámokat rendelt. A kapott szekvenálás kimenet, mind 454 SFF formátum és Sanger Abi formátumban, elemeztük több szekvencia illesztés szoftver (pl Geneious szoftver platform: http://www.geneious.com/), amely össze minden szól tartozó ugyanazon a mintán, majd szekvenciák összes mintákat igazítva egy referencia-szekvencia és az egyes nukleotid polimorfizmusok valamint a kis inszerciók és deléciók azonosítottunk. Annak elkerülése érdekében, a lehetséges leletek szekvenálás és korlátozza variánsok a klinikailag és statisztikailag jelentős frekvenciák kiválasztott variánsok egyértelmű hívások megfigyelhető legalább 10% a szinonim (N = 175) és 20% az nonsynonymous (N = 206) változatai az eredetileg vizsgált minták és a referencia törzsek (összesen 381). SAS 9.2 verzió volt becsléséhez használt logit esélyhányados (OR) és a 95% -os konfidencia intervallum (Cl) gyomorrák társított minden egyes variáns valamint AP kiszámításához -értékei különbségek változat közötti frekvenciákon gyomorrák és gyomorhurut a Fisher-féle egzakt teszt (2-oldalas). Bonferroni korrekciót alkalmaztunk, hogy kiszámolja a p-értékek korrigált többszörös összehasonlításhoz elosztjuk a nyers p-értékek 381 katalógusa A genetikai variabilitás hét HP cagPAI gének katalógusa Egy összefoglaló a genetikai variabilitás kimutatható a hét gének a 2. táblázatban közöljük amint várható volt, azt figyeltük meg a magas fokú variabilitást (kiszámítani, mint a telephelyek száma mutató variáns ki a teljes oldalak egy gén), mind a DNS-t és aminosav szinten. A nukleotid változékonyság mozgott 8,03% cagV katalógusa hogy 23,92% -ban cagC katalógusa, miközben az aminosav változékonysága érdekes mozgott 5,69% cagT katalógusa, amelyiken a legkisebb mértékben variációs hogy 31,01% -ban cagA katalógusa. Összehasonlítottuk a frekvenciák a 381 kiválasztott genetikai variánsok között a gyomorrák és a krónikus gyomorhurut esetekben. Ezután határozzuk meg nem szinonim (3. táblázat) és szinonim (4. táblázat) változatok megmutatta jelentős különbségek gyomorhurut és a rákos megbetegedések, találkozó az alábbi kritériumok (1) abszolút variáns gyakorisága különbözött legalább 25% között gyomorhurut és a rák csoportok; (2) variáns jelentése a gyomorrák legalább kétszer olyan magas, mint a gyomorhurut és a (3) variáns frekvencia gyomorhurut legalább kétszer olyan magas, mint a gyomorrák. Huszonöt SNP (11 nem szinonim és 14 szinonim) érte el a statisztikailag szignifikáns különbség (p < 0,05, 1. ábra) található cagA katalógusa, ketrec katalógusa, caggamma cagA a C-terminális régió (pozíciók 2670-3100) rendkívül változó volt a klinikai izolátumok a minta szerint a EPIYA motívumok (2. ábra). Megfigyeltük 524 polimorf helyek, amelyek elemeztük 148 kiválasztott kritériumoknak korábban leírt (a teljes katalógus cagA katalógusa SNP látható kiegészítő fájl S1). Érdekes, hogy két SNP mutatnak eltérő kiújulás között gyomorhurut és a rákos esetek p < 0,05, akkor is, ha nem voltak statisztikailag szignifikánsnak tekintettük, mivel a nagy vizsgálatok száma; az egyik egy nem-szinonim SNP-k (A2033G meghatározzák egy aminosav változás T /A, lásd a 3. táblázatot), és egy szinonim SNP (A2547G, lásd 4. táblázat). Az elemzés a EPIYA régió megerősítette, hogy minden szekvenciák voltak a nyugati típusú cagA, azaz, az ABC (82%), ABCC (13%), ABABC (3%), AABCC (1%) és ABCCC (1%). Mi nem tapasztaltam más elosztása ezek cagA típusok között a rák és gyomorhurut esetben (p = 0,2342), a részletes eredményeket az 5. táblázatban és a 2. ábrán Megfigyeltük 3 változata a EPIYA motívum: egy gyomorhurut minta EPIYV egy a motívum, 50% B-motívumok mutatta a EPIYT variáns (nincs statisztikai különböző forgalmazási a rák és gyomorhurut esetében), és egy, a C-motívum egy rákos eset mutatott EPLYA variáns. Eredmények a többi CAG a genetikai variabilitás cagC ketrec katalógusa, cagT, cagV katalógusa és CAG Gamma katalógusa értékelték 454 szekvenálása és c AGL katalógusa Sanger szekvenálás. A teljes katalógus polimorfizmusok megfigyelhető a hét gének látható kiegészítő fájlban S1. cagC ketrec katalógusa gén már katalogizált 308 polimorf helyek, 97. polimorfizmusok elemezték. C1039T és T1041G statisztikailag szignifikánsan eltérő kiújulás között gastritis és a rák esetben p = 9,97 × 10 -6. Továbbá egy másik SNP T1905C mutatott eltérő kiújulás a p értéke 2,55 × 10 -4, ami nagyon közel van a tanulmány-bölcs küszöböt. Kilenc másik SNP mutatnak eltérő kiújulás között gyomorhurut és a rákos esetek p < 0,05, hat szinonim polimorfizmusok (T1032C, C1038T, T2092C, A2097G, G2121A és A2286G) és 3 nem szinonim változatok: A76C (aminoacidic változás lizin glutamin), T1853C (aminoacidic változás valin, hogy alanin) és A2032G (aminoacidic változás aszparaginról aszparaginsav). A C1039T variáns, amikor elemezni egyetlen változás, jósolja egy aminosav változás lizint phenilalanine (kodon változását CTT TTT), mivel az SNP T1041G fekszik harmadik helyzetében az azonos kodon, és ha elemezzük egyetlen változás azt jósolták, szinonim variáns (kodon változik CTT CTG). Azonban minden a mintákat elemeztük a két variáns allél észleltek együtt, ezért során csak két variáns kodonok (CTT és TTG), amelyek kódolják az ugyanazon aminosav, a lizin. A T1905C polimorfizmus szinonim változata a harmadik pozícióban a GTT kodon (variáns kodon GTC), amely kódolja Valin. Katalógusa cagL katalógusa gén megfigyeltük 74 polimorfizmusok és amelynek 24 elemeztük, 4 mutatott eltérés eloszlása esetek között a rák és a gastritis (P < 0,05). Ketten nem szinonim: G166A (aminoacidic változása alanin treoninra) és A172G (aminoacidic változása aszparagin az aszparaginsav) és két szinonim: (A228G és C516T). Katalógusa cagT CAG Gamma katalógusa gén megfigyeltük 111 polimorfizmusok, 53 amelyek tovább elemeztük és 4 szinonim (A195TorC, T207A, C264T és A468G) és öt nem szinonim (A38G, C47G, A200 /201T, A367C és G457A) mutatott p < 0,05 volt az eltérés közötti megoszlása gyomorhurut és a rákos megbetegedések (1. ábra). katalógusa Vita katalógusa Mivel a felfedezést 1996 [25], a cagPAI, amely befogadja a virulencia géneket Hp, valószínűleg már a legintenzívebben tanulmányozott része a HP genomban. A IV-es típusú szekréciós rendszer fehérjéket kódolja, amely képeznek tű-szerű szerkezet összekötő HP a citoplazmába az epiteliális gyomor sejt beadnia onkogén CagA fehérje és peptidoglikánok. Összetevői a szerkezet tartalmaz egy) pilus alkatrészek, CagC (homológja a Agrobacterium tumefaciens Azt találtuk, a legkisebb változás, mind a nukleotid és aminosav szinten, a belső mag T4SS alkatrészek (CagT , CagV, és ketrecben; 5,7%, 5,9% és 5,9% aminosavat variáció -kal), és a legnagyobb változás a kitett alkatrészek: az integrin-kötő fehérje CagL, extracelluláris pilus főkomponens CagC és szekretált fehérje CagA (12,2%, 23,5% és 31%, aminosav variáció -kal). Ezek az eredmények alátámasztják, hogy a genetikai változás cagPAI komponensek főleg befolyásolja azok lokalizáció a T4SS, nagyobb változása fehérjék ki vannak téve a bakteriális felszíni, talán mint a válasz az immunológiai nyomást. Érdekes, Cag Gamma kivétel volt (19,5% aminosav változat), a fehérje már javasolta, hogy tartózkodjon a HP periplazmába ahol úgy viselkedik, mint egy peptidoglycan hidroláz, piercing a HP külső membrán, így segítve, hogy ki a T4SS ostor a külső közeg [28]. Lehetséges, hogy Cag Gamma teljesíti ezt a funkciót is, mint egy szerkezeti eleme a kitett pilus, ahol ez is jár át a gazdasejt membrán. Tanulmányok Afrika [21], Olaszország [14], USA [ ,,,0],8] és Brazília [29] azt javasolták közötti társulás megnövekedett számú EPIYA C motívumok és a HP a kapcsolódó betegségek. Továbbá Sicinschi et al. [30] megfigyelt összefüggést fokozott EPIYA C szegmensben, és a jelenléte a gyomor rákmegelőző elváltozások. Ezzel szemben a vizsgálatok Kolumbia [8], [31], Mexico (J. Torres, személyes közlés), és Koreában [32] nem találtak ilyen szervezetet. Vizsgálatunkban több mint 80% -a az összes mintát Mexikóban és Venezuelában volt a típus ABC, nincsenek kapcsolatban nyilvánvaló volt között gyomorrák progresszió és nagyobb számú EPIYA C motívumok. Sőt, a legutóbbi tanulmányok [15] kimutatták, hogy fontos a pont eltérések EPIYA B motívum aktivitást hámsejtek megfigyeltük, négy nem szinonim eltérések ez a motívum, de ezek a polimorfizmusok nem mutatnak társulás gyomorrákban. a legújabb tanulmányok arról számoltak be jelentős gyulladáskeltő és pro-onkogén aktivitását CagA, amelyek függetlenek a EPIYA motívumok és ami talán a legfontosabb a betegség [30]; E megállapítások megmagyarázná az összefüggés hiányát C motívumok daganatos itt közölt és a korábbi vizsgálatok során. A C-terminális a CagA fehérje tartalmazza a c-met motívum, amely már javasolta, hogy több funkciója van: közvetíteni CagA multimerizá és a membrán célzás érdekében [33], [34], kölcsönhatásba a kináz Par1b /mark2 [35], és ezek a tevékenységek CagA foszforiláció független [36]. Azonban a mi tanulmányban nem találtunk szignifikáns különbséget a gyomorhurut és a gyomorrák, akár egymás után vagy számának multimerizálódást motívumok. Katalógusa A C-terminális és N-terminális domének CagA egyaránt szükség van, hogy kihasználják a teljes fehérje aktivitását, annak ellenére, hogy különböző funkciókat. Újabban kimutatták, hogy a N-terminális a CagA kölcsönhatásba lép a tumorszuppresszor apoptózist serkentő fehérje a p53 (ASPP2) [37]. A jelenléte mindezen közötti kölcsönhatások CagA és bakteriális és humán fehérjéket azt sugallják, hogy ez lehet nagyon nehéz a baktérium, hogy fenntartsák a teljes körű biológiai aktivitás jelenlétében magas szintű mutációk, amelyek többsége feltehetően elvesztéséhez vezethet vagy csillapítását funkciót. Bár cagA ketrec katalógusa egyedülálló kódoló gén két T4SS alkatrészek, VirB3 (N-terminális), és B4 (C-terminális), mint fúziós fehérje [38], és B4 a legnagyobb ATPáz között több T4SS alkatrészeket. Ez létrehoz energia a szekréciós folyamat, így szükséges a szubsztrát transzlokációt [39], és kölcsönhatásba lép számos egyéb T4SS proteinek, köztük VirB2 [40]. Annak ellenére, hogy viszonylag belső lokalizáció, annak kulcsfontosságú szerepet az IL-8 indukció már jól dokumentálták [41], [42], [43]. Érdekes módon azt figyeltük meg szoros összefüggést a két SNP (C1039T és T1041G) ketrec katalógusa és a gyomorrák, a megállapítás nem jelentett korábban. Ezek SNP abban a pozícióban, egy és három egyforma kodon és mindig megfigyelhető a két variáns kodonok (CTT és TTG), amely kodifikálja az ugyanazon aminosav, a lizin. Ez a változat kodon található homológ domén VirB3 a Agrobacterium katalógusa. A második legerősebb egyesület volt kimutatható másik szinonim SNP helyzetben 1905-ben és ebben az esetben a két lehetséges kodonokat GTT és GTC, amely kódot valin. Már ismert, hosszú ideig, hogy az alternatív szinonim kodonok nem használt egyenlő frekvenciájú és minták kodon használat különbözőek az egyes fajok [44]. Kodonhasznosítás több elfogult expresszált gének magasabb szinten [45], [46]. Használata optimális kodon lehetővé teszi a hatékonyabb felhasználása riboszómák és vezet a gyorsabb növekedést [47]. Bár a genomja HP leírták, hogy nem tartalmaznak kodon torzítás nagymértékben expresszált gének [48], Kloster és a Tang [49] azonosítottak egy torzítás az expressziós szintje gének ahol TTG kodon előnyösebbek, mint a CTT kodont, valamint a a GTC kodon felett GTT. Ezért ezen adatok alapján tudtuk gondoljuk, hogy különbség kodon használat hatással lehet a szinten gén expressziójának erős funkcionális jelentősége a T4SS szekréciós rendszer, mint a ketrec katalógusa. CagL egy speciális pilus fehérjét, amely kötődik és aktiválja integrin α5β1 receptor gyomor hámsejtek elsősorban keresztül arginin-glicin-aszparaginsav (RGD) motívumot, vezető megfelelő pozicionálását a T4SS és megkönnyítve transzlokációját cagA, [9] [50 ]. CAGL aktiválja a gazdasejt kinázok fokális adhéziós kináz (FAK), és Src, hogy biztosítsák CagA foszforilációját az injekció helyén, míg a β1 integrin szükséges CagA indukálta gazdasejt motilitás és a nyúlás [51]. CagL is felelős HP-indukált hypochlorhydria aktiválása révén a disintegrin és metalloproteáz 17 és NFkB [52]. A két cagL A korábbi tanulmányok [54] szekvencia analízise cagGamma katalógusa gén mutatta, hogy táplál egy tipikus SLT katalitikus domén között maradványok 33 és 165, amelynek "ES" és a "AVGAY" motívumokat erősen konzerválódott a orthológ enzimeket. Megfigyeltük öt nonsynonymous variánsok eltérő eloszlása a rák és gyomorhurut esetben. Az e három térkép a katalitikus domén, azonban egyikük sem található a legtöbb konzervatív részei a tartománynak. Katalógusa Bár ez a vizsgálat korlátai minta mérete, ez a legnagyobb eddig szempontjából a számú cagPAI vizsgált gének egy mély szekvencia analízis. Néhány minta veszett el, mert a kudarc PCR amplifikáció, ami miatt lehet, hogy microvariabilities HP sorozatot.
gén szekvenciáját a Sanger módszerrel. A szekvenálási reakciót végeztünk BigDyeR Terminator Cycle Kit (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) hőmérsékleti körülmények között az alábbiak szerint: 96 ° C 2 perc, majd 27 ciklusban 96 ° C-on 30 s, 54 ° C-on 10 s és 60 ° C-on 4 percig. A reakciótermékeket kicsapjuk 2-propanollal mossuk, 75% -os etanollal, hígított 25 ul vízben, és felvisszük egy ABI Prism 3100 genetikai analizátor (Applied Biosystems). Elsődleges szekvenálási adatok segítségével elemeztük szekvencia-analízis programmal (Applied Biosystems). Katalógusa
és cagL katalógusa, míg egy sem található cagC katalógusa, cagT katalógusa vagy cagV katalógusa. Mi visszük tanulmány bölcs küszöböt p = 1,31 × 10 -4 (0,05 /381) korrigált többszörös összehasonlítások, és csak két SNP, abban a helyzetben 1039 és 1041 ketrec katalógusa mutatott p-érték kisebb, mint ezt a küszöböt. A SNP ketrec katalógusa gén (pozíció 1905) azt mutatja, ap értéke 2,55 × 10 -4 nagyon közel van a tanulmány bölcs statisztikailag szignifikáns. Katalógusa
polimorfizmusok és EPIYA típusok katalógusa
PAI gének
gén észleltünk 83 SNP, 25 amelyek közül kiválasztott fentiekben leírtak szerint. Egyik SNP mutatott eltérés közötti eloszlás gyomorhurut és a rákos megbetegedések. Katalógusa
gén elemeztük 23. 81 polimorfizmus figyelhető meg, míg a cagV katalógusa gén elemeztük 11 61 polimorfizmusok és mindkét gén egyik polimorfizmus mutatott eltérés közötti eloszlás gyomorhurut és a rákos megbetegedések.
VirB2) képező fő extracelluláris szerkezet, amelyre a hegye CagL van rögzítve, hogy befolyásolja a β-1 integrin; b) alapvető komplex fehérjék, CagW (VirB6), CagT (VirB7), CagV (VirB8), CagX (VirB9) és ravasz (VirB10) képező belső mag az ostor; c) az energetikai tényezők Cagβ (VirD4), Cagα (VirB11) és ketrecbe (VirB3 /VirB4), ATP energiaellátó rendszer működik [26]. Ebben a tanulmányban szekvenálták cagC katalógusa ( HP0546 katalógusa), cagL katalógusa ( HP0539 katalógusa) a ostort, cagV katalógusa ( HP0530 katalógusa), cagT katalógusa ( HP0533 katalógusa), és a CAG Gamma katalógusa ( HP0523 katalógusa) a mag komplex, és ketrec katalógusa ( HP0544 katalógusa) a energiaellátás enzimek HP izolált törzsek gyomorhurut és gyomorrákos betegek. Ezeket a géneket választottunk, mert a termékek ismert, hogy esszenciális az T4SS funkció és néhány van bemutatva extracellulárisan H. pylori katalógusa (CagA, CagL, CagC), ami arra utal, lehetséges kölcsönhatások a gazdasejt [27]. katalógusa
a legjobban megalapozott cagPAI virulenciamarkert, cagA katalógusa állapot önmagában nem elegendő ahhoz, hogy előre a klinikai eredmények a magas kockázatú populációk, ahol a legtöbb HP cagA katalógusa-pozitív törzsek. Ebben az összefüggésben, azonosítása új HP molekuláris markerek virulencia megjósolni gyomorrák kockázata nagyon fontos lesz. Jelenlegi fejlődés genotipizálási módszertan lehetővé teszi számunkra, hogy használja a DNS-t a gyomor biopszia, hogy tanulmányozzák a HP szekvencia microvariabilities, amelyek szinte kizárólag vizsgálták tenyésztett törzsek. Genotipizálása nagyobb számú gyomor minták lehetővé teszi számunkra, hogy bővíteni cagPAI genetikai variáns kimutatására más potenciálisan fontos T4SS géneket. Ez azért fontos, mert a korábbi vizsgálatok főként a cagA katalógusa és a hasznosság más cagPAI gének markerei megbetegedés veszélyét alig vizsgálták. Kevés tanulmány vizsgálta a szövetség jelenléte cagPAI gének és a betegség, és egyik sem tanult polimorfizmusok cagPAI gének eltérő cagA. Matton
SNP megtaláltuk társított gyomorrák, a A172G SNP (N58D) ugyanabban a helyzetben, amelyben Yeh és munkatársai [53] kimutatták, hogy a párhuzamos jelenléte a tirozin aminosav helyzetben 58 és glutaminsav-helyzetben 59 (Y58E59), mint a kombináció aszparaginsav (D58) és a lizin (K59), indukál hatékonyabban corpus eltolódása gyomor integrin α5β1 amelyet kapcsolatos gyomor karcinogenezis. Nem észleltünk a tirozin (Y) aminosav pozícióban 58 bármilyen minta, jóllehet azt találtuk, hogy hordozók az aszparaginsav (D) ebben a pozícióban vannak alacsonyabb kockázata gyomorrák összehasonlítva az aszparagin (N) hordozók. Továbbá megfigyeltük a polimorfizmus aminosav 59 kisebb gyakorisággal és anélkül különbség a rák és gyomorhurut mintákat. Katalógusa
A vegán étrend növelheti a bél mikrobáit, amelyek elősegítik a fogyást
Amit eszik, megváltoztathatja az antibiotikumok bélrendszeri hatását
Bizonyos bélbaktériumok jelenléte az anyákban megvédheti a csecsemőket az ételallergiáktól
A halak nyálka az antibiotikumok lehetséges forrása lehet
A májfunkció fontos lehet az Alzheimer -kór kockázatában
Az étrendben lévő antioxidánsok növelhetik a bélrák kockázatát,
A szívrohamhoz kapcsolódó mikrobák tanulmányt találnak
A múlt hétvégén Párizsban megrendezett 2019 -es ESC kongresszuson kiderült, hogy a szervezet kóros mikrobapopulációja a stabil koszorúér -plakkok károsodásához vezethet, és szívrohamhoz vezethet. Az a
Az orális szex bakteriális vaginózist válthat ki
Új tanulmány jelent meg a folyóiratban PLOS biológia felfedte, hogy a különböző mikrobapopulációk elősegíthetik a kórokozók hüvelyi kolonizációját, ami meghosszabbíthatja a bakteriális vaginosis jel
A metformin segíthet a szivárgó bélben
A Kaliforniai Egyetem kutatócsoportja, San Diego, sikeresen használták a bél organoidjait laboratóriumukban, hogy bemutassák a gyógyszerek hatását olyan állapotok kezelésére, mint a „szivárgó bél”. A